Aplikasi PCR Sendy A Saputra (1000043)

1. Identifikasi Penyakit GenetikMengetahui segmen DNA dari pasien yang menderita penyakit mutasi genetik. Teknik ini dapat dilakukan dengan segmen dari DNA genom yang tidak diketahui secara lengkap atau hanya untaian tunggal dari genom tersebut.PCR memiliki banyak cara untuk mengkloning DNA secara tradisional. PCR dapat mengekstrak segmen untuk menyisipkan sebuah vektor dari genom yang memiliki ukuran besar, yang hanya tersedia dalam jumlah yang sedikit.

2. Analisis FosilAplikasi yang menarik dari PCR adalah analisis DNA dari fosil, seperti penemuan fosil Gajah purba di belanda.Aplikasi PCR biasa digunakan dalam mempelajari susunan dari ekspresi gen. Jaringan (sel tunggal) dapat di analisa pada tahap berbeda untuk melihat gen mana yang telah aktif atau yang telah dimatikan.

3. Q-PCRAplikasi ini dapat juga menggunakan Q-PCR untuk mengetahui tingkat ekspresi gen yang sebenarnya. Kemampuan PCR dalam pembentukan berbagai macam locus sperma seseorang telah meningkatkan pemetaan gen dengan mempelajari perubahan kromosom dari meiosis. Peristiwa perubahan jarang terjadi antara locus yang sangat tertutup, yang telah diteliti secara langsung dengan menganalisa ribuan sperma dari seseorang. Kemiripan dari delesi yang tidak biasa, translokasi, atau inversi dapat dianalisa. Tanpa perlu menunggu lama proses pembuahan, embriologi, dan lain lain.Aplikasi QPCR telah sering digunakan di banyak digunakan diantaranya california(nevada), Idaho, Columbia, Olympia, Pinetop, Lacrose, amerika selatan, Lamar, Bozeman.

Pada negara bagian california ditemukan jenis virus IHNV dan flavobakterium. Pada bagian induk ditemukan renibakterium dengan rosete agen.

Pada negara bagian Idaho, system ini menemukan virus chinnok pada salmon. Pada bagian negara Coho ditemukan pada stok salmon yang biasa disebut cold

water diase Pada bagian negara olimpia ditemukan virus dari perkiraan ditemukan cold water

diase Pada bagian negara pinetop ditemukan virus dari QPCR berupa razorback sucke Pada bagian Lacrose dengan QPCR ditemukan virus golongan mixovirus pada ikan

trou Pada bagian selatan Amerika uji QPR ditemukan LMBV, channel catfish

virus,swim bladde Pada bagian negara lamar dengan QPCR ditemukan ISA viru Pada bagian negara bozeman dengan q PCR ditemukan dari virus iridovirus,

jamur,dan parasit lain.4. Forensik

Identifikasi seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban), atau korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan. Jika identifikasi secara fisik sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan, maka pengujian DNA adalah pilihan yang tepat. DNA dapat

diambil dari bagian tubuh manapun, kemudian dilakukan analisa PCR untuk mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA yang disebut fingerprints alias DNA sidik jari, yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang memiliki pertalian darah, misalnya ibu atau bapak kandung. Jika memiliki kecocokan yang sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang dimaksud. Konon banyak kalangan tertentu yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri orang tua ‘sesungguhnya’ dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu.

5. Diagnosa Penyakit Influenza APenyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang mewabah saat ini, bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Penyakit berbahaya seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. PCR merupakan teknik yang sering digunakan. Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Disebut akurat karena PCR mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya.

6. Keragaman genetik dan SeleksiHal ini penting diketahui untuk proses persilangan, sehingga di dapat varietas unggul, jika keragaman tinggi maka kekerabatannya akan semakin tinggi, begitu pula sebaliknya.Untuk memilih tanaman yang sifatnya sesuai dengan yang diinginkanMas (Marker Assisted Selection) : penanda pembantu seleksiKeuntungan seleksi dengan PCR yaitu mampu menyeleksi dalam waktu cepat, tidak perlu menunggu hingga tanaman dewasa.Kelemahannya yaitu mahal

7. Uji kemurnian benihUji perlindungan varietas tanaman : agar hak paten benih tidak dibajak oleh orang lain.

8. Nested PCR adalah suatu teknik perbanyakan (replikasi) sampel DNA menggunakan bantuan enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen.Nested PCR memiliki aplikasi yang luas dalam bidang kesehatan dan identifikasi parasit. Karena nested PCR memiliki sensitivitas dan spesifitas yang lebih tinggi dibanding PCR biasa, maka hasil yang didapat akan lebihakurat.[4] Keakuratan nested PCR karena daerah yang diinginkan akan diamplifikasi dua kali, dengan dua set primer.Beberapa contoh aplikasinya antara lain adalah dalam mendiagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis, deteksi Taenia solium pada penyakit taeniasis dan diagnosis leptospirosis. Diagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis sebenarnya bisa saja menggunakan PCR biasa, namun PCR biasa tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas setinggi nested PCR untuk mendiagnosis dengan akurat.[6]Kekurangan PCR ini berhubungan dengan kondisi pengambilan sampel yang heterogen, adanya faktor yang memengaruhi amplifikasi, dan hilangnya patogen selama proses.[6] Berhubungan dengan hal tersebut, maka disimpulkan bahwa PCR yang biasa digunakan tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas yang tinggi. Tes ini didasarkan pada amplifikasi fragmen 986.