Struktur Genetik Dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus Spp.) Di Tpi Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan...

STRUKTUR GENETIK DAN FILOGENETIK IKAN TUNA

(Thunnus spp.) DI TPI TANJUNG LUAR, LOMBOK

BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA

GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2013

iii

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Struktur Genetik dan

Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan

Penanda Genetik Mitokondria adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi

pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi

mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan

maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan

dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.

Bogor, Mei 2013

Gede Suastika Joka Wijaya

NIM C54090011

iv

ABSTRAK

GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA. Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna

(Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan DNA Mitokondria.

Dibimbing oleh HAWIS MADDUPPA dan BEGINER SUBHAN.

Ikan tuna merupakan komoditi perikanan terbesar ketiga di Indonesia

setelah udang dan ikan dasar. Identifikasi tuna cukup sulit karena spesies ini

memiliki hubungan genetik yang erat dan beberapa karakter morfologi telah

hilang atau rusak setelah ikan didaratkan. Penelitian ini bertujuan untuk

mengidentifikasi spesies, mengetahui struktur genetik, dan filogenetik ikan tuna

yang terdapat di TPI Tanjung Luar, Lombok. Penelitian ini menggunakan

pengolahan data berbasis PCR (Polymerize Chain Reaction) untuk

mengamplifikasi gen mitokondria control region pada setiap sampel. Sejumlah 43

sampel sirip tuna yang dianalis dan diketahui spesiesnya terdiri dari 34 individu

Thunus albacares dan 9 individu Thunus obesus dengan nilai homologi analisis

BLAST berkisar antara 98-100%. Panjang sekuen yang terbentuk rata-rata 533 bp

dengan 30 basa nukleotida yang berbeda. Pohon filogenetik yang terbentuk

terbagi menjadi dua clade besar dengan jarak genetik berkisar antara 0-0,145.

Clade yang terbentuk memiliki nilai bootstrap dan hubungan yang baik.

Metodologi ini sangat berguna untuk menegakkan peraturan yang mengatur

industri perikanan tuna sirip biru di Indonesia.

Kata kunci: biodiversitas, DNA barcoding , filogenetik, konservasi, tuna

ABSTRACT

GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA. Genetic and Phylogenetic Structure of Tuna

(Thunnus spp.) in TPI Tanjung Luar, Lombok Based on Mitochondrial DNA.

Supervised by HAWIS MADDUPPA and BEGINER SUBHAN.

Tuna is the third largest fishery commodities in Indonesia after shrimp and

demersal fish. Identification of tuna has been difficult because of the close genetic

relationships among these species and the ease with which morphological

characters may be removed once a fish has been landed. This research aims to

identify species, investigate the genetic and phylogenetic structure of tuna that

landed and traded in Tanjung Luar fish market, Lombok. The polymerase chain

reaction was used to amplify segment of the mitochondrial control region gene

from members of these species. 43 samples fins tuna were collected consists of 34

Thunus albacares and 9 Thunus obesus, with homology analysis of BLAST

ranged between 98-100%. The average of sequence was 533 bp and there were 30

nucleotides different. Phylogenetic trees forming two clades, Thunus albacares

and Thunus obesus, with genetic distance ranged from 0 to 0,145. The clades

revealed after bootstrapping generally corresponded well with expectations. This

methodology should prove very useful for enforcing the regulations governing

Indonesia's bluefin tuna fishing industry.

Keywords: biodiversity, conservation, DNA barcoding, phylogenetic, tuna

v

STRUKTUR GENETIK DAN FILOGENETIK IKAN TUNA

(Thunnus spp.) DI TPI TANJUNG LUAR, LOMBOK

BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA

GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Ilmu Kelautan

pada

Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2013

vii

Judul Skripsi : Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di

TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan DNA Mitokondria

Nama : Gede Suastika Joka Wijaya

NIM : C54090011

Disetujui oleh

Diketahui oleh

Dr Ir I Wayan Nurjaya, MSc

Ketua Departemen

Tanggal Lulus: 23 Mei 2013

Dr Hawis Madduppa, SPi MSi

Pembimbing I

Beginer Subhan, SPi MSi

Pembimbing II

viii

PRAKATA

Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala limpahan karunia,

yang diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian yang berjudul

Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan DNA Mitokondria. Penelitian ini merupakan salah satu syarat untuk untuk memperoleh gelar Sarjana Ilmu Kelautan pada Departemen

Ilmu dan Teknologi Kelautan.

Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Hawis Madduppa, SPi MSi

dan Bapak Beginer Subhan, SPi MSi selaku komisi pembimbing. Penghargaan

penulis sampaikan kepada Laboratorium Indonesia Biodiversity Research Center

(IBRC) beserta seluruh staff IBRC telah membantu selama pengumpulan data dan

analisis laboratorium. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada orang tua

serta seluruh keluarga atas segala doa dan kasih sayangnya, Made Ayu Pratiwi,

teman-teman Ilmu dan Teknologi Kelautan, Crazier 46, anggota Fisheries Diving

Club (FDC) Diklat 28, teman-teman MSP 46, sahabat Wisma Kosovo, KMHD

IPB, serta semua pihak yang telah mendukung demi terselesaikannya karya ilmiah

ini.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juni 2013

Gede Suastika Joka

ix

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL vii

DAFTAR GAMBAR vii

DAFTAR LAMPIRAN vii

PENDAHULUAN 1

Latar Belakang 1

Tujuan Penelitian 2

METODE 2

Waktu dan Lokasi Penelitian 2

Proses Pengambilan Sampel 2

Ekstraksi dan Amplifikasi DNA Mitokondria 3

Elektroforesis 3

Siklus Pengurutan Nukleotida 3

Analisis Data 3

HASIL DAN PEMBAHASAN 4

Hasil Pengurutan Basa Nukleotida dan Identifikasi Spesies 4

Struktur Genetik Tuna 7

Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik 8

Implikasi Manajemen dan Perdagangan Perikanan Tuna 10

KESIMPULAN DAN SARAN 10

Kesimpulan 10

Saran 11

DAFTAR PUSTAKA 11

LAMPIRAN 14

x

DAFTAR TABEL

1. Komposisi basa nukleotida spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok 8

2. Matriks probabilitas substitusi nukleotida spesies tuna 8

3. Matriks jarak genetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok 9

DAFTAR GAMBAR

1. Komposisi spesies tuna yang teridentifikasi di TPI Tanjung Luar, Lombok 5

2. T. albacares (atas) dan T. obesus (bawah) (FAO Species Catalogue) 7

3. Pohon filogenetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok 10

DAFTAR LAMPIRAN

1. Protokol standar komposisi master mix pada PCR 15

2. Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST 15

3. Hasil pengurutan basa nukleotida spesies tuna 16

4. Matriks jarak genetik antara spesies tuna 25

1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ikan tuna merupakan komoditi perikanan terbesar ketiga di Indonesia

setelah udang dan ikan demersal (Habibi et al. 2011). Potensi sumberdaya tuna di

wilayah Samudera Hindia termasuk 200 mil wilayah ZEEI sebesar 216.275

ton/tahun atau 39,4% dari total potensi tuna Indonesia yaitu sebesar 548.387

ton/tahun (Uktolseja et al. 1997). Ikan tuna dari genus Thunnus merupakan jenis

yang menguasai lebih dari 80% komoditas tuna di pasar internasional. Beberapa

spesies tuna dari genus Thunnus yang menjadi komoditas utama adalah tuna

albakora (T. alalunga), tuna mata besar (T. obesus), tuna sirip biru Atlantik (T.

thynnus), tuna sirip biru Pasifik (T. orientalis), tuna sirip biru selatan (T.

maccoyii) dan tuna sirip kuning (T. albacares) (Majkowski 2007; FAO 2010).

Ikan tuna yang termasuk dalam Famili Scombridae dapat diklasifikasikan

dalam 4 genus, yaitu Thunnus, Euthynnus, Katsuwonus, dan Auxis (Majkowski

2007). Ikan tuna dari genus Thunnus memiliki karakteristik eksternal yang

berbeda-beda teksturnya pada tubuh, kepala, mata, sirip dada, sirip ekor, serta

pewarnaan sisipnya (Itano dan Fukofuka 2007). Beberapa spesies ikan tuna seperti

tuna sirip kuning (Thunnus albacares) dan tuna mata besar (Thunnus obesus) pada

ukuran kurang dari 40 cm memiliki kemiripan morfologi yang dapat

menimbulkan kesalahan identifikasi dan salah estimasi hasil tangkapan (Gerasmio

2012). Hal tersebut akan menjadi kendala pada identifikasi dan pemisahan tuna

secara visual, sehingga perlu adanya kajian molekuler dengan menggunakan

teknik DNA Barcoding guna mendukung pengkajian stok dan pengelolaan ikan

tuna.

Teknik DNA barcoding merupakan teknik yang banyak dikembangkan

untuk mengidentifikasi spesies, karena relatif mudah dilakukan dibandingkan

teknik lainnya (Wong dan Hanner 2008). Penggunaan DNA mitokondria banyak

dilakukan untuk identifikasi karena memiliki beberapa kelebihan diantaranya

ialah berevolusi lebih cepat dibandingkan DNA inti, berukuran lebih kecil

dibandingkan DNA inti, terdapat beberapa salinan di dalam sel dan sekuens DNA

mitokondria beberapa organisme perairan telah diketahui spesiesnya (Kyle dan

Wilson 2007). Lokus control region pada DNA mitokondria memiliki tingkat

polimorfisme tinggi dan mempunyai laju mutasi yang lebih cepat dibandingkan

dengan ruas lainnya, sehingga menyebabkan urutan nukleotida control region

sangat bervariasi antar individu (Meadows 2005). Analisis pada daerah control

region dapat digunakan untuk melihat keragaman genetik antar subspesies

ataupun antar populasi.

Struktur genetik pada suatu spesies berbeda dengan spesies lainnya.

Struktur genetik DNA pada suatu organisme dibentuk oleh basa nukleotida DNA

yaitu adenin, guanin, tinin dan sitosin. Pada DNA mitokondria basa adenin dan

tinin memiliki frekuensi yang besar dibandingkan dengan basa lainnya. Penelitian

Chiang et al. (2006), mengemukakan bahwa struktur basa nukleotida tuna mata

besar yaitu, A= 38.2%, T = 27.7%, C= 20.2%, G= 13.9%. Filogenetik merupakan

suatu metode yang digunakan untuk melihat dan memodelkan kedekatan suatu

spesies dengan spesies lainnya. Analisis filogenetik ini digunakan untuk

2

mengkontruksi dengan tepat hubungan antara organisme dan mengestimasi

perbedaan yang terjadi dari satu nenek moyang kepada keturunannya (Li et al.

1999). Penelitian Wijana dan Mahardika (2010), mengkonstruksi pohon

filogenetik spesies tuna sirip kuning dengan nilai bootstrap kurang dari 50% dan

memiliki keragaman genetik yang relatif tinggi serta membentuk nilai bootstrap

sebesar 86 % dengan spesies outgroup tuna mata besar.

Kabupaten Lombok Timur merupakan wilayah yang mempunyai potensi

perikanan tangkap tinggi mencapai 15.683,52 ton pada tahun 2010 (DKP 2011).

Berdasarkan data statistik Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Lombok

Timur (2011), terdapat tiga jenis ikan yang nilai tangkapannya di atas 1000 ton

yaitu, ikan tongkol (2000 ton), ikan cakalang (1666,5 ton), dan ikan tuna (1163

ton) (DKP 2011). Oleh karena itu, penelitian ini difokuskan untuk mengetahui

jenis ikan tuna di Tempat Pelelangan Ikan Tanjung Luar, Lombok melalui metode

identifikasi molekular menggunakan DNA mitokondria.

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk: mengidentifikasi spesies ikan tuna;

mengetahui struktur genetik ikan tuna; dan mengetahui hubungan filogenetik tuna

yang didaratkan di TPI Tanjung Luar, Lombok.

METODE

Waktu dan Lokasi Penelitian

Sampel ikan tuna diambil pada bulan Juli 2012 di Tempat Pelelangan Ikan

Tanjung Luar, Lombok. Sampel Ikan tuna disimpan di Laboratorium Indonesian

Biodiversity Research Center. Analisis laboratorium dilaksanakan pada bulan

Januari-Maret 2013 di Laboratorium Indonesian Biodiversity Research Center

(IBRC) Bali dan Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan,

Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, FPIK IPB.

Proses Pengambilan Sampel

Pengambilan sampel dilakukan secara langsung di lokasi penelitian.

Sampel ikan tuna didapatkan dari TPI Tanjung Luar, Lombok. Sampel diambil

dari bagian sirip pektoral (sirip dada) dan disimpan dalam larutan ethanol 96%,

serta diberi label pada masing-masing botol sampelnya.

Ekstraksi dan Amplifikasi DNA Mitokondria

Ekstraksi DNA bertujuan untuk menghancurkan sel dan memisahkan

DNA pada sampel. Ekstraksi DNA ini menggunakan metode chelex (Walsh et al.

1991). Tahap ekstraksi harus dalam keadaan steril untuk mencegah kontaminasi.

Proses amplifikasi DNA menggunakan metode Polymerize Chain

Reaction (PCR) Hotstart yang telah dimodifikasi. Primer yang digunakan yaitu

CRK (5-agc tca gcg cca gag cgc cgg tct tgt aaa-3) dan primer CRE (5-cct gaa

3

gta gga acc aga tg-3) (Lee et al. 1995). Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan mesin PCR (thermo cycler). Pada dasarnya metode dengan mesin

PCR terdiri dari beberapa proses yaitu pemisahan DNA utas ganda (denaturasi)

pada suhu 94 oC selama 5 menit (satu siklus), denaturasi pada suhu 94

oC selama

15 detik, penempelan primer (annealing) pada suhu 50 oC selama 30 detik dan

pemanjangan segmen DNA (extention) pada suhu 72 oC selama 45 detik. Proses

tersebut dilangsungkan sebanyak 38 siklus dan tahap akhir extention pada suhu 72 oC selama 5 menit (satu siklus) (Martnez dan Zardoya 2005).

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik untuk memisahkan molekul bermuatan,

bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya hasil amplifikasi DNA dalam produk

PCR. Tahap awal elektroforesis adalah pembuatan gel agarosa 1% dengan

pewarna Etidium Bromida (4 L) yang digunakan sebagai media elektroforesis.

Hasil PCR diambil sebanyak 4 L dan dicampurkan dengan loading dye (1

L), kemudian disisipkan dalam sumuran agarosa. Elektroforesis menggunakan

mesin elektroforesis pada tegangan 200 V dan arus 400 mA. Hasil elektroforesis

tersebut dilihat dan difoto pada mesin ultraviolet pada panjang gelombang

ultraviolet 254 nm.

Siklus Pengurutan Nukleotida

Siklus pengurutan nukleotida (DNA Sequencing) adalah metode untuk

menentukan urutan nukleotida yang terdapat dalam DNA. DNA sequencing

menggunakan metode PCR sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan

urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan untuk kemudian diamplifikasi

menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR, namun ada

penambahan beberapa pereaksi tertentu. Produk PCR yang posotif teramplifikasi

selanjutnya dibaca urutan nukleotidanya menggunakan DNA sequencer.

Penentuan urutan nukleotida dilakukan di Sequencing Facility UC Berkeley,

California dengan mengirim hasil PCR yang telah dipindahkan dalam plate

pengirimin produk PCR.

Analisis Data

Identifikasi Spesies

Hasil pembacaan urutan basa nukleotida tersebut kemudian diolah

menggunakan program MEGA 5.05 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis).

Data tersebut disejajarkan (alignment) menggunakan CustalW pada program

MEGA 5.05 untuk melihat keragaman basa nukleotidanya. Untuk menentukan

spesies dilakukan proses BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yaitu

membandingkan dengan database sekuen DNA pada genbank yang terhubung

dengan genbank (http://blast.ncbi.nlm.nih.-gov).

Struktur Genetik

Sekuen DNA yang telah analisis dan diketahui spesiesnya kemudian

diolah dengan program MEGA 5.05. Pembuatan model komposisi dan perbedaaan

basa nukleotida spesies tuna menggunakan metode maximum likehihood.

4

Substitusi transisi dan tranversi basa nukleotida dihutung dengan metode model

dua parameter Kimura (1980).

Analisis Filogenetik

Analisis filogenetik merupakan metode untuk mengetahui kekerabatan dan

jarak genetik suatu spesies. Jarak genetik merupakan ukuran perbedaaan genetik

antar populasi karena mutasi, seleksi, persilangan acak dan penghanyutan gen

yang akan menyebabkan terjadinya evolusi. Pembuatan pohon filogenetik pada

penelitian ini menggunakan metode bootstrap neigbor joining tree dengan nilai

bootstrap 100. Jarak genetik spesies dihitung dan dimodelkan menggunakan

model Kimura dua parameter. Data sekuen spesies outgroup yang digunakan

diunduh dari genbank pada website www.ncbi.com.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil Pengurutan Basa Nukleotida dan Identifikasi Spesies

Diperoleh 43 sampel DNA tuna yang dianalisis DNA mitokondrianya dari

TPI Tanjung Luar, Lombok. Hasil identifikasi 43 sekuen DNA terbagi menjadi 34

individu Thunnus albacares (tuna sirip kuning) dan 9 individu Thunnus obesus

(tuna mata besar) (Gambar 1). Tingkat kesamaan (homologi) yang diperoleh dari

analisis BLAST sebesar 98-100%, yang menunjukkan bahwa identifikasi spesies

tuna dari TPI Tanjung Luar, Lombok memliki kesamaan yang tinggi dengan data

pada genbank (Lampiran 3).

Gambar 1. Komposisi spesies tuna yang teridentifikasi di TPI Tanjung Luar,

Lombok

Spesies Thunnus albacares (tuna sirip kuning) lebih banyak yang

teridentifikasi daripada Thunnus obesus (tuna mata besar). Hal tersebut sesuai

dengan penetitian Soraya (2012), yang menyebutkan bahwa Thunnus albacares

merupakan jenis ikan yang produksinya cukup tinggi di Daerah Lombok Timur

selain ikan cakalang dan tongkol abu-abu. Spesies Thunnus obesus bukan

merupakan komoditas perikanan yang biasanya tertangkap di Kabupaten Lombok

Timur sehingga jumlah yang teridentifikasi lebih sedikit. Produksi ikan tuna sirip

kuning di Kabupaten Lombok Timur mengalami peningkatan sebesar 739,10 ton

Tahun 2006 dan Tahun 2010 produksinya mencapai 2.596,80 ton (DKP 2011).

Thunnus albacares

79%

Thunnus obesus21%

5

Thunnus albacares memiliki kedalaman renang rata-rata yang lebih

dangkal daripada Thunnus obesus. Mayoritas jalur ruaya Thunnus albacares,

mengarungi lapisan kolom perairan yang tidak lebih dari 100 m dan relatif jarang

menembus lapisan termoklin. Termoklin adalah suatu lapisan pada perairan di

mana dapat terjadi perubahan suhu secara drastis terhadap kedalaman. Thunnus

albacares di Samudera Hindia menghabiskan 85% waktunya di kedalaman kurang

dari 75 m (Sumadhiharga 2009). Laju tangkap Thunnus obesus di Samudera

Hindia sangat rendah pada kedalaman kurang dari 100 m dan lebih tinggi pada

kedalaman lebih dari 200 m (Mohri dan Nishida 1999). Daerah penangkapan jenis

ikan ukuran besar seperti hiu, cakalang dan tuna, berada di perairan Nusa

Tenggara Barat, perairan Nusa Tenggara Timur dan perairan Sulawesi (Ardi

2002).

Faktor lain yang menyebabkan komposisi jenis Thunnus albacares lebih

banyak daripada Thunnus obesus adalah penggunaan alat tangkap. Jenis alat

tangkap yang digunakan untuk menangkap ikan tuna di Lombok adalah pancing

tonda dan jaring insang (Ardi 2002). Alat tangkap jenis tersebut lebihh sedikit

mencapai kedalaman renang Thunnus obesus, sehingga mengindikasikan ikan

tuna jenis ini sedikit yang tertangkap. Pancing tonda merupakan alat tangkap ikan

yang digunakan untuk menangkap ikan tongkol, tuna dan cakalang. Pancing tonda

terdiri dari seutas tali pancing, mata pancing, dan umpan dan ditarik di belakang

perahu motor atau kapal yang sedang bergerak. Terdiri dari tali utama yang

terbuat dari nilon tunggal dengan panjang 7-60 m (Wiratama 2011).

Jaring insang merupakan alat tangkap jaring yang berbentuk persegi

panjang yang berfungsi untuk menjerat ikan. Salah satu jenis jaring insang yaitu

jaring insang hanyut yang digunakan untuk menangkap ikan-ikan pelagis besar

seperti tuna sirip kuning, cakalang dan tongkol. Jaring insang hanyut adalah jaring

insang yang cara pengoperasiaannya dibiarkan hanyut di perairan, baik itu

dihanyutkan di permukaan perairan, kolom perairan atau dihanyutkan di dasar

perairan (Martasuganda 2008). Ikan tuna merupakan ikan pelagis yang dapat

ditangkap dengan jaring insang yang dihanyutkan pada kolom perairan.

Ikan tuna merupakan ikan perenang cepat yang memiliki kebiasaan untuk

bermigrasi sepanjang hidupnya sehingga dapat ditemukan di beberapa perairan,

bahkan spesies tertentu ditemukan hampir di seluruh perairan dunia. Kebiasaan

ikan tuna untuk bermigrasi didukung oleh sistem metabolisme tuna yang dapat

mengatur jumlah panas yang ada di dalam tubuh untuk mencapai kondisi biologis

yang efektif (FAO 2009). Perairan Indonesia merupakan jalur migrasi ikan tuna

karena terletak di antara Samudera Pasifik dan Hindia sehingga beberapa wilayah

perairan pantai dan laut teritorial di Indonesia memiliki sumberdaya perikanan

tuna yang melimpah.

Tuna sirip kuning merupakan jenis ikan yang berukuran besar dan

memiliki ciri-ciri: badan memanjang, bulat seperti cerutu, panjang tubuhnya

mencapai 195 cm, namun umumnya 50-150 cm, memiliki dua sirip punggung,

sirip depan biasanya pendek dan terpisah dari sirip belakang, pada bagian

punggung berwarna biru kehitaman dan berwarna keputih-putihan pada bagian

perut. Spesies ini termasuk jenis ikan buas, bersifat predator, hidup bergerombol

kecil pada waktu mencari makan (Miazwir 2012). Tuna sirip kuning biasanya

membentuk schooling (gerombolan) di bawah permukaan air pada kedalaman

kurang dari 100 meter (Collette dan Nauen 1983).

6

Tuna mata besar merupakan speseis tuna yang mimiliki mata relatif besar

dibandingkan tuna lainnya, mempunyai lekukan yang dangkal pada pusat celah

sirip ekor. Profil badan seluruh bagian dorsal dan ventral melengkung secara

merata. Ikan tuna mata besar dengan ukuran kurang dari 75 cm (10 kg)

mempunyai sirip dada yang lebih panjang dari pada ikan tuna sirip kuning dari

ukuran ukuran yang sebanding (Itano dan Fukofuka 2007). Spesies tuna mata

besar menyebar pada perairan tropis ke subtropis yang biasanya berada pada

kedalaman hingaa 250 meter (Collette dan Nauen 1983).

Berdasarkan IUCN (2012), Thunnus obesus termasuk dalam kategori

vulnerable (rentan) yang sedang menghadapi risiko kepunahan di alam liar,

sedangkan Thunnus albacares termasuk dalam ketegori near threatened.

Penurunan jumlah populasi tuna dikarenakan penangkapan yang berlebihan

terhadap ikan tersebut. Penangkapan ikan tuna yang berlebihan akan mengurangi

jumlah populasi dari tahun ke tahun. Hal tersebut seharusnya ditanggapi dan

diatasi dengan manajemen penangkapan yang efisien.

Gambar 2. T. albacares (atas) dan T. obesus (bawah) (FAO Species Catalogue)

Struktur Genetik Tuna

Proses aligment menghasilkan urutan nukleotida dengan panjang

bervariasi yaitu rata-rata 533 bp pada spesies Thunnus albacares dan Thunnus

obesus. Hasil analisis komposisi nukleotida DNA mitokondria diperoleh rata-rata

frekuensi basa nukleotida tuna sirip kuning (Thunnus albacares) yaitu A=34,5%;

T/U=29,1%; C=21,5% dan G=14,8%, sedangkan komposisi nukleotida spesies

Thunus obesus yaitu A=34,3%; T/U=28%; C=22,5% dan G=15,2% (Tabel 1).

7

Tabel 1. Komposisi basa nukleotida spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok

Sampel

Komposisi nukleotida

(%) Jumlah

Nukleotida T(U) C A G

Thunnus albacares 29,1 21,5 34,5 14,8 533

Thunnus obesus 28,0 22,5 34,3 15,2 533

Penelitian Wijana dan Mahardika (2010), mendapatkan hasil yang relatif

sama dengan frekuensi basa DNA mitokondria tuna mata besar (Thunnus obesus)

yaitu A=38,7%; T/U=29,2%; C=20,1% dan G=12,0%. Basa adenin dan tinin pada

kedua spesies yang ditemukan di TPI Tanjung Luar Lombok memilki frekuensi

lebih besar dari basa guanin dan sitosin. Penelitian Anggriawan (2008),

mengemukakan hal yang sama yaitu, basa A dan T pada mtDNA memiliki

frekuensi yang sangat tinggi yaitu 88,9%. Berdasarkan hasil analisis rantai DNA,

diperoleh komposisi basa nukleotida spesises Thunus albacares dan Thunus

obesus tidak memililiki perbedaan yang besar.

Tabel 2. Matriks probabilitas substitusi nukleotida spesies tuna

A T C G

A - 1.50* 1.13* 11.97^

T 1.86* - 20.74^ 0.75*

C 1.86* 27.4^ - 0.75*

G 29.42^ 1.50* 1.13* -

Keterangan : ^ Transisi

* Tranversi

Mutasi gen merupakan faktor yang menyebabkan timbulnya

keanekaragaman genetik yang berakibat pada timbulnya keanekaragaman dalam

kehidupan. Dilihat dari sudut penyebabnya, mutasi dikelompokkan menjadi dua

jenis yaitu mutasi spontan dan mutasi terimbas. Mutasi spontan merupakan mutasi

yang terjadi pasa kondisi alami selama proses replikasi, perbaikan, dan

rekombinasi DNA. Mutasi terimbas adalah mutasi yang disebabkan oleh agen-

agen lingkungan spesifik (Sofro 1994). Mutasi substitusi merupakan jenis mutasi

gen dimana basa nukleotida berubah menjadi bentuk basa lain dalam urutan DNA

yang dapat menyebabkan terjadinya evolusi. Mutasi substitusi dibagi ke dalam

dua jenis yaitu transisi dan tranversi. Transisi adalah pengubahan antara A dan G

(purin) atau antara C dan T (pirimidin). Tranversi adalah pengubahan antara purin

dengan pirimidin. Substitusi transisi ditunjukkan oleh angka yang bercetak tebal

sedangkan substitusi tranversi ditunjukkan oleh angka yang bercetak miring.

Mutasi inilah yang menyebabkan variasi genetik pada suatu organisme.

Nilai mutasi substitusi paling tinggi ditemukan pada basa A, diikuti oleh

basa T, C, dan G. Hal ini berkaitan erat dengan frekuensi masing-masing

nukleotida. Semakin tinggi frekuensi nukleotida bersangkutan maka kemungkinan

untuk terjadinya substitusi semakin besar (Wijana dan Mahardika 2010). Mutasi

substitusi transversi lebih kecil dan lebih jarang terjadi dibandingkan substitusi

transisi. Substitusi tranversi yang terjadi antara purin dengan pirimidin akan lebih

sulit daripada substitusi transisi yang terjadi antara purin dengan purin dan

8

pirimidin dengan pirimidin. Hal tersebut dipengaruhi struktur molekul basa

nukleotida antara purin dan pirimidin memiliki struktur molekul yang berbeda

(Wijana dan Mahardika 2010). Oleh karena itu, substitusi transisi akan lebih besar

daripada tranversi.

Substitusi transisi umumnya terjadi selama replikasi DNA karena proses

tautomerisma (penyusunan kembali senyawa keton menjadi aldehida). Pada

peristiwa ini terjadi pergeseran yang menyebabkan bentuk molekul sedikit

berubah. Sedangkan penyebab transversi umumnya berbeda dengan penyebab

transisi karena transversi tidak terjadi selama replikasi DNA melainkan terkait

dengan sistem replikasi DNA yang rentan terhadap kesalahan. Akibat dari mutasi

transisi dan tranversi dapat terjadi mutasi misens atau nonmisens. Pada mutasi

misens, asam amino pada rantai polipeptid yang disintesis digantikan oleh asam

amino lain. Pada mutasi nonmisens, kodon yang menyandi suatu asam amino

berubah menjadi kodon henti sehingga sintesis rantai polipeptid berhenti sebelum

waktunya (Sofro 1994).

Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik

Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan spesies tuna

di Lombok dan spesies tuna outgroup pada genbank. Matriks perbedaan jarak

genetik dari 43 individu tuna dari TPI Tanjung Luar, Lombok dan dua spesies

outgroup dari genbank dapat dilihat pada Tabel 3.

Tabel 3. Matriks jarak genetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok

T.albacares T.obesus T.maccoyii T.thymus

T.albacares

T.obesus 0,096

T.maccoyii 0,109 0,105

T.thymus 0,113 0,121 0,083

Matriks jarak genetik pada Tabel 3 menunjukkan bahwa spesies yang

memiliki jarak tejauh yaitu Thunus obesus dan outgroup Thunnus thynus sebesar

0,121. Thunnus obesus memiliki jarak yang sangat dekat dengan Thunnus

albacares yaitu sebesar 0,096. Thunnus obesus memiliki jarak yang lebih dekat

dengan outgroup Thunnus maccoyii sedangkan Thunnus albacares memilki jarak

yang lebih dekat dengan Thunus thymus. Jarak genetik rata-rata secara

keseluruhan sebesar 0,058. Hal ini menunjukkan bahwa pada panjang sekuen 533

bp terdapat 30 basa nukleotida yang berbeda. Jarak genetik gen control region

mitokondria berkisar antara 0-0,145. Penelitian Wijaya dan Mahardika (2010)

menyebutkan hasil serupa, dimana jarak genetik antara Thunnus albacares dan

Thunnus obesus berkisar antara 0,078-0,098.

Pohon filogenetik merupakan suatu metode untuk mngetahui tingkat

evolusi dan kekerabatan suatu spesies. Spesies tuna yang memiliki rantai DNA

yang mirip akan membentuk suatu cabang yang berdekatan dan akan membentuk

satu kelompok yang besar (clade). Hasil analisis pohon filogenetik terbagi

menjadi dua kelas besar yaitu 34 individu Thunus albacares dan 9 individu

Thunnus obesus. Dua spesies tuna diunduh dari genbank diantaranya satu individu

Thunnus thynnus dan Thunnus maccoyii yang digunakan sebagai spesies outgroup

9

(Gambar 4). Spesies outgroup yang digunakan merupakan spesies yang

mempunyai perbedaan rantai DNA yang signifikan tetapi masih terdapat korelasi

taksonomi dengan spesies yang akan diuji. Pohon filogenetik (Gambar 4)

menunjukkan bahwa hasil analisis BLAST sesuai dengan karakteristik cabang

yang dibentuk oleh pohon filogenetik.

Gambar 3. Pohon filogenetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok

Uji bootstrap merupakan suatu metode yang digunakan untuk menguji

reabilitas pohon filogenetik. Nilai bootstrap terletak pada cabang-cabang pohon

filogenetik. Hasil percabangan Thunnus albacares dan Thunnus obesus

menunjukkan nilai bootstrap 100%. Hal tersebut menunjukkan bahwa posisi

filogentik tersebut telah maksimal dari tidak akan ada percabangan baru di antara

cabang tersebut. Pada percabangan spesies outgroup Thunnus thynnus dan

Thunnus maccoyii juga menunjukkan nilai bootstrap yang besar yaitu sebesar

98%, sehingga terdapat kemungkinan membentuk cabang baru ataupun berpindah

posisinya. Pohon filogenetik yang terbentuk pada clade Thunnus albacares

Clade 1

Clade 2

10

memiliki nilai bootstrap kurang dari 50%, yang menunjukkan bahwa spesies

tersebut memilki keanekaragaman yang tinggi (Wijana dan Mahardika 2010).

Pada clade Thunnus albacares membentuk beberapa kelompok

percabangan yang mengindikasikan bahwa terdapat populasi yang berbeda pada

clade Thunnus albacares. T. albacares IBRC0201035 terlihat berada di luar

percabangan yang mengindikasikan individu ini berasaal dari populasi yang

berbeda dengan yang lainnya. T. albacares IBRC0201024, IBRC0201047,

IBRC0201019 berada pada satu cabang yang sama dan berdekatan, yang

menunnjukkan ketiga individu ini memiliki kekerabatan yang sangat dekat. Pada

clade Thunnus albacares terlihat membentuk beberapa sub kelompok besar yang

menunjukkan bahwa clade ini terdiri dari populasi yang berbeda. T.obesus

IBRC0201016 terlihat berada pada percabangan berbeda pada clade T.obeus yang

menunjukkan individu ini memiliki jarak genetik terjauh dengan yang lainnya.

Panjang suatu cabang yang berbeda-beda antar spesies menunjukkan

perbedaan basa nukleotida dan laju evolusinya. Semakin panjang cabang yang

terbentuk menunjukkan spesies tersebut memiliki perbedaan basa DNA yang lebih

besar daripada spesies lainnya. Sebaliknya, semakin pendek suatu cabang

menunjukkan perbedaan basa nukleotida dan laju evolusi yang lebih sedikit.

Implikasi Manajemen dan Perdagangan Perikanan Tuna

Jenis tuna yang terdapat di Indonesia dan diperdagangkan yaitu Thunnus

tonggol (tongkol abu-abu), Thunnus albacares (tuna sirip kuning), Thunnus

alalunga (tuna albakora), Thunnus obetus (tuna mata besar) dan Thunnus

maccoyii (tuna sirip biru selatan). Terdapat beberapa spesies tuna yang terancam

kepunahan yaitu tuna sirip biru atlantik, tuna sirip biru pasifik dan tuna mata besar

(Collette 2011). Keberadaan spesies tuna yang jumlahnya terancam memerlukan

manajemen penangkapan yang efektif. Manajemen perikanan tuna sebaiknya

mencakup tujuan jangka panjang dalam segi konservasi sehingga kelangsungan

sumberdaya dengan hasil tangkapan yang optimal dapat tercapai. Penggunaan

genetika konservsi dapat dijadikan acuan untuk melestarikan biota tersebut di

alam. Suatu populasi yang memilki keragaman genetik tinggi akan

mengindikasikan populasi tersebut masih belum banyak mengalami gangguan di

alam. Sebaliknya, jika keragaman genetik suatu populasi rendah menunjukkan

populasinya di alam juga rendah (Nugraha 2009).

Teknik DNA barcoding dapat mengidentifikasi secara akurat suatu

organisme sampai tingkat spesies. Sehingga, dapat melindungi hak konsumen

terhadap industri produk olahan yang menggunakan ikan tuna sebagai bahan

bakunya. Pengujian terhadap ikan tuna segar maupun produk olahan tuna dengan

teknik DNA barcoding ini dapat digunakan untuk memperkecil penipuan dan

pemalsuan produk perikanan ternasuk produk olahan tuna maupun tuna segar

(Hadi 2011).

11

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan

Hasil analisis genetik mitokondria 43 sampel yang diperoleh dari TPI

Tanjung Luar Lombok terdiri dari 34 individu Thunus albacares dan 9 individu

Thunus obesus yang terbagi menjadi dua clade besar. Tingkat kesamaan analisis

BLAST berkisar antara 98-100%. Panjang rata-rata sekuen DNA yaitu 533 bp.

Komposisi basa nukleotida spesies Thunus albacares dan Thunus obesus tidak

memililiki perbedaan yang besar. Jarak genetik yang terbentuk berkisar antara 0-

0,145. Nilai Bootstrap yang terbentuk pada pohon filogenetik antara Thunnus

albacares dan Thunnus obesus sebesar 100, yang menunjukkan bahwa posisi

filogentik tersebut telah maksimal dan tidak akan ada percabangan baru di antara

cabang tersebut.

Saran

Penanda lokus mitokondria selain control region, sebaiknya digunakan

dalam identifikasi molekuler untuk mendapatkan perbedaan antara spesies yang

memiliki sekuen DNA yang mirip serta perlu dilakukan penelitian mengenai

genetika populasi ikan tuna untuk mengetahui persebaran ikan tuna sehingga

dapat dijadikan referensi dalam penangkapan dan perdagangan ikan tuna.

DAFTAR PUSTAKA

Anggriawan. 2008. Variasi Gen lrRNA Lebah Madu Apis cerana di Lombok,

Sumbawa, dan Flores. [Skripsi]. Bogor (ID). Institut Pertanian Bogor. 21

hal.

Ardi I. 2002. Analisis Sistem Pelabuhan Perikanan di Kabupaten Lombok Timur,

Nusa Tenggara Barat. [Thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. 95 hal.

Collette BB, CE Nauen.1983. FAO species catalogue. Vol. 2. Scombrids of the

world. An annotated and illustrated catalogue of tunas, mackerels, bonitos

and related species known to date. FAO Fish.Synop. 125(2). Rome (IT) :

Food and Agriculture Organization.

Collette BB, KE Carpenter, BA Polidoro, MJJ Jord, A Boustany, DJ Die, C

Elfes, W Fox, J Graves, LR Harrison, R McManus, CVM Vera, R Nelson V

Restrepo, J Schratwieser, CL Sun, A Amorim, MB Peres, C Canales, G

Cardenas, SK Chang, WC Chiang, NdO Leite, JrH Harwell, R. Lessa, FL

Fredou, HA Oxenford, R Serra, KT Shao, R Sumaila, SP Wang, R Watson,

E Yez. 2011. High Value and Long Life Double Jeopardy for Tunas and

Billfi shes. www.sciencemag.org Science. 333.

[DKP] Dinas Kelautan dan Perikanan. 2011. Sumber daya perikanan dan kelautan

Pulau Lombok. [internet]. (diacu 5 Maret 2012); Tersedia dari:

http://lomboktimurkab.go.id/?pilih=hal&id=51.

12

[DKP NTB] Dinas Kelautan dan Perikanan Nusa Tenggara Barat. 2011. Statistik

Perikanan Tangkap Nusa Tenggara Barat Tahun 2007 2011. Mataram: Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi NTB. Hal 1 92.

[FAO] Food and Agriculture Organization. 2009. FAO yearbook 2007: Fishery

and Aquaculture Statistics. Rome (IT): FAO. 73 pp.

Gerasmio IRP, RP Babaran, MD Santos. 2012. Discrimination of Juvenile

Yellowfin (Thunnus albacares) and Bigeye (T. obesus) Tunas using

Mitochondrial DNA Control Region and Liver Morphology. PLoS ONE

7(4).

Habibi A, D Anyogagautama, Sugiyanta. 2011. Perikanan Tuna-Panduan

Penangkapan dan Penanganan. Jakarta (ID): WWF-Indonesia. 27 hal.

Hadi FR. 2011. Autentikasi Aneka Produk Tuna (Thunnus sp.) dengan Metode

DNA Barcoding. [Thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. 38 hal.

Itano DG, S Fukofuka. 2007. Handbooks For The Identification Of Yellowfin

And Bigeye Tunas In (1) Fresh, (2) Frozen And (3) Fresh But Less Than

Ideal Condition. Pelagic Fisheries Research Program. Amerika Serikat

(US): University of Hawaii. 27 pp.

[IUCN] International Union for Conservation of Nature. 2012. IUCN Red List of

Threatened Species. Version 2012.2 [internet]. (diacu 9 Mei 2013); tersedia

dari : www.iucnredlist.org.

Kyle CJ, CC Wilson. 2007. Mitochondrial DNA identification of game and

harvested freshwater fish spesies. Forensic Sciece Internasional 166(1): 68-

76.

Lee WJ, J Conroy, WH Howell, TD Kocher. 1994. Structure and Evolution of

Teleost Mitochondrial Control Regions. J Mol E. 41: 54-66.

Li S, Pearl DK, Doss H. 1999. Phylogenetic tree construction using Markov

ChainMonte Carlo.Fred Huntchinson Cancer Research Center Washington.

Fred Hutchinson Cancer Research Center Washington. 29 pp.

Majkowski J. 2007. Global Fishery Resources of Tuna and Tuna-Like Species.

FAO Fisheries Technical Paper. Rome (IT): FAO. 483 : 54 pp.

Martasuganda. 2008. Jaring Insang (Gillnet). Bogor (ID): Institut Pertanian

Bogor. 143 hal.

Meadows, K Li, J Kantanen, M Tapio, W Sipos, V Pardeshi, V Gupta, JH Calvo,

V Whan, B Norris, JW Kijas. 2005. Mitochondrial Sequence Reveals High

Levels of Gene Flow Between Breeds of Domestic Sheep from Asia and

Europe. Journal of Heredity 96(5):494501. Martnez P dan R Zardoya. 2005. Genetic Structure Of Bigeye Tuna (Thunnus

Obesus) In The Atlantic Ocean. Col. Vol. Sci. Pap. ICCAT, 57(1): 195-205.

Miazwir. 2012. Analisis Aspek Biologi Reproduksi Ikan Tuna Sirip Kuning

(Thunnus albacares) yang Tertangkap di Samudera Hindia. [Thesis]. Depok

(ID): Universitas Indonesia. 68 hal.

Mohri M, T Nishida. 1999. Seasonal Changes In Bigeye Tuna Fishing Areas In

Relation To The Oceanographic Parameters In The Indian Ocean. IOTC

Proceedings. 2: 207-220.

Nugraha B. 2009. Studi Tentang Genetika Populasi Ikan Tuna Mata Besar

(Thunus obesus) Hasil Tangkapan Tuna Longline Yang Didaratkan di

Benoa. [Thesis]. Bogor (ID): Institut pertanian bogor. 62 hal.

Sofro ASM. 1994 Keanekaragaman Genetik. Yogyakarta: Andi Offset. 127 hal

13

Soraya. 2012. Optimasi Pengembangan Perikanan Cakalang di Kabupaten

Lombok Timur provinsi Nusa Tenggara Barat. [Thesis]. Bogor (ID): Institut

Pertanian Bogor. 110 hal.

Sumadiharga OK. 2009. Ikan Tuna Pusat Penelitian Oseonegrafi. Jakarta (ID):

Lembaga Ilmu Penelitian Indonesia. 129 hal.

Uktolseja JCB, B Gafa, R Purwasasmita, B Iskandar. 1997. Sumberdaya ikan

Pelagis Besar: Potensi dan Penyebaran Sumberdaya Ikan Laut di Perairan

Indonesia. Jakarta (ID): Departemen Pertanian.

Walsh PS, DA Metzger, R Higuchi. 1991. Chelex-100 as a medium for simple

extraction of DNA for PCR-Based Typing from Forensic Material.

Biotechniques 10: 506-513.

Wijana IMS, IGN Mahardika. 2010. Struktur Genetik Dan Filogeni Tuna Sirip

Kuning (Thunnus albacares) Berdasarkan Sekuen DNA Mitkondria Control

Region Sitokrom Oksidase I Pada Diversitas Zone Biogeografi. Jurnal Bumi

Lestar. 10(2): 270 274. Wiratama. 2011. Kelayakan Ikan Tuna untuk Tujuan Ekspor pada Kegiatan

Penangkapan Menggunakan Pancing Tonda di Sadeng Yogyakarta.

[Thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. 85 hal.

Wong EH, RH Hanner. 2008. DNA Barcoding Detects Market Substitution in

NoNorth American Seafood. Food Research International 41(8): 828-837.

14

LAMPIRAN

15

Lampiran 1. Protokol standar komposisi master mix pada PCR

Lampiran 2. Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST

no Kode lokasi spesies max identifikasi

1 IBRC0201016 Lombok Thunnus obesus 98%

2 IBRC0201017 Lombok Thunnus albacares 98%




































(1 l of template) MM1 MM2

ddH20 14.5 5.5 9

10 X PCR Buffer (PE-II) 2.5 1.5 1

dNTPs (8 M) 2.5 2.5 --

MgCl2 (25 mM) 2.0 2.0 --

Primer 1 (10 mM) 1.25 1.25 --

Primer 2 (10 mM) 1.25 1.25 --

PE Amplitaq (5 units/L) 0.125 -- 0.125

Total 24 14 10.125

16







44 HQ630710 Spanyol Thunnus thynnus -

45 HQ630707 Spanyol Thunnus maccoyii -

Lampiran 3. Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) pada spesies tuna

1. Thunnus obesus IBRC0201016 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATTTATATATGGACCATATACAATAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGAGTTACATAAACCATACAAATATATTCCAACATTCAAATTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCT

CATTCCTGAAGTCGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACCTGGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGG

2. Thunnus albacares IBRC0201017

AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCAT

ATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTTTAACATTCAGCCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAACTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

3. Thunnus obesus IBRC0201018 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGA

GATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGTGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGGACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAAGTTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCCCTAAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA


AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATACCTCAATATTCGATCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTC

ATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGG

5. Thunnus albacares IBRC0201020 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATG

TCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAGCCTAAGTCAAG

17

TAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAGCTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCGGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCA

TACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTA

6. Thunnus albacares IBRC0201021 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATACAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAGACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAACCTAAGTCAAG

TAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCACACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGAGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

7. Thunnus albacares IBRC0201022 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATG

CGCACATATTTCAATATGTCTGCGCATGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGCCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA

8. Thunnus obesus IBRC0201023 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATACTTATATATGCACCATATACAATAATGTTCCAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAACGAAGACTTACATAAACCATACGAATATACTCCAACACTCAAATTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCCCATTCCTGAAATGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCA

TACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAACAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

9. Thunnus albacares IBRC0201024 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATACCTCAATATTCGATCTAAGTC

AAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

10. Thunnus albacares IBRC0201025 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACATCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATG

CGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAAACTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA

18

11. Thunnus albacares IBRC0201027 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGA

TTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATACATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA


AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATACAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGTCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGTCATACCAAGTATCCCC

ATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

13. Thunnus albacares IBRC02010129 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG

ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATAAAGATATATCTCAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATCCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

14. Thunnus albacares IBRC0201030 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATAATCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTACCCCCATCCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA


CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAAATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTA

TCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

16. Thunnus albacares IBRC0201032 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG

ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATGTATATCTTAATATTTAATCTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC

19

ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTGGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA


CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACCCATATATGGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAAGTATATCTTAATATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTA

TCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

18. Thunnus albacares IBRC0201034 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACC

ATATATAATAATGCTTTAGGACATGTATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATCCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA

19. Thunnus albacares IBRC0201035 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGGTTTACATAAACCATACAGATATATCTCAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCACACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACCTGGTGAATTATTCCTGGCAT

CTGGTTCCTACTTCAGG

20. Thunnus albacares IBRC0201036 CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATGTCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCCACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTA

TCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA


ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAAATATATCTTAATATTCAATCTAAGTCGAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAATCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA

22. Thunnus obesus IBRC0201038 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATTTATATATGAACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTGCTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATCCCAACACTCAAACTAAGTCAA

20

GTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCTATACCAAGTCTCCTCATCCCTGAAATCGAGTAAACTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC

ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA

23. Thunnus albacares IBRC0201039 GCCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATT

CATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAACTCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAATGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

24. Thunnus albacares IBRC0201040 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGA

GATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATCCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA


TCAGCGCCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGTCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACC

AAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGG

26. Thunnus albacares IBRC0201042 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCAT

ATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCGAGTAAATTTGAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

27. Thunnus obesus IBRC0201043 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGA

TTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCACACATATTTCAATATGTCTGCGCACAATACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGAACCATATACAATAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACGAATATATTCCAACATTCAGATTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCCCATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAACAATTGTGGGGGTAGCTCTTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA


AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG

21

ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAAATATATCTTAACATTCAACCTAAGTC

AAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAACTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTAACTTCAGGA

29. Thunnus albacares IBRC0201045 CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCA

CCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAACTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

30. Thunnus albacares IBRC0201046 GAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATTGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAACCTAAGTCGAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAATCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC

ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

31. Thunnus albacares IBRC0201047 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTTCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATA

TGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATACCTCAATATTCGATCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

32. Thunnus albacares IBRC0201048 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATG

CGCACATATTTCAATATGTCTGCGCATGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGCCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA

33. Thunnus obesus IBRC0201049 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGTGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCCATATATGGACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAAATTAAGTCAAGTAATTAAACGAGACTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCCCTGAAATCGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC

ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

22

34. Thunnus albacares IBRC0201050 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGA

GATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGGTATATCTCAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGGTTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA

35. Thunnus obesus IBRC0201051

NGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGAACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAACCTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCT

CATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA


ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

37. Thunnus albacares IBRC0201053 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCCACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA


AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATC

CTCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

39. Thunnus albacares IBRC0201055 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACC

ATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAATTTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGTCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCA

23

TACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTC

40. Thunnus obesus IBRC0201056

AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCACACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGGACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAAACTAAACCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTC

CTCATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTT

41. Thunnus albacares IBRC0201057 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACC

ATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTT

42. Thunnus albacares IBRC0201059 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCAATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCA

TCTGG

43. Thunnus obesus IBRC0201060 CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTGCCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTACGCACATATTTCAATATGTCTGTGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGGACCATATACAGTAATGTTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAAATATATTCCAACATTCAAGCTAAGTCGGGTGATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTC

TCCTCATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA

44. Thunnus thynnus HQ630710 Spanyol TGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATAGACCATATATAATAATGTTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTATTAAACCATTCATATGCCAATAAATAATGAAGATTTACATAAACCATACAAATAAACCTCAACATTCATCTTGAATTCAGGTGATTAAACGAGATTTAAGACCTA

ACATAAATCTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCTCTGACATCTCGTAAACTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATTTCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATTGGTTCCTACTTCAGGGCCATAGCTTGGTAACACTCCCCATTCTTTCATCGACGCTTGCATAAGTTATTGGTGGAGTACATGAGATTCATTAAGCCACATGCCGGGCGTTCTCTCTAGGGGGTCAGGTTATTTTTTTCTCTCCTTCCTTTCACTTGACATCTCACAGTGCAAATGCAACAATGATCAACAAGGTAGAACATTTTCTTGCTTGCAGGGTAAATAGTCTGCATGGCTTAATTCCTATTACCTAAATAACCACATAAGAGGATATCACGAGCATAATGATAATATTACCCGTAAAATATCTAAGACACCCCCTCTCGGCTTTTGCGCGTTAAACCCCCCTACCC

CCCTAAACTCGTGATATCATTAACACTCCTGTAAACCCCCCGTAAACAGGAAAATCTCGAGTGGGGTATTTTATGGCCCA

24

45. Thunnus maccoyii HQ630707 Spanyol TGTACATATATGTAATTACACCATATTTATATATCGACCATACATAATAATGCTTTAGGACATAT

ATGTATTAAAACCATTACTAGTATTAAACCATTCATATGTCAACAAACAACGAAGATTTACATAAACCATACAGATAAACTCCAACATTCTCTTAAATTCAAGTAACTAAACGAGATTTAAGACCTAACACAAATCTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCCCTGAGGTCTGGTAAATTCAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATTTCTTAATGCACACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCNACTTCAGGGCCATGACTTGGTAACATTCCCCACTCTTTCATCGACGCTTGCATAAGTTGTTGGTGGAGTACATGAAATTCATTAAGCCACATGCCGGGCGTTCTCTNTAGGGGGTCAGGTTATTTTTTTCTCTCCTTCCTTTCATTTGGCATCTCACAGTGCAAATGCAACAATGATCAACAAGGTAGAACATTTTCTTGCTTGCAAGTAAAT

AGTCTGCATGGCTTAATTCCTATTACCTAAATAACCACATAGAGGGATATCACGAGCATAATGATAATATTACCCGTAAAATATCTAAGACTCCCCCTCTCGGCTTTTGCGCGTTAAACCCCCCTACCCCCCTAAACTCGTGATATCATTAACACTCCTGTAAACCCCCCGTAAACAGGAAAATCTCGAGTGGGGTATTTTATGGCCCA

1

Lampiran 5. Matriks jarak genetik antara spesies tuna

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44

IBRC0201017

IBRC0201019 0,030

IBRC0201020 0,021 0,027

IBRC0201021 0,033 0,040 0,037

IBRC0201022 0,018 0,030 0,027 0,040

IBRC0201024 0,030 0,000 0,027 0,040 0,030

IBRC0201025 0,012 0,024 0,021 0,033 0,024 0,024

IBRC0201027 0,021 0,015 0,024 0,037 0,021 0,015 0,015

IBRC0201028 0,027 0,021 0,024 0,043 0,021 0,021 0,027 0,018

IBRC0201029 0,027 0,015 0,024 0,043 0,027 0,015 0,021 0,018 0,024

IBRC0201030 0,030 0,030 0,033 0,046 0,027 0,030 0,024 0,021 0,027 0,027

IBRC0201031 0,015 0,027 0,018 0,027 0,027 0,027 0,009 0,018 0,030 0,024 0,027

IBRC0201032 0,033 0,027 0,043 0,030 0,033 0,027 0,033 0,024 0,037 0,037 0,040 0,033

IBRC0201033 0,030 0,024 0,033 0,043 0,030 0,024 0,024 0,015 0,027 0,027 0,030 0,021 0,024

IBRC0201034 0,030 0,037 0,040 0,027 0,037 0,037 0,030 0,033 0,046 0,033 0,037 0,030 0,027 0,040

IBRC0201035 0,034 0,034 0,037 0,043 0,027 0,034 0,034 0,030 0,043 0,030 0,046 0,030 0,037 0,040 0,040

IBRC0201036 0,021 0,027 0,018 0,030 0,027 0,027 0,021 0,024 0,030 0,024 0,033 0,018 0,037 0,033 0,033 0,030

IBRC0201037 0,030 0,024 0,034 0,043 0,030 0,024 0,024 0,015 0,027 0,027 0,030 0,021 0,030 0,018 0,033 0,034 0,034

IBRC0201039 0,021 0,015 0,030 0,030 0,021 0,015 0,021 0,012 0,024 0,024 0,027 0,024 0,018 0,021 0,027 0,030 0,024 0,021

IBRC0201040 0,018 0,030 0,027 0,033 0,012 0,030 0,018 0,021 0,027 0,021 0,015 0,021 0,033 0,030 0,024 0,034 0,021 0,030 0,021

IBRC0201041 0,027 0,015 0,018 0,037 0,021 0,015 0,027 0,018 0,012 0,024 0,027 0,024 0,030 0,027 0,040 0,037 0,024 0,027 0,018 0,027

IBRC0201042 0,024 0,024 0,015 0,027 0,030 0,024 0,024 0,027 0,034 0,027 0,037 0,021 0,033 0,037 0,030 0,034 0,015 0,037 0,021 0,024 0,021

IBRC0201044 0,018 0,024 0,027 0,030 0,030 0,024 0,012 0,021 0,034 0,027 0,030 0,009 0,030 0,024 0,027 0,040 0,027 0,024 0,021 0,024 0,027 0,024

IBRC0201045 0,027 0,027 0,037 0,024 0,027 0,027 0,027 0,024 0,030 0,037 0,027 0,027 0,018 0,030 0,015 0,043 0,030 0,030 0,018 0,021 0,024 0,027 0,024

IBRC0201046 0,027 0,021 0,030 0,037 0,027 0,021 0,021 0,018 0,030 0,024 0,033 0,024 0,030 0,024 0,033 0,037 0,030 0,015 0,018 0,027 0,024 0,027 0,021 0,030

IBRC0201047 0,030 0,000 0,027 0,040 0,030 0,000 0,024 0,015 0,021 0,015 0,030 0,027 0,027 0,024 0,037 0,034 0,027 0,024 0,015 0,030 0,015 0,024 0,024 0,027 0,021

IBRC0201048 0,015 0,027 0,024 0,037 0,003 0,027 0,021 0,018 0,024 0,024 0,030 0,024 0,030 0,027 0,033 0,024 0,024 0,027 0,018 0,015 0,024 0,027 0,027 0,030 0,024 0,027

IBRC0201050 0,024 0,018 0,027 0,040 0,024 0,018 0,018 0,015 0,027 0,015 0,030 0,021 0,027 0,018 0,037 0,027 0,027 0,024 0,021 0,024 0,027 0,030 0,024 0,033 0,021 0,018 0,021

IBRC0201052 0,021 0,015 0,024 0,030 0,021 0,015 0,015 0,012 0,024 0,018 0,027 0,018 0,024 0,021 0,021 0,024 0,024 0,015 0,012 0,021 0,018 0,021 0,015 0,024 0,012 0,015 0,018 0,015

IBRC0201053 0,018 0,030 0,015 0,033 0,030 0,030 0,018 0,027 0,034 0,027 0,037 0,015 0,040 0,037 0,037 0,034 0,009 0,037 0,027 0,024 0,027 0,012 0,024 0,033 0,034 0,030 0,027 0,030 0,027

IBRC0201054 0,021 0,027 0,030 0,018 0,027 0,027 0,021 0,024 0,037 0,030 0,033 0,021 0,018 0,030 0,009 0,037 0,024 0,030 0,018 0,021 0,030 0,021 0,018 0,006 0,024 0,027 0,024 0,027 0,018 0,027

IBRC0201055 0,024 0,024 0,034 0,040 0,024 0,024 0,024 0,015 0,021 0,027 0,030 0,027 0,027 0,024 0,030 0,034 0,027 0,024 0,015 0,024 0,027 0,030 0,030 0,021 0,027 0,024 0,021 0,024 0,021 0,030 0,021

IBRC0201057 0,024 0,030 0,040 0,027 0,030 0,030 0,024 0,027 0,040 0,040 0,037 0,024 0,021 0,033 0,018 0,040 0,033 0,033 0,021 0,030 0,033 0,030 0,021 0,009 0,033 0,030 0,027 0,037 0,027 0,030 0,009 0,024

IBRC0201059 0,021 0,021 0,024 0,030 0,027 0,021 0,021 0,024 0,030 0,024 0,027 0,024 0,030 0,033 0,021 0,030 0,018 0,027 0,018 0,021 0,024 0,015 0,021 0,024 0,024 0,021 0,024 0,027 0,012 0,021 0,018 0,027 0,027

IBRC0201016 0,079 0,085 0,092 0,089 0,079 0,085 0,085 0,089 0,092 0,092 0,085 0,082 0,078 0,086 0,085 0,079 0,092 0,085 0,082 0,079 0,092 0,082 0,079 0,082 0,089 0,085 0,079 0,089 0,079 0,085 0,082 0,085 0,078 0,072

IBRC0201018 0,086 0,096 0,103 0,096 0,089 0,096 0,092 0,100 0,103 0,096 0,089 0,089 0,099 0,096 0,092 0,089 0,096 0,096 0,092 0,082 0,096 0,092 0,092 0,096 0,092 0,096 0,089 0,100 0,089 0,092 0,096 0,096 0,089 0,082 0,040

IBRC0201023 0,099 0,103 0,110 0,121 0,110 0,103 0,106 0,114 0,110 0,110 0,113 0,103 0,124 0,110 0,117 0,110 0,110 0,103 0,113 0,110 0,117 0,106 0,106 0,113 0,114 0,103 0,110 0,114 0,110 0,099 0,113 0,110 0,106 0,096 0,049 0,059

IBRC0201038 0,092 0,096 0,103 0,103 0,089 0,096 0,092 0,100 0,103 0,096 0,096 0,096 0,106 0,103 0,092 0,096 0,103 0,096 0,092 0,082 0,103 0,092 0,086 0,096 0,092 0,096 0,089 0,100 0,089 0,092 0,096 0,103 0,089 0,089 0,049 0,046 0,059

IBRC0201043 0,089 0,114 0,106 0,110 0,092 0,114 0,103 0,110 0,106 0,106 0,106 0,092 0,121 0,100 0,106 0,099 0,106 0,099 0,110 0,092 0,106 0,110 0,103 0,110 0,110 0,114 0,092 0,110 0,106 0,103 0,110 0,106 0,103 0,106 0,053 0,043 0,049 0,053

IBRC0201049 0,082 0,092 0,100 0,099 0,086 0,092 0,089 0,096 0,100 0,092 0,092 0,092 0,103 0,093 0,089 0,092 0,100 0,092 0,089 0,079 0,100 0,089 0,089 0,092 0,089 0,092 0,086 0,096 0,086 0,089 0,092 0,092 0,085 0,086 0,040 0,024 0,053 0,034 0,043

IBRC0201051 0,089 0,096 0,100 0,092 0,086 0,096 0,096 0,100 0,103 0,092 0,089 0,093 0,100 0,097 0,089 0,086 0,093 0,096 0,092 0,079 0,096 0,089 0,096 0,096 0,089 0,096 0,086 0,096 0,086 0,096 0,092 0,103 0,096 0,079 0,043 0,015 0,062 0,040 0,043 0,030

IBRC0201056 0,089 0,100 0,107 0,099 0,092 0,100 0,096 0,103 0,107 0,099 0,092 0,092 0,110 0,100 0,096 0,092 0,100 0,100 0,096 0,086 0,100 0,096 0,096 0,099 0,096 0,100 0,092 0,103 0,092 0,096 0,099 0,107 0,092 0,086 0,046 0,018 0,059 0,040 0,043 0,024 0,018

IBRC0201060 0,092 0,096 0,103 0,092 0,089 0,096 0,100 0,100 0,103 0,096 0,089 0,089 0,096 0,089 0,089 0,089 0,096 0,082 0,092 0,082 0,096 0,092 0,092 0,092 0,086 0,096 0,089 0,100 0,089 0,100 0,092 0,103 0,092 0,082 0,043 0,024 0,073 0,053 0,049 0,043 0,021 0,030

HQ630707 0,106 0,102 0,102 0,113 0,102 0,102 0,109 0,113 0,120 0,105 0,109 0,106 0,127 0,123 0,109 0,106 0,113 0,116 0,113 0,099 0,106 0,106 0,109 0,116 0,113 0,102 0,102 0,109 0,099 0,113 0,113 0,116 0,116 0,106 0,105 0,098 0,116 0,116 0,112 0,098 0,095 0,095 0,105

HQ630710 0,116 0,109 0,109 0,119 0,105 0,109 0,116 0,119 0,127 0,112 0,116 0,105 0,119 0,120 0,116 0,116 0,116 0,116 0,116 0,102 0,112 0,109 0,102 0,116 0,109 0,109 0,105 0,116 0,112 0,116 0,112 0,119 0,116 0,116 0,112 0,120 0,145 0,123 0,127 0,120 0,116 0,123 0,105 0,083

25

1

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Bali pada tanggal 13 Januari

1991 dari ayah I Wayan Joka dan ibu Ni Made Rentet.

Penulis adalah putra pertama dari tiga bersaudara. Tahun 2009

penulis lulus dari SMA Negeri 1 Denpasar dan pada tahun

yang sama penulis lulus seleksi masuk Institut Pertanian

Bogor (IPB) melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB dan

diterima di Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan.

Selama mengikuti perkuliahan penulis menjadi asisten

mata kuliah Biologi Laut pada Tahun ajaran 2012/2013 dan Asisten

Keanekaragaman Hayati Laut pada tahun ajaran 2012/2013. Penulis aktif sebagai

pengurus HIMITEKA bagian Keilmuan Pengindraan Jauh Kelautan Tahun

2011/2012. Bulan Juli-Agustus 2012 penulis melaksanakan Praktek Kerja Lapang

di Pelabuuhan Perikanan Pantai (PPP) Rembang, Jawa tengah dengan judul

Pendugaan Hasil Tangkapan Lestari Ikan Pelagis Di Perairan Sekitar Tasik

Agung, Rembang, Jawa Tengah

Penulis aktif sebagai anggota Keluarga Mahasiswa Hindu Dharma

(KMHD) IPB Tahun 2009/2010 dan sebgai pengurus bidang Kewirausahaan

KMHD IPB Tahun 2010/2011. Penulis aktif sebagai anggota Fisheries Diving

Club (FDC) IPB Pada Tahun 2009/2010. Penulis mengikuti pendidikan dan

pelatihan selam sertifikasi A1 Tahun 2009/2010 dan sertifikasi A2 Tahun

2011/2012. Penulis aktif menjadi pengurus FDC bagian Pendidikan dan Latihan

periode 2010/2011 dan 2011/2012. Penulis mengikuti Jambore selam II Forum

Penyelam Mahasiswa di Makassar Tahun 2011 dan Jambore selam III Forum

Penyelam Mahasiswa di Bali Tahun 2012. Penulis juga mengikuti Ekspedisi

Zooxanthellae 12 di Daerah Perbatasan Indonesia-Malaysia Desa Temajuk,

Kalimantan Barat pada Tahun 2012.

Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar sarjana pada program

studi Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,

Institut Pertanian Bogor, penulis menyusun skripsi dengan judul Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok

Berdasarkan DNA Mitokondria.

26

Struktur Genetik Dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus Spp.) Di Tpi Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan...

Documents

Transcript of Struktur Genetik Dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus Spp.) Di Tpi Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan...