BAB I

PENDAHULUAN

Persalinan prematur merupakan persalinan yang sering terjadi pada usia

kehamilan < 37 minggu. Kelahiran prematur disebabkan karena berbagai macam

faktor resiko. Menurut beberapa penelitian epigenetic berhubungan DNA Metilasi

merupakan salah satu faktor terjadinya kelahiran prematur. Proses DNA Metilasi

memiliki konsekuensi jangka panjang baik untuk kehamilan dan kehidupan

neonatus hingga dewasa.

Angka kelahiran premature meningkat sebesar 30 % di Amerika Serikat

pada 25 tahun ini. WHO (World Helath Organization) mengestimasikan sebanyak

9,6 % kelahiran prematur terjadi pada kehamilan tunggal dan sekitar 13 miliar

bayi premature lahir setiap tahunnya (Beck S., et al, 2010). Dari beberapa

kejadian kematian neonatus diantaranya disebabkan karena ketidakmampuan

hidup karena kelainan kongenital yang diderita dan beberapa meninggal akibat

lahir prematur (Beck S., et al, 2010; Behrman, 2007). Bayi yang terlahir secara

prematur biasanya akan mengalami beberapa penyakit seperti cerebral palsy (CP),

lahir dengan defisit sensori, ketidakmampuan untuk belajar, serta penyakit

respirasi (Beck S., et al, 2010; Behrman, 2007). Kelahiran prematur yang terjadi

pada usia gestasi awal akan meningkatkan kejadian asma pada bayi premature saat

berusia 6 tahun (Bernsen., et al, 2005). Pada bayi prematur yang terlahir dengan

berat badan lahir yang sangat rendah akan mengalami asma pada usia 12 tahun

(Mai XM., et al, 2003). Kelahiran bayi premature akan meningkatkan juga

kejadian infeksi nosokomial saat masa kanak-kanak (Yuan W., et al, 2001). Pada

saat usia sekolah bayi yang terlahir premature akan mengalami penurunan

kemampuan kognitif, meningkatkan kepribadian eksternal maupun internal, serta

akan menimbulkan penyakit ADHD (Attention Deficit Hyperactive Disorder)

(Butta AT., et al, 2002). Wanita yang terlahir prematur maka pada masa

dewasanya akan mudah terkena anoreksia nervosa (Cnattingius S., et al, 1999),

sedangkan pria yang terlahir premature pada masa dewasanya akan akan mudah

terkena gangguan mental seperti psikosis (Momfils., et al, 2009).

Bayi Prematur akan mengalami penyakit kronis saat dewasa nanti, karena

berdasar penelitian yang dilakukan pada tikus (Kajantie E,. et al, 2010), kelahiran

premature berasosiasi dengan terjadinya diabetes melitus (DM) tipe 2 (Burdge

GC, et al, 2007). Kelahiran prematur juga sering menyebabkan IUGR (Intra

Uterine Growth Restricition) dan hal ini berasosiasi dengan timbulnya hipertensi,

penyakit jantung koroner, dan stroke (Koupil I., et al, 2005; Suter MA & Aagaard,

2009; Szyf M, 2009; Chmurzynska A, 2010; Barker DJ, 1990; Barker DJ., et al,

2010; Champagnevfa & Curley JP, 2009). Dari beberapa penelitian disebutkan

jika penyebab dari kelahiran prematur lebih banyak tidak teridentifikasi, namun

ada juga penelitian ada yang menyatakan jika kelahiran prematur dapat

disebabkan oleh banyak faktor seperti preeklamsia, multiparitas, DM gestasional,

dan kelainan anomali pada janin. Selain itu, faktor stressor psikososial, faktor

kebiasaan, infeksi maternal, riwayat lahir premature sebelumnya serta variasi

genetik juga dapat berpengaruh pada kejadian kelahiran premature (Menon R,

2008; Raju TN., et al, 2006; Ananth CV & Fintzileos AN, 2006; Green NS., et al,

2005).

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

A. Kelahiran Prematur

Merupakan Persalinan pada usia gestasi 22-36 mgg dgn brt janin < 2500

gr. Prematur memiliki faktor resiko seperti perdarahan desidua (solusio plasenta,

overdistensi uterus,polihidramnion), Servikal inkompeten , Distorsi uterus,

Inflamasi servix(bacterial vaginosis, trichomonas), Maternal inflamasi (infeksi

saluran kemih), Peubahan hormon seperti stres pada ibu/janin, Insufisiensi utero

plasental (hipetensi, rokok, alkohol, DM), Sosial ekonomi yang rendah ,

malnutrisi, usia

B. Epigenetik

studi tentang perubahan fenotipe atau ekspresi genetika yang disebabkan

oleh mekanisme selain perubahan sekuens DNA dasar. Epigenetika berasal

dari bahasa Yunani, epi- yang berarti "di atas" atau "menutupi", dan -genetika.

Tidak ada perubahan pada sekuens DNA dasar, melainkan faktor

non genetika yang menyebabkan ekspresi gen organisme berubah.

Epigenetik adalah suatu perubahan ekspresi gen pada suatu individu tanpa

perubahan sekuens atau urutan DNA (Gehring et al 2004). Epigenetik mengacu

pada studi mengenai perubahan regulasi gen yang tidak merubah urutan DNA

maupun rangkaian protein yang terkait DNA, melainkan mengontrol proses

transkripsi dan bagaimana gen disajikan. Terjadinya proses epigenetik merupakan

konsekuensi adanya interaksi antara gen dan lingkungannya dan dapat terjadi

akibat tidak terekspresinya informasi gen (silent gen).

Pengaturan epigenetik ditentukan oleh : metilasi DNA, modifikasi histon,

ekspresi gen miRNA, faktor transkripsi jaringan (Egger, 2004). Proses epigenetik

yang diketahui terlibat dalam perkembangan, kesehatan, penyakit dan penuaan,

dan bertanggung jawab untuk fenomena seperti X-inaktivasi kromosom dan

genomic imprinting (Robertson dan Wolffe, 2000; Rodenhiser dan Mann, 2006).

DNA Metilasi

Metilasi DNA terjadi pada posisi 5 dari cincin pirimidin sitosina, dalam

konteks dinukleotida CpG.  Metilasi sendiri merupakan peristiwa dimana terjadi

penambahan gugus metil pada sitosina. Mekanisme ini mendasari berbagai

macam fenomenatranskripsi, termasuk imprinting, inaktivasi kromosom X,

serta transgenerational epigenetic inheritance. Enzim yang berperan dalam proses

metilasi diantaranya adalah DNA metiltransferase (DNMT). Pemeliharaan

(maintenance) DNA metil transferase, seperti DNMT1 pada hewan dan MET1

pada tanaman, terjadi dengan cara mengkopi tanda (area) metilasi pada rantai

DNA anak. Dengan cara tersebut, metilasi DNA memperlihatkan mekanisme yang

efisien dalam menyimpan informasi epigenetik yang dengan stabil dapat

diwariskan melalui pembelahan sel (Hsieh dan Fischer, 2005). Secara umum, hipo

dan hipermetilasi berhubungan dengan ekspresi gen dan silent gen. Pola metilasi

DNA diprakarsai dan dikelola oleh DNMTs.

Gambar 1. Metilasi DNA

Modifikasi Histon

Modifikasi histon memengaruhi perubahan bentuk kromatin. Ada berbagai

macam modifikasi yang dapat terjadi pada histon, diantaranya adalah seperti

asetilasi, metilasi, ubiquitinization dan sumoylation juga dapat mengatur

organisasi DNA dan ekspresi gen (Peterson dan Laniel, 2004). Modifikasi ini

menyebabkan perubahan berikutnya dalam struktur kromatin, sehingga baik

diakses atau tidak untuk transkripsi. Metilasi DNA biasanya bekerja dalam konser

dengan modifikasi histon, secara dinamis mengontrol struktur kromatin dan

ekspresi gen (Vaissiere et al., 2008).

Epigenetik, Imunologi, dan Kelahiran Prematur (Partus Prematurus).

Ada banyak bukti yang menunjukkan bahwa perubahan di kedua imun

humoral dan cellmediated berkontribusi pada patogenesis endometriosis.

Peningkatan jumlah dan aktivasi makrofag peritoneal, penurunan sel T dan natural

killer (NK). Akibat menurunnya imun maka memudahkan terjadinya infeksi pada

tubuh. Dalam kasus kelahiran prematur salah satu fakto resikonya adalah infeksi

organ genitalia seperti servisitis, vaginitis,dll. Infeksi genital menyebabkan

terjadinya proses inflamasi, yang memicu mediator-mediator inflamasi seperti

prostaglandin. Timbulnya prostaglandin akan memicu terjadinya kontraksi uterus

yang menyebabkan terjadinya proses persalinan.

Gambar 2. Modifikasi Histon

C. Epigenetik dan Pembentukan Janin

Proses epigenetic akan menyebabkan terjadinya metilasi DNA namun

tidak mengubah struktur dari DNA. Dimana akan terjadi metilasi sitosin pada

cincin ke 5 dari rantai sitosin pirimidin di CpG dinukleotida. Proses metilasi

pada CpG ini yang akan menyebabkan terjadinya gangguan transkripsi

ataupun terjadi penarikan metal pada proses pengikatan protein (Bonasio R., et

al, 2010).

Proses epigenetik pada pembentukan janin terjadi setelah embryogenesis

(Shi L & Wu J, 2009), dimana saat fertilisasi area imprinting gen yang

harusnya terlindungi, karena ada proses epigenetic maka akan mengalami

proses demetilasi aktif dan pasif (Kafri T, 1993; Rougier N., et al, 1998). Hal

ini akan menyebabkan perubahan pembentukan perkembangan jaringan

(Liang P, 2011), yang nantinya dapat menyebabkan ekspresi gen dan

perbedaan fenotip. Proses metilasi DNA ini akan sangat berpengaruh pada

masa dewasa seseorang (Waterland RA & Michael KB, 2007; Waterland RA

& Jirtle RL, 2004; Dolinoy DC., et al, 2007).

D. Metilasi DNA sebagai Resiko Terjadinya Kelahiran Prematur

Defisiensi dan ketidakseimbangan nutrisi, stressor psikososial, kebiasaan

merokok serta infeksi maternal (KPD, vaginosis) dapat meningkatkan

terjadinya kelahiran premature (Menon R, 2008). Selain itu, proses Metilasi

DNA serta faktor lingkungan juga dapat meningkatkan risiko terjadinya

kelahiran premature (Waterland RA & Jirtle RL, 2004; Gordon L., et al,

2011). Disebutkan pada penelitian bahwa gen STOX1 (Storkhead Box 1)

berhubungan dengan preeklamsia. Defisiensi gen P53, penurunan proteksi

CpG island penurunan metilasi genom, serta defisiensi DNMT 1 dapat

menyebabkan IUGR. DNMT1 berfungsi pada pembentukan plasenta namun

DNMT1 juga dapat menganggu proses pmbentukan plasenta pada trimester 1.

(Van Dijk M., et al, 2010; Van Djik M & Oudejans CB, 2011; Ke X., et al,

2006; Pham TD., et al, 2003).

Review yang dilakukan oleh Suter dan Aagaard-Tillery (Suter MA &

Aagaard, 2009) membahas faktor-faktor lingkungan yang dapat

mempengaruhi epigenome selama kehamilan, dan memang beberapa studi

telah mendukung bahwa faktor risiko lingkungan mempengaruhi pola metilasi

DNA selama kehamilan. Misalnya, penelitian pada hewan menunjukkan

bahwa Insulin Growth Factor 2 (IGF2) pencetakan di dalam plasenta diubah

oleh infeksi Campylobacter rectus selama kehamilan, dan kemungkinan

bahwa pola metilasi mungkin berbeda tergantung pada jenis agen infeksius

(Bobetsis YA., et al, 2007).

Diet juga dapat memodifikasi epigenome, dan defisiensi donor metil

seperti folat secara langsung berkorelasi dengan perubahan di metilasi DNA

(McKay JA., et al, 2011; Hoyo C., et al, 2011; McKay JA., et al, 2011;

Maloney CA., et al, 2007; McKay JA., et al, 2011). Beberapa studi telah

menunjukkan dampak dari diet ibu pada hasil keturunan melalui mekanisme

epigenetik. Dalam model tikus , diet tinggi lemak ibu meningkatkan risiko

keturunan obesitas dengan mengubah preferensi keturunan untuk makanan

lezat melalui perubahan dalam metilasi DNA dan ekspresi messenger RNA

( mRNA ) dopamin dan genes terkait opioid (Vocetic Z., et al, 2010).

Menggunakan model restriksi protein pada tikus, Sohi et al baru-baru ini

melaporkan bahwa perubahan epigenetic memediasi hubungan antara gizi ibu

dan disregulasi kolesterol keturunan (Sohi H., et al, 2011). Konsisten dengan

temuan ini, IUGR, disebabkan oleh diet rendah protein ibu melalui kehamilan

dan menyusui, rasio antara penurunan fungsi hati dan berat badan, penulis

menyimpulkan bahwa perubahan dalam sirkulasi kolesterol berhubungan

dengan modifikasi histon di wilayah promoter dari Cyp7a1 terkait dengan

pembungkaman (silencing) kromatin dan mengurangi expression Cyp7a1

(Sohi H., et al, 2011). Modifikasi dari ekspresi gen pada lokus yang dicetak

dan pola metilasi DNA plasenta global dan local juga dilaporkan hasil dari

diet tinggi lemak (Gallou., et al, 2010). Laporan ini menggarisbawahi

pentingnya diet seimbang selama kehamilan untuk menghindari modifikasi

epigenetik yang dapat berkontribusi tidak hanya untuk komplikasi kehamilan

seperti IUGR atau PTB tetapi juga untuk efek jangka panjang pada keturunan

(Attig L., et al, 2010).

Merokok juga telah dikaitkan dengan PTB, dan 1 studi menemukan bukti

sugestif bahwa metilasi genome menurun pada orang dewasa yang terpajan

asap rokok sebelum lahir (Flom., et al, 2010). Dalam sample plasenta yang

diperoleh dari perokok dan bukan perokok,tembakau pada saat prenatal

dikaitkan dengan hypomethylation dari daerah promotor CYP1A1 dan

meningkatkan ekspresi CYP1A1 (Suter., et al, 2010). Data terakhir

menunjukkan mekanisme potensial untuk perubahan ini baik sebagai marker

stres oksidatif dan apoptosis meningkat dalam membrane janin manusia

normal yang terkena asap rokok (Menon., et al, 2011).

Beban PTB tidak proporsional terutama di Afrika dan Asia dan sangat

tinggi untuk orang-orang keturunan Afrika di negara maju (Beck S., et al,

2010). Kehamilan di mana salah satu orang tua adalah keturunan Afrika

meningkatkan risiko dari PTB (Adams MM., et al, 2000), dan efek ini

tampaknya sebagian besar independen diukur dari faktor risiko lingkungan

(Goldenberg RL., et al, 1996). Konsisten dengan hipotesis bahwa perbedaan

ras pada PTB dapat dihasilkan dari perubahan genetik atau epigenetik,

perbedaan polimorfisme genetik telah dikaitkan dengan PTB serta biomarker

infeksi dan peradangan terkait dengan PTB (konsentrasi tumor necrosis

factor-a dan interleukin 6) di antara ibu Afrika Amerika dan Kaukasia (Menon

R., et al, 2008; Velez., et al, 2008; Menon R., et al, 2010; Williams., et al,

2010). Lebih lanjut, pola metilasi DNA bervariasi dalam darah tali pusat dari

bayi baru lahir Afrika Amerika (Adkins RM., et al, 2011).

Meskipun studi epidemiologi mendukung asosiasi beberapa faktor risiko

lingkungan dengan hasil kehamilan yang merugikan, tidak ada penelitian

hingga saat ini diperiksa metilasi DNA secara langsung sebagai mediator

molekuler antara faktor risiko lingkungan dan PTB. Studi tersebut akan

diperlukan untuk menentukan apakah perubahan epigenetik memainkan peran

dalam hubungan antara faktor risiko lingkungan dan PTB.

E. Asal Perkembangan Penyakit dan Kesehatan Orang Dewasa

Barker dan rekan (Barker DJ, 1990; Barker DJ., et al, 2010), yang

mengamati bahwa gangguan pertumbuhan plasenta dikaitkan dengan gagal

jantung kronis di kemudian hari, mendorong minat dalam hipotesis yang

dikenal sebagai asal-usul perkembangan penyakit dan kesehatan orang

dewasa. Pengaruh lingkungan selama perkembangan janin, seperti gizi ibu

yang dibatasi, dapat menyebabkan restriksi pertumbuhan dan konsekuensi

jangka panjang bagi anak yang terkena dampak, dan perubahan epigenetik

dapat berfungsi sebagai mediator antara pengaruh lingkungan dan

perkembangan penyakit onset dewasa. Dukungan telah disediakan oleh studi

tumbuhan dan hewan yang mendokumentasikan warisan epigenetik dalam

konteks potensi mereka berkontribusi terhadap kesehatan dan penyakit dewasa

(Johanner F., et al, 2009; Dunn GA & Bale TL, 2009; Bocock PN & Aagaard,

2009).

Studi pada tikus menunjukkan bahwa kekurangan gizi selama kehamilan

menyebabkan restrksi pertumbuhan intrauterine dan postnatal. Khususnya,

anak anjing IUGR yang lahir dari ibu yang membatasi makanan tapi berbeda

dengan ibu yang makannya normal menunjukkan akselerasi pertumbuhan

yang menghasilkan peningkatan berat badan dan lemak tubuh, menunjukkan

bahwa nutrisi ibu terbatas dapat berkontribusi obesitas di kemudian hari

(Woodall SM., et al, 1996; Desai M., et al, 2005).

Demikian pula, di antara orang yang lahir selama kelaparan Belanda,

paparan kelaparan selama awal kehamilan dikaitkan dengan penyakit jantung

koroner, profil lipid plasma yang lebih aterogenik, pembekuan darah

terganggu, peningkatan respon stres dan tingkat yang lebih tinggi dari

obesitas. Mereka yang terkena bencana kelaparan di di tengah stadium

kehamilan mengalami peningkatan tingkat mikroalbuminuria dan penyakit

saluran napas obstruktif, dan mereka yang terkena bencana kelaparan pada

setiap tahap kehamilan lebih mungkin untuk memiliki gangguan glukosa

tolerance. Temuan ini menunjukkan bahwa kekurangan gizi pada ibu selama

kehamilan mempengaruhi kesehatan di kemudian hari, tetapi efek ini

tergantung pada waktu pemaparan. Waktu paparan ini jelas penting, penelitian

ini secara kolektif menunjukkan bahwa modifikasi epigenetik akibat seperti

stres yang intens dapat mengakibatkan konsekuensi jangka panjang untuk

seorang individu (Roseboom T., et al, 2006; Susser M & Stein Z, 1994).

Mengevaluasi dampak paparan lingkungan awal pada epigenome janin

mungkin memberikan wawasan ke kedua proses regulasi yang melekat dalam

perkembangan dan penyakit onset dewasa. Paparan bahan kimia lingkungan

dapat mengubah janin epigenome, sehingga mengubah pola ekspresi gen

(Dolinoy DC., et al, 2007). Paparan Neonatal baik estradiol dan bisphenol A,

bahan aditif bagi beberapa plastik termasuk tempat makanan dan botol bayi,

dapat menyebabkan beberapa perubahan gen tertentu dalam metilasi DNA

pada prostat tikus, termasuk hypomethylation dari phosphodiesterase tipe 4

varian 4 (PDE4D4), yang telah dikaitkan dengan risiko kanker prostat (Ho

SM., et al, 2006). Paparan prenatal untuk dietilstilbestrol (DES) menghasilkan

hypomethylation di 2 daerah kontrol DNA (Dolinoy DC., et al, 2007).

Individu yang diobati dengan DES selama kehamilan memiliki peningkatan

gangguan reproduksi dan clear cell adenokarsinoma vagina (Dolinoy DC., et

al, 2007), dan ibu terpajan DES dan anak-anak mereka keduanya lebih

mungkin untuk melaporkan lupus, arthritis, asma, dan infeksi saluran

pernapasan di 1985 National Health Interview Survey (Wingard DL & Turiel

J, 1988).

Bukti langsung melibatkan perubahan metilasi DNA yang diinduksi

lingkungan sebagai faktor penyebab di PTB belum muncul. Sementara tujuan

untuk review ini adalah untuk mempromosikan penelitian ini, penelitian masa

depan akan diminta untuk menggambarkan apakah perubahan metilasi DNA

merupakan penyebab atau konsekuensi PTB.

F. Perspektif Luas Metilasi DNA

Sementara banyak penelitian hingga saat ini fokus pada pemeriksaan dari

5-methylcytosine (5mC), beberapa studi telah mampu membedakan 5mC dari

modifikasinya, 5hmC. 5-hydroxymethylcytosine memainkan peran perantara

dalam pola demetilasi oksidatif (Gou JU., et al, 2011) dan merupakan bagian

integral dalam pembaruan diri dan pemeliharaan stem sel embrionik (Ito S., et

al, 2011) dari beberapa spesies mamalia (Wossidlo M., et al, 2011). 5hmC

dikaitkan persilangan genom dengan peningkatan transkripsi, dan variasi

dalam ekspresi karena 5hmC mungkin dapat mempengaruhi proses komitmen

kemajemukan dan keturunan (Ficz G., et al, 2011).

Demikian pula, sementara kebanyakan studi konvensional metilasi fokus

pada metilasi CG, hampir 25% dari metilasi DNA dalam stem sel embrioik

terjadi pada non-CG dinucleotides. Metilasi non-CG ini diperkaya dalam gen

tubuh dan menghabiskan tempat protein binding dan enhancer. Hal ini juga

diperkaya gen dekat yang terlibat dalam pluripotency dan diferensiasi. Namun,

metilasi non-CG tidak jelas setelah diferensiasi selular terjadi (Lister R., et al,

2009).

Meskipun 5hmC dan metilasi non-CG dinuclotides masih harus dievaluasi

secara ekstensif dalam konteks penyakit manusia, pengayaan dan peran

regulasi 5hmC dan metilasi non-CG dalam stem sel embrionik menunjukkan

bahwa mereka bisa relevan dengan awal kehidupan dan gangguan

perkembangan. Oleh karena itu, baik 5hmC dan metilasi non-CG mewakili

aspek yang sebelumnya belum dijelajahi regulasi epigenetik yang mungkin

berkontribusi PTB.

G. Studi Epigenetik & Genome

Metode untuk melakukan studi metilasi DNA telah ditinjau secara luas

(Laird PW, 2010; Stolzenberg DS., et al, 2011), jadi di sini kita akan fokus

pada perkembangan dan isu-isu yang perlu dipertimbangkan sebelum

melakukan seperti studi. Seperti dengan berbagai urutan studi, perampasan

awal dalam memeriksa perubahan epigenetik terkait dengan PTB difokuskan

pada gen kandidat tertentu. Studi-studi ini tergantung pada pilihan gen

kandidat dan dapat menyebabkan temuan yang memiliki ukuran efek yang

kecil dan tidak meniru secara konsisten. Namun, beberapa ketersediaan

komersial murah microarray metilasi telah memfasilitasi studi metilasi

genome, yang telah bertemu dengan beberapa keberhasilan Teachendorff AE.,

et al, 2010; Wang L., et al, 2010; Javierre BM., et al, 2010; Kim M., et al,

2010). Meskipun studi genome dari metilasi DNA memiliki banyak kesamaan

dengan kedua studi hubungan genetik dan studi ekspresi gen, pada tahap awal

ini konsensus belum tercapai mengenai desain studi optimal atau metode

analisis untuk studi metilasi.

Pendekatan analisis yang tepat untuk studi metilasi akan tergantung pada

teknologi yang digunakan. Untuk platform berbasis array yang mengandalkan

penanganan bisulfit DNA seperti Illumina GoldenGate dan Infinium chip yang

memberikan perkiraan proporsi metilasi dengan resolusi single-CpG, untuk

melakukan tes sederhana mengetahui hubungan antara proporsi metilasi dan

fenotip, disesuaikan untuk beberapa pengujian melalui Bonferroni atau

prosedur tingkat penemuan palsu. Platform yang memperkaya metilasi DNA

melalui penggunaan methylation-specific restriction enzymes (McrBC) atau

methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP) memerlukan pendekatan

statistik yang lebih kompleks untuk memperkirakan tingkat metilasi absolut

sedangkan untuk bias tergantung densitas CpG dan faktor lainnya. Untuk

mengatasi hal ini, strategi dimana model tergantung pada densitas CpG telah

diusulkan untuk pendekatan MeDIP (Down TA et al, 2008; Pelizzola M et al,

208) dan McrBC (Aryee MJ et al, 2010).

Meskipun kriteria kontrol mengarah pada penghapusan poin data spesifik,

sample, atau tempat CpG, merupakan standar untuk ketersediaan susunan

metilasi secara komersial, sat ini belum ada pendekatan konsisten yang

digunakan untuk normalisasi data metilasi. Banyak metode untuk normalisasi

ekspresi gen, (Quackenbush J, 2002; Bolstad BM et al, 2003) tetapi metode

tersebut didasarkan pada asumsi bahwa secara global tidak terdapat perbedaan

antar sample, yang sering tidak sesuai untuk data metilasi (Aryee MJ et al,

2010) Tidak adanya perbedaan sinyal keseluruhan umumnya dianggap asumsi

yang sesuai untuk data ekspresi, tetapi perbedaan global dapat diamati dalam

data metilasi ketika membandingkan jaringan kanker dengan jaringan sehat,

(Calvanese V, 2009) jenis jaringan yang berbeda (Yang HH, 2010) atau

bahkan individu dari berbagai usia (Bjornsson HT et al, 2008; Bollati V et al,

2009). Jika pola metilasi global yang bervariasi sehubungan dengan fenotip

diteliti, aplikasi metode standar normalisasi seperti Loess dan normalisasi

quantile secara drastis dapat mengurangi daya/kekuatan dengan menghapus

perbedaan sejati antara sampel dan dengan demikian cenderung tidak sesuai

untuk analisis data metilasi. Penggunaan normalisasi bagian quantile, (Wu Z,

Aryee MJ, 2010) yang menyetarakan kuantil kontrol negatif bukan sinyal,

telah diusulkan untuk metilasi data microarray (Aryee MJ et al , 2010).

Namun, bagian normalisasi quantile memerlukan jumlah besar fitur kontrol

negatif dimana sinyal mencakup seluruh rentang sinyal; maka, untuk

eksperimen dengan jumlah kecil atau sedang kontrol negatif, pengembangan

pendekatan selanjutnya akan bernilai.

Stratifikasi populasi, masalah terdokumentasi dengan baik dalam studi

varian urutan (Price AL et al, 2010), selain itu juga akan berdampak pada

studi metilasi DNA. Penelitian terbaru telah melaporkan perbedaan metilasi

gen antara sampel darah tali pusat ras Afrika Amerika dan Kaukasia (Adkins

RM et al, 2011), dan evaluasi peserta dari berbagai keturunan menunjukkan

bahwa variasi genetik dan epigenetik kemungkinan berkorelasi (Liu J et al,

2010). Hal ini juga diketahui bahwa frekuensi polimorfisme berdasarkan

urutan bervariasi dari latar belakang etnis yang berbeda, dan kesamaan pola

metilasi pada keluarganya (Bjornsson HT et al, 2008) dan pada pasangan

kembar (Kaminsky ZA et al, 2009 menunjukkan bahwa variasi urutan dapat

mempengaruhi pola metilasi. Bahkan, bukti-alel spesifik metilasi telah

dilaporkan (Kerkel K et al, 2008; Schalkwyk LC et al, 2010; Zhang D et al,

2010) dan sebagian bertanggung jawab atas perbedaan dalam pola metilasi

yang berhubungan dengan ras atau keadaan penyakit. Hasil ini menekankan

pentingnya mengontrol keturunan dalam studi epigenetik serta dalam studi

varian urutan, idealnya dengan hati-hati dalam matching kasus dan kontrol

sebagai bagian dari desain penelitian dan penyertaan kovariat dilaporkan

sendiri atau keturunan genetik.

Jenis heterogenitas sel antar sampel merupakan masalah analog pada

stratifikasi populasi yang dapat mempengaruhi ekspresi gen dan studi metilasi

tetapi tidak mempengaruhi studi varian urutan. Komposisi jenis sel darah

diketahui diubah dalam berbagai kondisi penyakit (Bian C et al, 2010;

Jafarzadeh A et al, 2010; Dilli D et al, 2010; Gkrania-Klotsas E et al, 2010;

Hinz T et al, 2011; Singh K, 2010) dan dapat bervariasi dengan fenotipe yang

berhubungan dengan kesehatan lainnya seperti exercise dan obesitas

(Nascimento H et al, 2010). Perbedaan metilasi antara jenis sel telah

dilaporkan untuk gen tertentu dan lebar genom (Moverare-Skrtic S et al, 2009;

Sakamoto S et al, 1988; Sun YV et al, 2010). Karena komposisi jenis sel

berkorelasi dengan kesehatan individu dan metilasi, hubungan antara metilasi

DNA dan outcome dapat dikacaukan oleh variasi dalam proporsi jenis sel

dalam sampel atau jaringan. Oleh karena itu, penting untuk mengendalikan

perbedaan jenis sel dalam studi, namun, upaya untuk memilah jaringan ke

sub-populasi dapat membatasi jumlah DNA yang tersedia untuk penelitian.

Sebagai alternatif, pengembangan pendekatan statistik untuk

memperhitungkan perbedaan dalam tipe sel di seluruh proporsi sampel akan

bernilai.

Karena variasi metilasi DNA dengan jenis sel, penting untuk memilih

jaringan yang relevan untuk studi PTB. Jaringan plasenta, selaput janin, dan

darah tali pusat memiliki relevansi biologi yang jelas dan dapat diperoleh

melalui metode non-invasif. Darah tali pusat memiliki keuntungan tambahan

yang sesuai untuk studi longitudinal di mana pengambilan sampel darah dapat

dilakukan saat lahir dan kemudian secara teratur selama perkembangan.

Namun sampel DNA yang diperoleh dari saliva sangat heterogen dengan

proporsi leukosit dan sel epitel mulai dari 20% sampai 80% antar individu.

Volume sampel, terutama dari bayi, mungkin terlalu terbatas untuk metode

pengurangan sel sehingga ini mungkin bukan pendekatan statistik sesuai untuk

menyesuaikan proporsi jenis sel dalam sampel yang berbeda. Karena kedua

faktor ibu dan janin dapat berkontribusi PTB, kita juga harus

mempertimbangkan pengambilan sampel darah ibu, serviks atau jaringan

miometrium. Variabel pengganggu lain yang penting dalam studi metilasi

DNA adalah usia. Penelitian terbaru telah melaporkan perbedaan metilasi

yang berkaitan dengan usia meluas pada tempat CpG di seluruh genome

Teschendorff AE et al, 2010; Bjornsson HT et al, 2008; Bollati V et al, 2009;

Rakyan VK et al, 2010). Hasil ini menggarisbawahi pentingnya matching

untuk usia dalam studi kasus-kontrol metilasi DNA. Untuk menghindari

perancu karena perbedaan dalam distribusi usia, kasus dan kontrol harus

dilakukan matching.

Penyesuaian untuk usia sebagai kovariat juga berguna, tetapi mungkin

tidak cukup jika distribusi usia secara signifikan berbeda antara kasus dan

kontrol. Terlebih jika usia berkorelasi dengan status kasus-kontrol, adanya

kovariat dapat mengurangi daya. Sebaliknya, dalam sampel yang telah

dilakukan matching, usia akan menjadi faktor independen dari fenotip bunga,

sehingga usia sebagai kovariat dapat menyebabkan peningkatan kekuatan

karena akan menjelaskan perbedaan metilasi.

Gambar 3. Pengaruh Epigenetik pada Persalinan Preterm

Gambar tersebut merupakan skema komprehensif dari proses yang

berpengaruh pada kelahiran preterm dari level general (lingkaran luar) sampai

step akhir (lingkaran daam). Faktor-faktor ini berpotensi dapat berfungsi

secara independen atau dapat saling berinteraksi dalam mempengaruhi

kelahiran preterm. Setiap faktor risiko berpengaruh melalui beberapa

manifestasi klinis terkait ( lingkaran tengah) , meliputi overlapping

biomolekul dan sering berlebihan, yang berpuncak pada kaskade efektor akhir

( lingkaran terdalam ) . Kelahiran prematur secara efektif merupakan sindrom

beberapa proses penyakit .Faktor-faktor risiko dan proses penyakit yang

dimediasi oleh respon imun dan proses peradangan yang menghasilkan

uterotonins (Prostaglandin - PG) dan merangsang aktivasi desidua,

kontraktilitas miometrium, selaput ketuban yang melemah dan pecah, dan

pematangan serviks serta dilatasi, yang berpuncak pada persalinan dan

kelahiran preterm (Yuan W et al, 2010) Proses-proses patologis tersebut di

inisiasi oleh faktor risiko (lingkaran luar). Sedangkan lingkungan sendiri dapat

terdiri dari banyak faktor eksogen tidak terbatas pada satu faktor. Faktor risiko

lingkungan dapat menyebabkan perubahan epigenetik, sehingga perubahan

jangka panjang dalam ekspresi gen yang meningkatkan risiko penyakit onset

dewasa. Perubahan epigenetik juga dapat terjadi sebagai akibat dari risiko

yang terkait manifestasi klinis dan juga karena intervensi pada tahap tersebut.

Tidak seperti faktor risiko genetik statis, perubahan epigenetik dapat terjadi

pada beberapa tingkat seperti yang ditunjukkan pada gambar.

BAB III

KESIMPULAN

Lahir prematur memiliki resiko terkena penyakit yang kompleks dengan

berbagai macam epidemiologi, faktor resiko genetik, serta berdampak pada

kondisi prenatal individual dalam jangka panjang. Perubahan epigenatik

berdampak pada kehamilan yang menyebabkan terjadinya lahir premature, serta

berdampak pada epigenome dari janin yang menjadi predisposisi terjadinya

penyakit saat neonatus hingga masa dewasa. Meskipun perubahan epigenetic

seperti DNA Metilasi berasosiasi dengan timbulnya penyakit yang kompleks,

namun dampak langsung terhadap potensi terjadinya tidak tereksplore. Meskipun

pada gambar 1 beberapa faktor epidemiologi berasosiasi dengan terjadinya lahir

premature, serta hubungan antara faktor epidemiologi ini menyebabkan terjadinya

asosiasi antara perubahan DNA Metilasi terhadap dampaknya pada kehamilan

hingga konsekuensi jangka panjang di kehidupan bayi. Untuk penelitian

berikutnya diharapkan dapat mengidentifikasi dampak langsung dari perubahan

epigen yang luas pada proses kehamilan hingga menyebabkan terjadinya kelahiran

prematur.

Review mengenai dampak perubahan DNA Metilasi pada kehamilan serta

peran potensial dari perubahan epigenetic terhadap terjadinya kelahiran

premature, dapat didiskusikan kembali mengenai permasalahan serta kekurangan

dalam penelitian mengenai DNA Metilasi lain.

DAFTAR PUSTAKA

Adams MM, Elam-Evans LD, Wilson HG, Gilbertz DA. Rates of and factors

associated with recurrence of preterm delivery. JAMA.

2000;283(12):1591-1596.

Adkins RM, Krushkal J, Tylavsky FA, Thomas F. Racial differences in gene-

specific DNA methylation levels are present at birth. Birth Defects Res A

Clin Mol Teratol. 2011;91(8): 728-736.

Ananth CV, Vintzileos AM. Epidemiology of preterm birth and its clinical

subtypes. J Matern Fetal Neonatal Med. 2006;19(12): 773-782.

Aryee MJ, Wu Z, Ladd-Acosta C, et al. Accurate genome-scale percentage DNA

methylation estimates from microarray data. Biostatistics. 2010;12(2):197-

210.

Attig L, Gabory A, Junien C. Nutritional developmental epigenomics: immediate

and long-lasting effects. Proc Nutr Soc. 2010;69(2):221-231.

Barker DJ, Gelow J, Thornburg K, Osmond C, Kajantie E, Eriksson JG. The early

origins of chronic heart failure: impaired placental growth and initiation of

insulin resistance in childhood. Eur J Heart Fail. 2010;12(8):819-825.

Barker DJ. The fetal and infant origins of adult disease. BMJ.

1990;301(6761):1111.

Beck S, Wojdyla D, Say L, et al. The worldwide incidence of preterm birth: a

systematic review of maternal mortality and morbidity. Bull World Health

Organ. 2010;88(1):31-38.

Behrman REB, AS. Preterm birth: causes, consequences, and prevention. In:

Coupbaah, ed. Outcomes. Washington, DC: The National Academies

Press; 2007.

Bernsen RM, De Jongste JC, Koes BW, Aardoom HA, van der Wouden JC.

Perinatal characteristics and obstetric complications as risk factors for

asthma, allergy and eczema at the age of 6 years. Clin Exp Allergy.

2005;35(9):1135-1140.

Bhutta AT, Cleves MA, Casey PH, Cradock MM, Anand KJ. Cognitive and

behavioral outcomes of school aged children who were born preterm: a

meta-analysis. JAMA. 2002;288(6):728-737.

Bian C, Wu Y, Shi Y, et al. Predictive value of the relative lymphocyte count in

coronary heart disease. Heart Vessels. 2010;25(6):469-473.

Bjornsson HT, Sigurdsson MI, Fallin MD, et al. Intra-individual change over time

in DNA methylation with familial clustering. JAMA. 2008;299(24):2877-

2883.

Bobetsis YA, Barros SP, Lin DM, et al. Bacterial infection promote DNA

hypermethylation. J Dent Res. 2007;86(2):169-174.

Bocock PN, Aagaard-Tillery KM. Animal models of epigenetic inheritance.

Semin Reprod Med. 2009;27(5):369-379.

Bollati V, Schwartz J, Wright R, et al. Decline in genomic DNA methylation

through aging in a cohort of elderly subjects. Mech Ageing Dev.

2009;130(4):234-239.

Bolstad BM, Irizarry RA, Astrand M, Speed TP. A comparison of normalization

methods for high density oligonucleotide array data based on variance and

bias. Bioinformatics. 2003;19(2):185-193.

Bonasio R, Tu S, Reinberg D. Molecular signals of epigenetic states. Science.

2010;330(6004):612-616.

Burdge GC, Hanson MA, Slater-Jefferies JL, Lillycrop KA. Epigenetic regulation

of transcription: a mechanism for inducing variations in phenotype (fetal

programming) by differences in nutrition during early life? Br J Nutr.

2007;97(6): 1036-1046.

Calvanese V, Lara E, Kahn A, Fraga MF. The role of epigenetics in aging and

age-related diseases. Ageing Res Rev. 2009;8(4): 268-276.

Champagne FA, Curley JP. Epigenetic mechanisms mediating the long-term

effects of maternal care on development. Neurosci Biobehav Rev.

2009;33(4):593-600.

Chmurzynska A. Fetal programming: link between early nutrition, DNA

methylation, and complex diseases. Nutr Rev. 2010; 68(2):87-98.

Clin Chim Acta. 2001;306(1-2):119-126.

Cnattingius S, Hultman CM, Dahl M, Sparen P. Very preterm birth, birth trauma,

and the risk of anorexia nervosa among girls. Arch Gen Psychiatry.

1999;56(7):634-638.

Desai M, Gayle D, Babu J, Ross MG. Programmed obesity in intrauterine growth-

restricted newborns: modulation by newborn nutrition. Am J Physiol

Regul Integr Comp Physiol. 2005;288(1): R91-R96.

Dilli D, Oguz SS, Dilmen U, Koker MY, Kizilgun M. Predictive values of

neutrophil CD64 expression compared with interleukin-6 and C-reactive

protein in early diagnosis of neonatal sepsis. J Clin Lab Anal.

2010;24(6):363-370.

Dolinoy DC, Huang D, Jirtle RL. Maternal nutrient supplementation counteracts

bisphenol A-induced DNA hypomethylation in early development. Proc

Natl Acad Sci U S A. 2007;104(32): 13056-13061.

Dolinoy DC, Weidman JR, Jirtle RL. Epigenetic gene regulation: linking early

developmental environment to adult disease. Reprod Toxicol.

2007;23(3):297-307.

Down TA, Rakyan VK, Turner DJ, et al. A Bayesian deconvolution strategy for

immunoprecipitation-based DNA methylome analysis. Nat Biotechnol.

2008;26(7):779-785.

Dunn GA, Bale TL. Maternal high-fat diet promotes body length increases and

insulin insensitivity in second-generation mice. Endocrinology.

2009;150(11):4999-5009.

Ficz G, Branco MR, Seisenberger S, et al. Dynamic regulation of 5-

hydroxymethylcytosine in mouse ES cells and during differentiation.

Nature. 2011;473(7347):398-402.

Flom J, Ferris J, Gonzalez K, Santella R, Terry M. Prenatal tobacco smoke

exposure and genomewide methylation in adulthood. Cancer Epidemiol

Biomarkers Prev. 2011;20:720.

Gallou-Kabani C, Gabory A, Tost J, et al. Sex-and diet-specific changes of

imprinted gene expression and DNA methylation in mouse placenta under

a high-fat diet. PLoS One. 2010;5(12): e14398.

Gkrania-Klotsas E, Ye Z, Cooper AJ, et al. Differential white blood cell count and

type 2 diabetes: systematic review and meta-analysis of cross-sectional

and prospective studies. PLoS One. 2010;5(10):e13405.

Goldenberg RL, Cliver SP, Mulvihill FX, et al. Medical, psychosocial, and

behavioral risk factors do not explain the increased risk for low birth

weight among black women. Am J Obstet Gynecol. 1996;175(5):1317-

1324.

Gordon L, Joo JH, Andronikos R, et al. Expression discordance of monozygotic

twins at birth: effect of intrauterine environment and a possible mechanism

for fetal programming. Epigenetics. 2011; 6(5):579-592.

Green NS, Damus K, Simpson JL, et al. Research agenda for preterm birth:

recommendations from the March of Dimes. Am J Obstet Gynecol

2005;193(3 pt 1):626-635.

Guo JU, Su Y, Zhong C, Ming GL, Song H. Hydroxylation of 5-Methylcytosine

by TET1 promotes active DNA demethylation in the adult brain. Cell.

2011;145(3):423-434.

Hinz T, Zaccaro D, Byron M, et al. Atopic dermo-respiratory syndrome is a

correlate of eczema herpeticum. Allergy. 2011; 66(7):925-933.

Ho SM, Tang WY, Belmonte de Frausto J, Prins GS. Developmental exposure to

estradiol and bisphenol A increases susceptibility to prostate

carcinogenesis and epigenetically regulates phosphodiesterase type 4

variant 4. Cancer Res. 2006;66(11):5624-5632.

Hoyo C, Murtha AP, Schildkraut JM, et al. Methylation variation at IGF2

differentially methylated regions and maternal folic acid use before and

during pregnancy. Epigenetics. 2011;6(7):928-936.

Ito S, D’Alessio AC, Taranova OV, Hong K, Sowers LC, Zhang Y.Role of Tet

proteins in 5mC to 5hmC conversion, ES-cell self-renewal and inner cell

mass specification. Nature. 2010; 466(7310):1129-1133.

Jafarzadeh A, Poorgholami M, Izadi N, Nemati M, Rezayati M. Immunological

and hematological changes in patients with hyperthyroidism or

hypothyroidism. Clin Invest Med. 2010;33(5):E271-E279.

Javierre BM, Fernandez AF, Richter J, et al. Changes in the pattern of DNA

methylation associate with twin discordance in systemic lupus

erythematosus. Genome Res. 2010;20(2):170-179.

Johannes F, Porcher E, Teixeira FK, et al. Assessing the impact of

transgenerational epigenetic variation on complex traits. PLoS Genet.

2009;5(6):e1000530.

Kafri T, Gao X, Razin A. Mechanistic aspects of genome-wide demethylation in

the preimplantation mouse embryo. Proc Natl Acad Sci U S A.

1993;90(22):10558-10562.

Kajantie E, Osmond C, Barker DJ, Eriksson JG. Preterm birth–a risk factor for

type 2 diabetes? The Helsinki birth cohort study. Diabetes Care.

2010;33(12):2623-2625.

KaminskyZA,Tang T,WangSC, et al.DNAmethylation profiles in monozygotic

and dizygotic twins. Nat Genet. 2009;41(2):240-245.

Ke X, Lei Q, James SJ, et al. Uteroplacental insufficiency affects epigenetic

determinants of chromatin structure in brains of neonatal and juvenile

IUGR rats. Physiol Genomics. 2006; 25(1):16-28.

Kerkel K, Spadola A, Yuan E, et al. Genomic surveys by methylation-sensitive

SNP analysis identify sequence-dependent allele-specific DNA

methylation. Nat Genet. 2008;40(7):904-908.

Kim M, Long TI, Arakawa K, Wang R, Yu MC, Laird PW. DNA methylation as a

biomarker for cardiovascular disease risk. PLoS One. 2010;5(3):e9692.

Koupil I, Leon DA, Lithell HO. Length of gestation is associated with mortality

from cerebrovascular disease. J Epidemiol Community Health

2005;59(6):473-474.

Laird PW. Principles and challenges of genome-wide DNA methylation analysis.

Nat Rev Genet. 2010;11(3):191-203.

Liang P, Song F, Ghosh S, et al. Genome-wide survey reveals dynamic

widespread tissue-specific changes in DNA methylation during

development. BMC Genomics. 2011;12(1):231.

Lister R, Pelizzola M, Dowen RH, et al. Human DNA methylomes at base

resolution show widespread epigenomic differences.Nature.

2009;462(7271):315-322.

Liu J, Hutchison K, Perrone-Bizzozero N, Morgan M, Sui J, Calhoun V.

Identification of genetic and epigenetic marks involved in population

structure. PLoS One. 2010;5(10):e13209.

Mai XM, Gaddlin PO, Nilsson L, et al. Asthma, lung function and allergy in 12-

year-old children with very low birth weight: a prospective study. Pediatr

Allergy Immunol. 2003;14(3):184-192.

Maloney CA, Hay SM, Rees WD. Folate deficiency during pregnancy impacts on

methyl metabolism without affecting global DNA methylation in the rat

fetus. Br J Nutr. 2007;97(6):1090-1098.

McKay JA, Waltham KJ, Williams EA, Mathers JC. Folate depletion during

pregnancy and lactation reduces genomic DNA methylation in murine

adult offspring. Genes Nutr. 2011;6(2): 189-196.

McKay JA, Wong YK, Relton CL, Ford D, Mathers JC. Maternal folate supply

and sex influence gene-specific DNA methylation in the fetal gut. Mol

Nutr Food Res. 2011;55:1717-1723.

McKay JA, Xie L, Harris S, Wong YK, Ford D, Mathers JC. Blood as a surrogate

marker for tissue-specific DNA methylation and changes due to folate

depletion in post-partum female mice. Mol Nutr Food Res.

2011;55(7):1026-1035.

Menon R, Fortunato SJ, Edwards DR, Williams SM. Association of genetic

variants, ethnicity and preterm birth with amniotic fluid cytokine

concentrations. Ann Hum Genet 2010; 74:165-83.

Menon R, Fortunato SJ, Yu J, et al. Cigarette smoke induces oxidative stress and

apoptosis in normal term fetal membranes. Placenta. 2011;32(4):317-322.

Menon R, Velez DR, Morgan N, Lombardi SJ, Fortunato SJ, Williams SM.

Genetic regulation of amniotic fluid TNF-alpha and soluble TNF receptor

concentrations affected by race and preterm birth. Hum Genet.

2008;124(3):243-253.

Menon R. Spontaneous preterm birth, a clinical dilemma: etiologic,

pathophysiologic and genetic heterogeneities and racial disparity. Acta

Obstet Gynecol Scand. 2008;87(6):590-600.

Monfils Gustafsson W, Josefsson A, Ekholm Selling K, Sydsjo G. Preterm birth

or foetal growth impairment and psychiatric hospitalization in adolescence

and early adulthood in a Swedish population-based birth cohort. Acta

Psychiatr Scand. 2009; 119(1):54-61.

Moverare-Skrtic S, Mellstrom D, Vandenput L, Ehrich M, Ohlsson C. Peripheral

blood leukocyte distribution and body mass index are associated with the

methylation pattern of the androgen receptor promoter. Endocrine.

2009;35(2):204-210.

Nascimento H, Rocha S, Rego C, et al. Leukocyte count versus C-reactive protein

levels in obese portuguese patients aged 6-12 years old. Open Biochem J.

2010;4:72-76.

Pelizzola M, Koga Y, Urban AE, et al. MEDME: an experimental and analytical

methodology for the estimation of DNA methylation levels based on

microarray derived MeDIP-enrichment. Genome Res. 2008;18(10):1652-

1659.

Pham TD, MacLennan NK, Chiu CT, Laksana GS, Hsu JL, Lane RH.

Uteroplacental insufficiency increases apoptosis and alters p53 gene

methylation in the full-term IUGR rat kidney. Am J Physiol Regul Integr

Comp Physiol. 2003;285(5):R962-R970.

Price AL, Zaitlen NA, Reich D, Patterson N. New approaches to population

stratification in genome-wide association studies. Nat Rev Genet.

2010;11(7):459-463.

Quackenbush J. Microarray data normalization and transformation. Nat Genet.

2002;32(Suppl):496-501.

Raju TN, Higgins RD, Stark AR, Leveno KJ. Optimizing care and outcome for

late-preterm (near-term) infants: a summary of the workshop sponsored by

the National Institute of Child Health and Human Development.

Pediatrics. 2006;118(3): 1207-1214.

Rakyan VK, Down TA, Maslau S, et al. Human aging-associated DNA

hypermethylation occurs preferentially at bivalent chromatin domains.

Genome Res. 2010;20(4):434-439.

Roseboom T, de Rooij S, Painter R. The Dutch famine and its long-term

consequences for adult health. Early Hum Dev. 2006; 82(8):485-491.

Rougier N, Bourc’his D, Gomes DM, et al. Chromosome methylation patterns

during mammalian preimplantation development.Genes Dev.

1998;12(14):2108-2113.

Sakamoto S, Ortaldo JR, Young HA. Methylation patterns of the T cell receptor

beta-chain gene in T cells, large granular lymphocytes, B cells, and

monocytes. J Immunol. 1988;140(2):654-660. 102. Sun YV, Turner ST,

Smith JA, et al. Comparison of the DNA methylation profiles of human

peripheral blood cells and transformed B-lymphocytes. Hum Genet.

2010;127(6):651-658.

Santos-Silva A, Rebelo MI, Castro EM, et al. Leukocyte activation, erythrocyte

damage, lipid profile and oxidative stress imposed by high competition

physical exercise in adolescents.

Schalkwyk LC, Meaburn EL, Smith R, et al. Allelic skewing of DNA methylation

is widespread across the genome. Am J Hum Genet. 2010;86(2):196-212.

Shi L, Wu J. Epigenetic regulation in mammalian preimplantation embryo

development. Reprod Biol Endocrinol. 2009;7:59-70.

Singh K. Leucocyte counts in anaemia. Indian J Physiol Pharmacol.

2010;54(1):85-88.

Sohi G, Marchand K, Revesz A, Arany E, Hardy DB. Maternal protein restriction

elevates cholesterol in adult rat offspring due to repressive changes in

histone modifications at the cholesterol 7falphag-hydroxylase promoter.

Mol Endocrinol. 2011;25(5): 785-798.

Stolzenberg DS, Grant PA, Bekiranov S. Epigenetic methodologies for behavioral

scientists. Horm Behav. 2011;59(3): 407-416.

Susser M, Stein Z. Timing in prenatal nutrition: a reprise of the Dutch Famine

Study. Nutr Rev. 1994;52(3):84-94.

Suter M, Abramovici A, Showalter L, et al. In utero tobacco exposure

epigenetically modifies placental CYP1A1 expression. Metabolism.

2010;59(10):1481-1490.

Suter MA, Aagaard-Tillery KM. Environmental influences on epigenetic profiles.

Semin Reprod Med. 2009;27(5):380-390.

Szyf M. The early life environment and the epigenome. Biochim Biophys Acta.

2009;1790(9):878-885.

Teschendorff AE, Menon U, Gentry-Maharaj A, et al. Agedependent DNA

methylation of genes that are suppressed in stem cells is a hallmark of

cancer. Genome Res. 2010;20(4): 440-446.

Van Dijk M, Drewlo S, Oudejans CB. Differential methylation of STOX1 in

human placenta. Epigenetics. 2010;5(8):736-742.

Van Dijk M, Oudejans CB. STOX1: key player in trophoblast dysfunction

underlying early onset preeclampsia with growth retardation. J Pregnancy.

2011;2011:521826.

Velez DR, Fortunato SJ, Williams SM, Menon R. Interleukin-6 (IL-6) and

receptor (IL6-R) gene haplotypes associate with amniotic fluid protein

concentrations in preterm birth. Hum Mol Genet. 2008;17(11):1619-1630.

Vucetic Z, Kimmel J, Totoki K, Hollenbeck E, Reyes TM. Maternal high-fat diet

alters methylation and gene expression of dopamine and opioid-related

genes. Endocrinology. 2010; 151(10):4756-4764.

Wang L, Aakre JA, Jiang R, et al. Methylation markers for small cell lung cancer

in peripheral blood leukocyte DNA. J Thorac Oncol. 2010;5(6):778-785.

Waterland RA, Jirtle RL. Early nutrition, epigenetic changes attransposons and

imprinted genes, and enhanced susceptibility to adult chronic diseases.

Nutrition. 2004;20(1):63-68.

Waterland RA, Michels KB. Epigenetic epidemiology of the developmental

origins hypothesis. Annu Rev Nutr. 2007;27: 363-388.

Williams SM, Velez DR, Menon R. Geographic ancestry and markers of preterm

birth. Expert Rev Mol Diagn. 2010;10(1): 27-32.

Wingard DL, Turiel J. Long-term effects of exposure to diethylstilbestrol.West J

Med. 1988;149(5):551-554.

Woodall SM, Breier BH, Johnston BM, Gluckman PD. A model of intrauterine

growth retardation caused by chronic maternal undernutrition in the rat:

effects on the somatotrophic axis and postnatal growth. J Endocrinol.

1996;150(2):231-242.

Wossidlo M, Nakamura T, Lepikhov K, et al. 5-hydroxymethylcytosine in the

mammalian zygote is linked with epigenetic reprogramming. Nat

Commun. 2011;2:241.

Wu Z, Aryee MJ. Subset quantile normalization using negative control features. J

Comput Biol. 2010;17(10):1385-1395.

Yang HH, Hu N, Wang C, et al. Influence of genetic background and tissue types

on global DNA methylation patterns. PLoS One. 2010;5(2):e9355.

Yuan W, Basso O, Sorensen HT, Olsen J. Indicators of fetal growth and infectious

disease in childhood–a birth cohort with hospitalization as outcome. Eur J

Epidemiol. 2001;17(9): 829-834.

Zhang D, Cheng L, Badner JA, et al. Genetic control of individual differences in

gene-specific methylation in human brain. Am J HumGenet

2010;86(3):411-419.