TESIS ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL …repository.unair.ac.id/30191/1/HALAMAN...

TESIS

ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI

PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO

Oleh:

FIRMAN SETIAWAN

PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS 1 (PPDS-1) MIKROBIOLOGI KLINIK

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA

2016

ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

TESIS POLA MRSA PEMBAWA GEN PENYANDI PVL FIRMAN SETIAWAN

TESIS

ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA

METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM,

SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO

Oleh:

Firman Setiawan

Pembimbing:

Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K)

Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K)



2016



HALAMAN PRASYARAT


PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO

KARYA AKHIR

Untuk Memperoleh Gelar Dokter Spesialis Mikrobiologi Klinik pada Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis

Universitas Airlangga

Oleh:

FIRMAN SETIAWAN

NIM: 011228226302



2016 Tanggal 1 Maret 2016



HALAMAN PENGESAHAN

Tesis ini telah disetujui dan disahkan pada tanggal 1 Maret 2016

Oleh

Pembimbing Ketua

Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K) NIP. 19510707 197903 1 003

Pembimbing

Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K) NIP. 19570307 198403 2 001

Mengetahui,

Koordinator Program Studi PPDS 1 Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga

Prof. Dr. Eddy Bagus Wasito, dr., M.S., Sp.MK(K) NIP. 19510221 197802 1 001



HALAMAN PENETAPAN PANITIA PENGUJI

Tesis ini telah diuji dan dinilai oleh panitia penguji

Pada tanggal 4 Maret 2016

Ketua Penguji :

Prof. Usman Hadi, dr., PhD., Sp.PD., K-PTI

Anggota Penguji:

1. Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K)

2. Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K)

3. Setio Harsono dr. MSi., SpMK(K)

4. Dr. Eko Budi Koendori dr., MS., Sp.MK

5. Dr. Budi Utomo, dr., M.Kes.



UCAPAN TERIMAKASIH

Segala puji bagi Allah Subhanahu wa Ta’ala yang telah menganugerahkan

kesempatan ini sehingga Saya dapat menyelesaikan tesis berjudul “Analisis

perbedaan pola distribusi gen PVL pada methicillin resistant Staphylococcus

aureus isolat dari pasien karier di bangsal bedah dan penyakit dalam, saat masuk

dan keluar RSUD Dr. Soetomo” sebagai syarat mendapat gelar Spesialis

Mikrobiologi Klinik pada Program Pendidikan Spesialis 1 (PPDS-1) Mikrobiologi

Klinik. sungguh tiada daya dan upaya selain dariNya. Shalawat dan salam dari

segala penjuru semesta semoga tercurah kepada Nabi Muhammad SAW, sebaik-

baik manusia, juga kepada keluarga dan sahabat beliau serta orang-orang yang

mengikuti jejak mereka.

Penelitian dan penulisan tesis ini dapat terlaksana dan selesai pada

waktunya berkat kontribusi dari berbagai pihak, oleh karena itu dengan penuh

ketulusan dan kerendahan hati Saya menyampaikan terimakasih tak terhingga,

penghormatan dan penghargaan setingi-tingginya kepada seluruh pihak yang

terlibat dalam hal ini.

Terimakasih kepada Rektor Universitas Airlangga, Prof. Dr. Moh. Nasih,

SE., MT., Ak, CMA beserta segenap jajarannya yang memberikan kesempatan

untuk menempuh pendidikan. Terimaksih kepada Dekan Fakultas Kedokteran

Universitas Airlangga Prof. Dr. Soetojo, dr., Sp.U beserta segenap jajarannya.

Terimakasih kepada Ketua Departemen Mikrobiologi Kedokteran Dr. Eko Budi

Koendori dr., MS., Sp.MK beserta segenap jajarannya.



Terimakasih kepada Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K) dan Prof.

Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K) selaku pembimbing utama dan

pembimbing kedua yang telah meluangkan waktu, memberikan perhatian,

bimbingan dan nasehat dalam setiap konsultasi serta doa restunya selama

penyelesaian tesis ini.

Terimakasih kepada tim penguji Prof. Usman Hadi, dr., PhD., Sp.PD., K-

PTI, Setio Harsono dr. MSi., SpMK(K), Dr. Eko Budi Koendori dr., MS., Sp.MK,

serta Dr. Budi Utomo, dr., M.Kes. atas masukan dan ilmu bermanfaat yang Saya

peroleh.

Terimakasih kepada Koordinator Program Studi PPDS-1 Mikrobiologi

Klinik Prof. Dr. Eddy Bagus Wasito, dr., M.S., Sp.MK(K), Sekretaris Program

Studi PPDS-1 Mikrobiologi Klinik Lindawati Alimsardjono, dr., M.Kes,

Sp.MK(K) serta seluruh Staf pengajar di Departemen Mikrobiologi. Terimakasih

pula kepada seluruh staf administratif dan laboran di Departemen Mikrobilogi atas

bantuan dan perhatian yang telah diberikan kepada Saya selama menempuh

pendidikan.

Terimakasih kepada Koordinator Program Studi Master Ilmu Kedokteran

Klinik Fakultas Kedokteran Universitas arilangga. Terimakasih pula kepada

seluruh staf administratif atas bantuan dan perhatian yang telah diberikan kepada

Saya selama menempuh pendidikan.

Terimakasih kepada Ayahnda tercinta dan Ibundaku tericinta, yang dengan

penuh kesabaran telah membesarkanku, selalu mendoakan, memberi dukungan,

motivasi, serta pelajaran tentang perjuangan hidup sehingga Saya dapat bertahan



dalam saat-saat sulit dan melewatinya dengan baik. Ya Tuhanku, kasihilah mereka

sebagaimana mereka telah mengasuh dan mengasihiku di waktu kecil, ampunilah

dosa-dosa mereka, berilah rahmat kepadanya, dan tempatkanlah mereka di tempat

yang mulia di sisiMu. .

Terimakasih kepada keluargaku atas kesabaran, dukungan dan

pengertiannya yang luar biasa, semoga Allah SWT meluaskan rezekinya,

meninggikan kedudukannya, memudahkan segala urusannya, dan membukakan

baginya semua pintu kebaikan. Anak-anakku terimakasih atas waktu yang tersita

ini dan kemandirian yang membanggakan hati.

Terimakasih dan segenap penghormatan kepada semua Ibu dan Bapak

Guruku yang telah mengabdikan usianya menjadi orang tua kedua kami, karena

tanpa ketulusan mereka Saya tidak akan menjadi seperti sekarang. Semoga Allah

SWT menjadikan pengabdian guru-guru kami sebagai amal jariah dan amal

ibadah yang pahalanya tidak pernah berhenti mengalir.

Terimakasih kepada teman-teman seperjuanganku kakak dan adik kelas

PPDS-1 Mikrobiologi Klinik atas bantuan dan dukungan yang telah diberikan.

Teman-teman dari magister Ilmu Kedokteran Dasar yang melakukan penelitian

bersama.

Terimakasih tak terhingga kepada seluruh pasien yang telah bersedia ikut

serta dalam penelitian ini. Semoga Allah Subhanahu wa Ta’ala memberikan

balasan atas segala kebaikan Bapak Ibu sekalian.

Terimakasih kepada semua pihak yang tidak dapat Saya cantumkan

namanya satu-persatu atas kontribusi dalam pelaksanaan penelitian dan penulisan



tesis ini. Semoga Allah SWT membalas semua budi baik Bapak/ Ibu/ Saudara

sekalian dan selalu melimpahkan berkah dan rahmatNya kepada kita.

Semoga tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua, dengan

penuh kerendahan hati Saya memohon maaf atas segala kekurangan.



RINGKASAN


PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO

Firman Setiawan

Staphylococcus aureus, patogen manusia penting adalah salah satu agen penyebab utama infeksi di dapat di rumah sakit. Meningkatnya angka kematian dan meningkatkan biaya kesehatan menjadi masalah global infeksi methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sehingga perlu penanganan serius baik di masyarakat dan di rumah sakit (Aschbacher et al., 2012). PVL adalah exotoxin spesifik yang di hasilkan oleh bakteri Staphylococcus aureus. Toksin PVL menyebabkan infeksi kulit dan necrotizing pneumonia (Moroney et al., 2007). Studi epidemiologis menunjukkan bahwa gen PVL terutama ditemukan di MSSA (Methicillin-Susceptible Staphylococcus aureus) dan CA-MRSA. Namun saat ini, gen PVL yang dibawa oleh strain HA-MRSA juga telah ditemukan (Motamedi et al., 2015). Penyebaran gen penyandi PVL belum dapat di jelaskan secara pasti, namun teori bacteriophage saat ini paling popular (Zhang et al., 2011). Angka kejadian MRSA ditemukan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik RSUD Dr Soetomo pada tahun 2015 sebanyak 138 isolat. MRSA di Irna medis sebanyak 53 (38,4%) isolat dan di irna bedah sebanyak 55 (39.9%) isolat dan di irna lain sebanyak 30 (21,7%) isolat (Data epicenter Lab. Mikrobiologi klinik RSUD. Dr. Soetomo). Sebagai dasar dari upaya pencegahan maka perlu dilakukan penelitian tentang pola distribusi HA-MRSA pembawa gen penyandi Panton-Valentine leukocidin (PVL) pada isolat bakteri di RSUD Dr. Soetomo. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mempelajari pola sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi Panton-Valentine leukocidin (PVL) yang diisolasi dari pasien karier di RSUD Dr. Soetomo. Penelitian ini merupakan penelitian analitik korelasi observasional dengan desain penelitian cross sectional study. Populasi dalam penelitian ini adalah semua isolat MRSA dengan gen MecA positif yang diambil dari pasien karier di bangsal bedah dan bangsal interna.

Hasil penelitian mendapatkan total subjek penelitian yang diteliti sebanyak 56 isolat. tipe SCCmec 100% adalah SCCmec tipe III. Jumlah isolat yang diperoleh dari pasien yang sama sebanyak 14 solat (7 pasang). pola resistensi antimikroba dari 7 pasang dari pasien yang sama terdapat 9 tipe stain dan tidak ada strain yang sama dalam satu pasien. sebaran 56 isolat HA-MRSA jumlah isolat HA-MRSA yang diperoleh di bangsal penyakit dalam sebanyak 25 (44,6%) isolat dan dari bangsal bedah sebanyak 31 (55.4%) isolat. Jumlah isolat HA-MRSA yang diperoleh pada saat masuk rumah sakit (MRS) sebanyak 25 (44,6%) isolat dan



saat keluar rumah sakit (KRS) sebanyak 31 (55.4%) isolat. jumlah isolat HA-MRSA yang diperoleh usapan di hidung sebanyak 28 (50.0%) isolat dan usapan di tenggorok sebanyak 28 (50.0%) isolat. total isolat yang dilakukan pemeriksaan kandungan gen penyandi PVL sebanyak 56 isolat dengan hasil tidak terdapat gen penyandi PVL diperoleh 49 (87.5%) isolat dan yang mengandung gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%) isolat. HA-MRSA yang mengandung Gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%) isolat dengan sebaran 5 (8,9%) isolat didapatkan pada di bangsal bedah dan 2 (3,6%) isolat didapatkan bangsal penyakit dalam. Hasil uji statistik menggunakan analisis Fisher Exact, didapatkan nilai p =0,310 (nilai p > α, dengan α =0,05) yang berarti tidak ada hubungan signifikan sebaran HA-MRSA yang mengandung gen penyandi PVL dengan jenis bangsal perawatan bedah atau penyakit dalam. Hasil analisis diperoleh nilai POR=0,452 yang berarti bahwa pasien yang dirawat di bangsal bedah beresiko terkolonisasi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL sebesar 0,452 kali dibandingkan dengan yang dirawat di bangsal medis. Nilai minimal IK 95% sebesar 0,080 yang berarti bahwa jenis bangsal perawatan konsisten sebagai faktor risiko kolonisasi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL. HA-MRSA yang mengandung Gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%) isolat dengan sebaran 3 (5,4%) isolat didapatkan pada waktu pengambilan sampel saat MRS dan 4 (7,1%) isolat didapatkan pada waktu penambilan sampel saat KRS. Hasil uji statistik menggunakan analisis Fisher Exact, didapatkan nilai p =0,623 (nilai p > α, dengan α =0,05) berarti tidak ada hubungan yang signifikan sebaran HA-MRSA yang mengandung gen penyandi PVL dengan waktu pengambilan sampel. Hasil analisis diperoleh nilai POR=0,290 yang berarti bahwa pasien yang di ambil sampel saat MRS beresiko terkolonisasi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL sebesar 0,290 kali dibandingkan dengan pasien yang di ambil sampel saat KRS. Nilai minimal IK 95% sebesar 0,186 yang berarti bahwa waktu pengambilan sampel konsisten sebagai faktor risiko kolonisasi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL. Kesimpulannya adalah besar prevalensi HA-MRSA berpeluang membawa gen penyandi PVL sebesar 7/56 (12,5%) yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo. Prevalensi pasien karier HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo sebesar 7/48 (14,58%). Tidak ada hubungan yang signifikan sebaran MRSA pembawa gen penyandi PVL yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo terhadap ruang perawatan. Hal ini berarti bahwa HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata baik di bangsal penyakit dalam maupun bangsal bedah. Tidak ada hubungan yang signifikan sebaran MRSA pembawa gen penyandi PVL yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo terhadap waktu pengambilan sampel. Hal ini berarti bahwa HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata baik saat MRS maupun KRS.



SUMMARY

ANALYSIS OF PVL GENE DISRIBUTION PATTERN OF METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus FROM PATIENT CARIAGE IN THE

MEDICAL AND SURGICAL WARD, WHEN ADMISSION AND DISCHARGE, Dr. SOETOMO GENENAL HOSPITAL

Firman Setiawan

Staphylococcus aureus, an important human pathogen is one of the main causative agents of infections may be hospitalized. Increased mortality and increase healthcare costs become a global problem for the infection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) needs serious handling both in the community and in hospitals (Aschbacher et al., 2012). PVL is the specific exotoxin produced by the bacterium Staphylococcus aureus. PVL toxin causes skin infections and necrotizing pneumonia (Moroney et al., 2007). Epidemiological studies indicate that PVL genes mainly found in MSSA (methicillin-susceptible Staphylococcus aureus) and CA-MRSA. But this time, PVL gene carried by HA-MRSA strains have also been found (Motamedi et al., 2015). The spread of the gene encoding PVL can not be described exactly, but the theory is currently the most popular bacteriophage (Zhang et al., 2011). The incidence of MRSA was found in the Clinical Microbiology Laboratory Dr Soetomo Hospital in 2015 as many as 138 isolates. MRSA in medical Irna as many as 53 (38.4%) isolates and surgical IRNA as many as 55 (39.9%) isolates and in other IRNA as many as 30 (21.7%) isolates (Data epicenter Lab, Microbiology Clinic Hospital. Dr. Soetomo) , As the basis of prevention is necessary to do research on the distribution pattern of HA-MRSA carriers of the gene encoding Panton-Valentine leukocidin (PVL) in isolates of bacteria in hospitals Dr. Soetomo. The purpose of this research is to study the distribution pattern of HA-MRSA carriers of the gene encoding Panton-Valentine leukocidin (PVL) were isolated from patients career in Hospital Dr. Soetomo.

This research was observational analytic correlation with cross sectional study design . The population in this study were all isolates of MRSA with mecA gene positive were taken from the patient and the surgical wards career in internal wards .

The results of a study reported a total of research subjects studied by 56 isolates. SCCmec type 100% is SCCmec type III. The number of isolates obtained from the same patients as much as 14 solat (7 pairs). antimicrobial resistance patterns of 7 pairs from the same patients, there are 9 types of stain and no same strain in one patient. 56 distribution of HA-MRSA isolates the amount of HA-MRSA isolates obtained in the ward of disease in as many as 25 (44.6%) isolates



and from the surgical ward as much as 31 (55.4%) isolates. Number of HA-MRSA isolates obtained at the time of hospital admission (MRS) by 25 (44.6%) isolates and at discharge (KRS) by 31 (55.4%) isolates. the number of HA-MRSA isolates obtained nasal swabs were 28 (50.0%) isolates and throat swabs in as many as 28 (50.0%) isolates. total isolates that do prenatal gene encoding PVL by 56 isolates with the result that there is a gene encoding PVL obtained 49 (87.5%) isolates and containing genes encoding PVL 7 (12.5%) isolates.

HA-MRSA-containing genes encoding PVL 7 (12.5%) isolates with a distribution of 5 (8.9%) isolates were obtained on at the surgical ward and 2 (3.6%) isolates obtained in medical wards. Statistical test results analysis using the Fisher Exact, p value = 0.310 (p-value > α, with α = 0.05), which means there is no significant correlation distribution of HA-MRSA-containing genes encoding PVL with the type of surgical wards or medical wards. The results obtained by analysis of the value of POR = 0.452, which means that patients admitted to the surgical ward at risk colonized with HA-MRSA carriers of genes encoding PVL 0,452 times compared to those admitted to the medical ward. CI minimum value of 95% amounting to 0.080, which means that the type of care ward consistent risk factors for HA-MRSA colonization carrier of the gene encoding PVL. HA-MRSA-containing Genes encoding PVL 7 (12.5%) isolates with a distribution of 3 (5.4%) isolates were obtained at sampling time when the admission and 4 (7.1%) isolates were obtained at the time when the sampling time when the discharge, Statistical test results analysis using the Fisher Exact, p value = 0.623 (p-value > α, with α = 0.05) means there is no significant relationship distribution of HA-MRSA-containing genes encoding PVL with a sampling time. The results obtained by analysis of the value of POR = 0.290, which means that patients in grab samples currently at risk MRS colonized with HA-MRSA carriers of genes encoding PVL 0.290 times compared with patients who took the sample when KRS. CI minimum value of 95% amounting to 0.186, which means that the sampling time consistent risk factors for HA-MRSA colonization carrier of the gene encoding PVL.

The conclusion is that the prevalence of HA - MRSA great chance of carrying the gene encoding PVL 7/56 (12.5%) were in isolation from Tien career at Dr Soetomo . The prevalence of patients career HA - MRSA carriers of the gene encoding PVL that in isolation from patient career at Dr Soetomo of 7/48 (14.58%). There was no significant correlation distribution of genes encoding PVL MRSA carriers are in isolation from patient at medical and surgical wards. This means that the HA - MRSA carriers of genes encoding PVL spread evenly in both the medical and surgical ward. There was no significant correlation distribution of genes encoding PVL MRSA carriers are in isolation from patient at Dr Soetomo wirh the time of sampling. This means that the HA - MRSA carriers of genes encoding PVL spread evenly when admission and discharge.



ABSTRAK

ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA

METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM,

SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO

Firman Setiawan

Latar belakang: Meningkatnya angka kematian dan meningkatkan biaya kesehatan menjadi masalah global infeksi methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sehingga perlu penanganan serius baik di masyarakat dan di rumah sakit. Risiko prevalensi strain HA-MRSA pembawa PVL - positif adalah masalah serius yang dapat mengakibatkan munculnya multidrug - resistant HA - MRSA isolat dengan peningkatan virulensi. Tujuan: mempelajari pola sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi Panton-Valentine leukocidin (PVL) yang diisolasi dari pasien karier di RSUD Dr. Soetomo. Metode: penelitian analitik korelasi observasional dengan desain penelitian cross sectional study. Populasi dalam penelitian ini adalah semua isolat MRSA dengan gen MecA positif yang diambil dari pasien karier di bangsal bedah dan bangsal interna. Hasil: HA-MRSA yang mengandung Gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%) isolat. Bangsal bedah didapatkan 5 (8,9%) dan di bangsal penyakit dalam 2 (3,6%) isolat. Hasil uji statistik (Fisher Exact test), didapatkan nilai p =0,310, nilai POR=0,452; nilai minimal IK 95% sebesar 0,080. Pada saat MRS didapatkan 3 (5,4%) isolat didapatkan dan pada saat KRS 4 (7,1%) isolate. Hasil uji statistik (Fisher Exact test), didapatkan nilai p =0,623 nilai POR=0,290 Nilai minimal IK 95% sebesar 0,186. Kesimpulan: HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata di bangsal penyakit dalam maupun bangsal bedah. HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata pada saat MRS maupun KRS. Kata kunci: MRSA, gen penyandi PVL, RSUD Dr. Soetomo.



ABSTRACT

ANALYSIS OF PVL GENE DISRIBUTION PATTERN OF METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus FROM PATIENT CARIAGE IN THE

MEDICAL AND SURGICAL WARD, WHEN ADMISSION AND DISCHARGE, Dr. SOETOMO GENENAL HOSPITAL

Firman Setiawan

Background: Increased mortality and increase healthcare costs become a global problem for the infection of methicillin - resistant Staphylococcus aureus (MRSA) that need serious attention both in the community and in hospitals. Risk prevalence of HA - MRSA strains carrying PVL-positive is a serious problem that could lead to the emergence of multidrug - resistant HA - MRSA isolates with increased virulence. Objective: study the distribution pattern of HA - MRSA carriers of the gene encoding Panton-Valentine leukocidin (PVL) were isolated from patients career in Dr. Soetomo Hospital. Methods: The study was observational analytic correlation with cross sectional study design. The population in this study were all isolates of MRSA with mecA gene positive were taken from the patient career in the surgical wards and in medical wards. Results: we found that HA-MRSA-containing Genes encoding PVL 7 (12.5 %) isolates. Surgical ward obtained 5 (8.9 %) and in the medical ward is 2 (3.6 %) isolates. The results of statistical tests (Fisher Exact test), p value = 0.310, the value of POR = 0.452; CI 95 % minimum value 95 % of 0.080. At the time of admission obtained 3 (5.4%) isolates were obtained and when discharge is 4 (7.1%) isolates. The results of statistical tests (Fisher Exact test), p value = 0.623 POR value = 0.290 CI 95 % minimum value of 0.186. Conclusion: HA - MRSA carriers of the gene encoding PVL spread evenly in the medical ward and surgical ward. HA - MRSA carriers of genes encoding PVL spread evenly when admission and discharge. Keywords: MRSA, PVL gene, Dr. Soetomo Hospital.



DAFTAR ISI

Halaman SAMPUL DEPAN .......................................................................................... i SAMPUL DALAM ......................................................................................... ii HALAMAN PRASYARAT............................................................................. iii LEMBAR PENGESAHAN ............................................................................ iv PENETAPAN PANITIA PENGUJI TESIS..................................................... v UCAPAN TERIMA KASIH ........................................................................... vi RINGKASAN ................................................................................................. x SUMMARY ...................................................................................................... xii ABSTRAK ...................................................................................................... xiv ABSTRACT ...................................................................................................... xv DAFTAR ISI ................................................................................................... xvi DAFTAR TABEL ........................................................................................... xix DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... xx DAFTAR ISTILAH DAN SINGKATAN ...................................................... xxi DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................... xxii BAB 1. PENDAHULUAN ............................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ....................................................................................... 1 1.2 Rumusan Masalah .................................................................................. 5 1.3 Tujuan Penelitian .................................................................................... 5

1.3.1 Tujuan umum ................................................................................ 5 1.3.2 Tujuan khusus ............................................................................... 6

1.4 Manfaat Penelitian ................................................................................... 6 1.4.1 Manfaat teoritis ............................................................................. 6 1.4.2 Manfaat praktis ............................................................................. 6

BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA ...................................................................... 7 2.1 Bakteri Staphylococcus aureus ................................................................ 7

2.1.1 Sifat umum bakteri Staphylococcus aureus ................................ 7 2.1.2 Kolonisasi S. aureus .................................................................... 8

2.2 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) ............................ 9 2.2.1 Gambaran umum MRSA ............................................................. 9 2.2.2 Resistensi MRSA terhadap antimikroba ................................... 12 2.2.3 Epidemiologi MRSA ................................................................... 13 2.2.4 Pencegahan dan pengendalian MRSA......................................... 14

2.3 Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) .......................... 16 2.3.1 Karakteristik umum SCCmec ...................................................... 17 2.3.2 Tipe SCCmec pada MRSA ........................................................... 18 2.3.3 Virulensi terkait SCCmec ............................................................ 20



2.4 Toksin Panton-Valentine Leukocidin (PVL) ........................................... 22 2.5 Fag Pembawa PVL ................................................................................... 25

BAB 3. KERANGKA KONSEP DAN HIPOTESIS ..................................... 26

3.1 Kerangka Konsep ..................................................................................... 26 3.2 Penjabaran Kerangka Konsep .................................................................. 27 3.3 Hipotesis Penelitian ................................................................................. 28

BAB 4. METODE PENELITIAN ................................................................... 29 4.1 Jenis dan Rancangan Penelitian .............................................................. 29 Jenis penelitian ........................................................................................ 29 Rancangan penelitian .............................................................................. 29 4.2 Populasi, Sampel, Besar dan Teknik Pengambilan Sampel .................... 30

4.2.1 Populasi sampel ............................................................................. 30 4.2.2 Besar sampel ................................................................................. 30 4.2.3 Kriteria penerimaan sampel............................................................ 30 4.3.4 Tehnik pengambilan sampel ........................................................... 30

4.3 Variabel Penelitian Dan Definisi Operasional ......................................... 31 4.3.1. Variabel penelitian ....................................................................... 31 4.3.2. Definisi operasional ....................................................................... 31 4.4 Bahan Penelitian ...................................................................................... 32 4.5 Instrumen Penelitian ................................................................................ 32 4.6 Prosedur Pengumpulan Data ................................................................... 32 4.7 Kerangka Operasional Penelitian ............................................................. 34 4.8 Lokasi dan Waktu Penelitian ................................................................... 34

4.8.1 Lokasi penelitian ........................................................................... 34 4.8.2 Waktu penelitian ........................................................................... 35

4.8 Cara Pengolahan dan Analisis Data ......................................................... 35

BAB 5. HASIL PENELITIAN DAN ANALISIS DATA ............................... 37

5.1. Profil RSUD Dr Soetomo ........................................................................ 37 5.2. Hasil Penelitian ...................................................................................... 38

5.2.1. Analisis distribusi frekuensi ........................................................ 39 5.2.2. Hasil pengukuran ......................................................................... 41

5.3. Analisis Bivariat ..................................................................................... 42 BAB 6. PEMBAHASAN .................................................................................. 44

6.1. Tipe SCCmec pada HA-MRSA di RSUD Dr Soetomo .......................... 44 6.2. Prevalensi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL ............................ 44 6.3. Hubungan sebaran MRSA pembawa gen PVL terhadap jenis bangsal

perawatan ............................................................................................... 45



6.4. Hubungan sebaran MRSA pembawa gen PVL terhadap waktu pengambilan sampel ................................................................................ 46

BAB 7. KESIMPULAN DAN SARAN ............................................................ 47

7.1. Kesimpulan ............................................................................................. 47 7.2. Saran ....................................................................................................... 48

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 49 LAMPIRAN ....................................................................................................... 55



DAFTAR TABEL

Tabel 4.1 : Jadwal Penelitian ............................................................................ 35

Tabel 5.1 : Distribusi frekuensi isolat HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo

berdasarkan bangsal perawatan . ................................................... 39

Tabel 5.2 : Distribusi frekuensi Isolat HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo

berdasarkan waktu pengambilan sampel ....................................... 40

Tabel 5.3 : Distribusi frekuensi Isolat HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo

berdasarkan asal isolate ................................................................ 40

Tabel 5.4 : Distribusi frekuensi kandungan gen penyandi PVL pada Isolat

HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo ............................................... 40

Tabel 5.5 : Sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL berdasar

bangsal perawatan di RSUD Dr. Soetomo .................................... 41

Tabel 5.6 : Sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL berdasarkan

waktu pengambilan sampel di RSUD Dr. Soetomo ..................... 41

Tabel. 5.7 : Analisis Mann-Whitney sebaran MRSA pembawa gen PVL

antara bangsal bedah dengan bangsal penyakit dalam .................. 42

Tabel. 5.8 : Analisis Mann-Whitney MRSA pembawa gen PVL antara saat

MRS dengan saat KRS ................................................................. 43



DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 : Skema integrasi dan akuisisi SCCmec ................................... 17

Gambar 2.2 : Virulensi terkait SCCmec ...................................................... 21

Gambar 2.3 : Skema Gen Luks-PV dan lukF-PV ........................................ 24

Gambar 3.1 : Kerangka konsep .................................................................... 26

Gambar 4.1 : Skema rancangan penelitian ................................................... 29

Gambar 4.2 : Kerangka operasional penelitian ............................................ 34

Gambar 5.1 : Pola resistensi antimikroba bakteri HA-MRSA pembawa gen

penyandi PVL yang berpasangan di RSUD Dr Soetomo. ..... 39



DAFTAR ISTILAH DAN SINGKATAN

CA-MRSA : Community Associated Methicillin Resistant Staphylococcus

aureus

CDC : Center for Disease Control and Prevention

EtBr : Ethidium Bromide

HA-MRSA : Healthcare Associated Methicillin Resistant Staphylococcus aureus

IRNA : Instalasi Rawat Inap

MRSA : Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus

MSLT : multy locus sequence typing

MSSA : Methicillin-Susceptible Staphylococcus aureus

ORFs : open reading frames

PFGE : pulsed – field gel electrophoresis

PVL : Panton Valentine Leukocidin

RNA : Ribonucleic acid

RSUD : Rumah Sakit Umum Daerah

SCCmec : Staphylococcal Cassette Chromosome mec

SDA : Saboraud Dextrose Agar

TAE : Tris acetat EDTA

TBE : Tris Boreate EDTA

Unair : Universitas Airlangga

WHO : World Health Organization



DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Surat Kelaikan Etik

Lampiran 2. Analisis statistik

Lampiran 3. Sub culture

Lampiran 4. SCCmec

Lampiran 5. Elektroforesis PVL



TESIS ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL …repository.unair.ac.id/30191/1/HALAMAN...

Documents

Transcript of TESIS ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL …repository.unair.ac.id/30191/1/HALAMAN...