Makalah Biokimia Umum II - Metabolisme Protein Dan Asam Nukleat
Pendahuluan Biokimia II
Transcript of Pendahuluan Biokimia II
1
BABI. SURVEY METABOLISME
SUB POKOK BAHASAN:
• Gambaran seluruh metabolisme sel
• Jalur sentral metabolisme energi
• Perbedaan biosintesis & degradasi
• Oksidasi sebagai suatu sumber energimetabolit
• ATP sebagai sumber energi mahluk hdup
• Mekanisme kontrol metabolisme
• Tujuan mempelajari metabolisme
2
METABOLISME
DEFINISIReaksi kimia yang terjadi pada organisme,organisme tsb memperoleh, mengubah, menggunakan senyawa kimia untukkelangsungan hidup.
FUNGSI SPESIFIK:
1.Memperoleh ENERGI KIMIA dari degradasinutrien/ solar energi
2.Mengkonversi molekul nutrien menjadiPREKURSOR UNIT PEMBANGUNmakromolekul sel
3.Menggabungkan unit-unit pembangun menjadiPROTEIN, ASAM NUKLEAT, LIPID, POLISAKARIDA
4. MEMBENTUK DAN MENDEGRADASI BIOMOLEKUL yang diperlukan dalam fungsikhusus sel
3
PRINSIP UTAMA METABOLISME
1. Katabolisme
2. Anabolisme
JALUR KATABOLIK & ANABOLIK MELALUI 3 TAHAP:
a. Interkonversi polimer ataumakromolekul dg monomer unit penyusun
b. Interkonversi monomer dg senyawaorganik sederhana/metabolit intermediet
c.Degradasi akhir menjadi molekul kecil & sederhana: CO2, H2O, NH3
4
Organisme hidup dikelompokkan berdasarkanbentuk energi kimia karbon yang diperlukandari lingkungan:
1.Autotrof :sumber karbon berasal CO2
Sel hijau daun, sianobakteri
2. HeterotrofSumber karbon berasal molekulorganik/nutrien yang dibuat autotrofSel hewan, mikroorganisme
Organisme autotrof/heterotrof:AerobikAnaerobik
5
overview of metabolism and categorizes the pathways into three "stages" based on the size of metabolites in it.
6
JALUR SENTRAL METABOLISME ENERGI (Gbr 2)
1. GLIKOLISIS
Dua tahap degradasi karbohidrat:a. Pada kondisi aerobik (sel
hewan, tanaman & mikrobialaerobik) produk hidrolisis(piruvat) dioksidasi menjadiasetil KoA & terahkirmembentuk CO2 & H2O (gbr 4)
b. Pada kondisi anaerobik(fermentasi atau glikolisisanaerobik otot) piruvat direduksimembentuk etanol atau laktat.
7
Peta metabolisme. Jalur Pusat Metabolik & beberapaIntermediet
8
2.Siklus asam sitratLintas umum terakhir oksidasiasetil, tempat bertemunya molekulbahan organik sel (karbohidrat, asam lemak, asam amino)
3.Transport elektron & fosforilasioksidatifAliran elektron diangkut molekul
pembawa elektron menuju oksigenmenghasilkan energi untukpembentukan ATP (gbr 4)
4. Oksidasi asam lemak & asamaminoAsetil koA untuk siklus asam sitrattidak hanya berasal dari oksidasipiruvat dalam glikolisis, namun jugaberasal dari degradasi asam lemakmelalui oksidasi-β gbr 5 danoksidasi asam amino gbr 6
9
5.Biosintesa asam lemak & steroidasetilkoA digunakan dalam jaluranabolik sebagai substrat untuksintesis asam lemak dan steroid (gbr 5)
6. GlukoneogenesisJalur anabolik pembentukanglukosa dengan prekursor bukankarbohidrat
7.Fotosintesis
10
Fase awal katabolisme Karbohidrat (GLIKOLISIS)
11
Metabolisme Oksidatif. Oksidasi Piruvatmensuplai acetyl-CoA ke siklus asam sitrat
12
Metabolisme lipid & steroid
13
Figure 6: Metabolism of amino acids
14
15
16
JALUR BERBEDA BIOSINTESA DAN DEGRADASI
• Lintas anabolik & katabolik berhubungan, namun arah berlawanan diantara senyawapemula tertentu & produk tertentu bersifattidak identik
• Diregulasi oleh mekanisme yang berbeda & biasanya terjadi pada kompartemen sel yang terpisah
• Contoh: glikolisis & glukoneogenesissintesis & oksidasi asam lemak
GLIKOLISIS:glukosa + ATP glukosa-6-fosfat
glukokinase
GLUKONEOGENESIS:
Glukosa-6-fosfat + H2O glukosa + Pi(glukosa-6-fosfatase)
17
Reaction GLIKOLISUS & GLUKONEOGENESIS
18
• Jika sintesis & oksidasi senyawa ttt pada
kompartemen sel yang sama & tidak ada
kontrol maka fragmen 2 karbon dari oksidasi
(asetil KoA) digunakan untuk re-sintesis
yang dikenal dengan “Futile Cycle”
• ATP + Glukosa Glukosa-6 P + ADP
• Glukosa- 6P + H2O Glukosa +Pi
• ATP + H2O ADP + Pi
19
Enzim yang terlibat pada reaksi 1. FPK (fosfofruktokinase & pada reaksi 2 olehFBP ase (fruktobifosfatase) dengankontrol alosterik efektor maka siklusfutile dapat dikendalikan
SIKLUS FUTIL fruktosa-6 fosfat & fruktosa 1,6 difosfat terjadi pada hewantertentu seperti insekta dan hewanhibernasi yang menghasilkan hidrolisisATP menghasilkan panas
20
• JALUR ANABOLIK & KATABOLIK.
BERBEDA
1.Jalur degradasi biomolekul mungkin
tidak dapat mencukupi kebutuhan
energi bagi biosintesa (Lehninger p.14)
2. Jika hanya satu lintasan secara dapat
balik pada kedua arah jalur, penurunan
proses katabolik (adanya inhibisi enzim
yang terlibat) akan menghambat proses
biosintesa yang bersangkutan
21
3. Status Bioenergetika sel. Bila ATP
tinggi,,maka oksidasi C dalam s. asam
sitrat rendah. Sel menyimpan C sebagai
lemak & karbohidrat. ( sintesis asam lemak,
Glukoneogenesis dapat berlangsung).
Bila ATP levels rendah, sel memobilisasi
simpanan C untuk menghasilkan substrat
pada siklus asam sitrat, (terjadi degradasi
carbohidrat & fat)
Jalur biosintesis & Degradsi sangat penting
utk dikontrol, kondisi yang mengaktifkan salah
satu jalur cenderung menghambat jalur yg
berlawan dan sebaliknya,
22
Oksidasi sebagai sumber energimetabolik
• Thermodynamically, biological oxidation of organic
substrates is comparable to nonbiological oxidations,
such as the burning of wood. The total free energy
released is the same, whether the source is a biological
substance, such as glucose, or the oxidation of a
compound in a wood fire, calorimeter, or cell.
• Biological oxidations, however, are far more complex
processes than combustion. When wood is burned,
all of the energy is released as heat; that is, useful work
cannot be performed, except through the action of a
device such as a steam engine. In biological
oxidations, by contrast, oxidation reactions occur
without a large increase in temperature and with capture
of some of the free energy as chemical energy.
23
• Metabolic energy capture occurs largely through the
synthesis of ATP, a molecule designed to provide
energy for biological work. The capture of energy is
quite efficient. In the catabolism of glucose, for example,
about 40% of the 2870 kJ/mol of energy released is
used to drive the synthesis of ATP from ADP and Pi.
• Unlike the oxidation of glucose by oxygen (as in a fire),
most biological oxidations do not involve direct transfer
of electrons from a substrate directly to oxygen. Instead,
a series of coupled oxidation-reduction reactions
occurs, with the electrons passed to intermediate
electron carriers such as NAD+ before they are finally
transferred to oxygen.
24
• Because the potential energy stored in the organic
substrate is released in small increments, it is easier to
control oxidation and capture some of the energy as it
is released-small energy transfers waste less energy
than a single large transfer.
• Not all metabolic energy comes from oxidation by
oxygen. Substances other than oxygen can serve as
terminal electron acceptors. For example, some
microogranisms growing anaerobically (in the
absence of oxygen) generate energy by transferring
electrons to inorganic substances, such as sulfate ion or
nitrate ion. Other microorganisms, like the lactic acid
bacteria, reduce organic substances, such as
pyruvate, to form lactate. Most of these organisms
derive their energy from fermentations, which are
energy-yielding catabolic pathways that proceed with no
net change in the oxidation state of the products as
compared with that of the substrates
25
• Because metabolic energy comes primarily from
oxidative reactions, the more highly reduced a
substrate, the higher its potential for generating
biological energy. Thus, combustion of fat provides
more heat energy than combustion of an equivalent
mass of carbohydrate.
• Reducing equivalents can be defined as 1 mole of
hydrogen atoms (one proton and one electron per H
atom). For example, two reducing equivalents are used
in the reduction of one half mole of oxygen to water
• 1/2 O2 + 2e- + 2H+ -> H2O
• Remember that the breakdown of complex organic
compounds yields both energy and reducing
equivalents, but the
26
• The more highly reduced carbons of fatty cid
contain more protons and electrons to
combine with oxygen on the patth to CO2 than
do those of the sugar.
• From the above reactions that the RQ
(respiratory reaction) for glucose is 1,0 and
RQ for palmitate acid is 0,7. Lower the RQ for
substrate, more oxygen consumed per carbon
oxidized and the greater the potential per mole
of substrate for generating energy.
27
Sumber utama elektron untuk reaksi
# Oksidasi substrat: NAD+ & NADH (enzim
dehidrogenase)
# Biosintesis reduktif : NADP+ & NADPH (enzim
reduktase)
28
ATP SEBAGAI SUMBER ENERGI MAHLUK HIDUP
ATP bersifat metastabil & sebagai sumber aliran energi
bebas universal dalam sistem biologis. Energi bebas
hidrolisis ATP berperan untuk melangsungkan reaksi-
reaksi endergonik antara lain : (1). Kerja mekanik dalam
kontraksi otot & pergerakan seluler lain, (2). Transport
aktif ion / molekul melalui membran, (3). Sintesis
makromolekul dari prekursor sederhana
Sumber utama ATP adalah proses fotosintesis & oksidasi
nutrien. Didalam sel ATP dihasilkan dari ADP melalui 3
jenis fosforilasi : fosforilasi tingkat substrat, fosforilasi
oksidatif dan fosforilasi fotosintesis (pada tumbuhan).
ATP adalah molekul kaya energi karena memiliki unit
trifosfat dengan dua ikatan fosfoanhidrida. Hidrolisis ikatan
fosfoanhidrida ATP menghasilkan energi bebas sebesar -
31 kJ/mol (gbr 7).
29
Siklus ATP-ADP sbg DASAR pertukaranenergi dalam sistem biologis
• Motilitas• Transport aktif• biosintesis
ATP ADP
Fotosintesis
Oksidasi nutrient
30
MEKANISME KONTROL METABOLIT
1.KONTROL LEVEL ENZIMTergantung pada kecepatan sintesis & Degdarasi enzim. Sintesis enzim dapatdiinduksi/direpresi oleh metabolit tertentu
2. KONTROL AKTIVITAS ENZIMMelalui 2 cara yaitu
a. interaksi reversibel dg ligan (enzimallostrerik) b. Modifikasi kovalen protein enzim.
Ligan (aktivator/inhibitor) berikatan dg sisiregulator enzim sehingga mempengaruhiinteraksi E-S atau sub-sub unit dalam protein enzim. Enzim allosterik berada pada awaltahapan reaksi multienzim
Mod. kovalen berlangsung dalam regulasi reaksikaskade, contoh metabolisme glikogen (Gbr 12).
31
GBR . INDUKSI ENZIM
INTI SEL
•Messenger RNA
RIBOSOM
A B C DE1
E2 E3
32
REGULASI LINTAS KATABOLIK OLEH INHIBISI
PRODUK AKHIR TERHADAP ENZIM ALLOSTERIK (E1)
Produk ahkir
J
K
L
M
PREKURSOR
E1
E2
E3
E4
E5
33
Tipe modifikasi kovalen yang mengkontrol aktivitas enzim
•
•
34
3. KOMPARTEMENSASIContoh RNA polimerase (pada nukleus & nukleolus), enzim s. asam sitrat terdapat padamitokondria , enzim untuk sintesa asam lemakpada sitoplasma (Gbr 13).
Kompartemensasi berfungsi membuatpembagian kerja dalam sel yang meningkatkanefisiensi fungsi sel. Permeabilitas selektifmembran sel terhadap metabolit yang berbedamengontol masuknya metabolit darikompartemen satu ke kompartemen yang lainya.
4.REGULASI HORMONALSel responsif terhadap perubahan lingkunganatau signal dari sel lain. Proses transmisiinformasi dari luar sel ke bagian dalam seldikenal signal Transduksi. Pembawa pesan ekstraseluler: hormon, neurotransmite & feromon.Signal transduksi terdiri 3 komponen protein (reseptor, transduser, dan efektor)
35
Lokasi jalur metabolik utama dalam sel eukariot
36
.Jalur Signal transduksi melibatkan adenylate cyclase
37
DUA TIPE RESPON METABOLIK:
A.HORMON STEROID
Berkaitan dengan ekspresi gen, contoh esterogen.
Jika hormon masuk kedalam sel target maka akan berinteraksi
dengan reseptor protein intraselular membentuk kompleks
reseptor-hormon dan bermigrasi ke nukelus. Kompleks iniberikatan dengan sisi spesifik genom yang dapat mengaktivasi
atau merepresi transkripsi gen khusus.
B.SINTESIS MESSENGER KEDUA INTRASELULAR
Pengikatan messenger pertama (hormon) dengan reseptormembran plasma menstimulasi sintesis Messenger kedua dalam
sel, yang kemudian mempengaruhi efek regulasi metabolik.
Contoh umum messenger pertama adalah glukagon & insulin,
sedangkan Messenger kedua yaitu adenosin 3’,5’-monofosfat atau cAMP.
Contoh glikogenolisis yang dikontrol glukagon (sel hati) danepinephrin (sel otot)
38
TUJUAN STUDI METABOLISME
•Identifikasi reaktan, produk dan kofaktor plus stoikiometri
•Bagaimana kecepatan reaksi dikontrol dalamjaringan sel
•Identifikasi fungsi fisiologis setiap reaksi & mekanisme kontrol
•BEBERAPA PENDEKATAN MEMPELAJARI REAKSI-REAKSI METABOLIK DALAM SEL
A. INVITRO
Contoh Fermentasi alkohol dengan ekstrakbebas sel yeast. Perubahan Glukosa mjd Etanol&CO2 (diidentifikasi 11 seny. Metabolit antara)
39
b. PENYELIDIKAN MUTASI GENETIK ORGANISME YANG MENGALAMI GANGGUAN SINTESA ENZIM TERTENTU
Contoh sel normal Neurospora crassatumbuh pada medium dg Glukosa & amonia sebagai sumber C & N), namun mutan-Neurospora hanya dapattumbuh pada medium yang disuplementasimetabolik spesifik (arginin) karena lintasbiosintetik arginin mengalami kerusakan (gbr15).
C. PELACAK ISOTOP
Isotop 14C untuk mencirikan karbon tertentupada molekul organik.Contoh feeding pada hewan dengan asetatberlabel pada C dari gugus karboksil(14COOH) sehingga lintas metabolik dapatdilacak seperti CO2 dari pernafasan & asampalmitat dari sel hati
40
Using mutations as biochemical probes