Desain Primer Fix

download Desain Primer Fix

of 20

Transcript of Desain Primer Fix

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    1/20

    DESAIN PRIMER 

    LAPORAN PRAKTIKUM

    disusun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler 

     

    oleh :

    Dhaifan Diza A 1303790

    Anisa Suci S 1300904

     Novia Rahayu A 1302152

    Riani Ulfah 1300952

    Shabina Ulfa 1302152

     

    DEPARTEMEN PENDIDIKAN BIOLOGI

    FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

    UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA

    2016

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    2/20

    BAB I

    PENDAHULUAN

    1.1 Latar Belaka!

    !ene"uan yan# be$en#auh %eha&a$ $e'e"ban#an il"u biolo#i

    "ole'ule salah sa%unya a&alah !(R )!oly"ease (hain Reac%ion*+ ,e'ni' 

    ini "e"$unyai fun#si u%a"a un%u' "e"$ebanya' DNA %a#e%+ !oses yan#

    %e-a&i "eliba%'an sua%u $i"e yan# befun#si seba#ai ce%a'an un%u' 

    "e"bua% DNA bau+Desain $i"e &ila'u'an un%u' "e"$eoleh $i"e yan# &a$a%

    &i#una'an &ala" a"$lifi'asi DNA &en#an "e%o&e !oly"ease (hain

    Reac%ion )!(R*+ .ebehasilan a"$lifi'asi DNA %e#an%un# &ai 'e%e$a%an

     $i"e yan# &i#una'an+ !i"e yan# &i#una'an &ala" $oses !(R haus

    &a$a% "e"ba%asi &aeah yan# a'an &ia"$lifi'asi+ !i"e befun#si seba#ai

     $e"ba%as fa#"en DNA %a#e% yan# a'an &ia"$lifi'asi+A"$lifi'asi DNA &en#an "e%o&e !(R %e&ii &ai %i#a %aha$+ ,aha$

    a/al &ai $oses a"$lifi'asi yai%u &ena%uasi un%ai DNA selan-u%nya

    &ila'u'an $ene"$elan $i"e $a&a fa#"en DNA %a#e% )annealin#* &an

    %aha$ a'hi "eu$a'an $oses e%ension yai%u $oses $e"an-an#an se'uenDNA+ !eancan#an un%u' "e"$eoleh sua%u $i"e yan# "e"enuhi 'i%eia

     $i"e yan# bai' un%u' a"$lifi'asi &ila'u'an secaa in silico yai%u

    "eancan#"en&esain $i"e &en#an ban%uan sua%u $o#a" &ala"

    'o"$u%e+

    1.2 T"#"a

    !a'%i'u" ini be%u-uan un%u' "en#e%ahui $ela'sanaan %e'ni' !(R 

    &an caa "en&esain $i"e "en##una'an a$li'asi (lus%al 1+3

    BAB II

    TIN$AUAN PUSTAKA

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    3/20

    2.1. De%a& Pr&'er

    ,aha$an !(R yan# $alin# "enen%u'an a&alah $ene"$elan $i"e+ Se$asan#

     $i"e oli#onu'leo%i&a )$i"e "a-u &an $i"e "un&u* yan# a'an &i$oli"eisasi

    "asin#"asin# haus "ene"$el $a&a se'uens %a#e% %e$a%nya $a&a 'e&ua u-un#

    fa#"en yan# a'an &ia"$lifi'asi+ Un%u' i%u uu%an basanya haus 'o"$le"en%e a%au

    se%i&a'%i&a'nya "e"ili'i ho"olo#i cu'u$ %in##i &en#an uu%an basa 'e&ua &aeah

    u-un# fa#"en yan# a'an &ia"$lifi'asi i%u+ !a&ahal 'i%a belu" "en#e%ahui &en#an

     $as%i uu%an basa se'uens %a#e%+ leh 'aena i%u &i$elu'an caa %e%en%u un%u' 

    "eancan# uu%an basa 'e&ua $i"e yan# a'an &i#una'an+

    Dasa yan# &i#una'an a&alah uu%an basa yan# &i&u#a "e"$unyai 'e"ii$an

    &en#an uu%an basa se'uens %a#e%+ Uu%an ini a&alah uu%an seu$a &ai se-u"lahs$esiess%ain o#anis"e lainnya yan# %elah &i'e%ahui&i$ubli'asi'an+ Seba#ai

    con%oh un%u' "eancan# se$asan# $i"e yan# &ihaa$'an &a$a% "en#a"$lifi'asi

    seba#ian #en li$ase $a&a isola%  Bacillus  %e"ofili' %e%en%u &a$a% &i#una'an

    info"asi uu%an basa #en li$ase &ai s%ains%ain Pseudomonas fluorescens, P.

    mendocina ,  &an seba#ainya yan# sebelu"nya %elah &i'e%ahui+

    Uu%anuu%an basa fa#"en %e%en%u &ai beba#ai s%ain %esebu% 'e"u&ian

    &i-a-a'an &an &icai sa%u &aeah a%au lebih yan# "e"$eliha%'an ho"olo#i %in##i

    an%aa sa%u s%ain &an lainnya+ Daeah ini &ina"a'an &aeah les%ai )conserved area*+

    Seba#ianseluuh uu%an basa $a&a &aeah les%ai inilah yan# a'an "en-a&i uu%an

     basa $i"e+Sebenanya &aeah les%ai -u#a &a$a% &i%en%u'an "elalui $en-a-aan

    uu%an asa" a"ino $a&a %in#'a% $o%ein+ Uu%an asa" a"ino ini 'e"u&ian

    &i%uun'an 'e uu%an basa DNA+ Dai sa%u uu%an asa" a"ino san#a% "un#'in a'an

    &i$eoleh lebih &ai sa%u uu%an basa DNA 'aena se%ia$ asa" a"ino &a$a% &isan&i

    oleh lebih &ai sa%u %i$le% 'o&on+ Den#an &e"i'ian uu%an basa $i"e yan# &isusun

    &a$a% "eu$a'an 'o"binasi bebea$a 'e"un#'inan+ !i"e &en#an uu%an basa

    se"aca" ini &ina"a'an $i"e &e#enea%e+ Selain i%u $i"e yan# &isusun "elalui

     $en-a-aan uu%an basa DNA $un &a$a% "eu$a'an $i"e &e#enea%e 'aena uu%an

     basa $a&a &aeah les%ai &i %in#'a% DNA $un %i&a' sela"anya "e"$eliha%'an

    ho"olo#i se"$una )1006*+

    Uu%an basa $asan#an $i"e yan# %elah &isusun 'e"u&ian &ianalisis

    "en##una'an $o#a" 'o"$u%e un%u' "en#e%ahui 'e"un#'inan %e-a&inya

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    4/20

     $i"e&i"e a'iba% ho"olo#i sen&ii)selfho"olo#y* a%au ho"olo#i+ silan# )cross-

    homology*+ Selain i%u -u#a $elu &iliha% 'e"un#'inan %e-a&inya salah %e"$el

    )mispriming * yai%u $ene"$elan $i"e &i lua se'uens %a#e%+ Analisis -u#a

    &ila'u'an un%u' "en#e%ahui %i%i' leleh ),"* "asin#"asin# $i"e &an 'an&un#an

    (nya+ Se$asan# $i"e yan# bai' haus "e"$unyai ," yan# ela%if sa"a &en#an

    'an&un#an ( yan# cu'u$ %in##i+

    Desain $i"e yan# bai' san#a% $en%in# un%u' 'ebehasilan ea'si !(R+

    !e%i"ban#an &esain yan# $en%in# yan# &iuai'an &i ba/ah ini seba#ai 'unci un%u' 

    a"$lifi'asi s$esifi' &en#an hasil %in##i+

    1+ !an-an# !i"e+

    8al ini secaa u"u" &i%ei"a bah/a $an-an# o$%i"al $i"e !(R 

    a&alah 122 "e )basa*+

    2+ !i"e el%in# ,e"$ea%ue+

     Primer Melting Temperature (Tm)  "eu$a'an %e"$ea%u yan#

    &i$elu'an oleh se$aoh $i"e &u$le's "en#ala"i &isosiasile$as i'a%an+

    !i"e &en#an ," be'isa an%aa 525

    o

    ( san#a% i&eal se&an#'an ," &ia%as5o( a'an "en#uan#i efe'%ifi%as anealin# sehin##a $oses a"$lifi'asi DNA

    'uan# be-alan bai'+ ," ini san#a% &i%en%u'an oleh -u"lah basa ( )(

    con%ains*+ ," $i"e &a$a% &ihi%un# &en#an fo"ula: ," )o(* ; ))

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    5/20

    ," )$o&uc%* B 14+9 &en#an ,")$i"e* ; ," $i"e &an ,")$o&uc%* ;

    ," $o&u' !(R+

    4.  ! !ontent

    u"lah Casa &an ( )! content * &i &ala" $i"e yan# i&eal se'i%a 

    4006+

    ".  ! !lamp

    u"lah basa &an ( yan# %e&a$a% $a&a 5 basa %ea'hi )3 * &isebu%‟

    &en#an ( cla"$+ ( cla"$ yan# bai' se'i%a 3 basa ( &an %i&a' 

    "elebihi 5 basa (+ 'ebea&aan ( &i u-un# 3 $i"e san#a% "e"ban%u‟

    %e-a&inya s%abili%as i'%an an%aa $i"e &en#an DNA %e"$la% yan# &i$elu'an

    un%u' inisiasi $oly"ease DNA )$oses !(R*+

    + !i"e Secon&ay S%uc%ues+1+  #airpins $  %eben%u'nya s%u'%u loo$hai$in $a&a $i"e 

    sebai'nya &ihin&ai na"un san#a% suli% un%u' "e"$eoleh $i"e 

    %an$a "e"ili'i s%u'%u hai$in+ 8ai$in $a&a u-un# 3 &en#an

    ?)ene#y yan# &i$elu'an un%u' "e"ecah s%u'%u hai$in* ; 2

    'cal"ol &an hai$in in%enal &en#an ? ; 3 'cal"ol "asih &a$a%

    &i%oleansi++2+ %elf &imer $ $i"e &a$a% bei'%an &en#an $i"e lainnya

    yan# se-enis &isebu% &en#an self&i"e+ Self&i"e $a&a u-un# 3

    &en#an ? ; 5 'cal"ol &an self&i"e $a&a ba#ian in%enal &en#an

    ?; 'cal"ol "asih &a$a% &i%oleansi++3+ !ross &imer$  !i"e &a$a% bei'a%an &en#an $i"e 

     $asan#annya )evese &an fo/a&* sehin##a &isebu% coss &i""es+

    Secaa o$%i"al coss &i"ein%enal $a&a u-un# 3 &en#an ? ; 5

    'cal"ol &an self &i"e $a&a ba#ian in%enal &en#an ?;

    'cal"ol "asih &a$a% &i%oleansi+'.   epeats

    !i"e sebai'nya %i&a' "e"ili'i uu%an $en#ulan#an &ai 2 basa &an

    "a'si"u" $en#ulan#an 2 basa sebanya' 4 'ali "asih &a$a% &i %oleansi+

    isalnya A,A,A,A,+.   uns

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    6/20

    !i"e sebai'nya %i&a' "e"ili'i uu%an basa yan# &i ulan# %eus

    "eneus+ !en#ulan#an basa beuu%an sa"$ai 4 'ali "asih &a$a% &i

    %oleansi+ isalnya A(A, "e"ili'i uu%an basa

    &iulan# 5 'ali be%uu%%uu%+*.   +void !ross homology

      Un%u' "en#hin&ai coss ho"olo#i &a$a% &ila'u'an &en#an caa

    "en#analisis ho"olo#i $i"e &en#an DNA #eno"e "elalui CEAS,

     N(CF+ )10* A"$licon Een#%h+ !an-an# !(R $o&u' yan# i&eal be'isa 

    an%aa 100500 $asan# basa+10+ ptimum +nnealing temperature ),a $%*

    Suhu annealin# o$%i"u" san#a% "e"$en#auhi hasil $c+ ,a$% ini &a$a%

    &ihi%un# &en#an caa ,a $% ; 0+3 )," of $i"e* < 0+7 )," of 

     $o&uc%* B 25+ )12* !i"e !ai ," is"a%ch+ !ebe&aan ," se$asan#

     $i"e sebai'nya %i&a' lebih &ai 5o(+

    2.2 Peel"%"ra Data Ge

    Se'uen #en &i$eoleh &ai &a%abase N(CF ) ational !enter for 

     Biotechnology nformation*+ Ean#'ah $e%a"a yan# &ila'u'an a&alah "en#a'ses

    la"an N(CF "elalui h%%$:///+ncbi+nl"+nih+#ovseba#ai"ana %a"$ilan yan#

    &isa-i'an $a&a #a"ba bei'u% ini+

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    7/20

    Ga'(ar 2.2.1  Ea"an N(CF

     N(CF "eu$a'an su"be info"asi ba#i $e'e"ban#an biolo#i "ole'uleyan# "e"bua% &a%abase ba#i &a%a #eno"i' $o%eo"i' "au$un "e%abolo"i' &ai

     beba#ai o#anis"e+ Da%a se'uen nu'leo%i&a yan# &isa-i'an &ala" N(CF &a$a%

     beu$a ben%u' fas%a "au$un ben%u' se'uen se$e%i lazi"nya+

    BAB III

    METODE PENELITIAN

    ).1 $e&% Prakt&k"'

    !a'%i'u" 'ali ini "eu$a'an $a'%i'u" &esain $i"e &en#an caa

    "anual &an online+ Di#una'an bebea$a a$li'asi $en&u'un# se$e%i (lus%a

    &an bebea$a si%us /eb #una "en&u'un# $a'%i'u" 'ali ini se$e%i N(CF

    #ene ban'+

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    8/20

    ).2 *akt" +a Te',at

    8ai %an##al : Senin 11 A$il 201Ga'%u : 13+00 B 15+00 GFC,e"$a%: Eaboa%oiu" i'obiolo#i H!F!A U!F

    ).) Alat +a Ba-a

      ,abel 1+1 Ala%

     No Na"a Ala% u"lah1+ Ea$%o$ 1 buah2+ A$li'asi (lu%as

    ). La!ka- Ker#a

    Dala" "ela'u'an &esain $i"e &a$a% &ila'u'an secaa online &an

    "anual 'e&ua caa ini "e"ili'i %aha$an yan# bebe&a un%u' "en&esain $i"e secaa online $elu &i#una'an bebea$a a$li'asi $en&u'un# &an

     bebea$a si%us /eb #una "en&a$a%'an $i"e yan# &iin#in'an+ ,aha$an

     $e%a"a &ala" "en&esain $i"e secaa online yai%u &en#an "encai se'uens

     $i"e yan# &iin#in'an &en#an "e"bu'a si%us #ene ban' http$ // 

    000.nc1i.nlm.nih.gov  &an "e"asu'an 'ey /o& #en yan# a'an &icai

    seba#ai con%oh $a&a #a"ba #en +edes sp.

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    9/20

    Ga'(ar )..1 !e"asu'an .ey Go& Se'uens en yan# Diin#in'an

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

    Se%elah #en yan# &ian#in'an &i&a$a%'an "a'a &i$ilih bebea$a #en "ini"al

    %i#a "aca" se'uens bebe&a yan# a'an &i#una'an seba#ai 'an&i&a% &esain $i"e&en#an syaa% "e"ili'i 'aa'%eis%i' yan# %i&a' -auh bebe&a se$e%i s$esies a%au

    #enus yan# sa"a $an-an# se'uens yan# sa"a &an $en##unaan $i"e yan# sa"a

    seba#ai con%oh $a&a $a'%i'u" 'ali ini a&alah #en 1s RNA &an $en##unaan

    se'uens &ai s$esies +edes simpsoni.

      Ga'(ar )..2 !e"ilihan .an&i&a% Se'uens !i"e 

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

      Se%elah bebea$a 'an&i&a% se'uens $i"e &i$ilih be&asa'an 'e"ii$an

    'aa'%eis%i' "a'a "asin# B "asin# uu%an se'uens &i$in&ah'an $a&a a$li'asi

    no%e$a& yan# a&a $a&a 'o"$u%e &ala" con%oh 'ee"$a% 'an&i&a% yan# %e$ilih &i

    co$y uu%an se'uen 'e"u&ian 'ee"$a% se'uen &i $as%a $a&a a$li'asi no%e$a&+ Un%u' 

    "en&a$a%'an uu%an se'uens "a'a 'li' %elebih &ahulu se'uen yan# &iin#in'an

    'e"u&ian 'li' fas%a "a'a uu%an se'uens "uncul se%elah "uncul "a'a se'uen

    &a$a% &ico$y 'e"u&ian &i $as%a &ala" no%e$a& la'u'an hal yan# sa"a $a&a

    'ee"$a% 'an&i&a% yan# %e$ilih+

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    10/20

      Ga'(ar )..) .li' Has%a un%u' en&a$a%'an Uu%an Se'uen

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

      Ga'(ar ).. Se'uen yan# a'an &i (o$y $a&a No%e$a&

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    11/20

    Ga'(ar )../ Se'uen yan# &i (o$y $a&a No%e$a&

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

    Se%elah 'ee"$a% uu%an se'uen &i$in&ah'an $a&a no%e$a& "a'a $en#u-ian

    secaa online &a$a% &ila'u'an &en#an "e"asu'i ala"a% /ebsi%e

    www.bioinformatics.nl/ primer3plus. !a&a hala"an /ebsi%e ini "a'a a'an

    &i'e%ahui ba#ai"ana 'uali%as $i"e yan# 'i%a &esi#n &en#an "e"asu'an uu%an

    se'uen #en yan# su&ah &i'an&i&a%'an seba#ai $i"e 'e"u&ian 'li' pick primers+ 

    http://www.bioinformatics.nl/primer3plushttp://www.bioinformatics.nl/primer3plushttp://www.bioinformatics.nl/primer3plus

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    12/20

    Ga'(ar )..6 !en#u-ian 'i%eia !i"e "en##una'an A$li'asi (lus%a

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

    Se'uen DNA yan# %e$ilih 'e"u&ian &iu-i un%u' "enen%u'an a$a'ah 'ee"$a%

    'an&i&a% $i"e yan# %e$ilh "e"il'i 'i%eia yan# sa"a &an bai' a%au %i&a'+

    !en#u-ian ini "en##una'an a$li'asi !lusta2. Seluuh se'uen yan# %e$ilih

    &i"asu'an 'e&ala" a$li'asi %esebu% 'e"u&ian a'an "uncul bin%an# $a&a ba ba#ian

    a%as+ i'a bin%an# yan# "uncul banya' "a'a hal %esebu% "enun-u'an 'ee"$a%

    'an&i&a% "e"il'i 'i%eia yan# sa"a un%u' &i-a&i'an $i"e+

    a"ba 1+ Se'uen yan# a'an &i U-i !i"e 

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    13/20

    Ga'(ar ).. Se'uen yan# a'an &i u-i .uali%as secaa nline

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

    Se%elah pick primers &i'li' "a'a a'an &i&a$a%'an hasil i&en%ifi'asi $i"e 

    yan# &i#una'an hasil a'an "e"$eliha%'an 'an&un#an ( suhu "el%in# ),"*suhu annealin# ),a*+ Dai hasil %esebu% "a'a a'an "en##a"ba'an ba#ai"ana

    'uali%as $i"e yan# a'an &i#unaan -i'a $i"e "e"ili'i 'aa'%e yan# sesuai

    &en#an syaa% "a' $i"e &a$a% &i#una'an+ Na"un a$abila %i&a' sesuai &en#an

    syaa% yan# a&a "a'a &a$a% &i#una'an se'uen DNA yan# lain+ Seba#ai con%oh &ai

    'ee"$a% 'an&i&a% $i"e yan# %e$ilih "a'a &a$a% &i$ilih 'an&i&a% lainnya yan#

    sesuai &en#an syaa% $i"e+

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    14/20

    Ga'(ar ).. 8asil U-i .uali%as !i"e secaa nline

    )Do'u"en%asi .elo"$o' 201*

      ,aha$ yan# bebe&a &ila'u'an a$abila &esain $i"e &en#an caa "anual hal

    yan# "e"be&a'an a&alah $ehi%un#an 'uali%as $i"e secaa "anual se$e%i $ehi%un#an 'an&un#an ( suhu "el%in# ),"* &an suhu annealin# ),a*+ 8al

     $e%a"a yan# $elu &ila'u'an a&alah &en#an "e"ilih se'uen &en#an $an-an# base

     $ais yan# &i%en%u'an &ai salah sa%u 'an&i&a% $i"e yan# %e$ilih+

      Dala" #a"ba seba#ai con%oh &i$ilih se'uen DNA &en#an -u"lah 20 b$ &ai

    se'uen yan# %e$ilih "a'a 'uali%as $i"e &iu-i secaa "anual &en#an u"us :

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    15/20

    1+ Ru"us u"lah ( :

    Jumlah PanjangSekuens¿

    JumlahGC ¿

      100 6

    2+ Ru"us Suhu el%in# ),* : >) < ( * 4 @ < > ) A < , * 2 *

    3+ Ru"us Suhu Annealin# ),A* : ," 5◦(

    Dai hasil $ehi%un#an "a'a a'an &i'e%ahui 'uali%as $i"e yan# a'an &i#una'an+

    BAB IV

    HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

    .1 Ha%&l Pe!a'ata

    Ga'(ar .1.1 8asil &a%a se'uens "en##una'an a$li'asi (lus%al

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    16/20

    Ga'(ar .1.2 8asil &a%a se'uens $i"e secaa online

    Ga'(ar .1.) Se'uens yan# Di$ilih seba#ai .an&i&a% !i"e 

    Ta(el .1.1 8asil !en#a"a%an !ehi%un#an anual

     No+ Se'uens yan# ,e$ilih !an-an# u"lah Suhu el%in# Suhu

    Sek"e% ka+&+at

    r&'er ter &l&-

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    17/20

    )b$* ( ),"* Annealin#

    ),a*1+ ,AA((,(AAA,(A, 20 b$ 40 6 5◦( 51◦(

    .e%ean#an :

    4+ Ru"us u"lah ( :

    Jumlah PanjangSekuens¿

    JumlahGC ¿

      100 6

    5+ Ru"us Suhu el%in# ),* : >) < ( * 4 @ < > ) A < , * 2 *+ Ru"us Suhu Annealin# ),A* : ," 5◦(

    .2 Pe'(a-a%a

    !a'%i'u" ini "en##una'an  soft0are !lustal23.  yan# be%u-uan

    un%u' "e"bua% ali#n"en% se'uens+ Sua%u $i"e haus &iali#n"en% i%u

    'aena un%u' "e"ilih 'an&i&a% $i"e yan# a'an &i#una'an+ Da$a% &iliha%

    &ai hasil &a%a se'uens yan# %elah &ibua% &ai  soft0are !lustal23.  bah/a

    %e&a$a% bin%an# yan# $enuh &iba#ian a%as i%u "enun-u''an bah/a se'uens

    yan# &i&a$a%'an i%u bai'+

    Ga'(ar .2.1 8asil &a%a se'uens "en##una'an a$li'asi (lus%al yan# bai' 

    Se%elah &i&a$a%'an hasil se'uens "a'a &ila'u'an $en#u-ian secaa

    online $a&a /eb ///+bioinfo"a%ics+nl$i"e3$lus  yan# &ila'u'an un%u' 

    "en#e%ahui %i%i' leleh ),"* "asin#"asin# $i"enya &an 'an&un#an (

    nya+ Se$asan# $i"e yan# bai' haus "e"$unyai ," yan# ela%if sa"a

    &en#an 'an&un#an ( yan# cu'u$ %in##i+ Desain $i"e yan# bai' -u#asan#a% $en%in# un%u' 'ebehasilan ea'si !(R+ Sesuai &en#an hasil se'uens

    Cin%an#

    yan# $enuh

    http://www.bioinformatics.nl/primer3plushttp://www.bioinformatics.nl/primer3plushttp://www.bioinformatics.nl/primer3plus

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    18/20

    secaa online %esebu% &ai $i"e 1 'anan &an $i"e 2 'anan ," nya

    %eliha% lebih bai' 'aena $i"e 1 'anan ," yai%u 599  o( &an $i"e 2

    'anan ," nya yai%u 59  o( se&an#'an $i"e 1 'ii &an $i"e 2 'ii ,"

    yan# &i&a$a%'annya yai%u $i"e 1 'ii 02  o( &an $i"e 2 'ii 00  o( hal

    %esebu% "e"$eliha%'an %eliha% -auh &ai s'ala o$%i"al suhu "el%in#nya

    ),"* 'aena o$%i"al suhu "el%in# %esebu% yai%u se'i%a 5259 o(+

    8asil &ai 'an&un#an ( yan# o$%i"al i%u se'i%a 4006+ Sesuai

    hasil se'uens $i"e 1 'anan &an 'ii %elah bai' 'aena $i"e 1 'anan

    %e&a$a% 'an&un#an (nya 5506 &an $i"e 1 'iinya 5006+ Da$a% %eliha%

     $ula un%u' $i"e 2 bai' 'anan "au$un 'ii %eliha% bah/a 'an&un#an

    (nya o$%i"al un%u' $i"e 2 'anan %e&a$a% 'an&un#an (nya 4506 &an $i"e 2 'ii 5006+ a&i &a$a% %eliha% bah/a hasil 'an&un#an ( &ai

    'e&ua $i"e %esebu% bai'+

    Se&an#'an hasil yan# &ihi%un# "en##una'an "anual i%u &en#an

    se'uens yan# %e$ilihnya ,AA((,(AAA,(A, yan# "e"ili'i

     $an-an# 20b$ &a$a% &iliha% $a&a hasil $en#a"a%an bah/a 'an&un#an (nya

    406 hal %esebu% su&ah &a$a% %eliha% bai' 'aena su&ah &i-elas'an %a&i &ia%as

    o$%i"al 'an&un#an ( i%u se'i%a 4006+ Se&an#'an suhu "el%in#nya

    ),"* sebesa 5  o( suhu %esebu% bai' sesuai &en#an syaa% $i"e+ i'a

    &iliha% &ai $i"e 1 &an 2 yan# &ihhi%un# "en##una'an a$li'asi online

    %esebu% &a$a% &iliha% bah/a suhu "el%in#nya lebih bai' $i"e yan# &ihi%un#

    "en##una'an "anual 'aena suhunya i%u &ise'i%a 525  o(+

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    19/20

    BAB V

    PENUTUP

    /.1 Ke%&',"la

    Desain $i"e &a$a% &ila'u'an &en#an "en##una'an (lus%al 1+3+!o#a" %esebu% "e"ili'i 'elebihan &an 'e'uan#an %esen&ii &ala"

    "en&esain $i"e+ !i"e yan# &i&a$a%'an &ai sof%/ae %esebu% %elah sesuai

    &en#an $esyaa%an $i"e yan# bai'+

    /.2 Sara

    ahasis/a &a$a% "e"ban&in#'annya &en#an a$li'asi $e"bua%

    &esi#n $i"e lainnya se$e%i INI,J(K a%au$un I$ess 3+01 sehin##a

    lebih $aha" &en#an 'elebihan &an 'e'uan#an sesuai &en#an 'ebu%uhan $eneli%i+

  • 8/18/2019 Desain Primer Fix

    20/20

    DAFTAR PUSTAKA

    Gi&o/a%i 2013+ De%a& Pr&'er S&tkr' B Se(a!a& %ala- %at" K',e PR 

    "t"k +etek%& DNA+ Jo#ya'a%a: Ee"ba#a !eneli%ian Univesi%as Fsla"

     Ne#ei Sunan .ali-a#a+ ,ese&ia LnlineM: h%%$:&i#ilib+uin

    su'a+ac+i&11901C!,N7620Is%i620G620Gi&o/a%i+$&f + 17 A$il 201

    http://digilib.uin-suka.ac.id/11908/1/BOPTN-7%20Esti%20W%20Widowati.pdfhttp://digilib.uin-suka.ac.id/11908/1/BOPTN-7%20Esti%20W%20Widowati.pdfhttp://digilib.uin-suka.ac.id/11908/1/BOPTN-7%20Esti%20W%20Widowati.pdfhttp://digilib.uin-suka.ac.id/11908/1/BOPTN-7%20Esti%20W%20Widowati.pdfhttp://digilib.uin-suka.ac.id/11908/1/BOPTN-7%20Esti%20W%20Widowati.pdf