1

I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Tomat (Lycopersicon esculentum Mill.) adalah komoditas unggulan

hortikultura yang mempunyai nilai ekonomis penting di Indonesia (Direktorat

Jenderal Hortikultura, 2013). Buah tomat banyak dimanfaatkan sebagai sayuran,

bumbu masak, buah meja, minuman, dan sebagai bahan baku industri misalnya

dibuat saus, bahan pewarna makanan, dan kosmetik. Tomat juga sebagai sumber

gizi. Nilai gizi setiap 100 gram buah tomat masak mengandung 20 kalori, 1 g

protein, 0,3 g lemak, 4,2 g karbohidrat, 1500 SI (satuan internasional) vitamin A,

0,06 mg vitamin B, 40 mg vitamin C, 5 mg kalsium, 26 mg fosfor, 0,5 mg besi,

dan 94 g air (Cahyono, 2008).

Tomat dapat meningkatkan pendapatan dibandingkan komoditas sayuran

lainnya. Pollage melaporkan hasil analisa usahatani yang dilakukan di Sulawesi

Selatan pada tahun 1990, dari lima komoditas sayuran utama yang diusahakan,

tomat menduduki urutan kedua dalam dalam hal besarnya pendapatan bersih.

Tercatat bahwa pendapatan bersih yang diperoleh dari usaha tani kubis, tomat,

kentang, dan bawang merah berturut-turut 1,93; 1,75; 1,58; 1,10 dan 0,90 juta

rupiah permusim tanam (Duriat, 1997).

Di Indonesia, kebutuhan pasar sayuran terutama buah tomat dari tahun ke

tahun meningkat. Hal ini tercermin dari angka produksi tomat, berdasarkan data

dari Badan Pusat Statistik dan Direktorat Jenderal Hortikultura (2012) produksi

tomat berturut-turut adalah 635.474 ton pada tahun 2007, 725.973 ton pada tahun

2008, 853.061 ton pada tahun 2009, kemudian meningkat lagi pada tahun 2010

KAJIAN SEROLOGI DAN MOLEKULER CRINIVIRUS PADA TANAMAN TOMATRESTI FAJARFIKAUniversitas Gadjah Mada, 2014 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

2

menjadi 891.616 ton, dan pada tahun 2011 mencapai 950.385 ton. Peningkatan

angka produksi tersebut menggambarkan bahwa peluang bisnis tomat masih

terbuka lebar karena persediaannya dari tahun ke tahun sebenarnya mencukupi.

Selain konsumsi dalam negeri yang cukup besar, tomat juga merupakan

salah satu komoditas ekspor sebagai sayuran segar maupun sayuran olahan.

Berdasarkan data ekspor dan impor tahun 2011 (Direktorat Jenderal Hortikultura,

2013) bahwa ekspor tomat sebagai sayuran segar sebesar 578 ton dan 18 ton

untuk impor, tetapi tomat sebagai sayuran olahan sangat rendah, yaitu 13 ton

untuk ekspor dan 8.651 ton untuk impor. Data tersebut menunjukkan bahwa

Indonesia masih tergantung pada impor dari luar negeri, terutama tomat untuk

bahan industri dan dalam bentuk sudah menjadi barang olahan.

Kendala yang sering dihadapi untuk memenuhi kebutuhan dalam negeri

maupun luar negeri yaitu ketidaksesuaian antara kualitas yang diperlukan dengan

kualitas produk yang dihasilkan. Selain itu, menurut Jaya (1997) kurang

tersedianya tomat varietas unggul yang mempunyai produksi tinggi, buah

berkualitas baik, dan tahan terhadap hama dan penyakit. Penyakit yang

menginfeksi tanaman tomat antara lain penyakit busuk daun disebabkan

Phytophthora infestans, layu fusarium disebabkan Fusarium oxysporum f.sp.

lycopersici, busuk lunak disebabkan bakteri Erwinia carotovora pv. carotovora,

layu bakteri disebabkan Ralstoniasolanacearum, mosaik tembakau disebabkan

tobacco mosaic virus (TMV), mosaik ketimun disebabkan cucumber mosaic

tembakau (CMV; Semangun, 1991) dan Begomovirus (Sudiono et al., 2004).

KAJIAN SEROLOGI DAN MOLEKULER CRINIVIRUS PADA TANAMAN TOMATRESTI FAJARFIKAUniversitas Gadjah Mada, 2014 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

3

Selama 20 tahun terakhir ini muncul penyakit kuning pada tanaman tomat

sebagai “New emerging diseases” akibat pemanasan global (Hanssen, 2010) yang

disebabkan Tomato infectious chlorosis virus (TICV; Duffus et al., 1996) dan

Tomato chlorosis virus (ToCV; Wisler et al., 1998b) anggota dari Genus

Crinivirus yang ditularkan whiteflies (Wintermantel, 2004). Gejala kedua infeksi

virus tersebut sulit dibedakan pada tanaman tomat dan hampir sama dengan gejala

karena kekurangan unsur hara sehingga pada tahun 1998 dan terutama tahun 1999

terjadi outbreak yang parah, menyebabkan epidemik dan kejadian penyakit lebih

dari 30% di Provinsi Malaga dan Almeria, Spanyol bagian selatan. Setelah

diidentifikasi, penyakit kuning tersebut disebabkan oleh ToCV yang telah

menyebabkan epidemik pada tanaman tomat di Eropa (Navas-Castillo et al.,

2000).

Gejala TICV hampir 100% memengaruhi pertanaman tomat di California

(Duffus et al., 1996) dan telah menyebabkan kehilangan hasil mencapai 2 juta

USD (Wisler et al., 1998b). Penyakit kuning juga telah menyebar dan

menimbulkan kerugian yang sangat besar di beberapa negara penghasil tomat

termasuk Indonesia. Di Indonesia, intensitas penyakit kuning yang disebabkan

TICV pada tanaman tomat mencapai 30-80% di Kabupaten Magelang (Pakis dan

Ngablak) dan Karanganyar (Tawangmangu; Hartono & Wijonarko, 2007).

Beberapa daerah di Indonesia yang sudah terserang kedua virus pada tanaman

tomat, yaitu Cianjur, Bogor, dan Garut (Fitriasari, 2010).

Di Indonesia TICV dan ToCV termasuk virus baru (Hartono & Wijonarko,

2007) dan selama ini untuk mengetahui tanaman tomat yang terinfeksi virus

KAJIAN SEROLOGI DAN MOLEKULER CRINIVIRUS PADA TANAMAN TOMATRESTI FAJARFIKAUniversitas Gadjah Mada, 2014 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

4

masih mendasarkan pada pengamatan gejala visual, padahal identifikasi

berdasarkan gejala saja tidak cukup untuk menentukan virus penyebab penyakit,

karena satu bentuk gejala dapat disebabkan oleh beberapa macam virus, dua atau

tiga macam virus sering menginfeksi satu tanaman, multiplikasi virus pada

tanaman yang rentan tidak selalu menunjukkan gejala yang tampak, dan tidak

adaptif (tidak cocok) untuk diagnosis pre-simtomatik (Somowiyarjo, 1989).

Kemajuan di bidang teknologi telah menghasilkan berbagai teknik yang

didasarkan pada analisis asam nukleat virus dan serologi yang dapat digunakan

untuk mendeteksi dan mengidentifikasi Crinivirus dari tanaman yang berbeda dan

tempat yang berbeda. Sebagai contoh deteksi Crinivirus menggunakan teknik RT-

PCR dapat mengetahui karakterisasi biologi molekuler TICV pada tanaman tomat

di Indonesia (Hartono & Wijonarko, 2007) dan mengetahui sekuen nukleotida

komplit sehingga dapat menentukan genom ToCV (Wintermantel et al., 2005).

Multipleks RT-PCR dapat mengetahui adanya kedua virus TICV dan ToCV di

Yunani (Dovas et al., 2002) dan dot blot hibridisasi dengan menggunakan

digoxigenin spesifik ToCV-probe DNA dapat mendeteksi ToCV di Portugal

(Louro et al., 2000). Jacquemond et al. (2009) juga melaporkan deteksi serologi

dengan ELISA menggunakan antibodi poliklonal berhasil mendeteksi ToCV dan

TICV.

Metode deteksi Crinivirus belum banyak dikaji di Indonesia. Oleh karena

itu, deteksi dan identifikasi Crinivirus melalui kajian serologi dan molekuler

untuk mendapatkan perangkat deteksi yang spesifik, akurat, cepat, dan mudah

sangat penting dilakukan dalam mendapatkan informasi yang akurat untuk

KAJIAN SEROLOGI DAN MOLEKULER CRINIVIRUS PADA TANAMAN TOMATRESTI FAJARFIKAUniversitas Gadjah Mada, 2014 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/

5

mencegah penyebaran penyakit dan agar pengendalian virus dilakukan dengan

tepat.

B. Tujuan Penelitian

1. Melakukan deteksi secara serologi dan molekuler keberadaan ToCV dan

TICV pada tanaman tomat.

2. Mengetahui metode deteksi ToCV dan TICV yang spesifik, akurat, cepat,

dan mudah.

C. Manfaat Penelitian

Penelitian ini bermanfaat untuk memberikan informasi tentang penyakit

yang disebabkan Crinivirus pada tomat dengan metode deteksi yang spesifik,

akurat, cepat, dan mudah sebagai dasar untuk menentukan pengendalian yang

efektif dan efisien.

KAJIAN SEROLOGI DAN MOLEKULER CRINIVIRUS PADA TANAMAN TOMATRESTI FAJARFIKAUniversitas Gadjah Mada, 2014 | Diunduh dari http://etd.repository.ugm.ac.id/