Isolasi Mikroba

LAPORAN AKHIR PRAKTIKUM

MIKROBIOLOGI PERAIRAN

(M10A104)

Disusun Oleh:

KELOMPOK 10/PERIKANAN C

Rizal Firdaus 230110130162

M. Salsabil 230110130198

Jumaidi Efendi 230110130200

Ruth Maria 230110130174

Christoper 230110130199

Rury Ratnafuri 230110130228

UNIVERSITAS PADJADJARAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

PROGRAM STUDI PERIKANAN

JATINANGOR

2014

ii

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT atas rahmat dan hidayah-Nya akhirnya

kami dari pihak penyusun dapat menyelesaikan tugas mata kuliah Mikrobiologi

Perikanan dengan membahas Isolasi Mikroba dalam bentuk makalah. Makalah

ini disusun guna memenuhi tugas sebagai bahan pertimbangan nilai.

Dalam penyusunan makalah ini, tidak lupa pula kami mengucapkan

banyak terima kasih kepada seluruh pihak yang telah membantu khususnya dari

rekan-rekan sekelompok kami sehingga makalah ini dapat diselesaikan dengan

baik, walaupun ada beberapa hambatan yang kami alami dalam penyusunan

makalah ini. Namun, berkat motivasi yang disertai kerja keras dan bantuan dari

berbagai pihak akhirnya dapat teratasi.

Semoga makalah ini, dapat bermanfaat dan menjadi sumber pengetahuan

bagi pembaca. Dan apabila dalam pembuatan makalah ini terdapat kekurangan

kiranya pembaca dapat memakluminya. Akhir kata dengan kerendahan hati,

kritik dan saran sangat kami harapkan demi penyempurnaan makalah ini. Sekian

dan terima kasih.

Jatinangor, 25 September 2014

Penyusun

iii

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ii

DAFTAR ISI iii

DAFTAR TABEL v

DAFTAR GAMBAR vi

BAB I PENDAHULUAN 1

1.1 Latar Belakang 1

1.2 Tujuan 2

1.3 Manfaat 2

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 3

2.1 Klasifikasi dan Morfologi Ikan Kembung 3

2.1.1 Reproduksi Ikan Kembung 4

2.1.2 Ciri-ciri Seksual Primer dan Sekunder Ikan 6

2.2 Bakteri 7

2.2 Mikroba Saluran Pencernaan Ikan 8

2.3 Isolasi Mikroba 8

2.4 Identifikasi Bakteri 12

BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM 10

3.1 Waktu dan Tempat 10

3.2 Alat dan Bahan 10

3.2.1 Alat yang digunakan 10

3.2.2 Bahan yang digunakan 13

3.2.3 Prosedur Kerja 14

BAB IV HASIL PEMBAHASAN 16

4.1 Hasil 16

4.2 Pembahasan 17

BAB V PENUTUP 20

5.1 Kesimpulan 20

5.2 Saran 20

DAFTAR PUSTAKA vii

iv

LAMPIRAN ix

Lampiran 1 Tugas Pendalaman ix

Lampiran 2 Hasil Pengamatan Kelompok xi

Lampiran 3 Dokumentasi Kelompok xviii

v

DAFTAR TABEL

Tabel hal.

Tabel 1. Alat yang digunakan dalam praktikum 10

Tabel 2. Bahan yang digunakan dalam praktikum 13

Tabel 3. Hasil pengamatan mikroba 19

Tabel 4. Hasil pengamatan kelompok 19

vi

DAFTAR GAMBAR

Gambar hal.

Gambar 1. Ikan Kembung 4

Gambar 2. Morfologi koloni mikroba 12

Gambar 3. Lembar kerja Christoper ix

Gambar 4. Lembar kerja Rizal Firdaus ix

Gambar 5. Lembar kerja Jumaidi Efendi x

Gambar 6. Lembar kerja Ruth Maria x

Gambar 7. Lembar kerja Rury Ratnafuri xi

Gambar 8. Lembar Kerja M. Salsabil xi

Gambar 9. Lembar kerja kelompok 1 xii

Gambar 10. Lembar kerja kelompok 2 xii

Gambar 11. Lembar kerja kelompok 3 xiii

Gambar 12. Lembar kerja kelompok 4 xiii

Gambar 13. Lembar kerja kelompok 5 xiv

Gambar 14. Lembar kerja kelompok 6 xiv

Gambar 15. Lembar kerja kelompok 7 xv

Gambar 16. Lembar kerja kelompok 8 xv

Gambar 17. Lembar kerja kelompok 9 xvi

Gambar 18. Natrium agar xviii

Gambar 19. Mikroba yang telah diinkubasi xviii

Gambar 20. Proses penggoresan xviii

1

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Populasi mikroorganisme yang ada di alam sekitar kita ini sangatlah

besar dan cukup kompleks. Beratus spesies mikroba berada di setiap bagian

tubuh kita. Mereka terdapat dalam jumlah yang cukup basar. Sebagai contoh,

sekali kita bersin dapat menebarkan beribu- ribu mikroorganisme. Satu gram

tinja dapat mengandung jutaan bakteri. Alam di sekitar kita, baik itu tanah, air,

maupun udara juga dihuni oleh kumpulan mikroorganisme. Penelitian yang

layak mengenai mikroorganisme dalam berbagai habitat ini memerlukan teknik

untuk memisahkan populasi campuran yang rumit ini, atau yang biasanya

dikenal dengan istilah biakan campuran, menjadi spsies yang berbeda- beda

yang biasa kenal dengan istilah biakan murni. Biakan murni ini terdiri dari satu

populasi sel yang semuanya berasal dari satu sel induk (Pelczar, 1986).

Untuk memisahkan satu populasi mikroba dari populasi campuran maka

diperlukan suatu teknik yang disebut dengan isolasi mikroba. Isolasi mikroba

adalah mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan menumbuhkannya

dalam suatu medium buatan. Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan satu

jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari campuran bermacam-

macam mikroba. Untuk melakukan hal ini, haruslah di mengerti jenis- jenis

nutrien yang disyaratkan bakteri dan juga macam ligkungan fisik yang

menyediakan kondisi optimum bagi pertumbuhan bakteri tersebut (Pelczar,

1986). Isolasi mikroba ini dilakukan untuk berbagai tujuan terutama untuk

penelitian misalnya untuk mengisolasi DNA mikroba sehingga dapat mendeteksi

mikroba yang telah resisten terhadap suatu antibiotik atau untuk mengetahui

mikroba yang dipakai untuk bioremediasi holokarbon (Ferdiaz, 1992), selain itu

juga untuk menemukan manfaat berbagai macam mikroba yang mungkin

berguna untuk kesejahteraan manusia, dan untuk berbagai keperluan lain. Dalam

makalah ini akan dibahas tentang bagaimana cara untuk melakukan isolasi

mikroba dengan baik dan benar sehingga dapat berguna untuk kedepannya.

2

1.2 Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk meningkatkan pemahaman dan

keterampilan praktikan dalam mengisolasi mikroba.

1.3 Manfaat

Manfaat dari praktikum ini adalah agar praktikan dapat lebih memahami

dan lebih terampil dalam melakukan isolasi mikroba sehingga dapat menjadi

ilmu yang bermanfaat di masa depan.

3

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Klasifikasi dan Morfologi Ikan Kembung

Klasifikasi ikan kembung banyar berdasarkan Saanin (1994) adalah

sebagai berikut :

Phylum : Chordata

Subphylum : Vertebrata

Kelas : Pisces

Subkelas : Teleostei

Ordo : Percomorphi

Sub Ordo : Scombroidea

Famili : Scombroidae

Genus : Rastrelliger

Species : Rastrelliger kanagurta

Gambar 1. Ikan Kembung

(massal2003.wordpress.com)

Ciri-ciri tubuh dari ikan kembung adalah bentuk badan seperti torpedo

badan agak langsing panjang kepala lebih tinggi dari tinggi kepala. Seluruh

tubuh tertutup sisik halus dan terdapat corselet di belakang sirip dada. Terdapat

selaput lemak pada kelopak mata. Usus 1,3-3,7 kali panjang badan. Tapisan

insang panjang jelas tampak bila mulut dibuka dengan jumlah sebanyak 30-46

buah, sisik garis rusuk berjumlah 120-150 buah, sirip punggung kedua berjari-

4

jari keras berjumlah 10 buah, sirip punggung kedua berjari- jari lemah 11-12

sirip dubur berjari-jari lemah lemah sebanyak 11-12 buah.

Di belakang sirip punggung dan dubur terdapat 5-6 buah finlet (Murniati

2004). Ikan kembung banyar memiliki warna biru kehijauan di bagian atas dan

bagian bawah berwarna putih kekuningan. Dua baris totol-totol hitam pada

punggung, satu totol hitam dekat sirip dada. Ban warna gelap memanjang di atas

garis rusuk, dua ban warna keemasan di bawah garis rusuk. Sirip punggung abu-

abu kekuningan. Sirip ekor dan dada kekuningan. Sirip-sirip lain bening

kekuningan. Ikan ini memiliki panjang maksimum 35 cm dengan panjang rata-

rata 20-25 cm (Murniati 2004).

2.1.1 Reproduksi Ikan Kembung

Ikan kembung R.kanagurta jantan pertama kali matang gonad pada

ukuran panjang cagak (fork length) 200,3 mm pada jantan dan ukuran 191,6 mm

pada betina. Hasil yang didapat dari penelitian ini berbeda dengan hasil

penelitian sebelumnya, dimana ukuran pertama kali matang gonad ikan

kembung (R.kanagurta) di Laut Jawa dicapai pada panjang cagak 19,2 cm untuk

jantan dan 20,4 cm untuk betina. Panjang pada pertama kali matang dari ikan

kembung (R.kanagurta) di India tercatat antara 19,0 - 22,4 cm. Kebanyakan

ikan-ikan kembung (R.kanagurta) matang pada ukuran sekitar 22 cm.

Panjang pada pertama kali matang adalah bervariasi antara jenis maupun

dalam jenis itu sendiri, dengan demikian individu yang berasal dari satu kelas

umur ataupun dari kelas panjang yang sama tidak selalu mencapai panjang

pertama kali matang pada ukuran yang sama. Hal ini diperkuat dengan hasil

penelitian bahwa ukuran ikan kembung pertama kali matang gonad adalah 20,4

cm untuk jantan dan 19,2cm untuk betina pada trimester kedua tahun 1991,

kemudian meningkat menjadi an 21,7 cm untuk jantan dan 20,2 cm untuk betina

pada trimester ketiga tahun 1991, dan menurun menjadi 18,6 cm untuk jantan

pada trimester kedua tahun 1992.

5

Pembuahan ikan kembung terjadi secara eksternal yaitu di keluarkan

telur di lingkungan perairan. Biasanya fekunditas telur ikan kembung banyak

dan telurnya tidak dicaga oleh induknya (Effendi, 2002). Ikan-ikan yang telah

dewasa dari suatu populasi terdiri dari ikan jantan dan ikan betina. Selain itu,

pada populasi ikan tertentu terdapat juga ikan hermaprodite.

Sumantadinata (1983) menyatakan gonad ikan adalah sebagai kelenjar

biak. Gonad ikan betina dinamakan ovari dan gonad ikan jantan dinamakan

testes. Ovari dan testes ikan dewasa biasanya terdapat pada individu yang

terpisah, kecuali pada beberapa ikan, kadang-kadang gonad jantan dan betina

ditemukan dalam satu individu (ovotestes).

2.1.2 Ciri-Ciri Seksual Primer Dan Skunder Ikan

Effendie (1997) menyatakan bahwa sifat seksual primer pada ikan

ditandai dengan adanya organ yang secara langsung berhubungan dengan proses

reproduksi yaitu ovarium dan pembuluhnya. Sifat seksual sekunder ialah tanda-

tanda luar yang dapat dipakai untuk membedakan jantan dan betina. Apabila

suatu spesies ikan mempunyai sifat morfologi yang dapat dipakai untuk

membedakan jantan dan betina maka spesies ikan mempunyai seksual

dimorphisme. Apabila yang menjadi tanda itu warna maka ikan itu mempunyai

seksual dichromatisme dimana pada ikan jantan biasanya warnanya agak lebih

cerah dan menarik daripada ikan betina.

Ciri seksual ikan dapat dibagi menjadi dua, yaitu ciri seksual primer dan

ciri seksual sekunder. Ciri seksual primer adalah alat organ yang berhubungan

langsung dengan proses reproduksi. Testes dan salurannya pada ikan jantan

merupakan ciri seksual primer. Untuk melihat perbedaannya diperlukan

pembedahan. Ciri seksual sekunder berguna dalam membedakan ikan jantan

dengan ikan betina dan dapat dilihat dari luar, meskipun kadang kala tidak

memberikan hasil yang positif (nyata).

Gonad adalah organ reproduksi yang berfungsi menghasilkan sel kelamin

(gamet). Gonad yang terdapat pada tubuh ikan jantan tersebut disebut testes

yang berfungsi menghasilkan spermatozoa, sedangkan yang terdapat pada i

6

Individu ikan betina disebut ovari berfungsi menghasilkan telur (Pulunga et. al,

2005). Selanjutnya dikatakan juga bahwa gonad yang terdapat didalam tubuh

mengalami perkembangan dari bentuk sehelai benang yang berisi cairan bening

kemudian berkembang dan membesar sesuai dengan kapasitas rongga perut yang

dimiliki individu ikan. Perkembangan gonad ini dipengaruhi oleh adanya

perkembangan gamet yang diproduksi oleh gonad itu sendiri. Semakin matang

gonad suatu in-dividu ikan maka semakin besar bentuk dan berat gonad serta

tubuh individu ikan.

2.2 Bakteri

Bakteri adalah domain yang terdiri dari makhluk hidup yang tidak

memiliki membrane inti (prokariota). Bakteri dulu terbagi menjadi Bacteria dan

Archaebacteria, namun sekarang Archaebakteria memiliki domain sendiri yang

disebut Archaea. Bakteri memiliki ciri-ciri antara lain tidak memiliki membrane

inti, tidak memiliki organel bermembran, memiliki dinding sel peptidoglikan,

dan materi asam nukleatnya berupa plasmid (Postlethwait dan Hopson, 2006).

Bakteri berkembang biak membelah diri dan karena begitu kecil maka

hanya dapat dilihat menggunakan mikroskop. Bakteri mempunyai beberapa

organel yang dapat melaksanakan beberapa fungsi hidup (Waluyo, 2004).

1. Ukuran bakteri

Ukuran bakteri sangat kecil, umumnya bentuk tubuh bakteri dapat dilihat

dengan menggunakan mikroskop dengan pembesaran 1000x atau lebih. Satuan

ukuran tubuh bakteri adalah micrometer atau micron. Satu micron (µ) sama

dengan 1/1000 milimeter (mm). Lebar tubuh umumnya antara 1-2 µ, sedangkan

panjangnya antara 2-5 µ.

Bakteri berbentuk kokus mempunyai diameter 0,5 µ ada pula yang

berdiameter 2,5 µ. Sedangkan bakteri berbentuk basil mempunyai diameter 0,2-

2,0 µ. Ukuran-ukuran yang menyimpang dari ukuran tersebut diatas cukup

banyak pula. Oleh karena itu, pengukuran besar kecilnya bakteri perlu

didasarkan pada standar yang sama. Bakteri yang berumur 2-6 jam pada

7

umumnya lebih besar daripada bakteri yang berumur lebih dari 24 jam Waluyo,

2004).

2. Bentuk bakteri

Bakteri memiliki beragam variasi bentuk, seperti coccus, basil, dan spiral.

Bakteri dapat hidup soliter maupun berkoloni dan berkembang biak dengan cara

membelah diri. Bakteri memiliki habitat yang bervariasi, dari air, tanah, udara,

hingga dalam tubuh hewan, misalnya dalam usus manusia. Bakteri ada yang

dapat hidup secara anaerob murni dan akan mati dengan adanya oksigen, ada

yang bersifat aerob dan memerlukan oksigen untuk metabolismenya. Ada yang

bersifat aerob fakultatif yaitu dapat hidup pada kondisi anaerob, tapi bila ada

oksigen metabolismenya bersifat aerob (Betsy dan Keogh, 2005).

2.2 Mikroba saluran pencernaan ikan

Mikroflora saluran pencernaan ikan yang berhasil diisolasi ada 18 isolat

yang terdiri atas 4 isolat mikroba amilolitik (Moraxella sp.,Aeromonas

hydrophila, Citrobakter sp. dan Carnobacterium sp.), 3 jenis mikroba amilolitik

anaerob (Staphylococcus sp. Flavobacterium sp. dan Vibrio sp.), 5 jenis mikroba

proteolitik aerob (Streptococcus sp.,Bacillus sp.,Micrococcus sp., Pseudomonas

sp. dan Proteus sp.), 2 jenis mikroba proteolitik anaerob (Vibrio alginoliticus

dan jenis tidak teridentifikasi), 2 jenis mikroba lipolitik aerob (Planococcus sp.

dan Plesiomonas sp.) dan 2 jenis mikroba lipolitik anaerob (Kurthia sp. dan

Serratia sp.)

2.3 Isolasi Mikroba

Isolasi adalah mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan

menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip dari isolasi mikroba

adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari

campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan

menumbuhkannya dalam media padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu

8

koloni sel yang tetap pada tempatnya. Isolasi bakteri atau biakan yang terdiri dari

satu jenis mikroorganisme (bakteri) dikenal sebagai biakan murni atau biakan

aksenik. Biakan yang berisi lebih dari satu macam mikroorganisme (bakteri)

dikenal sebagai biakan campuran, jika hanya terdiri dari dua jenis

mikroorganisme, yang dengan sengaja dipelihara satu sama lain dalam asosiasi,

dikenal sebagai biakan dua-jenis

Persyaratan utama bagi isolasi dan kultivasi fage adalah harus adanya

kondisi optimum untuk pertumbuhan organisme inangnya. Sumber bakteriofage

yang paling baik dan paling utama adalah habitat inang. Sebagai contoh fage

koli yang di jumpai di dalam pencernaan dapat diisolasi dari limbah atau pupuk

kandang. Hal ini dilakukan dengan sentifugasi atau filtrasi bahan sumbrnya dan

penambahan kloroform untuk membunuh sel-sel bakterinya.

Ada beberapa cara yang digunakan untuk bakteri, fungi, dan khamir

dengan metode garis, metode tuang, metode sebar, metode penuangan, serta

micromanipulator. Dua diantaranya yang paling sering banyak digunakan adalah

teknik cawan tuang dan cawan gores. Kedua metode ini didasarkan pada prinsip

yang sama yaitu mengencerkan organisme sedemikian rupa sehingga individu

species dapat dipisahkan (plezar, 2006)

Mikroorganisme dibiakkan di laboratorium pada medium yang terdiri

dari bahan nutrient. Biasanya pemilihan medium yang dipakai bergantung

kepada banyak faktor seperti seperti apa jenis mikroorganisme yang akan

ditumbuhkan.Perbenihan untuk pertumbuhan bakteri agar dapat tetap

dipertahankan harus mengandung semua zat makanan yang diperlukan oleh

organisme tersebut. Faktor lain seperti PH, suhu, dan pendinginan harus

dikendalikan dengan baik.

Selain untuk tujuan diatas medium juga memiliki fungsi lain, seperti

tempat untuk mengisolasi, seleksi, evaluasi dan diferensiasi biakan yang

didapatkan. Agar tiap-tiap medium memilki karakteristik yang sesuai dengan

tujuan sehingga seringkali digunakan beberapa jenis zat tertentu yang

mempunyai pengaruh terhadap pertumbuhan dan perkembangbiakan mikroba

9

(Suriawiria, 2005). Beberapa indikasi pembiakan pada laboratorium

mikrobiologi meliputi:

1. Pengasingan (isolasi) mikroba pada biakan bakteri

2. Menunjukan sifat khas mikroba.

3. Untuk menentukan jenis mikroba yang diisolasi dengan cara-cara

tertentu.

4. Untuk mendapatkan bahan biakan yang cukup untuk membuat

antigen dan percobaan serologi lainnya.

5. Menentukan kepekaan kuman terhadap antibiotik.

6. Menghitung jumlah kuman

7. Mempertahankan biakan mikroba.

Mikroorganisme tidak memerlukan banyak ruangan untuk

perkembangannya, sebab itu media buatan (agar) dapat dimasukkan ke dalam

sebuah tabung percobaan labu atau cawan Petri. Pada permulaannya tabung atau

cawan Petri harus dalam keadaan steril (bebas dari setiap mikroorganisme

hidup) lalu setelah itu dimasukkan mikrobia yang diinginkan, tabung atau cawan

harus dilindungi terhadap kontaminasi dari luar. Sumber utama pencemaran dari

luar adalah udara, yang banyak mengandung mikroorganisme yang

berterbangan. Bentuk cawan petri, dengan tutup yang saling menyelubungi,

dirancang untuk mencegah pencemaran udara. Pencemaran tabung atau labu

dihindari dengan cara menyumbat mulutnya dengan penutup yang cocok,

biasanya dengan kapas.

Permukaan luar cawan biakan yang menjadi sasaran pencemaran, dan

bagian dalam labu atau tabung akan tercemar bila dibuka untuk memasukkan

atau mengeluarkan bahan. Bahaya ini dapat dihindari dengan cara membakar

bibir atau pinggiran cawan, tabung atau labu dalam api, segera setelah penutup

dibuka dan dibakar sekali lagi pada waktu akan ditutup.

Dalam mengisolasi bekteri dikenal empat cara, cara isolasi bakteri

tersebut yaitu :

a. Pour plate atau shake culture

10

Beberapa ml suspensi bakteri dicampur dengan mediaum yang masih cair

(belum membeku) dengan demikian akan diperoleh piaraan adukan. Digunakan

untuk mengencerkan atau mengisolasi yang terdapat pada contoh. Setelah

inkubasi pada suhu dan waktu tertentu, koloni akan tumbuh pada permukaan dan

bagian bawah agar.

b. Streak Plate atau culture

Ujung kawat imokulasi yang membawa bakteri digesekkan atau

digoreskan dengan bentuk zig-zag pada permukaan agar-agar dalam cawan Petri

sampai meliputi seluruh permukaan. Untuk memperoleh hasil yang baik

diperlukan keterampilan, yang biasanya diperoleh dari pengalaman. Metode

cawan gores yang dilakukan dengan baik kebanyakan akan menyebabkan

terisolasinya mikroorganisme yang diinginkan. Dua macam kesalahan yang

umum sekali dilakukan adalah tidak memanfaatkan permukaan medium dengan

sebaik- baiknya untuk digores sehingga pengenceran mikroorganisme menjadi

kurang lanjut dan cenderung untuk menggunakan inokulum terlalu banyak

sehingga menyulitkan pemisahan sel - sel yang digores.

c. Slant culture

Ujung kawat yang membawakan bakteri digesekkan pada permukaan

agar-agar miring dalam tabung reaksi. Dapat dilakukan dengan cara

menggoreskan secaa zig-zag pada permukaan agar miring menggunakan

jarum ose yang bagian atasnya dilengkungkan. Cara ini juga dilakukan pada agar

tegak untuk meminimalisir pertumbuhan mikroba dalam keadaan kekurangan

oksigen. (Rusdimin, 2003)

d. Stab culture

Ujung kawat yang membawakan bakteri ditusukkan pada media padat

(agar-agar) dalam tabung reaksi, berbeda dengan slant culture permukaan agar-

agar ini tidak miring. Media agar setengah padat dalam tabung reaksi, digunakan

untuk menguji gerak bakteri secara makroskopis

11

2.4 Identifikasi bakteri

Identifikasi bakteri meliputi pemeriksaan morfologi, pewarnaan gram,

dan uji biokimia antara lain : uji O/F, uji oksidase, uji katalase, uji motilitas,

produksi indol, uji TSIA, uji gula. Identifikasi bakteri dilakukan dalam beberapa

uji antara lain :

a) Pengamatan Morfologi Koloni Bakteri

Pengamatan morfologi koloni bakteri dilakukan setelah mendapatkan

biakan murni. Pengamatan ini meliputi warna, bentuk, tepian koloni, elevasi atau

permukaan koloni dan struktur dalam koloni.

Gambar 2. morfologi koloni mikroba

(http://sakamboy.wordpress.com/)

b) Pewarnaan Gram

Pewarnaan gram bertujuan untuk menentukan apakah bakteri tersebut

termasuk di dalam kelompok bakteri gram positif atau kelompok bakteri gram

negatif. Cara kerja dari pewarnaan gram yaitu suspensikan bakteri dengan ose,

kemudian letakkan pada obyek dan difiksasi, tetesi dengan larutan gram A yang

mengandung kristal violet, kemudian tetesi dengan larutan gram B yang

mengandung lugol, tetesi dengan larutan gram C yang mengandung alkohol, dan

yang terakhir tetesi dengan larutan gram D yang mengandung safranin.

c) Uji Katalase

12

Tujuan uji katalase adalah untuk mengetahui sifat bakteri dalam

menghasilkan enzim katalase. Cara kerja dari uji katalase yaitu larutan H2O2 3%

diteteskan pada obyek, kemudian suspensikan koloni bakteri dengan ose.

d) Uji Oksidase

Tujuan uji oksidase adalah untuk mengetahui ada tidaknya enzim

oksidase pada bakteri dengan menggunakan paper oksidase yang dapat dilihat

perubahan warna yang terjadi pada paper oksidase.

e) Uji O/F (Oksidatif/Fermentatif)

Uji O/F medium (Oksidatif/Fermentatif) bertujuan untuk mengetahui

sifat oksidasi atau fermentasi bakteri terhadap glukosa dengan menggunakan dua

tabung media yang salah satunya ditutup dengan parafin, sehingga diharapkan di

dalam media tidak terdapat udara yang dapat mendukung terjadinya fermentasi.

f) Uji Motilitas dan Produksi Indol

Uji motilitas bertujuan untuk mengetahui apakah bakteri tersebut motil

atau tidak dan untuk mengetahui produksi indol dari Tryptophane. Uji ini

menggunakan media MIO (Motility Indole Ornitin).

g) Uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar)

Uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar) bertujuan untuk membedakan jenis

bakteri berdasarkan kemampuan memecahkan dextrose, laktosa, sukrosa dan

pembebasan sulfida, selain itu uji TSIA berfungsi untuk mengetahui apakah

bakteri tersebut menghasilkan gas, H2S atau tidak. Media yang digunakan

mempunyai dua bagian, yaitu slant (miring) dan butt (tusuk).

h) Uji Gula

Uji gula bertujuan untuk mendeterminasi kemampuan bakteri dalam

mendegradasi gula dan menghasilkan asam organik yang berasal dari tiap-tiap

jenis gula, yaitu glukosa, sukrosa, maltosa, arabinosa, manitol dan inositol.

13

BAB III

METODOLOGI PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Pelaksanaan praktikum mengenai isolasi mikroba ini dilaksanakan pada:

Waktu : Kamis, 20 November 2014

Tempat : Laboratorium TIHP Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Universitas Padjadjaran-Jatinangor

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1 Alat yang Digunakan

Tabel 1. Alat yang digunakan dalam praktikum

No. Alat Fungsi Gambar

1 Ose Mengambil sampel

mikroba

2 Lampu bunsen Mengsterilkan alat

3 Inkubator

Menginkubasi mikroba

pada suhu yang

ditentukan

14

4 Tabung reaksi Wadah sampel

5 Beaker glass

Wadah untuk

pencampuran sampel

dengan akuades

6 Cawan petri Wadah sampel

7 Pipet tetes Mengambil larutan

dalam jumlah sedikit

15

8 Hot plate

Membantu

mempercepat

homogenisasi larutan

9 Colony

counter

Mempermudah

penghitungan mikroba

10 Labu

erlenmeyer

Wadah

menghomogenkan

larutan

11 Oven Tempat mensterilkan

alat

12 Gelas ukur Wadah pengenceran

16

13 Mortar Wadah menghaluskan

sampel

3.2.2 Bahan yang Digunakan

Adapun bahan utama yang dibutuhkan pada proses inolasi mikroba

adalah sebagai berikut :

Tabel 2. Bahan yang digunakan dalam praktikum

No. Bahan Fungsi Gambar

1 Alkohol Media sterilisasi

2 Ikan Sampel sumber

mikroba

17

3 Nutrien agar Medium biakan

3.2.3 Prosedur Kerja

Untuk menghasilkan kultur murni melalui proses isolasi mikroba dapat

dilakukan dengan prosedur sebagai berikut :

Disiapkan ikan yang akan dijadikan sumber mikroba.

Dicuci bagian luar ikan dengan 50 ml akuabides dan ditampung

air hasil pencucian.

Insang ikan dikeluarkan dan diletakkan pada cawan petri steril.

Ditambahkan 10 ml akuabides. Lalu diaduk hingga rata.

Diambil 10 mg saluran pencernaan ikan dan diletakkan pada

mortal steril. Dilumatkan dan ditambahkan 10 ml akuabides.

Diaduk hingga rata.

Dilakukan serial pengenceran 10-1 sampai 10-6.

Diambil 1 ml dari masing-masing hasil pengenceran di atas

(luar tubuh ikan, insang dan saluran pencernaan), Dimasukan

secara aseptik ke cawan petri.

18

Ditambahkan 15 ml media agar yang masih hangat dan aduk

dengan diggerakan cawan petri di atas meja hingga membentuk

pola angka delapan.

Dilakukan inkubasi selama 2 x 24 jam

Dilakukan isolasi tahap kedua hingga didapatkan populasi

sejenis (biakan murni).

Disiapkan media kultur yang telah berisi inokulan. Ditentukan

dua jenis populasi mirkoba yang akan dipilih. Pemilihan

mikroba sebaiknya didasarkan pada karakter bentuk atau warna

yang khas.

Dimasukan media kultur yang telah diinokulasi mikroba terpilih

ke dalam inkubator. Dilakukan proses inkubasi selama dua

hari.

Diamati populasi mikroba yang tumbuh. Apabila telah didapat

populasi sejenis, dilakukan identifikasi.

19

BAB IV

HASIL PEMBAHASAN

4.1 Hasil

Tabel 3. Hasil pengamatan mikroba

FISIK

(MORFOLOGIS)

Gambar BENTUK

KOLONI 1 KOLONI 2

Bentuk

Koloni

Mikroba

Irregular

Irregular

Bentuk Tepi

Koloni

Mikroba

Smooth

Lobate

Bentuk

Permukaan

Koloni

Smooth

Smooth

Tabel 4. Hasil Pengamatan Kelompok

Kel. Sampel Pengenceran Koloni 1 Koloni 2

1 Air cucian

ikan 10-1

Bentuk Irreguler Irreguler

Tepi Lobate Wavy

20

Permuk

aan Smooth Smooth

2 Air cucian

ikan 10-2

Bentuk Round Puncform

Tepi Lobate Wavy

Permuk

aan Concentric Countured

3 Air cucian

ikan 10-3

Bentuk Puncform

Irreguler

Puncform

Round

Tepi Smooth,

Wavy

Smooth,

Filamentous

Permuk

aan

Smooth,

Wrinkled

Smooth,

Wrinkled

4 Air cucian

insang 10-2

Bentuk Round Irreguler

Tepi

Curied,

lobate,

smooth

Lobate

Permuk

aan Smooth Smoot

5

Air cucian

insang

10-3

Bentuk Round,

Ireguler Irreguler

Tepi Smooth,

Lobate Lobate

Permuk

aan

Smooth,

Countured Smooth

6 Air cucian

insang 10-4

Bentuk Irreguler Round

Tepi Lobate Curved

Permuk

aan Countured Smooth

7 Air cucian

insang 10-5 Bentuk

Filamentous,

Irreguler

Filamentous

, Irreguler

21

Air cucian

insang

Tepi Filamentous,

Lobate

Filamentous

, Lobate

Permuk

aan

Countered,

Smooth

Countered,

Smooth

8

Air cucuian

saluran

pencernaan

10-4

Bentuk Puncform, Round

Tepi Smooth Lobate

Permuk

aan Smooth Smooth

9

Air cucuian

saluran

pencernaan

10-5

Bentuk Irreguler Irreguler

Tepi Smooth Lobate

Permuk

aan Smooth Smooth

4.2 Pembahasan

Pada praktikum kali ini mengenai isolasi mikroba, yaitu menumbuhkan

mikroba pada suatu medium. Medium biakan yang digunakan adalah medium

padat berupa nutrien agar. Agar digunakan sebagai medium biakan karena agar

tidak dapat diuraikan oleh mikroba. Sebelum melakukan isolasi mikroba, terlebih

dahulu kita harus menjaga agar semua alat-alat yang akan digunakan untuk

inokulasi dan isolasi mikroba dalam keadaan steril. Ini dilakukan untuk

menghindari terjadinya kontaminasi, yaitu masuknya mikroba-mikroba lain yang

tidak diinginkan sehingga biakan mikroba di dalam medium akan tumbuh sesuai

yang diinginkan.

Memisahkan mikroba satu dengan lainnya disebut inokulasi. Dalam

praktikum ini dilakukan inokulasi dengan cara pengenceran. Adapun mikroba

yang akan diinokulasi adalah mikroba yang berasal dari air cucian ikan, mikroba

pada insang ikan, mikroba pada saluran pencernaan ikan. Akuades disemprotkan

pada ikan dan airnya tersebut yang akan digunakan untuk sebagai sumber

mikroba. Insang ikan dikeluarkan dari operkulumnya dan diletakkan didalam

22

beaker glass, ditambahkan akuades dan diaduk hingga sekiranya mikroba yang

ada pada insang tercampur dengan akuadesnya. Penambahan akuades ini

bertujuan untuk melarutkan atau melepaskan mikroba dari substratnya ke dalam

air.Lalu untuk bagian pencernaan, ikan dibedah dan bagian saluran pencernaannya

diambil dan ditaruh diatas cawan petri, ditambahkan akuades, dan kemudian

ditumbuk atau dihancurkan. Penghancuran saluran pencernaan ini dapat

menggunakan mortar dan pestle sehingga mikroba yang ada di permukaan atau

didalam dapat terlepas kemudian dilarutkan ke dalam air.

Untuk kelompok kami melakukan sumber mikroba dari saluran

pencernaan dengan pengenceran sebanyak 10-6. 1 ml air saluran pencernaan yang

tadi sudah ditumbuk diencerkan dengan menambahkan 9 ml akuades. Lalu

diencerkan kembali sebanyak enam kali. Pengenceran yang dilakukan adalah

pengenceran bertingkat. Tujuannnya memperkecil atau mengurangi jumlah

mikroba yang tersuspensi dalam cairan. Setelah selesai disiapkan cawan petri

yang sudah dalam keadaan steril dan tidak dibuka terlebih dahulu. Dituangkan

pengenceran mikroba tadi kedalam cawan petri didekat lampu bunsen sambil

cawan petri tersebut diputar sehingga semua bagiannya steril. Ini dimaksudkan

untuk menghindari adanya kontaminasi.

Dimasukan pula medium pembiakan yaitu natrium agar ke dalam cawan

petri yang berisi mikroba, natrium agar yang digunakan sebanyak 15 ml.

Kemudian didekatkan ke lampu bunsen agar tidak terjadi kontaminasi juga.

Natrium agar (NA) yang dituangkan tidak boleh dalam keadaan panas karena akan

membunuh mikroba, tetapi tidak juga dalam keadaan dingin karena agar bisa jadi

akan mengeras. Setelah itu untuk menghomogenkannya dilakukan pengandukan

dengan cara menggerakan cawan petri membentuk angka delapan. Tujuan

menggerakan membentuk angka dalam supaya mikroba tersebar keseluruh

permukaan cawan petri tidak hanya pada permukaan natrium agar saja melainkan

mikroba terendam didalam natrium agar tersebut. Sehingga terdapat sel mikroba

yang tumbuh di permukaan natrium agar yang kaya akan O2 dan ada yang tumbuh

didalam natrium agar yang tidak begitu banyak mengandung oksigen. Selanjutnya

23

cawan petri tersebut dibungkus kembali menggunakan sampul coklat dan diikat

lalu di inkubasi.

Cawan petri yang yang berisi mikroba dan akan di inkubasi harus dalam

keadaan kebalik (tutup cawan petri berada dibagian bawah). Ini bertujuan untuk

mencegah air kondensasi jatuh diatas permukaan yang ditumbuhi mikroba

sehingga dapat terjadi penyebaran koloni. Dilakukan inkubasi bertujuan untuk

menumbuhkan mikroba dengan suhu yang konstan, sehingga pertumbuhan

mikroba diharapkan akan optimum. Penginkubasian dilakukan selama 2x24 jam

setelah itu diamati kembali.

Cawan petri yang telah diinkubasi diambil dan diamati pertumbuhan

mikrobanya. Keadaan tempat untuk panen mikroba harus tetap dalam keadaan

steril dengan cara menyemprotkan alkohol 70%. Setelah itu disiapkan kembali

natrium agar pada cawan petri. Natrium agar sudah dalam keadaan padat

(membeku). Setelah itu dilakukan teknik penanaman dengan metode gores,

tujuannya untuk mengisolasi mikroorganisme dari campurannya atau meremakan

kultur ke dalam medium baru. Metode ini dilakukan karena memiliki 2

keuntungan, yaitu menghemat bahan dan waktu.

Jarum ose bulat dipanaskan diatas api bunsen tujuannya agar jarum ose

yang digunakan untuk mengambil dan menggoreskan mikroba dalam keadaan

steril. Dengan menggunakan jarum ose diambil mikroba dari biakan murni,

kemudian digoreskan pada medium natrium agar. Pada cawan petri yang berisi

natrium agar, dibagi dua menjadi dua bagian menggunakan spidol. Sebelumnya

cawan petri tersebut didekatkan pada lampu bunsen sambil diputar. Dibuka secara

perlahan agar tidak banyak pengaruh dari udara luar. Jarum ose yang sudah

terdapat mikrobanya digoreskan pada medium natrium agar secara zigzag.

Kemudian jarum ose dipanaskan kembali, dan diambil mikroba di tempat yang

berbeda dari yang pertama dilakukan, kemudian digoreskan kembali pada bagian

yang lainnya. Setelah itu cawan petri kembali disterilkan dan dibungkus

menggunakan sampul coklat dan kembali diinkubasi.

Setelah beberapa hari diinkubasi, mikroba sudah dapat dipanen dan

diamati. Mikroba yang dihasilkan pada koloni satu berbentuk irregular dengan

24

memiliki bentuk tepi koloni berbentuk smooth, dan pada permukaanya berbentuk

smooth. Sedangkan pada koloni kedua mikroba yang dihasilkan berbentuk

irreguler juga teteapi bentuk tepi mikroba tersebut yaitu lobate dan permukaan

mikrobanya adalah smooth. Dari hasil mikroba yang didapatkan menunjukkan

isolasi mikroba yang dilakukan berhasil mendapatkan biakan murni, karena yang

mikroba yang diidentifikasi pada kolono 1 dan koloni 2 sejenis.

Hasil isolasi mikroba kelompok 1 pada koloni 1 adalah berbentuk

irreguler, dengan tepi mikroba lobate, dan permukaannya smooth, sedangkan pada

koloni 2 mikroba yang didapatkan berbentuk irreguler juga tetapi tepinya bentuk

wavy dan permukaannya pun smooth. Kelompok 1, 2, dan 3 menggunakan sampel

mikroba yang berasal dari air cucian ikan. Rata-rata mikroba yang dihasilkan dari

air cucian ikan berbentuk irreguler, round, dan punctiform. Sedangkan tepinya

rata-rata berbentuk wavy. Serta permukaan koloni mikrobanya smooth.

Untuk sampel yang dihasilkan dari air cucian insang ikan, kelompok 4, 5,

6, dan 7 mereka mendapatkan biakan mikroba yang tidak murni. Ini karena dapat

dilihat dari hasil pengamatannya pada satu koloni terdapat beberapa bentuk

mikroba, sehingga belum didapatkan biakan murni. Kegagalan ini bisa saja terjadi

diakibatkan karena kurang steril dalam melakukan isolasi mikroba. Ataupun

karena kurang mengefisiensikan tempat media untuk penggoresan sehingga sulit

mendapatkan biakan murni.

25

BAB V

PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Isolasi adalah mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan

menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip isolasi mikroba adalah

memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari

campuran bermacam-macam mikroba. Isolasi mikroba dapat dilakukan dengan

metode tuang dan metode gores dengan bantuan medium nutrien agar.

Ada beberapa cara yang digunakan untuk bakteri, fungi, dan khamir

dengan metode garis, metode tuang, metode sebar, metode penuangan, serta

micromanipulator. Dua diantaranya yang paling sering banyak digunakan adalah

teknik cawan tuang dan cawan gores. Kedua metode ini didasarkan pada prinsip

yang sama yaitu mengencerkan organisme sedemikian rupa sehingga individu

species dapat dipisahkan.

5.2 Saran

Dalam melakukan isolasi mikroba harus dipastikan semua dalam keadaan steril,

baik alat-alat praktikum maupun praktikan yang melakukan kegiatan praktikum

untuk mengurangi adanya kontaminasi dari luar (udara). Selain itu praktikan

sebaiknya lebih memperhatikan dan lebih teliti lagi dalam setiap metode yang

dilakukan, supaya hasilnya bisa sesuai dengan yang diharapkan

vii

DAFTAR PUSTAKA

Aslamyah, Siti. 2012. Seleksi Mikroflora Saluran Pencernaan Ikan Bandeng

Sebagai Kandidat Prebiotik. Makasa. Universitas Hasanidun.

Badjoeri, Muhammad. 2007. Identifikasi Bakteri Patogen pada Sistem Karamba

Jaring Apung (KJA) di Danau Maninjau, Sumatra Barat. Padang. Pusat

Penelitian Limnologi LIPI.

Betsy dan Keogh. 2005. Microbiology Demystifed. McGraw-Hill Publisher.

USA.

EffendI, M. I. 1997. Metodologi Biologi Perikanan. Yayasan Dewi Sri. Bogor.

122 hal.

Kottelat, M., et al. 1993. Freshwater Fishes of Western Indonesia and Sulawesi

(Ikan Air Tawar Indonesia Bagian Barat dan Sulawesi). Periplus Edition

Limited. Munich. Germany. 293 hal.

Murniati, Nunuk A, 2004. Getar Gender. Magelang : Indonesia Tera.

Nurcholis, Muchamad. 2013.Teknik Isolasi Mikroba. Malang. Universitas

Brawijaya.

Plezar. 2006. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta: UI Press

Postlethwait dan Hopson. 2006. Modern Biology. Holt, Rinehart and

Winston.Texas.

Pulungan, C. P., et al. 2005. Biologi Perikanan. Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan. Univesitas Riau. Pekanbaru. 80 hal. (tidak diterbitkan. Hanya

untuk kalangan sendiri).

Putra, R. M., et al. 2004. Penuntun Praktikum Ichthyology. Laboratorium

Biologi Perikanan. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Univesitas

Riau. Pekanbaru. 74 hal. (tidak diterbitkan. Hanya untuk kalangan

sendiri).

Rizvica, Aftria R.. 2012. Perbandingan Prevalensi Parasit Pada Insang dan

Usus Ikan Mujair (Oreochromis mossambicus) yang Tertangkap di

viii

Sungai Aloo dan Tambak Kedung Peluk, Kecamatan Tanggulangin,

Sidoarjo. Surabaya. Universitas Hang Tuah.

Saanin, H. 1995. Taksonomi dan Kunci Identifikasi Ikan.Bina Cipta. Bandung.

262 hal.

Sumantadinata K. 1983. Pengembangan Ikan-Ikan Peliharaan di Indonesia.

Jakarta, Satra Hudaya.

Suriawiria, U. 2005. Mikrobiologi Dasar. Papas Sinar Sinanti, Jakarta.

Waluyo, L. 2004. Mikrobiologi Umum. Penerbit Universitas. Muhamadiyah

Press, Malang.

Yulvizar, Cut. 2013. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik pada Rastrelliger

sp.

ix

LAMPIRAN

Lampiran 1. Tugas Pendalaman

1. Jelaskan oleh Anda, kemungkinan apa yang dapat menyebabkan kegagalan

pembuatan biakan murni mikroba.

Jawab: tidak memanfaatkan permukaan medium dengan sebaik- baiknya

untuk digores sehingga pengenceran mikroorganisme menjadi kurang

lanjut dan cenderung untuk menggunakan inokulum terlalu banyak

sehingga menyulitkan pemisahan sel- sel yang digores dan bisa saja

karena kurang teliti dan hati-hati dalam melakukan teknik pembuatan

biakan murni, seperti penggunaan jarum ose dan media seperti cawan

petri yang kurang didekatkan dengan lampu Bunsen sehingga

keadaannya tidak steril.

2. Mengapa tidak dilakukan proses pengenceran inokulan pada saat melakukan

isolasi mikroba?

Jawab: Karena pada pengenceran inokulan, kemungkinan besar akan

didapatkan beberapa koloni yang akan tumbuh dalam medium

tersebut, akan tetapi mungkin juga kita hanya akan memperoleh satu

koloni saja. Kemungkinan ini menyebabkan koloni yang dihasilkan

bukan merupakan biakan murni seperti yang diinginkan dari tujuan

isolasi mikroba.

3. Apakah hasil isolasi yang Anda lakukan belum berhasil mendapatkan biakan

murni. Jelaskan alasan Anda?

Jawab: Hasil isolasi mikroba yang dilakukan berhasil, karena dapat dilihat

dari hasil mikroba yang berada pada cawan petri warnanya putih

semua, itu menandakan hasil isolasi mendapatkan biakan murni

(mikroba sejenis).

4. Menurut Anda, apakah isolasi mikroba hanya dilakukan pada media agar

lempeng, tidak bisa dilakukan pada media agar tegak atau agar miring?

Jawab: Isolasi mikroba juga dapat dilakukan pada media agar tegak atau agar

miring. Pada media agar tegak, dilakukan untuk meminimalisir

x

pertumbuhan mikroba dalam keadaan kekurangan oksigen. Pada

media agar miring, digunakan untuk menguji gerak mikroba secara

makroskopis.

5. Mengapa pada proses inokulasi mikroba, ose hanya ditempelkan pada

populasi mikroba terpilih?

Jawab: Agar nantinya biakan murni yang dihasilkan adalah jenis mikroba

yang benar-benar kita inginkan tanpa adanya kontaminasi mikroba

lainnya.

xi

Lampiran 2. Hasil Pengamatan Kelompok

Gambar 3. Lembar kerja Christoper

(sumber: dokumentasi pribadi)

Gambar 4. Lembar kerja Rizal Firdaus


xi

Gambar 5. Lembar kerja Jumaidi Efendi


Gambar 6. Lembar kerja Ruth Maria


xii

Gambar 7. Lembar kerja Rury Ratnafuri


Gambar 8. Lembar Kerja M. Salsabil


xiii

Gambar 9. Lembar kerja kelompok 1




xiv





xv





xvi





xvii



xviii

Lampiran 3. Dokumentasi Kelompok

Gambar 18. Nutrium agar


Gambar 19. Mikroba yang telah diinkubasi


Gambar 20. Proses penggoresan


Isolasi Mikroba

Documents

Transcript of Isolasi Mikroba