BAB 1 Dan 4 Miniriset

7/21/2019 BAB 1 Dan 4 Miniriset

http://slidepdf.com/reader/full/bab-1-dan-4-miniriset 1/8

BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

DNA pada setiap spesies akan berbeda satu sama lainnya. Adanya perbedaan genetik

diantara individu atau organisme ini, kemudian melahirkan berbagai sistem identifikasi

berbasis DNA. NCBI merupakan situs yang menyimpan database sequence DNA pada

berbagai organisme di seluruh dunia. ekuen DNA ini dapat digunakan untuk berbagai

keperluan seperti hubungan kekerabatan, merancang primer, mencari gen tertentu yang

memiliki manfaat untuk manusia.

aat ini perkembangan bioteknologi molekuler cukup pesat. Besarnya database

sekuen biologi seperti DNA, !NA dan rangkaian protein tentu memerlukan sistem

penggalian data yang tepat dan terotomasi sehingga dapat mengurangi biaya penelitian.

"al ini kemudian melatarbelakangi pentingnya teknik analisis sekuen. Dasar analisis

sequence adalah untuk mengetahui hubungan beberapa sekuen. #roses ini dilakukan

dengan cara mense$a$arkan beberapa sequence kemudian menentukan bah%a dari hasil

pense$a$aran tersebut keduanya mempunyai keterkaitan atau tidak.

&ilogenetika digambarkan sebagai klasifikasi secara taksonomi dari suatu organisme

berdasarkan pada se$arah evolusi yaitu filogeninya mereka dan merupakan bagian

integral dari ilmu pengetahuan yang sistematik yang mempunyai tu$uan untuk

menentukan filogeni dari organisme berdasarkan pada karakteristiknya. Analisis

filogenetika sekuen asam amino dan protein biasanya akan men$adi %ilayah yang

penting dalam analisis sekuen. Analisis filogenetika $uga digunakan untuk mengikuti

perubahan yang ter$adi secara cepat yang mampu mengubah suatu spesies, seperti virus

'Dharyamanti, ()**+.

irus "*N* merupakan salah satu irus influen-a yang terganas dalam se$arah duniaadalah virus "*N* yang menyebabkan %abah panish &lu. abah yang ter$adi pada

tahun */*0 ini telah mengakibatkan korban *)) $uta $i%a, melebihi $umlah korban

#erang Dunia I. irus "*N* ini, merupakan virus avian influen-a yang telah berubah

sehingga mampu menginfeksi manusia dan menular dari manusia ke manusia. 1ini virus

influen-a sudah semakin berkembang hingga spesies virus "2N* yang beberapa tahun

ini men$adi sorotan khusus di dunia. irus "*N* ini banyak me%abah di daerah 3ropa

dan negara4negara bagiana di benua Amerika.



5leh karena itu, perlu dilakukan analisis filogenetika virus "*N* yang terdapat di

beberapa negara bagian Amerika. Anaisis ini dapat membantu untuk mengetahui

kekerabatan dan perubahan virus tersebut dari sistem evolusinya.

B. Rumusan Masalah

Bagaimana kekerabatan virus "*N* yang terdapat di negara bagian benua Amerika6

C. Tujuan

7ntuk mengetahui kekerabatan virus "*N* yang terdapat di negara bagian benua Amerika



BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasl

Gambar 3.1 Pohon Filogenetik 20 Jenis Virus H1N1 yang Berasal dari ota!

kota di Negara "#$



B. Pembahasan

8ambar 9.* #eta #ersebaran () :enis irus ())/ "*N* pada Berbagai 1ota di Amerika erikat

'sumber; map.google.co.id+

1eterangan ;

; irus ())/ "*N* 1elompok * ; ())/ "*N* 1elompok (

; <idak Berkelompok ; Outgroup



irus ())/ "*N* atau influen-a A merupakan virus influen-a baru yang

menyebabkan penyakit pada manusia. irus ini pertama kali terdeteksi pada orang di

Amerika erikat pada bulan April ())/. irus ini menyebar dari orang ke orang di seluruh

dunia dengan berbagai cara 'CDC, ()*)+. irus influen-a A dibagi men$adi subtipe

berdasarkan dua protein pada permukaan virus yaitu hemagglutinin '"+ dan neuraminidase

'N+. <erdapat *0 subtipe hemagglutinin dan ** subtipe neuraminidase yang berbeda. '"*

melalui "*0 dan N* melalui N**+ 'CDC, ()*9+.

#ada penelitian mini riset ini dianalisis kekerabatan () $enis virus ())/ "*N* atau

Influen-a A yang berasal dari berbagai kota yang berasal dari 7A dengan anggota

outgroupnya yaitu virus ())/ "*N* yang berasal dari =e>ico. Berdasarkan pohon

pilogenetik '8ambar ?.*+ yang telah dibuat dengan menggunakan aplikasi =ega9, virus ())/

"*N* terbagi ke dalam ( kelompok bersar yaitu;

*. irus ())/ "*N* yang berasal dari kota ashington, "a%aii, Dela%are,

1entucky, Ari-ona, =issouri, <e>as, Idaho, outh Dakota, Illinois, dan California.

(. irus ())/ "*N* yang berasal dari =ontana, 5hio, Ne%@ork, 7tah dan

=innesota.

Dari ke () $enis virus ini terdapat beberapa $enis virus yang tidak masuk ke dalam dua

kelompok besar di atas yaitu virus ())/ "*N* yang berasal dari kota isconsin,

#ennsylvania, ermont, dan !hodeIsland. #eta persebaran virus pada berbagai kota di 7A

dapat dilihat pada gambar 9.*.

Berdasarkan letak geografinya 'gambar 9.*+ dapat dilihat bah%a kelompok * virus

())/ "*N* menyebar luas di bagian tengah dan selatan 7A. 1elompok ini merupakan

kelompok yang memiliki anggota paling banyak diantara kelompok lainnya. Daerah4daerah

asal $enis virus ini merupakan daerah yang terkenal dan salah satunya merupakan ibu kota

7A, yang memungkinkan banyaknya pengun$ung atau pela$ar dari negara lain. "al ini akan

menyebabkan ter$adinya pertukaran atau percampuran gen. Adapun perbedaan genetik padakelompok ini disebabkan oleh akumulasi mutasi titik 'substitusi, delesi, insersi+ dan delesi

asam amino pada "emagglutinin yang berperan dalam pengikatan reseptor dan pelepasan

materi genetik ke host 'Budisma, ()*9; !ocha, dkk., *//*+.

Adapun persebaran dari kelompok ( sebagian besar terletak di tepi bagian utara 7A.

#erbedaan antara kelompok * dan ( ini diduga disebabkan karena pada kelompok ( ini telah

ter$adi aliran gen baik antar virus "*N* yang telah mengalami akumulasi mutasi titik ataupun

"*N* dari negara lain. elain itu, karakteristik kota Ne%@ork yang memiliki banyak

pengun$ung yang berasal dari luar negeri memungkinkan ter$adinya pertukaran maupun



pencampuran gen. =enurut itanto '())/+ mutasi genetik seringkali ter$adi sesuai dengan

lingkungan dan kondisi pada saat replikasinya. =utasi ini bertu$uan untuk mempertahankan

diri pada host serta mengikatkan virulensi. =utasi yang ter$adi pada "*N* dari negara lain

akan lebih besar, karena lingkungan replikasinya berbeda secara signifikan.

7ntuk beberapa $enis virus yang tidak masuk ke dalam kelompok * dan ( sebagian

besar terdapat di sebelah tepi bagian timur 7A. irus pada kelompok ini dimungkinkan

telah terdomestikasi dan tidak ter$adi banyak mutasi titik. "al ini disebabkan daerah ini tidak

termasuk kota4kota yang $arang dikun$ungi para turist asing sehingga kemungkinan untuk

ter$adinya pertukaran dan percampuran gen kecil.

BAB V

!ESIMPULAN

DA"TAR PUSTA!A

CDC 'Centers for Disease Control+. ()*). 2009 H1N1 Flu ("Swine Flu") and You. 5nline.

<ersedia; http;%%%.cdc.govh*n*fluqa.html Diakses *) Desember ()*2

CDC 'Centers for Disease Control+. ()*9. Types of nfluen!a iruses . 5nline. <ersedia;

http;%%%.cdc.govfluaboutvirusestypes.html Diakses *) Desember ()*2

Budisma. ()*2. #enye$a$ ariasi %eneti& . 5nline. <ersedia;

http;budisma.net()*2)(penyebab4variasi4genetik.html Diakses *) Desember

()*2

Dharyamanti, Indri N.#.. '()**+. Filogeneti&a 'ole&uler 'etode Ta&sonoi Organise

*erdasar&an Se+ara, -.olusi/ Balai Besar #enelitian eteriner. Bogor

itanto, Danang &ebry. ())/. nalisi ariasi %eneti& Heagglutinin 'atri&1 dan Non

Stru&tural 1 dari HN1 di ndonesia yang 'epengaru,i Ting&at #atogenitasnya

ter,adap 'anusia Se3ara in Sili3o. Depok; &akultas &#=I#A 7I.

BAB 1 Dan 4 Miniriset

Documents

Transcript of BAB 1 Dan 4 Miniriset