Interaksi antara gen gen yaitu timbulnya fenotip yang baru didalam suatu persilangan. Gen R dan gen P adalah bukan alel, tetapi masing masing dominan terhadap alelnya (R dominan terhadap r, P dominan terhadap p). Sebuah atau sepasang gen menutupi (mengalahkan ) ekspresi gen lain yang bukan alelnya dinamakan gen epistatis. Gen yang dikalahkan ini tadi dinamakan gen yang hipostatis.1. Epistati dominan (12:3:1)Ketika alel yang dominan di satu lokus , misalnya alel A, menghasilkan fenotip tertentu tanpa peduli kondisi alel pada lokus yang satunya lagi, maka lokus A disebut epistatis terhadap lokus B. Lebih lanjut, Karena alel dominan A mampu mengekspresikan dirinya sendiri baik B ataupun b maka ini adalah contoh dari epistatis dominan. Alel Alel di lokus hipostatatis ( B atau b) dapat diekspresikan hanya jika genotip individu itu resesif homozigot lokus epistatis (aa). Dengan demikian , Genotip A-B- dan A-bb menghasilkan fenotip yang sama, sedangkan aaB- dan aabb menghasilkan dua fenotip lain. Rasio Klasik 9 :3 :3 :1 termodifikasi menjadi rasio 12:3:1. (Elrod, 2007)2. Epistatis resesif (9:3:4)Jika genotip resesif pada salah satu lokus (misalnya, aa) mensupresikan ekspresi alel alel pada lokus B , lokus A disebut menunjukkan epistatis resesif terhadap lokus B. Hanya jika ada alel dominan yang lokus A- lah alel alel pada lokus hipostatik B dapat diekspresikan. Genotip A-B- dan A-bb menghasilkan dua fenotip lainnya. Rasio 9:3:3:1 menjadi 9:3:43. Gen duplikat dengan efek kumulatif (9:6:1)Jika kondisi dominan (Baik heterozigot maupun homozigot) pada sebuah lokus (tapi bukan keduanya) menghasilkan fenotip yang sama, rasio F2 menjadi 9 : 6 :1. Sebagai contoh, jika gen gen epistatik terlihat dalam produksi zat dalam jumlah yang berbeda beda, misalnya pigmen, genotip dominan pada masing masing lokus dapat dianggap satu unit pigmen secara bebas. Dengan demikian, genotip A-bb dan aaB- masing masing menghasilkan satu unit pigmen dan karenanya menghasilkan fenotip yang sama. Genotip aabb tidak menghasilkan pigmen, tetapi pada genotip A-B- efeknya kumulatif, dan dihasilkan dua unit pigmen4. Gen dominan duplikat (15 :1)Rasio 9:3:3:1 termodifikasi menjadi rasio 15 : 1 jika alel alel dominan pada kedua lokus menghasilkan fenotip yang sama tanpa efek kumulatif.5. Gen resesif duplikat (9:7)Jika fenotip fenotip identik dihasilkan oleh kedua genotip resesif homozigot, maka rasio F2- nya menjadi 9:7 . Genotip aaB-, A-bb dan aabb menghasilkan satu fenotip. Kedua alel dominan yang ada secara bersamaan, saling berkomplementer dan menghasilkan sebuah fenotip yang berbeda.6. Interaksi Dominan dan resesif (13 : 3)Hanya dihasilkan dua fenotip F2, jika genotip dominan pada salah satu lokus (misalnya A-) dan genotip resesif pada lokus satunya lagi (bb) menghasilkan efek fenotip yang sama. Dengan demikian A-B- , A-bb, dan aabb menghasilkan satu fenotip, sedang aaB- menghasilkan sebuah fenotip berbeda dengan rasio 13 :3ATAVISME Interaksi gen dapat menyababkan tersembunyi sifat keturunan untuk beberapa generasi. Charles Darwin menamakan peristiwa timbulnya kembali suatu sifat keturunan yang telah menghilang untuk beberapa generasi atavisme. Seperti pada bentuk jengger pada ayam. Waktu dikawinkan ayam berjengger mawar dan ercis, maka keturunannya semua berjengger walnut. Jelas bahwa sifat mawar maupun kacang menghilang. Baru dalam keturunan berikutya kedua sifat itu akan timbul lagi.Atavisme sering dijumpai pada burung dara (Columbia livia ). Burung dara india yang mempunyai ekor terbuka seperti kipas apabila dikawinkan sesamanya untuk beberapa generasi, kadang kadang sekoyong koyong menghasilkan anak berekor lurus menyerupaiburung dara liar. Berhubung dengan itu atavisme merupakan salah satu argumen dari darwin untuk menerangkan evolusi.Gen letal atau gen kematian adalah gen yang dalam keadaan homozigot dapat menyebabkan kematiana individu yang memilikinya. Adanya gen letal yang bersifat dominan, adapula yang bersifat resesif.Gen letal dominan Contoh peristiwanya yaitu pada ayam dikenal gen dominan C yang bila homozigotik akan bersifat letal dan menyebabkan kematian. Alelnya resesif c mengatur pertumbuhan tulang normal. Ayam heterozigot Cc dapat hidup, tetapi memperlihatkan cacat, yaitu memiliki kaki pendek. Ayam demikian disebut ayam redep. Meskipun ayam ini nampak biasa, tetapi ia seungguhnya menderita penyakitketurunan yang disebut achondroplasia. Ayam homozigot CC tidak pernah dikenal sebab sudahmati waktu embrio.Banyak kelainan terdapat padanya, seperti kepala rusak, rangka tidak mengalami penulangan, mata kecil dan rusak. Perkawinan anatara dua ayam resep menghasilkan keturunan dengan perbandingan 2 ayam resep : 1 ayam normal. Ayam resep Cc berasal dari homozigot resesif, tetapi salah satu gen resesif c mengalami mutasi gen ( perubahan gen) dan berubah menjadi gen dominan C.Gen letal resesifPada jagung di kenal gen dominan G yang bila homozigotik menyebabkan tanaman dapat membentuk klorofil (zat hijau daun) secara normal, sehingga daun berwarna hijau benar. Alelnya resesif g bila homozitik (gg) akan memperlihatkan pengaruh letal, sebab klorofil tidak akan terbentuk sama sekali pada daun lembaga, sehingga kecambah akan segera mati. Tanaman heterozigot Gg akan mempunyai daun hijau kuning, tetapi dapat terus hidup sampai menghasilkan buah dan biji, jadi tergolong normal. Jika dua tanaman yang daunnya hijau kuning dikawinkan maka keturunannya akan memperlihatkan perbandingan 1berdaun hijau normal : 2 berdaun hijau kuning. Akan tetapi bagaimanapun juga semua keturunannya normal.Mendeteksi dan mengeliminir gen gen letalDari keterangan di muka dapat diketahui, bahwa gen letat dominan dalam keadaan heterozigot akan memperlihatkan sifat cacat, tatapi gen letat resesif tidak demikian halnya. Berhubung denganitu lebih mudah kiranya untuk mendeteksikan hadirnya gen letal domianan pada suatu individu daripada gen letal resesif. Gen gen letal dapat dihilangkan dengan jalan mengadakan perkawinan berulang kali pada individu yang menderita cacat akibat adanya gen letal. Tentu saja hal ini lebih mudah dapat dilakukan pada hewan dan tumbuhan , tetapi tidak pada manusia.