Gambar 13. Sampel Ikan Mas Majalaya (MJ) (Sumber...

37

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Ciri-ciri Fenotip Sampel Ikan Cyprinid Uji

4.1.1 Ikan Mas Majalaya

Sampel ikan mas Majalaya (MJ) didapatkan dari pembudidaya ikan mas

di daerah Ibun, Majalaya, Jawa Barat. Ikan mas ini merupakan ikan mas berumur

sekitar 5 bulan dengan panjang antara 20 – 22 cm. Ciri-ciri fisik sampel MJ

(Gambar 13) adalah tubuhnya memanjang compressed (pipih) dan lebar, berwarna

abu-abu pada bagian punggung dan putih pada bagian perut. Bagian kepala

berbentuk segitiga berukuran kecil, letak mulut terminal, terdapat sepasang barbel

(sungut) dan dapat disembulkan. Punggung agak tinggi dan melengkung sehingga

dapat terlihat lengkungan agak tinggi antara kepala dan punggung, bentuk perut

membulat. Sirip caudal berbentuk forked (bercagak) berwarna abu-abu cerah,

panjang pangkal ekor (caudal peduncle) lebih pendek dibandingkan dengan

lebarnya, garis linear lateralis memanjang dan agak melengkung dari bagian atas

operculum sampai ke pangkal ekor. Sirip dorsal terdiri dari beberapa baris duri

halus letaknya sejajar dengan sirip ventral, sirip ventral berwarna putih terletak di

bagian perut, sirip pectoral berada di bawah operculum, sedangkan sirip anal

berada di belakang lubang anal dan sebelum pangkal ekor.

Gambar 13. Sampel Ikan Mas Majalaya (MJ)

(Sumber: Dokumentasi Pribadi)

Ikan mas Majalaya memiliki beberapa ciri khas pada bagian tubuh yang

terlihat jelas bila dibandingkan dengan strain ikan mas yang lainnya (Gambar 14),

38

yaitu ukuran kepalanya yang kecil berbentuk segitiga bila dilihat dari samping,

punggung tinggi melengkung, sedangkan badannya membulat, lebar dan besar,

sehingga membuat perbandingan antara besar kepala dengan besar tubuh terlihat

begitu kontras. Selain itu ikan mas Majalaya memiliki tubuh yang relatif pendek

bila dibandingkan dengan strain ikan mas lainnya (SNI : 01- 6130 – 1999).

Gambar 14. Ciri Khas Ikan Mas Majalaya (Sumber: BRPBAT 2010 dalam Pratama 2010)

4.1.2 Ikan Mas Rajadanu

Sampel ikan mas Rajadanu (RD) didapatkan dari kolam pembudidaya ikan

mas di daerah Cijambe, Subang, Jawa Barat. Sampel ikan mas Rajadanu

merupakan ikan mas berumur sekitar 4 bulan dengan panjang antara 21 – 24 cm.

Ciri-ciri fisik sampel RD (Gambar 15) adalah tubuhnya memanjang compressed

(pipih), berwarna abu-abu kehijauan di bagian punggung, ke arah perut warnanya

semakin memutih, dan pada bagian perut bawah berwarna putih. Bagian kepala

agak melengkung ke bawah, letak mulut terminal, memiliki sepasang barbel

(sungut) dan dapat disembulkan. Bagian punggung agak landai, sedangkan bagian

perut agak membulat. Sirip caudal berbentuk forked (bercagak) berwarna gelap

kecoklatan, pangkal ekor (caudal peduncle) agak panjang dan agak lebar, garis

linear lateralis memanjang dari operculum sampai ke pangkal ekor. Sirip dorsal

terdiri dari beberapa baris duri halus letaknya sejajar dengan sirip ventral dan

memanjang sampai ke pangkal ekor. Sirip pectoral berada di bawah operculum,

sedangkan sirip anal berada tepat di belakang anal dan sebelum pangkal ekor.

39

Gambar 15. Sampel Ikan Mas Rajadanu (RD)

(Sumber : Dokumentasi pribadi)

Ikan mas strain Rajadanu memiliki ciri khas pada punggungnya yang

landai (rendah) dan tubuhnya memanjang (Gambar 16), sehingga bila dilihat

secara teliti ikan mas Rajadanu seolah terlihat memiliki punggung yang panjang

dan agak lurus. Ikan mas strain Rajadanu memiliki tubuh yang lebih memanjang

dibandingkan dengan ikan mas Majalaya ataupun ikan mas Subang, dengan perut

yang lebih membulat bila dibandingkan dengan ikan mas Subang. Selain itu

bagian kepala ikan mas Rajadanu agak melengkung ke bawah bila dibandingkan

dengan ikan mas Majalaya atau ikan mas Subang (Liptan IP2TP 2000).

Gambar 16. Ciri Khas Ikan Mas Rajadanu (Sumber: BRPBAT 2010 dalam Pratama 2010)

4.1.3 Ikan Mas Subang

Sampel Ikan mas Subang (SB) didapatkan dari pembudidaya ikan mas di

daerah Pabuaran, Subang, Jawa barat. Sampel SB merupakan ikan mas berumur

sekitar dua bulan dengan panjang antara 5 – 7 cm. Ciri-ciri fisik sampel SB

40

(Gambar 17) adalah tubuhnya memanjang compressed (pipih), berwarna hijau

kekuningan pada bagian punggung dan putih kekuningan pada bagian perut.

Kepala berbentuk segitiga tidak sempurna, ukurannya agak besar dan pendek,

letak mulut terminal, memiliki sepasang barbel (sungut) dan dapat disembulkan.

Bagian punggung agak melenggkung ke atas sejajar dengan lekuk kepala, dan

bagian perut membulat. Sirip caudal berbentuk forked (bercagak) berwarna

kekuningan, panjang pangkal ekor (caudal peduncle) lebih besar daripada

lebarnya, garis linear lateralis memanjang dan agak melengkung dari bagian atas

operculum hingga ke pangkal ekor. Sirip dorsal terdiri dari beberapa baris duri

halus, sejajar dengan sirip ventral pada bagian perut. Sirip pectoral berada di

bawah operculum, sedangkan sirip anal berada di belakang lubang anal dan

sebelum pangkal ekor.

Gambar 17. Sampel Ikan Mas Subang (SB)

(Sumber : Dokumentasi Pribadi)

Ikan mas Subang sekilas mirip dengan ikan mas Rajadanu (Gambar 18),

tetapi bila dilihat secara teliti ada beberapa perbedaan yang sedikit mencolok.

Perbedaan ikan mas Subang dengan ikan mas Rajadanu bisa dilihat dari tinggi

punggunya, punggung ikan mas Subang lebih tinggi dari punggung ikan mas

Rajadanu, namun lebih rendah dari punggung ikan mas Majalaya (Khairuman dkk.

2008). Selain itu lekukan antara bagian kepala dengan punggung tidak terlalu jelas

terlihat, sehingga membuat garis kepala dengan garis punggung seolah terlihat

sejajar (linear). Bagian perut ikan mas Subang terlihat lebih rata bila dibandingkan

dengan ikan mas Majalaya ataupun ikan mas Rajadanu. Ikan mas Subang juga

41

memiliki pangkal ekor (caudal peduncle) yang lebih panjang dibandingkan

dengan lebarnya, hal ini berbeda dengan ikan mas Majalaya dan Rajadanu yang

memiliki pangkal ekor (caudal peduncle) yang relatif lebih lebar.

Gambar 18. Ciri Khas Ikan Mas Subang

(Sumber: BRPBAT 2010 dalam Pratama 2010)

4.1.4 Grass Carp

Sampel grass carp (GC) milik Aldino Rafiq (FPIK Unpad 2010) yang

didapatkan dari toko ikan hias di Kota Bandung, Jawa Barat. Sampel GC

merupakan grass carp berumur sekitar 2 tahun, dengan panjang antara 40 – 45 cm.

Ciri-ciri fisik sampel GC (Gambar 19) adalah tubuhnya berbentuk silinder

memiliki panjang yang lebih besar daripada lebarnya, berwarna putih keabuan

pada bagian punggung dan putih pada bagian perut. Kepala berbentuk segitiga

tumpul ukurannya cukup besar, letak mulut terminal, tidak terdapat barbel

(sungut) tidak dapat disembulkan. Punggung sejajar dengan kepala dan lurus,

sedangkan bagian perut agak membulat. Sirip caudal berbentuk forked (bercagak)

berwarna abu-abu gelap, pangkal ekor (caudal peduncle) lebih panjang daripada

lebarnya, garis linear lateralis memanjang dari operculum ke pangkal ekor. Sirip

dorsal hanya terdiri dari beberapa baris duri halus, ukurannya cukup tinggi dan

berada sejajar dengan sirip ventral, sirip ventral berwarna putih berada di bagian

perut agak belakang. Sirip pectoral berada di belakang operculum, sedangkan

sirip anal terdapat di belakang lubang anal dan sebelum pangkal ekor.

42

Gambar 19. Sampel Grass Carp (GC)

Penampakan grass carp sangat berbeda jauh bila dibandingkan dengan

ikan mas ataupun giant barb (Gambar 20), bentuk tubuh yang panjang merupakan

ciri khas ikan pemakan gulma air dari keluarga Cyprinid ini. Ciri khas lain selain

tubuhnya yang panjang diantaranya adalah, sirip dorsal yang dimiliki oleh

grass carp berukuran pendek dan cukup tinggi terletak tepat di punggung bagian

tengah tubuhnya, sirip caudal ikan ini juga memiliki bentuk yang sekilas mirip

seperti kuas. Ikan ini juga memiliki mata yang relatif kecil bila dibandingkan

dengan ikan mas. Selain itu grass carp juga memiliki pangkal ekor (caudal

peduncle) yang relatif panjang (Shireman and Smith 1983).

Gambar 20. Ciri Khas Grass Carp

(Sumber : http://www.dec.ny.gov/animals/52767.html)

4.1.5 Giant Barb

Sampel giant barb (GB) milik Aldino Rafiq (FPIK Unpad 2010) yang

didapatkan dari toko ikan hias di Kota Jakarta, sampel GB merupakan giant barb

berumur sekitar 2 bulan dengan panjang anatara 8 – 10 cm. Ciri-ciri fisik sampel

GB (Gambar 21) adalah tubuhnya memanjang berbentuk stream-line (torpedo),

http://www.dec.ny.gov/animals/52767.html

43

berwarna agak gelap. Kepala berbentuk segitiga tidak sempurna, ukurannya

sekitar 1/3 dari besar tubuhnya, letak mulut terminal, tidak ada barbel (sungut)

dan dapat disembulkan. Punggung bagian depan melengkung ke atas dan

ukurannya besar, semakin ke belakang ukurannya semakin mengecil, sedangkan

bagian perut agak lurus dan sejajar dengan garis kepala. Sirip caudal berbentuk

forked (bercagak) berwarna gelap transparan, pangkal ekor (caudal peduncle)

lebih panjang dibandingkan lebarnya. Sirip dorsal memanjang letaknya tepat di

atas lekukan punggung, sirip pectoral berada di bawah operculum, sirip ventral

berada di bagian perut, sedangkan sirip anal berada di belakang lubang anal dan

memanjang ke arah pangkal ekor.

Gambar 21. Sampel Giant Barb (GB)


Bentuk tubuh giant barb sekilas terlihat mirip seperti ikan mas

(Gambar 22), namun ketika dilihat secara teliti ikan ini memiliki ciri khas yang

unik dan sangat jelas berbeda bila dibandingkan dengan ikan mas. Giant barb

memiliki bentuk tubuh yang terlihat mirip seperti roket (bagian depan tubuhnya

besar dan agak mengecil di bagian belakang), dengan kepala yang cukup besar

dan agak lebar, ukuran kepalanya sekitar 1/3 dari ukuran tubuhnya. Ikan ini juga

memiliki bentuk punggung yang unik, yakni terlihat tinggi dan melengkung

seperti punuk unta, pada bagian belakang punggung ini terdapat sirip dorsal yang

memanjang sepanjang lekuk punggungnya, sirip dorsal berbentuk segitiga bagian

pangkalnya agak melengkung dengan ujung sirip yang agak runcing. Sirip

pectoral, ventral dan anal terlihat berbentuk segitiga yang nampak seperti ujung

44

pisau belati, sedangkan sirip caudal-nya berbentuk seperti bumerang (bercagak)

dengan ujung yang agak lancip (Rainboth 1996).

Gambar 22. Ciri Khas Giant Barb

(Sumber : http://photos.zoochat.com/large/img_55414-242702.jpg)

4.2 Isolasi DNA Genom Ikan Cyprinid Uji

DNA diisolasi dari kelima sampel ikan uji dengan menggunakan kit

Wizard® Genomic DNA Purification (Promega). Proses isolasi DNA secara garis

besar memiliki empat tahapan, pertama adalah tahapan pemecahan dinding sel,

kedua adalah tahapan ekstraksi DNA dari inti sel, ketiga adalah tahapan

pengendapan (presipitasi) DNA, dan keempat adalah tahapan pencucian DNA

(Rafsanjani 2011).

Sampel yang akan diisolasi DNA-nya diambil dari jaringan sirip sehingga

DNA genom ikan dapat diperoleh tanpa harus membunuh ikan terlebih dahulu.

Pemecahan dinding sel dilakukan dengan pemberian nucleic lysis solution pada

sampel, setelah dinding sel pecah maka DNA pada inti sel dapat diekstraksi.

RNAse solution ditambahkan pada sampel untuk mengekstraksi DNA dan

menghilangkan RNA yang masih menempel pada isolat. Setelah itu dilakukan

pengendapan DNA dengan menambahkan protein precipitation solution pada

sampel. Proses pencucian DNA dilakukan dengan menggunakan ethanol 70 %,

pencucian ini dilakukan untuk membilas sisa-sisa bahan ekstraksi, sisa-sisa

45

protein dan garam-garam, serta senyawa-senyawa lainnya yang ikut mengendap

bersama isolat DNA (Lampiran 2).

Setelah proses isolasi selesai maka dilakukan pengujian kualitas DNA

dengan melakukan elektroforesis dan perhitungan konsentrasi DNA menggunakan

alat spektrofotometrik (Pranawaty dkk. 2012). Elektroforesis dilakukan

menggunakan gel agarose dengan konsentrasi 1 % (agarose serbuk 0,4 gr +

larutan TBE buffer 40 ml) pada beda potensial sebesar 75 V selama satu jam.

Hasil elektroforesis dapat dilihat dengan melakukan visualisasi gel agarose di atas

UV transiluminator. Sebelum melakukan visualisasi gel agarose di atas UV

transiluminator, gel agarose terlebih dahulu direndam di dalam larutan EtBr

(etidium bromide) untuk pewarnaan DNA. Larutan EtBr akan memendarkan DNA

pada gel agarose yang disinari oleh sinar UV dengan panjang gelombang

l = 312 nm pada UV transiluminator.

Hasil elektroforesis kelima DNA sampel uji (Gambar 23) menunjukkan

bahwa hasil isolasi DNA memiliki kualitas yang baik. Hal ini ditunjukkan dengan

tidak terlihatnya smear yang tebal pada hasil elektroforesis. Smear akan terlihat

dari hasil isolasi DNA genom pada gel agarose apabila masih terdapat kontaminan

seperti sisa-sisa isolat, RNA, protein, ataupun senyawa kontaminan lainnya pada

DNA tersebut, atau karena kualitas DNA yang kurang baik.

Gambar 23. DNA Genom Ikan Uji (Tanda )


46

Perhitungan kemurnian DNA juga perlu dilakukan untuk memastikan

kualitas sampel hasil isolasi DNA genom secara kuantitatif menggunakan alat

spektrofotometrik dengan melakukan perbandingan nilai absorban A260 nm

dengan A280 nm (Lampiran 3). Hasil perhitungan konsentrasi DNA (Tabel 3)

menunjukkan nilai yang berbeda-beda pada setiap sampelnya. Perbandingan nilai

absorban A260 nm dengan A280 nm terendah diperoleh dari sampel grass carp

(GC) sebesar 1,761 dan yang tertinggi diperoleh dari sampel ikan mas Subang

(SB) sebesar 1,936. Rata-rata perbandingan nilai absorban A260 nm dengan A280

nm dari semua sampel berada pada angka 1,761 – 1,936. Hal ini menunjukkan

bahwa sampel memenuhi persyaratan kemurnian DNA untuk proses amplifikasi,

dimana syarat DNA bisa dinyatakan murni dan memenuhi persyaratan kemurnian

untuk analisis molekuler bila rasio dari kedua nilai absorban A260 nm dengan A280

nm berada di antara 1,8 – 2,0 (Sambrook et al. 1989), meskipun sampel GC

memiliki nilai perbendingan sebesar 1,761 layak sebagai DNA template untuk

proses amplifikasi DNA karena nilai tersebut masih mendekati nilai minimum 1,8.

Tabel 3. Hasil Perhitungan Kemurnian DNA Genom Ikan Cyprinid Uji

No. Sampel Abs260 nm Abs280 nm Kemurnian DNA 1. MJ 0,163 0,088 1,852 2. RD 0,221 0,118 1,873 3. SB 0,182 0,094 1,936 4. GC 0,456 0,259 1,761 5. GB 0,123 0,064 1,922

Kemurnian DNA yang baik sangat diperlukan untuk menunjang

keberhasilan pada proses amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR, apabila

DNA yang dijadikan sebagai template atau cetakan kurang murni atau bahkan

tidak murni kemungkinan besar primer tidak akan bisa menempel pada sekuen

DNA yang akan diamplifikasi karena terhalang oleh kontaminan-kontaminan

yang ada pada isolat DNA genom, sehingga hal ini dapat mengakibatkan gagalnya

proses amplifikasi DNA. Selain kualitas DNA template optimasi primer juga

menjadi penentu keberhasilan proses amplifikasi DNA.

47

4.3 Amplifikasi DNA dan Analisis Polimorfisme

Setelah didapatkan DNA dengan kualitas yang baik maka selanjutnya

DNA tersebut akan dijadikan sebagai template pada proses amplifikasi DNA.

Sebelum melakukan amplifikasi perlu dilakukan optimasi primer untuk mencari

tempratur annealing yang tepat sehingga primer dapat menepel secara optimal

pada DNA genom yang dijadikan sebagai template. Tempratur annealing yang

akan digunakan dicari melalui perkiraan dengan melakukan penyesuaian terhadap

melting temperature (Tm) dari masing-masing primer (McPherson and

Moller 2006).

Amplifikasi DNA genom dilakukan dengan metode RAPD-PCR (random

amplified polymorphic DNA – polymerase chain reaction) menggunakan empat

jenis primer OPA, yaitu OPA-2, OPA-3, OPA-5, dan OPA-13. Setelah proses

amplifikasi menggunakan keempat primer tersebut selesai kemudian sampel

dielektroforesis pada gel agarose dengan konsentrasi 1,4 % (agarose serbuk

0,4 gr + larutan TBE buffer 40 ml), hasil yang didapatkan yaitu hanya ada tiga

jenis primer yang menghasilkan beragam pita polimorfik (OPA-2, OPA-3, dan

OPA-13), sedangkan primer OPA-5 tidak mampu memunculkan pita polimorfik

dari DNA ikan Cyprinid uji (Lampiran 4). Dari ketiga primer inilah kemudian

dilakukan analisis polimorfik untuk mencari tingkat kekerabatan ikan Cyprinid uji.

Amplifikasi DNA sampel dengan menggunakan primer OPA-2

menghasilkan beragam pita-pita polimorfik dengan besaran amplikon antara

467 bp – 2.515 bp (Gambar 24). Sumur M merupakan marker DNA ladder 1 kb

dengan jarak basa mulai dari 250 bp sampai dengan 10.000 bp. Penggunaan

marker DNA ladder 1 kb ini tepat karena DNA sampel target yang teramplifikasi

berkisar antara 450 – 2550 bp (Lampiran 5).

Sumur MJ memunculkan 3 pita (Gambar 24), 2 diantaranya adalah pita

polimorfik (906 bp, 581 bp) dan 1 pita monomorfik yang sejajar dengan pita yang

muncul pada sumur RD dan SB (698 bp) (Tabel 4), hal ini menunjukkan bahwa

ikan mas Majalaya memiliki perbedaan dibandingkan dengan ikan mas Rajadanu

ataupun ikan mas Subang meskipun ikan mas Majalaya masih memiliki kesamaan

dengan ikan mas Rajadanu dan ikan mas Subang, perbedaan ini terlihat dari

48

bentuk tubuh ikan mas Majalaya yang khas dimana punggungnya tinggi dan

perutnya besar membulat serta panjang tubuh relatif pendek, selain itu ukuran

kepala ikan mas Majalaya relatif lebih kecil (Gambar 14).

Sumur RD dan sumur SB (Gambar 24) memunculkan 2 pita pada lokasi

yang sama (698 bp, 467 bp) (Tabel 4), penggunaan primer OPA-2 menunjukkan

bahwa ikan mas Rajadanu dan ikan Mas Subang memiliki tingkat kesamaan

genetik yang sangat dekat, hal ini dibuktikan dengan miripnya ciri fenotip antara

ikan mas Rajadanu dengan ikan mas Subang, walaupun sebenarnya terdapat

sedikit perbedaan antara ikan mas Rajadanu dengan ikan mas Subang, perbedaan

ini dapat dilihat dari bentuk kepala, punggung dan perut yang berbeda antara ikan

mas Radajadu dengan ikan mas Subang.

Gambar 24. Hasil Amplifikasi DNA (OPA-2)


Keterangan:

M = Marker 1 kb SB = Ikan mas Subang MJ = Ikan mas Majalaya GC = Grass carp RD = Ikan mas Rajadanu GB = Giant barb

49

Sumur GC memunculkan 5 pita (Gambar 24), dengan 4 diantaranya adalah

pita polimorfik (2515 bp, 1181 bp, 1069 bp, 769 bp) dan 1 pita monomorfik

(698 bp) yang sejajar dengan ketiga strain ikan mas (Tabel 4). Adanya 4 pita

polimorfik menunjukkan bahwa secara fenotip maupun genotip grass carp sangat

berbeda jauh dengan ikan mas walaupun ada sedikit kesamaan dengan ketiga ikan

tersebut. Perbedaan ini sangat terlihat jelas dengan bentuk tubuh grass carp yang

memanjang, sirip dorsal yang pendek dan cukup tinggi, ukuran mata yang relatif

kecil, dan sirip caudal yang seperti kuas (Gambar 20).

Tabel 4. Tabel Polimorfik dan Monomorfik OPA-2

Base Pair (bp) MJ RD SB GC GB 2515 --* 1749 --* 1181 --* 1069 --* 999 --* 906 --* 769 --* 698 -- -- -- -- 616 --* 581 --* 540 --* 467 -- --

Keterangan: -- = Pita Monomorfik | --* = Pita Polimorfik

Sumur GB memunculkan 4 pita (Gambar 24) dan keempatnya merupakan

pita polimorfik (1749 bp, 999 bp, 616 bp, 540 bp) (Tabel 4). Pita-pita polimorfik

ini menunjukkan bahwa giant barb memiliki cukup banyak ciri khas yang tidak

ditemukan pada ikan uji lainnya. Ciri fenotip yang khas pada giant barb

diantaranya adalah, bentuk kepalanya yang besar dan lebar memiliki ukuran

sekitar 1/3 dari besar tubuhnya, tubuhnya sendiri berbentuk seperti roket, bagian

punggungnya mirip seperti punuk unta karena bentuknya yang tinggi dan

melengkung, pada lekuk punggung bagian belakang terdapat sirip dorsal yang

khas berbentuk segitiga dimana bagian pangkalnya agak melengkung dan

memiliki ujung yang agak lancip, selain itu sirip pectoral, ventral dan anal juga

memiliki bentuk yang khas seperti ujung pisau belati, sedangkan sirip caudal-nya

50

memiliki bentuk seperti bumerang dengan ujung sirip yang agak runcing

(Gambar 22).

Amplifikasi DNA sampel dengan menggunakan primer OPA-3

memunculkan banyak pita polimorfik dan monomorfik yang lebih beragam bila

dibandingkan dengan hasil amplifikasi DNA sampel menggunakan primer OPA-2.

Pita-pita yang muncul pada gel agarose memiliki besaran amplikon yang beragam

mulai dari 338 bp – 1755 bp (Gambar 25). Sumur M merupakan marker DNA

ladder 1 kb dengan jarak basa mulai dari 250 bp sampai dengan 10.000 bp.

Penggunaan marker DNA ladder 1 kb ini tepat karena DNA sampel target yang

teramplifikasi berkisar antara 300 – 1800 bp (Lampiran 6).

Penggunaan primer OPA-3 untuk mengamplifikasi DNA sampel ikan mas

Majalaya memunculkan 7 pita yang berbeda (Gambar 25), dimana 2 pita

diantaranya merupakan pita polimorfik (688 bp, 608) dan 5 pita lainnya adalah

pita monomorfik (1337 bp, 1041 bp, 981 bp, 543 bp, 419 bp) (Tabel 5). Hasil

amplifikasi DNA dengan menggunakan primer OPA-3 ini menunjukkan bahwa

cukup banyak sekuen DNA ikan mas Majalaya yang komplementer dengan

sekuen primer OPA-3. Kedua pita polimorfik yang muncul menunjukkan bahwa

ikan mas Majalaya memiliki keragaman berbeda dari ikan mas uji lainnya, hal ini

sesuai dengan ciri khas fenotip dari tubuh ikan mas Majalaya yang memiliki

punggung tinggi, badan besar membulat dan panjang tubuhnya relatif pendek,

serta ukuran kepala yang relatif lebih kecil (Gambar 14). Ikan mas Majalaya

memiliki tingkat kesamaan genetik yang lebih dekat dengan ikan mas Rajadanu

dibandingkan dengan ikan mas Subang, hal ini ditunjukkan dengan adanya lima

pita monomorfik yang sama pada sampel ikan mas Rajadanu (1337 bp, 1041 bp,

981 bp, 543 bp, 419 bp), sedangkan hanya ada empat pita monomorfik yang sama

pada sampel ikan mas Subang (1337 bp, 1041 bp, 981 bp, 543 bp). Ikan mas

Majalaya juga memiliki beberapa kesamaan genetik dengan giant barb, hal ini

ditunjukkan dengan adanya pita monomorfik dengan besar fragmen 1041 bp dan

981 bp yang juga ditemukan pada sampel giant barb.

Penggunaan primer OPA-3 dalam mengamplifikasi DNA sampel ikan mas

Rajadanu dan DNA sampel ikan mas Subang menghasilkan cukup banyak pita

51

monomorfik yang sama untuk kedua sampel ini. Ada 4 pita monomorfik yang

sama-sama muncul pada sumur RD maupun sumur SB (Gambar 25), besaran

fragmen keempat pita monomorfik tersebut terdiri dari 1337 bp, 1041 bp, 981 bp,

dan 543 bp (Tabel 5). Munculnya 4 pita monomorfik yang sama mengindikasikan

bahwa ikan mas Rajadanu dan ikan mas Subang memiliki tingkat kesamaan

genetik yang sangat dekat, meskipun pada sampel ikan mas Rajadanu terdapat

2 pita monomorfik yang berbeda (781 bp, 419) dan 1 pita polimorfik (621 bp)

(Tabel 5). Dua pita monomorfik yang berbeda pada sampel ikan mas Rajadanu

satu diantaranya sejajar dengan pita monomorfik yang muncul pada sumur GC

(781 bp), dan sisanya sejajar dengan pita monomorfik yang muncul pada sumur

MJ (419 bp).



Keterangan:

M = Marker 1 kb SB = Ikan mas Subang MJ = Ikan mas Majalaya GC = Grass carp RD = Ikan mas Rajadanu GB = Giant barb

52

Kemunculan pita monomorfik yang berbeda dan pita polimorfik pada

sampel RD menandakan bahwa terdapat beberapa perbedaan genetik antara ikan

mas Rajadanu dengan ikan mas Subang, perbedaan tersebut dapat dilihat dari

bentuk tubuh ikan mas Rajadanu dengan ikan mas Subang, ikan mas Rajadanu

memiliki ciri khas pada kepalanya yang agak melengkung ke bawah,

punggungnya yang landai (rendah) dan bentuk tubuhnya yang agak pipih

memanjang (Gambar 16), sedangkan ikan mas Subang memiliki bentuk tubuh

dengan punggung agak tinggi dan perut yang relatif datar (Gambar 18).

Salah satu pita monomorfik pada sampel RD yang sama dengan pita

monomorfik yang terdapat pada sampel GC menunjukkan adanya sedikit

kesamaan antara ikan mas Rajadanu dengan grass carp, sedangkan satu pita

monomorfik lainnya yang sama dengan pita monomorfik pada sampel MJ

menunjukkan bahwa ikan mas Rajadanu juga memiliki tingkat kesamaan genetik

yang cukup dekat dengan ikan mas Majalaya. Ikan mas Rajadanu dan ikan mas

Subang juga memiliki kesamaan genetik yang serupa dengan ikan mas Majalaya

dan giant barb yakni pada pita monomorfik berukuran 1041 bp dan 981 bp.

Penggunaan primer OPA-3 dalam amplifikasi DNA sampel grass carp

memunculkan 4 pita berbeda (Gambar 25), primer OPA-3 hanya mampu

memunculkan 3 pita polimorfik saja (1755 bp, 1478 bp, 621 bp) (Tabel 5) dimana

sebelumnya pada penggunaan primer OPA-2 mampu memunculkan 4 pita

polimorfik. Hal ini disebabkan karena sekuen gen polimorfik pada DNA grass

carp ada yang tidak komplementer dengan sekuen primer OPA-3. Ketiga pita

polimorfik yang muncul pada agarose bisa jadi merupakan representasi dari tiga

ciri khas fenotip grass carp (bentuk tubuh, sirip dorsal, sirip caudal atau mata)

(Gambar 20).

Penggunaan primer OPA-3 dalam amplifikasi DNA sampel giant barb

mampu memunculkan lebih banyak pita polimorfik maupun monomorfik bila

dibandingkan dengan hasil amplifikasi menggunakan primer OPA-2 (Gambar 25).

Ada 6 pita polimorfik yang berhasil diamplifikasi oleh primer OPA-3 (1639 bp,

814 bp, 737 bp, 561 bp, 474 bp, 338 bp) (Tabel 5), keenam pita polimorfik ini

kemungkinan merupakan gambaran dari ciri khas fenotip giant barb yang berbeda

53

dengan keempat sampel lainnya, perbedaan tersebut dapat dilihat dari bentuk

kepala, bentuk punggung, bentuk sirip (dorsal, pectoral, ventral, anal), dan sirip

caudal (Gambar 22).


Base Pair (bp) MJ RD SB GC GB 1755 --* 1639 --* 1478 --* 1337 -- -- -- 1041 -- -- -- -- 981 -- -- -- -- 901 --* 814 --* 781 -- -- 737 --* 688 --* 621 --* 608 --* 561 --* 543 -- -- -- 474 --* 419 -- -- 338 --*


Penggunaan primer OPA-13 untuk mengamplifikasi sampel ikan Cyprinid

uji menghasilkan cukup banyak ragam pita yang muncul dari hasil amplifikasi

DNA genom (Gambar 26). Pita yang muncul memiliki besaran fragmen mulai

dari 390 bp – 1957 bp (Lampiran 7). Tetapi setelah melakukan analisa dan

perbandingan data didapatkan hasil yang tidak konsisten dan tidak sesuai, dimana

pada penggunaan primer OPA-13 hampir seluruh pita yang muncul merupakan

pita monomorfik baik pada sampel MJ, RD, SB, dan GC. Pita polimorfik yang

muncul hanya terdapat pada sampel grass carp dan giant barb saja, sedangkan

pada sampel ikan mas sama sekali tidak ditemukan pita polimorfik.

54



Keterangan:

M = Marker 1 kb SB = Ikan mas Subang

MJ = Ikan mas Majalaya GC = Grass carp

RD = Ikan mas Rajadanu GB = Giant barb

Pita polimorfik yang muncul pada sampel GC hanya berjumlah 1 pita saja

(1957 bp), sedangkan ada 9 pita polimorfik yang muncul pada sampel GB

(1417 bp, 1177 bp, 1073 bp, 1005 bp, 993 bp, 702 bp, 615 bp, 519 bp, 437 bp)

(Tabel 6). Banyaknya pita monomorfik yang muncul pada gel agarose

mengindikasikan bahwa primer OPA-13 lebih komplementer terhadap sekuen

DNA monomorfik pada sampel ikan Cyprinid uji (terutama pada sampel ikan mas

dan grass carp) dibandingkan dengan sekuen DNA polimorfik-nya. Kemungkinan

hal ini terjadi karena sekuen primer OPA-13 tidak komplementer sama sekali

dengan gen polimorfik pada DNA ikan mas uji, dan sedikit sekuen primer yang

komplementer dengan gen polimorfik pada DNA grass carp. Primer OPA-13

hanya komplementer dengan sekuen gen polimorfik pada DNA giant barb saja.

55


Base Pair (bp) MJ RD SB GC GB 1957 --* 1873 -- -- 1618 -- -- 1417 --* 1350 -- -- 1177 --* 1113 -- -- 1073 --* 1005 --* 993 --* 957 -- -- -- 874 -- -- -- -- -- 824 -- -- -- 702 --* 632 -- -- -- 615 --* 519 --* 455 -- -- 437 --* 390 -- -- --


Penggunaan dua jenis primer OPA (OPA-2 dan OPA-3) menghasilkan

beragam pita polimorfik yang muncul pada beberapa sampel ikan Cyprinid uji.

Hasil amplifikasi DNA menggunakan primer OPA-2 berhasil memunculkan 2 pita

polimorfik pada sampel MJ, 4 pita polimorfik pada sampel GC, dan 4 pita

polimorfik pada sampel GB, sedangkan hasil amplifikasi DNA menggunakan

primer OPA-2 berhasil memunculkan 2 pita polimorfik pada sampel MJ, 3 pita

polimorfik pada sampel GC, dan 6 pita polimorfik pada sampel GB.

Kemunculan pita-pita polimorfik ini dapat dibandingkan dengan ciri-ciri

fenotip masing-masing ikan uji yang khas untuk mencari tahu efektifitas primer

dalam mengamplifikasi DNA sampel. Berdasarkan perbandingan jumlah pita

polimorfik yang muncul pada gel agarose dengan ciri-ciri fenotip yang khas dari

sampel ikan Cyprinid uji maka bisa disimpulkan bahwa penggunaan primer

OPA-2 dan OPA-3 memiliki kemampuan yang sama untuk mengamplifikasi pita

polimorfik pada sampel MJ dimana hasil amplifikasi menunjukkan adanya 2 pita

56

polimorfik yang teramplifikasi, jumlah pita polimorfik ini sesuai dengan jumlah

ciri khas fenotip sampel MJ. Primer OPA-3 lebih komplementer dengan sekuen

gen polimorfik RD dibandingkan dengan OPA-2, karena berhasil memunculkan

1 pita polimorfik pada sampel RD yang menunjukkan bahwa RD memiliki ciri

khas berbeda dibandingkan dengan dua ikan mas lainnya. Primer OPA-2 lebih

komplementer dengan sekuen gen polimorfik pada DNA grass carp bila

dibandingkan dengan primer OPA-3, karena primer OPA-2 mampu memunculkan

4 pita polimorfik yang jumlahnya sesuai dengan ciri khas fenotip sampel GC,

sedangkan primer OPA-3 hanya mampu memunculkan 3 pita polimorfik saja.

Primer OPA-3 memunculkan lebih banyak pita polimorfik pada sampel GB bila

dibandingkan dengan primer OPA-2, dimana primer OPA-3 mampu

memunculkan 6 pita polimorfik, sedangkan primer OPA-2 hanya mampu

memunculkan 4 pita polimorfik saja, meskipun demikian penggunaan primer

OPA-2 ataupun OPA-3 sudah sesuai dengan ciri khas fenotip pada sampel GB.

Penggunaan primer OPA-2 maupun OPA-3 tidak dapat memunculkan pita

polimorfik pada sampel SB, hal ini disebabkan karena kedua sekuen primer ini

tidak ada yang komplementer dengan sekuen gen polimorfik pada DNA sampel

SB. Pita polimorfik yang muncul pada setiap sampel belum tentu merupakan

representasi dari ciri khas fenotip yang ada pada masing-masig ikan uji, karena

sifat primer yang menempel secara acak tidak dapat diketahui dengan jelas apakah

sekuen primer tersebut menempel pada sekuen gen polimorfik yang diekspresikan

menjadi fenotip, atau bukan merupakan sekuen gen polimorfik yang diekspresikan

menjadi fenotip (Liu and Cordes 2004).

4.4 Analisis Kekerabatan Ikan Cyprinid Uji

Setelah melakukan pengamatan dan analisis polimorfisme dari hasil

amplifikasi DNA ikan Cyprinid uji, langkah selanjutnya adalah melakukan

analisis kekerabatan pada ikan yang diujikan. Pola pita yang muncul pada gel

agarose diterjemahkan kedalam data numerik tanpa membedakan tebal atau

tipisnya pita DNA. Penerjemahan pola pita dilakukan dengan memberikan angka

(0) bila tidak ditemukan pita pada sampel, dan angka (1) bila ditemukan pita pada

57

sampel menggunakan primer OPA-2 (Lampiran 8), OPA-3 (Lampiran 9) dan

OPA-13 (Lampiran 10). Penentuan ada atau tidak adanya pita pada gel agarose

dilakukan dengan bantuan beberapa software komputer, diantaranya adalah

Coreldraw X6, dan Microsoft Excel 2007 (Lampiran 11).

Setelah pita-pita yang muncul pada gel agarose diterjemahkan menjadi

data numerik dalam bentuk matriks biner, langkah selanjutnya adalah melakukan

perhitungan koefisien kesamaan (simple matching) dari data tersebut

(Lampiran 12). Berdasarkan hasil perhitungan koefisien kesamaan (simple

matching) selanjutnya pohon kekerabatan (fenogram) dibuat dengan

menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic

Averages) melalui program NTSYS-PC. Pohon kekerabatan (fenogram) ini

menunjukkan persentase tingkat kesamaan genetik dan hubungan kekerabatn

antara masing-masing sampel yang diujikan. Pohon kekerabatan (fenogram) yang

diperoleh berdasarkan pita-pita teramplifikasi (polimorfik dan monomorfik)

menggunakan primer OPA-2 (Gambar 27), OPA-3 (Gambar 28) dan OPA-13

(Gambar 29) memiliki hasil yang berbeda. Perbedaan hasil fenogram ini

merupakan konsekuensi logis dari adanya perbedaan pola pita teramplifikasi pada

gel agarose, karena penggunaan primer RAPD untuk mengamplifikasi sekuen

DNA pada suatu organisme uji memiliki prinsip amplifikasi DNA polimorfik

secara acak.

Fenogram hasil analisis UPGMA dengan menggunakan primer OPA-2

(Gambar 27) menunjukkan dari 5 sampel ikan Cyprinid uji diperoleh 3 kelompok,

dimana kelompok pertama terdiri dari sampel MJ, sampel RD, dan sampel SB

dengan nilai koefisien kesamaan sebesar 0,40. Nilai koefisien ini berarti bahwa

ketiga sampel MJ, RD, dan SB memiliki 40 % kesamaan genetik, dengan

demikian ketiga sampel ini masih memiliki tingkat kekerabatan yang cukup dekat.

Kelompok kedua terdiri dari sampel RD dan SB dengan nilai koefisien kesamaan

sebesar 1,00. Hal ini berarti bahwa antara sampel RD dengan sampel SB memiliki

100 % kesamaan genetik, dengan demikian dapat disimpulkan bahwa sampel RD

identik dengan sampel SB dan kekerabatan antara kedua sampel tersebut sangat

dekat. Kelompok ketiga terdiri dari sampel MJ, RD, dan SB dengan sampel GC,

58

dimana nilai koefisien kesamaannya sebesar 0,28. Nilai ini menunjukkan bahwa

antara ketiga sampel ikan mas yang diujikan (MJ, RD, SB) memiliki 28 %

kesamaan genetik dengan sampel GC, hal ini berarti bahwa ikan mas memiliki

hubungan kekerabatan yang jauh dengan grass carp. Sampel GB pada analisis ini

tidak termasuk kedalam kelompok apapun. Sampel GB dengan keempat sampel

lainnya memiliki nilai koefisien kesamaan sebesar 0,00 yang berarti bahwa

sampel GB dengan keempat sampel tersebut sama sekali tidak memiliki kesamaan

genetik, dalam kata lain sampel GB memiliki tingkat kekerabatan yang sangat

jauh dengan sampel uji lainnya.

Gambar 27. Fenogram Ikan Cyprinid Uji (OPA-2)


Keterangan:



SB = Ikan mas Subang


(Gambar 28) memiliki perbedaan yang cukup signifikan dengan hasil fenogram

sebelumnya. Fenogram di bawah menunjukkan bahwa dari 5 sampel ikan

Cyprinid uji diperoleh 4 kelompok, dimana kelompok pertama masih terdiri dari

tiga sampel ikan mas uji (MJ, RD, SB) dengan nilai koefisien kesamaan sebesar

59

0,67. Nilai ini lebih besar daripada nilai koefisien kesamaan pada fenogram

OPA-2 sebelumnya, penggunaan OPA-3 mendeteksi bahwa antara ketiga sampel

ikan mas uji memiliki kesamaan genetik sebesar 67 %, hal ini menunjukkan

bahwa hubungan kekerabatan antara ketiga sampel tersebut dekat.



Keterangan:




Kelompok kedua masih terdiri dari dua sampel yang sama yaitu sampel

RD dan SB, namun pada fenogram OPA-3 ini nilai koefisien kesamaan antara

sampel RD dengan sampel SB lebih kecil dari hasil sebelumnya, yakni nilai

koefisien kesamaannya hanya 0,80 saja. Adanya penurunan nilai koefisien

persamaan menunjukkan bahwa antara ikan mas Rajadanu dengan ikan mas

Subang memiliki beberapa perbedaan genetik, sehingga tingkat kesamaan

genetiknya hanya sebesar 80 % yang semula 100 % pada fenogram OPA-2,

meskipun demikian kedua sampel ini masih tergolong memiliki hubungan

kekerabatan yang sangat dekat. Kelompok ketiga terdiri dari tiga sampel ikan mas

uji (MJ, RD, SB) dengan sampel SB, nilai koefisien kesamaannya sebesar 0,33.

60

Komposisi ikan pada kelompok kedua dari hasil fenogram OPA-3 terdapat

perbedaan, dimana sampel GB menjadi salah satu jenis ikan yang termasuk

kedalam kelompok ini menggantikan sampel GC, sedangkan sebelumnya sampel

GB pada fenogram OPA-2 tidak termasuk pada kelompok manapun. Fenogram

OPA-3 ini menunjukkan bahwa antara ketiga sampel ikan mas uji dengan sampel

giant barb memiliki kesamaan genetik sebesar 33 %, hal ini juga berarti bahwa

ikan mas memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan giant barb.

Kelompok terakhir terdiri dari tiga sampel ikan mas dan sampel giant barb

dengan sampel GC. Nilai koefisien kesamaan pada kelompok ini sebesar 0,05, hal

ini berarti sampel GC hanya memiliki 5 % kesamaan genetik dengan keempat

sampel lainnya. Fenogram OPA-3 ini menunjukkan bahwa sampel GC sangat jauh

berbeda dengan keempat sampel lainnya, dengan demikian bisa dipastikan

hubungan kekerabatan antara grass carp dengan ikan mas atau giant barb sangat

jauh.


(Gambar 29) menunjukkan hasil yang cukup berbeda jauh dengan kedua

fenogram sebelumnya. Fenogram di bawah menunjukan dari 5 sampel ikan

Cyprinid uji didapatkan 4 kelompok yang terdiri dari, kelompok pertama terdiri

dari tiga sampel ikan mas (MJ, RD, SB) dengan nilai koefisien kesamaannya

sebesar 0,67. Nilai koefisien ini sama dengan kelompok pertama pada hasil

fenogram OPA-3, hal ini menunjukkan bahwa pada fenogram OPA-13 ketiga ikan

mas uji memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan nilai kesamaan

genetik sebesar 67 %. Kelompok kedua pada fenogram OPA-13 masih terdiri dari

sampel ikan mas Rajadanu dengan sampel ikan mas Subang dengan nilai

koefisien kesamaan yang lebih besar dari hasil fenogram OPA-3 yakni 0,92, nilai

ini menunjukkan bahwa pada fenogram OPA-13 sampel RD dengan sampel SB

memiliki hubungan kekerabatan yang sangat dekat dengan perbedaan genetik

sebesar 8 % saja, atau dengan kata lain sampel RD dengan sampel SB memiliki

92 % kesamaan genetik. Fenogram OPA-3 kurang tepat dalam mengelompokkan

sampel GC dengan sampel GB kedalam satu kelompok (kelompok ketiga) dengan

nilai koefisien kesamaan sebesar 0,44. Nilai ini menunjukkan bahwa grass carp

61

dengan giant barb memiliki kesamaan genetik yang cukup dekat bila

dibandingkan dengan ikan mas, padahal bila dilihat dari ciri fenotipnya grass carp

dengan giant barb memiliki bentuk tubuh yang sangat jauh berbeda.

Pengelompokan ini bisa dipastikan menunjukkan ketidak akuratan primer OPA-13

dalam menggambarkan hubungan kekerabatan antara grass carp dengan

giant barb, karena pada faktanya giant barb secara umum lebih menyerupai ikan

mas daripada grass carp, sedangkan grass carp jelas sangat berbeda bila

dibandingkan dengan ketiga sampel ikan mas maupun giant barb. Kelompok

terakhir adalah gabungan antara kelompok pertama dengan kelompok ketiga (ikan

mas dengan grass carp dan giant barb), pengelompokan ini masih dapat ditolerir

walaupun pada kelompok ketiga terdapat kerancuan, karena kemungkikan ikan

mas masih memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan grass carp maupun

giant barb mengingat kelima ikan yang diujikan merupakan satu famili

Cyprinidae.



Keterangan:




62

Berdasarkan hasil analisa polimorfik dan fenogram (OPA-3) sebelumnya,

bila ketiga jenis ikan mas dianalisis untuk mencari strain ikan mas yang memiliki

potensi sifat unggul tanpa memasukkan grass carp ataupun giant barb, maka

didapatkan hasil ikan mas yang masih memiliki potensi sifat unggul adalah ikan

mas strain Majalaya dan ikan mas strain Rajadanu, hal ini didasarkan kepada

munculnya pita polimorfik dari masing-masing ikan mas Majalaya (688 bp,

608 bp) maupun ikan mas Rajadanu (901 bp, 781 bp) (Tabel 7), pita-pita

polimorfik yang muncul ini bisa jadi merupakan salah satu gen pengendali sifat-

sifat unggul dari ikan mas tersebut (contoh, gen pengendali laju pertumbuhan)

selain dari gen yang diekspresikan menjadi fenotip.

Tabel 7. Tabel Polimorfik dan Monomorfik Sampel Ikan Mas (OPA-3)

Base Pair (bp) MJ RD SB 1337 -- -- -- 1041 -- -- -- 981 -- -- -- 901 --* 781 --* 688 --* 608 --* 543 -- -- -- 419 -- --


Ikan mas Rajadanu memiliki potensi yang lebih unggul daripada ikan mas

Majalaya. Keunggulan ikan mas Rajadanu bila dibandingkan dengan kedua ikan

mas uji lainnya adalah dari laju pertumbuhannya yang cepat yakni 1,62 % dari

bobot ikan per hari, sendangkan ikan mas Majalaya sebesar 1,40 % dari bobot

ikan per hari, dan ikan mas Subang sebesar 1,33 % dari bobot ikan per hari. Selain

itu ikan mas Rajadanu memiliki tingkat toleransi yang tinggi terhadap perubahan

lingkungan dimana ikan ini hidup. Meskipun tidak ada pita polimorfik yang

muncul pada ikan mas Subang, ikan mas ini masih memiliki sedikit keunggulan

dibandingkan dengan kedua ikan mas lainnya. Ikan mas Subang memiliki tingkat

kelangsungan hidup tertinggi diantara ketiga jenis ikan mas yang dujikan dengan

nilai sebesar 99,67 %, sedangkan ikan mas Rajadanu memiliki tingkat

63

kelangsungan hidup sebesar 95,67 %, dan ikan mas Majalaya sebesar 93,67 %

(Pratama 2010).

Karena memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan ikan mas,

grass carp dan giant barb memiliki potensi untuk dikawin silangkan dengan ikan

mas sebagai program perbaikan kualitas genetik ikan mas yang mengalami

penurunan, karena kedua ikan ini masih memiliki cukup banyak keragaman

genetik bila dibandingkan dengan ikan mas yang diujikan. Selain itu kedua jenis

ikan ini juga terkenal dengan laju pertumbuhannya yang cepat, grass carp dapat

tumbuh dengan cepat dan bisa mencapai berat maksimum 35 kg di alam (Weimin

2004) laju pertumbuhan ikan ini sekitar 0,91 kg per bulan, ikan muda biasanya

tumbuh lebih cepat dari ikan dewasa, dan ikan betina tumbuh lebih cepat

dibandingkan dengan ikan jantan (Sutton et al 2012), sedangkan giant barb bisa

tumbuh dari 2 sampai 4 kg selama delapan bulan (Leelapatra et al. 2000 dalam

Mattson 2002).

4.5 Perbandingan Keakuratan Primer

Suatu primer bisa dinyatakan baik apabila komplementer dengan sekuen

DNA sampel dan mampu untuk memunculkan banyak pita polimorfik dari setiap

sampel yang diujikan, selain itu primer yang baik juga akan menghasilkan data

analisis polimorfisme maupun fenogram hubungan kekerabatan yang konsisten

dan sesuai dengan karakteristik ikan uji. Keakuratan penggunaan primer OPA-2,

OPA-3 dan OPA-13 dalam menganalisa polimorfisme dan hubungan kekerabatan

antar ikan Cyprinid uji pada penelitian ini dapat diuji dengan cara

membandingkan antara hasil analisis polimorfisme dan analisis kekerabatan

(fenogram) dengan karakteristik fenotip ikan uji (Tabel 8).

Berdasarkan hasil fenogram OPA-2 (Gambar 27) di atas, sampel MJ

memiliki kesamaan genetik sebesar 40 % dengan sampel RD maupun sampel SB,

hal ini berarti bahwa sampel MJ memiliki 60 % perbedaan genetik dibandingkan

dengan kedua sampel tersebut dan menunjukkan bahwa antara ikan mas Majalaya

dengan ikan mas Rajadanu dan ikan mas Subang memiliki kekerabatan yang

cukup dekat. Perbedaan antara sampel MJ dengan sampel RD dan sampel SB

64

dibuktikan dengan bentuk tubuhnya yang khas dan berbeda bila dibandingkan

dengan sampel RD maupun sampel SB. Ciri khas fenotip sampel MJ adalah

tubuhnya membulat besar, dan lebar dengan punggungnya yang tinggi. Selain itu

ikan ini memiliki panjang tubuh yang relatif pendek dengan kepalanya yang

relatif kecil. Berbeda dengan sampel RD yang memiliki bentuk tubuh agak pipih

memanjang dengan punggungnya yang landai (rendah) dan kepalanya yang agak

panjang serta moncongnya agak melengkung ke bawah, ataupun sampel SB yang

memiliki punggung yang agak tinggi dengan perutnya yang agak rata dan pangkal

ekornya yang relatif lebih panjang.

Tabel 8. Ciri Khas Fenotip Ikan Cyprinid Uji

Ikan Cyprinid

Ciri Khas Fenotip Kepala Tubuh Caudal

MJ

Bentuk segitiga, ukurannya kecil, letaknya sejajar dengan garis tubuh

Punggung tinggi, perut membulat, relatif pendek

Pangkal ekor agak lebar, sirip caudal bercagak ujungnya membulat bagian bawah lebih panjang

RD

Bentuk moncong mulut agak melengkung ke bawah

Punggung landai (rendah), perut agak membulat, tubuh memanjang

Pangkal ekor agak panjang dan agak lebar, sirip caudal bercagak ujungnya membulat bagian bawah lebih panjang

SB

Bentuk segitiga runcing, agak panjang dan lebar, sejajar dengan lekuk tubuh

Punggung agak tinggi, perut relatif datar, tubuh agak memanjang

Pangkal ekor panjang, sirip caudal bercagak ujungnya membulat dan panjangnya sama

GC

Bentuk segitiga runcing, ukurannya agak kecil, sejajar dengan garis punggung, tanpa barbell

Punggung rata dengan garis kepala (rata), perut agak membulat, tubuh silinder panjang

Pangkal ekor relatif panjang dan agak lebar, sirip caudal bercagak seperti kuas

GB

Bentuk seperti setengah lingkaran, ukurannya besar agak lebar, tanpa barbell

Punggung tinggi, perut relatif datar, tubuh besar dan lebar

Pangkal ekor relatif pendek, sirip caudal bercagak seperti bumerang ujungnya agak runcing

65

Penggunaan primer OPA-2 tidak mampu menunjukkan perbedaan ciri

fenotip antara sampel RD dengan sampel SB, hal ini ditunjukkan dengan nilai

kesamaan genetik antara kedua sampel ini yang mencapai 100 %. Nilai kesamaan

genetik ini jelas tidak tepat karena nyatanya antara sampel RD dengan sampel SB

memiliki perbedaan yang cukup jelas, dimana RD memiliki tubuh pipih

memanjang dengan punggungnya yang landai sedangkan SB memiliki punggung

agak tinggi dengan perutnya yang agak datar. Hal ini menunjukkan bahwa primer

OPA-2 memiliki ketidak akuratan dalam membedakan ciri fenotip antara sampel

RD dengan sampel SB. Selain itu primer OPA-2 kurang tepat mengelompokkan

sampel grass carp kedalam kelompok 3 dengan sampel ikan mas karena

perbedaan antara ikan mas dengan grass carp sangat terlihat jelas. Contohnya dari

bentuk tubuh saja sudah menunjukkan bahwa grass carp yang memiliki tubuh

silinder dan panjang berbeda dengan ikan mas yang umumnya memiliki bentuk

tubuh agak membulat, selain itu sirip dorsal pada grass carp juga berbeda dengan

sirip dorsal pada ikan mas, begitupun dengan sirip caudal. Ketidak akuratan

primer OPA-2 juga ditunjukkan dengan nilai koefisien kesamaan antara sampel

GB dengan keempat sampel lainnya yang bernilai 0,00. Hal ini tidak tepat karena

secara umum bentuk tubuh giant barb memiliki kesamaan dengan bentuk tubuh

ikan mas, walaupun giant barb memiliki banyak ciri fenotip yang khas yang tidak

dimiliki oleh strain ikan mas manapun.


memiliki kesamaan genetik 67 % dengan sampel RD dan sampel SB, hal ini

menunjukkan bahwa ikan mas Majalaya memiliki hubungan kekerabatan yang

dekat dengan ikan mas Rajadanu dan ikan mas Subang. Meskipun deimikan ikan

mas Majalaya masih memiliki keragaman genetik dengan adanya 2 pita

polimorfik yang teramplifikasi oleh primer OPA-2 maupun OPA-3. Penggunaan

primer OPA-3 berhasil menunjukkan perbedaan antara ikan mas Rajadanu dengan

ikan mas Subang, perbedaan ini ditunjukkan dengan adanya dua pita mononorfik

yang berbeda pada ikan mas Rajadanu, meskipun bukan pita polimorfik yang

muncul namun hal ini mengindikasikan bahwa antara ikan mas Rajadanu dengan

ikan mas Subang terdapat perbedaan yang nyata walaupun sekilas bentuk tubuh

66

keduanya nampak sama. Pengelompokan sampel giant barb dengan ketiga jenis

ikan mas pada fenogram OPA-3 tepat, karena giant barb secara umum memiliki

bentuk tubuh yang lebih mirip dengan ikan mas dibandingkan grass carp. Selain

itu primer OPA-3 mampu untuk memunculkan 6 pita polimorfik pada sampel

giant barb, jumlah ini lebih banyak dibandingkan dengan pita polimorfik yang

dihasilkan oleh primer OPA-2 (4 pita). Posisi grass carp pada fenogram OPA-3

berada di kelompok 4, atau kelompok terakhir dengan nilai kesamaan genetik 5 %,

hasil ini bisa dikatakan cukup akurat karena berdasarkan ciri fenotipnya

grass carp memiliki bentuk tubuh yang paling berbeda dari keempat ikan uji

lainnya. Berbedanya ciri fenotip grass carp sudah mengindikasikan bahwa ikan

ini merupakan kerabat yang sangat jauh dengan ikan mas ataupun giant barb,

namun tidak menutup kemungkinan bahwa grass carp masih memungkinkan

untuk dikawinkan secara silang dengan ikan mas atau giant barb, ataupun

dilakukan rekayasa genetik lainnya.


memiliki kesamaan genetik sebesar 67 % dengan sampel RD dan SB, nilai ini

sama dengan hasil fenogram OPA-3 yang menunjukkan bahwa ikan mas Majalaya

memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan ikan mas Rajadanu dan ikan

mas Subang. Meskipun nilai kesamaan genetik ketiga ikan mas ini sama dengan

nilai kesamaan genetik pada fenogram OPA-3, tetapi tidak ada pita polimorfik

yang muncul pada analisis polimorfisme OPA-13, bisa jadi hal ini disebabkan

karena sekuen primer OPA-13 yang tidak komplementer dengan sekuen suatu gen

penyandi (exon) yang terekspresi menjadi suatu fenotip pada ikan mas, namun

komplementer dengan sekuen yang tidak diekspresikan (intron) menjadi fenotip

sebagai akibat dari sifat primer RAPD yang menempel secara acak pada sekuen

DNA genom sampel (Liu and Cordes 2004). Fenogram OPA-13 juga

menunjukkan kekeliruan dalam mengelompokkan grass carp dan giant barb

kedalam satu kelompok yang sama, ketidak akuratan ini dapat dibuktikan dengan

melakukan perbandingan antara ciri fenotip dari grass carp dengan giant barb,

dimana grass carp memiliki bentuk tubuh yang khas yaitu berbentuk silinder dan

panjang, sedangkan giant barb memiliki bentuk tubuh seperti torpedo dan besar

67

serta bila dilihat secara umum giant barb lebih menyerupai ikan mas daripada

dengan grass carp. Adanya ketidak akuratan hasil analisa polimorfisme dan

analisa kekerabatan dengan fenotip ini membuat primer OPA-13 dinilai kurang

tepat untuk menganalisa tingkat polimorfisme dan kekerabatan genetik antara ikan

Cyprinid uji, oleh karenanya primer OPA-13 bukan primer yang ideal.

Primer OPA-2 dapat memunculkan beragam pita polimorfik maupun

monomorfik pada setiap sampel uji dan menghasilkan fenogram yang cukup baik,

namun primer ini masih kurang akurat karena adanya beberapa hasil analisis yang

menunjukkan ketidak konsistenan bila dibandingkan dengan karakteristik ikan uji.

Berbeda halnya dengan OPA-3 yang mampu memunculkan lebih banyak ragam

pita polimorfik dan monomorfik dari OPA-2, kemudian dari pola pita tersebut

dihasilkan fenogram yang memiliki kesesuaian dengan ciri-ciri fenotip ikan uji.

Secara keseluruhan OPA-3 lebih unggul daripada OPA-2, karena OPA-3

memberikan hasil analisa yang lebih akurat dan konsisten serta sesuai dengan

karakteristik ikan uji, meskipun pada amplifikasi sampel GC pita polimorfik yang

dihasilkan lebih sedikit.

Gambar 13. Sampel Ikan Mas Majalaya (MJ) (Sumber...

Documents

Transcript of Gambar 13. Sampel Ikan Mas Majalaya (MJ) (Sumber...