ii

KATA PENGANTAR

Pertama-tama penulis memanjatkan puji syukur ke hadapan Ida Sang

Hyang Widhi Wasa/ Tuhan Yang Maha esa, karena hanya atas asung kerta wara

nugraha-Nya/kurnia-Nya, skripsi ini dapat diselesaikan.

Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-

besarnya kepada Dr. Ni Nengah Dwi Fatmawati, Sp. MK, Ph.D sebagai

pembimbing yang dengan penuh perhatian telah memberikan dorongan, semangat,

bimbingan, dan saran selama proses penyelesaian skripsi ini.

Ucapan yang sama juga ditujukan kepada Rektor Universitas Udayana

Prof. Dr. dr. Ketut Suastika, Sp.PD. KEMD atas kesempatan dan fasilitas yang

diberikan kepada penulis untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan

Program S1 di Universitas Udayana. Ucapan terima kasih ini juga ditujukan

kepada Ketua Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran Universitas

Udayana Dr. dr. Dewa Putu Gde Purwa Samatra, Sp.S(K) atas kesempatan yang

diberikan kepada penulis untuk menjadi mahasiswa Program S1 pada PSPD FK

Universitas Udayana. Tidak lupa pula penulis ucapkan terima kasih kepada Prof.

Dr. dr. Putu Astawa, Sp.OT., M.Kes selaku Dekan Fakultas Kedokteran

Universitas Udayana atas ijin yang diberikan kepada penulis untuk mengikuti

pendidikan program S1. Pada kesempatan ini, penulis juga menyampaikan rasa

terima kasih kepada Bu Wahyu dan Bu Dian selaku Laboran pada lab.

Mikrobiologi FK Universitas Udayana karena telah menyempatkan waktunya

membimbing peneliti dalam melangsungkan penelitian ini. Ungkapan terima

kasih penulis sampaikan pula kepada penguji skripsi, yaitu Dr. dr. Ni Nyoman Sri

Budayanti, Sp.MK (K) yang telah memberikan masukan, saran, sanggahan, dan

koreksi pada saat pengusulan proposal penelitian sehingga skripsi ini dapat

terselesaikan tepat waktu.

Semoga Ida Sang Hyang Widhi Wasa/ Tuhan Yang Maha Esa selalu

melimpahkan rahmat-Nya kepada semua pihak yang telah membantu pelaksanaan

dan penyelesaian skripsi ini, serta kepada penulis sekeluarga.

iii

PERNYATAAN KEASLIAN KARYA TULIS SKRIPSI

Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya

tulis yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu

perguruan tinggi, dan sepanjang pengetahuan saya tidak terdapat karya atau

pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan orang lain, kecuali yang secara

tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Apabila kemudian hari terbukti bahwa saya melakukan tindakan menyalin

atau meniru tulisan orang lain sebagai hasil pemikiran saya sendiri, maka gelar

dan ijazah yang telah diberikan oleh universitas batal saya terima.

Denpasar, 22 Desember 2016

Yang menyatakan

(Ni Luh Raka Mery Hardiani)

NIM. 1302005076

iv

OPTIMASI POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DETEKSI

MOLEKULER GEN BLANDM-1 PADA ISOLAT KLINIS Klebsiella

pneumoniae RESISTEN KARBAPENEM TAHUN 2015-2016 DI RSUP

SANGLAH DENPASAR

Ni Luh Raka Mery Hardiani

Fakultas Kedokteran Universitas Udayana

ABSTRAK

Resistensi bakteri Klebsiella pneumoniae terhadap karbapenem menjadi masalah

dalam penanganan pasien. Gen blaNDM-1 adalah salah satu gen yang diketahui

bertanggung jawab dalam resistensi tersebut. Deteksi dini sangat diperlukan

sehingga pada penelitian ini dicari keadaan-keadaan optimal untuk deteksi

molekuler gen blaNDM-1 dengan teknik PCR. Penelitian ini bersifat laboratory

explorative dengan teknik convenient purposive sampling sehingga ditemukan 11

buah sampel dari isolat klinis yang memenuhi kriteria inklusi. Tahapan-tahapan

dalam penelitian ini meliputi penumbuhan isolat Klebsiella pneumonia, isolasi

DNA Klebsiella pneumonia, PCR, elektroforesis gel agarosa, dan transiluminasi

UV. Didapatkan keadaan optimal pada PCR yaitu pre-denaturasi pada suhu 950C

selama 5 menit, denaturasi pada suhu 950C selama 1 menit, annealing pada suhu

550C selama 30 detik, ekstensi pada suhu 720C selama 1 menit dan final ekstensi

pada suhu 720C selama 4 menit. Volume akhir pada reaksi PCR yaitu 10 µl yang

mengandung Master Mix Promega 5 µl, primer forward 0.3 µl, primer reverse 0.3

µl, dan DNA template 1 µl. Dari 11 sampel ditemukan 1 sampel positif gen

blaNDM-1 dengan muncul pita pada 758bp. Kondisi optimal PCR dapat membantu

dalam mendiagnosis secara molekuler adanya resistensi terhadap karbapenem.

Kata Kunci: Klebsiella pneumoniae, NDM-1, Karbapenem, PCR, Optimasi

v

OPTIMIZATION OF POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) IN

MOLECULAR DETECTION OF BLANDM-1 GENE AMONG CLINICAL

ISOLATES OF Klebsiella pneumoniae CARBAPENEM RESISTANCE

YEAR 2015-2016 IN RSUP SANGLAH DENPASAR

Ni Luh Raka Mery Hardiani

Medical Faculty of Udayana University

ABSTRACT

Resistance of Klebsiella pneumoniae to carbapenem becomes a problem in

treating patients. Early detection is necessary; this study was conducted to find

optimal conditions for molecular detection of blaNDM-1 gene by PCR. It was

laboratory explorative with convenient purposive sampling technique that found

11 samples from clinical isolates, which met the inclusion criteria. The stages of

this study included the growth of Klebsiella pneumoniae isolates, DNA isolation,

PCR, agarose gel electrophoresis and UV trans illumination. Optimal condition of

PCR which obtained were pre-denaturation at temperature of 950C for 5 minutes,

denaturation at temperature of 950 C for 1 min, annealing at temperature of 550C

for 30 seconds, extension at temperature of 720C for 1 min and final extension at

temperature of 720C for 4 minutes. The final volume in the PCR reaction of 10 μl

containing Promega Master Mix 5 ml, forward primer 0.3 ml, reverse primer 0.3

mL, and 1 mL DNA template. One sample was positive showing blaNDM-1 gene,

which appear band in 758bp. Optimal PCR conditions can help in diagnosing

resistance to carbapenem in molecular basis.

Keywords: Klebsiella pneumoniae, NDM-1, Carbapenem, PCR, Optimization

vi

RINGKASAN

Resistensi terhadap antibiotik dewasa ini semakin mengkhawatirkan dan

terus menjadi fokus perhatian dunia. Data dari WHO berdasarkan pengamatan

global pada tahun 2014 menunjukkan terjadinya peningkatan resistensi terhadap

antibiotik di seluruh belahan dunia, termasuk di daerah Asia Tenggara. WHO

pada tahun 2014 juga melaporkan terjadinya resistensi terhadap antibiotik

karbapenem pada bakteri Klebsiella pneumoniae. Dimana karbapenem dikenal

sebagai “last line agent” atau “antibiotic of last resort” yang menimbulkan

permasalahan yang serius dalam dunia medis meninjau dari peningkatan jumlah

kasus yang ditemui. Resistensi terhadap antibiotik karbapenem disebabkan oleh

dibentuknya karbapenemase yang merupakan β-laktamase dengan kemampuan

hidrolitik yang hebat, dapat menyebabkan aktivitas banyak antibiotik β-laktam

menjadi tidak efektif, yang mampu menghidrolisis penisilin, monobaktam,

cephalosporin, dan karbapenem. Karbapenemase merupakan bagian dari kelas A,

B, dan D β-laktamase.

Penelitian Dongeun Yong melaporkan adanya jenis baru dari kelas B β-

laktamase yaitu NDM-1 yang merupakan singkatan dari New Delhi Metallo β-

Laktamase 1 yang ditemukan pada seorang pasien berkebangsaan India yang

menetap di Swedia dimana sebelumnya mendapat perawatan rumah sakit di New

Delhi akibat Infeksi Saluran Kemih (ISK) dengan etiologi Klebsiella pneumoniae.

Gen resisten NDM-1 sekarang muncul sebagai salah satu mekanisme baru yang

menyebabkan bakteri resisten terhadap karbapenem. Berdasarkan hasil survey

oleh Berrazeg et al dari 1 Desember 2009 hingga 31 Desember 2012 diketahui

bahwa bakteri penghasil NDM-1 paling banyak adalah Klebsiella pneumoniae.

vii

Klebsiella pneumoniae merupakan bakteri gram negatif yang berasal dari family

Enterobacteriaceae yang menempati urutan kedua tersering penyebab bakteremia

setelah Escherechia coli. Infeksi oleh Klebsiella pneumoniae dihubungkan dengan

infeksi oportunistik.

Meningkatnya migrasi dan perjalanan wisata merupakan salah satu faktor

yang memudahkan penyebaran plasmid yang membawa gen resisten blaNDM-1 dari

satu tempat ke tempat lain. Isolat yang positif membawa gen blaNDM-1 sudah

ditemukan di hampir seluruh belahan dunia antara lain Australia, Singapura,

Belgia, Kanada, Prancis, Italia, Jepang, Belanda, New Zealand, Oman, Taiwan,

USA, Austria, Cina, Denmark, Kuwait, Lebanon, Norwegia, Afrika Selatan,

Spanyol, Swedia, dan Turki. Mengingat penyebarannya yang pesat, perlu

dilakukan pendeteksian dini terhadap keberadaan gen ini. Salah satu teknik yang

ada antara lain melalui Polymerase Chain Reaction (PCR). Untuk mendapatkan

hasil yang baik pada PCR, perlu dilaksanakan optimasi terlebih dahulu guna

mengetahui keadaan-keadaan optimal yang diperlukan. Hal yang perlu di optimasi

antara lain konsentrasi primer, suhu annealing, dan volume cetakan DNA yang

digunakan.

Penelitian ini bersifat laboratory explorative dengan teknik convenient

purposive sampling sehingga ditemukan 11 buah sampel dari isolat klinis yang

memenuhi kriteria inklusi. Tahapan-tahapan dalam penelitian ini meliputi

penumbuhan isolat Klebsiella pneumonia, isolasi DNA Klebsiella pneumonia,

PCR, elektroforesis gel agarosa, dan transiluminasi UV. Didapatkan keadaan

optimal pada PCR yaitu pre-denaturasi pada suhu 950C selama 5 menit, denaturasi

pada suhu 950C selama 1 menit, annealing pada suhu 550C selama 30 detik,

viii

ekstensi pada suhu 720C selama 1 menit dan final ekstensi pada suhu 720C selama

4 menit. Volume akhir pada reaksi PCR yaitu 10 µl yang mengandung Master

Mix Promega 5 µl, primer forward 0.3 µl, primer reverse 0.3 µl, dan DNA

cetakan 1 µl. Dari 11 sampel ditemukan 1 sampel positif gen blaNDM-1 dengan

muncul pita pada 758bp. Kondisi optimal PCR dapat membantu dalam

mendiagnosis secara molekuler adanya resistensi terhadap karbapenem.

Adapun kelemahan dari penelitian ini adalah ketiadaan sampel positif serta

belum dilaksanakannya sequencing. Pada penelitian selanjutnya perlu dicari

sampel positif yang sesuai. Serta dapat dilaksanakan penelitian lanjutan dengan

jumlah sampel yang lebih besar, sehingga didapatkan berapa prevalensi gen

blaNDM-1 di RSUP Sanglah. Perlu juga dilaksanakan penelitian lebih lanjut untuk

mencari gen-gen lain yang menyebabkan terjadinya resistensi terhadap antibiotik

karbapenem pada isolat yang ditemukan di RSUP Sanglah.

ix

DAFTAR ISI

SAMPUL DALAM .................................................................................................. i

LEMBAR PENGESAHAN .................................................................................... ii

PENETAPAN PANITIA PENGUJI ..................................................................... iii

KATA PENGANTAR ........................................................................................... iv

PERNYATAAN KEASLIAN PENELITIAN ......................................................... v

ABSTRAK ............................................................................................................. vi

ABSTRACT .......................................................................................................... vii

RINGKASAN ...................................................................................................... viii

DAFTAR ISI ......................................................................................................... xi

DAFTAR TABEL ................................................................................................ xiv

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................. xv

DAFTAR SINGKATAN ..................................................................................... xvi

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang .............................................................................................. 1

1.2 Rumusan Masalah ........................................................................................... 4

1.3 Tujuan Penelitian .......................................................................................... 5

1.3.1 Tujuan Umum .................................................................................. 5

1.3.2 Tujuan Khusus .................................................................................. 5

1.4 Manfaat Penelitian ....................................................................................... 6

1.4.1 Manfaat Akademis ............................................................................. 6

1.4.2 Manfaat Praktis ................................................................................. 6

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Klebsiella pneumoniae ................................................................................ 7

2.1.1 Karakteristik dan Morfologi Klebsiella pneumoniae ....................... 7

2.1.2 Faktor Virulensi Klebsiella pneumoniae .......................................... 9

2.2 Resistensi Klebsiella pneumoniae ................................................................ 12

x

2.3 Gen NDM-1 Pada Kelas B Metallo β-Laktamase ........................................ 13

2.4 Polymerase Chain Reaction (PCR) .............................................................. 15

BAB III KERANGKA BERPIKIR DAN KONSEP PENELITIAN

3.1 Kerangka Berpikir ....................................................................................... 17

3.2 Kerangka Konsep.......................................................................................... 19

BAB IV METODE PENELITIAN

4.1 Rancangan Penelitian ................................................................................... 20

4.2 Waktu dan Lokasi Penelitian ....................................................................... 20

4.2.1 Waktu Penelitian ............................................................................... 20

4.2.2 Lokasi Penelitian .............................................................................. 20

4.3 Populasi dan Sampel Penelitian ................................................................... 20

4.3.1 Populasi Penelitian ............................................................................ 20

4.3.2 Teknik Penentuan Sampel ................................................................ 21

4.4 Kriteria Inklusi dan Eksklusi ....................................................................... 21

4.4.1 Kriteria Inklusi .................................................................................. 21

4.4.2 Kriteria Eksklusi ............................................................................... 21

4.5 Variabel Penelitian ....................................................................................... 21

4.5.1 Identifikasi Variabel ........................................................................ 21

4.5.2 Definisi Operasional ......................................................................... 22

4.6 Bahan dan Instrumen Penelitian .................................................................. 22

4.6.1 Bahan Penelitian ............................................................................... 22

4.6.2 Instrumen Penelitian ......................................................................... 23

4.7 Prosedur Penelitian ...................................................................................... 24

4.7.1 Penumbuhan Klebsiella pneumoniae ............................................... 24

4.7.2 Isolasi DNA Klebsiella pneumoniae ................................................. 24

4.7.3 Teknik PCR ....................................................................................... 24

4.7.4 Elektroforesis Gel Agarosa ............................................................... 24

4.8 Alur Penelitian .............................................................................................. 25

4.9 Analisis Data ................................................................................................. 26

BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN

5.1 Hasil ............................................................................................................. 27

5.2 Pembahasan .................................................................................................. 30

xi

BAB VI SIMPULAN DAN SARAN

6.1 Simpulan ....................................................................................................... 32

6.2 Saran ............................................................................................................. 32

DAFTAR PUSTAKA

LAMPIRAN

xii

DAFTAR TABEL

Tabel 5.1 Data sampel isolat Klebsiella pneumoniae ......................................... 27

Tabel 5.2 Campuran PCR pada optimasi PCR gen gen blaNDM-1 pada bakteri

Klebsiella pneumoniae ........................................................................................... 29

Tabel 5.3 PCR pada optimasi PCR gen gen blaNDM-1 pada bakteri Klebsiella

pneumoniae ............................................................................................................ 29

xiii

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 Isolat Klebsiella pneumonia pada media agar MacConkey ................. 9

Gambar 2.2 Figur skematik faktor virulensi Klebsiella pneumonia ...................... 10

Gambar 5.1 Hasil optimasi PCR keenam gen blaNDM-1 pada bakteri Klebsiella

pneumonia .............................................................................................................. 28

xiv

DAFTAR SINGKATAN

WHO : World Health Organization

MRSA : Methicillin Resistant Staphylococcus aureus

ESBL : Extended Spectrum β-Laktamase

NDM-1 : New Delhi Metallo β-Laktamse 1

MHSA : Mannose Sensitive Hemagglutinins

LPS : Lipopolisakarida

KPC : Klebsiella pneumoniae Carbapenemase

MBL : metallo β-laktamase

EDTA : Ethylenediaminetetraacetic acid

VIM : Verona Integron-Mediated Metallo-β-lactamase

1

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Resistensi terhadap antibiotik dewasa ini semakin mengkhawatirkan dan

terus menjadi fokus perhatian dunia (WHO, 2015). Data dari WHO berdasarkan

pengamatan global pada tahun 2014 menunjukkan terjadinya peningkatan

resistensi terhadap antibiotik di seluruh belahan dunia. Di daerah Asia Tenggara

hasil pengamatan menunjukkan terjadinya resistensi tingkat tinggi dari bakteri

Escherichia coli dan Klebsiella pneumoniae terhadap cephalosporin generasi

ketiga dan florokuinolon. Di beberapa daerah di Asia Tenggara juga diketahui

bahwa lebih dari satu seperempat infeksi oleh Staphylococcus aureus merupakan

Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) (WHO, 2014). Pada

penelitian yang dilaksanakan oleh Usman Hadi di Indonesia yang terdiri dari dua

kali pengamatan menunjukkan terjadinya peningkatan bakteri penghasil ESBL

dan MRSA dengan persentasi 22% dan 18% pada tahun 2010 menjadi 53% dan

24% berturut-turut (Hadi et al., 2013).

WHO pada tahun 2014 melaporkan terjadinya resistensi terhadap

antibiotik karbapenem pada bakteri Klebsiella pneumoniae yang sudah menyebar

ke seluruh belahan dunia (WHO, 2014). Karbapenem disebut sebagai "last-line

agent” atau "antibiotic of last resort" karena kemampuannya yang unik yang

relatif resisten terhadap hidrolisis oleh β-laktamase sehingga resistensi terhadap obat

dari golongan ini menimbulkan permasalahan yang serius dalam dunia medis

meninjau dari peningkatan jumlah kasus yang ditemui (Papp-Wallace et al.,

2

2011). Karbapenemase merupakan β-laktamase dengan kemampuan hidrolitik

yang hebat, dapat menyebabkan aktivitas banyak antibiotik β-laktam menjadi

tidak efektif, yang mampu menghidrolisis penisilin, monobaktam, cephalosporin,

dan karbapenem. Karbapenemase merupakan bagian dari kelas A, B, dan D β-

laktamase (Queenan and Bush, 2007). Penelitian Dongeun Yong melaporkan

adanya jenis baru dari kelas B β-laktamase yaitu NDM-1 yang merupakan singkatan

dari New Delhi Metallo β-Laktamase 1 yang ditemukan pada seorang pasien

berkebangsaan India yang menetap di Swedia dimana sebelumnya mendapat

perawatan rumah sakit di New Delhi akibat Infeksi Saluran Kemih (ISK) dengan

etiologi Klebsiella pneumoniae. Gen resisten NDM-1 sekarang muncul sebagai

salah satu mekanisme baru yang menyebabkan bakteri resisten terhadap

karbapenem (Yong et al., 2009). Banyaknya penduduk, sanitasi dan kebersihan

yang buruk, sulitnya air bersih, penggunaan dan penjualan antibiotik bebas tanpa

resep dokter, dan kebijakan antibiotik di rumah sakit yang lemah memudahkan

penyebaran NDM-1 (Nordmann et al., 2011). Berdasarkan hasil survey oleh

Berrazeg et al dari 1 Desember 2009 hingga 31 Desember 2012 diketahui bahwa

bakteri penghasil NDM-1 paling banyak adalah Klebsiella pneumoniae (Berrazeg

et al., 2014).

Klebsiella pneumoniae merupakan bakteri gram negatif dari famili

Enterobacteriaceae yang menempati urutan kedua tersering penyebab bakteremia

setelah Escherechia coli. Infeksi oleh Klebsiella pneumoniae dihubungkan dengan

infeksi oportunistik (ECDC, 2012). Infeksi oleh Enterobacteriaceae yang resisten

terhadap karbapenem khususnya Klebsiella pneumonia menjadi tantangan bagi

3

dunia medis, mengingat bahwa resistensi terhadap berbagai jenis antibiotik

mengakibatkan terbatasnya pemilihan pengobatan farmakologi.

Salah satu pilihan terapi untuk patogen pembawa NDM-1 yang ada saat ini

adalah antibiotik tigesiklin dan kolistin. Isolat yang ditemukan di daerah India

(Chennai dan Haryana) dan Inggris memiliki kepekaan terhadap antibiotik tigesiklin

sebesar 64% di Inggris, 56% di Chennai, dan 67% di Haryana. Kepekaan

terhadap kolistin sebesar 89% di Inggris, 94% di Chennai, dan 100% di Haryana

(Kumarasamy et al., 2010). Penelitian yang dilaksanakan oleh Lascols et al

menunjukkan mulai terjadinya resistensi pada kolistin dan tigesiklin pada 3 isolat

yang 2 diantaranya adalah Klebsiella pneumoniae (Lascols et al., 2011).

Meningkatnya migrasi dan perjalanan wisata memudahkan penyebaran

plasmid yang membawa gen resisten blaNDM-1 dari satu tempat ke tempat lain. Di

Chennai, India Utara ditemukan 44 isolat positif NDM-1 dimana 14 diantaranya

merupakan Klebsiella pneumoniae. Pada India Selatan di Haryana ditemukan 26

isolat positif NDM-1 yang semuanya adalah Klebsiella pneumoniae. Di UK

ditemukan 37 isolat positif NDM-1 dan 21 isolat merupakan Klebsiella pneumoniae.

Daerah Pakistan ditemukan 25 isolat positif NDM-1 (Kumarasamy et al., 2010).

Isolat positif juga ditemui di Australia, Singapura, Belgia, Kanada, Prancis, Italia,

Jepang, Belanda, New Zealand, Oman, Taiwan, USA, Austria, Cina, Denmark,

Kuwait, Lebanon, Norwegia, Afrika Selatan, Spanyol, Swedia, dan Turki

(Berrazeg et al., 2014). Sebagian besar pasien memiliki riwayat pernah

mendapatkan perawatan di rumah sakit di India, sehingga dapat diketahui India

merupakan reservoir utama.

4

Bali sebagai daerah pariwisata menerima kunjungan dari wisatawan

mancanegara yang besar setiap tahunnya, salah satunya berasal dari India. Data

dari Dinas Pariwisata Daerah Bali menunjukkan terjadinya peningkatan

kunjungan wisatawan India ke Bali dari tahun 2014 dengan jumlah 70.978

menjadi 90.406 hingga Oktober 2015 (Dinas Pariwisata Daerah Bali, 2015.

Dengan mengacu pada tingginya kunjungan wisatawan mancanegara khususnya

India ke Bali dan telah ditemukannya bakteri yang membawa gen blaNDM-1 di

Singapura dan Australia, penulis tertarik untuk melakukan penelitian mengenai

keadaan-keadaan optimal yang diperlukan untuk deteksi molekuler gen blaNDM-1

dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) sebagai deteksi dini guna

mengetahui keberadaan gen blaNDM-1 di Bali pada bakteri gram negatif Klebsiella

pneumoniae.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang diatas dapat ditarik rumusan masalah sebagai

berikut:

1. Berapakah konsentrasi primer optimal yang diperlukan untuk

Polymerase Chain Reaction (PCR) pada deteksi gen resisten blaNDM-1

dari spesimen klinis Klebsiella pneumoniae yang resisten karbapenem

di RSUP Sanglah pada tahun 2015-2016?

2. Berapakah suhu annealing primer optimal yang diperlukan untuk PCR

pada deteksi gen resisten blaNDM-1 dari spesimen klinis Klebsiella

pneumoniae yang resisten karbapenem di RSUP Sanglah pada tahun

2015-2016?

5

3. Berapakah volume cetakan DNA optimal yang diperlukan untuk PCR

pada deteksi gen resisten blaNDM-1 dari spesimen klinis Klebsiella

pneumoniae yang resisten karbapenem di RSUP Sanglah pada tahun

2015-2016?

1.3 Tujuan Penelitian

1.3.1 Tujuan Umum

Tujuan umum dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan kondisi

optimal pada deteksi gen resisten blaNDM-1 dari spesimen klinis Klebsiella

pneumoniae yang resisten karbapenem di RSUP Sanglah pada tahun 2015-

2016 dengan teknik molekuler PCR.

1.3.2 Tujuan Khusus

Tujuan khusus dari penelitian ini adalah:

1. Untuk mengetahui konsentrasi primer yang optimal untuk Polymerase

Chain Reaction (PCR) pada deteksi gen resisten blaNDM-1 dari

spesimen klinis Klebsiella pneumoniae yang resisten karbapenem di

RSUP Sanglah pada tahun 2015-2016.

2. Untuk mengetahui suhu annealing primer yang optimal untuk PCR

pada deteksi gen resisten blaNDM-1 dari spesimen klinis Klebsiella

pneumoniae yang resisten karbapenem di RSUP Sanglah pada tahun

2015-2016.

3. Untuk mengetahui volume cetakan DNA yang optimal untuk PCR

pada deteksi gen resisten blaNDM-1 dari spesimen klinis Klebsiella

pneumoniae yang resisten karbapenem di RSUP Sanglah pada tahun

2015-2016.

6

1.4 Manfaat Penelitian

1.4.1 Manfaat Akademis

Adapun manfaat akademis dari penelitian ini adalah data mengenai

keadaan-keadaan optimal yang diperlukan untuk deteksi gen resisten

blaNDM-1 di RSUP Sanglah dengan teknik PCR.

1.4.2 Manfaat praktis

Adapun manfaat praktis dari penelitian ini adalah apabila

ditemukan terdapat Klebsiella pneumoniae pembawa gen blaNDM-1 dapat

segera dilakukan perencanaan penatalaksanaan yang tepat untuk terapi dan

pencegahan penyebarannya.

7