Latar Belakang Isolasi DNA

7/24/2019 Latar Belakang Isolasi DNA

1/23

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Judul

Teknik Dasar Biologi Molekuler : Isolasi DNA

1.2 Latar Belakang

DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) adalah maser molekul yang mengkode

semua in!ormasi yang dibuuhkan unuk "roses meabolisme dalam seia"

organisme# DNA meru"akan suau maeri geneik yang erbenuk dari dua kelom"ok

basa yang berbeda yang mengandung nirogen$ yaiu "urin dan "irimidin# Dua "urin

yang "aling banyak erda"a "ada DNA adalah adenin dan guanin$ dan "irimidin

umumnya adalah siosin dan imin# %urin dan "irimidin berisi bebera"a ikaan gandayang berhubungan# Molekul yang berisi ikaan ersebu mem"unyai "oensi unuk

hadir dalam se&umlah srukur kimia yang berbeda$ karena aom hidrogennya

mem"unyai kebebasan erenu# ('oodenough# **)#

Isolasi DNA yang digunakan bukanlah DNA genom melainkan DNA

"lasmid$ karena %lasmid memiliki suau kekhususan yaiu mudah disisi"i oleh gen

lainnya dan mam"u bere"likasi bebera"a kali dalam sau kali masa re"likasi$

menyebabkan &umlahnya da"a berambah dengan sanga ce"a (+,c,e"ano-ski$

.//*)# Dari si!a khas iu$ "lasmid sering diman!aakan unuk men&adi 0ecor suau

gen aau unuk menghasilkan eks"resi gen yang besar$ se"eri "ada "roduksi insulin#

%en&elasan ersebu cuku" mendukung "emilihan DNA "lasmid dalam "ercobaan

dibandingkan DNA genom# Dalam mem"ela&ari DNA enu sa&a idak erle"as dari

adanya suau gen# %ada gen erda"a uruan basa nukleoida yang membenuk ranai

ganda yaiu DNA iu sendiri# (1eece$ ./.)#

Ada dua meode "ada "rakikum Isolasi DNa$ yaiu:

1. boiling: di"anaskan dalam air "anas yang mendidih2. 2ATD: secara kimia-i

3lekro!oresis dilakukan unuk memisahkan$ mengideni!ikasi$ dan "uri!ikasi

dari molekul DNA# 3lekro!oresis meru"akan cara "engamaan DNA dengan

banuan sinar ulra0iole# 2ara "emisahan dengan elekro!oresis inimeru"akan ala

"endukung yang sanga !undamenal dalam eknologi DNA rekombinan#


2/23

3lekro!oresis digunakan unuk "engamaan DNA dalam "enam"akan

!louresensinya#

1.3 Tujuan Praktikum

# 4nuk memisahkan DNA dari molekul asam nuklea.# Memahami "rinsi" ker&a dan kegunaan ehnik elekro!oresis5# Memahami cara memisahkan asam6asam nuklea dan molekul "roein

dengan menggunakan "eralaan elekro!oresis

BAB II


3/23

KAJIAN TE!I

2.1 I"#la"i DNA

DNA (asam deoksiribonuklea) adalah "olimer asam nuklea yang ersusun

secara sisemais dan yang memba-a in!ormasi geneik dari sel khususnya dan dari

mahluk dalam keseluruhannya dari sau generasi ke generasi berikunya# In!ormasi

geneik ersebu disusun dalam benuk kodon yang beru"a iga "asang basa

nukleoida dan menenukan benuk$ srukur$ mau"un !isiologi suau &asad

(Tri-ibo-o .//7: 7)# DNA memiliki dua !ungsi yang sanga "ening$ yaiu sebagai

auokaalis dan heerokaalis# DNA ber!ungsi sebagai auokaalis karena DNA

mam"u mensinesis dirinya sendiri +edangkan sebagai heerokaalis karena DNA

mam"u mensinesis molekul kimia-i lainnya se"eri 1NA$ "roein dan lain6lain

(8ol!e 7: 9.)#

DNA erdiri dari iga macam molekul$ yaiu gula "enosa$ gugus !os!a dan

basa nirogen# 'ula "enosa memiliki 7 aom 2 dan "ada DNA$ aom 2 nomor .

berikaan dengan aom # 'ugus !os!a "ada DNA berikaan dengan aom 2 nomor 7

melalui ikaan !os!oeser# 'ugus !os!a ersebu yang menyebabkan asam nuklea

bermuaan negai!# Basa nirogen yang menyusun asam nuklea ada dua macam$

yaiu basa "urin yang erdiri dari adenin dan guanin dan basa "irimidin yang erdiri

dari imin dan siosin# Basa "urin aau "irimidin adalah basa nirogen yang erika

"ada aom 2 nomor suau molekul gula melalui ikaan N6glukosidik# Ikaan

ersebu menghasilkan molekul yang disebu nukleosida# Nukleosida akan

bergabung dengan !os!a dan membenuk molekul yang disebu nukleoida

(Tri-ibo-o .//7:.;< +uryo .//7 : 766;.)# Nukleoida adalah +au kom"onen

"embangun (building block) DNA erdiri aas sau gula "enosa$ sau gugus !os!a

dan sau "asang basa (=e-is .//5: 9;669*)#

DNA erda"a dalam sel "rokario mau"un eukario# =okasi yang "aling

banyak mengandung DNA erda"a "ada bagian aki!ias geneik uama sel# +el

"rokario$ aki!ias geneiknya er&adi di seluruh sel sehingga DNA idak mem"unyai

em"a yang s"esi!ik dalam sel# +ebaliknya$ karena aki!ias "ada sel eukario er&adi

di dalam ini$ maka sebagian besar DNA erda"a dalam ini sel# DNA "ada sel

"rokario berbenuk lingkaran dan hanya ada sau uni# >leh karena iu$ "rokariobersi!a mono"loid karena hanya ada sau bahan geneik uama# DNA "ada sel


4/23

"rokario &uga idak dikemas dalam srukur yang &elas karena sel "rokario idak

memiliki ini sel (Tri-ibo-o .//7: 9;)# DNA "ada sel eukario berbenuk linear dan

memiliki "roein hison# 4kuran DNA eukario &uga lebih besar dibandingkan DNA

"rokario dan DNA eukario lebih ber0ariasi (1a0en ? @ohnson .//.: )#

+el "rokario memiliki "ula bahan geneik ambahan yang disebu DNA

"lasmid# Dalam keadaan normal$ kehadiran "lasmid "ada umumnya idak

di"erlukan oleh sel# @ika sel "rokario memba-a "lasmid$ maka genom sel ersebu

meli"ui sau kesauan gen yang ada "ada bahan geneik uamanya dan gen yang ada

"ada "lasmid ersebu# (Tri-ibo-o .//7: 9;)#

+el eukario memiliki DNA di dalam kromosom$ yaiu di ini sel dan ada

Bebera"a sel eukario memiliki DNA di luar kromosom$ yaiu DNA "ada

miokondria dan kloro"las# DNA nukleus berbenuk linear dan berasosiasi sanga

era dengan "roein hison$ sedangkan DNA miokondria dan kloro"las berbenuk

sirkular$ re"likasinya berlangsung secara inde"enden dan idak berganung "ada

re"likasi kromosom$ sera idak berasosiasi dengan "roein hison# >rganisasi gen

miokondria lebih miri" organisasi gen "ada bakeri# +elain iu$ DNA miokondria

dan kloro"las memiliki ciri khas$ yaiu hanya me-ariskan si!a6si!a yang berasal

dari garis ibu# al ini sanga berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki "ola

"e-arisan si!a dari kedua orangua (lug ? 2ummings : 57C5;)#

DNA dari sel "rokario mau"un eukario da"a di"eroleh dengan cara

mengisolasi DNA yang erda"a di dalam sel# Isolasi DNA adalah eknik yang

dilakukan unuk memisahkan DNA dari ,a yang lain di dalam sel# ungsi dari

"engisolasian DNA adalah menda"akan DNA murni dari dalam sel yang akandigunakan unuk "enganalisisan genoi" suau organisme (Tri-ibo-o .//7 5.)#

%ada sel eukarioik ermasuk anaman dan he-an bagian erbesar dari DNA

berada "ada nukleus yaiu organel yang di"isahkan dari sio"lasma dengan

membran# Nukleus erdiri dari / E keseluruhan DNA seluler# +isa DNA adalah

organel lain se"eri miokondria dan kloro"las# arena DNA erda"a "ada nukleus$

maka "erlu adanya meode "elisisan sel sam"ai "emanenan sel# Dimana meode

ersebu meru"akan bagian dari meode isolasi DNA (3lrod$ .//9)#


5/23

Terda"a organel6organel bermembran ganda di dalam sio"lasma$ ermasuk

miokondria baik "ada umbuhan mau"un he-an# >leh karena iu "erlu dilakukan

isolasi DNA "ada anaman dan he-an unuk mengeahui dan mem"ela&ari DNA dari

anaman dan he-an ersebu# +el eukarioik memiliki DNA lebih banyak$ lengka"

dengan kom"onen6kom"onen lain# DNA anaman dan he-an ersim"an dalam

nucleusyang erbungkus oleh membran# Isolasi DNA meru"akan langkah yang e"a

unuk mem"ela&ari DNA# %rinsi"nya ada dua$ yaiu senri!ugasi dan "resi"iasi#

+enri!ugasi meru"akan eknik unuk memisahkan cam"uran berdasarkan bera

molekul kom"onennya# Molekul yang mem"unyai bera molekul besar akan berada

di bagian ba-ah abung dan molekul ringan akan berada "ada bagian aas abung#

asil senri!ugasi akan menun&ukkan dua macam !raksi yang er"isah$ yaiu

su"ernaan "ada bagian aas dan "ele "ada bagian ba-ah# %resi"iasi meru"akan

langkah yang dilakukan unuk mengenda"kan suau kom"onen dari cam"uran

(Alber$ )#

Ada"un macam F macam meode yang digunakan dalam "roses isolasi

DNA :

# Teknik 1andom Am"li!ied %olymor"hic DNA (1A%D)

Teknik "engu&ian "olimor!isme DNA berdasarkan "ada am"li!ikasi dari

segmen6segmen DNA acak yang menggunakan "rimer unggal yang sekuen

nukleoidanya dienukan secara acak# %rimer unggal ini biasanya berukuran

/ basa# %21 dilakukan "ada suhu anealing yang rendah yang

memungkinkan "rimer menem"el "ada bebera"a lokus "ada DNA# Auran

sederhana unuk "rimer adalah erdiri aas *6.* susunan basa dengan

"ersenase 'G2 7/6;/E (+ubandiyah$.//;)#

.# Meode 2TAB

Menghasilkan "ia DNA yang berukuran ebal dan da"a memisahkan

DNA dari "olisakarida karena adanya "erbedaan karakerisik kelaruan

(di!!erensial o! solubiliy)# Disam"ing de"eroleh !ragmen DNA$ dengan

meode 2TAB &uga akan di"eroleh 1NA dengan "ia i"is yang erleak &auh


6/23

berada di ba-ah "ia DNA# eberadaan "ia 1NA erganung bahan yang

dieksraksi (%raseyo$ .//*)#

# %henol:chloro!orm

Mengunakan senya-a %henol6choloro!orm6isoamyl alcohol$ Meode

sandard unuk eksraksi DNA$ Akhir6akhir ini diinggalkan$ karena si!a

oksik "henol#

.# +aling >u

Menggunakan garam konsenrasi inggi (Na2l ; M)$ unuk

medenaurisasi "roein menggunakan %roeinase unuk denaurasi "roein

5# 'uanidine isohiocyanae

Meode ini lebih ce"a dibanding dua meode sebelumnya$ Thiocyanae

bersi!a oksik$ unuk lisis dinding sel$ Memerlukan chloro!orm unuk

denaurasi "roein#

# +ilica 'el

+ilica gel da"a mengika DNA dengan "eranaraan garamHbu!!er erenu

(NaI)$ 2e"a$ ea"i reco0ery DNA kurang (Barnum .//7)#

7# %21 (%olymerase 2hain 1eacion)

Meru"akan suau eknik "erbanyakan (am"li!ikasi) "oongan DNA secara

in 0iro "ada daerah s"esi!ik yang dibaasi oleh dua buah "rimeroligonukleoida# %rimer yang digunakan sebagai "embaas daerah yang

di"erbanyak adalah DNA unai unggal yang uruannya kom"lemen dengan

DNA em"lanya# %roses ersebu miri" dengan "roses re"likasi DNA secara

in 0i0o yang bersi!a semi konser0ai! ('iri$ .//)#


7/23

Taha"an "roses Isolasi DNA :

# Taha" Isolasi &aringan

Taha" "erama ini yang dilakukan adalah mengisolasi &aringan

yang ingin digunakan#

.# Taha" %elisisan dinding dan membran sel

aiu melisiskan dinding dan membran sel dengan cara

"enggerusan (homogenasi)$ senri!ugasi dengan kece"aan lebih dari

/#/// r"m aau dengan menggunakan laruan "elisis sel aau bu!!er

eksraksi# Ini sel harus dilisiskan$ karena subsansi gen yang diinginkan

ada didalamnya# %enambahan laruan "elisis sel ini beru&uan unuk

melisiskan sel yang idak mengandung DNA agar sel yang mengandung

ini sel da"a diisolasi aau di"isahkan dari kom"onen6kom"onen sel

lainnya yang idak ber!ungsi#

5# Taha" %engeksraksian dalam laruan

+elan&unya su"ernaan yang erbenuk dibuang dan kemudian

dilakukan eksraksi di dalam laruan# al ersebu beru&uan agar dida"a

eksrak#

# Taha" %uri!ikasi

Taha" ini beru&uan unuk membersihkan hasil eksrak dari ,a6,a

lainnya# %ada laruan ersebu kemudian diberikan 1NAse dan diinkubasi

selama / meni "ada suhu ;7J2# al ersebu beru&uan unuk

mengo"imalkan ker&a en,im yang sanga di"engaruhi oleh em"eraur#

%enambahan 1NAse berguna unuk menyingkirkan konaminasi 1NAsehingga DNA da"a diisolasi secara uuh#

7# %resi"iasi

Taha" erakhir$ yaiu "resi"iasi beru&uan unuk mengenda"kan

"roein hison$ sehingga unai6unai DNA idak lagi menggulung (coiling)

dan berikaan dengan "roein hison$ yang menyebabkan DNA men&adi

erliha# Taha" "resi"iasi dilakukan dengan cara meneeskan laruan"resi"iasi "roein dan kemudian di0orex yang beru&uan unuk


8/23

menghomogenkan laruan# =aruan "resi"iasi "roein erdiri aas

amonium asea yang &ika berikaan dengan "roein mengakibakan

erbenuknya senya-a baru dengan kelaruan lebih rendah$ sehingga

menyebabkan "roein mengenda"# =aruan ersebu kemudian

disenri!ugasi kembali selama 7 meni dengan kece"aan 5#/// r"m#

%rinsi" uama senri!ugasi adalah memisahkan subsansi berdasarkan

bera &enis molekul dengan cara memberikan gaya senri!ugal sehingga

subsansi yang lebih bera akan berada di dasar$ sedangkan subsansi yang

lebih ringan akan erleak di aas ( au,iah$ .//)

'ambar # Taha"an %roses Isolasi DNA

2.2 Elektr#$#re"i"

asil isolasi DNA yang dida"a idak da"a dikeahui secara langsung

menggunakan maa elan&ang$ sehingga di"erlukan adanya analisis erhada" "roduk

%21 ersebu menggunakan suau meode$ yakni meode elekro!oresis#

3lekro!oresis meru"akan meode sandar unuk analisis$ ideni!ikasi$ dan "uri!ikasi

!ragmen DNA dalam berbagai %21# 3lekro!oresis adalah eknik "emisahan

kom"onen aau molekul bermuaan berdasarkan "erbedaan ingka migrasinya dalam

sebuah medan lisrik#

3lekro!oresis "ada dasarnya beker&a berdasarkan migrasi aau "er"indahan

"arikel6"arikel bermuaan dalam lingkungan yang memiliki medan lisrik dan

kemudian er"isahkan oleh gel elekro!oresis em"anya ber"indah# +eluruh molekul

aau !ragmen DNA bermuaan negai!$ sehingga !ragmen DNA akan bergerak

menu&u kuub "osii! (anoda) dengan "er"indahan yang sama dalam medan lisrik#

ragmen DNA kemudian er"isahkan berdasarkan kemam"uan "ergerakannya dalammariks gel# Molekul DNA berukuran besar akan mengalami kesulian unuk


9/23

mele-ai "ori6"ori gel agarosa$ sedangkan molekul DNA berukuran kecil akan lebih

mudah mele-ai "ori6"ori gel ersebu# >leh sebab iu maka mobilias molekul DNA

dalam gel agarosa "ada konsenrasi gel yang sama akan berbeda berganung "ada

ukuran molekul aau !ragmen DNA sam"el#

Meode elekro!oresis yang banyak digunakan unuk menganalisis molekul

DNA adalah elekro!oresis horisonal menggunakan gel agarosa# onsenrasi gel

agarosa yang digunakan unuk elekro!oresis harus disesuaikan dengan "an&ang

am"licon yang dihara"kan# %engauran ka"ilarias gel elekro!oresis akan

meningkakan resolusi analisis hasil %21 secara signi!ikan$ dan hal ini menyebabkan

er&adinya "emisahan molekul DNA berdasar ukuran molekul secara sem"urna# asil

elekro!oresis DNA da"a dianalisis seelah melalui "e-arnaan menggunakan"e-arna DNA$ "e-arna DNA yang "aling banyak digunakan adalah ehidium

bromida# ragmen DNA yang elah di-arnai ersebu keika diamai diba-ah sinar

ulra0iole akan erliha sebagai "ia6"ia dalam gel elekro!oresis ber-arna oranye6

merah yang ber"endar#

Ala dan bahan besera !ungsi yang digunakan dalam aha"an elekro!oresis

adalah :

# Bu!!er elekro!oresis yang erdiri dari TA3$ memiliki daya ion dalam

laruan sebagai "engahanar lisrik.# =oading dye$ ber!ungsi unuk "embera agar idak keluar dari sumuran5# 3adium bromida$ sebagai "e-arna DNA yang akan menyisi" didalam gel

agarosa# 4K ransiluminaor$ unuk 0isualisasi "e-arna DNA dalam gel agarosa#7# ALuades$ sebagai "elaru#;# Baki agarosa$ sebagai ceakan gel agarosa9# TA3 (Trisbase)$ sebagai bu!!er sesuai "#*# Asam asea 'lasial$ sebagai elekroli garam## 3DTA (3ylen Diamine Tera Aseic Acid) sebagai "e6non aki! DNA#/# +isir elekro!oresis$ unuk membua sumuran "ada gel agarosa## Tangki elekro!oresis$ unuk angki DNA#.# Mikro"i"e$ unuk mengambil dan menghomogenkan sam"el DNA

dengan =oading dye#


10/23

'ambar #5 Ala 3lekro!oresis 'el Agarosa

(+enrabd$ ./.)

%embuaan 'el Agarose# /$ gram bubuk agarose dilarukan "ada 7/ ml Bu!!er TA3$

dengan cara di"anaskan$ diamkan "ada suhu 7/J2#.# 2eakan gel agarose di"asang "ada angki elekro!oresis#5# =aruan agarose diuangkan "ada angki elekro!oresis dan

didinginkan hingga mengeras## +eelah gel mengeras$ ceakan gel agarose da"a diambil$ dan gel

agarose sia" digunakan# 3lekro!oresis

# 'el agarose direndam dengan Bu!!er TA3#.# l loading dye dicam"ur dengan 5l "roduk DNA "ada "ara!ilm

yang elah ersedia dengan banuan mikro"i"e#5# 2am"uran ersebu dimasukan kedalam sumur "ada gel agarose## Tangki elekro!oresis kemudian diuu" dan dihubungkan ke

"o-er su""ly# Dokumenasi

# 'el agarose hasil elekro!oresis direndam dalam laruan 3Br

selama 7Meni#

.# Dilan&ukan dengan direndam dalam akuades selama 7 meni#5# emuadian gel agarose di0isualisasi dengan menggunakan 4K

ransiluminaor$ dan didokumenasikan


11/23

'ambar # asil Kisualisasi 'el Agarose menggunakan 4K Transiluminaor

(Biomed$ ./)

BAB III

%ETDE PENELITIAN

3.1 Jeni" Praktikum

%rakikum biologi molekuler mengenai isolasi DNA ini menggunakan meode

boiling$ dimana meode boiling ini menggunakan "emanasan aau em"eraure yang

digunakannya#

3.2 &aktu dan Tem'at


12/23

ari$ anggal : +elasa6amis$ 6 ebruari ./;

8aku : 5#//6;#// 8IB

Tem"a: =aboraorium 1ise %MI%A B 4%I

3.3 Alat dan Ba(an

Tabel 3.3.1. Alat

N#

.

Nama Alat Jumla(

# Tabung Mikro 7 buah.# 8aerbah buah5# +enri!uge buah# Korex buah7# ree,er buah;# Mikro"i"e buah9# @arum >se buah*# Ti"s +e"erlunya Tabung u0e . buah

/# +"ekro!oomeri buah# Micro-a0e buah.# Tray buah5# +haker buah

# Kisualisasi +inar 4K buah7# +arung Tangan non "o-der +e"erlunya

Tabel 3.3.2. Bahan

N#

.

Nama Ba(an Jumla(

# =aruan %B+ ml.# T3 x ;// l5# ALuabides +ecuku"nya# oloni Bakeri loo"7# Agarosa +ecuku"nya;# 3Br /$/. E +ecuku"nya9# Alkohol +ecuku"nya*# dd.> +ecuku"nya# eras %ara!ilm +ecuku"nya

/# =oading Dye +ecuku"nya# ALuades +ecuku"nya


13/23

3.) *ara Kerja

Diagram alur 3.4.1 Isolasi DNA


14/23

Bakeri dikulurdalam media "ada=A selama sekiar

; &am

loo" bakeridari medium agar

dimasukkan kedalam abung

mikro

Tabung mikroyang sudah berisiml %B+ dan

loo" bakeridihomogenkan

+us"ensidisenri!ugasi

selama 5 menidengan kece"aan

7/// r"m

+u"ernaan yangerbenukkemudiandibuang

%ellediambahkanbu!!er T3 x

sebanyak // Nldan di0orex

Tabung mikrodi"anaskan di

aas air mendidih(/6//o2)

selama / meni

Disenri!ugasi

selama 5 menidengan kece"aan7/// r"m

=ysa yang

erbenuk diambilsebanyak //Nl

Di"indahkan kedalam abung $7

ml yang baru

Diambahkanbu!!er T3 x

dingin sebanyak7//Nl

Disim"an dalam

!ree,er dengan suhu

6./>2

Tabung ku0ediserilkan dengan

alkohol6aLuabides6alkohol

Bagian sam"ing abungku0e dibersihkan

menggunakan keraskhusus "embersih ku0e

+am"el dimasukkan kedalam abung ku0e

Absorbansi sam"eldienukan dengan

s"ekrogoomeer "ada.;/6.*/ nm

Tabung ku0e yangelah erisi sam"el

dimasukkan ke dalams"ekro!oomeri

Dari hasil yangdida"akan dihiung

konsenrasi DNA dankemurniaanya

Diagram alur 3.4.2 Spektrofotometer

Diagram alur E.4.3 Elektroforesis


15/23

%ada aha" "ersia"andibuuhkan -aku

selama 76 97 meni

Agarosa danTA3HTB3

dicam"urkan

:omogenkan dimicro-a0e selama

($7 meni laludiunggu hingga

dingin

+eelah dinginmasukkan ke Tray

lalu diunggu selama7 meni hingga

erbenuk agarosa

%ada aha" runningdibuuhkan -aku

5/6;/ meni

=oading dyedieeskan "adakeras "ara!ilm

sebanyak &umlah (7ees

Diambahkandengan sam"el dariseia" kelom"oknyalalu dihomogekan

dengan cara "i"eing

+eelah homogendimasukkan ke

dalam agar yangelah dibua

"roses runningber&alan selama 5.meni "ada */6(//

0ol

%ada aha""e-arnaanH0isualisasi

dibuuhkan -aku(/65/ meni

Agar direndam "ada3Br /$/. E selama

7 meni dan disim"an diaas shaker

1endam "adaaLuades selama (/6

(7 meni

Kisualisasi sinar 4K

BAB I+


16/23

HA,IL DAN PE%BAHA,AN

Dalam "rakikum kali ini kami melakukan Isolasi DNA genom dari isola M$

dan isola ># Teknik ini meru"akan eknik manual$ arinya bah-a eknik yang

digunakan hanya sebaas unuk mengeahui keberadaan DNA murni$ dan

kuaniasnya sa&a# Tidak sam"ai "ada "roses am"li!ikasi se"eri eknik %21 sehingga

dida"akan hasil eksrasi DNA# DNA isolasi dari kedua isola ini kemudian di analisa

secara kuaniai! erlebih dahulu dengan menggunakan s"ekro!oomeer yang

hasilnya meru"akan angka6angka ( quantity )# Meoda s"ekro!oomeri ini

meru"akan meoda dimana hasilnya akan menun&ukan ingka kemurnian dan

konsenrasi DNA# Menga"a s"ekro!oomeri da"a menun&ukan ingka kemurnian

dan konsenrasi dari suau DNAO arena basa nirogen dari DNA da"a menyera"

sinar 4K$ semakin inggi konsenrasi DNA dalam laruan$ maka sinar 4K akan

semakin ersera"# Biasanya "engukuran konsenrasi ini didasarkan "ada "engukuran

absorbansi# %embacaan absorbansi dilakukan "ada A.;/ dimana absorbansi .;/ ini

DNA akan menyera" cahaya yang "aling kua# 1umus konsenrasi DNA:

P DNA Q R A.;/ x akor %engenceran x 7/

A.;/ meru"akan absorbansi "an&ang gelombang DNA "ada .;/ m$

sedangkan !akor "engenceran disesuaikan dengan "engenceran yang kami lakukan$

karenasample yang kami ambil sebanyak nl$ diambah dengan ml aquabidest

maka "engencerannya adalah 7// kali$ dan menuruDr. Ir. Maftuchah, M.P., Dr. Ir.

Aris Winaya dalam bukuAnalisis !eknik Dasar "iologi Molekuler

#$ merupakan konstanta dari hubungan %.$ & #$ g untai

ganda D'A murni.(

+edangkan unuk rasio kemurnian DNA$ dida"akan dengan membandingkan

Absorbansi .;/ dengan Absorbansi .*/# +e"eri yang elah di"a"arkan sebelumnya$

"ada absorbansi .;/ ini DNA akan menyera" cahaya yang "aling kua$ sedangkan

"ada absorbansi .*/$ biasanya digunakan unuk mengukur adanya konaminan lain#

Maka dari iulah$ "erbandingan rasio Absorbansi .;/ dengan Absorbansi .*/

digunakan unuk menda"akan hasil DNA murni# Beriku adalah rumus unukmenda"akan ingka kemurnian DNA:


17/23

Purity=A260

A280

Beriku adalah hasil "engukuran konsenrasi dan kemurnian DNA dengan

s"ekro!oomeri mengguakan sinar 4K dari ; kelom"ok:

Ta-el 1. Ha"il Pengamatan ,'ektr#$#t#metri

Kel#m'#k I"#lat A2/ A20/ DNA

mgml

urit!

A2/A20/

"ragmen

DNA

1% /$//. /$//5 7/ /$;9

6 /$//. /$//5 7/ /$;9

2% /$// /$//; ..7 $7

S /$// /$//* .7/ $.7

3% /$/*; /$/97 .7/ $ 6 /$// /$/** .7// $5

)% /$/9 /$//5 .7 $*;

6 /$/*9 /$/9 .97 $/

4% /$/ /$/*/ ..97 $5

6 /$ /$/5 .997 $

% /$/7 /$/*. .597 $;

6 /$ /$/7 .997 $;

Dari abel diaas$ kia da"a mengeahui bah-a hasil konsenrasi DNA

kelom"ok 5 dan 7 memiliki konsenrasi yang "aling inggi dianara kelom"ok lain

yakni .997 mgHml dan .7// mgHml# Namun hasil 0isualisasi gel agarose

menggunakan sinar 4K$ hasil isolasi DNA kelom"ok 5 dan 7 idak menun&ukan

erbenuknya !ragmen DNA$ hal ersebu &ika dikaikan dengan nilai kemurnian yang

dida"akan kelom"ok ersebu kecil yaiu $ dan $5 "ada isola > dan

kemungkinan masih erda"a konainan lain se"eri "roein# +esuai dengan eori

menuru ambrook dan *ussel +$$%) dalam -inasih Prayuni $$$ bah-a:

/asil isolasi D'A genom memiliki tingkat kemurnian yang baik 0ika

angkanya berkisar pada %, 1 ,$. 2ika 3%, maka itu menun0ukan adanya

kontaminasi dari protein. 2ika 4,$ maka itu meun0ukan adanya kontaminasi

*'A.


18/23

Berbeda dengan hasil konsenrasi yang dimiliki oleh kelom"ok dan $

konsenrasinya "aling rendah dibanding dengan em"a kelom"ok lainnya yaiu 7/

mgHml dan .7 mgHml dengan kemurnian masing6masing /$;9 dan $*;# Dan

keberadaan !ragmen DNAnya sama6sama idak erliha &uga sama se"eri kelom"ok

$ 5$ $ 7$ dan ;# Ini bisa er&adi karena adanya !akor human error, kesalahan er&adi

keika sedang mengisolasi DNA$ salah saunya keika "engambilan bakeri aau

isola dari dalam =aminar mengunakan >se. %engambilan isola kurang banyak

sehingga mengakibakan konsenrasi DNA erlalu sediki$ selain iu$ keika seelah di

lakukan +enri!ugasi$ dan melakukan "embuangan su"ernaan$ se"erinya "elenya

iku erbuang keika diambil aau disedo oleh micropipet# Bahkan keika "erama

kali akan melkukan "rakikum$ kurangnya si!a steril yang dimiliki oleh "rakikan$

yang menyebabkan adanya konaminan "ada ala aau bahan yang akan di isolasi#+elain hal ersebu$ aha" homgenisasi yang kece"aannya idak konsan bahkan

erlalu kencang$ yang menyebabkan rusaknya DNA# Maka dari kesalahan6kesalahan

ersebu da"a disim"ulkan bah-a sebagian besar hasil Isolasi DNAnya dinyaakan

idak berhasil#

Terda"a hal yang menarik yang da"a kia ulas dari abel di aas# ia da"a

meliha hasil "engukuran yang dilakukan oleh kelom"ok . dan # Dari hasil

konsenrasi DNAnya$ masing6masing memiliki konsenrasi ..7mgHml dan .7mgHml

dengan kemurnian masing6masing adalah $7 dan $*;# @ika dikaikan dengan eori

eori sebelumnya menuru +ambrook$ dan eori lainnya$ maka kelom"ok memiliki

ingka konsenrasi dan kemurnian yang sanga baik$ maka seharusnya !ragmen DNA

bisa erliha# Ta"i kenyaaannya$ &usru hasil dari kelom"ok . lah yang !ragmen DNA

nya erliha# Menuru kami$ ini er&adi karena adanya !akor human error&uga$ da"a

dibukikan dengan adanya hasil kemurnian "ada kelom"ok dengan ingka

kemurnian yang sama yaiu /$;9 "ada isola M mau"un > nya# Iu dilakukan dengan

kali kalibrasi dengan menggunakan blanko# Ta"i "ada saa kelom"ok selan&unya

melakukan s"ekro$ dilakukan kalibrasi ulang a"i hasil kalibrasi "ada ala idak

menun&ukan angka nol# @adi da"a di"asikan hail s"ekro!oomeri selan&unya

kurang 0alid karena idak dilakukannya kali kalibrasi sa&a#

+elan&unya !ragmen DNA$ dalam abel di aas$ hanya kelom"ok . yang

erliha !argmen6!ragmen DNA nya$ dan kelom"ok lainnya idak erliha# arenamemang sebelumnya hasil isolasi DNAnya idak berhasil# ragmen DNA meru"akan


19/23

hasil 0isualisasi yang berasal dari analisis kualiai! hasil isolasi DNA# asil ini

berasal dari eknik 3lekro!oresis# elekro!oresis ini memiliki !ungsi unuk

mengeahui keberadaan DNA ersebu$ dengan menggunakan gel agarose$ yang hasil

akhirnya gel agarose ersebu di-arnai menggunakan 3Br ( 3dium Bromide )#

3dium bromide adalah suau molekul yang da"a mendeeksi DNA dengan cara

molekul ini disisi"kan dianara basa !ragmen double helix DNA dan diika oleh basa

nirogen dari DNA ersebu$ yang kemudian memanulkan cahaya diba-ah sinar 4K#

@ika dengan sinar lainnya edium bromide akan rusak$ maka dari iu "roses ini

dilakukan di ruang gela"# %enggunaan sinar 4K ini &uga mem"ermudah unuk

meliha !ragmen DNA yang kecil agar da"a didokumenasikan dan !ragmen DNA

yang erbenuk da"a di0isualisasikan# +elain iu$ gel agarose yang kami gunakan

adalah berkisar anara E 6 .E sa&a# arena semakin "eka kosenrasi gel agarose

maka akan semakin mem"ersuli "ergerakan aau la&u dari molekul DNA# Ini sesuai

dengan eori yang disam"aikan olehDa5is, dkk + %667 %# ) bah-a dalam "roses

eleko!oresis erda"a bebera"a !akor yang mem"engaruhi la&u "ergerakan dari

molekul DNA$ salah saunya adalah konsenrasi gel# Da5is, dkk + %667 %# )

mengaakan:

emakin tinggi konsentrasi agarosa, semakin kaku gel yang dibuatsehingga sukar untuk dile8ati molekul9molekul D'A. -onsentrasi agarosa

yang lebih tinggi memudahkan pemisahan D'A yang berukuran kecil,

konsentasi agarosa yang lebih rendah memudahkan pemisahan D'A dengan

ukuran yang lebih besar.

Beriku adalah hasil "engamaan elekro!oresis yang kami lakukan:

5am-ar 1. Ha"il Elektr#$#re"i" menggunakan ,inar6U+


20/23

Transiluminaor (Dokumenasi %ribadi$ ./;)

R onrol$ R ulky

Berdasarkan gambar di aas$ maka da"a disim"ulkan bah-a hanya konrol

dan !ragmen dari DNA kelom"ok . yang da"a erliha# ragmen DNA yang idak

da"a erbenuk dalam gel agarose mungkin er&adi karena adanya kesalahan6

kesalahan yang elah di&elaskan sebelumnya# Aau memang karena konsenrasi

DNAnya erlalu kecil# eika konsenrasi DNA yang dida"akan dari analisis

kuaniai! +"ekro!oomeri erlalu kecil$ erkadang idak akan erbaca oleh hasil

analisis kualiai! berdasarkan 3lekro!oresis# ang kemudian erbuki "ada bebera"a

kelom"ok yang idak erliha !ragmen DNAnya raa6raa mereka memiliki

konsenrasi DNA yang sanga rendah# Maka da"a kami sim"ulkan$ erda"a

hubungan anara keiga "roses "rakikum yang kami lakukan$ keika Isolasi DNA


21/23

idak berhasil$ "asi hasilnya akan mem"engaruhi salah sau analisis nya$ bisa

kuaniai! aau kualiai!# @ika diambil conoh$ keika konsenrasi aau kemurniannya

erlalu rendah$ maka analisis kualiai! idak akan er0isualisasikan# Dikarenakan

3br yang erika oleh basa nirogen menyebabkan "ia "ia idak da"a

er0isualisasikan#

DA7TA! PU,TAKA


22/23

Albers$ B#$ Bray$ @# =# dan 1o!!$ M# # %#le8ular Bi#l#g9 #$ T(e *ell# 'arland

%ubkishing: Ne- ork#

2am"bell$ A# N#$ @# B# 1eece ? =# '# Michell# .//.# "iologi. 3d#ke67 &ilid # er&

dari"iology.7h ed$ oleh =esari$ 1# 3rlangga# @akara: xxi G 5* hlm#

2am"bell$ A# N#$ @# B# 1eece ? =# '# Michell# .//5#"iologi. 3d#ke67 &ilid .# er&

dari"iology.7h ed$ oleh =esari$ 1# 3rlangga# @akara: xxii G / hlm#

2am"bell$ N#$ e al# .//9 Biology : 3igh 3diion# 2ali!ornia : %earson

2heng$ =#$ hang D# # .//*# Molecular 'eneic %ahology# Ne- @ersey : umana

%ress

Da0is$ =#$ M# uehl$ ? @# Baey# #"asic methods Molecular biology# .nd

ed# A""leon ? =ange$ Nor-ola P Diakses : ebruari ./; Q

Dr# Ir# Ma!uchah$ M#%#$ Dr# Ir# Aris 8inaya dalam Analisis Teknik Dasar Biologi

Molekuler# P>nlineQ Tersedia: h"s:HHbooks#google#co#idHbooksO

idRMr!+2UAAUBA@?"gR%A;7?l"gR%A;7?dLRabsorbansiG.;/Gadal

ah?sourceRbl?osRAui&k7?sigRdoA;-ULD1uxe,2g;D=

y>%k?hlRen?saRV?0edR/ah43-&g72hL0=AhV3naDh

IU;A3IMDA2W0Rone"age?LRabsorbansiE./.;/E./adalah?!R!alse

P Diakses : ebruari ./; Q

lug$ 8# +# ? M# 1# 2ummings# # :oncept of genetics. h ed# %renice all$

Ne- @ersey: ix G 995 hlm#

=e-is$ 1# .//5# /uman genetics :oncepts and applications# The Mc'ra-6ills

2om"any$ Inc#$ Boson: x0iii G 7 hlm#

1a0en$ %## ? '#B# @ohnson# .//.#"iology# ;h ed# Mc'ra-6ill

1eece$ @# B#$ e al# ./.# 2am"bell Biology 2once" and 2onnecions : 2once" and

2onnecion# 2ali!ornia : %earson

+ambrook dan 1ussell (.//: A*#./6A*#.) dalam %rayuni inarsih# .//*# IsolasiDNA 'enom %adi (;rynlineQ Tersedia :

h":HHlib#ui#ac#idH!ileO!ileRdigialH..;6BI>#//6/*6IsolasiE./dan6

Analisis#"d!P Diakses : ebruari ./; Q

+ans!ield$ 8# D dan +# =# 3lrod#$ .//9# +chaumXs >ulines Teori dan +oal6+oal

'eneika$ 3disi eem"a# Ter&emahan Damaring Tyas 8# dan A# +a!iri#

%enerbi 3rlangga$ @akara#
https://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=falsehttps://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=falsehttps://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=falsehttps://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=falsehttps://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=falsehttp://lib.ui.ac.id/file?file=digital/124126-BIO.010-08-Isolasi%20dan-Analisis.pdfhttp://lib.ui.ac.id/file?file=digital/124126-BIO.010-08-Isolasi%20dan-Analisis.pdfhttp://lib.ui.ac.id/file?file=digital/124126-BIO.010-08-Isolasi%20dan-Analisis.pdfhttp://lib.ui.ac.id/file?file=digital/124126-BIO.010-08-Isolasi%20dan-Analisis.pdfhttps://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=falsehttps://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=falsehttps://books.google.co.id/books?id=MrfSCQAAQBAJ&pg=PA65&lpg=PA65&dq=absorbansi+260+adalah&source=bl&ots=Au4iYjk115&sig=d4oA6wQ9qDRuYx9eHzCg6DLyOPk&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj9g5ChqvLKAhXEnaYKHYKtDhIQ6AEIMDAC#v=onepage&q=absorbansi%20260%20adalah&f=false


23/23

+ubandiyah$ +# .//;# %olymerase 2hain 1eacion unuk Deeksi aau Ideni!ikasi

%aogen Tumbuhan# Bebera"a Meode 3ksraksi DNA# %elaihan dan

8orksho" Ideni!ikasi DNA dengan A"likasi %21# Malang# hlm# 567

+uryo$ # .//7. =enetika strata %# h# 3d# 'ad&ah mada 4ni0ersiy %ress$

ogyakara: x0i G 5 hlm#

Tri-ibo-o$ # .//7#"iologi Molekular# 3rlangga$ @akara: xiii G .; hlm#

4ni0ersiy o! 4ah# .//7# DNA 3xracion !rom 8hea 'erm.(O): 5 hlm#

8ol!e$ +# =# 5#Molecular and cellular biology. 8ods-orh

Latar Belakang Isolasi DNA

Documents

Transcript of Latar Belakang Isolasi DNA