PowerPoint Presentation

Kekerabatan Filogenetik Buah Makasar (Brucea Javanica) Berdasarkan Gen Ribulosa-1,5-bifosfat Karboksilase/Oksigenase

NAMA : FENNY OKTAVIANPM:F1D012045

Buah makassar (brucea javanica) adalah salah satu tanaman obat yang dikoleksi balai besar penelitian dan pengembangan tanaman obat dan obat tradisional tawangmangu. Salah satu aspek dari tanaman obat tersebut yang datanya belum terkoleksi di b2p2to-ot adalah kekerabatan. Oleh karena itu, tujuan dari studi kekerabatan b. Javanica adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan buah b.Javanica berdasarkan penanda molekuler gen ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase/oksigenase (rbcl).

Hubungan kekerabatan tersebut dapat dilihat dari pohon filogeni yang dikonstruksi berdasarkan sequence nukleotida pada rbcl. Sequence rbcl diperoleh dari national center for biotechnology information (ncbi) dan alignment sequence untuk konstruksi pohon filogenetik menggunakan program clustalw yang diakses dari dna data bank of japan (ddbj) secara online. Pohon filogenetik menunjukkan bahwa b. Javanica berkerabat dengan beberapa spesies tanaman anggota familia anacardiaceae. Latar Belakang

Bahan: sekuens rbcL yang diunduh dari bank data internasional National Center for Biotechnology Information (NCBI).

Cara kerja: Klasifikasi filogenetik tanaman B. javanica ini dibuat dengan memanfaatkan data sequence DNA yang disimpan di bank data internasional NCBI dan program untuk konstruksi pohon filogenetik secara online yang disediakan oleh DNA Data Bank of Japan (DDBJ). Sequence DNA tersebut kemudian disalin ke program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) untuk mengukur similiritas antara data sequence yang dimasukkan dengan data yang ditemukan dalam database. Selanjutnya, dilakukan alignment menggunakan program Clustal W versi 1.83 pada situs yang sama. Hasil alignment digunakan untuk mengkonstruksi pohon filogenetik yang visualisasinya dilakukan menggunakan program TREEVIEW. Selain itu, data sequence DNA dari NCBI juga digunakan untuk memprediksi struktur tiga dimensi protein yang dikode oleh gen rbcL melalui query yang dikirim ke DDBJ. MetodeHasil

Berdasarkan pohon filogenetik yang dihasilkan dapat disimpulkan sequence rbcL dapat digunakan sebagai karakter molekuler untuk menyusun pohon filogenetik. Penggunaan sequence rbcL untuk konstruksi pohon filogenetik memperlihatkan bahwa tanaman buah makassar (B. javanica) berkerabat dekat dengan beberapa tanaman dari familia Anacardiaceae. Pohon filogenetik yang dikonstruksi berdasarkan gen pengkode protein fungsional dimungkinkan dapat digunakan untuk menduga kemiripan kandungan metabolit antar tanaman yang berkerabat dekat. Studi kekerabatan dengan menggunakan metabolit sebagai karakter diperlukan untuk membuktikan dugaan tersebut. Anonim.Kwalot. Diakses dari http//www:iptek.net.id/ind/pd_tanobat/ view.php?mnu=2&id=233 pada tanggal 12 Oktober 2009. Kellog, E.A., and Juliano, N.D. 1997. THE STRUCTURE AND FUNCTION OF RUBISCO AND THEIR IMPLICATIONS FOR SYSTEMATIC STUDIES. American Journal of Botany 84(3): 413-428. Ochieng, J. W. , Muigai, A.W.T., and Ude, G.N. 2007. Review: Phylogenetics in plant biotechnology: principles, obstacles and opportunities for resource poor. African Journal of Biotechnology Vol. 6 (6): 639-649. Stryer, L., Berg, J.M., and Tymoczko, J.L. 2002. Chapter 20: The Calvin Cycle and the Pentose Phosphate Pathway. Biochemistry (5th ed.). WH Freeman, San Francisco. Tabita, F.R., Hanson, T.E., Satagopan, S., Witte, B.H., and Kreel, N.E. 2008. Review: Phylogenetic and evolutionary relationships of RubisCO and the RubisCO-like proteins and the functional lessons provided by diverse molecular forms. Phil. Trans. R. Soc. B. 363: 2629-2640. Yoon, M., Putterill, J.J., Ross, G.S., and Laing, W,A. 2001. Determination of the relative expression levels of rubisco small subunit genes in Arabidopsis by rapid amplification of cDNA ends. Anal. Biochem. 291 (2): 23744. DAFTAR PUSTAKA