Tugas Praktikum 1

A. Dengan menggunakan MarvinSketch gambar Struktur F6P, F16BP, ATP, Asam nitrat, F26BP Jawab :

Gambar Struktur F6P

Fructose-6-Phosphate

Gambar Struktur F1, 6BP

[ 2,3,4- trihydroxy-5-(phosphanylperoxy)oxolan-2-yl]methyl phosphinite

Gambar Struktur ATP

Adenosine triphosphate Gambar Struktur Asam sitrat

Citric acid

F2,6BP

[(2S,3S, 4S, 5R) 3,4 dihydroxy2(hydroxymethyl)5[(phosphonooxy)methyl]

B) Lengkapi Tabel Berikut :

No

Senyawa Format SMILES

1 F1,6BP [H]O[C@@]1([H])[C@]([H])(OOP([H])[H])O[C@@](O[H])(C([H])([H])OP([H])[H])[C@]1([H])O[H]

2 F2,6BP [H]OC([H])([H])[C@@]1(OP(=O)(O[H])O[H])O[C@]([H])(C([H])([H])OP(=O)(O[H])O[H])[C@@]([H])(O[H])[C@]1([H])O[H]

3 ATP [H]O[C@]1([H])[C@@]([H])(O[H])[C@@]([H])(O[C@@]1([H])N1C([H])=NC2=C1N=C([H])N=C2N([H])[H])C([H])([H])O[P@](=O)(O[H])O[P@](=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O[H]

4 Asam Sitrat [H]OC(=O)C([H])([H])C(O[H])(C(=O)O[H])C([H])([H])C(=O)O[H]

3) Lakukan analisis konformasi untuk menampilkan struktur dengan energi terendah masing-masing molekuk diatas. Setelah itu lengkapi tabel dibawah ini :

No Senyawa Struktur 3D energy terendah Energi konformasi (kkal/mol)

1 F1,6BP Energi Konformasi : 56.38 kkal/mol

2 F2,6BP Energi Konformasi : 109.88 kkal/mol

3 ATP Energi Konformasi : 176.95 kkal/mol

4 Asam Sitrat

Energi Konformasi : 11,46 kkal/mol

4) Analisis konformasi untuk menampilkan dinamika struktur dari ke empat molekul pada sub soal C di atas. Identifikasi komponen struktur yang lebih dinamis dibanding komponen lainnya. Buat tabel pengamatan untuk setiap molekul yang dianalisis.

5) Tampilkan struktur 3D dari PFK dengan membuka file 1PFK dengan program MarvinSpace. Perhatikan komponen apa saja yang ditampilkan dalam file pdb tersebut. Simpan gambar yang diperoleh dalam bentuk file image.

6) Fokuskan analisis pada salah satu subunit. Tentukan residu yang terlibat dalam mengikat substrat F6P dan ATP. Untuk mempermudah pencarian residu dalam pusat katalitik gunakan Catalytic Site Atlas (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/) untuk mengidentifi- kasi residu tersebut. Perbesar gambar bilamana diperlukan dan fokuskan analisis dengan mengatur ”depth cue” atau ”clipping planes”. Simpan hasil analisis ini dalam file image.

Praktikum #2 Selain PFK, regulasi proses glikolisis juga dilakukan pada enzim heksokinase (EC 2.7.1.1), yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi transfer fosfat dari ATP ke glukosa. Tugas praktikum di bawah ini akan difokuskan pada dinamika struktur heksokinase dan sebagai ilustrasi akan digunakan heksokinase dari ragi Saccharomyces cerevisiae. Tugas:

(A)Tampilkan struktur heksokinase dalam keadaan tidak mengikat substrat (1IG8.pdb) dan dalam keadaan mengikat substrat (3B8A.pdb). Perhatikan perbedaan struktur keduanya. Untuk memudahkan, tampilkan kedua struktur dalam bentuk surface dengan pewarnaan elektrostatik (Dalam MarvinSpace pilih menu Display > Color type > Surface > Electrostatic Potential). Simpan hasilnya dalam format image untuk ditampilkan dalam laporan.

Dalam bentuk normal

Dalam bentuk surface

(B) Fokuskan analisis pada struktur heksokinase yang mengikat substrat, tentukan residu yang terlibat dalam proses pengikatan subsrat (Gunakan situs CSA bilamana diperlukan). Perbesar gambar bilamana diperlukan dan fokuskan analisis dengan mengatur ”depth cue” atau ”clipping planes”. Simpan hasil analisis ini dalam file image.

Praktikum #3 (Kerja mandiri) Enzim ketiga yang juga diregulasi dalam proses glikolisis adalah piruvat kinase (PK) (EC 2.1.7.40). Download file pdb dari PK yang berasal dari ragi Saccharomyces cerevisiae dari www.rscb.org. File pdb yang didownload haruslah yang lengkap dengan substrat dan kofaktornya. Tuga

(A)Apa substrat dari enzim ini. Gambarkan dengan MarvinSketch.

(Beta- Fructosa-1,6- Diphosphate)

(B) Tampilkan struktur PK dengan MarvinSpace. Perhatikan jumlah subunit dari enzim ini. Tampilkan warna yang berbeda untuk tiap subunit (Dalam MarvinSpace hal ini dapat dilakukan dengan mengatur menu pewarnaan pada Display > Color Type > Macromolecule > Chain). Buat gambar dengan tampilan terbaik dengan memperhatikan detail dari komponen lain seperti substrat dan kofaktor lainnya.

(C) Lakukan analisis untuk menentukan residu yang terlibat dalam pengikatan substrat. Tampilkan dalam bentuk gambar.