Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 states of...

27
Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 states of Brazil Harrison Magdinier Gomes a , Atina Ribeiro Elias a , Maranibia Aparecida Cardoso Oelemann a , Márcia Aparecida da Silva Pereira a , Fátima Fandinho Onofre Montes a , Ana Grazia Marsico b , Afrânio Lineu Kritski b , Luciano dos Anjos Filho b , Paulo C. Caldas c , Lia Gonçalves Possuelo d , Patrícia Cafrune d , Maria Lúcia Rossetti d , Norma Lucena e , Maria Helena Feres Saad f , Hebe Rodrigues Cavalcanti f , Clarisse Queico Fujimura Leite g , Rossana Coimbra de Brito h , Maria Luiza Lopes i , Karla Lima i , Maisa Souza i , Rita de Cássia Trindade j , Thierry Zozio k , Christophe Sola k,1 , Nalin Rastogi k,, Philip Noel Suffys a,a Laboratory of Molecular Biology Applied to Mycobacteria, Dept. Mycobacteriosis, Oswaldo Cruz Institute, Rio de Janeiro, Brazil b Institute of Thoracic Disease, Federal University of Rio de Janeiro, Brazil c Ministry of Health, Rio de Janeiro, Brazil d Federal University of Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil e Centro de Pesquisa Aggeu Magalhães, Pernambuco, Brazil f Dept. Mycobacteriosis, Oswaldo Cruz Institute, Rio de Janeiro, Brazil g Dept. Pharmacy State University of São Paulo, Araraquara, Brazil h State University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil i Evandro Chagas Institute, Pará, Brazil j Federal University of Sergipe, Sergipe, Brazil k WHO Supranational TB Reference Laboratory, Institut Pasteur de la Guadeloupe, Abymes, France article info Article history: Available online 1 September 2011 Keywords: Mycobacterium tuberculosis Population structure Spoligotyping Brazil Database abstract One of the high tuberculosis (TB) incidence countries in the world, Brazil is characterized by considerable differences in TB incidence on regional and state level. In the present study, we describe Brazilian spoligo- types of 1991 Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) clinical isolates from patients residents of 11 states from different regions of the country, diagnosed between 1996 and 2005. By performing spoligotyp- ing on a large number of M. tuberculosis clinical isolates, one of the main objectives of this study was to determine the major genotype families causing TB in Brazil and to verify the region-associated genotype distribution. We observed a total of 577 distinct spoligopatterns, 12.6% of these corresponded to orphan patterns while 87.4% belonged to 326 shared-types (SITs). Among the latter, 86 SITs (isolated from 178 patients) had been observed for the first time in this study, the most frequent being SIT2517 which belonged to the T3-ETH lineage and was exclusively found among patients residents of Belém, the capital of the state of Pará (n = 8 isolates). Irrespective of shared-type labeling, a total of 19.5% strains were unique (unclu- stered) in our study as opposed to 80.5% clustered isolates (189 clusters, size range from 2 to 205 isolates). The three largest clusters were SIT42 of the Latin-America & Mediterranean (LAM) 9 clade (10.3%), SIT53 of the T clade (7.6%), and SIT50 of the Haarlem clade (5.4%). The predominant MTC lineages in Brazil in decreas- ing order belonged to the LAM (46%); the ill-defined T (18.6%); the Haarlem (12.2%), the X (4.7%), the S (1.9%), and the East African Indian (EAI) (0.85%) families. The rest of clades grouped together as Mycobacte- rium africanum, Mycobacterium bovis, Beijing, Central Asian (CAS), and the Manu types, represented less than 1% of the strains. Finally, about 15% of the isolates showed spoligotype signatures that were not yet classified among well-defined lineages. In conclusion, we provide hereby a first insight into the population structure of MTC isolates in Brazil, showing the predominance of both LAM and T family and the existence of region-associated genotypes. Ó 2011 Elsevier B.V. All rights reserved. 1. Introduction Human tuberculosis (TB) is generally caused by infection with Mycobacterium tuberculosis and is the major cause of adult deaths due to infectious diseases (Blower et al., 1996). This species is a 1567-1348/$ - see front matter Ó 2011 Elsevier B.V. All rights reserved. doi:10.1016/j.meegid.2011.08.027 Corresponding authors. E-mail addresses: [email protected] (C. Sola), nrastogi@pasteur- guadeloupe.fr (N. Rastogi), psuffys@ioc.fiocruz.br (P.N. Suffys). 1 Present address: Institut de Génétique et Microbiologie, Orsay, France Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656 Contents lists available at SciVerse ScienceDirect Infection, Genetics and Evolution journal homepage: www.elsevier.com/locate/meegid

Transcript of Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 states of...

Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patientsresidents of 11 states of Brazil

Harrison Magdinier Gomes a, Atina Ribeiro Elias a, Maranibia Aparecida Cardoso Oelemann a,Márcia Aparecida da Silva Pereira a, Fátima Fandinho Onofre Montes a, Ana Grazia Marsico b,Afrânio Lineu Kritski b, Luciano dos Anjos Filho b, Paulo C. Caldas c, Lia Gonçalves Possuelo d,Patrícia Cafrune d, Maria Lúcia Rossetti d, Norma Lucena e, Maria Helena Feres Saad f,Hebe Rodrigues Cavalcanti f, Clarisse Queico Fujimura Leite g, Rossana Coimbra de Brito h,Maria Luiza Lopes i, Karla Lima i, Maisa Souza i, Rita de Cássia Trindade j, Thierry Zozio k,Christophe Sola k,1, Nalin Rastogi k,⇑, Philip Noel Suffys a,⇑

a Laboratory of Molecular Biology Applied to Mycobacteria, Dept. Mycobacteriosis, Oswaldo Cruz Institute, Rio de Janeiro, Brazilb Institute of Thoracic Disease, Federal University of Rio de Janeiro, BrazilcMinistry of Health, Rio de Janeiro, Brazild Federal University of Rio Grande do Sul, Porto Alegre, BrazileCentro de Pesquisa Aggeu Magalhães, Pernambuco, BrazilfDept. Mycobacteriosis, Oswaldo Cruz Institute, Rio de Janeiro, BrazilgDept. Pharmacy State University of São Paulo, Araraquara, Brazilh State University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, BraziliEvandro Chagas Institute, Pará, Brazilj Federal University of Sergipe, Sergipe, BrazilkWHO Supranational TB Reference Laboratory, Institut Pasteur de la Guadeloupe, Abymes, France

a r t i c l e i n f o

Article history:

Available online 1 September 2011

Keywords:

Mycobacterium tuberculosis

Population structure

Spoligotyping

Brazil

Database

a b s t r a c t

One of the high tuberculosis (TB) incidence countries in the world, Brazil is characterized by considerable

differences in TB incidence on regional and state level. In the present study, we describe Brazilian spoligo-

types of 1991 Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) clinical isolates from patients residents of 11

states from different regions of the country, diagnosed between 1996 and 2005. By performing spoligotyp-

ing on a large number of M. tuberculosis clinical isolates, one of the main objectives of this study was to

determine the major genotype families causing TB in Brazil and to verify the region-associated genotype

distribution. We observed a total of 577 distinct spoligopatterns, 12.6% of these corresponded to orphan

patterns while 87.4% belonged to 326 shared-types (SITs). Among the latter, 86 SITs (isolated from 178

patients) hadbeenobserved for thefirst time in this study, themost frequent being SIT2517whichbelonged

to the T3-ETH lineage andwas exclusively found among patients residents of Belém, the capital of the state

of Pará (n = 8 isolates). Irrespective of shared-type labeling, a total of 19.5% strains were unique (unclu-

stered) in our study as opposed to 80.5% clustered isolates (189 clusters, size range from 2 to 205 isolates).

The three largest clusters were SIT42 of the Latin-America &Mediterranean (LAM) 9 clade (10.3%), SIT53 of

theT clade (7.6%), andSIT50of theHaarlemclade (5.4%). ThepredominantMTC lineages inBrazil indecreas-

ing order belonged to the LAM (46%); the ill-defined T (18.6%); the Haarlem (12.2%), the X (4.7%), the S

(1.9%), and the East African Indian (EAI) (0.85%) families. The rest of clades grouped together asMycobacte-

rium africanum, Mycobacterium bovis, Beijing, Central Asian (CAS), and the Manu types, represented less

than 1% of the strains. Finally, about 15% of the isolates showed spoligotype signatures that were not yet

classified amongwell-defined lineages. In conclusion, we provide hereby a first insight into the population

structure ofMTC isolates inBrazil, showing the predominance of both LAMandT family and the existence of

region-associated genotypes.

Ó 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

1. Introduction

Human tuberculosis (TB) is generally caused by infection withMycobacterium tuberculosis and is the major cause of adult deathsdue to infectious diseases (Blower et al., 1996). This species is a

1567-1348/$ - see front matter Ó 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

doi:10.1016/j.meegid.2011.08.027

⇑ Corresponding authors.

E-mail addresses: [email protected] (C. Sola), nrastogi@pasteur-

guadeloupe.fr (N. Rastogi), [email protected] (P.N. Suffys).1 Present address: Institut de Génétique et Microbiologie, Orsay, France

Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656

Contents lists available at SciVerse ScienceDirect

Infection, Genetics and Evolution

journal homepage: www.elsevier .com/locate /meegid

member of the M. tuberculosis complex (MTC), a group of closelyrelated slow-growing mycobacteria that includes M. tuberculosis,

Mycobacterium bovis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium

microti, Mycobacterium canettii, Mycobacterium pinnipedii andMycobacterium mungi. Although one third of the human populationis infected by M. tuberculosis, only a relatively small proportion ofinfected persons migrate from infection to disease. This could bedue to the long and lasting relationship between the humans pop-ulations and M. tuberculosis strains, as demonstrated by detectionofM. tuberculosis DNA in Egyptian, Peruvian and Andean mummies(Zink et al., 2003; Salo et al., 1994; Konomi et al., 2002) and thedetection of MTC DNA in a North American bison that lived around17,000 years ago (Rothschild et al., 2001). However, despite thislong standing association between certain genotypes ofM. tubercu-

losis and human populations (Rastogi and Sola, 2007), severe TBepidemic peaks were reported in 18th–19th century Europe(Fletcher et al., 2003). The reemergence of TB in the nineties, par-tially attributed to increasing demography, declining economicalconditions in certain third world countries, and lack of political will– called for immediate global attention, best translated by the Glo-bal Plan to stop TB during 2006–2015 which focuses, among oth-ers, on detection followed by directly-observed treatment ofpatients (Orcau et al., 2011); hence medical interventions are atthe core of the global strategy. However, historically, TB has beenused as a prime example of a ‘‘social disease’’, the control of whichrequires social, economic, scientific and environmental interven-tions (Lönnroth et al., 2009). Indeed, the TB burden follows a strongsocio-economic gradient between countries, within countries, andwithin communities, with the poorest having the highest risk;nonetheless, the causal pathways linking poverty and low socio-economic status to increased risk of tuberculosis are not fullyunderstood. The global TB control mainly focuses on cutting trans-mission through early case detection and effective treatment.

More recently, the global TB control objectives were redefinedto add the research component (http://www.stoptb.org/global/plan), since a better comprehension of the disease as well as thebacterium causing it would help design new approaches to controlTB. In this context, the new innovations to study molecular epide-miology (reviewed in Garcia de Viedma et al., 2011), allow not onlyto comprehend the human demography-influenced macropopula-tion structure ofM. tuberculosis, but further allow to boost the localTB control programs thanks to both descriptive as well as interven-tionist molecular epidemiological approaches. According to themost recent Global TB Control Report by WHO, Brazil is one ofthe 22 high burden TB countries in the world with an estimatedincidence of 72/100,000 population (low estimate; high estimatebeing 100/100,000), and a TB/HIV co-infection rate of 12%(http://www.stoptb.org/assets/images/about/tbl_burden.gif). Bra-zil is a Federal Republic, composed of 26 states and a Federal Dis-trict (Brasília), occupying a geographic area of 8514,877 km2, withconsiderable regional differences in TB incidence among states.These differences are partly due to differences in host populationstructure, demographic variables and resulting transmission rates,as well as social determinants such as access to health care system.The country-wise differences in TB incidence are strongly influ-enced by the large size of the country (WHO, 2008), nonethelesswhether the genetic variability of M. tuberculosis strains could bepartly responsible for this phenomenon remains to be investigated.In 2008, a total of 71,059 new TB cases were registered in Brazil,including 6724 cases in the Northern region, 20,164 cases in theNorth-Eastern region, 3115 cases in the Mid-Western region,8764 cases in the South region and 32,266 cases in the South-East-ern region. Since molecular characterization ofM. tuberculosis com-plex in developing nations has lead to novel information about thespread of M. tuberculosis (Oelemann et al., 2007), we performedgenotyping of a collection of available strains collected from 11

states that account for 71% of the total Brazilian population of190 million habitants.

Although M. tuberculosis complex represents one of the mostextreme examples of genetic homogeneity, with about 0.01–0.03% synonymous nucleotide variation and no significant traceof genetic exchange among them (Sreevatsan et al., 1997; Gut-ierrez et al., 2005); some recently developed PCR-based tools haveallowed to study both the biodiversity and phylogeographicalassessment of circulating M. tuberculosis clones (Garcia de Viedmaet al., 2011). Among these, the use of spoligotyping led to thedescription of SpolDB4 in 2006, a revolutionary database that al-lowed constructing a first detailed geographic scenario on globaldistribution of M. tuberculosis spoligotypes (Brudey et al., 2006a).We hereby report on a first large nationwide study to describespoligotyping-based genetic diversity and main genotypic lineagesof M. tuberculosis complex clinical isolates in Brazil.

2. Material and methods

2.1. Patients and bacterial isolates

The treatment of TB in Brazil is decentralized and directly takencare of in basic health units located at the municipal district level.Considering the complexity of logistics at the country-wide levelof Brazil, the 11 states chosen in this retrospective study dependedon the available contacts between the collaboratingpartners insteadof an exhaustive retrospective recruitment of strains/DNAs for spol-igotyping fromall states; henceour study samplemaybe considereda convenience sample. This study describes spoligotyping results ofa total of 1991M. tuberculosis complex (MTC) strains isolated during1997–2005 from the same number of patients, residing in 11 statesof Brazil, characterized by considerable differences in populationsize and TB incidence (Table 1). The isolates came from residentsof the five political regions of Brazil and included the North region(n = 223, 11.1%), theNorth-East region (n = 199, 11.4%), the South re-gion (n = 259, 13.1%), the South-East region (n = 1261, 62.3%), andtheMiddle-East region (n = 7, 0.35%). For comparison, the total num-ber of new cases of TB in 2008 was 71,059; 74% of which were resi-dents of the 11 states included in the present study as compared tothe remaining 26% of the cases recorded in the other 15 states of thecountry. The population and number of TB cases is presented in Ta-ble 1; it may be summarized to conclude that about 42% of the Bra-zilian population lives in the South-East region and accounts for 45%(n = 32,266) of all new TB cases while the population of the Mid-West region represents 7.3% of the total population and accountsfor 4.4% (n = 3115) of new TB cases.

2.2. Nucleic acid extraction and spoligotyping

The DNA samples or cultures were mostly supplied by govern-mental institutions and when received as cultures, the bacterialDNA was prepared at one of the participating laboratories usingeither the CTAB method (van Soolingen et al., 1991) or bacterial ly-sis by heat shock. Spoligotyping was performed as described previ-ously (Kamerbeek et al., 1997). As shown recently (Abadia et al.,2011), DNA samples prepared by both procedures generated simi-lar spoligotyping results. Note that all genotyping was performedon de-identified DNA samples.

2.3. Computer assisted genotype analysis and comparison with

databases

Spoligotype patterns as octal codes were entered in the SITVIT2proprietary database of the Institut Pasteur de la Guadeloupe,which is an updated version of the previously released SpolDB4

650 H.M. Gomes et al. / Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656

database (Brudey et al., 2006a; available online http://www.pas-teur-guadeloupe.fr:8081/SITVITDemo). At the time of the initialanalysis on April 2, 2009, the database contained genetic patternsof about 72,000 M. tuberculosis clinical isolates from 160 countriesof origin. In this database, Spoligotype International Type (SIT) des-ignates patterns shared by two or more patient isolates, whereas‘‘orphan’’ designates patterns reported for a single isolate. The Bio-numerics software Version 3.5 (Applied Maths NV, Sint-Martens-Latem, Belgium) was used to build minimum spanning trees(MST) based on spoligotyping data obtained in this investigationas reported previously (Helal et al., 2009). MST is an undirectednetwork in which all of the samples are linked together with thefewest possible linkages between nearest neighbors. Using this ap-proach, one considers that all intermediate stages are presentwithin the sample analyzed by including first the individual thatshows the greatest number of possible linkages to other individu-als in the population studied. We used this method to highlight thelinks between spoligotypes and lineages differing by changes ob-served in their direct variable repeats (Helal et al., 2009). Lastly,statistical analysis was performed by comparing categorical vari-ables by a two-tailed Fisher exact test with Yates’ correction whenapplicable (p value of 0.05 or less was considered significant).

3. Results

Spoligotyping showed the predominance of both the LAM andthe T families in Brazil as well as the existence of region-associatedgenotypes. It grouped all the 1991 clinical isolates in 577 distinctpatterns: 251 (43.5%) corresponded to orphan strains (Supplemen-tal Table S1) while the remaining 1740 (87.5%) isolates belonged to326 shared-types (SITs; Supplemental Table S2). Among the latter,86 SITs representing 178 patient isolates had not been reported be-fore, and were assigned new SIT numbers and lineages followingexpert-based interpretations using revised SpolDB4 rules. Themost important new SIT (SIT2517) was composed of eight isolatesfound only in the city of Belém, Para State, North Brazil, and be-longed to the T3-ETH clade. Among the 1991 isolates, 917 (46%)belonged to the LAM family; 370 (18.6%) to the ill-defined Tsuper-family (T1, T2, T3, T4 and T5; defined by default by Brudeyet al., 2006a); 242 (12.2%) to the Haarlem family; 93 (4.7%) as Xfamily; and 31 (1.6%) as S family. The rest belonged to smaller lin-eages and included genotypes characteristic of Beijing, CAS andManu lineages, as well as other MTC subspecies such as M. africa-

num and M. bovis, representing less than 1% of the strains.

The top-12 spoligotype clusters grouped 904/1991 (45.4%) ofBrazilian MTC clinical isolates, and six of these belonged to well-defined LAM sublineages: LAM9/SIT42 n = 205, 10.30%; LAM2/SIT17 n = 85, 4.27%; LAM 6/SIT64 n = 73, 3.66%; LAM3/SIT33n = 68, 3.41%; LAM1/SIT20 n = 54, 2.71%; LAM5/SIT93 n = 23,1.15% (Table 2). Other minor LAM sublineages corresponded toLAM4, LAM8, LAM10 and LAM11 comprising 1.5% or less of totalstrains. Nonetheless, differences in the frequency of the differentLAM sublineages among different states were not statistically sig-nificant (Supplemental Tables S1 and S2).

The Haarlem family represented 12.1% (n = 242) of isolates. Inour study, the 242 Haarlem spoligotypes were subdivided intoH1 (n = 74, 30.6%), H2 (n = 7, 2.9%), and H3 (n = 108, 44.6%); a highdiversity was present for H1 and H3 sublineages (18 and 53 differ-ent patterns respectively). The ill-defined T super-family (n = 370,18.6%) was present in our study, and its prototype SIT53 (n = 151,7.6%) was the 2nd most frequent pattern in our study (Table 2);it represented 41% of all T genotype strains and 2/3rd of all T iso-lates came from Rio de Janeiro (absent in Sergipe, Goiás andParaná).

The S family (n = 37, 1.9%) strains – mostly characterized by itsprototype SIT34 (n = 31; characterized by the absence of the spac-ers 9, 10 and 33 to 36) – were most frequent in Rio de Janeiro(n = 27). Interestingly, we also found EAI lineage strains whichare phylogeographically specific of South-East Asia, India andEast-Africa (Brudey et al., 2006a). In our study, it was representedby 17 isolates originating in three states, with a single isolate in Re-cife, Pernambuco (SIT1983) and Rio de Janeiro (SIT11), and 15 inPará state; the latter were subdivided into SIT48/EAI1-SOM(n = 4); SIT702/EAI6-BGD1 (n = 4); SIT2543/EAI6-BGD1 (n = 2);SIT129/EAI6-BGD1 (n = 1); SIT924/EAI (probable ancestor of EAI2-Nonthaburi) (n = 1) and three orphans. Lastly, the ancestral Manulineage strains were represented by all the three sublineages(Manu1, Manu2 and Manu3), and isolated from patients in Rio deJaneiro (n = 6) and in São Paulo (n = 2).

A small group of SITs were found in one region or state of Brazil,e.g., in Rio de Janeiro: SIT18/X2 (n = 13), SIT37/T3 (n = 5), SIT156/Unknown (n = 4), SIT370/T1 (n = 7), SIT1163/T3 (n = 5), SIT746/Un-known (n = 4), SIT176/LAM (n = 7), SIT534/LAM (n = 4), SIT770/LAM9 (n = 8), SIT1106/LAM4 (n = 5); in Pará, SIT2517/T3-ETH(n = 8), and in Pernambuco, SIT2553/X2 (n = 4). On the opposite,we also observed patterns shared between 2 and 3 states, suchas SIT65 (Rio Grande do Sul n = 21; Rio de Janeiro n = 3; São Paulon = 1), SIT119 (Rio Grande do Sul n = 9; Pará n = 1; Pernambucon = 1), SIT157 (Amazonas n = 4; Rio de Janeiro n = 7; São Paulo

Table 1

The population size and TB incidence (new cases/100,000 inhabitants) among 11 states of Brazil.

Brazilian regions States Population a TB incidence b Number (%) of strains in study c

North Amazonas 3221,939 67.1 37 (1.86%)

Pará 7065,573 45.7 186 (9.34%)

North-East Ceará 8185,286 33.8 71 (3.57%)

Pernambuco 8485,386 48.1 78 (3.92%)

Sergipe 1939,426 38.1 50 (2.51%)

Mid-West Goiás 5647,035 14.7 7 (0.35%)

South-East Minas Gerais 19,273,506 24.0 57 (2.86%)

Rio de Janeiro 15,420,375 35.6 1024 (51.43%)

São Paulo 39,827,570 73.3 180 (9.04%)

South Paraná 10,284,503 36.5 6 (0.30%)

Rio Grande do Sul 10,582,840 26.1 253 (12.71%)

a From:http://www.ibge.gov.br/english/presidencia/noticias/noticia_impressao.php?id_noticia=1065 (Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística - IBGE, Population

count 2007).b From: http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/deftohtm.exe?idb2009/d0202.def MS/SVS - Sistema de Informações de Agravos (Taxa de incidência de TB segundo unidade da

federação, Período 2007).c Note that for 42 (2.11%) strains collected, the region of origin was not available.

H.M. Gomes et al. / Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656 651

Table 2

Description of the 12 most predominant clusters representing 904/1991 (45.4%) of Brazilian M. tuberculosis clinical isolates, and their worldwide distribution in the SITVIT2 database.652

H.M

.Gomes

etal./In

fection,Gen

eticsandEvolutio

n12(2012)649–656

n = 1), SIT240 (São Paulo n = 5; Rio Grande do Sul n = 1), SIT291 (Riode Janeiro n = 7; São Paulo n = 1), SIT462 (Rio de Janeiro n = 5; RioGrande do Sul n = 1); SIT498 (Rio Grande do Sul n = 10; Pará n = 1),SIT535 (Rio de Janeiro n = 13; São Paulo n = 5).

Despite recent controversy around the suitable methods forMTC phylogenetical analyses (Comas et al., 2009), we drew a spol-igotyping-based MST to summarize the probable evolutionaryrelationships between all shared-type patterns observed in ourstudy (Fig. 1; note that hypothetical links were allowed in this tree,and are represented by gray dotted lines). This tree is split in twolarge and opposite branches, the top one for the LAM super-family,and bottom one grouping T, S, X and Haarlem families (Fig. 1A). Inthe zoomed image (Fig. 1B), one may observe two main centralnodes – the upper node representing the SIT42/LAM9, and a middlenode representing SIT53/T connected to H3 and H1 subgroups atthe bottom. The SIT53 node is directly connected to X and S lin-eages (right and left hand sides, respectively). Note that all the pre-dominant LAM sublineages were well represented in the MST;among these the most predominant LAM9 sublineage with its pro-totype SIT42 (n = 205) constituted the central node of the tree. Italso showed the highest diversity with SITs other than its proto-type SIT42. Other LAM sublineages present with their prototypesas the branch nodes were: LAM2/SIT17 n = 85; LAM6/SIT64n = 73; LAM3/SIT33 n = 68; LAM1/SIT20 n = 54; and LAM5/SIT93(n = 23).

4. Discussion

The global TB control mainly focuses on cutting transmissionthrough early case detection and effective treatment. Medicalinterventions are at the core of the global strategy. The influence

of ethnicity on susceptibility to infection and disease developmenthas been described before and of the most striking examples isinfection with plasmodium, causing malaria (Kwiatkowski, 2000).Recently, it was suggested that different ethnic groups had differ-ent susceptibility for particular M. tuberculosis strains which couldeven be observed in complex population settings (Gagneux et al.,2006). Beside the host genetic background, human migration hasalso been demonstrated to influence the genetic composition andregion-associated genetic variability of parasites, as seen forMyco-

bacterium leprae (Monot et al., 2005), and M. tuberculosis (Mokrou-sov, 2007).

In the present study, we provide the first insight into the popu-lation structure of MTC isolates in Brazil, showing the predomi-nance of both the LAM and the T family and the existence ofregion-associated genotypes. Indeed, almost half (46.2%) of theMTC population presented in our study was characterized withLAM genotypes, confirming the predominance of this super-familyin South American TB patients, including in Brazil.

The principal group of isolates (42%) came from the South-East-ern region, the richest and most industrialized Brazilian region andone of the most important economic regions from South America.This region receives migrants from the whole of Brazil and fromother South American countries, as well as tourists from other re-gions. We assume that origin of eventual genetic diversity of M.

tuberculosis in Brazil is due to political, economical and social as-pects of the society, as well as a consequence of five centuries ofinterethnic relationships from people worldwide (Parra et al.,2003). In the first decade of the 19th century, the Brazilian portswere opened to all ‘‘friendly nations’’ and this attitude was respon-sible to increase the numbers of immigrants from all parts of theworld (Prado, 1981; IBGE, 2000). Between 1500 (Brazil’s discovery)

Fig. 1. A minimum spanning tree (MST) illustrating phylogenetical relationships between the Brazilian spoligotypes: (A) global tree (B) zoomed image of main nodes and

branches. The tree connects each shared-type pattern based on degree of differences among them as represented by the presence or absence of one or more spacers of the DR

locus. The structure of the tree is represented by branches (continuous vs. dotted lines), and circles (open vs. closed circles). Each circle represents one individual spoligotype

pattern, while the length of the branches represents the number of differences between patterns. The complexity of the lines (continuous, black dotted and gray dotted)

denotes the number of spacers of the DR locus that differ between two patterns: continuous for one spacer, black dotted for two spacers, and dotted gray for three or more

spacers.

H.M. Gomes et al. / Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656 653

and 1972, 58% of the immigrants who arrived in Brazil were Euro-peans, 40% Africans and 2% were Asians; between 1551 and 1850(when the slave trade was abolished), approximately 3.5 millionAfricans arrived in Brazil (Alves-Silva et al., 2000).

Knowledge on the distribution of M. tuberculosis genotypes on alarge scale has undergone a tremendous change since the release ofsuccessive versions of the international database of spoligotypes,from SpolDB1 in 1999 to SpolDB4 in 2006, and gradually increasingthe number of SITs, from 53 patterns in SpolDB1 to 1939 patternsin SpolDB4 (reviewed in Brudey et al., 2006a). This database waspresently updated to a version called SITVIT2 (Vanhomwegenet al., 2011) which describes about 2800 SITs from 160 countriesof patient origin. Besides providing an organized and interactivedatabase, this approach also offers an interpretation on worldwidetransmission dynamics, i.e., by definition susceptible to changesdue to new spoligotype input. One such example is the close asso-ciation of certain genotypes such as SIT18 in Brazil that was previ-ously reported in low frequency only in Great Britain, TheNetherlands and the United States (Brudey et al., 2006a). Despitethe reported occurrence of SIT18 found specifically in the Rio de Ja-neiro area (after 1997), its frequency in the world continues to below (Supplemental Table S2). SIT18 is linked to the X family of pre-sumed Anglo-Saxon ancestry (Brudey et al., 2006a). Despite anoverall low frequency of the X lineage in Brazil (4.7%), it is well-dis-tributed in six out of 11 states investigated: Pará, Pernambuco,Ceará, Rio Grande do Sul, Rio de Janeiro and São Paulo.

The LAM family predominated in South America with approxi-mately 45% in SpolDB4 and this is similar to the frequency of46.2% of LAM isolates observed presently. However, a state-wisedifference in frequency of LAM was observed; being highest inthe state of Sergipe, (81.6%) and may be due to the fact that thiswas the first region that was colonized by the Portuguese and sec-ondly by the state of Ceará (70%), an area that included three of the‘‘capitanias’’, originally granted by the Portuguese crown. The low-est frequency of LAM strains was observed in São Paulo state (35%).Although the LAM frequency is high in Latin-America, regional dif-ferences are observed, ranging between 65% in Venezuela to 17.4%in French Guiana (Brudey et al., 2006a). The predominance of theLAM super-family, as observed in Brazil, was also reported in Por-tugal, being 51% (David et al., 2007). It is reasonable to accept thatthis is due to the exclusive relationship between Portugal and Bra-zil during three centuries (1500–1808 AD), although sublineagessuch as LAM1 and LAM9 are observed twice as much in the presentstudy as compared to in Portugal. In this context, one would expectthe LAM family to be highly prevalent also among other former col-onies of Portugal such as Angola, Mozambique, Guinea-Bissau,Cabo Verde, São Tomé e Príncipe and East Timor, as well as regionssuch as Goa, Diu, Damão, Galiza e Macau. Although spoligotypesare not available from all the regions, available data in SITVIT2database shows that the proportion of LAM strains varies from28% in Mozambique to 16% in Guinea-Bissau. For more detailedinformation on spoligotypes that are shared between Brazilianand Portuguese isolates, please refer to the Supplemental Table S2.

A particular aspect of the LAM family strains is that they are un-ique to harbor a significant proportion of strains with a specificdeletion named RDRio characterized by a single long sequence poly-morphism (>26.3 kb) with deletion or modification of 10 genes(Lazzarini et al., 2007); interestingly the RDRio/LAM strains consti-tute a predominant clade causing TB in Rio de Janeiro – LAM1 andLAM2 being exclusively of the RDRio genotype, LAM4, LAM5, LAM6and LAM9 being composed of both RDRio and wild type (WT) geno-types, and LAM3 composed exclusively of WT isolates. Since RDRio

genotype is present in 30% of the isolates from Rio de Janeiro, andis suspected of being more virulent and able to cause disease morefrequently (Lazzarini et al., 2007), it will be worthwhile to investi-gate the presence of this genotype in the rest of Brazil. Although we

did not look for the RDRio deletion in the present study, but assum-ing that LAM1 (SIT20) and LAM2 (SIT17) are exclusively composedof the RDRio genotype and correlating it to the distribution of Bra-zilian spoligotypes in the present study (with the exception ofParaná, LAM1 and LAM2 isolates were present within a frequencyof 2–8% in all states), we may extrapolate that the RDRio genotypeis indeed widely spread throughout Brazil.

Regarding evolutionary modern strains belonging to the Euro-American lineage which comprises LAM, Haarlem, X and T clades(Gagneux and Small, 2007), we further looked on their distribu-tion pattern in Brazil (this study) as compared to Portugal (Davidet al., 2007). Regarding the ill-defined T family, and Haarlemfamily of European descent that was described in 1999 in TheNetherlands (with strains sharing the absence of spacer 31 butsubdivided as sublineages H1, H2 and H3 based on minor addi-tional variations: Kremer et al., 1999; Brudey et al., 2006a); weobserved similar frequencies of both T1 and H1 sublineages asopposed to the H3 sublineage which was more frequent inPortugal.

Considering the stable association between M. tuberculosis andits human host (Gagneux et al., 2006), a group of SITs found in Bra-zil at very low frequency and simultaneously uncharacteristic ofthe South American region in SITVIT2 database (Supplemental Ta-ble S2) could represent imported genotypes due to internationalmigratory flux. We therefore concentrated on genotypes that areobserved in a very low frequency in the present study, but werenot reported in Brazil or Latin-America in previous studies, andare phylogenetically specific of regions other than South America.As can be seen through the Supplemental Table S2, the genotypesBeijing/SIT1, EAI3-IND/SIT11, EAI1-SOM/SIT48, Manu2/SIT54 andManu2/SIT1690, LAM11-ZWE/SIT59, LAM11-ZWE/SIT2173,LAM10-CAM/SIT2550, and T5-RUS1/SIT803 are among some ofsuch examples.

Other examples include strains that are not phylogeneticallyspecific of South American region in SpolDB4 (Brudey et al.,2006a), but for whom some strains might have established them-selves in South America in an isolated manner at lower proportionsdue to recent migratory events (as seen through the updated SIT-VIT2 database). Such examples include Africanum/SIT32, EAI6-BGD1/SIT129, EAI6-BGD1/SIT702, EAI/SIT924, and EAI3-IND/SIT1983. Lastly, there are also some extreme examples of newly ar-rived genotypes in Brazil that have undergone evolutive pressurewith subsequent loss of some spacers, resulting in new spoligotypepatterns of lineages with well-documented specificity for distantcontinents. Such patterns are not yet documented in the country/continent of origin of the lineage, but are exclusively present inBrazil (Supplemental Table S2). Some examples include: T3-ETH/SIT2517 (n = 8), T-Tuscany/SIT2523 (n = 3), T5-RUS1/SIT2533(n = 2), T3-ETH/SIT2542 (n = 5), EAI6-BGD1/SIT2543 (n = 2), CAS1-Delhi/SIT2545 (n = 2), T3-ETH/SIT2546 (n = 2).

Other significant intercontinental matches were observed withNorth America and Europe, one explanation could be the historicalrelationship of these regions with Brazil right from the beginningof colonization (Table 2; Supplemental Table S2). The migratoryflux to North America and Europe from African and Asian countriesin recent decades and continued commercial and familial travel be-tween Brazil, North America and Europe could also indirectly ex-plain for some rarely observed genotypes in our study, e.g.,Beijing/SIT1, EAI3-IND/SIT11, EAI1-SOM/SIT48, Manu2/SIT54 andManu2/SIT1690, LAM11-ZWE/SIT59, LAM11-ZWE/SIT2173,LAM10-CAM/SIT2550 and T5-RUS1/SIT803), that are phylogeneti-cally specific of regions other than South America. Although thesestrains most probably represent imported cases of MTC, one cannotfully exclude the remote possibility that some isolates could be theremnants of strains undergoing extinction that were previouslypresent in Brazil due to a past undocumented association between

654 H.M. Gomes et al. / Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656

M. tuberculosis and its autochthonous host subpopulation in a dis-tant past.

The incomplete information we had regarding patients did notallow us to define whether clusters harbored outbreak strainsbut because most clusters included strains from different states(with the exception of EAI isolates found in significantly highernumbers in Belém, Pará state), one may assume that most of thespoligotyping clusters were not made up of outbreak strains. TheEAI genotypes, characterized by the absence of spacers 29–32and 34, were observed in 21 isolates, 16 were found in Pará, fourin Rio de Janeiro and one in Pernambuco. Among various EAI sub-types described in SpolDB4 (Brudey et al., 2006a), EAI1-SOM/SIT48,EAI6-BGD1/SIT129, EAI6-BGD1/SIT702, EAI/SIT924 and EAI6-BGD1/SIT2543 were found in a high proportion in the Pará state.As shown in the Supplemental Table S2, some of these SITs havebeen reported in neighboring French Guiana (SIT129 at 16% andSIT924 at 23.5%), suggesting transmission between citizens fromboth regions. Indeed, there is an important influx of Brazilians fromBelém to Cayenne in French Guiana for economical reasons, whilepeople from French Guiana travel frequently to Belém for tourism(Brudey et al., 2006b).

Among the spoligotypes that were observed in the presentstudy but related as being uncommon in South America, we men-tion four isolates with the ancestral Manu2/SIT54 genotype (threein Rio de Janeiro and one in São Paulo) and the LAM11-ZWE/SIT59spoligotype (three in Rio de Janeiro and one in Minas Gerais). InSpolDB4, the Manu2 genotype was specific for India, whileLAM11-ZWE was predominant in Zimbabwe. Unfortunately, wehave no information regarding eventual contact between the Bra-zilian patients with these isolates or with foreign patients.

Lastly, despite the fact that nearly 3.5 million people of Africanwere forced to migrate during three centuries, the low frequency inour study strains with phylogeographical specificity for Africa, e.g.,LAM10-CAM/SIT2550 (M. tuberculosis) or the AFRI lineage (M. afri-

canum), is noteworthy. We also found a relatively well spreadT5_Madrid2/SIT58 genotype which is highly prevalent in Spain(Brudey et al., 2006a); it was found in four states (one in Pará, fourin Rio de Janeiro, three in Rio Grande do Sul and one in São Paulo).Additionally, three isolates of T5_Madrid2/SIT1227 were found inRio de Janeiro. Lastly single isolates T1-RUS2/SIT280 and T-Tus-cany/SIT159 were also found in Rio de Janeiro, and could be dueto patient origin or contact with foreigners; nonetheless detailedpatient records were not available to conclude precisely.

Complementing genotyping of MTC clinical isolates to conven-tional epidemiological studies helps define bacterial populationstructure with a better understanding of the importance of circu-lating clones on TB transmission dynamics. Hence the results ofthis investigation which provide with a first insight in the popula-tion structure of the Brazilian MTC clinical isolates are particularlyimportant in the context of recent Brazilian health sector reformsfor TB control. Indeed, the new national plan on TB control nowimplements the WHO approved DOTS strategy (directly-observedtreatment, short-course) for TB control in 5500 municipalitiesthrough decentralized implementation via out-patient clinics(Kritski and Ruffino-Netto, 2000). A better knowledge of circulatingMTC strains and their genotypes, and any specific relationships be-tween specific MTC clones and host subpopulations, as well asvariables such as drug-resistance, virulence characteristics etc.,would be beneficial both for researchers and the national TB con-trol program. Nonetheless the clustering rate observed in our study(at almost 80%) is certainly too high since further differentiation ofTB clusters as defined by spoligotyping was not systematically per-formed using secondary markers. The next steps of this ongoingwork will now extend to MIRU-VNTRs based typing to draw epide-miological conclusions (Supply et al., 2006; Rastogi and Sola,2007).

Acknowledgments

We sincerely thank Angela Werneck, José Roberto Lapa e Silva,Júlia Salen, Luís Cláudio de Oliveira Lazzarini and Marcílio Fernan-des Baliza for their contribution to this study. This investigationwas partly supported by the Fiocruz-Pasteur research grant to Na-lin Rastogi and Philip Noel Suffys.

Appendix A. Supplementary data

Supplementary data associated with this article can be found, inthe online version, at doi:10.1016/j.meegid.2011.08.027.

References

Abadia, E., Zhang, J., Ritacco, V., et al., 2011. The use of microbead-basedspoligotyping for Mycobacterium tuberculosis complex to evaluate the qualityof the conventional method: Providing guidelines for Quality Assurance whenworking on membranes. BMC Infect Dis. 11, 110.

Alves-Silva, J., da Silva Santos, M., Guimarães, P.E., et al., 2000. The ancestry ofBrazilian mtDNA lineages. American Journal of Human Genetics 67, 444–461.

Blower, S.M., Small, P.M., Hopewell, P.C., 1996. Control strategies for tuberculosisepidemics: new models for world problems. Science 273, 497–500.

Brudey, K., Driscoll, J.R., Rigouts, L., et al., 2006a. Mycobacterium tuberculosiscomplex genetic diversity: mining the fourth international spoligotypingdatabase (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology.BMC Microbiology 6, 23.

Brudey, K., Filliol, I., Ferdinand, S., et al., 2006b. Long-term population-basedgenotyping study of Mycobacterium tuberculosis complex isolates in the Frenchdepartments of the Americas. Journal of Clinical Microbiology 44, 183–191.

Comas, I., Homolka, S., Niemann, S., Gagneux, S., 2009. Genotyping of geneticallymonomorphic bacteria: DNA sequencing in Mycobacterium tuberculosishighlights the limitations of current methodologies. PLoS ONE 4 (11), e7815.

David, S., Ribeiro, D.R., Antunes, A., et al., 2007. Contribution of spoligotyping to thecharacterization of the population structure of Mycobacterium tuberculosisisolates in Portugal. Infect Genet Evol. 7, 609–617.

Fletcher, H.A., Donoghue, H.D., Holton, J., et al., 2003. Widespread occurrence ofMycobacterium tuberculosis DNA from 18th-19th century Hungarians. AmericanJournal of Physical Anthropology 120, 144–152.

Gagneux, S., DeRiemer, K., Van, T., et al., 2006. Variable host-pathogen compatibilityin Mycobacterium tuberculosis. Proc Natl Acad Sci U S A. 103, 2869–2873.

Gagneux, S., Small, P., 2007. Global phylogeography of Mycobacterium tuberculosisand implications for tuberculosis product development. Lancet Infect Dis 7,328–337.

García de Viedma, D., Mokrousov, I., Rastogi, N., 2011. Innovations in the molecularepidemiology of tuberculosis. Enfermedades Infecciosas y Microbiologia Clinica29 (Suppl. 1), 8–13.

Gutierrez, M.C., Brisse, S., Brosch, R., 2005. Ancient origin and gene mosaicism of theprogenitor of Mycobacterium tuberculosis. PLoS Pathogens 1 (e5), 55–61.

Helal, Z.H., Ashour, M.S., Eissa, S.A., Abd-Elatef, G., Zozio, T., Babapoor, S., Rastogi, N.,Khan, M.I., 2009. Unexpectedly high proportion of ancestral Manu genotypeMycobacterium tuberculosis strains cultured from tuberculosis patients in Egypt.Journal of Clinical Microbiology 47, 2794–2801.

IBGE – Instituto Brasileiro de Geografia e Estatistica., 2000. Brasil: 500 anos depovoamento Centro de Documentacaoe Disseminacao de Informacoes,Ministerio do Planejamento Rio de Janeiro, Brazil, p. 231.

Kamerbeek, J., Schouls, L., Kolk, A., et al., 1997. Simultaneous detection and straindifferentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology.Journal of Clinical Microbiology 35, 314–907.

Konomi, N., Lebwohl, E., Mowbray, K., 2002. Detection of mycobacterial DNA inAndean mummies. Journal of Clinical Microbiology 40, 4738–4740.

Kremer, K., van Soolingen, D., Frothingham, R., et al., 1999. Comparison of methodsbased on different molecular epidemiological markers for typing ofMycobacterium tuberculosis complex strains: interlaboratory study ofdiscriminatory power and reproducibility. Journal of Clinical Microbiology 37,2607–2618.

Kritski, A.L., Ruffino-Netto, A., 2000. Health sector reform in Brazil: impact ontuberculosis control. Int J Tuberc Lung Dis. 4, 622–626.

Kwiatkowski, D., 2000. Genetic susceptibility to malaria getting complex. CurrentOpinion in Genetics and Development 10, 320–324.

Lazzarini, L.C., Huard, R.C., Boechat, N.L., Gomes, H.M., Oelemann, M.C., Kurepina, N.,Shashkina, E., Mello, F.C., Gibson, A.L., Virginio, M.J., Marsico, A.G., Butler, W.R.,Kreiswirth, B.N., Suffys, P.N., Lapa ESilva, J.R., Ho, J.L., 2007. Discovery of a novelMycobacterium tuberculosis lineage that is a major cause of tuberculosis in Riode Janeiro, Brazil. Journal of Clinical Microbiology 45, 3891–3902.

Lönnroth, K., Jaramillo, E., Williams, B.G., et al., 2009. Drivers of tuberculosisepidemics: the role of risk factors and social determinants. Social Science andMedicine 68, 2240–2246.

Monot, M., Honoré, N., Garnier, T., et al., 2005. On the origin of leprosy. Science 308,1040–1042.

H.M. Gomes et al. / Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656 655

Mokrousov, I., 2007. Towards a quantitative perception of human-microbial co-evolution. Front Biosci. 12, 4818–4825.

Oelemann, M.C., Fontes, A.N., Pereira, M.A., et al., 2007. Typing of Mycobacteriumtuberculosis strains isolated in community health centers of Rio de Janeiro City,Brazil. Memorias do Instituto Oswaldo Cruz 102, 455–462.

Orcau, A., Caylà, J.A., Martínez, J.A., 2011. Present epidemiology of tuberculosisPrevention and control programs. Enfermedades Infecciosas y MicrobiologiaClinica 29 (Suppl. 1), 2–7.

Parra, F.C., Amado, R.C., Lambertucci, J.R., et al., 2003. Color and genomic ancestry inBrazilians. Proc Natl Acad Sci U S A. 100, 177–182.

Prado, P., 1981. Retrato do Brasil: ensaio sobre a tristeza brasileira. São Paulo:Instituição Brasileira de Difusão Cultural. pp. 157.

Rastogi, N., Sola, C., 2007. Molecular evolution of the Mycobacterium tuberculosiscomplex, p. 53–91. In: Palomino, J.C., Leao, S., Ritacco, V. (Eds.), Tuberculosis2007: from basic science to patient care. Amedeo Online Textbooks, http://www.tuberculosistextbook.com/index.htm

Rothschild, B.M., Martin, L.D., Lev, G., et al., 2001. Mycobacterium tuberculosiscomplex DNA from an extinct bison dated 17, 000 years before the present.Clinical Infectious Diseases 33, 305–311.

Salo, W.L., Aufderheide, A.C., Buikstra, J., et al., 1994. Identification ofMycobacteriumtuberculosis DNA in a pre-Columbian Peruvian mummy. Proc Natl Acad Sci U SA. 91, 2091–2094.

Sreevatsan, S., Pan, X., Stockbauer, K.E., et al., 1997. Restricted structural genepolymorphism in the Mycobacterium tuberculosis complex indicates

evolutionarily recent global dissemination. Proc Natl Acad Sci U S A. 94,9869–9874.

Supply, P., Allix, C., Lesjean, S., et al., 2006. Proposal for standardization of optimizedMycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number Tandem Repeattyping of Mycobacterium tuberculosis. Journal of Clinical Microbiology 44, 4498–4510.

Vanhomwegen, J., Kwara, A., Martin, M., Gillani, F.S., Fontanet, A., Mutungi, P.,Crellin, J., Obaro, S., Gosciminski, M., Carter, E.J., Rastogi, N., 2011. Impact ofimmigration on the molecular epidemiology of tuberculosis in Rhode Island.Journal of Clinical Microbiology 49, 834–844.

van Soolingen, D., Hermans, P.W., de Haas, P.E., et al., 1991. Occurrence and stabilityof insertion sequences in Mycobacterium tuberculosis complex strains:evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a toolin the epidemiology of tuberculosis. Journal of Clinical Microbiology 29, 2578–2586.

World Health Organization., 2008. Global tuberculosis control surveillance,planning, financing: WHO report. http://www.who.int/tb/publications/global_report/2008/download_centre/en/index.html, Geneva, World HealthOrganization.

Zink, A.R., Sola, C., Reischl, U., et al., 2003. Characterization of Mycobacteriumtuberculosis complex DNAs from Egyptian mummies by spoligotyping. Journalof Clinical Microbiology 41, 359–367.

656 H.M. Gomes et al. / Infection, Genetics and Evolution 12 (2012) 649–656

Supplemental Table S1: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

1

Supplemental Table S1. Orphan strains (n=251) and corresponding spoligotyping defined lineages/sublineages recorded among a total of 1991 M. tuberculosis strains (one isolate per patient) from Brazilian patients.

IsoNumber Strain City of isolation Investigator Spoligotype description Octal Code Lineage a

BRA0200000Rit339b Rit339b Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 737777207760771 LAM

BRA0200000Rit395b Rit395b Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 747777717760771 Unknown

BRA0220000Huc1396 Huc1396 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777605761771 Unknown

BRA0200000Kar466 Kar466 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777600007413771 EAI

BRA0200000Mai350 Mai350 Belém Suffys P �������������������������������������������� 700776747413771 EAI6-BGD1

BRA0200000Mai443 Mai443 Belém Suffys P �������������������������������������������� 700677747413771 EAI6-BGD1

BRA0400000Ros9010SM Ros9010SM NA Rossetti ML �������������������������������������������� 777777774020660 H1

BRA0200000Huc3435 Huc3435 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 717717774020771 H1

BRA0200000PalCE244 PalCE244 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 737777404020771 H1

BRA0200000PalCE249 PalCE249 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 717777610020771 H1

BRA0219960Fat859 Fat859 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777760014020771 H1

BRA0200000Nin12S Nin12S Santos Suffys P �������������������������������������������� 737777704020771 H1

BRA0700000Saa18a Saa18a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 777777776020371 H3

BRA0220010Huc1813 Huc1813 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777775020711 H3

BRA0200000Kar394 Kar394 Belém Suffys P �������������������������������������������� 776177777720771 H3

BRA0200000Kar530 Kar530 Belém Suffys P �������������������������������������������� 577677777720771 H3

BRA0200000Nin15RJ Nin15RJ Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 737737607760400 LAM

BRA0200000Nin27RJ Nin27RJ Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677730207760771 LAM2

BRA0200000Rit60a Rit60a Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 377777607020771 LAM

BRA0700000Saa24a Saa24a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 730001607560771 LAM6

BRA0700000Saa27a Saa27a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 737377607560171 LAM6

BRA0220010Huc1005 Huc1005 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 377777607760570 LAM9

BRA0220010Huc1073 Huc1073 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 776377607760570 LAM9

BRA0200000Huc118 Huc118 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 737767607760771 LAM9

BRA0220010Huc1243 Huc1243 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777737607560570 LAM

BRA0220010Huc1329 Huc1329 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 776377607760571 LAM9

BRA0220000Huc1390 Huc1390 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777605660771 LAM9

BRA0220010Huc1546 Huc1546 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607460730 LAM

BRA0219990Huc184 Huc184 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607540410 LAM

BRA0220010Huc2235 Huc2235 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 775767607560671 LAM6

BRA0219980Huc2902 Huc2902 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777737607560760 LAM

BRA0219990Huc3440 Huc3440 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777337607760771 LAM5

BRA0200000Huc3876 Huc3876 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 706137607760771 LAM

BRA0200000Huc4175 Huc4175 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677337607660771 LAM

BRA0200000Huc4215 Huc4215 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677737605620000 LAM

BRA0219980Huc4230 Huc4230 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777337607660771 LAM5

BRA0200000Huc4253 Huc4253 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677777601760771 LAM1

BRA0200000Huc580 Huc580 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677737607760031 LAM

BRA0220010Huc636 Huc636 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607540570 LAM6

Supplemental Table S1: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

2

BRA0200000Huc8006p Huc8006p Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677737607760611 LAM

BRA0219990Huc980 Huc980 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777770606360771 LAM8

BRA0200000Rit318 Rit318 Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 757777607020771 LAM

BRA0200000Rit94 Rit94 Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 357777607760771 LAM6

BRA0200000Rit1141 Rit1141 Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 357777607760731 LAM4

BRA0220030Mai464 Mai464 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777777607160731 LAM

BRA0200000Mai329 Mai329 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777777207600371 LAM9

BRA0220010Mai458 Mai458 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777777007600331 LAM4

BRA0200000Mai4 Mai4 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777717607560771 LAM

BRA0200000Mai22 Mai22 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777677207600771 LAM9

BRA0200000Kar731 Kar731 Belém Suffys P �������������������������������������������� 577777607700771 LAM9

BRA0200000Pal122 Pal122 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777607760400 LAM4

BRA0200000Pal135 Pal135 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777607460731 LAM

BRA0200000Pal113 Pal113 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 357777601560711 LAM

BRA0200000Pal115 Pal115 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 277777603560771 LAM

BRA0200000Pal117 Pal117 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 277677606000171 LAM

BRA0200000PalCE004 PalCE004 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 777777407760720 LAM4

BRA0200000PalCE195 PalCE195 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 777777407060771 LAM6

BRA0200000PalCE292 PalCE292 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 777777007760731 LAM4

BRA0200000Fat3476 Fat3476 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 677737607760471 LAM2

BRA0200000PalCE290 PalCE290 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 674377407760771 LAM1

BRA0200000PalCE163 PalCE163 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 657777406760771 LAM

BRA0200000Fat3492 Fat3492 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 573737607760700 LAM5

BRA0200000Rit3912 Rit3912 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 517767607760661 LAM9

BRA0200000PalCE607 PalCE607 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 457777407760771 LAM1

BRA0220000Fat304 Fat304 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 675766607760661 LAM2

BRA0400000Ros439 Ros439 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 400037607760771 LAM

BRA0220030Laz173 Laz173 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607460471 LAM6

BRA0219970Fat582 Fat582 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607200771 LAM

BRA0220030Laz1508 Laz1508 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777207400171 LAM

BRA0220020Laz441 Laz441 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 760000207560771 LAM

BRA0219960Fat751 Fat751 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 757777607360340 LAM9

BRA0220020Laz857 Laz857 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 737777607720771 LAM9

BRA0220030Laz919 Laz919 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677777604740771 LAM

BRA0220020Laz192 Laz192 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677737607760011 LAM

BRA0200000Man275 Man275 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677637607760711 LAM

BRA0200000Man489 Man489 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677637607760011 LAM

BRA0200000Man244 Man244 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 677637607600740 LAM2

BRA0220030Laz1495 Laz1495 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 377777607740371 LAM9

BRA0200000Nin20RJ Nin20RJ Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 377717607760771 LAM5

BRA0220020Laz523 Laz523 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 017777607560371 LAM

BRA0200000Nin05S Nin05S Santos Suffys P �������������������������������������������� 777777607740000 LAM4

BRA0200000Nin37S Nin37S Santos Suffys P �������������������������������������������� 777376607560771 LAM

BRA0400000Ros7010SP Ros7010SP Santos Rossetti ML �������������������������������������������� 776377607560771 LAM

Supplemental Table S1: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

3

BRA0700000Saa10a Saa10a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 777377706060731 Unknown

BRA0700000Saa73a Saa73a NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 777377707760771 Unknown

BRA0200000Mar17a Mar17a Cabo Suffys P �������������������������������������������� 677777607760751 LAM1

BRA0200000PalCE040 PalCE040 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 677777407760771 LAM1

BRA0400000Ros489 Ros489 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 665777607760771 LAM1

BRA0200000Man472 Man472 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 657677607760771 LAM1

BRA0700000Saa151 Saa151 NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 777777643560771 LAM10-CAM

BRA0200000PalCE19 PalCE19 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 057677606060771 LAM11-ZWE

BRA0200000PalCE355 PalCE355 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 657777406060771 LAM11-ZWE

BRA0220030Laz1604 Laz1604 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 676737607760771 LAM2

BRA0220010Huc1170 Huc1170 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 776177607760770 LAM3

BRA0200000Mai17 Mai17 Belém Suffys P �������������������������������������������� 766137607760771 LAM3

BRA0200000PalMG64 PalMG64 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 760177607760771 LAM3

BRA0200000Pal112 Pal112 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 376177407760771 LAM3

BRA0200000Fat288 Fat288 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 774167607760771 LAM3

BRA0400000Ros9430 Ros9430 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 776021607760771 LAM3

BRA0200000Nin82S Nin82S Santos Suffys P �������������������������������������������� 777777607760531 LAM4

BRA0219980Mat343 Mat343 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777737607760760 LAM5

BRA0400000Ros057SP Ros057SP Santos Rossetti ML �������������������������������������������� 767737607760771 LAM5

BRA0400000Ros0026SM Ros0026SM NA Rossetti ML �������������������������������������������� 757777607540771 LAM6

BRA0220010Huc1409 Huc1409 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607560570 LAM6

BRA0219980Huc3535 Huc3535 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607560751 LAM6

BRA0200000Kar656 Kar656 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777777607560760 LAM6

BRA0220030Laz107 Laz107 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607560471 LAM6

BRA0219970Fat1619 Fat1619 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777767607560731 LAM6

BRA0220030Laz873 Laz873 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777763607560771 LAM6

BRA0400000Ros0014RG Ros0014RG NA Rossetti ML �������������������������������������������� 757777606760771 LAM8

BRA0200000FatF1 FatF1 NA Suffys P �������������������������������������������� 777767607700771 LAM9

BRA0200000Huc4008 Huc4008 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777747607560671 LAM9

BRA0200000PalCE234 PalCE234 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 577777407760771 LAM9

BRA0400000Ros8187 Ros8187 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 757767607760771 LAM9

BRA0200000Mar1303 Mar1303 Recife Suffys P �������������������������������������������� 777767607760760 LAM9

BRA0200000Nin08S Nin08S Santos Suffys P �������������������������������������������� 777747607740031 LAM9

BRA0219960Fat1543 Fat1543 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777777633771 Manu1

BRA0200000Man585 Man585 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777677777770771 Manu3

BRA0200000Man620 Man620 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777677677770771 Manu3

BRA0700000Saa210 Saa210 NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 776377177760771 S

BRA0700000Saa1a Saa1a NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 577737777760731 T2

BRA0700000Saa178 Saa178 NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 377737777760731 T2

BRA0700000Saa20a Saa20a NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 677717777760771 T

BRA0700000Saa29a Saa29a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 667777777760471 T

BRA0420000Ros0016B Ros0016B NA Rossetti ML �������������������������������������������� 775767777760471 T

BRA0220010Huc2276 Huc2276 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 477777577760771 T

BRA0220000Huc390 Huc390 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 575767777760771 T

Supplemental Table S1: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

4

BRA0219980Huc4380 Huc4380 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777777760410 T

BRA0200000Pal128 Pal128 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777777760601 T

BRA0200000Pal120 Pal120 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777477760771 T

BRA0200000PalCE179 PalCE179 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 777677777760471 T

BRA0200000Mar1440 Mar1440 Recife Suffys P �������������������������������������������� 777737777560721 T2

BRA0220010Huc989 Huc989 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777717560771 T1

BRA0400000Ros8410 Ros8410 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 777777677560731 T2

BRA0219990Huc3610 Huc3610 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777757777560731 T2

BRA0200000Nin51RJ Nin51RJ Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 737737777760730 T2-Uganda

BRA0220010Huc968 Huc968 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 775777557760771 T5-Madrid2

BRA0220030Laz2024 Laz2024 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777760007560571 T5-RUS1

BRA0200000Nin21RJ Nin21RJ Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 000000007600771 Unknown

BRA0200000Nin29RJ Nin29RJ Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 517777637760771 Unknown

BRA0700000Saa165 Saa165 NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 777707377760771 Unknown

BRA0700000Saa26a Saa26a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 677777617760371 Unknown

BRA0700000Saa274 Saa274 NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 777737707760711 Unknown

BRA0700000Saa3a Saa3a NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 776177707760771 Unknown

BRA0700000Saa3b Saa3b Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 717757777760371 Unknown

BRA0700000Saa309 Saa309 NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 677737707760711 Unknown

BRA0700000Saa36a Saa36a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 733357777760770 Unknown

BRA0700000Saa41a Saa41a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 771375600000771 Unknown

BRA0700000Saa42a Saa42a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 760001600000371 Unknown

BRA0700000Saa43a Saa43a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 714566703670340 Unknown

BRA0700000Saa44a Saa44a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 777777677760000 Unknown

BRA0700000Saa53a Saa53a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 760001500000171 Unknown

BRA0420000Ros0012SC Ros0012SC NA Rossetti ML �������������������������������������������� 577637417560771 Unknown

BRA0420000Ros0023SM Ros0023SM NA Rossetti ML �������������������������������������������� 777774077560751 Unknown

BRA0420000Ros9005PM Ros9005PM NA Rossetti ML �������������������������������������������� 477777740000011 Unknown

BRA0220010Huc1143 Huc1143 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 776737607770371 Unknown

BRA0220010Huc1150 Huc1150 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 577777776030371 Unknown

BRA0220010Huc1675 Huc1675 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777767717760711 Unknown

BRA0220000Huc1931 Huc1931 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777767637760371 Unknown

BRA0220000Huc3294 Huc3294 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 737765637760771 Unknown

BRA0220000Huc3321 Huc3321 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 715767777760771 Unknown

BRA0220000Huc3405 Huc3405 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777767614760771 Unknown

BRA0219980Huc3415 Huc3415 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 776337403760771 Unknown

BRA0220000Huc342 Huc342 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 557767703760771 Unknown

BRA0219990Huc3629 Huc3629 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 775367637700771 Unknown

BRA0220000Huc3674 Huc3674 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777767617760771 Unknown

BRA0220000Huc3757 Huc3757 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 557767677760771 Unknown

BRA0220000Huc3858 Huc3858 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 741703775760771 Unknown

BRA0219980Huc4306 Huc4306 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 577743703720471 Unknown

BRA0220010Huc527 Huc527 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 717777776010371 Unknown

BRA0200000Huc680 Huc680 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777001660771 Unknown

Supplemental Table S1: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

5

BRA0219990Huc718 Huc718 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 577767777700771 Unknown

BRA0220000Huc787 Huc787 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777365637760771 Unknown

BRA0220010Huc788 Huc788 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777727777770351 Unknown

BRA0220000Huc8005P Huc8005P Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 000377600000000 Unknown

BRA0220000Huc906 Huc906 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777775600000 Unknown

BRA0220010Huc914 Huc914 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777737777770351 Unknown

BRA0220010Huc937 Huc937 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 017774001560371 Unknown

BRA0220010Hucv686 Hucv686 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777777770231 Unknown

BRA0200000Rit137 Rit137 Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 607677677560771 Unknown

BRA0200000Rit433 Rit433 Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 747777647560771 Unknown

BRA0200000Rit1075 Rit1075 Aracaju Suffys P �������������������������������������������� 740000607760731 Unknown

BRA0200000Mai11 Mai11 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777776047560771 Unknown

BRA0220010Mai455 Mai455 Belém Suffys P �������������������������������������������� 741703577760771 Unknown

BRA0200000PalMG02 PalMG02 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 777675777760600 Unknown

BRA0200000PalMG78 PalMG78 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 677777607741771 Unknown

BRA0200000PalMG272 PalMG272 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 677677607741771 Unknown

BRA0200000PalMG79 PalMG79 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 657777607541771 Unknown

BRA0200000PalMG18 PalMG18 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 647677607741771 Unknown

BRA0200000PalMG369 PalMG369 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 643677607741771 Unknown

BRA0200000Pal140 Pal140 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777760700000 Unknown

BRA0200000Pal121 Pal121 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777760000000 Unknown

BRA0200000Pal141 Pal141 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777707760771 Unknown

BRA0200000Pal138 Pal138 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777707760731 Unknown

BRA0200000Pal125 Pal125 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777677760771 Unknown

BRA0200000Pal131 Pal131 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 377777600160731 Unknown

BRA0200000Pal139 Pal139 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 376160000000071 Unknown

BRA0200000Pal137 Pal137 Belo Horizonte Suffys P �������������������������������������������� 340000007760731 Unknown

BRA0200000Fat3912 Fat3912 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 777777703760771 Unknown

BRA0200000PalCE27 PalCE27 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 777776407560771 Unknown

BRA0200000PalCE410 PalCE410 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 777677747760471 Unknown

BRA0200000Fat3483 Fat3483 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 776363770040731 Unknown

BRA0200000PalCE246 PalCE246 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 737677777560611 Unknown

BRA0200000Fat3342 Fat3342 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 677777703760771 Unknown

BRA0200000PalCE072 PalCE072 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 616377707560771 Unknown

BRA0200000Rit3482 Rit3482 Fortaleza Suffys P �������������������������������������������� 517727403540061 Unknown

BRA0220000Fat319 Fat319 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 777700007560771 Unknown

BRA0220010Fat58 Fat58 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 777600007400261 Unknown

BRA0220010Fat021 Fat021 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 577777607741771 Unknown

BRA0220000Fat365 Fat365 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 577367603740661 Unknown

BRA0220010Fat71 Fat71 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 577000007700761 Unknown

BRA0220000Fat90 Fat90 Manaus Suffys P �������������������������������������������� 017777600000771 Unknown

BRA0400000Ros376 Ros376 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 777777417300771 Unknown

BRA0400000Ros561 Ros561 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 776340000000071 Unknown

BRA0400000Ros9179 Ros9179 Porto Alegre Rossetti ML �������������������������������������������� 775767600160771 Unknown

Supplemental Table S1: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

6

BRA0200000Mar1447 Mar1447 Recife Suffys P �������������������������������������������� 777177776160771 Unknown

BRA0200000Mar1553 Mar1553 Recife Suffys P �������������������������������������������� 757747667760771 Unknown

BRA0200000Mar1968a Mar1968a Recife Suffys P �������������������������������������������� 637777577360771 Unknown

BRA0219970Fat869 Fat869 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777770200771 Unknown

BRA0200000Man580 Man580 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777677560371 Unknown

BRA0219990Huc2685 Huc2685 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777617762771 Unknown

BRA0219990Huc2494 Huc2494 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777607762771 Unknown

BRA0200000Man85 Man85 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777604000000 Unknown

BRA0220030Laz437 Laz437 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777601560711 Unknown

BRA0219970Fat79 Fat79 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777777414220771 Unknown

BRA0200000Man365 Man365 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777773774060371 Unknown

BRA0219970Fat155 Fat155 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777767777460611 Unknown

BRA0219970Fat168 Fat168 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777763417760771 Unknown

BRA0200000Man75 Man75 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777761077620771 Unknown

BRA0200000Laz1493A Laz1493A Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777740177620771 Unknown

BRA0219960Fat861 Fat861 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777700777760601 Unknown

BRA0219960Fat1290 Fat1290 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 777177774000771 Unknown

BRA0219970Fat86 Fat86 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 776377770200771 Unknown

BRA0219960Fat331 Fat331 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 776023777760771 Unknown

BRA0200000Fat241 Fat241 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 763777677560771 Unknown

BRA0220030Laz382 Laz382 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 701737777740471 Unknown

BRA0220030Laz1671 Laz1671 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 640000000060731 Unknown

BRA0220030Laz1562 Laz1562 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 607737777760731 Unknown

BRA0219960Fat700 Fat700 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 577777637760771 Unknown

BRA0200000Man103 Man103 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 575747637700631 Unknown

BRA0219960Fat1701 Fat1701 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 477737637760771 Unknown

BRA0219970Fat483 Fat483 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 417777677760771 Unknown

BRA0220020Laz776 Laz776 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 177737600160771 Unknown

BRA0220030Laz544 Laz544 Rio de Janeiro Suffys P �������������������������������������������� 017775001560371 Unknown

BRA0400000Ros010SP Ros010SP Santos Rossetti ML �������������������������������������������� 777777417740371 Unknown

BRA0400000Ros9004SP Ros9004SP Santos Rossetti ML �������������������������������������������� 577717417560771 Unknown

BRA0700000Saa295 Saa295 NA Feres Saad MH �������������������������������������������� 770376777760701 X1

BRA0420000Ros0027SC Ros0027SC NA Rossetti ML �������������������������������������������� 777776777760641 X1

BRA0700000Saa21a Saa21a Araraquara Feres Saad MH �������������������������������������������� 770056676160000 X2

BRA0220010Mai456 Mai456 Belém Suffys P �������������������������������������������� 777776577760601 X2

BRA0200000Mar104 Mar104 Cabo Suffys P �������������������������������������������� 676776777760601 X2

a Lineage designations for orphan patterns were done manually as Expert-based interpretations using revised SpolDB4 rules; ; “Unknown” designates patterns

with signatures that could not be assigned to any of the major clades described in the database.

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

1

Supplemental Table S2. Description of 326 shared-types (SITs; n=1740 isolates) and corresponding spoligotyping defined lineages/sublineages recorded among a total of 1991 M. tuberculosis strains (one isolate per patient) from Brazilian patients.

SITa Spoligotype description Octal code Clade

b

Number (%) in study

% in study

vs. SITVIT2

Match with a strain from

c

Geographic distribution in different macro-regions in SITVIT2 (prevalence

>5%) d

Country-wide geographic distribution in SITVIT2

(prevalence >5%) e

1 �������������������������������������������� 000000000003771 Beijing 3 (0.15%) 0.03% ASIA-E 34.32, AMER-N 21.86, ASIA-SE 9.89,

AFRI-S 9.0, ASIA-N 6.74 USA 21.53, CHN 19.93, JPN 12.51,

ZAF 9.0, RUS 6.74

2 �������������������������������������������� 000000004020771 H2 7 (0.35%) 2.02% AMER-N 27.84, CARIB 21.88, AMER-S 19.89,

EURO-W 10.80 USA 25.28, HTI 10.51, ARG 9.94, GUF

6.25, CUB 5.97

3 �������������������������������������������� 000000007720771 H3 4 (0.20%) 4.54% AMER-N 58.24, AMER-S 15.38, EURO-W 13.19,

CARIB 8.79 USA 46.15, MEX 12.09, BRA 7.69,

AUT 6.59

4 �������������������������������������������� 000000007760771 Unknown 10 (0.50%) 3.81% EURO-S 17.54, AMER-N 17.16, AMER-S 11.94, ASIA-W 11.94, EURO-W 11.57, AFRI-S 10.07

USA 13.43, TUR 10.82, ZAF 10.07, ITA 9.70

11 �������������������������������������������� 477777777413071 EAI3-IND 1 (0.05%) 0.20% ASIA-S 37.60, AMER-N 24.59, EURO-N 13.43,

EURO-W 9.50, ASIA-SE 5.58 IND 29.34, USA 24.59, GBR 9.30, NLD

6.61

17 �������������������������������������������� 677737607760771 LAM2 85 (4.27%) 15.07% AMER-S 56.67, AMER-N 21.40, CARIB 9.30,

EURO-S 6.32 VEN 31.40, BRA 22.28, USA 20.88,

ESP 5.09

18 �������������������������������������������� 677776777760601 X2 13 (0.65%) 39.39% AMER-S 57.58, EURO-N 15.15, AFRI-S 15.15,

AMER-N 6.06, EURO-W 6.06 BRA 57.58, ZAF 15.15, GBR 15.15,

NLD 6.06, USA 6.06

20 �������������������������������������������� 677777607760771 LAM1 54 (2.71%) 8.18% AMER-S 25.18, AMER-N 25.18, AFRI-S 13.11,

EURO-S 11.63, EURO-W 8.39, CARIB 6.33 USA 23.42, BRA 14.58, NAM 9.13,

PRT 7.22, VEN 6.19

32 �������������������������������������������� 776000000000171 Africanum 2 (0.10%) 2.04% EURO-W 59.18, ASIA-SE 12.24, ASIA-W 6.12,

AMER-S 5.10 BEL 50.00, IDN 10.20, NLD 7.14, SAU

6.12

33 �������������������������������������������� 776177607760771 LAM3 68 (3.41%) 7.83% AFRI-S 32.88, AMER-S 23.53, AMER-N 16.91,

EURO-S 14.50, EURO-W 5.78 ZAF 32.88, USA 16.70, BRA 9.56, ESP

9.35, ARG 5.99, PER 5.88

34 �������������������������������������������� 776377777760771 S 31 (1.55%) 4.59% AMER-N 29.54, AFRI-S 18.99, EURO-S 15.75,

AMER-S 11.53, EURO-W 7.88 ZAF 18.99, USA 18.85, ITA 12.94, CAN

10.41, BRA 6.05

36 �������������������������������������������� 777737777720771 H3 2 (0.10%) 2.19% EURO-W 21.05, AFRI-S 20.00, AMER-S 11.58,

EURO-S 10.53, AMER-N 9.47, AFRI-N 8.42, EURO-E 5.26, ASIA-W 5.26

ZAF 20.00, USA 9.47, DEU 5.26, NLD 5.26, TUR 5.26

37 �������������������������������������������� 777737777760771 T3 5 (0.25%) 1.75% EURO-W 15.65, AMER-N 15.31, ASIA-W 14.97, EURO-N 12.59, EURO-E 7.14, AMER-S 6.12,

EURO-S 5.78, ASIA-S 5.44 USA 13.61, SAU 8.84, DNK 5.78

42 �������������������������������������������� 777777607760771 LAM9 205

(10.30%) 9.18%

AMER-S 30.85, AMER-N 16.92, EURO-S 13.33, EURO-W 7.30, AFRI-N 5.27

USA 15.84, BRA 10.73, COL 8.02, ITA 7.02

44 �������������������������������������������� 777777757760771 T5 1 (0.05%) 0.57% EURO-W 22.73, EURO-S 17.05, AMER-N 12.50,

AFRI-S 11.36, AMER-S 9.09, EURO-N 8.52, EURO-E 7.95

AUT 15.91, ITA 13.07, USA 12.50, ZAF 11.36, GBR 6.25, CZE 5.11

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

2

45 �������������������������������������������� 777777764020771 H1 1 (0.05%) 1.19% EURO-W 26.60, CARIB 20.21, AMER-S 15.96,

EURO-S 12.77, AMER-N 10.64

AUT 19.15, MTQ 11.70, USA 10.64, ITA 9.57, COL 8.51, BRA 7.45, GLP

6.38

46 �������������������������������������������� 777777770000000 Unknown 1 (0.05%) 0.72% AMER-N 17.65, EURO-E 14.38, AMER-S 9.15,

EURO-W 9.15, EURO-N 7.84, EURO-S 6.54, ASIA-S 6.54, ASIA-SE 6.54, CARIB 5.23

USA 15.03, CZE 9.15, IDN 6.54, FIN 5.88, IND 5.88

47 �������������������������������������������� 777777774020771 H1 55 (2.76%) 4.84% AMER-N 21.72, EURO-W 20.88, EURO-S 14.37,

AMER-S 10.82, EURO-E 8.71 USA 20.12, AUT 10.65, ITA 7.61, BRA

6.09

48 �������������������������������������������� 777777777413731 EAI1-SOM 4 (0.20%) 1.20% EURO-N 28.57, ASIA-S 23.14, EURO-W 16.29,

AFRI-S 10.29, ASIA-SE 5.43 DNK 16.86, BGD 15.43, NLD 13.43,

ZAF 10.29, IND 6.57, GBR 5.71

49 �������������������������������������������� 777777777720731 H3 1 (0.05%) 0.8% EURO-N 21.80, AMER-N 21.05, EURO-W 13.53,

AMER-S 12.78, EURO-S 11.28, AFRI-M 6.02 USA 19.55, FIN 17.29, PER 6.02, AUT

5.26, PRT 5.26, FXX 5.26

50 �������������������������������������������� 777777777720771 H3 108 (5.42%) 4.38% AMER-N 22.63, AMER-S 16.43, EURO-W 15.90,

EURO-S 13.19, EURO-E 6.69 USA 22.11, AUT 7.66, ESP 6.84, ITA

5.57

51 �������������������������������������������� 777777777760700 T 11 (0.55%) 5.11% AMER-N 20.00, AMER-S 18.64, EURO-S 15.91,

CARIB 14.55, EURO-W 14.55, ASIA-SE 9.09

USA 19.09, ITA 12.73, AUT 10.91, MYS 8.64, BRA 7.73, HTI 7.73, GLP

5.45

52 �������������������������������������������� 777777777760731 T2 5 (0.25%) 0.86% EURO-W 22.50, AMER-N 19.70, EURO-S 7.72,

ASIA-W 7.72, EURO-E 6.57, EURO-N 6.24, AFRI-M 5.42

USA 17.57, BEL 7.22, FXX 6.57, ITA 5.09

53 �������������������������������������������� 777777777760771 T1 151 (7.58%) 3.42% AMER-N 19.48, AMER-S 14.28, EURO-W 12.69,

EURO-S 10.01, ASIA-W 8.60, AFRI-S 5.90 USA 17.14, ZAF 5.76, ITA 5.16

54 �������������������������������������������� 777777777763771 MANU2 4 (0.20%) 2.43% AFRI-N 21.69, ASIA-W 15.06, ASIA-S 14.46,

AMER-N 12.05, AFRI-S 9.64, ASIA-N 6.02, AMER-S 5.42

EGY 20.48, IND 13.25, SAU 12.05, USA 12.05, ZAF 9.64, RUS 6.02

56 �������������������������������������������� 777737770000000 Unknown 1 (0.05%) 5.26% EURO-W 42.11, AMER-S 15.79, EURO-N 15.79,

EURO-S 15.79, CARIB 5.26, AMER-N 5.26

FXX 36.84, ITA 15.79, FIN 15.79, PRY 5.26, GLP 5.26, BEL 5.26, USA 5.26,

COL 5.26, BRA 5.26

58 �������������������������������������������� 777777557760771 T5-

Madrid2 8 (0.40%) 5.44%

AMER-N 30.97, EURO-S 29.03, AMER-S 23.23, EURO-W 7.74

USA 30.32, ESP 26.45, BRA 9.03, ARG 5.16, PER 5.16

59 �������������������������������������������� 777777606060771 LAM11-

ZWE 3 (0.15%) 0.81% AFRI-E 66.76, AFRI-S 19.73

ZMB 28.65, ZWE 20.81, ZAF 19.73, TZA 8.65

60 �������������������������������������������� 777777607760731 LAM4 14 (0.70%) 6.54% AFRI-S 37.98, AMER-S 19.86, AMER-N 7.67,

AFRI-W 6.97, AFRI-N 6.97, EURO-S 6.27, EURO-W 5.92

ZAF 37.98, BRA 10.45, USA 6.62, VEN 5.23

62 �������������������������������������������� 777777774020731 H1 1 (0.05%) 0.35% AMER-S 35.61, AMER-N 16.59, EURO-S 13.41,

EURO-W 9.27 COL 32.44, USA 16.59, ITA 7.32, ESP

5.12

64 �������������������������������������������� 777777607560771 LAM6 73 (3.66%) 26.64% AMER-S 45.26, AMER-N 34.39, EURO-S 6.32 USA 32.98, BRA 32.63, GUF 6.67

65 �������������������������������������������� 777777777760471 T 24 (1.20%) 24.74% AMER-S 42.27, CARIB 15.46, AMER-N 13.40,

EURO-W 13.40, EURO-S 6.19 BRA 41.24, USA 13.40, HTI 12.37,

ESP 5.15, FXX 5.15

73 �������������������������������������������� 777737777760731 T 5 (0.25%) 2.82% AMER-N 22.16, EURO-S 20.54, AFRI-S 14.05,

EURO-W 12.97, AMER-S 10.81 USA 19.46, ITA 18.38, ZAF 14.05

74 �������������������������������������������� 777777600160771 Unknown 2 (0.10%) 16.66% AFRI-E 50.00, CARIB 33.33, AMER-S 16.67 MDG 50.00, CUB 25.00, BRA 16.67,

MTQ 8.33

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

3

75 �������������������������������������������� 777767777720771 H3 2 (0.10%) 4.25% EURO-W 17.02, AMER-S 14.89, AMER-N 12.77,

AFRI-M 10.64, EURO-S 10.64, ASIA-W 10.64, AFRI-E 6.38, CARIB 6.38, EURO-E 6.38

FXX 14.89, CMR 10.64, USA 10.64, ARG 6.38, TUR 6.38, MDG 6.38

78 �������������������������������������������� 777777777760711 T2 1 (0.05%) 2.04% AFRI-E 25.00, ASIA-W 17.31, ASIA-S 11.54, EURO-N 9.62, AMER-N 9.62, AMER-S 7.69,

EURO-S 5.77, EURO-W 5.77

MDG 25.00, IND 11.54, TUR 11.54, USA 9.62, SAU 5.77, GBR 5.77

81 �������������������������������������������� 777377607760771 LAM9 1 (0.05%) 3.44% CARIB 53.33, EURO-S 26.67, AMER-S 10.00 CUB 53.33, ESP 20.00, ITA 6.67, BRA

6.67

86 �������������������������������������������� 777777737760771 T1 2 (0.10%) 2.77% AFRI-E 44.16, ASIA-W 18.18, AMER-S 9.09, EURO-S 9.09, EURO-W 9.09, AMER-N 6.49

MDG 44.16, TUR 18.18, USA 6.49, ITA 5.19, FXX 5.19

91 �������������������������������������������� 700036777760771 X3 3 (0.15%) 1.41% AMER-N 52.72, AMER-S 19.25, CARIB 14.23,

EURO-S 6.69 USA 49.37, HTI 12.13, PER 10.04,

ESP 6.69

92 �������������������������������������������� 700076777760771 X3 18 (0.90%) 5.29% AFRI-S 50.27, AMER-N 25.00, AMER-S 9.84,

EURO-N 5.32 ZAF 50.27, USA 22.34, BRA 5.85

93 �������������������������������������������� 777737607760771 LAM5 23 (1.15%) 7.59% AMER-S 48.57, AMER-N 23.81, CARIB 12.70,

EURO-S 9.52 VEN 29.84, USA 23.81, BRA 11.43,

ITA 6.03, GLP 5.40

95 �������������������������������������������� 777777607560731 LAM 14 (0.70%) 40% AMER-S 70.27, AMER-N 21.62, EURO-N 5.41 BRA 45.95, USA 21.62, GUF 13.51,

PRY 5.41, PER 5.41

99 �������������������������������������������� 757777777720771 H3 3 (0.15%) 5.88% EURO-S 23.64, AMER-N 16.36, AFRI-E 12.73, EURO-W 12.73, AMER-S 10.91, EURO-E 7.27

ITA 16.36, USA 16.36, MDG 12.73, ESP 7.27, AUT 5.45, NLD 5.45, CZE

5.45, BRA 5.45

102 �������������������������������������������� 777703777760771 Unknown 1 (0.05%) 1.63% AMER-N 24.19, AMER-S 19.35, ASIA-SE 12.90,

EURO-S 9.68, EURO-W 8.06, AFRI-S 8.06 USA 20.97, ITA 9.68, BRA 9.68, IDN

8.06, ZAF 8.06

105 �������������������������������������������� 776160000000071 LAM3 4 (0.20%) 9.52% AMER-N 40.48, EURO-S 30.95, AMER-S 11.90,

EURO-W 9.52 USA 40.48, ESP 23.81, BRA 11.90, ITA

7.14

106 �������������������������������������������� 776177400000171 LAM3 7 (0.35%) 6.86% EURO-S 40.00, AMER-N 19.17, AMER-S 16.67,

AMER-C 15.83 ESP 40.00, USA 19.17, PAN 15.83,

BRA 7.50

117 �������������������������������������������� 777767777760731 T 1 (0.05%) 4.76% EURO-W 28.57, AFRI-M 23.81, AMER-S 9.52,

ASIA-W 9.52 FXX 28.57, CMR 14.29, CAF 9.52,

SAU 9.52

118 �������������������������������������������� 777767777760771 T 1 (0.05%) 0.90% EURO-W 21.82, ASIA-W 20.00, AMER-S 15.45,

EURO-S 10.00, AMER-N 7.27, EURO-E 6.36 FXX 19.09, TUR 17.27, VEN 8.18, ITA

7.27, USA 7.27, CZE 5.45

119 �������������������������������������������� 777776777760771 X1 11 (0.55%) 1.12% AMER-N 70.19, AFRI-S 14.12 USA 62.19, ZAF 14.12, MEX 7.31

124 �������������������������������������������� 777777777700771 Unknown 2 (0.10%) 4.25% ASIA-S 24.00, EURO-W 22.00, AMER-N 18.00,

AMER-S 12.00, ASIA-W 8.00 USA 18.00, LKA 12.00, IND 12.00, NLD

8.00, SAU 8.00, FXX 6.00, BRA 6.00

125 �������������������������������������������� 000000007760731 Unknown 1 (0.05%) 1.53% EURO-E 63.08, EURO-W 13.85, AFRI-S 6.15 BGR 63.08, NLD 9.23, ZAF 6.15

129 �������������������������������������������� 700777747413771 EAI6-BGD1

1 (0.05%) 4% AFRI-E 36.00, AMER-S 20.00, AMER-N 20.00,

EURO-W 8.00, AFRI-N 8.00 USA 20.00, GUF 16.00, MWI 16.00,

TUN 8.00

130 �������������������������������������������� 776177607760731 LAM3 1 (0.05%) 1.26% AMER-N 36.78, AFRI-S 28.74, AMER-S 17.24,

EURO-S 11.49 USA 36.78, ZAF 28.74, PER 9.20, ESP

6.90, VEN 5.75

132 �������������������������������������������� 777777606000031 LAM 1 (0.05%) 10% AMER-S 36.36, AMER-N 36.36, EURO-S 9.09,

CARIB 9.09, EURO-W 9.09

USA 27.27, VEN 18.18, ITA 9.09, MEX 9.09, NLD 9.09, CUB 9.09, BRA 9.09,

PER 9.09

134 �������������������������������������������� 777777777720631 H3 1 (0.05%) 4.76% AMER-N 40.91, EURO-S 18.18, EURO-W 13.64,

AMER-S 9.09 USA 40.91, ITA 18.18, FXX 9.09

137 �������������������������������������������� 777776777760601 X2 27 (1.35%) 2.76% AMER-N 76.02, EURO-N 7.45, AFRI-S 6.43 USA 74.69, ZAF 6.43, GBR 5.61

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

4

150 �������������������������������������������� 777767607760771 LAM9 6 (0.30%) 7.69% EURO-W 38.46, AMER-S 26.92, EURO-S 20.51,

AFRI-N 5.13

BEL 28.21, PRT 11.54, FXX 10.26, BRA 10.26, ITA 7.69, ARG 7.69, VEN

6.41

153 �������������������������������������������� 757777777760731 T2 5 (0.25%) 10% EURO-S 40.00, AMER-S 18.00, AMER-N 14.00,

EURO-N 12.00, CARIB 10.00 ITA 40.00, BRA 18.00, USA 14.00,

CUB 10.00, FIN 8.00

156 �������������������������������������������� 776177777760771 Unknown 4 (0.20%) 9.30% AFRI-E 52.17, AMER-S 19.57, EURO-S 13.04,

AMER-N 10.87 MDG 52.17, BRA 13.04, USA 10.87,

ITA 8.70, PER 6.52

157 �������������������������������������������� 777737777760471 T 12 (0.60%) 50% AMER-S 62.50, EURO-S 29.17 BRA 62.50, PRT 16.67, ITA 12.50

158 �������������������������������������������� 777737777760601 T 1 (0.05%) 14.28% AFRI-S 57.14, EURO-S 28.57, AMER-S 14.29 ZAF 57.14, ITA 28.57, BRA 14.29

159 �������������������������������������������� 777740017760771 T-Tuscany 1 (0.05%) 1.53% EURO-S 46.15, AMER-S 21.54, EURO-W 18.46,

AMER-N 6.15 ITA 46.15, ARG 13.85, AUT 12.31,

PRY 6.15

161 �������������������������������������������� 777777607740771 LAM9 2 (0.10%) 22.22% EURO-S 33.33, AMER-S 22.22, EURO-W 22.22,

ASIA-N 11.11, AMER-N 11.11 ITA 33.33, BRA 22.22, NLD 11.11, RUS 11.11, BEL 11.11, USA 11.11

167 �������������������������������������������� 777777777660771 T1 2 (0.10%) 3.44% EURO-S 30.51, EURO-W 20.34, AMER-N 15.25,

AMER-S 11.86, ASIA-W 10.17, EURO-N 5.08

ESP 28.81, USA 15.25, NLD 8.47, SAU 8.47, AUT 5.08, VEN 5.08, BEL 5.08,

BRA 5.08

171 �������������������������������������������� 776017777760771 Unknown 1 (0.05%) 33.33% EURO-W 66.67, AMER-S 33.33 FXX 66.67, BRA 33.33

172 �������������������������������������������� 777777777740771 Unknown 1 (0.05%) 2.22% EURO-W 32.61, AMER-N 17.39, EURO-S 13.04,

ASIA-W 8.70 USA 17.39, AUT 15.22, ITA 10.87, FXX

8.70

173 �������������������������������������������� 777767677760771 Unknown 1 (0.05%) 6.25% ASIA-W 50.00, EURO-W 25.00, AMER-N 18.75,

AMER-S 6.25 TUR 50.00, FXX 25.00, USA 18.75,

BRA 6.25

174 �������������������������������������������� 777777037760771 Unknown 2 (0.10%) 15.38% EURO-W 38.46, AMER-N 23.08, AMER-S 15.38,

ASIA-N 7.69, CARIB 7.69, ASIA-SE 7.69 FXX 38.46, USA 23.08, BRA 15.38,

RUS 7.69, VNM 7.69, HTI 7.69

176 �������������������������������������������� 777737607560771 LAM 7 (0.35%) 21.87% AMER-S 47.06, AMER-N 47.06 USA 41.18, BRA 29.41, GUF 14.71,

MEX 5.88

177 �������������������������������������������� 377777607760771 LAM9 19 (0.95%) 28.78% AMER-S 55.22, EURO-S 20.90, AFRI-N 5.97 BRA 41.79, ESP 13.43, ITA 7.46

179 �������������������������������������������� 677737607760711 LAM 5 (0.25%) 33.33% AMER-S 86.67, EURO-S 6.67, AMER-N 6.67 BRA 80.00, GUF 6.67, USA 6.67, PRT

6.67

180 �������������������������������������������� 677777777720771 H3 1 (0.05%) 1.92% EURO-S 38.46, EURO-E 13.46, AFRI-M 11.54,

EURO-W 7.69, AMER-N 5.77, ASIA-W 5.77 ESP 34.62, CAF 11.54, CZE 7.69, AUT 5.77, SAU 5.77, USA 5.77, POL 5.77

191 �������������������������������������������� 177777777760771 T 1 (0.05%) 7.69% AMER-N 30.77, ASIA-N 15.38, AMER-S 15.38,

EURO-W 15.38, CARIB 7.69, AFRI-N 7.69, ASIA-W 7.69

USA 30.77, RUS 15.38, AUT 7.69, GLP 7.69, ARG 7.69, NLD 7.69, GEO 7.69,

TUN 7.69, BRA 7.69

194 �������������������������������������������� 677737607760731 LAM 2 (0.10%) 8% AMER-N 44.00, AMER-S 40.00, ASIA-S 16.00 USA 36.00, VEN 28.00, IND 16.00,

BRA 12.00, MEX 8.00

195 �������������������������������������������� 677777607660771 LAM1 2 (0.10%) 16.66% AMER-N 33.33, AMER-S 25.00, EURO-S 16.67,

EURO-W 16.67, CARIB 8.33 USA 33.33, BRA 25.00, ESP 16.67,

BEL 16.67, GLP 8.33

196 �������������������������������������������� 677777777760771 T1 2 (0.10%) 3.33% ASIA-W 25.40, AMER-S 12.70, EURO-W 12.70,

AFRI-N 9.52, EURO-S 7.94, AMER-N 7.94, AFRI-E 6.35

TUR 23.81, BRA 9.52, USA 7.94, AUT 6.35, MDG 6.35

205 �������������������������������������������� 737777777760771 T1 4 (0.20%) 10.52% AMER-N 23.68, AMER-S 21.05, ASIA-W 13.16,

AFRI-E 10.53, EURO-E 5.26, EURO-W 5.26, ASIA-SE 5.26

USA 23.68, BRA 15.79, TZA 5.26, SAU 5.26, BGR 5.26, TUR 5.26

207 �������������������������������������������� 767777777720771 H3 1 (0.05%) 6.66% AMER-N 44.44, AMER-S 40.74, EURO-W 7.41 USA 33.33, COL 33.33, MEX 11.11,

AUT 7.41

211 �������������������������������������������� 776137607760771 LAM3 6 (0.30%) 8.82% AMER-N 66.67, AMER-S 14.67, EURO-S 10.67 USA 42.67, MEX 24.00, BRA 10.67,

ESP 6.67

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

5

216 �������������������������������������������� 777717607760771 LAM5 4 (0.20%) 30.76% AMER-S 46.15, AMER-N 38.46, EURO-S 15.38 USA 38.46, BRA 30.77, ITA 15.38,

ARG 7.69, VEN 7.69

217 �������������������������������������������� 777736777760771 X1 2 (0.10%) 8% AMER-N 76.67, AMER-C 6.67, AMER-S 6.67 USA 60.00, MEX 16.67, BRA 6.67,

PAN 6.67

237 �������������������������������������������� 777777777700000 H3 2 (0.10%) 2.15% EURO-W 24.24, AMER-N 13.13, EURO-S 11.11,

AMER-S 10.10, EURO-E 10.10, ASIA-N 8.08, EURO-N 6.06, AFRI-M 5.05, ASIA-SE 5.05

USA 13.13, AUT 10.10, ITA 9.09, DEU 8.08, RUS 8.08, POL 7.07, IDN 5.05,

CMR 5.05, PER 5.05

238 �������������������������������������������� 777777777700171 Unknown 1 (0.05%) 7.69% AMER-N 69.23, EURO-W 15.38, AMER-S 7.69,

ASIA-E 7.69 USA 69.23, FXX 15.38, TWN 7.69,

BRA 7.69

239 �������������������������������������������� 777777777760031 Unknown 1 (0.05%) 2.17% AMER-N 82.35, AMER-S 13.73 USA 62.75, MEX 19.61, VEN 5.88

240 �������������������������������������������� 777777777760371 Unknown 6 (0.30%) 20.68% AMER-S 41.38, AMER-N 34.48, EURO-W 10.34,

EURO-S 6.90 BRA 37.93, USA 34.48, ITA 6.90, DEU

6.90

244 �������������������������������������������� 777777777760601 T 8 (0.40%) 10% EURO-S 20.00, AFRI-S 20.00, ASIA-S 17.78, AMER-S 14.44, AFRI-E 11.11, EURO-W 6.67,

AMER-N 5.56

ZAF 20.00, PRT 17.78, BGD 15.56, BRA 13.33, ZMB 8.89, USA 5.56

245 �������������������������������������������� 777777777760671 T1 2 (0.10%) 10.52% AMER-S 31.58, AFRI-E 15.79, EURO-S 15.79, AMER-N 10.53, EURO-W 10.53, AFRI-N 10.53,

AFRI-W 5.26

BRA 15.79, ITA 10.53, ZMB 10.53, USA 10.53, GUF 5.26, ZWE 5.26, AUT 5.26, ARG 5.26, EGY 5.26, VEN 5.26, NLD 5.26, ESP 5.26, TUN 5.26, GNB

5.26

253 �������������������������������������������� 777777663760771 T1 2 (0.10%) 7.14% AMER-S 24.14, EURO-E 13.79, ASIA-SE 13.79, ASIA-N 10.34, EURO-W 10.34, EURO-N 6.90,

AMER-N 6.90, ASIA-W 6.90

ARG 13.79, IDN 13.79, POL 13.79, RUS 10.34, NLD 6.90, USA 6.90, BRA

6.90

274 �������������������������������������������� 777777600000371 Unknown 1 (0.05%) 12.5% AMER-S 25.00, EURO-W 25.00, ASIA-N 12.50, EURO-S 12.50, AMER-N 12.50, ASIA-W 12.50

AUT 25.00, GUF 12.50, ITA 12.50, RUS 12.50, SAU 12.50, USA 12.50,

BRA 12.50

291 �������������������������������������������� 777777677760771 T1 9 (0.45%) 12.32% AMER-S 27.40, EURO-S 13.70, ASIA-W 12.33,

AFRI-E 9.59, EURO-E 6.85, AFRI-N 6.85, ASIA-S 5.48

BRA 19.18, ZWE 8.22, ITA 8.22, GEO 8.22, EGY 6.85, ESP 5.48

294 �������������������������������������������� 577777777720771 H3 1 (0.05%) 5.26% EURO-W 30.00, AMER-N 25.00, EURO-S 10.00,

ASIA-W 10.00, ASIA-SE 10.00, AMER-S 5.00, EURO-N 5.00, CARIB 5.00

USA 25.00, DEU 15.00, ITA 10.00, TUR 10.00, AUT 5.00, NLD 5.00, IDN 5.00, BEL 5.00, BRA 5.00, HTI 5.00,

GBR 5.00, MYS 5.00

306 �������������������������������������������� 777777601560771 Unknown 1 (0.05%) 4.54% EURO-W 40.91, AMER-N 31.82, AFRI-M 9.09,

AMER-S 9.09, EURO-N 9.09 BEL 31.82, USA 31.82, CAF 9.09, FXX

9.09, GBR 9.09

347 �������������������������������������������� 777736777760601 X2 3 (0.15%) 6% AFRI-S 50.00, AMER-N 32.00, AMER-S 8.00 ZAF 50.00, USA 32.00, BRA 6.00

370 �������������������������������������������� 777777747760471 T1 7 (0.35%) 36.84% AMER-S 36.84, EURO-W 31.58, EURO-N 15.79,

AMER-N 10.53, AFRI-N 5.26

BRA 36.84, AUT 26.32, USA 10.53, SWE 10.53, TUN 5.26, BEL 5.26, EST

5.26

373 �������������������������������������������� 777777767760771 T1 2 (0.10%) 5.55% EURO-W 23.08, AFRI-S 20.51, AMER-S 15.38, EURO-S 12.82, EURO-E 12.82, AMER-N 10.26

ZAF 20.51, CZE 12.82, BEL 10.26, USA 10.26, AUT 7.69, BRA 7.69, PER

7.69, ITA 5.13, ESP 5.13

376 �������������������������������������������� 376177607760771 LAM3 2 (0.10%) 5.88% AMER-N 60.00, AMER-S 28.57 USA 60.00, VEN 22.86, BRA 5.71

377 �������������������������������������������� 657737607760771 LAM2 1 (0.05%) 16.66% AMER-S 50.00, AMER-N 50.00 USA 50.00, VEN 33.33, BRA 16.67

388 �������������������������������������������� 737777607760771 LAM9 3 (0.15%) 10.71% ASIA-E 35.71, AFRI-N 28.57, AMER-S 25.00 JPN 35.71, DZA 28.57, BRA 17.86,

VEN 7.14

390 �������������������������������������������� 777777777620771 H3 1 (0.05%) 4.54% AMER-S 24.00, EURO-W 20.00, CARIB 16.00,

AMER-N 16.00, EURO-S 12.00

USA 16.00, ITA 12.00, BRA 12.00, PER 12.00, MTQ 12.00, AUT 8.00, BEL

8.00

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

6

392 �������������������������������������������� 777777600160731 Unknown 2 (0.10%) 40% AMER-S 100.00 BRA 80.00, ARG 20.00

396 �������������������������������������������� 777777607560371 LAM6 4 (0.20%) 33.33% AMER-S 69.23, EURO-S 30.77 BRA 61.54, ITA 23.08, PRT 7.69, PER

7.69

397 �������������������������������������������� 777777600000771 Unknown 1 (0.05%) 6.25% AMER-S 56.25, AMER-N 25.00, EURO-S 12.50,

ASIA-W 6.25

VEN 25.00, USA 25.00, BRA 18.75, PRY 6.25, ITA 6.25, ARG 6.25, ESP

6.25, SAU 6.25

402 �������������������������������������������� 777777600000000 Unknown 6 (0.30%) 16.66% AMER-S 37.84, AMER-N 18.92, ASIA-W 8.11,

ASIA-N 5.41, EURO-S 5.41, EURO-W 5.41, ASIA-S 5.41, AFRI-S 5.41

BRA 32.43, USA 18.92, GEO 8.11, GUF 5.41, RUS 5.41, ZAF 5.41

431 �������������������������������������������� 717777774020771 H1 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 33.33, EURO-S 33.33, AMER-N 33.33 ITA 33.33, USA 33.33, BRA 33.33

435 �������������������������������������������� 763777607760771 LAM9 1 (0.05%) 20% AMER-N 80.00, AMER-S 20.00 USA 80.00, BRA 20.00

439 �������������������������������������������� 777376777760601 X2 1 (0.05%) 20% AMER-S 37.50, ASIA-W 37.50, AMER-N 25.00 TUR 37.50, USA 25.00, BRA 25.00,

PRY 12.50

443 �������������������������������������������� 777737607700771 LAM5 2 (0.10%) 3.63% AMER-N 85.45, AMER-S 9.09, EURO-W 5.45 USA 85.45, BEL 5.45, BRA 5.45

450 �������������������������������������������� 777776770000000 Unknown 1 (0.05%) 1.35% AMER-N 51.81, AFRI-M 22.89, AMER-S 10.84,

EURO-E 6.02 USA 44.58, CMR 22.89, PER 9.64,

MEX 7.23, CZE 6.02

453 �������������������������������������������� 777777677560771 T1 2 (0.10%) 14.28% AMER-N 28.57, AMER-S 21.43, EURO-E 21.43,

EURO-S 14.29, EURO-N 7.14, CARIB 7.14

USA 28.57, BGR 21.43, BRA 14.29, GUF 7.14, ESP 7.14, VCT 7.14, PRT

7.14, SWE 7.14

462 �������������������������������������������� 777777777560771 T1 5 (0.25%) 13.51% AMER-S 20.51, AMER-N 20.51, EURO-S 15.38,

EURO-E 12.82, AFRI-E 5.13, EURO-N 5.13, EURO-W 5.13, AFRI-S 5.13

USA 20.51, BRA 15.38, ITA 12.82, POL 12.82, FIN 5.13, ZAF 5.13, PER 5.13

463 �������������������������������������������� 777777777720571 H3 2 (0.10%) 13.33% AMER-S 46.67, EURO-E 26.67, AMER-N 20.00,

EURO-W 6.67 BRA 33.33, POL 26.67, USA 20.00,

ARG 13.33, AUT 6.67

472 �������������������������������������������� 377777777720771 H3 2 (0.10%) 20% EURO-W 30.00, AMER-S 20.00, AMER-N 20.00,

EURO-E 20.00, EURO-S 10.00

CZE 20.00, USA 20.00, BRA 20.00, NLD 10.00, ESP 10.00, BEL 10.00,

FXX 10.00

481 �������������������������������������������� 676773677777600 BOV1 7 (0.35%) 1.40% EURO-W 50.80, AMER-S 26.71, AFRI-S 14.86 FXX 29.72, BRA 18.88, ZAF 14.86, NLD 10.64, ARG 7.63, DEU 6.43

498 �������������������������������������������� 777677777760771 T1 11 (0.55%) 55% AMER-S 55.00, EURO-E 15.00, EURO-W 10.00, EURO-N 5.00, AMER-N 5.00, AFRI-N 5.00, ASIA-

W 5.00

BRA 55.00, CZE 10.00, AUT 5.00, EGY 5.00, DEU 5.00, SAU 5.00, USA 5.00,

POL 5.00, GBR 5.00

505 �������������������������������������������� 777737777760700 T 1 (0.05%) 8.33% CARIB 33.33, AMER-N 33.33, AMER-S 16.67,

EURO-S 8.33, EURO-W 8.33 USA 33.33, HTI 33.33, BRA 16.67, ITA

8.33, FXX 8.33

509 �������������������������������������������� 777777605760771 LAM9 2 (0.10%) 18.18% AMER-N 36.36, AMER-S 27.27, CARIB 18.18,

EURO-W 9.09, ASIA-W 9.09 USA 36.36, BRA 18.18, GLP 9.09, SUR

9.09, SAU 9.09, FXX 9.09, BHS 9.09

512 �������������������������������������������� 777777707720771 H3 2 (0.10%) 10.52% AMER-N 40.00, AMER-S 15.00, EURO-S 15.00,

EURO-W 15.00, ASIA-S 10.00, EURO-E 5.00

USA 40.00, ESP 10.00, BRA 10.00, AUT 5.00, BGD 5.00, ITA 5.00,

HUNGARY 5.00, DEU 5.00, BEL 5.00, PER 5.00, IND 5.00

519 �������������������������������������������� 777777777740371 Unknown 2 (0.10%) 12.5% AFRI-S 33.33, AMER-S 22.22, AMER-N 22.22,

AFRI-E 5.56, EURO-N 5.56, EURO-S 5.56, EURO-E 5.56

ZAF 22.22, USA 16.67, NAM 11.11, SUR 11.11, BRA 11.11, MEX 5.56,

ZMB 5.56, BGR 5.56, PRT 5.56, GBR 5.56

521 �������������������������������������������� 777777777760611 T 1 (0.05%) 4% AMER-S 40.00, AFRI-S 20.00, AMER-N 12.00,

EURO-S 8.00 PRY 24.00, ZAF 20.00, USA 12.00,

ARG 8.00, BRA 8.00

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

7

523 �������������������������������������������� 777777777777771 Unknown 1 (0.05%) 3.22% ASIA-SE 24.24, ASIA-E 15.15, AMER-N 15.15, EURO-W 12.12, ASIA-W 12.12, AFRI-W 6.06,

AFRI-S 6.06

USA 15.15, SAU 12.12, JPN 9.09, MYS 9.09, BEL 6.06, TWN 6.06, VNM 6.06,

THA 6.06, ZAF 6.06, NGA 6.06

534 �������������������������������������������� 777777607400000 LAM 4 (0.20%) 44.44% AMER-S 60.00, AFRI-W 30.00, EURO-S 10.00 BRA 50.00, GNB 30.00, ESP 10.00,

PER 10.00

535 �������������������������������������������� 777777707760771 Unknown 18 (0.90%) 31.03% AMER-S 63.79, AMER-N 6.90, ASIA-W 6.90 BRA 60.34, USA 6.90

560 �������������������������������������������� 777000000000371 Unknown 1 (0.05%) 9.09% ASIA-N 72.73, AMER-S 9.09, AMER-N 9.09, ASIA-

W 9.09 RUS 72.73, GEO 9.09, USA 9.09, BRA

9.09

602 �������������������������������������������� 777777770000771 Unknown 5 (0.25%) 5.95% ASIA-W 45.98, AMER-S 10.34, EURO-W 10.34,

AMER-N 9.20 GEO 24.14, TUR 19.54, BRA 10.34,

USA 9.20

635 �������������������������������������������� 000000007560771 Unknown 1 (0.05%) 14.28% AMER-S 57.14, EURO-W 28.57, AMER-N 14.29 BRA 57.14, BEL 28.57, USA 14.29

668 �������������������������������������������� 656473737777600 BOV1 1 (0.05%) 8.33% EURO-N 50.00, AMER-S 41.67, AFRI-S 8.33 GBR 50.00, ARG 25.00, URY 8.33,

ZAF 8.33, BRA 8.33

702 �������������������������������������������� 700775747413771 EAI6-BGD1

4 (0.20%) 19.04% AFRI-E 57.14, AMER-S 23.81, CARIB 9.52 MWI 42.86, BRA 19.05, ZMB 14.29,

CUB 9.52

729 �������������������������������������������� 657777607760771 LAM1 1 (0.05%) 16.66% CARIB 66.67, AMER-S 16.67, AFRI-S 16.67 HTI 50.00, GLP 16.67, ZAF 16.67, BRA

16.67

741 �������������������������������������������� 777777757720771 H3 1 (0.05%) 14.28% EURO-W 57.14, AMER-S 14.29, AMER-N 14.29,

EURO-E 14.29 AUT 28.57, NLD 28.57, USA 14.29,

POL 14.29, BRA 14.29

742 �������������������������������������������� 777777770020771 H3 1 (0.05%) 2.63% ASIA-E 26.32, AMER-N 26.32, ASIA-SE 21.05,

EURO-N 7.89, EURO-S 5.26, EURO-W 5.26, ASIA-W 5.26

USA 26.32, TWN 23.68, SWE 7.89, MYS 7.89, AUT 5.26, ITA 5.26, IDN

5.26, SAU 5.26, VNM 5.26

746 �������������������������������������������� 777777777520771 Unknown 4 (0.20%) 16% AMER-N 28.00, AMER-S 20.00, EURO-W 20.00,

AFRI-N 12.00, AFRI-S 8.00 USA 28.00, BRA 16.00, NLD 8.00, BEL

8.00, MAR 8.00, ZAF 8.00

747 �������������������������������������������� 777777777720471 H3 1 (0.05%) 14.28% EURO-W 57.14, AMER-S 42.86 NLD 57.14, BRA 42.86

750 �������������������������������������������� 037677500020771 H1 1 (0.05%) 5% EURO-W 45.00, AMER-N 35.00, AMER-S 20.00 AUT 40.00, USA 35.00, ARG 15.00,

DEU 5.00, BRA 5.00

765 �������������������������������������������� 777760077760771 Unknown 1 (0.05%) 11.11% AMER-N 44.44, AMER-S 22.22, EURO-W 22.22,

AFRI-W 11.11 USA 44.44, GMB 11.11, PRY 11.11, DEU 11.11, NLD 11.11, BRA 11.11

770 �������������������������������������������� 777677607760771 LAM9 8 (0.40%) 42.10% AMER-S 45.00, EURO-S 30.00, EURO-N 10.00,

AMER-C 5.00, EURO-W 5.00, AFRI-N 5.00

BRA 40.00, ESP 25.00, SWE 10.00, ITA 5.00, ARG 5.00, SDN 5.00, FXX

5.00, PAN 5.00

803 �������������������������������������������� 777740007760771 T5-RUS1 1 (0.05%) 3.84% ASIA-W 29.63, ASIA-N 25.93, EURO-N 14.81,

ASIA-SE 7.41 RUS 25.93, GEO 18.52, ARM 7.41,

VNM 7.41, EST 7.41

822 �������������������������������������������� 757777607760771 LAM9 2 (0.10%) 12.5% AMER-S 31.25, AMER-N 25.00, EURO-S 12.50,

CARIB 6.25, EURO-E 6.25, AFRI-N 6.25, ASIA-W 6.25, ASIA-S 6.25

USA 25.00, BRA 25.00, ESP 12.50, BGD 6.25, GLP 6.25, TUN 6.25, BGR

6.25, COL 6.25, TUR 6.25

823 �������������������������������������������� 776000003760771 Unknown 3 (0.15%) 25% AMER-S 33.33, AMER-N 33.33, EURO-S 16.67,

EURO-N 8.33, EURO-W 8.33 USA 33.33, BRA 33.33, ITA 16.67,

DEU 8.33, FIN 8.33

826 �������������������������������������������� 677737207760771 LAM2 1 (0.05%) 25% AMER-S 100.00 BRA 42.86, PER 42.86, VEN 14.29

827 �������������������������������������������� 776337770760771 S 1 (0.05%) 14.28% AMER-S 57.14, EURO-S 42.86 ITA 42.86, BRA 42.86, ARG 14.29

828 �������������������������������������������� 377777607760731 LAM4 11 (0.55%) 55% AMER-S 85.00, AFRI-W 5.00, EURO-S 5.00, AFRI-

S 5.00 BRA 75.00, PRY 10.00, ITA 5.00, ZAF

5.00, GNB 5.00

832 �������������������������������������������� 777727777760731 T 1 (0.05%) 16.66% EURO-W 50.00, AFRI-N 33.33, AMER-S 16.67 FXX 50.00, EGY 16.67, TUN 16.67,

BRA 16.67

834 �������������������������������������������� 777767777740771 T 2 (0.10%) 28.57% AMER-S 42.86, EURO-W 28.57, EURO-S 14.29,

ASIA-SE 14.29 BRA 42.86, FXX 28.57, IDN 14.29,

PRT 14.29

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

8

866 �������������������������������������������� 577777607760771 LAM9 10 (0.50%) 28.57% AMER-S 37.14, EURO-S 34.29, AMER-N 20.00,

EURO-W 5.71 BRA 34.29, ITA 28.57, USA 20.00, ESP

5.71, FXX 5.71

891 �������������������������������������������� 777777607660771 LAM9 2 (0.10%) 7.40% EURO-E 62.96, EURO-S 14.81, AMER-N 11.11,

AMER-S 7.41 POL 62.96, ITA 11.11, USA 11.11, BRA

7.41

908 �������������������������������������������� 677737607760700 LAM 1 (0.05%) 10% AMER-N 70.00, CARIB 20.00, AMER-S 10.00 USA 70.00, DOM 20.00, BRA 10.00

911 �������������������������������������������� 777777600060771 Unknown 2 (0.10%) 6.66% AMER-N 86.67, AMER-S 10.00 USA 86.67, BRA 6.67

924 �������������������������������������������� 777600007413371 EAI 1 (0.05%) 5.88% AMER-S 29.41, EURO-N 23.53, AFRI-E 17.65, AFRI-N 17.65, AMER-N 5.88, EURO-W 5.88

GUF 23.53, TUN 17.65, COM 11.76, SWE 11.76, MUS 5.88, FIN 5.88, NLD 5.88, USA 5.88, BRA 5.88, GBR 5.88

956 �������������������������������������������� 777777777760011 Unknown 1 (0.05%) 11.11% AMER-N 66.67, AMER-S 11.11, ASIA-E 11.11,

AFRI-N 11.11 USA 66.67, JPN 11.11, TUN 11.11,

BRA 11.11

960 �������������������������������������������� 477737607760771 LAM2 2 (0.10%) 18.18% AMER-S 81.82, AMER-N 18.18 VEN 63.64, USA 18.18, BRA 18.18

1053 �������������������������������������������� 777767637760771 Unknown 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 33.33, AFRI-N 33.33, EURO-W 33.33 EGY 33.33, FXX 33.33, BRA 33.33

1066 �������������������������������������������� 777767607560771 LAM6 2 (0.10%) 20% AMER-S 50.00, AFRI-W 20.00, EURO-N 10.00,

AMER-N 10.00, AFRI-N 10.00

GUF 20.00, BRA 20.00, NGA 20.00, VEN 10.00, USA 10.00, DZA 10.00,

SWE 10.00

1074 �������������������������������������������� 777777607760761 LAM9 1 (0.05%) 5% AFRI-N 35.00, AFRI-S 25.00, EURO-S 15.00,

AMER-N 10.00, EURO-W 10.00, AMER-S 5.00

MAR 35.00, ZAF 25.00, DEU 10.00, ESP 10.00, USA 10.00, ITA 5.00, BRA

5.00

1075 �������������������������������������������� 777770607760771 LAM9 1 (0.05%) 20% EURO-W 40.00, AMER-S 20.00, AMER-N 20.00,

AFRI-N 20.00 BEL 20.00, USA 20.00, MAR 20.00,

FXX 20.00, BRA 20.00

1076 �������������������������������������������� 007777607760771 LAM1 2 (0.10%) 28.57% ASIA-N 28.57, AMER-S 28.57, AFRI-E 14.29,

AMER-N 14.29, ASIA-SE 14.29 RUS 28.57, BRA 28.57, IDN 14.29,

USA 14.29, MOZ 14.29

1106 �������������������������������������������� 777777607760400 LAM4 5 (0.25%) 23.80% EURO-S 66.67, AMER-S 33.33 PRT 42.86, BRA 28.57, ESP 19.05

1129 �������������������������������������������� 776777777760771 T1 1 (0.05%) 10% EURO-W 40.00, AMER-N 30.00, AMER-S 10.00,

AFRI-N 10.00, AFRI-S 10.00 AUT 30.00, USA 30.00, MAR 10.00, ZAF 10.00, FXX 10.00, BRA 10.00

1154 �������������������������������������������� 777777607760751 LAM9 1 (0.05%) 8.33% AMER-N 50.00, EURO-E 16.67, AUST 8.33, AMER-S 8.33, EURO-S 8.33, CARIB 8.33

USA 50.00, CZE 16.67, ESP 8.33, BRA 8.33, HTI 8.33, AUS 8.33

1163 �������������������������������������������� 677737777760771 T3 5 (0.25%) 33.33% AMER-S 66.67, AMER-N 33.33 BRA 66.67, USA 33.33

1166 �������������������������������������������� 777377777760771 T1 4 (0.20%) 11.11% AMER-N 24.32, AMER-S 21.62, EURO-S 18.92,

AFRI-S 10.81, ASIA-W 8.11, AFRI-E 5.41, AFRI-N 5.41

USA 24.32, BRA 13.51, ZAF 10.81, SAU 8.11, GRC 8.11, ITA 5.41, VEN

5.41, ESP 5.41

1176 �������������������������������������������� 777757607760771 LAM9 1 (0.05%) 5.88% ASIA-S 23.53, ASIA-SE 23.53, ASIA-W 17.65,

AMER-S 11.76, AFRI-E 5.88, EURO-N 5.88, AFRI-N 5.88, EURO-W 5.88

BGD 23.53, IDN 23.53, GEO 17.65, ARG 5.88, EGY 5.88, NLD 5.88, BRA

5.88, EST 5.88, MDG 5.88

1202 �������������������������������������������� 000000003760771 Unknown 2 (0.10%) 50% AMER-S 50.00, AFRI-E 25.00, AFRI-N 25.00 BRA 50.00, LBY 25.00, MDG 25.00

1210 �������������������������������������������� 017777607760771 LAM1 1 (0.05%) 20% AMER-N 80.00, AMER-S 20.00 MEX 40.00, USA 40.00, BRA 20.00

1227 �������������������������������������������� 777737557760771 T5-

Madrid2 2 (0.10%) 15.38%

EURO-S 46.15, AMER-S 15.38, AMER-N 15.38, EURO-W 7.69, AFRI-N 7.69, AFRI-S 7.69

ESP 46.15, USA 15.38, BRA 15.38, DEU 7.69, MAR 7.69, ZAF 7.69

1241 �������������������������������������������� 777777607700771 LAM9 13 (0.65%) 16.45% AFRI-S 54.43, AMER-S 40.51 ZAF 54.43, BRA 22.78, ARG 16.46

1277 �������������������������������������������� 777777207760771 LAM9 1 (0.05%) 5.55% CARIB 40.00, AMER-S 30.00, AMER-N 20.00,

EURO-S 10.00

DOM 40.00, USA 15.00, ARG 10.00, ESP 10.00, BRA 10.00, GUF 5.00,

MEX 5.00, COL 5.00

1284 �������������������������������������������� 741703777760771 Unknown 5 (0.25%) 45.45% AMER-S 54.55, EURO-W 27.27, AMER-N 18.18 BRA 45.45, BEL 27.27, USA 18.18,

GUF 9.09

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

9

1321 �������������������������������������������� 677777607760731 LAM 2 (0.10%) 15.38% AMER-S 30.77, EURO-S 23.08, ASIA-N 15.38,

AMER-N 15.38, ASIA-S 15.38

PRT 23.08, RUS 15.38, USA 15.38, BRA 15.38, IND 15.38, GUF 7.69, ARG

7.69

1332 �������������������������������������������� 677777777760731 T2 1 (0.05%) 9.09% AFRI-S 45.45, AFRI-E 18.18, AMER-S 18.18,

EURO-N 9.09, EURO-W 9.09 ZAF 45.45, BRA 18.18, MDG 18.18,

DEU 9.09, FIN 9.09

1337 �������������������������������������������� 777700607760771 LAM5 4 (0.20%) 33.33% AMER-S 83.33, ASIA-N 8.33, EURO-S 8.33 GUF 50.00, BRA 33.33, ITA 8.33, RUS

8.33

1356 �������������������������������������������� 776377777760751 S 1 (0.05%) 7.69% EURO-S 53.33, AMER-S 33.33, AMER-N 13.33 ITA 53.33, PRY 13.33, PER 13.33,

MEX 6.67, USA 6.67, BRA 6.67

1394 �������������������������������������������� 777776777760671 X1 1 (0.05%) 14.28% ASIA-S 42.86, AFRI-S 28.57, AMER-S 14.29,

EURO-W 14.29 BGD 42.86, ZAF 28.57, FXX 14.29,

BRA 14.29

1410 �������������������������������������������� 777777700000000 Unknown 3 (0.15%) 15% AMER-S 35.00, AFRI-W 15.00, EURO-S 15.00, ASIA-W 15.00, EURO-E 10.00, EURO-W 5.00,

ASIA-S 5.00

BRA 35.00, GMB 15.00, SAU 15.00, POL 10.00, AUT 5.00, BGD 5.00, ITA

5.00, ESP 5.00, PRT 5.00

1470 �������������������������������������������� 777776607760771 Unknown 1 (0.05%) 6.25% AFRI-E 50.00, AMER-N 25.00, AFRI-S 12.50,

AMER-S 6.25, EURO-S 6.25 TZA 37.50, USA 25.00, ZAF 12.50, ITA 6.25, MWI 6.25, BRA 6.25, MDG 6.25

1491 �������������������������������������������� 740000007760731 Unknown 6 (0.30%) 37.5% AMER-S 56.25, ASIA-SE 18.75, ASIA-E 12.50,

EURO-N 6.25, AMER-N 6.25 BRA 56.25, MYS 18.75, JPN 6.25, TWN 6.25, USA 6.25, GBR 6.25

1530 �������������������������������������������� 777777607760711 LAM4 1 (0.05%) 11.11% AMER-N 44.44, EURO-S 33.33, AFRI-E 11.11,

AMER-S 11.11 USA 44.44, ESP 33.33, TZA 11.11,

BRA 11.11

1535 �������������������������������������������� 777577607760771 LAM9 3 (0.15%) 33.33% AMER-S 55.56, AMER-N 22.22, EURO-S 11.11,

EURO-W 11.11 BRA 44.44, USA 22.22, ARG 11.11,

ESP 11.11, BEL 11.11

1536 �������������������������������������������� 776377607760771 LAM9 2 (0.10%) 22.22% AMER-S 40.00, EURO-S 30.00, AMER-N 20.00,

EURO-W 10.00 ESP 30.00, BRA 30.00, USA 20.00,

BEL 10.00, COL 10.00

1567 �������������������������������������������� 777777707560771 T1 3 (0.15%) 42.85% AMER-S 71.43, EURO-W 28.57 BRA 71.43, AUT 14.29, FXX 14.29

1580 �������������������������������������������� 777777747760771 T1 1 (0.05%) 8.33% ASIA-W 33.33, AMER-S 16.67, AFRI-W 16.67,

EURO-S 8.33, AMER-N 8.33, EURO-W 8.33, AFRI-S 8.33

SAU 25.00, BRA 16.67, NGA 16.67, DEU 8.33, ESP 8.33, GEO 8.33, USA

8.33, ZAF 8.33

1583 �������������������������������������������� 777777777760740 T 1 (0.05%) 16.66% AMER-S 33.33, EURO-W 33.33, AMER-N 16.67,

ASIA-W 16.67 BRA 33.33, DEU 16.67, SAU 16.67,

USA 16.67, FXX 16.67

1620 �������������������������������������������� 777777604360771 LAM8 1 (0.05%) 10% EURO-S 70.00, AMER-S 10.00, AMER-N 10.00,

EURO-W 10.00 ESP 70.00, BEL 10.00, USA 10.00,

BRA 10.00

1644 �������������������������������������������� 777777404020771 H1 2 (0.10%) 28.57% AMER-S 28.57, EURO-E 28.57, CARIB 14.29,

AMER-N 14.29, EURO-W 14.29 CZE 28.57, BRA 28.57, USA 14.29,

FXX 14.29, MTQ 14.29

1659 �������������������������������������������� 777703700000000 Unknown 3 (0.15%) 60% AMER-S 100.00 BRA 80.00, COL 20.00

1661 �������������������������������������������� 677737607760671 LAM2 1 (0.05%) 20% AMER-S 100.00 BRA 60.00, VEN 40.00

1681 �������������������������������������������� 377777774020771 H1 1 (0.05%) 25% AMER-S 40.00, EURO-W 40.00, EURO-S 20.00 AUT 20.00, BEL 20.00, ALB 20.00,

BRA 20.00, PER 20.00

1683 �������������������������������������������� 677777777660771 T 1 (0.05%) 33.33% ASIA-N 33.33, AMER-S 33.33, AMER-N 33.33 RUS 33.33, USA 33.33, BRA 33.33

1685 �������������������������������������������� 776077607760771 LAM3 1 (0.05%) 20% EURO-S 60.00, AMER-S 20.00, AFRI-S 20.00 ESP 60.00, ZAF 20.00, BRA 20.00

1690 �������������������������������������������� 777777777762771 MANU2 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 33.33, AMER-N 33.33, AFRI-N 33.33 EGY 33.33, USA 33.33, BRA 33.33

1694 �������������������������������������������� 277737607760771 LAM2 1 (0.05%) 20% AMER-S 40.00, AMER-N 40.00, EURO-S 20.00 USA 40.00, VEN 20.00, ESP 20.00,

BRA 20.00

1710 �������������������������������������������� 777737607760731 LAM 1 (0.05%) 14.28% AMER-S 42.86, CARIB 14.29, AMER-N 14.29,

EURO-W 14.29, ASIA-S 14.29 BRA 28.57, VEN 14.29, NLD 14.29, TTO 14.29, USA 14.29, LKA 14.29

1718 �������������������������������������������� 677776607760771 Unknown 1 (0.05%) 25% AMER-S 100.00 VEN 75.00, BRA 25.00

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

10

1755 �������������������������������������������� 677777607560771 LAM 1 (0.05%) 14.28% AMER-N 42.86, AMER-S 28.57, EURO-S 28.57 USA 42.86, PRT 28.57, BRA 28.57

1761 �������������������������������������������� 677767777760771 T 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 66.67, EURO-W 33.33 GUF 33.33, BEL 33.33, BRA 33.33

1800 �������������������������������������������� 777777407760771 LAM9 5 (0.25%) 55.55% AMER-S 55.56, AFRI-E 22.22, ASIA-E 11.11,

AMER-N 11.11 BRA 55.56, TZA 11.11, USA 11.11,

MWI 11.11, CHINA 11.11

1804 �������������������������������������������� 777777577720771 H3 1 (0.05%) 20% AMER-S 42.86, AMER-N 28.57, EURO-S 14.29,

EURO-W 14.29 USA 28.57, COL 28.57, AUT 14.29, ITA

14.29, BRA 14.29

1812 �������������������������������������������� 777777637720771 H3 1 (0.05%) 25% AMER-S 50.00, EURO-W 50.00 AUT 50.00, VEN 25.00, BRA 25.00

1815 �������������������������������������������� 677777606760771 LAM 1 (0.05%) 14.28% AMER-S 100.00 BRA 71.43, COL 28.57

1824 �������������������������������������������� 760377777760701 Unknown 1 (0.05%) 16.66% AMER-S 66.67, EURO-W 16.67, AFRI-S 16.67 ARG 33.33, BRA 33.33, NLD 16.67,

ZAF 16.67

1838 �������������������������������������������� 777367607760771 LAM9 1 (0.05%) 14.28% EURO-S 57.14, AMER-S 42.86 ESP 57.14, ARG 28.57, BRA 14.29

1888 �������������������������������������������� 677777707760771 Unknown 2 (0.10%) 40% AMER-S 100.00 BRA 80.00, VEN 20.00

1889 �������������������������������������������� 007777707760771 Unknown 2 (0.10%) 50% AMER-S 100.00 BRA 100.00

1890 �������������������������������������������� 777777707760731 Unknown 2 (0.10%) 50% AMER-S 100.00 BRA 100.00

1891 �������������������������������������������� 777777773720771 H3 3 (0.15%) 50% AMER-S 100.00 BRA 100.00

1892 �������������������������������������������� 777777660000171 Unknown 3 (0.15%) 60% AMER-S 100.00 BRA 80.00, PRY 20.00

1895 �������������������������������������������� 777777607460731 LAM 6 (0.30%) 66.66% AMER-S 88.89, AMER-N 11.11 BRA 88.89, USA 11.11

1905 �������������������������������������������� 777777777460771 Unknown 1 (0.05%) 16.66% AMER-S 85.71, EURO-S 14.29 BRA 57.14, ITA 14.29, ARG 14.29,

PER 14.29

1906 �������������������������������������������� 777777605560771 LAM6 3 (0.15%) 37.5% AMER-S 100.00 BRA 100.00

1907 �������������������������������������������� 777777777774771 Unknown 2 (0.10%) 50% AMER-S 100.00 BRA 100.00

1908 �������������������������������������������� 777777776020771 H3 1 (0.05%) 16.66% AMER-S 33.33, AMER-N 33.33, ASIA-W 16.67,

ASIA-S 16.67 USA 33.33, BRA 33.33, IND 16.67,

TUR 16.67

1909 �������������������������������������������� 775777777760700 T 2 (0.10%) 33.33% AMER-S 83.33, EURO-S 16.67 BRA 66.67, ITA 16.67, VEN 16.67

1910 �������������������������������������������� 677737707760771 Unknown 2 (0.10%) 50% AMER-S 100.00 BRA 100.00

1911 �������������������������������������������� 677737707760770 Unknown 2 (0.10%) 50% AMER-S 100.00 BRA 100.00

1914 �������������������������������������������� 377777607560771 LAM6 3 (0.15%) 60% AMER-S 80.00, EURO-S 20.00 BRA 60.00, ITA 20.00, VEN 20.00

1983 �������������������������������������������� 474000377413031 EAI3-IND 1 (0.05%) 25% AMER-S 50.00, EURO-S 25.00, ASIA-S 25.00 BRA 50.00, ITA 25.00, IND 25.00

2025 �������������������������������������������� 777777777700371 Unknown 2 (0.10%) 33.33% AMER-S 57.14, ASIA-E 14.29, EURO-S 14.29,

AMER-N 14.29 BRA 57.15, ITA 14.29, JPN 14.29, USA

14.29

2053 �������������������������������������������� 776377775760771 S 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 33.33, CARIB 33.33, AFRI-S 33.33 GLP 33.33, ZAF 33.33, BRA 33.33

2070 �������������������������������������������� 777777637760771 T1 2 (0.10%) 28.57% AMER-S 44.44, EURO-S 33.33, CARIB 11.11,

ASIA-W 11.11 ESP 33.33, BRA 22.22, PER 22.22,

HTI 11.11, TUR 11.11

2110 �������������������������������������������� 777777607000771 LAM 1 (0.05%) 33.33% AMER-N 66.67, AMER-S 33.33 USA 66.67, BRA 33.33

2142 �������������������������������������������� 677777777560771 T 1 (0.05%) 33.33% ASIA-W 66.67, AMER-S 33.33 TUR 66.67, BRA 33.33

2165 �������������������������������������������� 777747607760771 LAM9 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 50.00, AFRI-S 25.00, ASIA-SE 25.00 BRA 50.00, IDN 25.00, ZAF 25.00

2173 �������������������������������������������� 377777606060771 LAM11-

ZWE 1 (0.05%) 5%

AFRI-E 65.00, AFRI-S 15.00, AMER-N 10.00, AMER-S 5.00, EURO-W 5.00

ZMB 65.00, ZAF 15.00, USA 10.00, NLD 5.00, BRA 5.00

2201 �������������������������������������������� 177777607760771 LAM9 1 (0.05%) 25% AMER-N 50.00, AMER-S 25.00, CARIB 25.00 BRA 25.00, USA 25.00, GLP 25.00,

MEX 25.00

2263 �������������������������������������������� 767777607760771 LAM9 1 (0.05%) 25% AMER-N 50.00, ASIA-N 25.00, AMER-S 25.00 USA 50.00, RUS 25.00, BRA 25.00

2286 �������������������������������������������� 300076777760771 X3 1 (0.05%) 25% AFRI-S 75.00, AMER-S 25.00 ZAF 75.00, BRA 25.00

2311 �������������������������������������������� 776177607760471 LAM3 1 (0.05%) 33.33% AMER-N 66.67, AMER-S 33.33 USA 66.67, BRA 33.33

2333 �������������������������������������������� 777777774020711 H1 1 (0.05%) 14.28% AFRI-N 28.57, AFRI-S 28.57, AMER-S 14.29,

CARIB 14.29, EURO-E 14.29 MAR 28.57, ZAF 28.57, CUB 14.29,

POL 14.29, BRA 14.29

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

11

2336 �������������������������������������������� 777637607760771 LAM5 3 (0.15%) 50% AMER-S 50.00, EURO-S 16.67, AFRI-N 16.67,

AFRI-S 16.67 BRA 50.00, ESP 16.67, MAR 16.67,

ZAF 16.67

2342 �������������������������������������������� 037777607760771 LAM1 2 (0.10%) 50% AMER-S 50.00, EURO-S 25.00, AFRI-S 25.00 BRA 50.00, ITA 25.00, ZAF 25.00

2381 �������������������������������������������� 777677777720771 H3 3 (0.15%) 50% AMER-S 71.43, EURO-S 14.29, EURO-W 14.29 BRA 57.14, ITA 14.29, BEL 14.29, PER

14.29

2409 �������������������������������������������� 777737757760771 T 1 (0.05%) 33.33% AMER-N 66.67, AMER-S 33.33 USA 66.67, BRA 33.33

2495 �������������������������������������������� 777777606000771 LAM 1 (0.05%) 25% AMER-N 50.00, AFRI-E 25.00, AMER-S 25.00 USA 50.00, ZMB 25.00, BRA 25.00

2501 �������������������������������������������� 777777774220771 H3 2 (0.10%) 40% AMER-S 60.00, EURO-S 40.00 BRA 60.00, ITA 20.00, ESP 20.00

2506 �������������������������������������������� 677757607760771 LAM1 1 (0.05%) 20% AMER-S 60.00, AFRI-N 40.00 TUN 40.00, ARG 20.00, GUY 20.00,

BRA 20.00

2508 �������������������������������������������� 777577600000000 Unknown 3 (0.15%) 37.5% AMER-S 100.00 GUF 50.00, BRA 50.00

2511 �������������������������������������������� 777736770000000 X2 3 (0.15%) 60% AMER-S 60.00, EURO-S 20.00, EURO-W 20.00 BRA 60.00, ITA 20.00, BEL 20.00

2550 �������������������������������������������� 777737743760771 LAM10-

CAM 1 (0.05%) 7.14%

CARIB 46.67, AFRI-W 26.67, AFRI-E 6.67, AMER-S 6.67, AMER-N 6.67, ASIA-W 6.67

TTO 46.67, NGA 26.67, USA 6.67, BRA 6.67, TUR 6.67, MDG 6.67

2566 �������������������������������������������� 777777607160771 LAM6 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 66.67, AFRI-E 33.33 BRA 50.00, MDG 50.00

2788 �������������������������������������������� 673737607760771 LAM2 1 (0.05%) 12.5% AMER-S 100.00 VEN 87.50, BRA 12.50

2854 �������������������������������������������� 777777607020771 LAM6 1 (0.05%) 33.33% AMER-S 50.00, EURO-S 50.00 ITA 50.00, BRA 50.00

1660* �������������������������������������������� 777777600060731 Unknown 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 100.00 BRA 66.67, ARG 33.33

1662* �������������������������������������������� 600000000060731 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

1663* �������������������������������������������� 777777607520771 LAM6 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

1664* �������������������������������������������� 777777600560731 Unknown 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

1665* �������������������������������������������� 377400000000131 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

1671* �������������������������������������������� 377767607760771 LAM9 1 (0.05%) 50% FRA AMER-S 50.00, EURO-W 50.00 FXX 50.00, BRA 50.00

1684* �������������������������������������������� 776000000000000 Africanum 1 (0.05%) 50% FRA AMER-S 50.00, EURO-W 50.00 FXX 50.00, BRA 50.00

1686* �������������������������������������������� 777740004020771 H1 1 (0.05%) 50% AUT AMER-S 50.00, EURO-W 50.00 AUT 50.00, BRA 50.00

1687* �������������������������������������������� 777767775760771 T 1 (0.05%) 50% USA AMER-S 50.00, AMER-N 50.00 USA 50.00, BRA 50.00

1695* �������������������������������������������� 677737607760770 LAM2 1 (0.05%) 50% VEN AMER-S 100.00 VEN 50.00, BRA 50.00

1758* �������������������������������������������� 777777607540771 LAM6 6 (0.30%) 85.71% BRA AMER-S 85.71, EURO-S 14.29 BRA 85.71, PRT 14.29

2497* �������������������������������������������� 677677607760771 LAM1 4 (0.20%) 80% BRA AMER-S 83.33, EURO-S 16.67 BRA 83.34, PRT 16.67

2498* �������������������������������������������� 777760077620771 Unknown 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2499* �������������������������������������������� 777777617760771 Unknown 5 (0.25%) 83.33% BRA AMER-S 85.71, AFRI-S 14.29 BRA 71.43, ZAF 14.29, PER 14.29

2500* �������������������������������������������� 776377770000771 Unknown 1 (0.05%) 50% BGR AMER-S 50.00, EURO-E 50.00 BGR 50.00, BRA 50.00

2502* �������������������������������������������� 777777407560771 LAM6 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2503* �������������������������������������������� 777777777420611 H3 7 (0.35%) 87.5% BRA AMER-S 87.50, EURO-W 12.50 BRA 87.50, AUT 12.50

2505* �������������������������������������������� 777677607560771 LAM6 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2507* �������������������������������������������� 777777400600000 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2509* �������������������������������������������� 777777777750371 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2510* �������������������������������������������� 774737777760731 T 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 66.67, EURO-S 33.33 BRA 66.67, ITA 33.33

2512* �������������������������������������������� 657757607760771 LAM1 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2513* �������������������������������������������� 777767777760471 T 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2514* �������������������������������������������� 774377607760700 LAM4 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2515* �������������������������������������������� 777737607760400 LAM 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2516* �������������������������������������������� 756377777760771 S 2 (0.10%) 66.66% ITA AMER-S 66.67, EURO-S 33.33 BRA 66.67, ITA 33.33

2517* �������������������������������������������� 777600167760771 T3-ETH 8 (0.40%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2518* �������������������������������������������� 763763607560771 LAM6 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

12

2519* �������������������������������������������� 700000007560771 LAM3 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2520* �������������������������������������������� 771600000000011 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2521* �������������������������������������������� 737777607560771 LAM6 3 (0.15%) 75% BRA AMER-S 100.00 BRA 75.00, VEN 25.00

2522* �������������������������������������������� 677777607760740 LAM1 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 66.67, AMER-N 33.33 BRA 66.67, USA 33.33

2523* �������������������������������������������� 777740017160771 T-Tuscany 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2524* �������������������������������������������� 757777605560771 LAM6 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2525* �������������������������������������������� 677737607620771 LAM2 1 (0.05%) 50% USA AMER-S 50.00, AMER-N 50.00 USA 50.00, BRA 50.00

2526* �������������������������������������������� 007777606000031 LAM 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2527* �������������������������������������������� 776177607660771 LAM3 1 (0.05%) 50% ZAF AMER-S 50.00, AFRI-S 50.00 ZAF 50.00, BRA 50.00

2528* �������������������������������������������� 374377607760700 LAM4 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2529* �������������������������������������������� 777777607740371 LAM9 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2530* �������������������������������������������� 777700017760771 Unknown 1 (0.05%) 50% ZAF AMER-S 50.00, AFRI-S 50.00 ZAF 50.00, BRA 50.00

2531* �������������������������������������������� 677777777760601 T 2 (0.10%) 100% BRA AFRI-S 75.00, AMER-S 25.00 ZAF 75.00, BRA 25.00

2532* �������������������������������������������� 777777634020771 H1 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2533* �������������������������������������������� 777760007560771 T5-RUS1 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2534* �������������������������������������������� 777377607700771 LAM9 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2535* �������������������������������������������� 777777207600331 LAM4 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 66.67, AMER-N 33.33 BRA 66.67, USA 33.33

2536* �������������������������������������������� 676777607760771 LAM1 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2537* �������������������������������������������� 777617777720771 H3 3 (0.15%) 75% BRA AMER-S 75.00, EURO-S 25.00 BRA 75.00, ESP 25.00

2539* �������������������������������������������� 673777607760771 LAM1 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2540* �������������������������������������������� 777700000760771 Unknown 1 (0.05%) 50% FRA AMER-S 50.00, EURO-W 50.00 FXX 50.00, BRA 50.00

2541* �������������������������������������������� 777740000760771 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2542* �������������������������������������������� 777400167760771 T3-ETH 5 (0.25%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2543* �������������������������������������������� 773601757013371 EAI6-BGD1

2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2544* �������������������������������������������� 677737607760371 LAM2 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2545* �������������������������������������������� 703660000000331 CAS1-Delhi

2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2546* �������������������������������������������� 777600073760771 T3-ETH 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2547* �������������������������������������������� 777740000660771 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2548* �������������������������������������������� 777777607600331 LAM4 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2549* �������������������������������������������� 777677207760771 LAM9 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2551* �������������������������������������������� 777777607760701 LAM4 2 (0.10%) 66.66% COL AMER-S 100.00 BRA 100.00

2552* �������������������������������������������� 677637607760771 LAM2 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2553* �������������������������������������������� 776776777760601 X2 4 (0.20%) 80% BRA AMER-S 80.00, ASIA-S 20.00 BRA 80.00, PAK 20.00

2554* �������������������������������������������� 577777207760771 LAM9 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2555* �������������������������������������������� 776777777760601 T 1 (0.05%) 50% PAK AMER-S 50.00, ASIA-S 50.00 BRA 50.00, PAK 50.00

2556* �������������������������������������������� 777776607760601 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2557* �������������������������������������������� 777777777540771 Unknown 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2562* �������������������������������������������� 777377600000000 Unknown 1 (0.05%) 50% ITA AMER-S 50.00, EURO-S 50.00 ITA 50.00, BRA 50.00

2563* �������������������������������������������� 777777607700731 LAM4 1 (0.05%) 50% ZAF AMER-S 50.00, AFRI-S 50.00 ZAF 50.00, BRA 50.00

2564* �������������������������������������������� 377777600000000 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2565* �������������������������������������������� 377776777760601 X2 1 (0.05%) 50% GBR AMER-S 50.00, EURO-N 50.00 BRA 50.00, GBR 50.00

2568* �������������������������������������������� 737776607760771 LAM9 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2569* �������������������������������������������� 747777667560771 Unknown 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2570* �������������������������������������������� 777777337760771 T4 2 (0.10%) 66.66% BRA AMER-S 66.67, EURO-N 33.33 BRA 66.67, SWE 33.33

2571* �������������������������������������������� 776340000000171 Unknown 3 (0.15%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

Supplemental Table S2: Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis complex isolates from patients residents of 11 States of Brazil (Gomes et al.), page

13

2572* �������������������������������������������� 667777607760771 LAM1 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2573* �������������������������������������������� 777777600000731 Unknown 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2574* �������������������������������������������� 777776777760600 X2 1 (0.05%) 50% USA AMER-S 50.00, AMER-N 50.00 USA 50.00, BRA 50.00

2623* �������������������������������������������� 700000004020771 H1 1 (0.05%) 50% ESP AMER-S 50.00, EURO-S 50.00 ESP 50.00, BRA 50.00

2744* �������������������������������������������� 777777777700071 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 66.67, EURO-S 33.33 ESP 33.33, BRA 33.33

2847* �������������������������������������������� 674000003760771 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

2857* �������������������������������������������� 777770000000000 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 50.00, EURO-S 50.00 ITA 50.00, BRA 50.00

2866* �������������������������������������������� 777717774020771 H1 1 (0.05%) 50% TUN AMER-S 50.00, AFRI-N 50.00 TUN 50.00, BRA 50.00

3002* �������������������������������������������� 001777707560771 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

3003* �������������������������������������������� 001777607560771 LAM 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

3021* �������������������������������������������� 677777747560771 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

3024* �������������������������������������������� 677737707760571 Unknown 1 (0.05%) 50% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

3046* �������������������������������������������� 607677607560771 LAM 2 (0.10%) 100% BRA AMER-S 100.00 BRA 100.00

a The 326 shared-types (SITs) corresponded to 1740 M. tuberculosis strains (one isolate per patient) from Brazilian patients. Note that SITs followed by an asterisk indicates "newly created shared-type" (n= 86 SITs

representing 178 patient isolates), that had not been reported earlier in the SITVIT2 database. b Clade designations according to SITVIT2 using revised SpolDB4 rules; “Unknown” designates patterns with signatures that do not belong to any of the major clades described in the database.

c Match with a strain from (origin of matching strain) is shown only for newly created SITs.

d Worldwide distribution is reported for regions with more than 3% of a given SITs as compared to their total number in the SITVIT2 database. The definition of macro-geographical regions and sub-regions

(http://unstats.un.org/unsd/methods/m49/m49regin.htm) is according to the United Nations; Regions: AFRI (Africa), AMER (Americas), ASIA (Asia), EURO (Europe), and OCE (Oceania), subdivided in: E (Eastern), M (Middle), C (Central), N (Northern), S (Southern), SE (South-Eastern), and W (Western). Furthermore, CARIB (Caribbean) belongs to Americas, while Oceania is subdivided in 4 sub-regions, AUST (Australasia), MEL (Melanesia), MIC (Micronesia), and POLY (Polynesia). Note that in our classification scheme, Russia has been attributed a new sub-region by itself (Northern Asia) instead of including it among rest of the Eastern Europe. It reflects its geographical localization as well as due to the similarity of specific TB genotypes circulating in Russia (a majority of Beijing genotypes) with those prevalent in Central, Eastern and South-Eastern Asia (analysis performed on 2 April 2009, with the exception of SIT1-Beijing for which the geographical distribution was updated on 24

th January 2011).

e The 3 letter country codes are according to http://en.wikipedia.org/wiki/ISO_3166-1_alpha-3; countrywide distribution is only shown for SITs with �5% of a given SITs as compared to their total number in the

SITVIT2 database.