POLIMORFISMOS DE UN SOLO

NUCLEÓTIDO ASOCIADOS A

CARACTERÍSTICAS FENOTIPICAS Y

DIFERENCIAS ESPERADAS DE LA

PROGENIE DE CRECIMIENTO EN GANADO

DE CARNE

VICENTE ELIEZER VEGA MURILLO SERGIO IVAN ROMAN PONCE

ALBERTO ALVAREZ BARAJAS JOSÉ MANUEL MEDINA CHAPA

MOISÉS MONTAÑO BERMÚDEZ GUILLERMO MARTÍNEZ VELÁZQUEZ

ÁNGEL RÍOS UTRERA

2

INTRODUCCIÓN

Desarrollo de técnicas genómicas

- Estructura

- Localización

- Función

A través de la caracterización del genoma, incluyendo

las variantes alélicas o polimorfismos

Genes

3

Las técnicas moleculares disponibles ofrecen

oportunidades para la mejora genética y para

acelerar el conocimiento de los mecanismos

metabólicos y moleculares que controlan los

procesos biológicos y fisiológicos inherentes a la

producción de carne.

INTRODUCCIÓN

4

OBJETIVO

Identificar asociaciones entre mediciones fenotípicas

de características de crecimiento y sus diferencias

esperadas de la progenie (DEPs) con algunos

marcadores moleculares.

5

Se utilizó la información generada por la Asociación

Mexicana de Criadores de Ganado Simmental-Simbrah.

- 5 ranchos productores de bovinos de registro.

- Nuevo León y Jalisco.

Se seleccionaron 221 animales:

- 179 Simmental y

- 42 Simbrah

MATERIALES Y MÉTODOS

6

Se colectaron muestras de sangre completa de la vena

coccígea por medio de Vacutainer® y tubos EDTA (BD and

Company®), mezclada por inversión.

Para el aislamiento de ADN se requirió del kit Axy Prep Blood

Genomic DNA Miniprep kit (Axygen Biosciences, USA) para

sangre completa.

Las secuencias de interés tuvieron origen en publicaciones

relacionadas con el descubrimiento y detección de 16 locus

SNP de distintos genes y seleccionados por su función

biológica.

MATERIALES Y MÉTODOS

7

Se analizó un microchip de reacción múltiple con

discriminación alélica y generación de fluorescencia (Applied

Biosystems, 2001).

De los registros de la asociación se obtuvo información de:

- 4 características de crecimiento - Peso al nacimiento,

- Peso al Destete,

- Talla Corporal y

- Circunferencia Escrotal

- 5 DEPs - Peso al nacimiento,

- Peso al destete directo,

- Peso al destete materno,

- Peso al destete materno total y

- Peso al año

MATERIALES Y MÉTODOS

8

MATERIALES Y MÉTODOS

Secuencias de Marcadores Moleculares incluidas en el micro arreglo

Gen CHR Ubicación No. Acceso y posición Mutación

SNP Función

GHR (hormona reguladora del crecimiento)

20 Promotor AF126288-149 G/A Crecimiento y calidad de la Leche

20 Intron 4 AY643087-300 G/A Eficiencia Alimenticia

GHRH (Hormona de crecimiento - Hormona liberadora)

13 5`UTR AF242855-4142 A/T Merito de la Canal

NPY (Neuropeptido Y) 4 Intron 2 AY491054-284 G/A Eficiencia alimenticia

4 Intron 2 AY491054-666 G/A Eficiencia alimenticia

4 Intron 2 AY491054-3032 T/C Merito de la Canal

UCP2 (Proteina desacopladora de la grasa parda mitocondria)

15 Intron 2 NW_928956-3730 G/C Crecimiento y Eficiencia Alimenticia

15 Exón 4 XM_614452-812 G/A Crecimiento y Eficiencia Alimenticia

UCP3 (Proteina desacopladora de la grasa parda mitocondrial)

15 Intron 3 AF127030-1099 G/A Eficiencia Alimenticia

DAGT (diacylglycerol O-acyltransferase 1) 14 Exón 8 AW446985- 1802265-6 AA/GC Calidad de la Leche

LEP (Leptina) 4 Exon 2 AF120500-73 C/T Merito de la Canal

TG (Tiroglobulina) 14 Exón 48 EU591737-422 C/T Merito de la Canal

CAPN (Calpaina) 29 Exón 9 AF252504-5709 C/G Merito de la Canal

29 Intron 18 AF248054-6545 C/G Merito de la Canal

CAST (Calpastatina) 7 Intron 5 AY008267-282 C/G Merito de la Canal

7 Exón 2 AY008267-263 C/T Merito de la Canal

• El análisis de asociación se realizo con el Software Plink

1.07.

• El efecto de sustitución alélico se estimó utilizando un

modelo de regresión simple.

• Donde el coeficiente de regresión y su error estándar

representan el efecto de la sustitución de un alelo en

cada SNP.

• El nivel umbral para la significancia fue establecido en

(P< 0.05).

9

MATERIALES Y MÉTODOS

10 CHR= Cromosoma; MAF= Frecuencia menor de un alelo.

Frecuencias alélicas de 16 polimorfismos de un solo nucleótido

(SNP) en la población Simmental Simbrah en México

RESULTADOS

CHR SNP Alelo 1 Alelo 2 MAF

4 LEP T C 0.352

4 NPY-1 G A 0.299

4 NPY-2 A G 0.194

4 NPY-3 T C 0.489

7 CAST-1 G A 0.181

7 CAST-2 C T 0.458

13 GHRH A T 0.376

14 DAGT-1 A G 0.144

14 TG-1 T C 0.394

15 UCP-1 C G 0.219

15 UCP-2 G A 0.218

15 UCP-3 G A 0.170

20 GHR-1 A G 0.326

20 GHR-2 A G 0.402

29 CAPN-1 C G 0.040

29 CAPN-2 C T 0.374

Peso al Nacimiento

0.00

0.30

0.60

0.90

1.20

1.50

1.80

2.10

2.40

2.70

3.00

3.30

3.60

3.90

4.20

4.50

4.80

5.10

5.40

Cromosoma

Sign

ific

anci

a =

log 1

0(1

/p)

4 13 7 14 15 20 29

UCP-2

UCP-3

GHR-2 CAPN-1

12

Peso al Destete

0.00

0.30

0.60

0.90

1.20

1.50

1.80

2.10

2.40

2.70

3.00

3.30

3.60

3.90

4.20

4.50

4.80

Sign

ific

anci

a =

log 1

0(1

/p)

Cromosoma

29 20 15 14 13 7 4

TG-1

GHR-1

UCP-1

Circunferencia Escrotal

0.00

0.30

0.60

0.90

1.20

1.50

1.80

2.10

2.40

2.70

3.00

3.30

3.60

3.90

4.20

4.50

4.80

Cromosoma

Sign

ific

anci

a =

log 1

0(1

/p)

29 20 15 14 13 7 4

UCP-3

UCP-2

DEP Peso al Destete Materno Total

0.00

0.30

0.60

0.90

1.20

1.50

1.80

2.10

2.40

2.70

3.00

3.30

3.60

3.90

4.20

4.50

4.80

29 20 15 14 13 7 4

Cromosoma

Sign

ific

anci

a =

log 1

0(1

/p)

UCP-2 CAPN-1

DEP Peso al Año

0.00

0.30

0.60

0.90

1.20

1.50

1.80

2.10

2.40

2.70

3.00

3.30

3.60

3.90

4.20

4.50

4.80

29 20 15 14 13 7 4

Cromosoma

Sign

ific

anci

a =

log 1

0(1

/p)

NPY-2 TG-1

16

0.00

0.30

0.60

0.90

1.20

1.50

1.80

2.10

2.40

2.70

3.00

3.30

3.60

3.90

4.20

4.50

4.80

5.10

5.40

29 20 15 14 13 7 4

CAST-1 (TC)

Cromosoma

Sign

ific

anci

a =

log 1

0(1

/p)

CAST-1 (DEP PDD) CAST-1 (DEP PDM)

Talla Corporal DEP Peso al Destete Directo y

Materno

CONCLUSIONES

• Los marcadores para el gen que determina las Proteínas

desacopladoras de la grasa parda mitocondrial (UCP 1,2

y 3) tuvieron asociaciones (P > .05) con características

de crecimiento (PN y PD), CE y con la DEPPDMT.

• Los polimorfismos del gen de la Calpastatina estuvieron

asociados (P > .05) para la talla corporal y los

componentes directo y materno del DEP PD

17

CONCLUSIONES

• Los polimorfismos del gen de la hormona del crecimiento

– hormona reguladora tuvieron asociaciones (P < 0.05)

con PN y PD.

• El cromosoma 14 seguido del cromosoma 7 tuvieron más

asociaciones para las características estudiadas (6 y 3

respectivamente).

• Los resultados indican una limitada utilización de los

micro arreglos con un número pequeño de SNPs para

identificar asociaciones entre mediciones fenotípicas y

características de crecimiento y algunas DEPs.

18

POLIMORFISMOS DE UN SOLO

NUCLEÓTIDO ASOCIADOS A

CARACTERÍSTICAS

FENOTIPICAS Y DIFERENCIAS

ESPERADAS DE LA PROGENIE

DE CRECIMIENTO EN GANADO

DE CARNE VICENTE ELIEZER VEGA MURILLO

SERGIO IVÁN ROMAN PONCE ALBERTO ALVAREZ BARAJAS

JOSÉ MANUEL MEDINA CHAPA MOISÉS MONTAÑO BERMÚDEZ

GUILLERMO MARTÍNEZ VELÁZQUEZ ÁNGEL RÍOS UTRERA