Laporan Praktikum ke-2 Hari/Tanggal : Senin,06 Oktober 2014m.k. Mikrobiologi Akuakultur Kelompok : IV

Asisten : 1. RahmanS.Pi., M.Si

2. AsistenMikro 2013

ISOLASI BAKTERI DARI LINGKUNGAN AKUAKULTUR

Oleh:Stefanno. M. A. Rijoly

C151140401

ILMU AKUAKULTURSEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR2014

I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikroorganisme ada dimana-mana. Mereka dapat

ditemukan di tanah, udara, air, makanan, limbah, bahkan

di permukaan tubuh. Singkatnya, setiap area dari

lingkungan kitapenuh dengan mikroba. Ilmu mikrobiologi

memisahkan populasi yang beraneka ragam tersebut

menjadi spesies induvidu yang dapat dipelajari

(Cappucino, 1983). Mikroorganisme atau mikroba adalah

organisme mikroskopik yang sebagian besar berupa satu

sel yang terlalu kecil untuk dapat dilihat menggunakan

mata telanjang. Mikroba berukuran sekitar seperseribu

milimeter (1 µm) atau bahkan kurang, walaupun ada juga

yang lebih besar dari 5 µm. Karenanya, mikroba hanya

bisa dilihat dengan menggunakan alat bantu berupa

mikroskop (Waluyo, 2004).

Pertumbuhan mikroorganisme di alam dapat diketahui

dengan pengambilan mikroorganisme tersebut di alam yang

kemudian ditumbuhkan di dalam suatu medium buatan yang

Page | 15

disebut dengan isolasi. Dalam mengisolasi

mikroorganisme baik mikroorganisme tanah, air, dan

udara harus memperhatikan faktor-faktor yang dapat

mempengaruhi proses isolasi tersebut (Sari, 2009).

Isolasi merupakan cara untuk memisahkan atau

memindahkan mikrobatertentu dari lingkungannya,

sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni.

Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya

berasal dari pembelahan darisatu sel tunggal (Pelczar

dan Chan, 2010)

Berbagai macam mikroorganisme dapat ditemukan di

alam dalam populasi yang heterogen. Isolasi adalah

mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan

menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip dari

isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba

dengan mikroba lainnya yang berasal dari campuran

bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan

menumbuhkannya dalam media padat sel-sel mikroba akan

membentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya.

Jika sel-sel tersebut tertangkap oleh media padat pada

beberapa tempat yang terpisah,maka setiap sel atau

kumpulan sel yang hidup akan berkembang menjadi suatu

koloni yang terpisah, sehingga memudahkan pemisahan

selanjutnya. Bila digunakan media cair, sel-sel mikroba

sulit dipisahkan secara individu karena terlalu kecil

dan tidak tetap tinggal di tempatnya. Akan tetapi bila

sel-sel itu dipisahkan dengan cara pengenceran,

Page | 16

kemudian ditumbuhkan dalam media padat dan dibiarkan

membentuk koloni, maka sel-sel tersebut selanjutnya

dapat diisolasi dalam tabung-tabung reaksi atau cawan

petri-cawan petri yang terpisah (Sutedjo, 1996).

Di dalam mengisolasi mikroorganisme digunakan

berbagai cara, antara laindengan cara goresan (streak

plate), cara taburan/tuang (pour plate), cara sebar

(spread plate), cara pengenceran (dilution method),

serta micromanipulator (the micromanipulator method)

(Lim, 1998).

1.2 Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk mempelajari cara

mengisolasi bakteri dari lingkungan akuatik dengan

menggunakan metode penggoresan kuadran serta mengamati

ciri-ciri koloni bakteri tumbuh dari berbagai media.

Page | 17

II. METODOLOGI

2.1 Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Senin, 29

September 2014 bertempat di Laboratorium Kesehatan

Ikan, Depertemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan

dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, pukul

08.00 - 10.00 WIB.

2.2 Alat dan Bahan

Pada praktikum kali ini alat yang digunakan adalah

lup inokulasi, cawan petri, batang penyebar,  bunsen,

kertas label, korek api, tisu dan incubator. Sedangkan

bahan yang digunakan adalah alkohol absolut 95%,

alkohol 70%, koloni bakteri pada media TSA, EMBA, TCBS

dan WSC.

2.3 Prosedur Kerja

Sebelum melakukan praktikum, meja tempat praktikum

disterilisasi dengan alkohol 70% dan kemudian

dibersihkan dengan tissue. Media tempat bakteri hasil

isolasi meliputi EMBA, TSA, TCBS dan SWC disiapkan

diatas meja. Masing-masing media dibagi menjadi 4 area

dengan kode 0, I, II, dan III (Gambar 1). Bunsen

dinyalakan dan tangan disterilisasi dengan alkohol 70%.

Page | 18

Gambar 1. Pembagian Kuadran dengan metode kuadran

Jarum inokulan dicelupkan pada alkohol absolute

95% kemudian dibakar di bunsen sampai merah lalu

didinginkan sesaat. Prosedur sterilisasi dilakukan

dekat dengan bunsen untuk meminimalisir kontaminasi

dari bakteri. Setelah dingin jarum inokulasi kemudian

dimasukkan pada tabung reaksi yang berisi biakan

bakteri murni lalu digoreskan pada media uji SWC.

Penggoresan dilakukan mulai dari kuadran 0 hingga

kuadran I dan dilakukan dengan perlahan tanpa merusak

permukaan media. Setelah keempat area terdapat goresan

bakteri, jarum inokulasi dimasukkan kembali pada

alkohol 95%. Prosedur isolasi ini berlaku sama untuk

ketiga media lainnya (media TSA, TCBS maupun EMBA).

Setelah selesai menggores bakteri pada media, kemudian

keempat media lalu dimasukan ke dalam kantong plastik

transparan setelah itu dimasukan kedalam inkubator

untuk diinkubasikan selama ± 24 jam. Setelah 24 jam

kemudian dilakukan pengamatan terhadap koloni bakteri

yang tumbuh.

Page | 19

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil

Hasil pengamatan isolat bakteri dari lingkungan

akuakultur yang telah diisolasi menggunakan media agar

EMBA, TSA, TCBS, dan SWC disajikan pada tabel berikut.

Tabel 1 Hasil pengamatan isolat bakteri dan fungi yang

berhasil diisolasi dari lingkungan akuakultur

Isolat Medium

Kultur Koloni TumbuhYa/Tidak

GambarWarna Bentuk

Elevasi

Tepian

A EMBA - - - - Tidak

B TSA Kuning

Sirkular

Raised

Entire Ya

C TCBS Orange

Sirkular

Raised

Entire Ya

D SWC Orange

Sirkular

Raised

Entire Ya

Berdasarkan tabel 1 di atas, dapat dilihat bahwa

pada media EMBA tidak ada koloni bakteri yang tumbuh.

Pada media TSA tumbuh koloni bakteri dengan ciri-ciri

berbentuk sirkular, tepian entire dan elevasi raised

dan berwarna kuning. Sedangkan untuk media TCBS dan SWC

tumbuh koloni dengan ciri-ciri berbentuk sirkular,

tepian entire, elevasi raised dan berwarna orange.

Page | 20

3.2 Pembahasan

Kultur murni adalah kultur yang sel-sel mikrobanya

berasal dari pembelahan satu sel tunggal. Biakan murni

diperlukan karena semua metode mikrobiologis yang

digunakan untuk menelaah dan mengidentifikasi mikroba,

termasuk penelaahan ciri-ciri kultur, morfologis,

maupun serologis memerlukan suatu populasi yang terdiri

dari satu macam mikroba saja (Waluyo dalam Iman,

2010). Karakteristik koloni bakteri hasil inokulasi

merupakan salah satu bagian dalam identifikasi bakteri.

Beberapa bentuk koloni spesifik koloni bakteri pada

media agar datar yaitu (Sutedjo, 1996):

1.      Ukuran

• Titik

• Kecil

• Sedang

• Besar

2.      Warna koloni

Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan tidak

kontras dengan air, di mana sel-sel bakteri tersebut

disuspensikan. Oleh karena itu pengamatan tanpa

pewarnaan menjadi lebih sukar dan tidak dapat

digunakan untuk melihat bagian-bagian sel dengan

teliti

3.      Bentuk koloni

• Bundar

Page | 21

• Tidak beraturan

• Rhizoid (tersebar seperti akar)

4.      Bentuk bagian tepi koloni (margin )

• Rata (entire)

• Tidak rata, bergelombang secara beraturan

(lobate )

• Bergelombang (undulate )

• Bergerigi (serrate )

• Seperti filamen (filamentous)

Media EMBA (Eosin Methylene Blue Agar) adalah

medium selektif dan diferensial digunakan untuk

mengisolasi coliform fecal. Eosin Y dan metilen blue adalah

pewarna indikator pH yang bergabung untuk membentuk

endapan ungu gelap pada pH rendah (asam), mereka juga

berfungsi untuk menghambat pertumbuhan organisme yang

paling Gram positif. Sukrosa dan laktosa berfungsi

sebagai sumber karbohidrat dapat difermentasi yang

mendorong pertumbuhan coliform. Fermentor yang kuat dari

laktosa atau sukrosa akan menghasilkan jumlah asam yang

cukup untuk membentuk kompleks warna ungu tua.

Pertumbuhan organisme ini akan muncul berwarna ungu tua

sampai hitam. Escherichia coli, suatu fermentor yang kuat,

sering menghasilkan warna koloni hijau metalik.

Fermentor lambat atau lemah akan menghasilkan koloni

merah muda mukoid atau berlendir. Biasanya koloni

berwarna atau tidak berwarna menunjukkan bahwa

organisme fermentor laktosa atau sukrosa terserbut

Page | 22

bukan merupakan coliform fecal (Lal and Cheeptham,

2007). Hasil praktikum menunjukkan bahwa tidak ada

koloni bakteri yang tumbuh, hal ini menunjukkan bahwa

dari isolat bakteri yang digunakan tidak mengandung

bakteri E. coli.

Trypticase Soy Agar (TSA) merupakan media agar yang

digunakan untuk kegiatan pengisolasian dan

pembudidayaan berbagai macam mikroorganisme yang

bersifat aerobik. Medium ini digunakan untuk berbagai

tujuan yang mencakup pemeliharaan stok budidaya,

isolasi berbagai macam spesies mikroorganisme, serta

sebagai dasar untuk media termasuk darah (Becton,

Dickinson and Company 2007). Komposisi dari TSA ini

antara lain Approximate Formula* Per Liter Purified Water,

Pancreatic Digest of Casein, Papaic Digest of Soybean, Sodium Chloride,

Agar. Media TSA merupakan media umum untuk pertumbuhan

bakteri sehingga pada saat digores dan diinkubasikan

tumbuh koloni bakteri.

TCBS (Thiosulphate Citrate Bile Salt Sucrose)

adalah media yang solid selektif untuk isolasi dan

budidaya Vibrio. Media ini hanya digunakan untuk

mendiagnosa bakteri secara in vitro saja. Prinsip

kerjanya yaitu bakteri gram positif akan dihambat oleh

oxbile, natrium tiosulfat dan sitrat besi akan

mendeteksi produksi H2S dan bromythol biru dan timol

biru adalah sebagai indikator pH (QUEBACT Laboratories,

2012). Formula untuk pembuatan 1 liter TCBS adalah Yeast

Page | 23

Extract 5 g, Casein Peptone 5 g, Meat Peptone 5 g, Sodium Citrate 5 g,

Sodium Thiosulfate 10 g, Oxbile 5 g, Sodium Cholate 3 g, Sucrose 20

g, Sodium Chloride 3 g, Ferric Citrate 1 g, Bromthymol Blue 0.04 g,

Thymol Blue 0.04 g, dan Agar 14 g. Media TCBS merupakan

media selektif untuk bakteri Vibrio. Menurut Arfah

(2011) salah satu koloni Vibrio yang tumbuh pada media

TCBS adalah V. cholera di mana memiliki ciri-ciri sebagai

berikut, berukuran besar, permukaan halus, agak datar,

bagian tengah buram dan bagian pinggir terang, berwarna

kuning (sukrosa positif). Hasil yang didapatkan pada

praktikum kali ini memiliki kesamaan ciri  pada

pernyataan dari Arfah (2011) yaitu berwarna kuning.

Kemungkinan, bakteri yang tumbuh pada media TCBS

tersebut adalah jenis Vibrio.

SWC (Sea Water omplete) adalah media yang berbentuk

padat yang dapat digunakan untuk menumbuhkan semua

mikroba air laut dipermukaan sehingga membentuk koloni

yang dapat dilihat, dihitung dan diisolasi. SWC

biasanya digunakan dalam menumbuhkan bakteri yang

bersifat luminescent atau bakteri yang mengeluarkan

cahaya berpendar. Komposisi dari SWC meliputi 500 ml

air, 12 g garam laut, 2,5 g pepton, 1,5 g yeast extract,

1,5 ml gliserin dan 7,5 g agar (Anonim,  2008). Hasil

praktikum menunjukan bakteri yang tumbuh memiliki ciri-

ciri berbentuk sirkular, tepian entire, elevasi raised

dan berwarna orange yang sesuai dengan ciri-ciri

bakteri Vibrio (Arfah, 2011).

Page | 24

Page | 25

IV. KESIMPULAN DAN SARAN

4.1 Kesimpulan

Praktikum isolasi bakteri dan fungi dari

lingkungan akuatik telah berhasil dilakukan dengan

metode cawan gores kuadran. Setiap media mempunyai

fungsi masing-masing dalam menumbuhkan biakan murni.

Masing-masing bakteri memiliki kebutuhan nutrien,

fisika, kimia media yang berbeda-beda. Isolasi bakteri

dapat dilakukan dengan menggunakan metode cawan gores.

4.2 Saran

Wadah yang digunakan untuk medium sebaiknya

diperbanyak jumlahnya dan lebih beragam sehingga

praktikan dapat lebih mahir dalam pemindahan biakan

mikroba secara aseptik. Sehingga praktikan akan lebih

terampil dandapat memperoleh hasil yang lebih baik.

Pada praktikum selanjutnya diharapkan selain dapat

melakukan pengkulturan mikroba juga ada pengamatan

melalui mikroskop, agar praktikan lebih mengetahui

bagaimana bentuk mikroba secara langsung.

Page | 26

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2008. Making Seawater Complete.cibt.bio.cornell.edu/programs/archive/0610ccc/media.pdf  [30 Desember 2014]

Arfah, Nurlina. 2011. Pengujian Vibrio cholera padaproduk perikanan (SNI-01.2332.4-2006).

Becton, Dickinson and Company. 2007. Trypticase™ SoyAgar (Soybean-Casein DigestAgar). http://www.bd.com/ds/productCenter/221283.asp [30 Desember 2014]

Cappuccino, J.G and N.Sherman. 1983. Microbiology: aLaboratory Manual. Adison-Wesley Publishing Company:California

Lal, A., and Cheeptham, N., (2007) Eosin-Methylene Blue AgarPlates Protocol. American Society for Microbiology.

Lim, D. 1998. Microbiology. WCB McGraw-Hill. Missouri.United States of America

Madigan, Micahel. T, Martinko, John. M, Bender, Kelly.S, Buckley, Daniel. H, Stahl, David. A. 2009.Brock Biology of Microorganisms. Fourteenth Edition.Pearson Education: United States of America

Pelczar, M.J dan E.C.S. Chan. 2010. Dasar-Dasar Mikrobiologi(terjemahan), R.S. Hadioetomo, T. Imas, S. S.Tjitrosomp dan S. L. Angka. Jakarta (ID): UIPress.

QUEBACT.2012. http://www.quebact.com/index.php/en/support/technical-data/236-1022      [30 Desember 2014]

Sari, Noorkomala. 2009. Teknik Isolasi Mikroorganisme.Laboratorium Mikrobiologi Program Studi BiologiFMIPA ITS Surabaya

Sutedjo, M. 1996. Mikrobiologi Tanah. Rineka Cipta :Jakarta

Waluyo, L. 2004. Mikrobiologi Umum. Penerbit UniversitasMuhamadiyah Malang

Page | 27