Pemeriksaan array-CGH (Comparative Genomic Hybridization) pada Kanker

Payudara

TUGAS MATA KULIAH KELAINAN GENETIK

TRI WAHYUNI BINTARTI 011314153017

PEMBIMBING Dr. Willy Sandhika, dr., M.Si, Sp.PA(K)

PROGRAM STUDI S2 ILMU KEFOKTERAN DASAR FAKULTAS KEDOKERAN

UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA

2015

BAB I ARRAY CGH 1.1. Array CGH dan CGH

1.1.1. Perbedaan array CGH dan CGH

CGH ( Comparative Genomic Hybridization ) adalah suatu metode sitogenetika molekuler untuk menganalisis CNV (Copy Number Variation) dengan membandingkan sampel DNA dari dua sumber yang berbeda pada tingkat ploidi tanpa kultur sel. Teknik ini sering digunakan untuk mengevaluasi perbedaan komplemen kromosom kanker dan komplemen kromosom normal. Teknik ini memiliki resolusi hingga 6-10 megabases sehingga lebih detail daripada giemsa banding atau FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) yang resolusinya hanya terbatas sampai tingkat mikroskop.(5)

Array CGH sering disebut juga dengan CGH array atau hanya microarray. Array CGH merupakan suatu kemajuan dalam teknologi yang memungkinkan untuk deteksi ketidakseimbangan kromosom yang lebih kecil dari yang dapat dideteksi melalui CGH konvensional dan mikroskop. Karyotyping memang bagus dideteksi melalui resolusi mikroskop namun tidak mampu mendeteksi perubahan kromosom yang lebih halus. perubahan halus ini adalah perubahan yang lebih kecil, sering disebut perubahan submicroscopic. Namun perubahan yang sangat kecil ini ternyata masih dapat mengganggu pertumbuhan dan perkembangan. Perubahan yang sangat kecil sering disebut mikrodelesi dan microduplications. (3)

CGH hanya mampu mendeteksi ketidakseimbangan kromosom karena adanya CNV. Sedangkan untuk kelainan kromosom yang tidak berpengaruh pada CNV tidak dapat terdeteksi. Kelainan kromosom ini termasuk mosaicism, reciprocal translocations, inversions dan ring chromosomes. Dengan kata lain metode CGH hanya dapat digunakan pada kelainan kromosom seperti delesi dan duplikasi. Dikarenakan CGH konvensional memiliki resolusi yang rendah kemudian CGH dalam perkembangannya menggunakan biochip yaitu DNA microarray. DNA microarray merupakan biochip kumpulan DNA yang menempel pada permukaan solid. Dengan adanya chip DNA microarray ini, berikutnya CGH disebut aCGH atau array CGH. Array CGH mampu mendeteksi ketidakseimbangan kromosom delesi juga duplikasi pada tingkat yang sangat rendah hingga submikro dengan resolusi hingga 100 kilobases. Array CGH juga dapat mengukur CNV lokus demi lokus pada kromosom. (6)

Perbedaan CGH dan Array CGH juga terletak pada prinsip kerjanya. Prinsip kerja array CGH atau MicroArray hampir sama dengan CGH konvensional yaitu dengan membandingkan DNA dari dua sumber. (7) Microarray bekerja dengan memanfaatkan kemampuan molekul DNA ( atau untai ) dari satu sumber yang dapat mengadakan ikatan secara spesifik atau yang dapat dsebut dengan hibridisasi dengan molekul DNA dari sumber yang lain.(3) Perbedaannya jika pada CGH konvensional, targetnya adalah penyebaran metafase referensi. Sedangkan jika dalam array CGH, targetnya dapat berupa fragmen genom kloning dalam berbagai vektor ( seperti BAC atau plasmid ) , cDNA , atau oligonukleotida (7)

1.1.2. prinsip kerja pemeriksaan array CGH

Cara kerja Array CGH adalah ketika DNA dalam sel memiliki struktur double helix ( lihat Gambar 1.1 ) di mana dua untai DNA diikat ( ' dipasangkan ' ) oleh ikatan antara pasangan basa ( bps ). Sebuah fragmen DNA untai tunggal terdiri dari empat blok yang disebut nukleotida, yaitu terdiri dari adenin ( A ) , timin ( T ) , guanin ( G ) , dan sitosin ( C ). Nukleotida tersebut terhubung dari ujung ke ujung . Adenin ( A ) akan selalu berpasangan dengan timin ( T ) dan guanin ( G ) akan selalu berpasangan dengan sitosin (

C ) ( lihat Gambar 1. 1 ) . Ketika dua urutan komplementer menemukan satu sama lain mereka akan mengunci bersama dan disebut dengan hibridisasi. (3)

Gambar 1.1 dua untai DNA yang saling berikatan membentuk doble helix

Microarray terdiri ribuan sekuens DNA pendek yang disebut dengan probe. Probe disusun dalam kotak dengan sangat presisi pada slide kaca yang disebut chip. Terdapat dua jenis probe yaitu BAC (bacterial artificial chromosome) dan oligo (oligonucleotide). Kedua probe ini memiliki kelebihan dan kekurangan masing-masing. BAC yang mengandung rantai pendek DNA manusia biasanya memiliki 80-200 kbs yang masih mungkin melewatkan perubahan yang lebih kecil dari ukuran klon. BAC cenderung untuk mendeteksi perubahan siginifikansi klinik yang tidak jelas. Sedangkan oligo yang memiliki 60 bps sangat mungkin untuk mendeteksi perubahan yang sangat kecil yang mungkin dilewatkan BAC.

Selanjutnya, DNA yang akan diuji kemudian diolah sehingga menjadi fragmen-fragmen pendek. Fragmen-fragmen tersebut kemudian diberi tanda dengan pewarna fluorescent berwarna. Kemudian fragmen DNA yang berasal dari fragmen DNA normal yang memiliki kelainan genetik kemudian diberi tanda dengan pewarna fluorescent berbeda. Pewarna fluorescent yang umum digunakan adalah merah dan hijau. Sampel yang diuji dan sampel referensi dari DNA normal tadi dicampur bersama-sama dan diterapkan pada chip sehingga terjadi hibridisasi. Fragmen DNA yang terhibridisasi dengan probe pencocokan mereka pada array ( lihat Gambar 1.2 ) . Chip tersebut kemudian dipindai dalam mesin yang disebut microarray.(3)

Gambar 1.2 Skema Cara Kerja Mikroarray CGH

Gambar 1.3 Skema Prinsip Kerja, Cara Kerja BAC array CGH

Gambar tersebut menunjukkan step BAC array CGH,

A. Klon BAC diseleksi dari physical map genom

B. Sampel DNA di ekstrak dari klon BAC yang terpilih dan identitas mereka dikonfirmasi oleh DNA fingerprinting atau analisis sekuens

C. Proses amplifikasi multistep untuk menghasilkan materi yang cukup dari masing masing klon untuk penempatan masing-masing klon ditempatkan pada replikat yang solid.

D. DNA yang di tes dan DNA dari referensi diberi label yang berbeda. Labelnya menggunakan pewarna cyanine 3 (hijau) dan cyanine 5 (merah).

E. Produk dari dua label dikombinasikan sehingga terjadi hibridisasi kemudian diletakkan dalam slide

F. Slide hasil hibridisasi yang berbentuk image melalui proses scanning pada dua channel akan dikeluarkan dalam bentuk (G) sinyal rasio dan ditampilkan dalam (H) bentuk genom.(13) Sehingga hasil array CGH ada yang berupa mikroskopik pattern ada yang berupa grafik dan ada yang berupa genom band atau pita genom

1.2. Hasil Array CGH

Hasil Array CGH merupakan hasil dua DNA yang telah terhibridisasi. Seperti yang

telah dijelaskan bahwa hasil array CGH setelah terhibridisasi yaitu dapat berupa mikroskopik pattern, sinyal atau grafik dapat pula berupa pita/band genom. Berikut adalah contoh hasil array CGH

1. grafik atau sinyal

Hasil analisis chip oleh computer kemudian dikeluarkan dalam bentuk grafik. Seperti contoh berikut, dilakukan tiga replikasi hibridisasi dengan sel BT474. DNA dilakukan untuk menguji reproduktifitas pengukuran array CGH. Pada dua hibridisasi, DNA pengujian dan referensi dilabel oleh priming random, sedangkan hibridisasi yang ketiga diberi label oleh nick translate . Gambar 1.3 menunjukkan hasil pengujian untuk kromosom 14-22 dan X. terdapat rasio yang hampir sama yang diperoleh pada setiap klon ( rata-rata S.D. dari log2ratio = 0,08 ), termasuk klon dengan amplifikasi yang cukup tinggi (kromosom 17 dan 20 ) dan klon dengan penurunan / delesi ( kromosom 20 ) . (2)

Gambar 1.4 hasil pengujian array CGH

2. pita genom

Gambar 1.5 Hasil Array CGH berupa band atau pita genom

Gambar tersebut merupakan representasi grafik klon genom yang diidentifikasi oleh

SAM yang secara signifikan terdapat perbedaan antara GISTs dan leiomyosarcomas. Titik hitam merupakan posisi kromosom klon genom 238 yang teridentifikasi. (14) 3. mikroskopik pattern

Gambar 1.6 hasil array CGH mikroskopik pattern

Gambar tersebut adalah contoh hasil array CGH berupa mikroskopik pattern. Gambar

tersebut adalah Hierarchical clustering of tumors dari 18 tumor yang didiagnosa sebagai leiomyosarcomasdan dianalisis menggunakan BAC genomic microarray dengan resolusi 1Mb (14)

1.3. Interpretasi Array CGH Microarray memiliki scanner yang fungsinya untuk mengukur jumlah fluoresensi

merah dan hijau di setiap pemeriksaan. Sebagai contoh, sampel yang diuji yang diberi fluorescent merah (Cyanine 5 ) dan sampel referensi dapat diberi fluorescent warna hijau (Cyanine 3) telah tercampur dan dipindai. Maka scanner bersama dengan software dari computer akan menghitung rasio warna yang muncul. Kedua DNA yang terikat dengan tepat akan memunculkan warna kuning (normal), sedangkan apabila yang mucul adalah warna merah maka terdapat banyak fragmen DNA yang diuji yang tidak terhibridisasi yang berarti terjadi duplikasi. Dan jika hijau yang muncul maka terdapat banyak fragmen DNA pada referensi yang tidak terikat sehingga dapat dikatakan terjadi delesi. (3)

BAB II PEMERIKSAAN ARRAY CGH PADA KANKER PAYUDARA

2.1. Manfaat Array CGH

Kanker payudara adalah kanker paling umum pada wanita , terdiri 23 % dari semua kanker wanita, dan menempati posisi kedua dalam insiden kanker secara keseluruhan disbanding kanker yang lain. Ada yang diperkirakan 1,15 juta pasien yang didiagnosis dengan kanker payudara di seluruh dunia pada tahun 2002 (1) . Seperti kanker padat lainnya , kanker payudara memiliki ketidakstabilan genomik . kanker sering terjadi pada daerah amplifikasi DNA umumnya daerah onkogen , juga daerah yang mengalami delesi pada tumor supresor gen. Metode sitogenetika klasik telah digunakan untuk mendeteksi kelainan tersebut. Perubahan jumlah tumor (2) , yang telah diperdalam pemahaman kita tentang keunggulan genom payudara kanker . Dalam beberapa tahun terakhir , metode CGH telah membuktikan nilai untuk analisa lyzing DNA menyalin variasi jumlah penyakit seperti Kanker. (3)(4)

CGH merupakan alat yang ampuh untuk menginvestigasi tumor pada seluruh genom untuk berbagai kandidat daerah. Strategi ini sukses digunakan untuk mengidentifikasi c-myc, her2/neu, rab25 dan lain sebagainya yang berperan sebagai onkogen.(8)

Terdapat dua gen utama yang sering disebut-sebut sebagai pemicu terjadinya kanker payudara jika terjadi mutasi, yaitu gen BRCA1 dan gen BRCA2. Baik gen BRCA1 maupun gen BRCA2 dapat diturunkan secara herediter. Dalam pengaplikasiannya, array CGH telah berguna dalam menjelaskan tingkat penyimpangan tertentu pada tumor seperti yang berhubungan dengan mutasi BRCA1, BRCA2, atau P53 (8). Metode CGH juga telah digunakan pada klasifikasi tumor payudara yang tidak diketahui penyebabnya pada mutasi BRCA1 karier dan non karier untuk menggambarkan hubungan antara sinkronisasi, kejadian serta metastasis tumor. (8) Kegunaan profil array CGH dalam klasifikasi tumor payudara juga telah diterapkan oleh beberapa peneliti, seperti

Jones dan rekan-rekannya yang menggunakan CGH untuk mengsubklasifikasikan 86 tumor payudara di grade III dan tipe basal ke grup dengan kelangsungan hidup pendek (3,5 tahun) dan kelangsungan hidup panjang (15 tahun). Wessel dkk dan Alvarez telah menggunakan CGH dalam studinya yang menghubungkan keefektifan dalam mengidentifikasi tumor yang dihubungkan BRCA1. Wessel dkk mengidentifikasi 33 dari 34 bukti kasus BRCA1 dan menghasilkan kasus 10 false-positif kasus bilateral kanker

payudara. Juga kebenaran tentang mutasi karier BRCA1. Van beers dkk juga melaporkan kegunaan CGH khusus dalam penyimpangan untuk BRCA2-related breast tumor. (8)

2.2. Tipe Kanker Payudara

Secara histologist, terdapat dua jenis utama adenokarsinoma payudara yang berasal dari duktus terminalis dan unit-unit lobular. Karsinoma payudara in situ non invasive dan karsinoma invasive atau infiltrative. Masing-masing karsinoma baik invasive maupun non invasive terdiri dari karsinoma duktus dan lobular. Karsinoma in situ non invasive merupakan jenis kanker payudara yang paling sering terjadi sedangkan karsinoma lobular invasive adalah jenis kanker payudara kedua yang paling sering terjadi dengan ciri-ciri sel tumor tertekan menjadi tali yang kuat dan terlihat sebagai daerah yang terasa tebal dan nyeri. Selain karsinoma invasive dan non invasive. Karsinoma payudara lain seperti panyakit paget pada putting yaitu keganasan yang tumbuh keluar sepanjang duktus pada putting, yang berasal dari duktus yang lebih dalam atau kanker duktus invasive dengan rasa gatal, panas, dan keluarnya rabas, perdarahan atau kombinasi diantaranya pada putting. Karsinoma yang mendasari tersebut dapat teraba hanya pada 50% hingga 60% pasien. Selanjutnya sel sel ganas dari tumor yang lebih dalam menginvasi epidermis putting, menyebabkan krusta dan tampak seperti eksim. Adapun karsinoma inflamasi yaitu tumor yang tumbuh cepat yang menyebar melalui invasi limfatik kulit. Gejala-gejalanya mirip dengan infeksi payudara akut.(9)

Dahulu, perubahan-perubahan yang terjadi pada sel kanker diteliti satu per satu atau pada sekelompok kecil tumor. Kini, teknoogi microarray yang baru (‘gene chips’) memungkinkan peneliti secara simultan mendeteksi dan mengukur ekspresi sejumlah gen di berbagai tumor. Keunggulan utama microarray adalah kemampuannya dalam menganalisis berbagai perubahan di sel kanker untuk melihat keseluruhan pola yang tidak mungkin dideteksi dengan teknik konvensional. Salah satu jenis data yang dapat dihasilkan oleh pengujian ini diperlihatkan pada gambar berikut ini

Gambar 2.1 berbagai tipe kanker payudara pada pemeriksaan array CGH

Gambar tersebut memperlihatkan hasil data dari 26 karsinoma payudara (masing-

masing diwakili pada deret kolom) dan 28 gen (diwakili oleh deret baris). peningkatan relatif jumlah mRNA (amplifikasi) diperlihatkan oleh warna merah, penurunan relatif jumlah mRNA (delesi) oleh warna hijau dan jumlah rata-rata (tidak ada delesi dan amplifikasi) ditunjukkan oleh warna hitam. Pada gambar tersebut, terdapat gambar yang berada dalam lingkaran seperti ‘triple negative basal – like carsinoma’, HER2/neu positif carcinoma, lobular carcinoma, juga luminal A carcinoma menunjukkan pola ekspresi mRNA yang dikorelasikan dengan perubahan ekspresi protein (ditunjukkan oleh warna

coklat) dengan menggunakan antibody untuk mendeteksi antigen di dalam jaringan. Metode microarray telah berhasil mengidentifikasi subtype-subtipe kanker payudara yang sebelumnya pernah diidentifikasi berdasar morfologi (karsinoma lobulus), berdasar ekspresi protein (karsinoma positif-ER dan positif-HER2/neu) dan berdasarkan mutasi sel germinativum (karsinoma BRCA1 dan BRCA2). Selain itu, telah dikenal pula subtype baru yaitu karsinoma basal-like. (10) Tipe karsinoma payudara berdasar pemeriksaan microarray: 1. Karsinoma Positif-Reseptor Estrogen

Yaitu karsinoma payudara yang sekitar 70% - 80% mengekspresikan estrogen receptor (ER) dan diperkirakan berasal dari sel luminal yang secara instrinsik positif-ER. Karsinoma duktus positif-ER (‘no special type’) biasanya berdiferensiasi baik sampai sedang dan sering memperlihatkan pembentukan tubulus. Sebagian besar tipe khusus kanker payudara (lobulus, tubulus, musinosa dan papilaris) juga positif –ER. Dalam pemeriksaan microarray yang diperlihatkan kelompok karsinoma duktus secara umum memperlihatkan ekspresi kelompok gen terkait-ER dan keratin luminal yang normal atau berlebihan serta memperlihatkan penurunan kadar mRNA dari kelompok gen khas untuk tipe tumor lain. Di bagian bawah gambar, imunohistokimia di salah satu contoh karsinoma duktus memperlihatkan bahwa ER terdapat dinukleus, E-cadherin di membrane sel, dan bahwa HER2/neu dan keratin basal tidak terdeteksi. (10)

Berbeda dengan pemeriksaan imunohistokimia tradisional yang hanya menentukan ekspresi ER dan satu gen yang berada di bawah pengendaliannya saja, PR, penentuan profil mRNA memberikan informasi mengenai banyak gen lain yang diatur ER. Dengan menggunakan metode pemeriksaan ini, kita dapat mengidentifikasi kanker yang mengekspresikan ER, tetapi tidak berespons terhadap terapi hormone karena terganggunya jalur pembentukan sinyal sehingga ekspresi gen lain yang diatur oleh ER menjadi rendah.(10)

Karsinoma lobulus dapat diidentifikasi berdasarkan pola morfologik infiltrasi yang khas berupa kelompok sel yang berikatan secara longgar atau berdiri sendiri-sendiri. Gambaran ini dikaitkan dengan hilangnya molekul perekat sel normal E-cadherin yang tetap ada disebagian besar karsinoma kelompok positif-ER. Berdasarkan profil ekspresi, karsinoma lobulus membentuk kelompok tersendiri dan berkaitan erat dengan karsinoma positif-ER lain. Tidak adanya E-cadherin dapat diketahui berdasarkan berkurangnya mRNA-nya serta tidak adanya protein tersebut pada pemeriksaan imunohistokimia. (10)

2. Karsinoma Negatif-Reseptor Estrogen

Karsinoma ini berasal dari sel yang kehilangan ekspresi ER-nya atau dari sel yang memang tidak memiliki reseptor ER. Penentuan profil ekspresi mengidentifikasi dua tipe utama karsinoma negative-ER. (10)

3. Karsinoma Positif-HER2

Tipe karsinoma ini dahulu diidentifikasi berdasarkan ekspresi berlebihan protein HER2/neu. Pada sebagian besar karsinoma, mekanisme yang menyebabkan ekspresi berlebihan tersebut adalah amplifikasi gen sehingga terjadi peningkatan transkripsi mRNA dan translasi protein. Kanker payudara secara rutin diperiksa untuk gen HER2/neu dan proteinnya dengan menggunakan metode FISH atau imunohistokimia untuk memperkirakan respons klinis terhadap antibody yang diarahkan kepada protein tersebut. Karsinoma ini cenderung kurang berdiferensiasi. Profil ekspresi memperlihatkan tidak saja peningkatan salinan mRNA HER2/neu, tetapi juga peningkatan transkripsi gen-gen disekitar yang mengalami amplifikasi di dalam segmen DNA ini. Karsinoma ini tidak

mengekspresikan secara berlebihan gen-gen yang khas untuk subtype lain kanker. (missal ER dan keratin basal), tetapi mengekspresikan E-cadherin.(10)

4. Karsinoma Basal-Like

Kelompok karsinoma ini dibedakan dari ekspresi keratin yang lebih tipikal untuk sel mioepitel atau sel progenitor payudara. Dahulu kelompok ini belum dikenal. Karena sel mioepitel terletak di daerah basal lobulus dan duktus, dan asal sel spesifik tidak diketahui, kelompok karsinoma ini disebut karsinoma basal-like. Selain ekspresi keratin spesifik, tumor kelompok ini juga mengekspresikan gen gen lain yang umum terdapat di sel mioepitel (misal p-cadherin) serta berbagai gen yang berkaitan dengan proliferasi sel. Kelompok karsinoma ini tidak mengekspresikan ER atau gen terkait ER atau HER2/neu, seperti dapat dilihat dari data microarray dan imunohistokimia.(10)

Karsinoma yang timbul pada wanita yang memiliki mutasi BRCA1 juga termasuk dalam kelompok ini. Karsinoma BRCA1 serupa dengan karsinoma basal-like karena berdiferensiasi buruk, tidak mengekspresikan ER dan HER2/neu serta mengekspresikan keratin basal-like. Namun, kebanyakan wanita penderita karsinoma basal-like tidak memiliki mutasi BRCA1 sel germinativum. (10) BAB III ARRAY CGH PADA KANKER PAYUDARA HEREDITER DAN NON-HEREDITER

Teknologi microarray sangat berperan dalam mengidentifikasi kelompok gen yang memicu terjadinya kanker payudara. Salah satu pendekatan yang saat ini dilakukan adalah dengan mengklasifikasikan kanker herediter berdasarkan profil mRNAnya dengan harapan bahwa kanker yang timbul karena mutasi germinativum/ gen herediter yang sama akan memiliki pola serupa. (10)

Seperti yang diperlihatkan oleh Jonsson dkk yang melaporkan temuannya tentang deteksi array CGH pada 26 kasus kanker payudara herediter dan 26 kasus sporadic kanker payudara. Mereka melaporkan bahwa terdapat amplifikasi (3q27.1-3) sebanyak 71% dari 14 BRCA1 tumor payudara dan amplifikasi (17q23.3-24.2) pada lebih dari 75% dari 12 BRCA2 tumor payudara. Jonsson dkk selanjutnya mengidentifikasi satu set 169 klon BAC dari total 3,5k set probe, dengan cukup perbedaan rasio log antara BRCA1, BRCA2 dan gen kanker sporadic lain untuk mengizinkan penggunaannya untuk klasifikasi kasus herediter.(8)

Dalam penelitiannya, untuk menentukan apakah terdapat kemiripan profil genom antara BRCA1, BRCA2 dan tumor sporadic, Jonsson menggunakan array CGH BAC clon dengan resolusi 1Mb untuk menentukan copy number yang terjadi. Data DNA tumor diperoleh dari 26 kasus herediter ( 14 BRCA1 dan 12 BRCA2) dan 26 kasus tumor sporadic. Pada penelitiannya, secara umum ternyata BRCA1 memiliki perubahan DNA copy number lebih tinggi daripada sporadic breast cancer dengan nilai P= 0,00078. Dan secara khusus, ternyata ditemukan adanya delesi pada kromosom lengan 4p, 4q, dan 5q di BRCA1 dan terdapat amplifikasi pada kromosom lengan 7p dan 17q24 in BRCA2. Hal ini lah yang membedakannya dengan tumor yang terjadi secara sporadic. Kemudian terdapat amplikon lagi yang berbeda pada kromosom 3q27.1-q27.3 BRCA1 dan pada kromosom 17q23.3-q24.2 pada BRCA2. Ditemukan juga delesi homozygous yang terjadi pada BRCA1 pada kromosom 5q12.1. Kemudian untuk mendeteksi frekuensi perubahan copy number antara gen herediter dan sporadic jonsson menggunakan satu set 169 BAC clones yang dapat mendeteksi frekuensi perubahan hingga signifikansi (P < 0.001). dengan ini maka dapat dibedakan ke berbagai grup yang terpisah menggunakan hierarchical clustering. Dan dengan membandingkan DNA copy number dan ekspresi RNA untuk gen

pada daerah ini, beberapa kandidat gen yang memicu juga menghambat telah diidentifikasi. (11)

Gambar 3.1 hierarchical clustering

Keterangan :

A. hierarchical clustering dari BRCA1 (merah), BRCA2 (biru), sporadic tumor payudara (hijau) menggunakan 3,591 BAC clones

B. hierarchical clustering menggunakan 169 BAC clones untuk memisahkan atau mengelompokkan BRCA1, BRCA2 dan tumor sporadic payudara

BAB IV INFORMASI PROGNOSTIK

Hasil akhir wanita penderita kanker payudara sangat bervariasi. Sebagian wanita memperlihatkan usia harapan hidup yang sama dengan wanita tanpa kanker payudara. Sebagian yang lain memiliki kemungkinan untuk bertahan hidup dalam 5 tahun dan sebagian lain lagi yang menderita kanker payudara yang cukup parah seperti kanker payudara inflamatorik mungkin lebih sedikit daripada itu. Dengan berbagai kelompok kanker payudara tersebut diperlukan informasi prognosis untuk penanganan kanker payudara selanjutnya. Prognosis dapat ditentukan oleh pemeriksaan patologi terhadap karsinoma primer dan kelenjar limfe aksila. Informasi prognostic ini penting untuk menerangkan kepada pasien tentang kemungkinan hasil akhir dari penyakit mereka, untuk memilih terapi yang tepat dan mengklasifikasikannya dengan tepat kelompok-kelompok pasien serupa untuk uji klinis. (10)

Factor prognostic kanker terdiri dari factor prognostic utama dan factor prognostic minor. Factor prognostic utama merupakan predictor kematian terkuat akibat kanker payudara. Sedangkan factor prognostic minor dapat digunakan untuk memutuskan tata laksana kemoterapi dan atau terapi hormone yang sesuai. (10) Factor prognostic utama terdiri dari : 1. Karsinoma Invasive Atau Non Invasive

Berdasarkan definisi, karsinoma non invasive terbatas pada system duktur dan tidak menyebar kemana-mana sedangkan invasive dapat bermetastasis. Sifat tumor invasive dan non invasive ini menentukan kelanjutan pengobatan yang tepat. 2. Metastasis

Metastasis yang telah dilakukan sel tumor apakah sudah jauh atau masih di sekitar organ saja. Apabila masih berada disekitar organ saja mungkin pengobatan yang dilakukan masih dapat memungkinan batas hidup lebih tinggi namun apabila metastasis sudah jauh hingga ke berbagai organ maka kelangsungan hidupnya dapat dikatakan cukup rendah. 3. Ukuran Tumor

Wanita penderita karsinoma yang bergaris tengah kurang dari 1 cm dan tanpa metastasi ke kelenjar limfe memiliki prognosis yang hampir sama dengan wanita yang tidak menderita kanker. 4. Inflamatorik

Wanita yang datang dengan kanker payudara yang telah membengkak dan terjadi penebalan kulit memiliki prognosis buruk dengan angka harapan hidup hanya 3 tahun.

Sedangkan factor prognostic minor terdiri dari 1. Subtipe histologik

Angka harapan hidup 30 tahun pada wanita dengan tipe-tipe khusus karsinoma invasive 2. Derajat tumor

Sekitar 85% wanita dengan tumor derajat I yang berdiferensiasi baik, 60% wanita dengan derajat tumor II yang berdiferensiasi sedang, dan 15% wanita dengan derajat tumor III memiliki diferensiasi yang buruk akan bertahan hidup hanya 10 tahun maksimal. 3. Reseptor estrogen

Wanita dengan kanker positif-reseptor hormon memiliki prognosis yang sedikit lebih baik dibadning dengan wanita dengan karsinoma negatif-reseptor hormon.

Callagy dkk telah membuat kontribusi penting untuk clinical prognostication menggunakan dasar ilmu array-CGH. Pada penelitiannya, mereka mempermasalahkan bagaimana array-CGH dapat membedakan antara kelangsungan hidup pendek (<5 tahun) dan kelangsungan hidup panjang (>10 tahun). Hasil penelitiannya menemukan trio dari TOP2a, ERBB2 dan EMS1 untuk mengidentifikasi perbedaan signifikan prognosis secara statistic dalam golongan subgroup. Perbedaan ekspresi untuk beberapa gen telah dibuktikan oleh microarray FISH. Yang cukup mengejutkan, baik dan buruk grup prognosis mereka tidak menunjukkan adanya perbedaan pada grade, ukuran, ataupun status reseptor estrogen yang menjadi cirri utama prognosis yang selama ini diterima untuk clinical prognostication. Karena hasilnya tidak distratifikasi melalui tipe tumor maka penelitian ini tidak dapat ditarik kesimpulan tentang apakah set prognostic tiga gen ini akan bernilai sama pada semua tipe kanker payudara. Hal ini dapat dikatakan bahwa set probe CGH mereka terdiri hanya 57 loci gen kanker yang telah diseleksi. Hal ini menyarankan bahwa set probe yang lebih besar dapat mengidentifikasi banyak marker dan lebih dari satu yang relevan. (12)

Referensi :

1. Oemiati, R dkk. Prevalensi Tumor Dan Beberapa Faktor Yang Mempengaruhinya Di Indonesia. Bul. Penelit. Kesehat, Vol. 39, No.4, 2011: 190.204

2. Albertson, DG. Profiling breast cancer by array CGH. Breast Cancer Research and Treatment 78: 289–298, 2003.

3. Rare Chromosome Disorder Support Group. Microarray-based comparative genomic hybridisation (array CGH). info@rarechromo.org / www.rarechromo.org

4. Li, Jian et al. DNA Copy Number Aberrations in Breast Cancer by Array Comparative Genomic Hybridization. Genomics Proteomics Bioinformatics Vol. 7 No. 1{2 June 2009

5. Kallioniemi A, Kallioniemi OP, Sudar Da, Rutovitz D, Gray JW, Waldman F, Pinkel D (1992) Comparative genomic hybridization for molecular cytogenetic analysis of solid tumors. Science 258:818-821.

6. Weiss M, Hermsen M, Meijer G, Van Grieken N, Baak J, Kuipers E, Van Diest P (1999) Comparative genomic hybridization. Molecular Pathology 52:243-251

7. Bejjani BA, Shaffer LG (2006) Applications of array-based comparative genomic hybridization to clinical diagnostics. J Mol Diagn 8:528-533

8. Beers, Erik and Nederlof, Petra. Review Array-CGH and Breast Cancer. Breast Cancer Research 2006, 8:210 (doi:10.1186/bcr1510)

9. Price dan Wilson. 2005. Patofisiologi Konsep Klinis Proses Proses Penyakit Edisi 6. Jakarta. Penerbit buku kedokteran,EGC.

10. Kumar, Abbas dan Fausto. 2005. Robbins & Cotran Dasar Patologis Penyakit Edisi 7. Penerbit Buku Kedokteran, EGC.

11. Jonsson G, Naylor TL, Vallon-Christersson J, Staaf J, Huang J, Ward MR, Greshock JD, Luts L, Olsson H, Rahman N, et al.: Distinct genomic profiles in hereditary breast tumors identified by array-based comparative genomic hybridization. Cancer Res 2005, 65:7612-7621.

12. Callagy G, Pharoah P, Chin SF, Sangan T, Daigo Y, Jackson L, Caldas C: Identification and validation of prognostic markers in breast cancer with the complementary use of array-CGH and tissue microarrays. J Pathol 2005, 205:388-396.

13. Garnis C, Buys T, Lam W. Review Genetic alteration and gene expression modulation during cancer progression. This article is available from: http://www.molecular-cancer.com/content/3/1/9

14. Meza-Zepeda LA, Kresse SH, Barragan-Polania AH, Bjerkehagen B, Ohnstad HO, Namlos HM, Wang J, Kristiansen BE, Myklebost O. Array Comparative Genomic Hybridization Reveals Distinct DNA Copy Number Differences between Gastrointestinal Stromal Tumors and Leiomyosarcomas. Cancer Res. 2006 Sep 15;66(18):8984-93.