Komplikasi OMSKKomplikasi yang paling banyak ditemukan adalah komplikasi ekstrakranial yaitu mastoiditis 18 subjek (78.3%), diikuti abses retroaurikular-facialis parese dan facialis parese masing-masing satu subjek (4.3%) dan komplikasi intrakranial yang didapatkan adalah meningitis satu subjek (4.3%). Namun, pada penelitian Memon et al (2008), komplikasi ekstrakranial yang paling banyak dijumpai pada penderita OMSK adalah kerusakan osikuler 45 (11.5%), kemudian diikuti exposed facial nerve 6 (1.53%), exposed sigmoid sinus 5 (1.28%), mastoid abscess 4 (1.02%), dan bezold abscess 1 (0.25%). Masih dalam penelitian Memon et al (2008), komplikasi intrakranial yang terbanyak adalah subdural abscess 3 (0.76%), cerebritis 2 (0.5%), brain abscess 2 (0.5%), meningitis 1 (0.25%), dan sigmoid sinus thrombotis 1 (0.25%). Belum ada faktor yang pasti untuk menjelaskan terjadinya komplikasi yang berbeda-beda yang dialami oleh setiap pasien, namun hal ini bisa disebabkan akibat daya tahan tubuh antarindividu yang berbeda, keterlambatan datang ke dokter, terapi yang kurang adekuat, dan kemungkinan ada keterlibatan genetik. Tapi, sampai saat ini faktor genetik masih dalam proses penelitian (Memon et al, 2008; Nursiah, 2003).

Sifat perjalanan penyakit yang sangat perlahan sehingga sering tidak disadari oleh penderita, ditambah kesadaran yang kurang dari orang tua atau penderita sendiri menyebabkan tidak jarang waktu penderita berobat sudah terdapat komplikasi atau sudah disertai gangguan pendengaran yang berat. Komplikasi ekstrakranial yang sering terjadi adalah infiltrat, abses atau fistel mastoid, paresis N VII dan labirinthitis. Sedangkan komplikasi intrakranial antara lain trombosis sinus lateralis. Abses otak dan meningitis. Komplikasi diatas dapat menyebabkan kematian pada penderita bila tidak segera dilakukan tindakan penanganannya. OMSK tipe atikoantral disebut juga tipe maligna atau dengerous type, karena mempunyai potensi untuk menimbulkan komplikasi . OMSK jenis ini ditandai dengan sekret yang berbau, perforasi membrana timpani yang marginal atau atik dengan patologi kolesteatoma. Kolesteatorna dapat mengakibatkan terjadinya osteitis, osteotromboplebitis dan selanjutnya lepas menjadi emboli dan menyebar kedalam intrakranial. Selain itu kolesteatoma merupakan tempat yang subur untuk pertumbuhan kuman. Kumankuman ini akan menghasilkan enzimenzim osteolitik, yang dapat menyebabkan timbulnya destruksi tulang pada dinding mastoid, melalui defek tersebut infeksi dengan mudah meluas ke intrakranial.