Tugas Kimia Komputasi Apriza Marfina 4311413029

7/26/2019 Tugas Kimia Komputasi Apriza Marfina 4311413029

http://slidepdf.com/reader/full/tugas-kimia-komputasi-apriza-marfina-4311413029 1/6

Nama: Apriza Marfna

NIM : 4311413029

Prodi : Kimia 001

TUGAS KIMIA KOMPUTASI

1) Berikan contoh maa!ah"maa!ah kimia #an$ dapat die!eaikan

den$an metode kimia komp%tai & 'erkaitan den$an :a) (%'%n$an konormai den$an ener$i') *pektra +,",i & NM- & dan I-c) Mekanime reaki kimia ter%tama pada penent%an ener$i

tr%kt%r traniid) *im%!ai Monte .ar!o dan dinamika mo!ek%!

2) .ari!ah %m'er inormai di internet tentan$ pen$$%naan kimia

komp%tai da!am ind%tri o'at ter%tama da!am mendeain o'at

'ar%/ e!akan peranan kimia komp%tai da!am men$%ran$i tr%kt%r

'ia#a prod%ki o'at"o'atan/3) e!akan %m'er inormai di %rna! internaiona! tentan$

'ertam'ahn#a %m!ah pene!iti #an$ men$$$%nakan kimia

komp%tai e'a$ai a!at da!am ana!ii maa!ah #an$ dikai/4) Berikan 'e'erapa contoh manaat kimia komp%tai da!am

peme'e!aaran kimia/

) B%at!ah %at% per'andin$an kemamp%an 'e'erapa peran$kat !%nak

kimia komp%tai #an$ teredia ampai aat ini/

Jawaban

1/ .ontoh maa!ah"maa!ah kimia #an$ dapat die!eaikan den$an

metode komp%tai

a/ (%'%n$an konormai den$an ener$# : dapat men$etah%i tr%kt%r

mo!ek%! 'er'eda

dari %at% en#aa/ *eperti t"'%ti! ik!ohekana #an$ memi!iki tr%kt%r

mo!ek%! k%ri

dan perah%



'/ *pektra +, ,i& NM-& dan I- : dapat men$etah%i iat pectra +, ,i&

NM-& I-

dan m%atan atom 'erihn#a/ Mia! m%atan atom 'erih en#aa t%r%nan

'enzene

c/ Mekanime reaki penent%an ener$# tr%kt%r tranii) :

mem'ant% memprediki

kem%n$kinan keadaan tranii #an$ teradi& karena keadaan tranii

tidak dapat

diteran$kan den$an data ekperimen die'a'kan per%'ahan #an$ cepat/

d/ *im%!ai monte car!o dan dinamika mo!ek%!er : dinamika mo!ec%!ar

da!am komp%tai

'er$%na %nt%k mempe!aari iat mo!ec%!ar eperti mo!ek%! or$anic da!am

!ar%tan dan

en#aa makromo!ek%! da!am proe meta'o!ime erta

mem%n$kinkan

pen$$am'aran tr%kt%r& iat termodinamika dan iat dinami dari

#tem ae

terkondenai/ *edan$kan metode im%!ai monte car!o da!am komp%tai

dapat %nt%k

men$$am'arkan tr%kt%r dan ener$# da!am keeim'an$an/

2/ Peranan kimia komp%tai da!am tr%kt%r o'at dan men$%ran$i

'ia#a prod%ki o'at"

o'atan

a/ Komp%ter menaarkan metode in i!ico& "%at% metode #an$

men$$%nakan

kemamp%an komp%ter da!am rancan$ o'at" e'a$ai komp!emen dari in

5itro dan in

5i5o/



'/ Kemamp%an komp%tai #an$ menin$kat ecara ekponenia!

mer%pakan pe!%an$

men$em'an$kan im%!ai dan ka!k%!ai da!am merancan$ o'at 'ar%/

c/ Peran$kat !%nak kimia komp%tai #an$ dapat di$%nakan ada!ah

eperti (#per.hem

mem'erikan ai!ita memadai %nt%k 6me!ihat7 'ent%k mo!ek%!7&

menikmati 5i'rai

ikatan antar atom #an$ terekam e'a$ai pektra inra merah& dan

dinamika per%'ahan

tr%kt%r mo!ek%! aki'at pen$ar%h item reaki/

d/ 8eain o'at mer%pakan proe iterai dim%!ai den$an penent%an

en#aa #an$

men%n%kkan iat 'io!o$i pentin$ dan diakhiri den$an !an$kah optimai&

'aik dari

prof! akti5ita ma%p%n intei en#aa kimia/

e/ anpa pen$etah%an !en$kap tentan$ proe 'iokimia #an$

'ertan$$%n$aa'

terhadap akti5ita 'io!o$i& hipotei deain o'at pada %m%mn#a

didaarkan pada

pen$%ian kemiripan tr%kt%ra! dan pem'edaan antara mo!ek%! akti dan

tak akti/

/ Ke'eradaan komp%ter #an$ di!en$kapi den$an ap!ikai kimia

komp%tai&

mem%n$kinkan ah!i kimia komp%tai mediina! men$$am'arkan en#aa

o'at ecara

ti$a dimeni 38) dan me!ak%kan komparai ata daar kemiripan

dan ener$i



den$an en#aa !ain #an$ %dah diketah%i memi!iki akti5ita tin$$i

pharmacophore

%er#)/

$/ Ber'a$ai en#aa t%r%nan dan ana!o$ dapat ;diintei< ecara in

i!ico ata% #an$

erin$ di'eri iti!ah en#aa hipotetik/

3/ .ontoh %rna! #an$ 'erkaitan den$an kimia komp%tai

Prediki ipe Akti5ita *en#aa a'ir *%r#a (omoa!at Berdaarkan

Ana!ii *pektra

ranii =!ektronik Pada Konf$%rai Bent%k 8imer 8an *o!%t"*o!5en Ima!

ahir&dkk)

Pene!itian ini memprediki tipe akti5ita en#aa ta'ir %r#a homoa!at

den$an

'erdaarkan ana!ii pektra tranii e!ektronik/ >an$kah kaian

di!ak%kan 'er%pa

pemode!an en#aa homoa!at da!am 'ent%k dimer dan interaki den$an

pe!ar%t/ Kaian

di!ak%kan den$an !an$kah optimai $eometri men$$%nakan metode

emiempirik PM3

#an$ di!an%tkan den$an ana!ii pektra tranii e!ektronik

men$$%nakan metode

?IN8@/ Interaki ikatan hidro$en #an$ menadi o'#ek pene!itian ada!ah

'ent%k dimer

mo!ek%! en#aa ta'ir %r#a dan ikatan hidro$en antara mo!ek%! pe!ar%t

den$an mo!ek%!

en#aa ta'ir %r#a pada $%$%"$%$% 'erpoteni mem'ent%k ikatan

hidro$en/ (ai!



kaian ecara %m%m men%n%kkan pen$ar%h interaki ikatan hidro$en

mem'erikan kecender%n$an per$eeran merah nam%n 'earn#a ni!ai

per$eeran tidak i$nifkan

mendekati ni!ai hai! ekperimen/ aktor interaki dimer ikatan

hidro$en antara d%a

mo!ek%! homoa!at mem'erikan per$eeran ni!ai Cmak den$an

diertai per%'ahan

%m!ah tranii +, #an$ teradi/ Konf$%rai ikatan hidro$en antara

homoa!at den$an etano! men#e'a'kan teradin#a per$eeran ni!ai Cmak

nam%n %m!ah tranii %5 #an$ teradi re!ati tidak 'er%'ah/

etan

4) Manaat Kimia Komp%tai %nt%k Pem'e!aaran

1/ 8apat men$hit%n$ iat mo!ek%! #an$ komp!ek dan hai!

perhit%n$ann#a 'erkore!ai ecara i$nifkan den$an ekperimen/

2/ 8apat e'a$ai a!at hit%n$ Deperti ha!n#a ka!k%!ator" %nt%k

mem'ant% pen#e!eaian ecara n%merik dari peramaan matematika#an$ men$$am'arkan iat item& mia!n#a da!am pen#e!eaian

perhit%n$an tokiometri& terma%k %$a otomatiai a!at %k%r #an$

dapat men$kon5eri i$na! e!ektronik menadi data n%merik/

3/ 8apat e'a$ai a!at 5i%a!iai dan animai

4/ Mem'ant% kita men$ekp!orai iat en#aa dan pada %m%mn#a

pro$ram tere'%t te!ah di!en$kapi den$an 5i%a!iai dan animai&

eperti pro$ram (#per.hem& Ea%ian& %r'omo!& -amo! d!!/

/ Men$hit%n$ iat"iat mo!ek%! dan per%'ahann#a ma%p%n

me!ak%kan im%!ai terhadap item"item 'ear makromo!ek%!

eperti protein ata% item 'an#ak mo!ek%! eperti $a& cairan&

padatan& dan Krita! cair)& dan menerapkan pro$ram tere'%t pada

item kimia n#ata/

F/ *im%!ai terhadap makromo!ek%! eperti protein dan aam n%k!eat)

dan item 'ear 'ia mencak%p kaian konormai mo!ek%! dan

per%'ahann#a mi/ Proe denatrai protein)& per%'ahan aa& erta



perama!an iat"iat makrokopik eperti ka!or eni) 'erdaarkan

peri!ak% di tin$kat atom/

/ Per'andin$an kemamp%an 'e'erapa peran$kat !%nak kimia komp%tai

#an$ teredia aat inia/ Ea%ian : Ea%ian ada!ah a' initio tr%kt%r pro$ram

e!ektronik/ 8irancan$ %nt%k mode! 'er'a$ai item mo!ek%!er di 'aah

'er'a$ai kondii& ia me!ak%kan perhit%n$an n#a m%!ai dari h%k%m

daar GM/'/ Ea%%m : Ea%*%m ada!ah ap!ikai E+I #an$ dapat men$ana!ii

o%tp%t dari Ea%ian 9H03& A8& EAM=** +*)& EAM=** In$$ri)& dan

P."EAM=** perhit%n$an %nt%k men$ektrak dan men$hit%n$ inormai

#an$ 'er$%na/ Ini terma%k kema%an dari ik!% *.& optimai

$eometri& pektr%m +,",iI--aman& tin$kat M@& kontri'%i M@ dan

'an#ak !a$i/

c/ E.hemPaint : E.hemPaint ada!ah kimia =ditor tr%kt%r 28 %nt%kdektop Enome"2/ E.hemPaint ada!ah ap!ikai dok%men m%!ti dan

ada!ah er5er 'ono'o ehin$$a kimia #an$ dapat tertanam da!am

ap!ikai Enome !ainn#a/d/ Ehemica! : Ehemica! ada!ah paket peran$kat !%nak kimia komp%tai

den$an E+I %nt%k ked%a E>+ dan EK & dan 'e'erapa 5i%a!iai

38"a!at #an$ 'a$%/ (a! ini dapat me!ak%kan Jem%a atomJ mekanika

mo!ek%! dan dinamika& erta mekanika k%ant%m a' initio dan emi"

empiri) mode!/ M%dah"m%dahan menaarkan keran$ka #an$ 'aik

%nt%k a!at pemode!an mo!ek%! $enerik reeare/

e/ EPeriodic : EPeriodic ada!ah ap!ikai ta'e! periodik %nt%k >in%/ (a! inimem%n$kinkan Anda %nt%k mene!%%ri me!a!%i ta'e! periodik %n%r

dan me!ihat inormai rinci tentan$ main$"main$ e!emen pada etiap

e!emen/ 11H e!emen aat ini terdatar// .n38 : .n38 ada!ah a!at 5i%a!iai %nt%k tr%kt%r 'iomo!ek%!er&

%r%tan& dan ke'erpihakan %r%tan/ (a! ini %$a dapat 'er%n$i e'a$ai

ap!ikai pem'ant% %nt%k e' 'roer dan mem%n$kinkan e' 'roer

%nt%k menampi!kan 3"dimeni tr%kt%r dari N.BI =ntrez !a#anan

pen$am'i!an/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure

Tugas Kimia Komputasi Apriza Marfina 4311413029

Documents

Transcript of Tugas Kimia Komputasi Apriza Marfina 4311413029