Era Portugis 

Ekspedisi Portugis yang pertama ke Maluku berada di bawah komando Antonio de Abreu. Ekspedisi ini tiba di kepulauan Banda dan Amboina pada tahun 1512. Setelah mengalami suatu pelayaran yang penuh dengan petualangan ia kembali ke Malaca. Namun Francisco Serrao, salah satu anggota ekspedisi ini kandas di pulau karang Lucopino (Nusa Penju) tidak jauh dari pulau Ambon, tetapi setelah itu ia berhasil sampai pertama ke Ambon kemudian ke Ternate.Di Ternate Sultan mengangkat Serrao sebagai penasehat pribadinya dan anak buahnya menduduki tempat-tempat terhormat dalam kesultanan Ternate.Sejak tahun 1513 secara berkala setiap tahun Portugis mengirim armada dagangnya ke kepulauan rempah-rempah. Pertama-tama Captain Antonio de Miranda de Azevedo, membuka dua buah "feitorias" (kantor dagang) satu di Ternate dan satu lagi di Batjan. Pada bulan Februari 1522, captain Antonio de Brito dari Portugis tiba di kepulauan Banda guna memperkuat persahabatan dengan raja-raja kepulauan ini. Untuk menandai peristiwa ini mereka mendirikan sutau "padrao" prasasti dari batu dengan monogram Raja Portugal. Antonio de Brito tiba di Ternate pada bulan Mei 1522, dan dia membangun sebuah benteng yng diberi nama Sao Joao Baptista de Ternate. Benteng batu yang pertama didirikan pada bulan Juni 1522.Para Jesuits mulai membuka sekolah di Ternate. Namun pemerintahan Portugis pada zaman itu di pulau-pulau ini masih lemah. Ini disebabkan keterisolasian pulau-pulau ini dan jumlah orang Portugis yang ada di sini juga sangat sedikit; jumlah orang eropa seluruhnya tidak pernah melebihi angka beberapa ribu orang. Beberapa ekspedisi Spanyol tibqa di Tidore, yang pertama adalah ekspedisi Magalhaes. Spanyol berdiam di Tidore dan untuk waktu yang cukup lama menggangu kekuasaan Portugis di Ternate. Pada tanggal 25 October 1536, gubernur Portugis Antonio Galvao tiba di Ternate. Ia adalah seorang gubernur yang baik. Dia berusaha menciptakan rekonsiliasi, mengorganisasi managemen yang baik serta menyebarkan agma dengan baik. Dia adalah juga pendiri kota (benteng) Portugis di Ternate, dia juga membgun sebuah sekolah dan rumah sakit dan membangun tembok batu sekeliling kota (benteng). Antonio Galvao juga dipandang sebagai rasul Maluku. Pada tanggal 15 July 1575, Portuguese menyerah. Ambon adalah sebuah pulau yang terletak di tengah-tengah kepulauan rempah-rempah di kepuauan Indonesia. Pada tahun 1569, Gonçalo Pereira Marramaque mendirikan sebuah benteng kayu di pesisir utara pulau Ambon. Namun pada tahun 1572, benteng ini dipindahkan ke pesisir selatan teluk Ambon. Kemudian Sancho de Vasconcelos membangun sebuah benteng sementara di Gelala (Galala) kemudian sebuah benteng lagi di Batumarah (Batumerah), kedua-duanya dari bahan kayu; dan akhirnya dia membangtun sebuah benteng yang merupakan cikal bakal kota Ambon sekarang ini. Batu yang pertama diletakkan pada tanggal 25 Maret 1576 dan diberi nama "Nossa Senhora da Anunciada". Pada bulan July 1576, benteng yang baru ini diresmikan. Di dalam benteng yang berbentuk persegi empat ini terdapat empat buah menara, satu pada setiap sudut, selanjutnya ada rumah captain, ruang pertemuan, beberapa buah gudang dan tempat bagi para pejabat militer. Kota mulai berkembang di sekitar benteng dan terbagi atas beberapa quarters, seluruhnya beragama Kristen.Kota Portugis ini tidak diberi tembok, hanya rumah-rumah para Jesuit (di Ambon sejak 1578) memiliki tembok batu di sekeliling rumah mereka sebagai pengamanan terhadap serangan musuh. Di dekat perumahan mereka terdapat gereja "Sant’ Iago" (1581) yang beratapkan daun atap (sagu).Para Jesuits juga melayani di gereja São Tomé (1581). Mereka menggunakan rumah mereka sebagai pusat pastoral untuk Ambon dan ketiga pulau Lease: Haruku, Saparua, Nusalaut. Sejak 1575-1578 Ambon merupakan pusat misi Jesuit di Maluku.Dekat pantai ada gereja tertua dari Ambon yang bernama "Sao Paulo", ini adalah sebuah gereja benteng.Di dekat sisi tenggara dari benteng Portugis terdapat rumah sakit dan gereja "Misericordia". Gereja “confraria da Misericordia” didirikan pada tahun 1579.Kota Portugis Ambon diserang banyak kali. Sejarahnya adalah sejarah perang. Pada tahun 1591-1593 kota Portugis Ambon diserang ini oleh Ternate; pada tahun 1598 oleh pasukan dari Jawa; pada tahun 1600 oleh Belanda; dan akhirnya pada tanggal 23 February 1605 kota benteng ini menyerah kepada kekuasaan Belanda.