MAKALAH BIOKIMIA
description
Transcript of MAKALAH BIOKIMIA
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
terdapat informasi genetik. Mengapa dinamakan asam nukleat karena
keberadaan umumnya didalam inti sel (nukleus). Asam nukleat disebut juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya.
Setiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).Asam
nukleat terdiri dari Asam deoksiribonukleat (DNA) dan Asam
ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta
pada virus.
Nukleotida adalah subunit yang terkait untuk membentuk asam nukleat
asam ribonukleat (RNA) dan asam deoksiribonukleat (DNA), yang berfungsi
sebagai gudang sel informasi genetik. Nukleotida bebas memainkan peran
penting dalam isyarat sel dan metabolisme, melayani operator dengan nyaman
dan universal energi metabolisme dan energi tinggi elektron
1
1.2 Rumusan Masalah
1. Apa pengertian asam nukleat?
2. Apa pengertian dari nukleotida?
3. Apa saja sifat-sifat dan fungsi dari DNA dan RNA?
4. Bagaimana struktur dari DNA dan RNA?
5. Apa saja perbedaan antara DNA dan RNA?
1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian asam nukleat
2. Untuk mengetahui pengertian nukleotida
3. Untuk mengetahui sifat-sifat dan fungsi dari DNA dan RNA
4. Untuk mengetahui struktur dari DNA dan RNA
5. Untuk mengetahui perbedaan antara DNA dan RNA
2
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Asam Nukleat
Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yang berperan dalam
penyimpanan serta pemindahan informasi genetik (polinukleotida). Asam
nukleat terdiri dari Asam deoksiribonukleat (DNA) dan Asam
ribonukleat (RNA). Pengertian dan definisi Asam Nukleat.
Asam nukleat adalah senyawa kimia yang terdapat di dalam inti sel
(Nukleus). Asam nukleat merupakan suatu polimer nukleotida yg berperanan
dlm penyimpanan serta pemindahan informasi genetik yang berhubungan
dengan pewarisan sifat turunan. Fungsi asam nukleat adalah sebagai pembawa
informasi genetik yang mengatur pemunculan sifat suatu makhluk hidup.
Asam nukleat ditemukan di segala jenis sel makhluk hidup. Disamping sebagai
penyimpan informasi genetik, asam nukleat juga berperan dalam peyampai
pesan kedua, serta pembentuk molekul dasar dalam pembentukan adenosin
trifosfat.
Komponen Penyusun Asam Nukleat
1. Basa Nitrogen Heterosiklik
Basa nitrogen heterosiklik yang merupakan penyusun asam nukleat
adalah turunan Purina dan pirimidina.
a) Purina dan turunannya
Purina atau purin adalah senyawa heterosiklik majemuk yang
mempunyai lingkar pirimidina dan imidazol yang berimit. Turunan
3
purina yang merupakan penyusun asam nukleat adalah adenine
atau 6-aminopurina dan guanine atau 2-amino-6-oksipurina.
b) Pirimidina dan turun-turunannya
Pirimidina atau pirimidin termasuk senyawa heterosiklik sederhana
lingkar 6, dengan 2 atom nitrogen sebagai heteroatomnya.
Turunan-turunan pirimidina yang meupakan penyusun asam
nukleat adalah sitosin atau 2-oksi-4-aminopirimidina yang
disingkat C, timin atau 2, 4-dioksi-5-metilpirimidina yang
disingkat T dan urasil atau 2, 4-dioksipirimidina yang disingkat U.
2. Pentosa atau Gula Penyusun
Pentose yang menyusun asam nukleotida adalah ribose dan 2-
deoksiribosa. Dalam struktur kimia asam nukleat, kedua pentose
tersebut terdapat dalam bentuk lingkar furanosa. Ribose merupakan
penyusun RNA dan 2-deoksiribosa merupakan penyusun DNA
3. Fosfat Penyusun
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam ortofosfat.
Fosfat ini berupa kristal berbentuk orto-rombik, tak stabil dan melebur
pada suhu 42,350C. Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan
bervalensi tiga jenis garam natrium. Garam natrium tersebut dapat
terbentuk pada suhu kamar yaitu, Natrium fosfat Na3PO4, Natrium
hidrogen fosfat Na2HPO4, dan Natrium dihidrogen fosfat NaH2PO4
Sifat-Sifat Asam Nukleat
4
1. Stabilitas asam nukleat
Ketika melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau struktur
sekunder RNA, sepintas akan terlihat bahwa struktur tersebut menjadi
stabil karena adanya ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen di antara
pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan
hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam
bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh
terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi hanya sekedar
menentukan spesifitas perpasangan basa.
2. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu
lebih dari 100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna
menjadi komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral
yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin
saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.
3. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH
akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto
menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah
proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya
sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan
5
pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis
bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C
nomor 2 di dalam gula ribosanya.
4. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif
tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen.
Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang
dan rantai ganda mengalami denaturasi.
5. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat
tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat
mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut
berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang
relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang
tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan
terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
6. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan
apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung
garam pekat dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid
6
(CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan
tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan
kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan
bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan.
Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang
sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient
centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
2.2 Defenisi Nukleotida
Nukleotida adalah satu nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat.
Di dalam molekul DNA atau RNA, nukleotida berikatan dengan nukleotida
yang lain melalui ikatan fosfodiester. Nukleotida yang mengandung
deoksiribosa disebut deoksiribonukleotida, sedangkan yang mengandung
ribosa disebut sebagai ribonukleotida
Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat.
Molekul nukleosida terdiri atas pentosa (deoksiribosa atau ribosa) yang
mengikat suatu basa (deriva purin atau pirimidin). Jadi apabila suatu
nukleoprotein dihidrolisis sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat,
pentosa dan basa purin atau pirimidin
Dalam alam nukleosida terutama terdapat dalam bentuk ester fosfat
yang disebut nukleotida. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau
berikatan dengan sesama nukleotida membentuk asam nukleat. Dalam
7
molekul nukleotida gugus fosfat terikat oleh pentosa pada atom C-
5(Poedjiadi, 1994: 131).
Beberapa nukleotida lain ialah sebagai berikut:
Adenin nukleotida
(Asam Adenilat)Atau Adenosinmonofosfat
(AMP)
Guanin nukleotida
(Asam guanilat)Atau Guanosinmonofosfat
(GMP)
Hipoksantin nukleotida
(Asam inosinat)Atau Inosinmonofosfat (IMP)
Urasil nukleotida
(Asam uridilat)Atau Uridinmonofosfat (UMP)
Sitidin nukleotida
(Asam sitidilat)Atau Sitidinmonofosfat (SMP)
Timin nukleotida
(Asam timidilat)Atau Timidinmonofosfat (TMP)
Dalam pembahasan selanjutnya nama nukleotida ditulis dalam bentuk
singkatan saja seperti yang tertera didalam kurung. Apabila pentosanya
deoksiribosa, maka ditambah deoksi dimuka nama nukleotida tersebut.
Misalnya deoksiadosin monosfat atau dsingkat dAMP (Poedjiadi, 1994: 131).
Nukleosida purin memiliki ikatan β-glikosida dari N-9 pada basa ke C-
1 pada gula. Dalam nukleosida pirimidin, ikatan ini yakni dari N-1 pada basa
ke C-1 pada gula (Ngili, 2013: 293). Pada umumnya nukleosida diberi nama
sesuai dengan nama basa purin atau basa pirimidin yang membentuknya
beberapa nukleosida (Poedjiadi, 1994: 130). berikut ini ialah Nukleosida. Di
dalam struktur asam nukleat, pirimidin atau purin berkaitan dengan gula (2-
deoksi-D-ribosa atau D-ribosa) membentuk suatu nukleosida. Nukleosida
8
yang mengandung deoksiribosa disebut deoksiribonukleosida, dan yang
mengandung ribosa disebut ribonukleosidayang membentuk dari basa purin
atau basa pirimidin dengan ribosa :
Adenin nukleosida Atau Adenosin
Guanin nukleosida Atau Guanosin
Urasil nukleosida Atau Uridin
Timin nukleosida Atau Timidin
Sitosin nukleosida Atau Sitidin
Perbedaan Nukleotida dan Nukleosida
1. Nukleotida adalah blok bangunan DNA atau RNA, dan terdiri dari Basa
nukleotida, gula lima karbon, dan gugus fosfat.
2. Nukleosida adalah hasil akhir dari nukleotida pecah, yang mengandung
ikatan Basa nukleotida untuk gula. (sumber: education-portal.com)
2.3 Sifat-sifat dan Fungsi dari DNA dan RNA
2.3.1 Asam Deoksiribonukleat ( DNA)
Selain di dalam nukleus, DNA dapat ditemukan pada organel
mitokondria, plastida, dan sitoplasma (dalam jumlah yang sedikit). DNA
merupakan komponen yang ditemukan secara ekslusif di dalam kromosom
Sifat-sifat DNA
1. Merupakan material kromosom sebagai pembawa informasi
genetik, melalui aktivitas pembelahan sel
2. Tebalnya 20 Å (Amstrong) dan panjangnya beribu-ribu Å (1 Å
= 10-10 meter).
9
3. Dapat melakukan replikasi, yaitu membentuk turunan atau
menggandakan diri. DNA hasil replikasi ( DNA anak) memiliki
urutan basa yang identik dengan yang dimiliki oleh heliks ganda
parental ( DNA induk).
4. Pada sel organisme prokariotik (bakteri), DNA berantai
tunggal. Pada sel eukariotik, DNA berupa heliks (rantai) ganda.
5. Pada suhu mendekati titik didih atau pada pH yang ekstrim (kurang
dari 3 atau lebih dari 10), DNA mengalami denaturasi (membuka).
Jika lingkungan dikembalikan seperti semula, DNA dapat kembali
membentuk heliks ganda, disebut renaturasi
Fungsi DNA
DNA memiliki beberapa fungsi di antaranya
1. Membawa informasi genetik, membentuk RNA
2. Mengontrol aktivitas sel baik secara langsung maupun tidak
langsung.
3. DNA juga berperan penting dalam proses sintesis protein.
2.3.2 Asam Ribonukleat (RNA)
RNA (Asam Ribonukleat) adalah rangkaian nukleotida yang saling
terikat seperti rantai. RNA merupakan hasil dari transkripsi dari suatu
fragmen DNA, sehingga RNA sebagai polimer yang jauh lebih pendek jika
dibandingkan DNA. Berbeda dengan DNA yang umumnya dijumpai
dalam inti sel, Kebanyak dari RNA terdapat dalam sitoplasma, khususnya
di ribosom.
10
RNA terdiri dari rantai poliribonukleotida yang basa-basanya
biasanya adalaha adenin, guanin, urasil, dan citosin. RNA berada dalam
nukelus maupun sitoplasma sel. Bergam bentuk dari RNA lebih banyak
dari pada DNA. RNA mempunyai berat molekul antara 25.000 sampai
dengan beberapa juta. Umumnya RNA berisi rantai polinukleotida tunggal,
tetapi rantai yang biasa terlipat membentuk daerah heliks ganda yang
mengandung pasangan basa A:U dan G:C.
Molekul RNA memiliki bentuk yang berbeda dengan DNA. RNA
mempunyai bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA
merupakan polinukleotida yang tersusun dari banyak ribonukleotida.
Setiap ribonukleotida tersusun dari gula ribosa, basa nitrogen dan asam
fosfat. Basa dari nitrogen RNA terbagi menjadi dua yaitu basa purin dan
basa pirimidin. Basa purin sama dengan DNA yang tersusun dari adenin
(A) dan guanin (G), sedangkan pada basa pirimidinnya berbeda dengan
DNA yakni tersusun dari sitosin (C) dan urasil (U).
Tulang Panggung RNA tersusun dari deretan ribosa dan fosfat.
Ribonuleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleoplasma dengan
bentuk nukleosida trifosfat, misalnya adenosin trifosfat (ATP), Guanosin
Trifosfat (GTP), Sistidin Trifosfat (CTP), dan Uridin Trifosfat (UTP).
RNA disintetis oleh DNA yang berada di inti sel dengan menggunakan
DNA sebagai cetakannya.
Sifat-sifat RNA
11
1. Ditemukan didalam sitoplasma, terutama didalam ribosom, dan juga
nucleus
2. Berupa rantai pendek dan tunggal
3. Fungsinya berhubungan erat dengan sintesis protein
Fungsi RNA
1. Sebagai penyimpan informasi
2. Sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi
genetik karena berlaku untuk organisme hidup.
Jenis-Jenis RNA
RNA terdapat tiga tipe utama atau tiga jenis utama yaitu sebagai berikut..
1. Transfer RNA (tRNA)
RNA yang dibentuk dari dalam nukleus, tetapi menempatkan diri dalam
sitoplasma. tRNA merupakan RNA yang terpendek dan bertindak
sebagai penerjemah kodon dari mRNA. tRNA mempunyai proporsi
nukleosida yang lebih relatif tinggi. Transfer RNA (transfer-
Ribonucleic acid) atau asam ribonukleat transfer adalah molekul yang
menginterpretasikan pesan genetik berupa serangkaian kodon yang
disepanjang molekul mRNA dengan cara mentransfer asam-asam
amino ke ribosom dalam proses translasi.
Tiap tRNA mengandung suatu sekuen dengan tiga rangkaian
basa pendek. Seluruh ujung 3' tRNA mengandung sekuen SSA yang
berseberangan dengan sekuen antikodon. Suatu amino tertentu akan
melekat pada ujung 3 tRNA. Pelekatan ini merupakan cara
12
berfungsinya tRNA, yaitu dengan membawa asam amino spesifik yang
nantinya berguna dalam sintetis protein, yaitu pengurutan asam amino
sesuai dengan urutan kodon pada mRNA.
2. Ribosomal RNA (rRNA)
rRNA merupakan ribosom yang mengandung protein dengan massa
yang hampir mirip. Molekulnya berupa pita tunggal, tak bercabang dan
fleksibel. rRNA terdiri dari 80 persen total RNA yang dalam sel dan
pada sel-sel tidak memiliki inti sejati yang terdiri dari beberapa tipe
rRNA yaitu 23S rRNA, 16S rRNA, dan 5S rRNA.
3. Mesengger RNA (mRNA)
mRNA merupakan polinukleotida yang berbentuk pita tunggal linier
dan disintetis oleh DNA di dalam nukleus. mRNA berupa rantai tunggal
yang relatif panjang. Panjang pendeknya mRNA berhubungan dari
panjang pendeknya rantai polipeptida yang disusun. Ururtan pada rantai
asam amino yang menyusun rantai polipeptida tersebut sesuai dengan
urutan kodon yang ada dalam molekul mRNA yang bersangkutan.
mRNA bertindak sebagai pola cetakan dalam pembentukan polipeptida.
Setiap molekul membawa salinan urutan DNA, yang ditranslasikan
dalam sitoplasma menjadi satu rantai polipeptida atau lebih. Fungsi
utama dari mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA di
inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA dibentuk jika
diperlukan dan jika tugasnya telah selesai lalu dihancurkan dalam
plasma.
13
2.4 Struktur dari DNA dan RNA
2.4.1 Struktur DNA
DNA adalah urutan polimer yang
terdiri dari subunit nukleotida. Nukleotida
DNA terbuat dari gula (deoksiribosa), basa
nitrogen dan gugus fosfat. Basa Nitrogen dari
empat jenis yang hadir dalam molekul DNA
adalah, adenin, guanina, Sitosina dan guanina,
molekul gula adalah gula karbon 5 karbon dan satu atau lebih gugus fosfat.
1. Adenin dan guanina adalah nitrogen basa Purina, Sitosina dan Timina
adalah Pirimidina.
2. Ikatan phosphodiester yang dibentuk dengan gugus fosfat basa nitrogen
dengan kelompok OH pada gula.
3. Urutan asam nukleat pada nukleotida saling melengkapi satu sama lain
dalam urutan untai DNA.
2.4.2 Struktur RNA
14
Molekul RNA mempunyai bentuk yang berbeda dengan DNA. RNA
memiliki bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA merupakan
polinukleotida yang tersusun atas banyak ribonukleotida. Tiap
ribonukleotida tersusun atas gula ribosa, basa nitrogen, dan asam fosfat.
Basa nitrogen RNA juga dibedakan menjadi basa purin dan basa
pirimidin. Basa purinnya sama dengan DNA tersusun atas adenin (A) dan
guanin (G), sedangkan basa pirimidinnya berbeda dengan DNA yaitu
tersusun atas sitosin (C) dan urasil (U).
Tulang punggung RNA tersusun atas deretan ribosa dan fosfat.
Ribonukleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleoplasma dalam
bentuk nukleosida trifosfat, seperti adenosin trifosfat (ATP), guanosin
trifosfat (GTP), sistidin trifosfat (CTP),
dan uridin trifosfat (UTP). RNA
disintesis oleh DNA di dalam inti sel
dengan menggunakan DNA sebagai
cetakannya.
2.5 Perbedaan DNA dan RNA
N
OPERBEDAAN DNA RNA
15
1 Letak Inti selInti sel, sitoplasma,
ribosom
2 Bentuk Pita spiral ganda Pita tunggal
3 Komponen gula Deoksiribosa Ribosa
4 Ukuran Sangat panjang Pendek
5 Basa nitrogenPurin : Adenin, Guanin
Pirimidin : Sitosin,
Timin
Purin : Adenin,
Guanin
Pirimidin : Sitosin,
Urasil
6 Kadar
Tidak dipengaruhi oleh
kecepatan sintesis
protein
Berubah-ubah
menurut
kecepatan sintesis
protein
7 Fungsi
Mengendalikan faktor
keturunan dan sintesis
protein
Sintesis protein
BAB III
PENUTUP
16
3.1 Kesimpulan
1. Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yang berperan dalam
penyimpanan serta pemindahan informasi genetik (polinukleotida). Asam
nukleat terdiri dari Asam deoksiribonukleat (DNA) dan Asam
ribonukleat (RNA). Pengertian dan definisi Asam Nukleat.
2. Nukleotida adalah satu nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat. Di
dalam molekul DNA atau RNA, nukleotida berikatan dengan nukleotida
yang lain melalui ikatan fosfodiester.
3. DNA adalah urutan polimer yang terdiri dari subunit nukleotida.
Nukleotida DNA terbuat dari gula (deoksiribosa), basa nitrogen dan gugus
fosfat.
4. RNA (Asam Ribonukleat) adalah rangkaian nukleotida yang saling terikat
seperti rantai.
3.2 Saran
Mungkin inilah yang dapat kami paparkan pada penulisan makalah ini
meskipun makalah ini jauh dari sempurna. Masih banyak kesalahan dari
penulisan makalah ini,maka dari itu kami membutuhkan saran beserta
kritikan agar bisa menjadi motivasi untuk masa depan yang lebih baik dari
pada sebelumnya
DAFTAR PUSTAKA
17
Campbell, N.A., dkk. (2008). Biologi Edisi 8 Jilid I. Jakarta: Erlangga.
Key, L. Joe. (1976) . Plant Biochemistry.
Poedjiadi, Anna.,F.M.Supriyanti. (2005). Dasar-dasar Biokimia. Bandung:UI-
Press
18