Keragaman Enhalus acoroides di Bali dan LombokBerdasarkan Sekuens DNA Kloroplas

Made Pharmawati, Luh Putu Wrasiati

Indonesia merupakan habitat bagi berbagai spesies marine.

Penelitian tentang keragaman genetik banyak dilakukan padaspesies marine yang motil. Penelitian tentang keragamangenetik lamun belum banyak menarik perhatian.

LATAR BELAKANG

Lamun merupakan tumbuhan berbunga yang hidup di perairanlaut dangkal

Memiliki fungsi ekologis yang sangat penting, antara lainprodusen utama, tempat tinggal dan penyedia makanan bagikelompok ikan dan hewan laut lainnya

Distribusi yang luas di Indonesia (Kiswaraand Hutomo 1985)

Mudah dibedakan dari jenislamun lainnya (Short andWaycott 2010)

Kemampuan dispersal biji yang cukup jauh(Lacap et al. 2002)

Salah satu jenis lamun adalah Enhalus acoroides

Kloroplas DNA sering digunakan dalam analisis keragaman tumbuhanserta menganalisis adanya gene flow

Kloroplas DNA memilki pewarisan maternal

Salah satu fragmen pada kloroplast DNA adalah trnS/trnfM : intergenicspacer

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik lamunE. acoroides di perairan Bali dan Lombok berdasarkan sequenceruas kloroplas trnS/trnfM

a. Sample collection

b. Preservation

Silica gel

Arriesgado, 2013

Di Pantai Lembongan, Bali dan PantaiGili Genting, Lombok.

Jarak antar sampel paling sedikit 5 m

Metode Penelitian

Method.Ekstraksi DNA berdasarkan Doyle dan Doyle, 1990,menggunakan buffer CTAB, kloroform: isoamilalkoholdan presipitasi dengan etanol

Method.Elektroforesis pada 1% agarose gel, dandivisualisasi dengan UV transluminator.

MethodPCR (Polymerase Chain Reaction), dengan primer untukruas trnS/trnfM berasarkan Demesure at al., (1995)

MethodElektroforesis dansekuensing

Hasil

PCR dengan primer trnS/trnfM menghasilkan fragmen denganukuran 1500 bp pada gel agarosa 1.5%, pada semua sampel

Tidak terdapat length polymorphism

Sequencing hanya dapat membaca 720 bp

Hasil BLAST menunjukkan 97% kesamaan dengan Phragmipediumschlimii dan 96 kesamaan dengan Ravenala madagascariensisdan Thaumatococcus danielii.

Hal ini mungkin dikarenakan belum terdapat sekuens trnS/trnfM dariE. acoroides in the National Center for Biotechnology Information(NCBI) database.

Hasil analysis kekerabatan dengan UPGMA dan similarity indeksTidak menunjukkan pola yang sesuai dengan habitatnya.

LombokBaliBali

BaliBali

LombokLombok

BaliBali

BaliLombok

LombokBaliBaliBali

BaliLombok

- Limited sexual recombination ---clonal propagation- Adanya geneflow antar populasi

- Penelitian sebelumnya di Pantai Sanur menggunakan 18sampel E. acoroides tidak menemukan variasi pada sekuenstrnS/trnfM

- Dilaporkan trnS/trnfM merupakan daerah dengan kecepatanmutasi yang tinggi

- Tetapi pada penelitian ini variasi sequence rendah- Menunjukkan dominansi klonal- Low resolution of method

Hasil tersebut menunjukkan

TERMAKASIH