MIKROBIOLOG I DASARBlog ini berisi tulisan populer tentang teori dan metode di bidang mikrobiologi praktek. Copy paste diijinkan sepanjang tidak digunakan untuk keperluan komersial, dan dimohon mencantumkan sumbernya (web ini). Terdapat juga link download (.pdf) di beberapa postingan. mohon maaf jika pertanyaan tidak langsung dijawab dan proses perevisian sangat lambat, hal ini karena kesibukan yang lain dari penulis. Mohon pengunjung memberikan saran atau komentar yang membangun dan tidak lupa untuk mengisi polling demi menentukan arah perkembangan blog. Kami mengucapkan terima kasih kepada sahabat kami, Mukhlis yang telah memberikan puluhan buku referensi untuk diolah. Lebih jauh mengenai deskripsi blog ini ; di sini

ARTIKEL MIKROBIOLOGIy y

y y

y

y

Saran Teknis Metode Plate Count untuk Pemula Bagaimana Menentukan Aman atau Tidaknya Suatu Bahan Pangan dari Mikroorganisme ? Indikator Mikrobiologis Metode MPN ( Most Probable Number) atau APM (Angka Paling Mungkin) Bagian 1 Metode MPN ( Most Probable Number) atau APM (Angka Paling Mungkin) Bagian 2 Tabel MPN 3 seri dan 5 seri tabung

y y

y

y y y y y

y

y y

y y y y

Tabel MPN 10 seri tabung Pengambilan Sampel Mikroorganisme Udara (Air Sampling) Bagian 2 Pengambilan Sampel Mikroorganisme Udara (Air Sampling). Bagian 1 Perhitungan Kematian Mikroorganisme pada Proses Sterilisasi Pengambilan dan Preparasi Sampel Bakteri dalam Mikrobiologi Teknik Membran Filter untuk Menghitung Mikroba (bagian 1) Teknik Membran Filter untuk Menghitung Mikroba (bagian 2) Prinsip Dasar Teori Menghitung Mikroorganisme Pada Cawan (bagian 1) Prinsip Dasar Teori Menghitung Mikroorganisme Pada Cawan (bagian 2) Bekerja Tanpa Kontaminasi (Dasar Teknik Aspetis) Penentuan Sifat Gram Dengan KOH 3% dan Perbandingannya Dengan Pewarnaan Gram Pentingnya Penggambaran Morfologi Koloni di Cawan Bakteri Kontrol Harga Murah untuk Pewarnaan Gram Kunci Awal Identifikasi Bakteri Bagaimana Membedakan Flagellar Movement dengan Brownian Movement ?

PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI DASAR Teori dan Metodenya (Revisi 2011)y y y

Pendahuluan dan Daftar Isi Bab 1. Alat-alat dalam Laboratorium Mikrobiologi (bagian 1) Bab 1. Alat-alat dalam Laboratorium Mikrobiologi (bagian 2)

PETUNJUK PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI (2008); sedang dalam proses revisiy y y y y y y

BAB 1 pengenalan alat BAB 2 media pertumbuhan BAB 3 sterilisasi BAB 4 isolasi mikroorganisme BAB 5 morfologi mikroba BAB 6 menentukan jumlah dan ukuran mikroba BAB 7 faktor lingkungan yang berpengaruh terhadap pertumbuhan mikroorganisme

y y y

BAB 8 daya kerja antimikorba dan oligodinamik BAB 9 aktivitas enzimatis mikroorganisme Referensi

Pengambilan dan Preparasi Sampel Bakteri dalam MikrobiologiLink download dokumen ini (pdf)

1. 2. 3. 4.

Pendahuluan. Peraturan umum pengambilan sampel Alat yang digunakan Teknik pengambilan dan preparasi sampel berdasarkan jenis sampel Sampel padat

Sampel cairSampel udara (air sample)

5. 6.

Masa tahan sampel (sample hold time) dan penyimpanan sampel Perlakuan pada sampel sebelum diuji

1.Pendahuluan Pada artikel ini akan dijelaskan mengenai arti penting teknik pengambilan sampel dan preparasi sampel khusus digunakan untuk menganalisa bakteri, namun tidak cocok untuk virus atau protozoa.. Seringkali terjadi kesalahan yang terjadi pada tahap awal analisa ini. Sebaik atau seakurat apapun suatu analisa, akan menjadi sia-sia jika pengambilan sampel dilakukan dengan tidak benar. Pengambilan sampel yang representatif dan terstandardisasi sangat diperlukan sehingga didapatkan hasil analisa yang berarti dan signifikan secara statistik. 2.Peraturan umum pengambilan sampel Sampel yang representatif adalah sampel yang sebisa mungkin mencerminkan dan menggambarkan komposisi dari suatu bagian atau batch (partai) tertentu. Harus dipastikan bahwa terambil jumlah yang cukup pada saat pengambilan sampel dan dihindari segala bentuk kesalahan yang dapat menyebabkan sampel menjadi bias.

Sebaiknya sebelum dilakukan pengambilan sampel terlebih dahulu diperhitungkan kemungkinan-kemungkinan yang terjadi dengan bakteri pada sampel, seperti nasib sel setelah dilakukan pengambilan sampel, kemungkinan sel menjadi mati atau malah bertambah sehingga hal ini perlu diantisipasi. Selain itu perlu dipertimbangkan pula distribusi bakteri sehingga sampel yang diambil dapat mewakili sepenuhnya. Kehomogenan mikroba pada air sungai mengalir dan air sungai yang menggenang tentu berbeda sama sekali.

Prinsip pengambilan sampel secara umum adalah:

1. 2.

Suatu bagian tertentu (dapat digambarkan sebagai batch) yang mengandung jenis dan jumlah bakteri tertentu. Dari batch tersebut diambil sebagian kecil volumenya untuk diinterpretasikan sesuai dengan kebutuhan.

3.

Sebagian kecil yang diambil ini (sampel) harus sedapat mungkin menggambarkan dari batch(populasi) tersebut baik dari segi jumlah ataupun jenis bakteri yang ada.

4. 5.

Pengambilan sampel harus memenuhi syarat secara statistik bila ditinjau dari volume yang diambil dan perulangan yang dilakukan. Pada saat pengambilan sampel diharuskan supaya bakteri yang masuk ke dalam wadah penampung sampel benar-benar berasal dari sumbernya, bukan berasal dari lingkungan sekitar.

6.

Sampel yang mengandung bakteri tersebut dijaga supaya tetap menggambarkan kondisi yang ada sebelum memasuki tahap analisa.

Supaya tercapai tujuan diatas, maka dibutuhkan beberapa syarat tertentu yaitu:

1. 2. 3. 4.

Semua peralatan pengambilan sampel harus steril dan dilindungi dari kontaminasi sebelum dan sesudah pengambilan sampel dilakukan. Dikerjakan dengan prosedur kerja aseptik yang baik dan dengan senyawa desinfektan yang sesuai. Dipilih peralatan atau wadah sampel yang cocok dan metode pengambilan yang sesuai dengan jenis sampel. Sebaiknya dilaksanakan pencegahan kontaminasi dari operator dengan memakai sarung tangan dan masker. Pengambilan sampel sebaiknya dilakukan pada tempat yang sedikit atau tidak terdapat aliran udara.

5.

Setelah diambil, sampel langsung dianalisa. Pencegahan pertumbuhan mikroba dapat disimpan pada suhu dingin. Jika perlu dapat ditambahkan suatu zat ke dalam sampel dengan tujuan melindungi mikroba dari kerusakan.

6.

Pelabelan sampel harus mengandung nama sampel, waktu pengambilan, tempat pengambilan, nama operator dan keterangan lain yang mendukung.

Secara umum sampel dengan konsentrasi bakteri yang melimpah tidak begitu membutuhkan teknik aseptik yang tinggi. Beberapa buah sel bakteri kontaminan dari udara tidak akan berpengaruh banyak pada sampel 100ml air limbah rumah tangga, tetapi akan sangat berpengaruh pada pengambilan sampel meja Laminar Air Flow dengan teknik Contact Plate.

3. Alat yang digunakan Contoh peralatan yang biasa dipakai diantaranya adalah botol kaca, botol plastik, pinset, spatula, pipet, sendok, pisau, gunting dll. Peralatan yang berupa wadah penampung harus steril bagian dalamnya sedangkan bagian luarnya sebaiknya didisinfeksi dengan senyawa-senyawa antimikroba seperti etanol, sodium hipoklorit dll, sedangkan peralatan untuk mengambil harus disterilisasi dengan cara yang tepat. Peralatan jangan sampai mengandung sisa-sisa senyawa yang dapat menghambat mikroorganisme, misalnya sisa deterjen pada botol dari pencucian rutin atau sisa karat yang ada pada spatula. Semua peralatan juga tidak boleh terdapat sisa bahan yang berpotensi menjadi nutrisi seperti sisa agar atau gula. Botol sampel yang digunakan dapat terbuat dari kaca atau plastik tahan panas dengan ukuran yang cocok. Jenis botol yang direkomendasikan adalah botol gelas Borosilicate berpenutup ulir dan lebih baik jika bermulut botol lebar. Jika menggunakan botol plastik sebaiknya terbuat dari material yang tidak beracun seperti polypropilene yang tahan disterilisasi dengan autoklaf berulang-ulang. Bila dirasa perlu tutup botol dapat dibungkus dengan aluminum foil agar bagian leher botol lebih terhindar dari kontaminasi. Kantong plastik juga bisa dipakai, keuntungannya adalah mengurangi berat dan resiko botol pecah. 4.Teknik pengambilan dan preparasi sampel berdasar jenis sampel A. sampel padat a. pengambilan sampel padat. Pengambilan sampel dapat dilakukan dengan pinset,spatula atau alat lain lalu dimasuikkan ke dalam wadah steril. Beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam pengambilan sampel padat adalah: 1.aliran udara di sekitar sampel. 2.stratifikasi dan distribusi karakteristik mikroorganisme pada sampel. 3.kedalaman atau letak sampel. -pengambilan sampel tanah, kompos dan lumpur Sampel tanah secara umum diambil dengan kedalaman minimal 4cm untuk memperkecil kemungkinan mendapat mikroba yang bukan berasal dari tanah (hal ini

bersifat relatif dan tergantung kebutuhan). Sebaiknya diambil tanah yang tidak mengandung atau berkaitan dengan jaringan akar tumbuhan.

Pengambilan sampel tanah dapat juga menggunakan hand soil auger (gurdi atau penggerek tanah). Prinsip kerjanya adalah dengan menusukkan suatu pipa dengan kedalaman tertentu sehingga tanah yang memiliki lapisan-lapisan akan masuk ke dalam pipa sesuai dengan lapisannya. Alat ini dapat digunakan sampai kedalaman 180 cm. Kemungkinan resiko kontaminan dari bakteri permukaan dapat terjadi saat pipa dimasukkan ke permukaan tanah tetapi dapat diminimalisasi dengan membuang tanah yang berada pada sisi pipa dengan spatula. Pembersihan pipa jika digunakan untuk pengambilan sampel selanjutnya adalah dengan mencuci sisa tanah dengan air lalu dibilas dengan 75% etanol kemudian dibilas lagi dengan air steril. Pengambilan sampel dengan cara ini akan lebih meningkatkan kepresisian karena tanah sangat berkaitan erat dengan beberapa faktor penting seperti konsentrasi oksigen, kelembaban dan kandungan bahan organiknya yang sangat berhubungan dengan kedalaman dan lapisan tanah. Namun kekurangannya yaitu tidak cocok jika digunakan untuk mengambil sampel tanah yang memiliki banyak bebatuan. Selain itu karena keheterogenan karakteristik mikroba tanah yang tinggi dan dengan keterbatasan diameter pipa auger maka dapat memperkecil kemungkinan terambilnya sampel yang representatif. Hal ini dapat diatasi dengan banyaknya sampel tapi akan mempengaruhi biaya analisa yang dilakukan. Untuk sampel tanah yang lebih dalam dapat dipakai alat yang dirancang untuk tujuan tersebut seperti air rotary drilling atau hollow stem auger drillingyang mampu mencapai kedalaman puluhan meter.

pengambilan sampel daging Lebih baik dipilih daging yang tidak kontak dengan udara langsung (terletak dipermukaan) dan jarang dipegang oleh tangan, diperhatikan juga aliran udara yang ada.

pengambilan sampel gula atau beras pada karung Sampel ini dapat diambil dengan cara yang praktis yaitu menusuk karung dengan suatu pipa runcing steril kemudian sampel ditampung pada kantung plastik steril. Sebelum dilakukan pengambilan sampel, titik yang akan ditusuk disemprot dahulu menggunakan etanol 70% dan di drain beberapa detik ke dalam plastik penampung pertama (bukan sampel), setelah selesai maka kucuran butir sampel ditampung ke dalam plastik steril bersekat dan bekas tusukan ditutup dengan selotip.

b.preparasi sampel berbahan padat dengan dihancurkan Preparasi sampel ini dengan cara ditumbuk, diblender atau cukup dilarutkan air saja. Sampel diharuskan hancur menjadi partikel kecil supaya dapat dilarutkan air

sehingga diperoleh mikroorganisme yang beraada baik di dalam atau di permukaan sampel. -Preparasi sampel dengan dilarutkan Untuk sampel tanah, lumpur, tanah kompos, gula pasir, bubuk dan sampel lain yang mudah larut cukup dicampurkan kedalam air atau buffer fosfat dengan pengenceran 1/10 nya. Pengocokan dilakukan sebanyak 25 kali dengan busur atau ketinggian 30 cm selama 7 detik. Dengan cara ini akan memaksimalkan homogenisasi mikroorganisme pada pelarut. Jika setelah dikocok dan dibiarkan beberapa saat sampel menjadi terendap maka dikocok lagi beberapa kali untuk ditransfer ke pengenceran selanjutnya. Preparasi ini sebaiknya dilakukan pada tabung berpenutup ulir sehingga terjamin dari tumpahnya air. Jika terdapat batu kecil atau kerikil di dalamnya maka tidak perlu dihancurkan. -Preparasi sampel dengan penumbukan (maseration) Cara ini dilakukan dengan ditumbuk pada mortar dengan pastle yang menggunakan teknik aseptis yang baik. Kelebihan teknik ini adalah praktis, tanpa penambahan pelarut dan cocok untuk sampel dengan skala kecil tetapi memiliki resiko kontaminasi yang tinggi mengingat besarnya permukaan yang kontak dengan udara sekitar dan keterpaparan yang lama saat penumbukan. Selain itu seringkali dijumpai alat yang masih terdapat sisa obat atau bahan lain yang sulit dibilas karena mortar dan pastle juga sering dipakai untuk menghancurkan tablet antibiotik atau daun yang mengandung antimikroba. -preparasi sampel padat dengan penghancuran mekanis (mechanical blending/stomaching). Cara ini adalah alternatif yang lebih efisien dan cocok digunakan untuk sampel yang sulit ditumbuk (seperti kacang, buah dll.) dan dalam skala besar. Selain itu jalan ini lebih meminimalisair kontaminan saat dilakukan penumbukan dan juga hasil penghancurannya lebih halus. Mechanical blending dapat dilakukan denganblender atau mixer yang memiliki pisau putar stainless steel dengan putaran 10.000-12.000 rpm dan juga wadah berukuran 1000 ml yang tahan disterilisasi dengan autoklaf. Sebaiknya saat dihancurkan ditambahkan larutan Butterfield Phosphate Buffered Solution (yaitu 3 mmol/L KH2PO4, pH 7.2 ) sebagai pengenceran pertama dan dilakukan selama 2 menit.Misalnya 25 g sampel di

blending dengan menambahkan 225 ml pelarut atau 50 g sampel dengan 450 ml pelarut.

c.preparasi sampel berbahan padat dengan dibilas (rinse technique) tujuan cara ini adalah untuk memperoleh mikroorganisme yang menempel pada permukaan suatu benda dan dihindari mikroorganisme yang berada didalam sampel atau alasan lainnya. Contoh: -preparasi sampel seperti sayur, daun, buah dll.

Sampel dimasukkan kedalam 0,1% pepton water yang mengandung 1% tergitol lalu diaduk atau dikocok selama 15-30 menit dan didiamkan 30 menit selanjutnya homogenkan lagi 10-15 detik. Sebaiknya berat sampel (sayur misalnya) yang dimasukkan sebanyak 100g lalu ditambah 200ml pelarut. Pengocokan sebaiknya dilakukan dengan hati-hati supaya tidak merusak kulit buah atau sayur yang dimungkinkan memiliki kandungan senyawa antimikroba terutama pada buah yang berasa asam. Buah atau sampel lain yang berukuran besar (seperti semangka dan melon) sebaiknya tidak menggunakan teknik ini karena akan menghasilkan rasio perbedaan yang mencolok antara luas permukaan dan volumenya atau beratnya sehingga menimbulkan masalah dalam perhitungan pengenceran yang dilakukan (w/v).

-preparasi sampel botol kosong atau wadah lain.

Tujuannya adalah untuk menghitung jumlah mikroba yang terdapat pada permukaan bagian dalam botol setelah dilakukan pencucian dan sebelum dituang beverages. Analisa botol kosong ini umumnya dipakai pada industri minuman dan makanan. Pelarut yang dimasukkan dapat berupa quarter strength ringer solution yang mengandung 0,05% sodium thiosulphate sebanyak 20ml untuk tiap botol. Volume pembilas yang ditambahkan disini tridak diperhitungkan karena satuan hasil akhir yang dipakai adalah CFU/botol. Namun yang perlu dipertimbangkan adalah jika terlalu sedikit volume pembilas maka dikhawatirkan tidak akan mencakup semua permukaan dalam botol (misalnya 5ml untuk botol ukuran 500ml) tapi jika terlalu besar volume yang ditambahkan maka pengocokan menjadi tidak efisien karena memperkecil ruang udara dalam botol (misalnya 470ml untuk botol ukuran 500ml).

d.pengambilan sampel permukaan padat -teknik swab (swab technique) Tujuan cara ini adalah untuk memperoleh mikroorganisme yang umumnya menempel pada permukaan suatu benda dan sangat kecil kemungkinan atau tidak ada mikroorganisme yang berada didalam sampel. Alat umum untuk teknik swab adalah menggunakan cotton-tiped swab stick. Keunggulan teknik swab dengan pelarut adalah (1) mengurangi resiko tumbuhnya koloni yang bertindihan karena selsel dihomogenisasikan dahulu ke dalam pelarut. (2) cocok untuk jenis sampel yang mempunyai permukaan tidak rata atau datar seperti pipa, tutup botol, (3) lebih akurat untuk tujuan menghitung bakteri. Bila tujuan analisa berdasarkan alasan kualitatif maka hasil swab dapat langsung diulaskan ke permukaan agar namun jika untuk alasan kuantitatif harus menggunakan pelarut atau extraction fluid. Pelarut swab dapat berupa air deionisasi, 0,25% pepton water ditambah 0,1% Tween 80 atau phosphate-buffered saline. Swab sebaiknya menggunakan kapas yang basah untuk permukaan sampel yang kering. Jika area swab telah dibersihkan dengan suatu zat antimikroba (misalnya clorine) maka larutan pelarut sebaiknya ditambah senyawa penetralisir

yang cocok dan cukup. Disarankan menggunakan pelarut penetralisir (neutralizer solution) yaitu lechitine 3g/L, polysorbate 80 30g/L, sodium thiosulphate 5g/L, dan thistidine 1g/L dengan volume total 10ml. Satuan akhir untuk teknik swab dengan tujuan enumerasi dapat ditentukan dalam CFU/satuan luas (CFU/100cm2) atau CFU/sampel benda (CFU/tutup botol). Untuk kepentingan menghitung mikroorganisme swab umumnya dikerjakan pada transek yang berukuran 5x5cm atau 10x10cm. Luasan ini cukup efisien untuk mentransfer mikroorganisme yang berada di permukaannya ke satu kepala swab yang kecil. Semakin besar luas permukaan yang diswab maka semakin kecil kemungkinan bakteri yang akan tercover oleh kepala swab. Untuk pengambilan sampel dengan area permukaan yang luas bias digunakan dengan sterile sponge. Hal yang perlu diperhatikan jika menghadapi masalah tersebut adalah perkiraan jumlah mikroorganisme yang berada pada permukaan sampel (tingkat kekotoran) dan luas area yang harus dikerjakan. Sebagai catatan dalam teknik ini adalah sel yang terekstraksi dari kepala swab dapat memasuki alur pengenceran bertingkat jika load mikroba terlalu banyak dengan memperhitungkan volume pelarutnya yang nanti hasilnya harus dikonversikan per satuan luas bukan per satuan volume. Selain itu, satu botol pelarut tidak dapat dibagi menjadi dua untuk tujuan analisa yang berbeda Misalnya satu kali pengambilan swab dengan pelarut 40 ml pada filling tube tidak dapat untuk menganalisa APC sebanyak 20 ml dan coliform 20 ml sisanya. Perlakuan ini sama saja dengan membagi dua sisi kepala swab. Untuk mengefisiensikan penempelan sel bakteri pada kepala swab saat ini telah dikembangkan kepala swab dari serat nilon (nylon flocked swab) yang tersedia secara komersial. Serat ini lebih baik dipakai untuk teknik swab dari pada serat cotton karena seringkali masih terdapat bakteri yang terperangkap pada seratcotton setelah dilarutkan. Swab yang benar dan menghasilkan data yang akurat dilakukan dengan cara: 1.Siapkan dua batang swab (swab stick) steril kering dan botol yang berisi larutan pelarut dengan 3-4 glass beads (diameter 3mm). tentukan area swab dengan menandainya dengan semacam transek logam steril (sterile metal guide) sebagai template swab, misalnya memakai aluminium. 2.Basahi batang swab pertama dengan pelarut lalu ulaskan ke permukaan sampel dengan cara dipilin dan sedikit ditekan. Ulas seluruh permukaan, untuk

memudahkannya ulaskan melintang dan membujur zig-zag sehingga semua permukaan akan tercakupi. Jika kontur tidak rata maka perlu diperhatikan bagian yang cekung atau berlekuk. 3.Masukkan batang swab pertama ke dalam botol lalu patahkan ujung batang swab. Jangan sampai bagian yang terpatahkan terpegang tangan. 4.Ulas area yang sama menggunakan batang swab kedua yang kering dengan cara yang sama seperti diatas. Hal ini ditujukan untuk mengulas mikroorganisme yang tidak terambil oleh swab pertama. Patahkan dan masukkan swab kedua seperti cara diatas. 5.Kocok kedua batang swab tersebut kurang lebih 25 kali. Glass beads akan membantu melepaskan sel yang menempel pada kapas.

-teknik contact plate/ contact agar Pengambilan sampel menggunakan cara ini adalah dengan menempelkan media pertumbuhan pada permukaan sampel. Cara ini cukup praktis dan tidak memerlukan teknik khusus. Kelebihannya yaitu sederhana, cocok untuk sampel dengan konsentrasi rendah, baik digunakan pada permukaan yang rata, cocok untuk pengambilan sampel dengan jumlah yang banyak dan menghemat waktu. Namun kekurangannya adalah tidak akurat untuk menghitung bakteri karena kemungkinan koloni bertindihan semakin besar jika persebaran sel mengelompok. Teknik ini lebih sesuai untuk cukup mengetahui tren keberadaan mikroba seperti cantact plate pada dinding, lantai atau meja di rumah sakit dalam rangka mengevaluiasi efektivitas antimikroba. Pada permulaannya teknik ini mudah digunakan untuk sampling permukaan benda yang kecil seperti makanan, alat kecil atau telapak tangan. Namun cawan yang berisi agar (biasanya ketinggian permukaan agar lebih rendah daripada cawan) menimbulkan kesulitan dalam penempelan ke permukaan sampel yang rata seperti lantai atau meja. Untuk mengatasi hal itu maka dirancang suatu wadah agar yang prinsip kerjanya mirip dengan suntikan (syringe) dengan diameter besar sehingga agar yang dituangkan dapat digeser ke permukaan sehingga seluruh lingkaran permukaannya dapat ditekan kontak dengan permukaan sampel, selanjutnya agar dipindah ke dalam cawan petri standar untuk diinkubasi. Cara lainnya yaitu dengan membuat replika untuk menempelkan sel dari permukaaan sampel kemudian

lempengan replika tersebut ditempelkan lagi untuk mentransfer ke permukaan agar. Saat ini tersedia secara komersial cawan petri sekali buang (disposable plastic contact plate) yang dapat menekan agar utuk kontak sementara waktu ke permukaan sampel seperti prinsip suntikan. Penuangan agar pada cawan ini membutuhkan kehati-hatian yang tinggi karena jika media berlebih dan luber maka cawan sebaiknya tidak digunakan. Oleh karena itu penaambahan agar lebih tepat dilakukaan dengan pipet otomatis sehingga volume media sesuai dengan yang direkomendasikan. Permukaan agar setelah memadat harus kering, jika basah maka penempelan sel ke permukaan agar menjadi tidak efisien. Senyawa penetralisir dapat ditambahkan ke dalam media bila teknik ini digunakan untuk mengukur efisiensi prosedur sanitasi. B.sampel cair a. pengambilan sampel cair. Beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam pengambilan sampel air untuk mikrobiologi adalah : -aliran atau arus yang terjadi pada sampel, misalnya adanya pengaduk, kecepatan aliran dll. -biofilm yang terbentuk pada dinding wadah penampung air atau pipa. -sedimen atau endapan yang terjadi -selalu sisakan ruang udara dalam botol (minimal 2,5cm atau +/- 1 inchi dari tutup botol) untuk proses pengocokan. -umumnya volume sampel yang diambil tiap unit adalah 100ml (APHA) atau 200ml (WHO). Sample sizeyang dipilih tergantung tujuan analisa. Pengambilan sampel dapat menggunakan botol bervolume 125ml. -kedalaman pengambilan sampel -benda yang mengapung atau melayang di badan air, misalnya sampah -kandungan senyawa antimikroba pada sampel, misalnya chlorine -pengambilan sampel cair yang berasal dari kran atau pipa

inti dari pengambilan sampel dari kran atau pipa adalah meniadakan bakteri yang menjadi biofilm pada mulut kran (dikhawatirkan jenisnya berbeda) dan memasukkan bakteri umum yang terlarut pada sampel. Tahap-tahap pengambilan sampel untuk menghasilkan tujuan diatas adalah:

1.Pilih pipa atau kran yang disuplai langsung atau paling mendekati dari tanki utama. Sebaiknya pilih kran yang bersih, sering digunakan dan tidak bocor. Lapisan air dari kran yang bocor sering ditumbuhi banyak biofilm. Jika kran kotor maka dapat dibersihkan denganSodium Hypochlorite (100 mg NaOCl /L). 2.Semprot udara sekitar kemudian mulut kran dengan etanol 70%. Bakar mulut kran dengan pembakar bunsen saat etanol belum menguap supaya biofilm yang terbentuk dapat mati secara cepat. Jika dirasa hal ini terlalu beresiko maka cukup dibakar saat kran kering. Bila kran terbuat dari plastik maka cukup disemprot etanol saja. 3.Drain air selama 2-3 menit. Drain dengan debit menengah atau besar dengan tujuan untuk mencuci kran dan menunggu bakteri umum yang benar-benar dari tanki melewati kran. Perhatikan juga volume yang tersisa pada tangki saat pengambilan sampel. 4.Saat memasukkan air ke botol sampel, debit air dikecilkan sampai air saat memasuki botol tidak terlalu deras dan menimbulkan cipratan. Isi botol dengan air, jangan sampai overflow dan sisakan ruang udara dengan jarak min 2,5cm dari tutup botol.

-pengambilan sampel air sungai, air kolam, danau, waduk, pantai, laut Air sungai memiliki ciri khusus yaitu terdapat aliran dan tidak menggenang yang sangat berpengaruh terhadap distribusi mikroorganisme yang ada. Aliran sungai ini mampu menghilangkaan stratifikasi dan menghomogenkan karakteristik bakteri air sungai. Selain itu umumnya mempunyai jumlah mikroorganisme yang besar dan beragam karena melimpahnya nutrisi yang terlarut di dalamnya. Air kolam, waduk atau danau memiliki air relatif tenang dan sedikitnya arus menyebabkan sedimentasi bahan terlarut air seperti tanah dan pasir. Endapan ini tentunya memiliki karakteristik mikroba yang cukup berbeda dengan badan air. Salah satu metode sederhana dalam pengambilan sampel air di lingkungan seperti di atas adalah hand dip method, prinsipnya yaitu:

1.Buka tutup botol lalu botol dimasukkan ke dalam air dengan posisi mulut botol kebawah. Mulut botol jangan sampai di pegang oleh tangan.

2.Celupkan botol sampai kedalaman tertentu biasanya minimal 6 inchi. Udara yang ada di dalam botol akan menekan dan mencegah air masuk. Hal ini bertujuan untuk menghindari terambilnya sampel air yang berada dekat dengan permukaan. 3.Miringkan botol sehingga air perlahan masuk. Hadapkan mulut botol melawan arus atau buat aliran sendiri dengan mendorong botol horizontal berlawanan arah dengan tangan sehingga air masuk ke dalam botol. 4.Angkat botol ke permukaan lalu buang sedikit air yang terambil supaya terdapat ruang udara di dalam botol. Tutup dengan tutup botol kemudian kencangkan. Masukkan botol ke dalam plastik bersekat sebelum disimpan dalam freezer ice pack. Hal penting yang perlu diperhatikan dalam pengambilan sampel-sampel diatas adalah : Jika sampel diambil dengan masuk ke dalam air: -jangan ambil di dekat permukaan atau dekat dengan dasar. -ambil berlawanan dengan arus air. -perhatikan sampah atau seresah yang mengambang, segmentasi dan kecepatan arus sungai.. -ambil sampel ditengah sungai atau kolam, jika tidak memungkinkan maka sejauh mungkin dari tepian dengan mempertimbangkan fakor keamanan. -ambil dengan kedalaman antara 8-12 inchi, jika air yang tersedia umumnya kurang dari 4 inchi maka sebaiknya dicari sample point lain yang lebih dalam. -jika teknik ini dilakukan pada daerah tepi danau pantai sebaiknya diambil pada kedalaman 1m. -berjalan melwan arus dan hati-hati dalam berjalan mengingat dapat teraduknya sedimen. -sebelum dilakukan pengambilan sampel sebaiknya diam sebentar untuk menunggu terendapnya sedimen yang terganggu dan aliran air normal kembali. -jika terdapat suatu anjungan atau dermaga maka akan mempermudah pengambilan sampel Jika sampel diambil dengan kapal maka : -kedalaman pengambilan sampel harus lebih dari 1m. -jangan buang jangkar, jika harus diturunkan maka jangkar diturunkan berlawanan sisi dengan sisi pengambilan sampel -matikan motor

-diam sejenak sebelum pengambilan dilakukan. Bila membutuhkan pengambilan sampel pada kedalaman yang lebih dalam maka diperlukan peralatan khusus yang secara mekanis otomatis akan melepas tutup botol pada kedalaman tertentu. Peralatan yang umum digunakan untuk tujuan ini diantaranya adalah Zobell J-Z Sampler. C.Sampel udara (air sample) Untuk pengambilan sampel udara ini akan dibahas pada artikel khusus yang lebih lengkap (klik disini).

5.Masa tahan sampel (sample hold time) dan penyimpanan sampel Setelah sampel diambil dari sumbernya sampel harus dianalisa langsung atau sesegera mungkin di laboratorium. Jika hal ini tidak memungkinkan maka ada suatu batas toleransi yang diperbolehkan. Batas ini ditentukan untuk mencegah sampel menjadi bias sehingga data yang dihasilkan tidak akurat. Bila sampel dianalisa melebihi batas sample hold time maka dikhawatirkan jumlah bakteri tertentu akan bertambah karena nutrisi atau berkurang karena alasan lain. Pada umumnya untuk jenis sampel umum air yang dapat tidak dapat diminum (non potable water) mempunyai masa tahan sampel 6 jam sedangkan air yang dapat diminum (potable water) masih layak dianalisa sebelum 30 jam. Namun untuk lebih spesifik berdasarkan tujuannya, sampel air untuk diuji HPC (Heterotrophic Plate Count) sebaiknya dianalisa sebelum 24 jam, untuk total coliform dan E.coli dianalisa sebelum 48 jam (potable water) dan 30 jam (waste water). Tidak ada suatu perbedaan yang signifikan antara sampel yang diuji langsung setelah analisa atau sampel yang diuji pada batas masa tahan sampel yang dipersyaratkan. Dalam kurun waktu masa tahan sampel tersebut sampel sebaiknya disimpan dalam suatu kondisi yang mencegah karakteristik bakteri pada sampel berubah, seperti jumlah dan jenis bakteri. Kondisi yang cocok untuk menonaktifkan bakteri adalah suhu dingin. Suhu dingin dapat memperlambat aktivitas metabolisme bakteri namun tidak merusak enzim dan komponen sel lainnya. Sampel umum dapat disimpan pada suhu 2-8 C, jangan simpan sampel pada suhu beku karena kristal es akan merusak sel. Botol sampel yang telah dimasukkan plastik bersekat dapat dimasukkan ke dalam Freezer ice pack atau cooler yang berisi es.

6.Perlakuan pada sampel sebelum diuji Perlakuan ini dapat berupa penambahan suatu senyawa yang menghambat kerja zat yang mampu mematikan bakteri yang berada di dalam sampel. Jika zat ini dapat dinetralisir maka selama sample hold times jumlah bakteri tidak akan berkurang karena aktivitas zat tersebut. Pada sampel air yang mengandung chlorine, sampel dapat ditambah agen deklorinasi berupa sodium thiosulphate (NaS2O3) dengan konsentrasi 100 mg/L, misalnya dalam sampel botol 120ml ditambahkan 0,1 ml larutan 10% Na2S2O3 (konsentrasi ini akan menetralisir +/- 15mg/L residu chlorine dan dipakai pada sampel air limbah). Sedangkan sodium thiosulphate yang ditambahkan untuk sampel air minum adalah 0,1 ml larutan 3% Na2S2O3 (konsentrasi ini akan menetralisir +/- 5mg/L). Sodium thiosulphate juga mampu untuk mereduksi halogen lain selain chlorine. Jika sampel mengandung konsentrasi logam tinggi seperti copper atau zinc (>1mg/L), maka dapat diberikan 372mg/L disodium salt of EDTA (ethidium diamine tertra aceticacid), caranya adalah tambahkan 0,3ml 14% EDTA pH 6,5 untuk 120ml botol sebelum botol disterilisasi. Cara ini juga dapat dikombinasikan dengan penambahan Na2S2O3 bila perlu. Selain kedua cara diatas, netralisasi beberapa substansi antimikroba lainnya dengan senyawa yang tepat yaitu : -glutaraldehide dapat dinetralisir oleh sodium hydrogen sulphite -aldehide dapat dinetralisir oleh glysine -quartenery ammonium compound dapat dinetralisir oleh polysorbate Jika tidak menemukaan senyawa yang tepat untuk menghilangkaan aktivitas zat antimikroba tertentu pada sampel maka diasumsikan kegagalan dalam mengisolasi bakteri disebabkan oleh zat antimikroba tersebut. Namun perlu diingat, bakteri yang mampu cukup lama bertahan pada lingkungan yang mengandung zat antimikroba (yang biasanya akan terambil) adalah jenis bakteri yang dimungkinkan mampu bertahan. E. Indra Pradhika, 2010 Referensi :

Anonim. 1986. Microorganism in Foods 2 Sampling for Microbiological Analysis : Principles and Spesifisc Application. 2nd editions. ICMSF (International Commission on Microbiological Spessifications for Foods). Blackwell Scientific Publications. Anonim. 1999. Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater. American Public Health Association, American Water Association, dan Water Environtment Federation. Washington. Anonim. 2009. Microbiological Examination of Non Sterile Products: Microbiological Enumeration Test.United States Pharmacopoeial 31. Forsythe, S.J. dan P.R. Hayes. I998. Food Hygiene, Microbiological and HACCP. Aspen Publication. Hall, L.B. and M.J. Hartnett, BA.1964. Measurement of The Bacterial Contamination on Surface in Hospitals. Public Health Reports. Vol 79, No11.p10211024 Lattuada, C.P. dan B.P. Dey. 1998. Microbiology Laboratory Guide Book 3RD

Edition, Chapter 1 Sample Preparation for Meat, Poultry and Pasteurized Egg

Products. USDA/FSIS. Roberts, D and M. Greenwood. 2003. Practical Food Microbiology 3rd Edition. Backwell Publishing

Wallace, H.A., dan T.S. Hammack. Food Sampling and Preparation of Sample Homogenate. Bacteriological Analytical Manual, Edition 8, Revision A, Chapter1. 2 comments: