LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGIISOLASI DNA KASAR

Disusun Oleh:Nama: NIM: Kelompok: Kamis, 09.15Asisten: M. Arif

Program Studi AgroekoteknologiFakultas PertanianUNIVERSITAS BRAWIJAYAMalang2012

BAB IPENDAHULUAN

0. Latar BelakangDNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. SedangkanDNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontamoinasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder seperti tannin, pigmen, alkaloid, dan flavonoid. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat, dan pada beberapa tanaman kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat. Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim, misalnya DNA tidak sensitive oleh enzim retriksi dan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan PCR.

0. Tujuana. Mengetahui definisi isolasi DNAb. Mengetahui metode dan tahapan dalan isolasi DNAc. Mengetahui manfaat isolasi DNA

0. ManfaatMahasiswa dapat mengetahui dan melakukan proses-proses yang berkaitan langsung untuk melakukan isolasi DNA.

BAB IITINJAUAN PUSTAKA

2.1 Definisi Isolasi DNAa. Isolasi DNA adalah proses mengidentifikasi DNA dari suatu makhluk hidup dengan suatu proses ekstraksi DNA di dalam sel. (Hatta, 2002)b. Isolation of DNA is the first stage of a variety of DNA analysis technology. DNA can be found in both the nucleus and the chromosomes are the organelles mitochondria and chloroplasts (Isolasi DNA merupakan tahap pertama dari berbagai teknologi analisis DNA. DNA dapat ditemukan baik pada kromosom inti maupun pada organel yaitu pada mitokondria dan kloroplas). (Anonymous A, 2012)

2.2 Macam Metode Isolasi DNA Kitchen PreparationMetode isolasi ini memanfaatkan bahan-bahan yang biasanya digunakan ibu rumah tangga yaitu sabun cuci (cair, bubuk atau krim) untuk menggantikan bahan utama yang berfungsi untuk melisis sel, ekstrak buah nanas sebagai sumber enzim protease serta garam dapur. Metode CTAB Metode SDS(Maftuchah, 2001)

2.3 Perbedaan Isolasi DNA Kasar dengan Isolasi DNA Buffer EkstraksiIsolasi DNA kasarIsolasi DNA dengan Buffer Ekstraksi

Memecahkan dinding sel dan membran sel lapisan pembungkusan DNA dengan menggunakan detergen dan garam dapurMemecahkan dinding sel dan membran sel dengan detergen modifikasi CTAB dan mercaptoetanol

Tidak ada pemanasan pada proses iniProses pemanasan pertama pertama bertujuan untuk melarutkan CTAB dan mercaptoetanol

Tidak ada pengendapan komponen polisakaridaKloroform dan isoamilalkohol (CIAA) berfungsi untuk mengekstrak dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer ekstraksi yang mengkontaminasi larutan DNA

Tidak ada penambahan buffer TEBuffer TE berfungsi untuk melarutkan DNA yang dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak

Diambil larutan supernatan yang bercampur dengan kontaminan lainnyaSupernatant yang diambil kontaminannya sangat sedikit

Ekstraksi DNA dengan kitchen preparation akan menghasilkan DNA kasar yang menggumpal dan belum murni (masih banyak zat lain yang terkandung)Ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differentsial of solubility)

(Yuwono, 2006)

2.4 Manfaat Isolasi DNA Visualisasi DNA dgan elektroforosis gel. Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka genomik. Isolasi DNA yang dipelukan sebagai cetakan dalam prosedur perbanyakan DNA secara in vitro melalui teknik PCR. Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara enzimatik melalui teknik hibridisasi southern.(Heri, 2012)

BAB IIIMETODOLOGI

3.1 Alat dan Bahan AlatMortar: Untuk melembutkan bahan praktikumPastle: Untuk melembutkan bahan praktikumErlenmenyer: Wadah aquadesCawan: Sebagai wadah garam dan detergen.Saringan: Untuk menyaring bahan yang di ekstraksi Spatula: Untuk mengaduk dan mengambil bahan praktikumGunting: Untuk memotong bahan agar lebih kecil Timbangan: Untuk menimbang bahan praktikumTabung Reaksi: Untuk meletakkan bahan yang sudah dihaluskan dan untuk mereaksikan bahanGelas ukur: Untuk wadah pasta daun BahanDaun belimbing: Sebagai bahan praktikun yang akan diamati DNA nya.Aquades: Untuk melarutkan detergen dan garamGaram (2,5 gr): Untuk mengendapkan kotoran akibat rusaknya dinding sel.Detergen (@2,5 gr): Bu cream, bubuk, cair untuk merusak dinding sel dan meluruhkan DNA

3.2 Langkah KerjaDaun Belimbing

Ambil dari tangkai

Tambahkan 2,5 gr detergen

Diamkan 10Diaduk

Belimbing halusTambahkan aquades 50 ml

Tambahkan 2,5 gr garamLembutkanlahAmbil @5 gr / perlakuan

Rinso Cair

Rinso Bubuk

Bu Krim

Saring hasilnya

Ambil 5 ml

TambahkanEtanol dingin 0,6 ml

Amati benang benag putih yang timbul setelah 10

3.3 Analisa PerlakuanYang perlu dipersiapkan pertama adalah alat dan bahan, yang kedua adalah ambilah daun belimbing sebagai bahan pengamatan mengenai isolasi DNA, setelah itu ambilah daunnya tanpai tangkainya seberat 5 gram, potong kecil-kecil dan geruslah dengan mortar dan pastle yang telah di siapkan sebelumnya, sehingga didapatkan pasta daun belimbing.Pasta daun dimasukkan kedalam gelas ukur tambahkanlah aquades sebanyak 50 ml, dan garam seberat 2,5 gram. Setiap langkah diatas dilakukan sebanyak kali sehingga pembuatan pasta terdapat 3 tabung reaksi. Pada botol pertama tambahkanlah detergen bubuk dengan berat 2,5 gram, botol kedua di tambahkan deteegen Bu Krim, serta botol ketiga ditambahkan dengan detergen cair sebanyak 2,5 gram. Diaduk sampai rata dan homogen lalu didiamkan selama 10 dan disaring dari hasil tadi dan di masukkan ke dalan tabung reaksi sebanyak 5 ml dan ditambahi dengan etanol dingin 0,6 ml dan diamati hasilnya.

BAB IVHASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

4.2 Pembahasan

BAB VPENUTUP

5.1 Kesimpulan

5.2 Saran

DAFTAR PUSTAKA

Anonymous A, 2012. http://miss-purplepharmacy.blogspot.com/ 2010/01/isolasi-dna.html. Diakses pada tanggal 30 November 2012

Hatta, M. 2002. Teknik Isolasi dan Pengukuran DNA. Seminar Teknik Isolasi DNA, Universitas Hasanuddin : Makassar

Heri, 2011. Manfaat Isolasi DNA. http://catatankuliah-heri.blogspot.com/2011/04/isolasi-dna.html. Diakses pada tanggal 30 November 2012.

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak Nanas (Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Program Sarjana Biologi UM : Malang.

Maftuchah. 2001. Strategi Pemanfaatan Penanda Molekuler dalam Perkembangan Bidang Hortikultura. Makalah Pemanfaatan Penanda Molekuler di Bidang Hortikultura. Plant reportesis 15 : 8- 15

1