LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI 1 ISOLASI DNA

Disusun Oleh : KELOMPOK 3 (A) 1. Nurazmi Ayuningtyas 2. Prisa Dwicahmi 3. Heriyanto Andreas 4. Leo Rinaldi 5. Isma Resti Pratiwi 6. Agnes Widyaningsih 7. Syarifi 8. Maria Enjelina (I11111009) (I11111010) (I11111019) (I11111023) (I11111029) (I11111008) (I11111072) (I11111077)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS TANJUNGPURA

2011/2012

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena atas limpahan berkat, rahmat, dan hidayah-Nya lah, laporan modul Biologi Molekuler ini dapat diselesaikan tepat pada waktunya. Pembuatan laporan ini berguna untuk memenuhi tugas terstruktur modul Modul Biologi Molekuler dalam semester Genap pada program studi Pendidikan Kedokteran Universitas Tanjungpura. Pada proses penulisan laporan ini sampai dengan selesainya, penulis banyak mendapatkan bantuan berupa dorongan dari semua pihak, maka pada kesempatan ini tak lupa penulis menyampaikan ucapan terima kasih kepada: 1. dr. Delima Fajar Liana, selaku koordinator penanggung jawab modul. 2. dr. Virhan Novianry, selaku narasumber dalam modul ini. 3. Kak Lala, selaku asisten laboratorium. 4. Orang tua penulis yang selalu memberi semangat dari jauh dan doa. 5. Teman-teman penulis yang telah memberi banyak saran dan dorongan bagi penulis. 6. Semua pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu persatu.

Penulis menyadari sebagai manusia biasa, tentu tak luput dari kesalahan dan kekurangan dalam penulisan laporan ini. Maka dari itu penulis sangat mengharapkan kritik dan saran demi perbaikan penulisan laporan ini. Akhirnya penulis berharap semoga laporan ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua. Amin. Pontianak, Mei 2012

ii

Penulis

DAFTAR ISI

COVER KATA PENGANTAR DAFTAR ISI BAB I PENDAHULUAN LATAR BELAKANG TUJUAN MANFAAT BAB II DASAR TEORI SALIVA DNA BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM ALAT DAN BAHAN CARA KERJA BAB IV HASIL PRAKTIKUM BAB V PEMBAHASAN BAB VI KESIMPULAN DAFTAR PUSTAKA

i ii iii 1 1 1 2 3 3 5 7 7 7 10 11 16 17

iii

iv

BAB I PENDAHULUAN

1.1.

Latar Belakang Sampai awal tahun 70an, DNA merupakan molekul seluler yang paling

sulit dianalisis, karena strukturnya yang panjang dan secara kimiawi monoton. Sebagai materi genetik suatu organisme, nukleotida hanya dapat dianalisis secara tidak langsung melalui analisis urutan protein dan RNA melalui analsis genetik. Kini menjadi hal yang mungkin untuk mengisolasi suatu region spesifik dari suatu genome, yaitu total informasi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme; dan untuk memproduksi jumlah kopi yang tidak terbatas dari region tersebut, atau untuk mendeterminasi urutan nukleotida dari region tersebut hanya dalam semalam, dengan kecepatan pembacaan 1000 nukleotida per detik. DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui saliva.. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk. 2002: 115). Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran. Pada praktikum kali ini, kami akan mencoba untuk mengisolasi DNA pada saliva. 1.2. Tujuan

1

Praktikum ini bertujuan untuk mengisolasi DNA dari saliva dengan menggunakan kit Wizard Genomic DNA Purification. 1.3. Manfaat Memberikan kesempatan kepada Mahasiswa Untan untuk menerapkan pengetahuan mereka dalam isolasi DNA.

2

BAB II DASAR TEORI

2.1.

SALIVA Saliva merupakan salah satu dari cairan di rongga mulut yang diproduksi

dan diekskresikan oleh kelenjar saliva dan dialirkan ke dalam rongga mulut melalui suatu saluran. Saliva terdiri dari 98% air dan selebihnya adalah elektrolit, mukus dan enzim-enzim. Saliva diekskresi hingga 0.5 1.5 liter oleh tiga kelenjar liur mayor dan minor yang berada di sekitar mulut dan tenggorokan untuk memastikan kestabilan di sekitar rongga mulut. KELENJAR SALIVA Kelenjar-kelenjar saliva mayor terletak agak jauh dari rongga mulut dan sekretnya disalurkan melalui duktusnya kedalam rongga mulut. Kelenjar saliva mayor terdiri dari kelenjar parotis yang terletak dibagian bawah telinga dibelakang ramus mandibula, kelenjar submandibularis yang terletak dibagian bawah korpus mandibula dan kelenjar sublingualis yang terletak dibawah lidah. Selain itu terdapat juga kelenjar saliva minor yang terdiri dari kelenjar labial, kelenjar bukal, kelenjar Bladin-Nuhn, kelenjar Von Ebner dan kelenjar Weber. 3,15,19.

KOMPOSISI SALIVA Komponen-komponen saliva, yang dalam keadaan larut disekresi oleh kelenjar saliva, dapat dibedakan atas komponen organik dan anorganik. Namun demikian, kadar tersebut masih terhitung rendah dibandingkan dengan serum karena pada saliva bahan utamanya adalah air yaitu sekitar 99.5%. Komponen anorganik saliva antara lain : Sodium, Kalsium, Kalium, Magnesium, Bikarbonat, Khlorida, Rodanida dan Thiocynate (CNS), Fosfat, Potassium dan Nitrat. Sedangkan komponen organik pada saliva meliputi protein yang berupa enzim amilase, maltase, serum albumin, asam urat, kretinin, musin, vitamin C, beberapa

3

asam amino, lisosim, laktat, dan beberapa hormon seperti testosteron dan kortisol.

FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI SEKRESI SALIVA Kelenjar saliva memproduksi saliva hampir setengah liter setiap hari. Beberapa faktor mempengaruhi sekresi saliva dengan merangsang kelenjar saliva melalui cara-cara berikut:

1. Faktor mekanis yaitu dengan mengunyah makan yang keras atau permenkaret.

2. Faktor kimiawi yaitu melalui rangsangan seperti asam, manis, asin, pahitdan pedas.

3. Faktor neuronal yaitu melalui sistem syaraf autonom baik simpatis maupunparasimpatis.

4. Faktor Psikis yaitu stress yang menghambat sekresi saliva.5. Rangsangan rasa sakit, misalnya oleh radang, gingivitis, dan pemakaian protesa yang dapat menstimulasi sekresi saliva.

FUNGSI FISIOLOGI Saliva mempunyai fungsi yang sangat penting untuk kesehatan rongga mulut karena mempunyai hubungan dengan proses biologis yang terjadi dalam rongga mulut. Secara umumnya saliva berperan dalam proses perlindungan pada permukaan mulut, pengaturan kandungan air, pengeluaran virus-virus dan produk metabolisme organisme sendiri dan mikro-organisme, pencernaan makanan dan pengecapan serta diferensiasi dan pertumbuhan sel-sel kulit, epitel dan saraf.

FUNGSI NON FISIOLOGI Saliva dapat berperan sebagai anti-kabut (anti-fog). Penyelam skuba selalu melapisi kaca mata menyelam mereka dengan selapis tipis saliva untuk menghidari kabut. Selain itu saliva juga berperan efektif sebagai agen pembersih untuk memelihara lukisan. Cotton swab yang dilapisi saliva disapukan pada lukisan untuk membuang kotoran yang melekat pada lukisan tersebut. 4

2.2.

DNA DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan

berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein histon. DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan.

DNA manusia dapat diisolasi melalui darah. Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih, karena memiliki nukleus dimana terdapat DNA didalamnya. DNA terdapat pada seluruh jaringan dan cairan tubuh. Oleh karena itu DNA genom dapat diisolasi dari semua bahan biologis yang mengandung sel berinti, seperti darah, semen, rambut, tulang, liur dan lain-lain. Bahan yang paling sering digunakan untuk tujuan isolasi DNA adalah darah dan rambut beserta akarnya, karena kedua bahan tersebut relatif mudah diperoleh. Darah (whole blood) dan sumsum tulang mamalia mengandung baik selsel berinti (sel darah putih) maupun sel-sel tidak berinti (sel darah merah). Untuk mengisolasi DNA dari darah dan sumsum tulang, sel darah merah yang tidak mengandung DNA genom harus dilisiskan dahulu agar dapat dipisahkan dari sel darah putih. Sel-sel darah putih yang sudah dipisahkan kemudian dilisiskan dengan bantuan bahan pengawet DNA yaitu, deterjen anionik yang dapat melarutka komponen seluler. Bahan pengawet DNA juga dapat mengurangi

aktivitas Dnase yang terdapat di dalam sel. Bila perlu dapat ditambahkan Rnase untuk menyingkirkan kontaminasi RNA.

6

BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM3.1. Alat dan bahan 3.1.1. Alat 1. Microcentrifuge tube 1,5 ml 2. Micropipet 0,5 - 10 l,10 - 100 l,100 1000 l 3. Tip biru 4. Tip kuning 5. Tip putih 6. Vortex 7. Microcentrifugator 8. Inkubator 9. Spuit disposable 5 ml

3.1.2. Bahan 1. Wizard Genomic DNA purification kit 100 isolations A1120, yang terdiri dari: a. Cell lysis solution b. Nuclei Lysis solution c. Protein precipitation solution d. DNA Rehydration Solution 2. RNase Solution 3. Isopropanol 4. Alkohol 70% 5. Saliva

3.2. Cara Kerja 1. Masukan 90 l cell lysis solution ke dalam tabung microcentrifuge steril 2. Tambahkan 300 l sel mukosa pipi dan tabung diputar bolak-balik 5-6 kali untuk homogenasi

7

3. Inkubasi campuran diatas selama 10 menit dalam suhu ruang (bolak balik 2-3 kali selama inkubasi) 4. Sentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm pada suhu ruang selama 2 menit 5. Buang supernatan tanpa menganggu pellet 6. Tambahkan 600 l cell lysis solution ke pellet dan vortex sebentar 7. Ulangi tahap 4 dan 5 sampai pellet terlihat putih 8. Tambahkan 300 l nuclei lysis solution ke pellet. Pipet larutan 5-6 kali untuk melisiskan sel mukosa pipi dan inti sel. Larutan harus benar-benar jadi kental. Jika masih terlihat butiran-butiran kecil setelah pencampuran, inkubasi campuran tersebut pada suhu 37C sampai butiran tersebut hilang. 9. Optional tambahkan 1,5 l RNase solution dan campurkan dengan cara membolak-balik tabung. Inkubasi campuran pada suhu 37C Selama 15 menit, lalu dinginkan pada suhu ruang. 10. Tambahkan 100 l protein precipitation solution ke dalam lisate dan vortex selama 20 detik. Setelah di vortex akan terlihat butiran-butiran protein halus. 11. Sentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm selama 4 menit pada suhu ruang. Akan terlihat pellet dengan warna coklat terang. Bila supernatan masih berwarna coklat, ambil supernatan tersebut, pindahkan ke tabung microcentrifuge bersih, ulangi langkah 10 dan 11. 12. Pindahkan supernatan ke dalam tabung microcentrifuge bersih yang sudah berisi 300 l isopropanol. 13. Bolak-balik tabung secara perlahan sampai terlihat benang-benang putih halus (DNA) 14. Untuk optimalisasi, simpan tabung pada suhu -20C selama 1 jam. 15. Sentrifugasi pada kecepatan 13.000 rpm pada suhu ruang selama 3 menit akan terlihat pellet putih 16. Buang supernatan, cuci dengan 400 l alcohol 70% dingin 17. Sentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm selama 3 menit pada suhu ruang, sampai DNA berubah menjadi transparan. 18. Buang supernatan, kering anginkan DNA pada suhu ruang. 19. Larutkan DNA dengan 100 l rehydration solution

8

20. Rehidrasi DNA pada suhu 65C selama 1 jam atau suhu 4C Overnight 21. Simpan DNA pada suhu -20C

9

BAB IV HASIL PRAKTIKUM

Sampel diambil dari Ibu. Pada tahap ke lima praktikum setelah disentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm selama 2 menit didapatkan sedikit pelet di dasar tabung falcon. Pada tahap ke delapan karena masih terdapat butiran-butiran kecil setelah pencampuran( Nuclei Lysis Solution 300l ke pellet) maka larutan diinkubasi pada inkubator selama 10 menit hingga butirannya hilang. Pada tahap ke sepuluh setelah penambahan 100 l protein precipitation solution ke larutan dan di vortex selama 20 detik terlihat butiran-butiran protein halus. pada tahap ke tiga belas setelah penambahan isopropanol dan tabung di bolak-balik tidak terdapat benang-benang putih halus (DNA) pada praktikum kelompok kami dikarenakan DNA nya tidak sebanyak sampel pada darah. Pada tahap ke lima belas setelah disentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm selama 3 menit terlihat pellet putih lalu supernatan dibuang pelletnya ditambah alkohol 70%. Terakhir DNA tersebut disimpan di suhu -20 oC untuk proses PCR dan Elektroforesis nantinya.

10

BAB V PEMBAHASAN

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah: DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orang tua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon (Klug & Cummings 1994: 315316; Raven & Johnson 2002: 94). DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa. Pasangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin dan pirimidin. Basa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki struktur cincin-ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T) yang memiliki struktur cincin-tunggal. Ketika Guanin berikatan dengan Sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika Adenin berikatan dengan Timin maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen. Satu komponen pembangun (building block) DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut nukleotida (Lewis 2003: 176178). Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. (Human Genome Project 2005: 1)

11

DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun pada tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui saliva. Saliva terdiri atas Komponen anorganik saliva antara lain : Sodium, Kalsium, Kalium, Magnesium, Bikarbonat, Khlorida, Rodanida dan Thiocynate (CNS), Fosfat, Potassium dan Nitrat. Sedangkan komponen organik pada saliva meliputi protein yang berupa enzim amilase, maltase, serum albumin, asam urat, kretinin, musin, vitamin C, beberapa asam amino, lisosim, laktat, dan beberapa hormon seperti testosteron dan kortisol. DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon. Pada isolasi DNA, pengerjaannya harus sangat hati-hati karena DNA sangat mudah rusak oleh enzim DNAse yang terdapat pada kulit, saliva maupun air mata pemeriksa. Oleh karena itu selama pengerjaan harus mengenakan sarung tangan dan berbicara sesedikit mungkin. Buffer lysis dan Proteinase-K disini dipakai sebagai reagen pelisis supaya komponen DNA dalam sitoplasma sel bisa keluar dan diisolasi. Phenol digunakan untuk mengendapkan komponen protein lain yang tidak dikehendaki sedangkan etanol 70% sebagai pencuci hasil isolasi. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi

berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm (Kimball 2005: 4; Lewiston 2002:13; LPCH 2005: 2). Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: 1. Melisiskan sel dengan cell lysis solution 2. Melisiskan inti dengan nuclei lysis solution juga menguraikan atau merusakkan molekul RNA dengan Rnase solution 3. Mempresipitasikan protein dengan protein precipitation solution 4. Mengkonsentrasikan DNA genom yang diperoleh.

12

Tahap pertama yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan larutan pelisis sel (cell lysis solution), putar bolak-balik 5-6 kali untuk homogenasi. Setelah itu dilakukan inkubasi pada suhu ruangan selama 10 menit. Setelah dilakukan inkubasi, saliva yang telah bercampur dengan pelisis sel tersebut lalu disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 13000 rpm. Sentifugasi ini bertujuan untuk memisahkan bagian sel dengan sitoplasma. Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang. Lanjutkan kembali dengan sentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 13000 rpm. Sentrifugasi kedua ini berfungsi untuk memisahkan bagian DNA dari inti sel. Tahap selanjutnya yaitu pelisisan inti sel menggunakan nuclei lysis solution, larutan pelisis sel darah putih ini terdiri atas EDTA dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur (Rybicki & Purves 2005: 1; Harley 2005: 410). Tahap selanjutnya yaitu purifikasi. Purifikasi bertujuan untuk membersihkan sel dari zat-zat lainnya; Ke dalam larutan tadi kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 15 menit pada suhu 37C. Hal tersebut bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Tahap berikutnya yaitu presipitasi; Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan presipitasi protein (protein precipitation solution) dan kemudian divortex selama 20 detik yang bertujuan untuk menghomogenkan

larutan. Larutan presipitasi protein terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa baru yang memiliki kelarutan yang lebih rendah, sehingga menyebabkan protein mengendap. Larutan tersebut kemudian disentrifugasi kembali selama 3 menit dengan kecepatan 15000 rpm. Supernatan yang berisi DNA kemudian dituangkan ke dalam tabung berisi isopropanol dingin. Pemberian isopropanol bertujuan untuk visualisasi DNA. Selanjutnya tabung disentrifugasi kembali dengan kecepatan 13000 rpm. Hasil dari sentrifugasi adalah terdapatnya pelet DNA pada dasar tabung. Keringkan DNA pada suhu ruang, kemudian larutkan DNA dengan

rehydration solution dengan maksud untuk mengawetkan DNA, kemudian rehidrasi DNA pada suhu 650C selama 1 jam, dan simpan DNA dalam suhu 200C(Harley 2005: 409410; Lewiston 2002: 12).

4.3 Fungsi Bahan Praktikum

13

Isolasi DNA merupakan cara

ataupun metode yang

digunakan untuk

memisahkan DNA dari sel , baik dari inti, mitokondria, maupun kloroplas. Kit Wizard DNA Purification (Promega) terdiri dari : a. Cell lysis solution adalah senyawa larutan konsentrasi tinggi (hipertonis). Bila bercampur dengan sel maka akan terjadi proses osmosis yang

mengakibatkan sel akan mengalami lisis b. Nuclei lysis solution adalah senyawa yang mengandung detergen digunakan untuk melisiskan barier sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel. Karena pada detergen mengandung sodium dodesil sulfat ( SDA ) yang dapat menyebabkan hilangnya molekullipid pada membran sel sehingga struktur membrane akan rusak dan melisiskan isi sel. c. Protein Presipitation solution adalah senyawa yang mengandung amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa baru yang memiliki kelarutan yang lebih rendah, sehingga menyebabkan protein mengendap. d. DNA rehydration solution berfungsi untuk pengawetan DNA e. RNAse Solution adalah senyawa yang berisi enzim pemutus RNA. Fungsi dari penambahan isopropanol yaitu untuk mengikat strand DNA yang telah terkumpul. Strand strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagai benang benang putih yang terapung diatas filtrat. Selain itu alkohol juga berfungsi mempurifikasi DNA. Alkohol 70 % yang ditambahkan dalam keadaan dingin, karena pada alcohol yang dingin dapat membentu mempercepat proses mempurifikasi DNA. Selain itu jika alkohol yang dingin yang diberikan maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat. 4.4 Analisis Percobaan DNA dapat diperoleh dari sel yang mengandung inti seperti pada sampel: darah, serum/plasma, jaringan, akar rambut, sperma. Teknik utama dari isolasi DNA adalah: 1. Penghancuran dinding sel. 2. Lisis sel dengan menggunakan deterjen keras (SDS atau Triton X).

14

3. Membersihkan debris sel dengan proteinase. 4. Pencucian dengan menggunakan alkohol. Teknik isolasi DNA memiliki beberapa tahap, yaitu: 1. Penghancuran membran sel dengan Cell Lysis Solution (CLS) 2. Penghancuran membran inti dengan Nuclei Lysis Solution (NLS) 3. Pengendapan protein dengan Protein Precipitation Solution (PPS) 4. Pencucian DNA dengan isopropanol dan alkohol 70% 5. Rehidrasi DNA dengan Rehidration Solution Tujuan sentrifugasi: 1. Sentrifuge pertama bertujuan untuk memisahkan nukleus dari sitoplasma 2. Sentrifuge kedua bertujuan untuk memisahkan DNA dari isi nukleus Sentrifuge ketiga bertujuan untuk mengendapkan protein yang telah dipresipitasi

15

BAB VI KESIMPULAN

Isolasi DNA merupakan tahap awal dalam proses identifikasi DNA, sampel yang dapat diambil dalam isolasi dna bisa dari sel mukosa pipi ( Saliva ) dan darah vena, untuk pengindentifikasian haruslah teliti agar hasil yang didapatkan bisa akurat.

16

DAFTAR PUSTAKA

Faatih, Mukhlissul. 2009. Jurnal Penelitian Sains dan Teknologi, Volume 10 No. 1; 61-67. Surakarta: UMS Pedjiadi, Anna. 1994. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta : UI Yuwono, Triwibowo. 2008. Biologi Molekuler. Jakarta : Penerbit Erlangga Buku Penuntun Praktikum (BPP), Modul Biologi Molekuler, FKUI, 2010-2011

17