MAKALAH BIOLOGI MOLEKULERPEMANFAATAN MIKROSATELIT SEBAGAI PENANDA GENETIK DALAM KAJIAN MOLEKULERDISUSUN OLEH: Ahmad Fuad Ali Ikbal (G1A 006001) Siti Ruqayyah (G1A 006042)

PENDAHULUAN Berbagai

penerapan teknologi di bidang biologi molekuler mengalami perkembangan yang cukup pesat. Para ahli biologi molekuler hingga saat ini telah melakukan berbagai penelitian dengan menerapkan rekayasa genetik, yaitu memanipulasi gen secara langsung untuk tujuan praktis.

PENDAHULUAN-contd Teknologi DNA telah merangsang berbagai

penemuan penting terkait dengan pengklonan gen atau DNA maupun diagnosis suatu penyakit. Pengklonan DNA misalnya, merupakan metode terbaik untuk mempersiapkan urutan DNA tertentu yang dibutuhkan dalam jumlah banyak.

PENDAHULUAN-contd Penemuan teknologi DNA telah melahirkan

PCR (polymerase chain reaction), dimana prinsip kerjanya didasarkan pada replikasi DNA yaitu fragmen DNA dapat diperbanyak dengan cepat tanpa menggunakan sel. Salah satu teknologi DNA berbasis PCR adalah mikrosatelit.

Pengertian PCR PCR (polymerase chain reaction) adalah

sebuah teknik biologi molekuler untuk mereplikasikan DNA dengan menggunakan enzim Taq polimerase. PCR digunakan untuk mengamplifikasi bagian DNA yang pendek (sampai 10 kb).

Molecular Marker Molekular marker potongan material genetik

yang mudah diidentifikasi yang dapat digunakan di laboratorium untuk memisahkan sel, individu, populasi atau spesies. Molekular marker yang ideal: ~ polimorfisme yang tinggi ~ bersifat kodominan ~ banyak/sering terdapat dalam genom ~ aksesnya mudah, dan ~ memiliki konsistensi tinggi.

Visualisasi Polimorfisme sekuens DNA Bermacam-macam teknik

visualisasi

polimorfisme pada DNA.

RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) atau Hybridization-based marker PCR (polymerase chain reaction)-based marker melibatkan amplifikasi in vitro dari sekuens DNA tertentu atau lokus-lokus tertentu dengan bantuan primer dan enzim DNA polimerase yang termostabil. Fragmen yang diamplifikasi dipisahkan dengan elektroforesis dan dideteksi dengan pewarnaan.

Pengertian Mikrosatelit Mikrosatelit atau Simple Sequence Repeats

(SSR/SSRs) salah satu penanda genetik molekuler yang didasarkan pada urutan DNA pendek yang tiap unit ulangannya terdiri dari satu sampai enam nukleotida. Para ilmuwan memanfaatkannya dengan memetakan urutan tersebut pada kromosom suatu organisme. Keuntungan: multiple loading pada gel poliakrilamid, pendeteksian populasi segregasi akan dapat dilakukan secara cepat, tepat, dan efisien

Reaksi PCR untuk SSRs primer forward dan

reverse yang berikatan/anneal pada ujung 5` dan 3` dari DNA cetakan. Fragmen produk PCR biasanya dipisahkan pada gel poliakrilamid dengan pewarnaan AgNO3, dengan autoradiografi atau dengan sistem deteksi menggunakan fluoresens. Gel agarose (biasanya 3%) dengan pewarnaan EtBr dapat digunakan saat perbedaan dalam ukuran alel antar sampel lebih besar dari 10 bp.