BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Pemicu

Pada bulan Desember pesawat Air Asia berangkat dari Surabaya menuju Singapura

terjatuh di Selat Karimata. Pesawat tersebut membawa 8 awak dan 145 penumpang.

Tim BASARNAS di kerahkan untuk evakuasi korban pesawat tersebut. 1 bulan setelah

kejadian tersebut di wilayah laut Sulawesi ditemukan jenazah diduga korban pesawat

Air Asia, namun kondisi jenazah saat itu sudah rusak dan tidak dapat dikenali. Tim

Disaster Victim Investigation (DVI) dari laboratorium forensik kepolisian berusaha

keras untuk melakukan identifikasi dengan pemeriksaan molekuler.

1.1 Klarifikasi dan Definisi

a. Forensik : penerapan ilmu kedokteran untuk kepentingan hukum dan

pengadilan

b. Identifikasi : penentu/penetapan identitas sesorang, benda, dsb

c. Pemeriksaan molekuler : pemeriksaan basa molecular dan susunan baru DNA

d. Evakuasi : pemindahan penduduk dari daerah-daerah yang berbahaya ke daerah

yang aman

e. DVI (Disaster Victim Investigation) : definisi yang diberkan sebagai prosedur

untuk mengidentifikasi korban mati akibat bencana masal secara ilmiah yang

dapat dipertanggungjawabkan.

1.2 Kata Kunci

a. Kondisi jenazah rusak

b. Jenazah tdk dpt dkenali

c. Evakuasi korban

d. Pemeriksaan molekuler

e. Forensik

f. Jatuh di selat karmata

1

1.3 Rumusan Masalah

Apakah pemeriksaan molekuler yang tepat dilakukan oleh tim DVI untuk

mengidentifikasi jenazah yang diduga korban pesawat Air Asia dengan kondisi

demikian

1.4 Analisis Masalah

2

Pesawat jatuh di

Selat Karimata

Pengertian Jenis Tahapan Keuntungan Kerugian

Identifikasi molecular oleh DVI di lab

forensic kepolisian

Evakuasi oleh BASARNAS

Kondisi jenazah tidak

dapat dikenali

1 bulan kemudian

Jenazah ditemukan di Laut Sulawesi

1.5 Hipotesis

Identiifikasi molecular yang tepat untuk jenazah tersebut adalah dengan

pemeriksaan DNA.

1.6 Pertanyaan Diskusi

1. Apa definisi DNA?

2. Bagaimana struktur dan fungsi dNA?

3. Jelaskan proses replikasi DNA?

4. Bagaimana proses Transkripsi DNA?

5. Bagaimana proses Translasi DNA?

6. Bagaimana peran DNA pada manusia?

7. Jelaskan mengenai ekspersi gen ?

8. Apakah yang dimaksud dengan pemeriksaan molekuler?

9. Apa saja jenis pemeriksaan molekuler?

10. Bagaimana metodologi identifikasi jenazah ?

11. Apa saja sampel yang dapat disusun untuk identifikasi DNA?

12. Apasaja keunggulan dan kekurangan pemeriksaan DNA?

13. Bagaimana cara menentukan waktu kematian?

14. Bagaimana mekanisme kematian pada korban tenggelam di air asin dan ciri-

cirinya?

15. Bagaimana teknik isolasi DNA?

16. Bagaimana cara identifikasi DNA?

17. Metode apa yang tepat digunakan untuk mengidentifikasi jenazah tersebut?

3

BAB II

PEMBAHASAN

2.1 DNA(1)

2.2.1 Definis DNA

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:

deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama

penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di

dalam inti sel. Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai

materi genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini

berlaku umum bagi setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah

beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human

Immunodeficiency Virus).

DNA (deoxyribonucleic acid) merupakan tempat penyimpanan informasi

genetik yang dikodekan dalam bahasa kimiawi dan diproduksi di dalam semua sel

tubuh Anda. Program DNA inilah yang mengendalikan perkembangan sifat anatomi,

fisiologi, biokimia, bahkan sebagian sifat perilaku Anda.

2.1.1 Struktur DNA

Penemu DNA dan RNA adalah seorang ahli kimia berkebangsaan Jerman,

Frederich Miescher (1869), yang menyelidiki susunan kimia dari nucleus, zat yang

mengandung fosfor sangat tinggi dalam nucleus tersebut mula – mula disebut nukleat.

Dengan penelitian lebih lanjut diketahui bahwa asam nukleat tersusun atas nukleotida

– nukleotida sehingga merupakan polinukleotida. Satu nukleotida terdiri dari

nukleosida dan fosfat (PO4 - ) . sedangkan nukleosida terdiri dari sebuah gula pentose

dan sebuah basa nitrogen (purin / pirimidin). Jadi nukleosida adalah nukleotida yang

tanpa fosfat, sedang nukleotida adalah nukleosida + fosfat + basa nitrogen. Asam

Deoksiribo Nukleat merupakan molekul kompleks yang dibentuk oleh tiga macam

molekul, yaitu:

1) Gula pentosa (deoksiribosa)

2) Fosfat (PO4-)

4

3) Basa nitrogen yaitu

Purin : guanine (G) dan adenine (A)

Pirimidin : Timin (T) dan sitosin (S) Jadi satu molekul nukleotida yang terdiri

dari ikatan gula basa dan fosfat yang menyusun DNA dapat berbentuk:

a) Adenin nukleosida = adenine deoksiribosa fosfat

b) Guanine nukleosida = guanine deoksiribosa fosfat

c) Sitosin nukleosida = sitosin deoksiribosa fosfat

d) Timin nukleosida = timin deoksiribosa fosfat.

Ada tiga struktur DNA, Yaitu sebagai berikut (2) :

1. Struktur primer

DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotida terdiri

dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula pentosa

berupa 2’-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul fosfat.

Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5’ bebas (tidak terikat

nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3’ hidroksil bebas atau dengan arah

5’-3’

2. Struktur sekunder

Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya

sebagai pembawa informasi genetik adalah komposisi basa penyusun. Pada tahun

1949-1953, Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk pemisahan

dan analisis kuantitatif ke-empat basa DNA, yang diisolasi dari berbagai satu

organisme. Kesimpulan yang diambil dari data yang terkumpul adalah sebagai

berikut :

a. Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan spesies

yang lain.

b. Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesies yang sama

mempunyai komposisi basa yang sama.

c. Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh perubahan usia,

keadaan nutrisi maupun perubahan lingkungan.

d. Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah residu adenin yang

sama dengan jumlah residu timin (A=T), dan jumlah residu guanin yang

5

sama dengan jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G = C+T, yang disebut

aturan Charrgaff.

e. DNA yang diekstraksi dari spesies-spesies dengan hubungan kekerabatan

yang dekat mempunyai komposisi basa yang hampir sama.

Pada tahun 1953, James D. Watson dan Francis H.C. Crick berhasil

menguraikan struktur sekunder DNA yang berbentuk heliks ganda melalui

analisis pola difraksi sinar X dan membangun model strukturnya. Heliks ganda

tersebut tersusun dari dua untai polinukleotida secara antiparalel (arah 5’3’

saling berlawanan), berputar ke kanan dan melingkari suatu sumbu.Unit gula

fosfat berada di luar molekul DNA dengan basa-basa komplementer yang

berpasangan di dalam molekul.Ikatan hidrogen di antara pasangan basa

memegangi kedua untai heliks ganda tersebut.Kedua untai melingkar sedemikian

rupa sehingga keduanya tidak dapat dipisahkan kembali bila putaran masing-

masing untai dibuka.

(a)

Struktur Primer DNA (b) Struktur Sekunder DNA

Jarak di antara kedua untai hanya memungkinkan pemasangan basa purin

(lebih besar) dengan basa pirimidin (lebih kecil).Adenin berpasangan dengan

timin membentuk dua ikatan hidrogen sedangkan guanin berpasangan dengan

sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen.

Dua ikatan glikosidik yang mengikat pasangan basa pada cincin gula, tidak

persis berhadapan. Akibatnya, jarak antara unit-unit gula fosfat yang berhadapan

6

sepanjang heliks ganda tidak sama dan membentuk celah antara yang

berbeda,yaitu celah mayor dan celah minor (3)

3. Struktur tersier

Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul lingkar.

Konformasi ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur

tertutup yang tidak berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari

bakteri, virus dan mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA

dapat berbentuk molekul linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

(a). konformasi DNA sirkular (b). konformasi DNA linear

2.1.2 Susunan DNA

Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model

molekul DNA berdasarkan data yang didapat dari foto difraksisinar-X milik

Rosalind Franklin, yang meninggal dunia akibat kanker pada usianya ke 38

tahun. DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas

polimernukleotida yang tersusun rangkap membentuk DNA double helix dan

berpilin kekanan. Setiap nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu (1)

Gugusfosfat (2) Gula dengan 5 atom C (3) Basa nitrogen yang

terdiridarigolonganpurin, yaitu adenine dan guanine serta golongan pirimidin,

yaitu citosin dan timin.

Menurut Watson - Crick, DNA digambarkan seperti tangga tali berpilin

atau lebih dikenal dengan helix ganda atau double helix. Perhatikan pita pada

diagram di bawah ini menunjukkan tulang belakang gula – fosfat dari dua untai

DNA. Kedua untai DNA tersebut diikat oleh ikatan hidrogen yang

dilambangkan dengan garis titik-titik di antara dua basa nitrogen yang

berpasangan di bagian dalam helix ganda.

7

2.1.3 Karakteristik kimia

Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenine

dengan timin dan guanine dengan sitosin ) yang membentuk DNA beruntai ganda. DNA

merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama,

a. gugusfosfat

b. gula deoksiribosa

c. basa nitrogen, yang terdiri dari:

1) Adenina (A)

2) Guanina (G)

3) Sitosina (C)

4) Timina (T)

Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut

dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.

Rantai DNA memiliki lebar 22-24 Å, sementara panjang satu unit

nukleotida 3,3 Å. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat

memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom

terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida.

Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang

berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-

deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan

fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon

kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah

gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.

DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks

ganda. Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai

berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai

antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur

utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada

heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen

antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang

ditemukan pada DNA adalah adenina (dilambangkan A), sitosina (C, dari

8

cytosine), guanina (G), dan timina (T). Adenina berikatan hidrogen dengan

timina, sedangkan guanina berikatan dengan sitosina. Segmen polipeptida dari

DNA disebut gen, biasanya merupakan molekul RNA.

2.1.4 Lokasi DNA

Sebagian besar DNA terdapat di dalam kromosom yaitu di inti se yang disebut

DNA inti l, sisanya terdapat di dalam mitokondria disebut juga mtDNA atau DNA

mitikondria

2.1.5 Fungsi DNA

Fungsi DNA menyampaikan informasi genetic dari generasi ke generasi

berikutnya. Mengendalikan aktifitas sel dengan memerintahkan semua jenis protein

dalam sel.

2.2 Ekspresi Gen

2.2.1 Mekanisme Ekspresi Gen

1. Replikasi

a. Pemisahan kedua untai DNA komplementer

Pada organisme prokariot, replikasi DNA dimulai di satu rangkaian

nukleotida tunggal yang unik, yang disebut asal replikasi (replication

9

origin).Sedangkan pada eukariot, replikasi dimulai di banyak tempat di

sepanjang heliks DNA.

b. Pembentukan garpu replikasi

Ketika kedua untai membuka

lilitannya dan memisahkan diri,

untai-untai tersebut membentuk huruf

“V” tempat terjadinya sintesis

aktif.Regio ini disebut garpu

replikasi.

1) Protein yang dibutuhkan untuk

pemisahan untai DNA

a) Protein dnaA, akan

mengenali asal replikasi

(replication origin)

b) SSB (single-srand binding protein), berfungsi untuk menjaga kedua

untai DNA agar tetap terpisah.

c) DNA helikase, berfungsi untuk membuka lilitan heliks-ganda.

2) Pemecahan masalah supercoil

a) DNA topoisomerase tipe I, secara reversible memotong untai-

tunggal heliks ganda. Enzim ini memiliki aktivitas nuclease

(pemotong-untai) dan ligase (penutup kembali-untai).

b) DNA topoisomerase tipe II, berikatan kuat dengan DNA heliks

ganda dan membuat torehan sementara di kedua untai.

c. Arah replikasi DNA

DNA polymerase yang berperan menyalin cetakan DNA, hanya mampu

untuk membaca rangkaian nukleotida induk dalam arah 3’ 5’ dan enzim ini

menyintesis untai DNA baru dalam arah 5’ 3’ (anti parallel)

1) Leading strand

Untai yang disalin searah dengan gerakan maju garpu replikasi

dan hampir disintesis secara kontinu.

2) Lagging strand

10

Untai yang disalin menjauhi garpu replikasi tidak disintesis secara

kontinu, dengan fragmen-fragmen kecil DNA yang disalin di dekat garpu

replikasi.Bagian pendek DNA yang diskontinu ini disebut fragmen

Okazaki, yang akhirnya bergabung menyadi untai-tunggal yang kontinu.

d. DNA primer

DNA polymerase tidak dapat memulai sintesis untai komplementer

DNA pada cetakan yang seluruhnya untai-tunggal.Sebaliknya, enzim ini

membutuhkan suatu RNA primer, yaitu region untai pendek yang terdiri atas

basa RNA yang dipasangkan dengan cetakan DNA, dengan gugus hidroksil

bebas di ujung-3’ untai RNA.DNA polymerase ini disintesis oleh primase.

e. Pemanjangan rantai

DNA polymerase prokariot dan eukariot memanjangkan untai DNA

baru dengan menambahkan deoksiribonukleotida, ke ujung-3’ rantai yang

sedang terbentuk.

1) DNA polymerase III, mengkatalis pemanjangan rantai DNA. Untai baru

terbentuk dengan arah 5’ 3’, antiparallel terhadap untai induk.

2) Proofreading DNA yang baru disintesis

Selain memiliki aktivitas 5’3’ polimerasenya, DNA polymerase

III juga mempunyai aktivitas “proofreading” (3’5’

eksonuklease).Ketika setiap nukleotida ditambahkan ke rantai, DNA

11

polymerase III memeriksa untuk memastikan bahwa nukleotida yang

ditambahkan telah benar dipasangkan dengan basa komplementer pada

cetakan. Jika tidak, aktivitas 3’5’ eksonuklease akan memperbaiki

kesalahan tersebut.

f. Pemotongan RNA primer dan penggantiannya oleh DNA

DNA polymerase III terus menyintesis DNA di lagging strand hingga

aktivitasnya terhambat saat saat mendekati primer RNA. KEtika hal ini terjadi,

RNA dipotong dan celah yang terbentuk kemudian diisi dengan DNA

polymerase I.

g. DNA ligase

Ikatan fosfodiester akhir antara gugus 5’-fosfat di rantai DNA yang

disintesis oleh DNA polymerase III dan gugus 3’-hidroksil di rantai yang

dibentuk oleh DNA polymerase I.(4)

2. Transkripsi DNA

Sintesis RNA dari cetakan DNA disebut transkripsi. Transkripsi dikatalisis oleh

enzim yang dikenal sebagai RNA polimerase. Mekanisme kerja RNA dan DNA

polimerase sangat serupa, dengan satu perbedaan penting: RNA polimerase dapat

memulai sintesis untai baru.

RNA polimerase menyalin cetakan DNA dalam arah 3` ke 5` dan mensintesis

untai RNA dalam arah 5` ke 3`. Karena RNA beruntai-tunggal, mekanisme

transkripsi tidak serumit mekanisme replikasi.

Pada bakteri, sebuah RNA polimerase menghasilkan prekursor mRNA, rRNA,

dan tRNA. Karena bakteri tidak memiliki inti, ribosom berikatan dengan mRNA

sewaktu sedang ditranskripsikan dan sintesis protein berlangsung bersamaan

dengan proses transkripsi.

RNA eukariotik mengalami transkripsi di inti oleh tiga RNA polimerase yang

berbeda. Transkrip primer mengalami modifikasi dan pemangkasan untuk

menghasilkan RNA matang yang kemudian berpindah ke sitoplasma untuk ikut

serta dalam proses translasi. Prekursor mRNA memiliki sebuah “cap” yang

ditambahkan di ujung-5` dan sebuah “ekor” poli(A) di ujung-3`. Pada prekursor

mRNA, ekson, daerah yang membentuk mRNA matang, dipisahkan oleh intron,

12

daerah yang tidak memiliki fungsi mengkode dan dikeluarkan oleh reaksi

penyambungan. Selama reaksi penyambungan, ekson-ekson saling dihubungkan

untuk menghasilkan mRNA matang. Pada eukariot, prekursor tRNA dan rRNA

juga mengalami modifikasi dan pemangkasan, walaupun tidak seluas seperti

prekursor mRNA.

3. Translasi DNA

Protein dibentuk melalui proses yang disebut translasi. Proses ini terjadi di

ribosom dan dipandu oleh mRNA. Pesan genetik yang terkode dalam DNA mula-

mula ditranskripsi menjadi mRNA, dan urutan nukleotida mRNA kemudian

menentukan urutan asam amino pada protein

Bagian mRNA yang menentukan urutan asam amino protein dibaca dalam

kodon, yaitu rangkaian yang terdiri dari tiga nukleotida. Inisiasi suatu rantai

polipeptida dimulai dengan kodon AUG yang menentukan asam amino metionin.

Kodon pada mRNA dibaca secara berurutan (sekuensial) dalam arah 5` ke 3` dan

dimulai dengan 5`-AUG yang menentukan kumpulan kerangka bacaan dan diakhiri

dengan kodon terminasi-3` (atau kodon “stop”) (UAG, UGA, atau UAA). Protein

dibentuk dari terminal-N menuju ke terminal-C.

TRNA membawa asam amino ke tempat sintesis protein di ribsosn.

Pembentukan pasangan basa antara antikodon tRNA dan kodon mRNA

memastikan bahwa asam amino yang dibawa oleh tRNA disisipkan ke dalam rantai

polipeptida yang sedang tumbuh di tempat yang tepat.

Pengikatan metionil-tRNA inisial (awal) ke mRNA dan ribosom disebut inisiasi

dan melibatkan protein sitosol yang dikenal sebagai faktor inisiasi (FI) dan GTP.

Setelah inisiasi, rantai polipeptida memanjang. Pemanjangan ini terdiri dari tiga

langkah: (a) penambahan sebuah aminoasil-tRNA ke tempat pada ribosom di mana

molekul tersebut berikatan dan membentuk pasangan basa dengan kodon kedua

pada mRNA, (b) pembentukan sebuah ikatan peptida antara asam amino pertama

dan kedua, dan (c) translokasi, pergerakan mRNA relatif terhadap ribosom,

sehingga sebuah aminoasil-tRNA dapat berikatan dengan kodon ketiga mRNA dan

ke ribosom.

13

Ketiga langkah pemanjangan ini diulang sampai terjadi pengikatan kodon

terminasi dengan tempat pada ribosom di mana aminoasil-tRNA berikutnya

seharusnya melekat. Yang melekat bukan tRNA yang bermuatan, tetapi faktor

pelepasan (release factor), sehingga protein yang telah lengkap terlepas dari

ribosom.

Setelah satu ribosom terikat dan bergerak di sepanjang mRNA serta

mentranslasikan polipeptida, ribosom lain dapat berikatan dan memulai translasi.

Kompleks sebuah mRNA dengan banyak ribosom disebut polisom.

Pelipatan polipeptida menjadi konfigurasi tiga-dimensi terjadi sewaktu

polipeptida sedang ditranslasi. Proses ini melibatkan protein yang dikenal sebagai

chaperone.

Modifikasi residu asam amino dalam suatu protein dapat terjadi selama atau

setelah translasi dan mungkin melibatkan pembentukan ikatan disulfida, glikosolasi

(penambahan gugus karbohidrat), fosforilasi, pemutusan ikatan peptida, dan jenis

perubahan lain.

Sebagian protein disintesis di ribosom sitosol dan dilepaskan ke dalam sitosol.

Protein lain disalurkan ke dalam organel, misalnya mitokondria. Protein yang

dipersiapkan untuk lisosom, untuk penggabungan ke dalam membran sel, atau

untuk disekresikan keluar sel disintesis dalam ribosom yang melekat ke retikulum

endoplasma kasar (RER). Protein ini dipindahkan dari RER ke kompleks Golgi,

tempat protein ini mengalami modifikasi dan diarahkan ke lokasi akhir.

2.2.2 Regulasi Ekspresi Gen(5)

Regulasi gen adalah suatu pengendalian penampakan dari suatu gen untuk

memunculkan fenotip dari suatu genotip. Secara sederhana, regulasi gen hanya memiliki

dua tipe:

1. Regulasi positif yaitu jika ekspresi informasi genetic meningkat secara kuantitatif

akibat adanya elemen regulatorik tertentu.

2. Regulasi negative yaitu jika ekspresi informasi genetic berkurang oleh adanya

elemen regulatorik spesifik.

Secara sederhana, regulasi ekspresi gen hanya memiliki dua tipe, yaitu regulasi

positif dan regulasi negative. Regulasi positif biasanya disebut aktifator, disebut

14

regulasi positif atau induksi apabila, ekspresi informasi genetik meningkat secara

kuantitatif akibat adanya elemen regulatorik tertentu. Kemudian, regulasi negative

biasanya disebut represor. Dikatakan regulasi negative atau represor, apabila

ekspresi informasi genetik berkurang oleh adanya elemenn regulatorik spesifik.

Regulasi ekspresi gen dibedaka menjadi 2 jenis, bagi prokariotik, dan bagi

eukariotik,

a. Prokariotik

Regulasi ekspresi gen bagi prokaryotic, memiliki 3 tipe respon temporal

terhadap suatu sinyal penginduksi, yaitu

1) Respon tipe A, ditandai dengan meningkatnya derajat ekspresi gen yang

bergantung pada keberlansungan keberadaan sinyal penginduksi.jika sinyal

penginduksi dihilangkan maka jumlah ekspresi gen menurun ke tingkat basal,

dan sebaliknya

2) Respon tipe B, memperlihatkan peningkatan jumlah ekspresi gen yang bersifat

transien meskipun sinyal regulatorik masih ada. Setelah sinyal regulatorik

berhen, sel dibiarkan pulih, dapat terlihat adanya respon transien sekundar

terhadap sinyal regulatorik berikutnya.

3) Respon tipe C, memperlihatkan sebagai respon terhadap sinyal regulatorik,

peningkatan derajat ekspresi gen yang menetap tanpa batas meskipun sinyalnya

telah berhenti. Dalam pola ini, sinyal berfungsi sebagai pemicu, jika sudah

dimulai, ekspresi gen didalam sel tidak dapat diberhentikan. Oleh karena itu

respon adalah perubahan irreversible dan dapat diwariskan.

Pada prokaryotic, gen-gen yang terlibat dalam jalur metabolic sering terdapat

dalam susunan linier yang disebut operon, misalnya operan lac. operon dapat diatur

oleh satu region regulatorik atau promoter. Sistron adalah unit ekspresi genetik

terkecil, yang dapat menyandi struktur subunit suatu molekul protein. Oleh karena

itu dapat dikatakan satu subunit, satu sistron. Satu mRNA yang menyandi lebih dari

satu protein yang ditranslasikan secara terpisah disebut sebagai mRNA

polisistronik.

15

Model mempelajari regulasi gen adalah e coli, e coli mensintesis enzim

berdasarkan nutrisi pada lingkungannya. E coli memerlukan asam amino triptofan.

Berikut ini adalah operon triptofan.

a. Di dalam sebuah promotor, terdapat operator, operator adalah tempat

melekatnya rna polymerase, sehingga sintesis RNA dapat dijalankan.

b. Apabila triptofan ada, maka triptofan akan mengisi aktif site darirepressor,

sehingga membuat repressor aktif. Repressor akan melekat pada operator di

promotor. Aktifnya repressor membuat gen tidak aktif, karena RNA

polymerase tidak dapat melekat pada promotor. Sehingga tidak akan terjadi

transkripsi

c. Namun apabila triptofan tidak ada, maka repressor tidak aktif, dan RNA

polymerase berikatan dengan operator pada promotor. Kejadian itu

menyebabkan gen aktif dan terjadilah transkripsi.

Selain membutuhkan asam amino triptofan, e coli juga mencerna gula laktosa

pada lingkungannya. E coli mengekspresikan beta galaktosidase untuk mencerna

laktosa. Pengaturan ekspresi beta galaktosidase dilakukan oleh protein regulator.

Repressor terikat pada gen lac z pada daerah antara promotor dan start kodon

gen structural (operator). Jadi pada keadaan normal (tidak ada laktosa), repressor

mendekati operator. Sehingga akan menyebabkan tidak terjadinya transkripsi.

Sedangkan ketika ada laktosa, repressor akan mengikat latosa. Al itu menyebabkan

repressor tidak mengikat operator. Sehingga menyebabkan transkripsi terjadi6.

b. Eukaryote.

Regulasi pada eukaryotic akan diregulasikan menjadi 4 level.

1. Mengontrol transkripsi

2. Mengontrol proses (splicing)

3. Mengontrol translasi (mRNA editing)

4. Mengontrol aktivitas protein

Berbeda dengan prokaryotik, cetakan DNA eukaryotic tidak semuanya dibaca. Pada

cetakan yang dapat dibaca dan di interresentasikan disebut exon dan cetakan (coding)

yang tidak dibaca disebut intron. Extron dan intron berada pada primary transcription.

Kemudian dari primary transkripsi ke tahap mRNA, intron akan dibuang, sehingga akan

16

terbentuk ekson ekson. Ekson ekson itulah yang akan dibaca dan di interprestasikan,

kemudian akan menuju proses translasi. Selanjutnya akan diubah menjadi protein

dengan bantuan tRNA yang membawa asam amino.

Modifikasi kromatin, remodeling kromatin adalah aspek penting dalam ekspresi

gen eukaryotic.Struktur kromatin merupakan tingkat control transkripsi gen lainnya.

Kromatin dapat mengendur atau terbuka, caranya dengan metilisasi DNA (penambahan

gugus metil).

Asetilasi dan deasetilasi histon adalah suatu penentu penting aktivitas gen. asetilisasi

diketahui terjadi di residu lisin di ekor terminal amino melekul histon. Modifikasi ini

mengurangi muatan positif ekor dan menurunkan afinitas histon mengikat DNA yang

bermuatan negative. Oleh karena itu asetilasi histon menyebabkan kelainan nukleosom

dan mempermudah akses factor transkripsi ke elemen-elemen DNA regulatoriknya.

deasetilasi histon akan menimbulkan efek yang sebaliknya4.

2.3 Identifikasi dalam Ilmu Forensik

a. Pemeriksaan sidik jari

Metode ini membandingkan sidik jari jenazah dengan data sidik jari

antemortem.Sampai saat ini, pemeriksaan sidik jari merupakan pemeriksaan

yang diakui paling tinggi ketepatan nya untuk menentukan identitas seseorang.

Dengan demikian harus dilakukan penanganan yang sebaik-baiknya terhadap

jari tangan jenazah untuk pemeriksaan sidik jari, misalnya dengan melakukan

pembungkusan kedua tangan jenazah dengan kantong plastik.

b. Metode Visual

Metode ini dilakukan dengan memperlihatkan jenazah pada orang-orang yang

merasa kehilangan anggota keluarga atau temannya.Cara ini hanya efektif pada

jenazah yang belum membusuk, sehingga masih mungkin dikenali wajah dan

bentuk tubuhnya oleh lebih dari satu orang.Hal ini perlu diperhatikan mengingat

adanya kemungkinan faktor emosi yang turut berperan untuk membenarkan atau

sebaliknya menyangkal identitas jenazah tersebut.

c. Pemeriksan Dokumen

17

Dokumen seperti kartu identitas (KTP, SIM, Paspor) dan sejenisnya yang

kebetulan ditemukan dalam dalam saku pakaian yang dikenakan akan sangat

membantu mengenali jenazah tersebut.Perlu diingat pada kecelakaan masal,

dokumen yang terdapat dalam tas atau dompet yang berada dekat jenazah belum

tentu adalah milik jenazah yang bersangkutan.

d. Pemeriksaan Pakaian dan Perhiasan

Dari pakaian dan perhiasan yang dikenakan jenazah, mungkin dapat diketahui

merek atau nama pembuat, ukuran, inisial nama pemilik, badge yang semuanya

dapat membantu proses identifikasi walaupun telah terjadi pembusukan pada

jenazah tersebut. Khusus anggota ABRI, identifikasi dipemudah oleh adanya

nama serta NRP yang tertera pada kalung logam yang dipakainya.

e. Identifikasi Medik

Metode ini menggunakan data umum dan data khusus. Data umum meliputi

tinggi badan, berat badan, rambut, mata, hidung, gigi dan sejenisnya. Data

khusus meliputi tatto, tahi lalat, jaringan parut, cacat kongenital, patah tulang

dan sejenisnya.

Metode ini mempunyai nilai tinggi karena selain dilakukan oleh seorang ahli

dengan menggunakan berbagai cara/modifikasi (termasuk pemeriksaan dengan

sinar-X) sehingga ketepatan nya cukup tingi.Bahkan pada tengkorak/kerangka

pun masih dapat dilakukan metode identifikasi ini.Melalui metode ini diperoleh

data tentang jenis kelamin, ras, prkiraan umur dan tingi badan, kelainan pada

tulang dan sebagainya.

f. Pemeriksaan Pencatatan Gigi

Pemeriksaan ini meliputi data gigi (Odontogram) dan rahang yang dapat

dilakukan dengan menggunakan pemeriksaan manual, sinar-X dan pencetakan

gigi dan rahang.Odontogram memuat data tentang jumlah,bentuk, susunan,

tambalan, protesa gigi dan sebagainya.

Seperti hal nya dengan sidik jari, maka setiap individu memiliki susunan gigi

yang khas.Dengan demikian dapat dilakukan indentifikasi dengan cara

membandingkan data temuan dengan data pembanding antemortem.

g. Pemeriksaan Serologik

18

Pemeriksaan serologik betujuan untuk menentukan golongan darah

jenazah.Penentuan golongan darah pada jenazah yang telah membusuk dapat

dilakukan dengan memeriksa rambut, kuku dan tulang.

2.4 Pemeriksaan Molekuler

Suatu analisa yang merupakan ruang lingkup dari ilmu forensik yang bertujuan

antuk menentukan sumber dan identitasnya (darah manusia atau hewann atau warna dari

getah tumbuhan, darah pelaku atau korban, atau orang yang tidak terlibat dalam tindak

kejahatan tersebut) dapat melalui uji darah, uji cairan tubuh, ataupun uji DNA

Bentuk aplikasi biologi molekuler dalam bidang forensik6

a. PCR

b. RFLP

c. Elektroforesis

d. STR

e. Codis’13

2.5 Teknik Pemeriksaan DNA dan Penerapannya

a. PCR5

Reaksi rantai polymerase PCR adalah metode amplifikasi suatu sekuens

tertentu. PCR merupakan cara yang sensitif, seletif dan sangat cepat untuk

memperbanyak sekuens DNA yang diinginkan. Spesifisitas didasarkan pada

pemakaian dua oligonukleotida primer yang terhibridisasi ke sekuens

komplementer di untai DNA yang berlawanan dan mengapit sekuens target.

Teknik PCR yaitu, sampel DNA mula-mula dipanaskan untuk memisahkan

kedua untai ; primer dibiarkan berdekatan dengan DNA ; dan masing-masing

untai untai disalin oleh DNA polymerase yang dimulai ditempat primer. Kedua

untai DNA msing-masing berfungsi sebagai cetakan, untuk sintesis DNA baru

dari dua primer. Siklus berulang denaturasi panas , penyatuan primer dengan

sekuens komplementernya dan pemanjangan primer yang telah menyata

19

tersebut dengan DNA polymerase menyebabkan perbanyakan eksponensial

segmen DNA dengan panjang tertentu.

Reaksi reaksi PCR awal dengan menggunakan suatu DNA polymerase e.coli

yang rusak oleh setiap siklus denaturasi panas. Penggantian dengan DNA

polymerase tahap panas dari Thermus aquaticus (suatu organism yang hidup

dan berkembang biak dengan suhu 70-80 derajat celcius ) mengatasi masalah

ini sehingga memungkinkan terjadinya otomatisasi reaksi, karenba reaksiu

polymerase dapat dijalankan pada suhu 70 derajat celcius. Hal ini juga

meningkatakna spesifisitas dan hasil DNA.

Sekuens DNA sependek 50-100 pb dan sepanjang 10 kb dapat diperbanyak.

Dua puluh siklus dapat menghasilkan perbanyakan sebesar 106 dan 30 siklus

sebesar 109. PCR memungkinkan DNA didalam sebuah folikel rambut, dan

spermatozoa diperbanyak dan dianalisis. Karena itu PCR jelas digunkana

dalam kedokteran forensic. PCR juga digunakan sebagai

a. Untuk mendeteksi agen infeksi, terutama virus laten

b. Menegakkan diagnosis genetika prenatal

c. Menetukan tipe jaringan yang tepat untuk transplantasi

d. Meneliti evolusi dengan menggunakan DNA dari sampel arkeologis, atau

menggunakan analisis RNA setelah penyalinan RNA dan kuantitas mRNA

dengan teknik yang disebut sebagai metode RT-PCR.

e. Dapat digunakan dalam bidang ilmu pengetahuan dasar dan setiap tahun,

metode ini dikembangkan.

20

Gambar 1.9 metodeteknik PCR

(Doc. Google.com)

b. RLFP8

RFLP adalah salah satu teknik pertama yang secara luas digunakan untuk

mendeteksi variasi pada tingkat sekuens DNA. Deteksi RFLP dilakukan

berdasarkan adanya kemungkinan untuk membandingkan profil pita – pita

yang dihasilkan setelah dilakukan potongan oleh enzim restriksi terhadap DNA

target atau individu yang berbeda.

c. Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan

memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat

berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang paling

banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler.

Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan

listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul

tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan

muatan yang terkandung di dalamnya. Molekul-molekul yang bermuatan

negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan

21

molekul-molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub

negatif (katoda)9.

Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran,

konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam

skala besar memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang

dapat digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat

setiap individu.Aplikasi elektroforesis dapat digunakan dalam uji paternitas

dan identifikasi pelaku kejahatan (DNA fingerprinting).Elektroforesis gel

memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya melewati suatu gel

di bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis gel memisahkan suatu

campuran molekul DNA menjadi pita-pita yang masing-masing terdiri atas

molekul DNA dengan panjang yang sama. Ada tiga jenis gel yang dapat

digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu9

a. Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda

oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer.

b. Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang

berukuran besar.

c. Gel agarosa formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem

elektroforesis yang digunakan untuk fraksi RNA pada ukuran

standar.Dalam proses elektoforesis terdapat beberapa faktor yang

mempengaruhi laju pergerakan dari molekul DNA, yaitu9:

1) Ukuran Molekul DNA

Molekul yang berukuran lebih kecil akan cepat bergerak melewati gel

karena hambatan yang akan dihadapi tidak lebih banyak dibandingkan

molekul berukuran besar.

2) Konsentrasi gel

Semakin tinggi konsentrasi agarosa, semakin kaku gel yang dibuat

sehingga sukar untuk dilewati molekul-molekul DNA. Konsentrasi

agarosa yang lebih tinggi memudahkan pemisahan DNA yang berukuran

kecil, konsentasi agarosa yang lebih rendah memudahkan pemisahan

DNA dengan ukuran yang lebih besar.

22

3) Bentuk molekul

Molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih cepat bergerak

dibandingkan dengan yang berbentuk bulat.

4) Densitas muatan

Densitasmuatanyaitu muatan per unit volume molekul. Molekul dengan

densitas muatan tinggi akan bergerak lebih cepat dibandingkan molekul

dengan densitas muatan yang rendah.

5) Pori-pori gel

Semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat pergerakan

molekul DNA.

6) Voltase

Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat

pergerakan molekul DNA.

7) Larutan buffer elektroforesis

Buffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik

sehingga mempercepat migrasi DNA.

Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan telah diketahui ukurannya.

Marker berfungsi sebagai acuan untuk mengetahui ukuran DNA hasil

ampifikasi. Marker DNA yang terdapat di dalam ruang elektroforesis berfungsi

sebagai penanda posisi pasangan basa dari molekul DNA yang bermigrasi.

Marker-marker DNA tersebut merupakan marker yang telah dibuat oleh pabrik

sehingga tanda pasangan basanya jelas. Salah satu contoh marker DNA adalah

lambda HindIII. Marker tersebut memiliki delapan fragmen DNA dengan

kisaran 125 pb hingga 23.130 pb. Penggunaan DNA marker tersebut

dikarenakan molekul DNA yang akan diamati memiliki fragmen DNA dengan

ukuran 110--20.000 pb8.Elektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang

terdiri dari:

a. Comb: digunakan untuk membentuk well pada gel agarosa.

b. Tray: digunakan untuk sebagai cetakan gel agarosa.

23

c. Chamber: digunakan sebagai wadah gel agarosa.

d. Sumber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis.

Dalam elektroforesis juga digunakan bahan-bahan sepert Etidium Bromida

yang bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena Etidium

Bromida dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat

terlihat jelas, sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk

memantau kecepatan molekul DNA pada gel9.

Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen

DNA dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang

berbeda ukuran, lalu dapat disequencing, dan juga untuk pemurnian atau

purifikasi DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai macam

kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda,

mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger printing,

mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik atau penyakit

tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau jaringan tertentu,

mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel organisme

atau aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu, mempelajari

evolusi di tingkat molekular, mengetahui variasi genetik dalam populasi natural

di alam, menentukan atau mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA, RNA,

protein dan aktivitas enzimatik, menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi

melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar

individu, dan menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam

rekombinan plasmid DNA

d. Short Tandem Repeats (STRs)10

STR adalah sama dengan VNTR dan keduanya memiliki prinsip

umum dalam pemakaian teknik yang sama pula. STR berbeda dari

VNTR dalam kepemilikan unit berulang yang lebih kecil, dari 2 sampai 7

basa dan ukuran total STR yang lebih kecil biasanya kurang dari 500

basa. Ukuran yang lebih kecil berarti STR dapat memakai PCR untuk

mengamplifikasinya dengan jumlah yang sangat kecil dari DNA yaitu

kurang dari 1 ng. Hal itu berarti bahwa STR dapat dipakau dalam analisis

24

DNA yang rusak, yang terpecah berkeping-keping. Kerusakan DNA

tersebut tidak dapat dianalisis dengan analisis VNTR southern blot yang

memerlukan kualitas DNA yang lebih tinggi (fragmen lebih besar).

Penggunaan PCR pada STR membuat sedikit saja sampel DNA misalnya

yang ditemukan pada puntung rokok untuk diamplifikasi menghasilkan

jumlah yang cukup besar untuk keperluan analisis. PCR juga memakai

sedikit sampel dan mempertahankan lebih banyak untuk analisis

berulang.

STR hanya mengamplifikasi area yang ditentukan (sekuens target).

Bagaimanapun jangkauan ukuran fragmen yang lebih kecil membuat

identifikasi semua alel pada sebuah lokus karena itu “bin” tidak

diperlukan. Dalam aplikasi forensik amplifikasi dan separasi fragmen

STR pada umunya dideteksi dengan satu dari dua metode. Metode

pertama dengan menggunakan propensity silver untuk mengikat DNA.

Metode kedua adalah dengan primer yang dipakai selama amplifikasi

mengandung fluoresensi. Pemisahan fragmen dilakukan dengan

elektroforesis. Fragmen STR dipakai untuk mengenali sampel DNA.

Lokus STR yang dipilih untuk forensik mempunyai 7 – 30 alel yang

berbeda. Populasi heterozigositas sekitar 80 % berbanding 90% atau

lebih dari VNTR. Dengan demikian akan didapat hasil yang tidak ambigu

tetapi informasi statistik yang diperoleh terbatas dari satu lokus individu.

Lokus STR berjumlah banyak pada genom dan banyak lokus yang telah

dikenali. Sistem tertentu telah dikembangkan untuk mengamplifikasi 3

sampai 16 lokus dengan sekali coba. FBI telah mendesain 13 spesifik

lokus sebagai satu set dalam pemakaian pencocokan sampel pada kasus

kriminal.

Keuntungan dari STR:

1. Proses dapat memakai sampel rusak karena fragmen DNA yang

lebih pendek untuk analisis

2. Proses PCR membuat analisis dapat dilakukan dengan jumlah DNA

yang sangat kecil.

25

3. Jumlah lokus yang dipakai banyak yang menguntungkan ketika

melibatkan sampel keluarga kandung

4. Proses cepat selesai dalam waktu sehari atau dua hari

5. Peralatan yang tersedia di pasaran

Kelemahan antara lain:

1. Jumlah alel dan nilai heterozigositas yang rendah dari setiap lokus

2. Kemungkinan kontaminasi karena proses amplifikasi

3. Peralatan yang relatif mahal dengan sistem multiplex menggunakan

analisis fluorosensi walau dengan silver stain relatif murah tetapi

lokus yang dapat dianalisis lebih sedikit yaitu tidak lebih dari 3

4. Sulit dalam interpretasi dan memerlukan keahlian khusus.

e. Variable Number of Tandem Repeats (VNTRs)10

VNTRs, sejenis RFLP (restriction fragment length polymorphism),

adalah daerah-daerah DNA yang terdiri dari seribu sampai beberapa ribu

pasangan basa. Satu jenis VNTR terdiri dari sejumlah besar unit-unit

sekuens yang berulang. Ukuran unit sekuens yang berulang ini bervariasi

antara 8 – 80 pasang basa ( biasanya 15 – 35). Meskipun ukuran unit

bersifat tetap pada lokus VNTR tertentu, jumlah pengulangan itu sangat

bervariasi. Sehingga ratusan atau lebih panjang sekuens yang berbeda

dapat diamati pada setiap individu-individu yang berbeda. Variasi

panjang yang begitu tinggi pada VNTR berguna pada bidang analisis

forensik.

Pada prinsipnya penentuan panjang dari VNTR tertentu adalah

simpel. Pertama DNA diekstrak dari sampel yang akan dianalisis.

Kemudian DNA yang telah diekstrak diberi enzim yang memotong DNA

pada setiap titik dari urutan basa spesifik tertentu. Sebagai contoh enzim

Hae III bekerja pada sekuens GGCC (CCGG pada untai berlawanan) dan

memotong kedua untai DNA diantara G dan C. Dengan cara ini DNA

dipotong menjadi berjuta keping ukuran. Kumpulan fragmen

ditempatkan pada gel yang dipaparkan medan listrik. Fragmen-fragmen

bermigrasi dengan jarak yang berbeda bergantung ukuran yang disebut

26

proses elektroforesis. Fragmen-fragmen yang terpisah itu kemudian

diberi larutan kimia tertentu yang mendenaturasinya dan memisahkan

menjadi 2 untai tunggal dengan urutan basa komplementer.

Kemudian fragmen dipindahkan dengan menempelkan gel pada

membran nylon. Membran itu lalu direndam dengan probe, potongan

pendek untai tunggal DNA yang komplementer pada fragmen tertentu

diantara berjuta-juta fragmen. Probe mencari dan menempel pada

fragmen yang sesuai yang berpasangan secara komplemen degan

pasangan basa pada fragmen. Kelebihan probe yang tidak terikat pada

fragmen DNA itu dibersihkan. Probe yang terikat mempunyai label yang

memberi sinyal tanda keberadaannya. Sinyal ini dideteksi dengan film

fotografis dengan menempelkannya pada membran nylon itu. Pada

awalnya label adalah atom bersifat radioaktif. Sekarang deteksi

luminesensi lebih umum digunakan.

Membran itu diselubungi material yang diubah menjadi cahaya

dengan sejenis enzim pada probe. Cahaya yang keluar ditangkap film

selama beberapa jam. Letak pita-pita yang divisualisasi pada proses ini

diginakan untuk mengenali asal sampel DNA itu. Pita-pita dengan

ukuran yang sama dikelompokkan dalam ““bin””. Dengan cara ini total

jumlah alel dikurangi dari ratusan menjadi 20 – 30. Frekuensi “bin”

digunakan untuk menghitung probabilitas pasangan disebut “fixed

“bin””. Fixed “bin” lebih mudah dimengerti dan lebih umum digunakan

daripada floating “bin”.

Keuntungan dari VNTR:

1. Ada banyak bentuk alternatif (“bin”) yaitu 20 – 30 pada setiap lokus

dan heterozigositas yang besar

2. Teknik ini dibuat dengan baik, familiar dan dipakai secara luas.

3. Teknik ini diterima secara luas oleh badan legal

4. Jumlah alel yang besar membantu analisis sampel campuran

Kelemahan VNTR:

27

1. Sensitivitas yang terbatas. Pada umumnya diperlukan 50 ng atau

lebih sampel DNA untuk hasil yang jelas.

2. Proses yang memakan waktu, beberapa hari selesai ( atau minggu

jika probe radioaktif dipakai).

3. Jumlah lokus yang tervalidasi terbatas.

4. Fragmen DNA panjang yang diperlukan tidak cocok pada sampel

DNA yang rusak

5. Kesulitan perhitungan dan interpretasi “bin”

6. Terbatas dalam membedakan individu kembar

7. Karena ukuran fragmen yang panjang, kebanyakan VNTR tidak

dapat diamplifikasi dengan reliabel dan konsisten oleh PCR

(polymerase chain reaction).

8. Amplifikasi alel yang lebih kecil menyebabkan alel heterozigot

dibaca homozigot

f. Combined DNA Index System (CODIS)11

28

CODIS adalah analisis forensik standar di Amerika yang diresmikan

pada tahun 1998. Sistem CODIS didasarkan pada 13 lokus STR yang

didapatkan dari rangkaian eksperimen DNA di Amerika.

Peralatan CODIS telah dikembangkan secara yang membuat amplifikasi

dari 16 atau lebih lokus STR dapat dilakukan pada sati tabung tes. Peralatan

multiplex STR ini memiliki primer PCR yang unik untuk setiap lokus. Setiap

lokus di desain untuk menghindar dari hibridisasi dengan primer lain pada

peralatan dan membuat produk PCR dengan ukuran yang berbeda-beda jadi

dapat menyebarkan sinyal dari lokus berbeda itu selama elektroforesis. Primer

diikat dengan pewarnaan dye untuk membantu proses pemisahan produk PCR

yang berbeda-beda. Kit yang paling luas digunakan sekarang adalah 13 lokus

CODIS, amelogenin dan 2 lokus tambahan yang dipakai oleh agen pembela

hukum lain di dunia, total 16. Kit ini sangat akurat dalam penentuan identitas

pada manusia. Saat profil DNA dalam keadaan yang baik didapatkan, maka

kemungkinan terjadi kesalahan dalam pencocokan antara 2 individu pada

populasi adalah kurang dari 1 in 1018 (quintillion). CODIS telah digunakan

29

untuk menjatuhkan hukuman atau membebaskan hukuman bagi tersangka serta

untuk menentukan paternitas dengan tingkat keakuratan yang sangat tinggi.

2.6 Identifikasi dengan Teknik Pemeriksaan DNA

1. PCR

a. Manfaat

PCR dirancang pada tahun 1985 dan telah memberikan dampak besar

pada penelitian biologis dan bioteknologi. PCR telah digunakan untuk

memperkuat DNA dari berbagai macam sumber misalnya fragmen DNA

kuno dari gajah purba (mammoth) berbulu yang telah membeku selama

40.000 tahun; DNA dari sedikit darah; jaringan, atau air mani yang

ditemukan di tempat kejadian perkara kriminal; DNA dari sel embrionik

tunggal untuk diagnosis kelainan genetik sebelum kelahiran dan DNA gen

virus dari sel yang diinfeksi oleh virus yang sulit terdeteksi seperti HIV4.

Teknik PCR dapat didayagunakan (kadang dengan modifikasi) guna

fasilitasi analisis gen. Selain itu telah dikembangkan banyak sekali aplikasi

praktis. Sebagai contoh teknik dan aplikasi PCR dapat disebutkan sebagai

berikut: kloning hasil PCR; sekuensing hasil PCR; kajian evolusi molekular;

deteksi mutasi ( penyakit genetik; determinasi seks pada sel prenatal; kajian

forensik (tersangka kriminal, tersangka ayah pada kasus paternal); dan masih

banyak lainnya12.

Selain itu, PCR juga dapat digunakan sebagai alat diagnosis penyakit

thalesemia. Sebelum cara PCR ditemukan, analisis DNA dilakukan dengan

prosedur yang panjang dan rumit, yaitu pertama-tama membentuk

perpustakaan (library construction) melalui digesti dengan endonuklease

restriktif dan kloning, kemudian skrining, mapping, subkloning dan terakhir

sekuensing. Tetapi dengan adanya PCR dalam waktu 24 jam sejak

pencuplikan vili korialis (chorionic villous sampling) diagnosis prenatal

sudah dapat ditegakkan dan berdasarkan prinsip PCR telah dikembangkan

cara diagnostik molekular yang terbukti sangat akurat4.

30

Berdasarkan uraian diatas penemuan dan manfaat teknik PCR ini

berdampak sangat luas terhadap kemajuan sains dan teknologi secara umum

yaitu antara lain sebagai berikut4:

1) Memperkuat gen spesifik sebelum diklon.

2) Membuat fragmen gen DNA secara berlimpah

3) Dapat mendeteksi DNA gen virus yang sulit untuk dideteksi

4) Dapat mendeteksi/ mendiagnosis DNA sel embrionik yang mengalami

kelainan sebelum dilahirkan.

5) Bidang kedokteran forensik. Contohnya mendeteksi penyakit yang dapat

menginfeksi, variasi dan mutasi dari gen.

6) Mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies atau untuk mengetahui

dari mana spesies tersebut berasal.

7) Melacak asal usul seseorang dengan membandingkan “finger print"

b. Kelebihan12

1) Memiliki spesifisitas tinggi

2) Sangat cepat, dapat memberikan hasil yang sama pada hari yang sama

3) Dapat membedakan varian mikroorganisme

4) Mikroorganisme yang dideteksi tidak harus hidup

5) Mudah di set up

c. Kekurangan12

1) Sangat mudah terkontaminasi

2) Biaya peralatan dan reagen mahal

3) Interpretasi hasil PCR yang positif belum tervalidasi untuk semua

penyakit infeksi (misalnya infeksi pasif atau laten)

4) Teknik prosedur yang kompleks dan bertahap membutuhkan keahlian

khusus untuk melakukannya.

2. RFLP

a. Manfaat13 :

1) RFLPs dapat digunakan dalam berbagai pengaturan yang berbeda untuk

mencapai tujuan yang berbeda.

31

2) RFLPs dapat digunakan dalam kasus ayah atau kasus kriminal untuk

menentukan sumber sampel DNA. (yakni memiliki aplikasi forensik).

3) RFLPs dapat digunakan menentukan status penyakit individu

4) RFLPs dapat digunakan untuk mengukur tingkat rekombinasi yang

dapat menyebabkan peta genetik dengan jarak antara lokus RFLP

diukur dalam centiMorgans.

b. Kelebihan

RFLP merupakan metode yang mempunyai akurasi yang tinggi dan

mudah ditransfer antar laboratorium, bersifat kodominan sehingga dapat

mendeteksi adanya heterozigositas, tidak diperlukan informasi sekuen

target, dan arena berdasar pada homologi sekuen maka sering

direkomendasikan untuk analisis filogenetik antar spesies yang berkerabat.

RFLP cocok untuk membuat peta linkage, merupakan marker yang locus

specific, dan mempunyai kemampuan memisahkan yang tinggi baik pada

tingkat populasi, spesies atau individual. RFLP merupakan teknik yang

sederhana, bila probe tersedia13.

c. Kekurangan

Kekurangan RFLP adalah dibutuhkan DNA dengan kemurnian tinggi

dalam jumlah banyak, tidak mungkin dilakukan outomatisasi, pada

beberapa spesies mempunyai level polimorfisme yang rendah, sedikit lokus

yang terdeteksi, memerlukan perpustakaan probe yang sesuai,

membutuhkan waktu yang banyak, membutuhkan biaya yang banyak13.

3. Elektroforesis9

a. Manfaat

1. Pemeriksaan DNA

2. Forensik

b. Kelebihan

Keuntungan elektroforesis adalah merupakan teknik yang relatif murah

dan mudah untuk menganalisa dan memurnikan macam-macam biomolekul,

khususnya protein dan asam nucleat. Selain itu teknik ini mudah untuk

32

menganalisis molekul besar dan bermuatan, dapat digabungkan dengan

kromatografi dan lebih cepat dari kromatografi biasa.

c. Kekurangan

Metode ini sulit dilakukan dengan media larutan, oleh sebab itu

digunakan gel, selainitu metode ini sulit dilakukan dengan senyawa tidak

bermuatan

4. STR14

a. Manfaat

Identifikasi individu, rekonstruksi filogenetik dan chimerism berbasis

pos pemantauan graft transplantasi stem cell pos-haematopoietik.

b. Kelebihan

Kelebihan dari metode ini adalah cepat, metode ini dapat mendeteksi

sampel DNA yang rusak atau dibawah standar karena ukuran fragmen DNA

yang diperbanyak PCR hanya sekitar 200-500 pasang basa.

c. Kekurangan

Menggunakan teknologi tinggi, sehingga membutuhkan dana lebih

banyak

5. CODIS 1315

a. Manfaat

Untuk pemeriksaan forensik

b. Kelebihan

Kelebihan-kelebihan yang dimiliki sistem CODIS antara lain :

a) Penggunakan sistem CODIS telah diadopsi oleh para pakar analisis

forensik DNA di dunia tidak hanya oleh FBI.

b) Tipe genotipe (struktur genetik) dan STR pada 13 lokus cukup

merepresentasikan keunikan karakter manusia berdasarkan

populasi genetik.

c) Banyak laboratorium di dunia yang ikut berkontribusi untuk menalisis

frekuensi alel STR pada populasi penduduk di dunia.

d) Data CODIS merupakan numerik dan karakter yang dapat disimpan

secaradigital pada database komputer.

33

e) Jumlah STR yang ada pada 13 lokus dapat ditentukan dengan mudah

dengan perangkat yang dijual secara komersial

f) Profil STR dapat ditentukan dengan sedikit sumber deret DNA bahasa

dari tubuh manusia.

c. Kekurangan

Menggunakan teknologi tinggi, sehingga mahal

2.7 Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan suatu proses untuk mendapatkan DNA murni yang

digunakan untuk keperluan pemeriksaan atau diagnose sentrifugasi. Sentrifugasi

merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul

komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian

bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Mader 193).

Isolasi DNA dengan teknik sentrifugasi akan mengendapkan DNA. Supaya

Hasil isolasi berupa DNA murni yang tidak tercampur dengan molekul-molekul

lain maka dalam proses isolasinya dicampurkan berbagai macam larutan.2

Ada lima tahap untuk melakukan isolasi DNA, yaitu16:

a. Isolasi jaringan

b. Dinding dan membrane sel dilisiskan

c. Diekstrasi dalam larutan

d. Dipurifikasi

e. Dipresifitasi

Bahan yang dibutuhkan untuk melakukan isolasi DNA yaitu21

a. Binding buffer, yang terdiri dari berbagai macam komponen yaitu:

1) NaCl : berfungsi untuk menstabilkan DNA sebagai rantai ganda

2) EDTA : akan berikatan dengan ion Mg sebagai komponen yang menjaga

regiditas sel

3) Detergen : yang akan merusak lapisan lipid, membantu melarutkan membran

dan berikatan dengan histon yang bermuatan positif.

4) Enzim protease : berfungsi untuk merusak protein

34

b. Isopropanol : tujuannya untuk melarutkan DNA, karena DNA merupakan

senyawan polar dan isopropanol besifat polar.

c. Colletion tube yang di lengkapi matriks silica gel, berfungsi untuk mengikat DNA.

d. Wash buffer : berfungsi untuk mencuri DNA

e. Elution buffer : berfungsi untuk melepaskan ikatan matriks dan silica gel dan DNA.

Langkah awal yang harus dikerjakan dalam rekayasa genetika sebelum

melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip dasar isolasi total DNA/RNA dari jaringan

adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk

ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan, DNA, dan RNA. Kemudian ekstrak sel

dipuri-fikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA/RNA total.16

Agar dapat digunakan untuk manipulasi, diagnosis, dan terapeutik, DNA dan

RNA harus diisolasi dalam bentuk dan jumlah yang sesuai. Metode terbaik untuk

isolasi DNA dan RNA dan perbanyakannya tergantung pada tujuan penggunaan.

Walaupun hampir semua teknik melibatkan banyak kerja dan membutuhkan sejumlah

besar materi awal, penggunaan kit dari berbagai perusahaan bioteknologi cukup

menyederhanakan isolasi DNA dan RNA. Isolasi baik secara klasik maupun dengan

menggunakan prinsip dasar yang sama sebagai berikut:

a. Isolasi DNA genom total.

DNA genom berupa untai ganda dan dapat diisolasi dari sel jenis apapun,

termasuk bakteri, ragi, tanaman dan binatang. Hasil isolasi DNA yang diinginkan

adalah DNA seutuh mungkin, tidak rusak dan memiliki berat molekul tinggi.

Sayangnya proses purifikasi DNA sendiri cenderung memutus rantai DNA

sehingga menurunkan berat molekulnya, namun tindakan yang hati-hati dapat

mengurangi hal ini.

b. Isolasi RNA seluler total

Beberapa jenis RNA dapat ditemukan dalam sel, termasuk messenger RNA

(mRNA), ribosomal RNA (rRNA), transfer RNA (tRNA) dan lain-lain.

Kebanyakan studi (Northernblot, RT-PCR) cukup menggunakan hasil isolasi RNA

seluler total. Berbeda dengan DNA, RNA berupa untai tunggal dan relatif tidak

stabil. Pada proses isolasi dan penyimpanan RNA harus sangat diperhatikan agar

RNA tidak terdegradasi oleh enzim RNAse yang banyak ditemukan di lingkungan.

35

Selama isolasi RNA, sel atau jaringan dihomogenisasikan dalam larutan yang

mengandung senyawa yang dapat menghambat kerja RNAse, misalnya guanidium

isotiosianat. Beberapa metode yang berbeda dapat digunakan untuk langkah

berikutnya yaitu pemisahan RNA dari DNA genom. Pada tahap akhir prosedur,

seperti juga pada isolasi DNA, RNA yang dipurifikasi dipresipitasi dengan etanol.

Larutan RNA dalam air harus disimpan dalam keadaan beku17.

c. Isolasi mRNA.

Untuk beberapa aplikasi, total RNA seluler tidak cukup baik digunakan. Dari

total RNA sebagian besar berupa rRNA, sedangkan mRNA hanya 13%. Untuk

membuat library gen yang diekspresi atau untuk mendeteki mRNA yang sangat

jarang/sedikit jumlahnya pada Northernblot, mengisolasi mRNA merupakan

langkah awal terpenting. Hampir semua mRNA mengandung adenilat (poly-

adenilated/polyA RNA), sehingga sifat ini dapat digunakan untuk menangkap dan

mengisolasi mRNA. Total RNA seluler dilewatkan melalui kolom atau resin

polydeoxythymine (kolom oligodT, polydT) yang terikat pada fase padat. RNA

yang tidak terikat akan hilang tercuci, sedangkan poly(A) RNA dapat dielusi pada

tahap berikutnya17.

2.8 Studi Kasus

1.1.1 Cara menentukan waktu kematian (time of death)19

Cara menentukan waktu kematian adalah melihat perubahan post mortem,

berikut ini3 :

a. Algor Mortis

Algor mortis, adalah suhu tubuh setelah kematian. Sederhananya, semakin

dingin tubuh, semakin lama orang tersebut sudah mati dan sebaliknya. Pada

dasarnya, tubuh kehilangan rata – rata sekitar 1,4 derajat Fahrenheit setiap

jam setalah kematian. Namun, hal ini juga dipengaruhi oleh ukuran tubuh,

ditutupi baju atau tidak, kelembapan udara, dan perendaman dalam air.

b. Rigor Mortis

Rigor Mortis dapat dikenali dari adanya kekakuan yang terjadi secara

bertahap sesuai dengan lamanya waktu pasca kematian hingga 24 jam

setelahnya. Rigor Mortis terjadi akibat hilangnya ATP dari otot-otot tubuh

36

manusia. ATP digunakan untuk memisahkan ikatan aktin dan myosin pada

otot sehingga otot dapat berelaksasi, dan hanya akan beregenerasi bila proses

metabolisme terjadi, sehingga bila seseorang mengalami kematian, proses

metabolismenya akan berhenti dan suplai ATP tidak akan terbentuk, sehingga

tubuh perlahan-lahan akan menjadi kaku seiring menipisnya jumlah ATP

pada otot.

Faktor utama yang mempengaruhi onset dan durasi kekakuan adalah:

1) Suhu lingkungan

2) Tingkat aktivitas otot sebelum kematian

Selain dua faktor diatas,  Onset relatif lebih cepat pada anak-anak dan

orang tua dibandingkan orang dewasa berotot.

c. Livor Mortis

Kebiruan adalah perubahan warna ungu gelap kulit akibat dari

gravitasipengumpulan darah di pembuluh darah dan bed kapiler setelah

penghentian sirkulasi. Proses ini dimulai segera setelah sirkulasi berhenti.

Livor mortis jelas diamati dari rona gelap kulit di mana darah mengalir dan

dikumpulkan. Hal ini menunjukkan bahwa livor mortis dapat menentukan

posisi meninggal dan bersama dengan perkiraan waktu kematian.

Kebiruan pertama terlihat sekitar 20-30 menit setelah kematian.Setelah

sekitar 10-12 jam kebiruan menjadi tetap, misalnya mayat rentan terhadap

posisi terlentang, akan menghasilkan pola ganda kebiruan sejak distribusi

utama tidak memudar sepenuhnya. Kebiruan mungkin sedikit muncul tak

lama sebelum kematiannya di individu dengan kegagalan sirkulasi

terminal. Sebaliknya, kebiruan mungkin tertunda pada orang dengan anemia

kronis atau perdarahan terminal besar.

d. Pembusukan

Pembusukan adalah kerusakan post mortem dari jaringan lunak tubuh

akibat aksi bakteri dan enzim (baik bakteri dan endogen). Kerusakan

jaringan akibat aksi enzim endogen sendiri dikenal sebagai autolisis. Hasil

pembusukan berawal dari pembubaran bertahap dari jaringan ke gas, cairan

37

dan garam. Perubahan utama yang dapat dilihat adalah perubahan warna,

evolusi gas, dan pencairan.

1) Pembusukan hingga 2 Hari

a) Sel autolisis

b) Ada warna hijau-ungu dari dekomposisi darah

c) Penampilan marmer pada kulit

d) Wajah berubah warna

2) Pembusukan hingga 4 Hari

a) Kulit terik

b) Bakteri dari usus akan menyebabkan perut membengkak, dari semua

gas (CO2) yang dihasilkan karena bakteri mencerna daging manusia

3) Pembusukan hingga 6-10 Hari

a) Cairan - cairan mulai bocor keluar dari lubang tubuh

b) Mata dan jaringan lunak lainnya menjadi cair

c) Kulit mulai / terus mencair

d) Seluruh tubuh akan dipenuhi dengan CO2. Cepat atau lambat, gas akan

menyebabkan rongga perut, bersama dengan dada, meledak dengan gas,

dan kemudian runtuh.

e) Suhu, penyakit sebelumnya, dan jumlah pakaian pada seseorang, dapat

mempengaruhi laju dekomposisi seseorang.

e. Adipocere

Adipocere adalah proses terbentuknya bahan yang berwarna keputihan,

lunak dan berminyak yang terjadi di dalam jaringan lunak tubuh

postmortem. Lemak akan terhidrolisis menjadi asam lemak bebas karena

kerja lipase endogen dan enzim bakteri.

Faktor yang mempermudah terbentuknya adipocere adalah kelembaban

dan suhu panas. Pembentukan adipocere membutuhkan waktu beberapa

minggu sampai beberap bulan. Adipocere relatif resisten terhadap

pembusukan.

38

f. Mummifikasi

Mummifikasi terjadi pada suhu panas dan kering sehingga tubuh akan

terdehidrasi dengan cepat. Mummifikasi terjadi pada 12-14 minggu. Jaringan

akan berubah menjadi keras, kering, warna coklat gelap, berkeriput dan tidak

membusuk.

g. Maserasi

Maserasi adalah autolisis aseptik janin yang telah meninggal dalam

kandungan dan tetap dikurung di dalam kandung ketuban. Pembusukan

bakteri berperan besar dalam proses ini. Biasanya perubahan memakan

waktu sekitar satu minggu untuk berkembang. 

h. Vitreous Humour Potassium

Kadar konsentrasi kalium humor vitreous juga dapat memperkirakan

waktu kematian.

1.1.2 Mekanisme Kematian pada Korban Tenggelam dalam Air Laut(20)

a. Konsentrasi elektrolit air asin > darah

b. Air akan ditarik ke sirkulasi pulmonal ke jaringan interstisial paru,

kemudian masuk kedalam jaringan paru dan menyebabkan endema paru

(pulmoner) dalam waktu singkat.

c. Pertukaran eketrolit dari air asin ke dalam darah akan mengakibatkan

meningkatnya hematocrit dan terjadi peningkatan kadar Na+ plasma.

d. Terjadi anoksia myocardium dan disertai dengan peningkatan viskositas

darah (hemokonsentrasi), dan kenaikan kadar Mg++ darah menyebabkan

aliran darah melambat, yang menimbulkan payah jantung dan kematian ( +

8 – 9 menit ) setelah tenggelam.

1.1.3 Ciri-ciri korban Tenggelam Pada Air Laut (air asin)

a. Paru-paru besar, berat dan basah

b. Warna tubuh, muka dan permukaan tubuh berwarna ungu atau kebiruan,

permukaan tampak megkilap.

c. Setelah air dikeluarkan dari rongga dada paru-paru terlihat mendatar dan

bila ditekan menjadi cekung

d. Bila diiris terdengar krepitasi, tanpa ditekan keluar banyak cairan.

39

e. Petekie (bintik merah kecil akibat keluarnya sejumlah kecil darah

f. Pembendungan otak, ginjal, hati dan limpa

g. Lambung dapat sangat membesar berisi pasir, lumpur dll.

h. Darah menjadi lebih gelap

i. Organ dalam mengalami kongesti kesimpulan tenggelam diair laut.

1.1.4 Metode Analisis yang Digunakan

Berdasarkan pemicu metode analisis yang tepat adalah dengan pemerikasaan

molekuler dan pencocokan DNA fingerprint.Sistematika analisis DNA fingerprint

sama dengan metode analisis ilmiah yang biasa dilakukan di laboratorium kimia.

Sistematika ini dimulai dari proses pengambilan sampel sampai ke analisis dengan

PCR. Pada pengambilan sampel dibutuhkan kehati-hatian dan kesterilan peralatan

yang digunakan. Setelah didapat sampel dari bagian tubuh tertentu, maka dilakukan

isolasi untuk mendapatkan sampel DNA.

Bahan kimia yang digunakan untuk isolasi adalah

PhenolchloroformdanChilex. Phenolchloroform biasa digunakan untuk isolasi darah

yang berbentuk cairan sedangkan Chilex digunakan untuk mengisolasi barang bukti

berupa rambut18.

Lama waktu proses tergantung dari kemudahan suatu sampel di isolasi, bisa

saja hanya beberapa hari atau bahkan bisa berbulan-bulan18. Tahapan selanjutnya

adalah sampel DNA dimasukkan kedalam mesin PCR. Langkah dasar penyusunan

DNA fingerprint dengan PCR yaitu dengan amplifikasi (pembesaran) sebuah set

potongan DNA yang urutannya belum diketahui. Prosedur ini dimulai dengan

mencampur sebuah primer amplifikasi dengan sampel genomik DNA. Satu nanogram

DNA sudah cukup untuk membuat plate reaksi. Jumlah sebesar itu dapat diperoleh

dari isolasi satu tetes darah kering, dari sel-sel yang melekat pada pangkal rambut atau

dari sampel jaringan apa saja yang ditemukan di TKP. Kemudian primer amplifikasi

tersebut digunakan untuk penjiplakan pada sampel DNA yang mempunyai urutan basa

yang cocok. Hasil akhirnya berupa kopi urutan DNA lengkap hasil amplifikasi dari

DNA Sampel18.

Selanjutnya kopi urutan DNA akan dikarakterisasi dengan elektroforesis untuk

melihat pola pitanya. Karena urutan DNA setiap orang berbeda maka jumlah dan

40

lokasi pita DNA (pola elektroforesis) setiap individu juga berbeda. Pola pita inilah

yang dimaksud DNA fingerprint. Adanya kesalahan bahwa kemiripan pola pita bisa

terjadi secara random (kebetulan) sangat kecil kemungkinannya, mungkin satu

diantara satu juta. Finishing dari metode ini adalah mencocokkan tipe-tipe DNA

fingerprint dengan pemilik sampel jaringan18

41

BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Identiifikasi molecular yang tepat untuk jenazah tersebut adalah dengan

pemeriksaan DNA. (Hipotesis diterima)

42

DAFTAR PUSTAKA

1. D Campbell NA. 2009. Biology. 8th ed. San Francisco: Pearson Benjamin

Cummings;. 1267 p.

2. Darnell J., Lodish H., and Batlimore D., 1990, Molecular Cell Biology, 2nd

edition, p. 99-76. Scientific American Book Inc: New York.

3. Marks B, et al. , 2000. Biokimia Kedokteran Dasar.Penerbit Buku Kedokteran.

EGC. Jakarta.

4. Champe PC, Harvey RA, Ferrier DR. 2010. Biokimia Ulasan Bergambar. 3rd

ed. EGC: Jakarta.

5. Murray RK. Harper’s illustrated biochemistry. New York: Lange Medical

Books/McGraw-Hill; 2006..

6. Fatchiyah, Estri LA, Sri W, Sri R. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta: 2011..

7. Indriati, E. Identifikasi Rangka manusia, Aplikasi Antropologi Biologis Dalam

Konteks Hukum. Dalam : Antropologi Forensik. Cetakan Pertama. Gadjah mada

University Press, Yogyakarta: 2004. h.1-46. .

8. Fatchiyah, Estri LA, Sri W, Sri R. Biologi Molekuler. 2011. Jakarta: Erlangga.

9. Bowen, R. Principles of gel electrophoresis; 2000

10. Nelson, et al. 2008. Lehninger Principles of Biochemistry. 5th ed. New York:

W. H. Freeman and Company.

11. Crow, et al. 2000. The Future of Forensic DNA Testing: Predictions of the

Research and Development Working Group. U.S. Department of Justice

12. Handoyo D, Rudiretna A. Prinsip umum dan pelaksanaan Polymerase Chain

Reaction (PCR). Surabaya: Universitas Surabaya; 2000

13. Fachtiyah, Arumnigtyas L. Manipulasi Gen & RFLP Analysis. Laboratorium

Biologi Molekuler dan Seluler. Malang: Universitas Brawijaya; 2006.

14. Agrawal S, Khan F, Talwar S, Nityanand S. Short tandem repeat technology has

diverse applications: individual identification, phylogenetic reconstruction and

chimerism based post haematopoietic stem cell transplantation graft monitoring.

Indian J Med Sci. 2004 Jul;58(7):297–304.

43

15. Hidayat J. Rancang Bangun Literatur. Jakarta : FT UI; 2008.

16. Lyrawati,D. (2004). DNA recombination and genetic techniques, transmission

of human disease and computer resources for the clinical and molecular

geneticist (transl.Indonesian). Agric. Fac. Unibraw Publ., Indonesia (ISBN 979-

508-543-3).

17. Pounder DJ. Time of Death. Scotland: University of Dundee; 1995.

18. Rizal,M.Wahyu.2005. TesDNA:MengendusJejakKejahatan. Majalah Natural Ed

. 11/Thn. VII/Agustus 2005. Bandar Lampung

19.Rizal, M. Wahyu. 2005.  TesDNA: Mengendus Jejak

Kejahatan. Majalah Natural Ed. 11/Thn. VII/Agustus 2005. Bandar Lampung

20. Hand book of forensic medicine & toxicology Medical jurisprudence)/ P. Vijay

Chadha: alih bahasa, Johan Hutauruk, Agnes Kartini. Jakarta: Widya Medika.

1995

44