Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas...

50

Transcript of Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas...

Page 1: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan
Page 2: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Metabolisme LemakMetabolisme Lemak

Page 3: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Triasilgliserol

= trigliserida

• 9 kkal/g vs 4 kkal/g (glikogen)

• Terdiri dari:

� 3 asam lemak (gugus asil)

� dan gliserol. � dan gliserol.

• Asam lemak:

� jenuh (cth: as palmitat)

� tak jenuh (cth: as oleat)

Gliserol Gugus asil

Page 4: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan
Page 5: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Lipoprotein (fungsi & struktur)

KelasDiameter

(nm)Sumber dan fungsi

Apolipoprotein utama

Kilomikron (CM)

≈ 500Usus halus; Mentransporttriasilgliserol dari asupan

A, B48, C (I, II, III), E

Very low density

≈ 43Hati; Mentransport

triasilgliserol yang disintesisB100, C (I, II, density

lipoprotein (VLDL)

≈ 43 triasilgliserol yang disintesisoleh tubuh

B100, C (I, II, III), E

Low density lipoprotein

(LDL)≈ 22

Terbentuk dari degradasi IDL. Mentransfer kolesterol

ke jaringan periferB100

High density lipoprotein

(HDL)≈ 8

Hati; Mengambil kolesteroldari jaringan untuk dibawa

ke hati.

A, C (I, II, III), D, E

Page 6: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Penggunaan asam lemak sebagai bahan

bakar• Ada 3 tahapan proses:

– triasilgliserol dipecah menjadi asam lemak dan

gliserol di dalam jaringan adiposa yang

kemudian ditransportkan ke jaringan lain.kemudian ditransportkan ke jaringan lain.

– Asam lemak diaktivasi dan ditransport ke

dalam mitokondria.

– Asam lemak dipecah menjadi asetil–KoA

(senyawa berkarbon 2) � Siklus asam sitrat.

Page 7: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Metabolisme gliserol

Gliserol diubah menjadi senyawa antara glikolisis� masuk

ke lintasan glikolisis

Page 8: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Oksidasi Beta Asam Lemak

Terjadi dalam mitochondria

• Unit 2-C yang dilepas adalah asetil-CoA, bukan

asetat bebas

• Prosesnya diawali dg oksidasi dari karbon"beta" • Prosesnya diawali dg oksidasi dari karbon"beta"

dari karbon karboksil, oleh karena itu disebut

"beta-oxidation“ ���� untuk hasilkan energi

• Terdiri dari 4 tahapan reaksi/siklus

Page 9: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Oksidasi

asam lemak

Page 10: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Transport Melalui Membran Mitokondria

� Asam lemak tidak dapat langsung melalui membran dalam

mitokondria

� Asil KoA ditransfer ke karnitin → asil-karnitin

� Membutuhkan enzim karnitin palmitoil transferase I dan II

Page 11: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

4 Tahapan reaksi β-Oksidasi

1. Dehidrogenasi → oksidasi asil-KoA menjadi

trans-∆2-Enoil-KoA

2. Hidratasi → Hidratasi trans-∆2-Enoil-KoA

menjadi L–3–Hidroksilasil-KoAmenjadi L–3–Hidroksilasil-KoA

3. Dehidrogenasi → Oksidasi L–3–Hidroksilasil-

KoA menjadi 3–Ketoasil-KoA

4. Thiolisis → Tiolisis 3–Ketoasil-KoA

menghasilkan Asetil–KoA

Page 12: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

�1 putaran β-oksidasi menghasilkan:

� 1 NADH, 1 FADH2 dan 1 asetil-KoA

� contoh: Asam Palmitat (C 16)

Melalui 7 kali oksidasi = 7 NADH & 7 FADH2

Menghasilkan 8 asetil-KoA ≈ 24 NADH, 8 FADH2, dan

8 ATP8 ATP

Asetil-KoA yang dihasilkan kemudian dioksidasi lagi

untuk menghasilkan energi melalui siklus asam sitrat

dan STE

Energi oksidasi 1 molekul As. Palmitat ≈ 108 ATP

(NADH : FADH = 2.5 : 1.5)

Page 13: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Sintesis asam lemak

• Lintasan yang dilalui untuk mensintesis asam

lemak berbeda dengan pemecahannya.

– Sintesis asam lemak terjadi di sitosol/sitoplasma.

– Senyawa intermediet terikat oleh acyl carrier – Senyawa intermediet terikat oleh acyl carrier

protein (ACP), bukan asetil-KoA.

– Senyawa pengawal terjadinya sintesis adalah

malonil–ACP.

– Menggunakan NADPH + H+.

– Perpanjangan rantai berhenti pada C16

(asam

palmitat)

Page 14: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Pembentukan malonil-KoA

Page 15: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Acyl Carrier Protein (ACP)

• Senyawa intermediet pada sintesis asam

lemak terikat secara kovalen pada acyl

carrier protein (ACP)

Page 16: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Perpanjangan rantai

• Pada Bakteri enzim yang berperan dalam

proses ini merupakan molekul protein yang

berbeda; pada organisme tingkat tinggi yang

berperan adalah protein yang sama.

– Reaksi perpanjangan diawali dengan terjadinya

perpindahan gugus KoA pada acetil-KoA dan perpindahan gugus KoA pada acetil-KoA dan

malonil-KoA oleh ACP.

Page 17: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Perpanjangan rantai

• Asetil-ACP dan malonil-ACP

berkondensasi membentuk

asetoasetil-ACP

Page 18: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

• Reaksi selanjutnya sama seperti kebalikan dari

lintasan degradasi asam lemak, kecuali:

– menggunakan NADPH bukan NADH dan FADH2

– Terbentuk D–Hidroksibutirat bukan L–Hidroksibutirat

Perpanjangan rantai

Page 19: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

• Perpanjangan terus berulang sampai 6 kali

menggunakan malonil-KoA, sehingga

terbentuk palmitoil-ACP.

• Enzim tioesterase kemudian memotong

Perpanjangan rantai

• Enzim tioesterase kemudian memotong

gugus palmitoil dari ACP dan digabung

dengan KoA � Palmitoil-KoA.

Page 20: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan
Page 21: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Translokasi asetil-KoA

• Asetil–KoA disintesis di dalam matriks mitokondria,

sedangkan asam lemak disintesis di sitosol.

– Unit asetil-KoA ditransfer ke dalam mitokondria sebagai sitrat

Page 22: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Metabolisme NukleotidaMetabolisme Nukleotida

Page 23: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Metabolisme Nukleotida (nukleosida

trifosfat)

� Nukleotida: Senyawa ester fosfat dari suatu gula

pentosa dengan basa nitrogen yang terikat pada atom

C1 dari pentosa

� Basa : Purin (Adenin, Guanin) ; Pirimidin (Urasil, � Basa : Purin (Adenin, Guanin) ; Pirimidin (Urasil,

Timin, Sitosin)

� Gula : Ribosa (RNA), Deoksi ribosa (DNA)

� Unit monomer yang berfungsi sebagai prekursor asam

nukleat dan fungsi biokimia lainnya

contoh : AMP, GMP, UMP, TMP, CMP

Page 24: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Katabolisme Nukleotida

� Asam nukleat (DNA dan RNA) dari diet didegradasi menjadi nukleotida oleh nuklease pankreas dan fosfodiesterase usus halus

� Nukleotida didegradasi menjadi nukleosida oleh � Nukleotida didegradasi menjadi nukleosida oleh nukleotidase dan nukleosida fosfatase

� Nukleosida diserap langsung

� Degradasi lanjutan

Nukleosida + H2O � basa + ribosa (nukleosidase)

Nukleosida + Pi � basa + r-1-fosfate (n. fosforilase)

Page 25: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan
Page 26: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Katabolisme Purin :

� 90% digunakan kembali (salvage) (pada mamalia)

� 10% didegradasi menjadi asam urat

� Basa adenin → inosin → hipoksantin; adenosin

deaminase, nukleosidase

Page 27: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan
Page 28: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Katabolisme Pirimidin :� Reaksi : defosforilasilasi, deaminasi, dan pemutusan

ikatan glikosida.

� Urasil dan timin direduksi di hati

� Produk akhir:

�ß-alanina

(dari sitosin dan urasil)

�ß-aminoisobutirat

(dari timin)(dari timin)

Page 29: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Biosintesis Nukleotida

� Biosintesis purin (Adenin dan Guanin)

o Jalur de novo→ dari prekursor sederhana

o Jalur salvage→ dari hasil degradasinyao Jalur salvage dari hasil degradasinya

� Biosintesis Pirimidin (Sitosin, Urasil, dan Timin)

Page 30: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Biosintesis Purin jalur de novo

� Diawali dengan sintesis IMP (Inosin

MonoPhosphate)

� Terbuat dari 6 prekursor sederhana (CO2; Glisin;

2 Format; Glutamin; dan Aspartat)

� Sintesis IMP terdiri dari 11 tahapan reaksi

Page 31: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

11 tahapan Reaksi Sintesis IMP

1. Aktivasi ribosa-5-fosfat

2. Penambahan glutamin→ atom N9

3. Penambahan glisin→ C4, C5, dan N7

4. Penambahan format→ C8

5. Penambahan glutamin→ N35. Penambahan glutamin→ N3

6. Pembentukan cincin imidazola

7. Penambahan bikarbonat→ C6

8. Penambahan aspartat→ N1

9. Eliminasi fumarat

10. Penambahan format→ C2

11. Siklisasi IMP

Page 32: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Sintesis AMP dan GMP

1. Adenilosuksinat sintase

2. Adenilosuksinase

3. IMP dehidrogenase

4. Transamidinase

AMPs

XMP

IMP AMP

GMP

1

3 4

2

Page 33: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Regulasi

sintesis

Purin

Page 34: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Biosintesis Purin jalur salvage

� Penggunaan ulang hasil degradasi nukleotida

menjadi nukleotida

� Memerlukan energi yang lebih rendah daripada

sintesis de novosintesis de novo

� Memerlukan 2 enzim penting

� HGPRT (hipoksantin-guanin fosforibosil

transferase)

� APRT (Adenin fosforibosil transferase)

Page 35: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Jalur salvage Adenin

Page 36: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Jalur salvage

Guanin

Page 37: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Biosintesis Pirimidin

� Diawali dengan sintesis UMP (Uridin MonoPhosphate)

� Terbuat dari 3 prekursor sederhana (HCO3-; Aspartat;

dan glutamat)

� Sintesis UMP terdiri dari 6 tahapan reaksi

Page 38: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan
Page 39: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Sintesis UTP

Sintesis CTPSintesis CTP

Page 40: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan
Page 41: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Metabolisme Lipid

Lipid

• Senyawa organik tidak larut dalam air

• Larut dalam pelarut organik non polar (hidrokarbon

atau dietil eter)atau dietil eter)

• Contoh : Triasilgliserol (lemak dan minyak), lilin,

terpena, dan steroid.

Page 42: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Triasilgliserol

� Disebut juga trigliserida

� Bentuk utama penyimpan

energi metabolik pada manusia

� Terdiri dari 3 asam lemak dan

gliserol

� Asam lemak : jenuh (ex: � Asam lemak : jenuh (ex:

palmitat )dan tak jenuh (ex:

asam oleat)

Page 43: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Lipase

Page 44: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Metabolisme gliserol : diubah menjadi

senyawa antara glikolisis

Page 45: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Oksidasi asam lemak

• Untuk menghasilkan energi

• Terjadi di matriks mitokondria

• Franz Knoop (1904) → 1950-an

• Melalui β-oksidasi• Melalui β-oksidasi

• Diawali dengan aktivasi asam lemak dan

transport ke mitokondria

• Terdiri dari 4 tahapan reaksi (per-siklus)

Page 46: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Aktivasi asam lemak

� Terjadi di luar mitokondria

� Dikatalisis oleh enzim asil KoA sintetase

(thiokinase)

� Menghasilkan Asil-KoA

Page 47: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

Transport MelaluiMembran Mitokondria

� Asam lemak tidak dapatlangsung melaluimembran dalammitokondria

� Asil KoA ditransfer kekarnitin → asil-karnitinAsil KoA ditransfer kekarnitin → asil-karnitin

� Membutuhkan enzimkarnitin palmitoiltransferase I dan II

Page 48: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

� Tahapan reaksi β-Oksidasi

1. Dehidrogenasi → oksidasi asil-KoA menjadi

trans-∆2-Enil-KoA

2. Hidratasi → Hidratasi trans-∆2-Enil-KoA

menjadi L–3–Hidroksiasil-KoA

3. Dehidrogenasi → Oksidasi L–3–Hidroksiasil-3. Dehidrogenasi → Oksidasi L–3–Hidroksiasil-

KoA menjadi 3–Ketoasil-KoA

4. Thiolisis → Tiolisis 3–Ketoasil-KoA

menghasilkan Asetil–KoA

Page 49: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

1 2

Page 50: Review Kuliah Kimia Biologis 2011 ringkas part-2adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2011/12/Review-Kuliah-Kimia... · • Pada Bakteri enzim yang berperan dalam proses ini merupakan

3

4