Bakteriofaga T4 merupakan suatu virus dsDNA berukuran 169 Kb yang mengkode hampir 300 gen dalam menghasilkan protein virus. Enzim yang dikode oleh genom bakteriofaga ini dinamakan T4 DNA ligase (EC 6.5.1.1). T4 DNA ligase digunakan untuk metabolisme virus, replikasi, rekombinasi dan perbaikan DNA, serta pada kloning molekuler. T4 DNA ligase memiliki kemampuan yang unik dibandingkan dengan DNA ligase dikarenakan enzim ini dapat menggabungkan ujung tumpul (blunt end) maupun ujung lengket (sticky end).

Modifikasi enzim T4 DNA ligase dapat dilakukan dengan mengisolasi enzim ini dari sumber (bakteri gram negatif, seperti E. coli) pada lingkungan yang berbeda. Hal ini dikarenakan perbedaan lingkungan dapat menyebabkan perbedaan aktivitas yang dihasilkan oleh suatu bakteri. Selain itu dapat pula dilakukan dengan melakukan enrichment terhadap media pertumbuhan bakteri, sehingga ekspresi metabolit (misalnya enzim) yang dihasilkan memiliki aktivitas yang berbeda. Enzim yang dihasilkan kemudian diisolasi dan selanjutnya dilakukan karakterisasi untuk mengetahui aktivitas enzim tersebut. (Patel et al., 2007)

Dalam percobaan ligase, beberapa parameter yang dioptimalkan untuk meningkatkan kemungkinan mendapatkan klon yang diinginkan. Parameter ini meliputi konsentrasi DNA, rasio molekul insert dan vektor, suhu reaksi, konsentrasi penyangga. NdeI dan HindIII digunakan untuk tipe II endonuklease restriksi dalam strategi kloning. (Invitrogen Corporation, 2002)

Invitrogen Corporation. 2002. T4 DNA ligase. Technical bulletin 15244-2.Patel SS, et al. (2007) Natively unfolded nucleoporins gate protein diffusion across the nuclear pore complex. Cell 129(1):83-96