SEL

Indikator

1. Membedakan struktur sel prokariota dan eukariota

Sel prokariota

Organisme yang tidak memiliki inti sel, ukurannya 0,1 – 10 mikrometer, memiliki bentuk

dasar sperik, batang, atau coil heliks. contoh bakteri eubacteria n archaebacteria

Sel Eukariota

Organisme yang Memiliki inti sel, Ukurannya 10-100 mikrometer

2. Membedakan struktur sel hewan dan tumbuhan

Sel tumbuhan kloroplas, vakuola, dan dinding sel

Sel hewan lisosom

3. Menjelaskan fungsi organel dalam sel prokariota dan eukariota

- Membran plasma membungkus sitoplasma dan memisahkan sel dari lingkuangan luar

& melindungi inti sel (mempertahankan komposisis ionic dan osmosa sitosol

- Mesosom(prokariotik saja) & tempat replikasi DNA d tmpat berlangsungnya reaksi

enzimatik tertentu,

- Inti sel & mengatur seluruh aktivitas sel

- Retikulum endoplasma=jaringan membrane yg saling berhubungan membentuk

suatu susunan trtnt

Kasar &tempat sintesis protein

Halus &tempat biosintesis lipid dan tempat rekasi detoksifikasi

- Badan golgi &pusat seleksi sel

- Mitokondria & tempat respirasi seluler

- Kloroflas & tempat berlangsungnya reaksi fotosintesis

- Lisosom &degradasi maromolekul ekstraseluler

- Peroksisom &enzim untuk mendegradasi asam-asam lemak dan asam-asam amino,

melingdungi sel dari serangan osidatif H2O2

- Sitesol pd prokariotik sitososl mengandung makromolekul (enzim, ribosom, tRNA,

mRNA.) flagella= bakteri yg memiliki lebih dari 1 ekor utk menggerakkan sel dlm

lengkungannya, pili= mentransfer DNA selama konjugasi seks & tempat utama

berlangsungnya metabolisme seluler

- Dinding sel &melindungi bagian dalam sel

- Vakuola & tempat penyimpanan makanan.

ASAM AMINO DAN PROTEIN

4. Menuliskan lima contoh asam amino

Alanin, leusin, isoleusin, valin, prolin, fenilalanin, triptofan, glisin, serin, tirosin, trionin,

sistein, glutamin, aspargain

Asam amino yang memiliki gugus sekunder = asam alfa amino.

Kelompok – Kelompok asam amino

Kelompok I Rantai samping non polar

Alanin, valin, leusin, isoleusin, prolin, penilalanin, metionin,triptopan

Kelompok II rantai samping polar

Glisin, serin, tirosin, treonin, sistein, glutamin, aspargin

Kelompok III Rantai samping asam

Asam glutamat, asam aspartat

Kelompok IV Basic side chain

pH=7 lisin, arginin, histidin

protein adalah polimer dari asam alfa amino

ikatan peptida adalah ikatan yang dibentik oleh gugus alfa amino dan gugus alfa karboksi

dari asam amino lannya membentuk protein

asam ain pasti polipeptida tapi belum tentu sebaliknya. As. Amno tergantung dr

berat moleku pnyusunnya.

Fungsi protein

- Enzim katalis biologis

- Imunoglobulin antibodi dari sistem imun

- Transpport memindahkan material sekitar menuju hemoglobin

- Regulatory hormon, mengontrol metabolisme

- Struktural menutup dan mensuport kulit, tendons, rambut, tulang

- Pergerakan otot, silia, flagela

Kelarutan protein

- Larut dalam air protein globular (bulat)

- Tidak larut dalam air protein fiber (serat)

5. Menentukan muatan asam - asam amino pada pH fisiologis (pH=7,0)

Asm amino basa bermuatan + ph ph filosofis, terdiri dr lisin, arginine,histidin

6. Membedakan struktur primer, skunder, tersier, dan kuartener dari protein

Primer urutan linier as. Amino yg dihubungkan oleh ikatan peptide.(pasti dihubngkan

olh ik. Kovalen saja)

Skunder pelipatan daerah” dalam rantai polipeptida secara teratur. meliputi ikatan alfa

heliks (oksigen karbonil dr suatu asam amio berikatan hidroen dg atom H dr gugus amino

pa asam amino keempat. Ikatan yang terbntuk berada pada posisi parallel dg sumbu

heliks) dan beta pleated sheet (ikatan hydrogen terbentuk antara rantai polipeptida yang

berbeda atau pada bagian yang berbeda pada polipeptida yang sama

Tersier terjadi karena pelipatan unsur” struktur sekunder yg disebabkan karena adanya

interaksi hidrofob ionic, hydrogen, n jembatan disulfide membentuk konformasi 3

dimensi.

Kuartener asosiai 2 atau lebih subunit polipeptida membentuk protein dimer, trimer,

tetramer, atau yg lbh besar.

Protein terdenaturasi (penggumpalan) pada panas, suasana asam dan basa terjadi bila

protein kehilangan struktur tersier karena panas, PH

Protein menggantikan sel sel yang rusak

Skuensing protein metode yang dapat menentukan urutan masing – masing asam

amino dalam protein

Tahapannya memecah protein menjadi fragmen yang ukurannya lebih kecil kemudian

dipisahkan dan diskuensing

Degradasi edman satu residu asam amino setiap saat dihilangkan secara berurutan dari

ujung N-terminal peptida atau protein selanjutnya diidentifikasi

Polipeptida jumlah asam alfa amino < 100

Protein jumlah asam alfa amino > 100

Protein terdiri dari beberapa polipeptida

Pemurnian protein

Tujuan : untuk memisahkan salah satu protein yang diinginkan untuk mengetahui

struktur dan sifatnya

Ciri – ciri protein

- Kelarutan protein polar larut dalam polar

- Memiliki titik isoelektrik titik pada keadaan netto (jumlah + dan – sama) dan

memiliki kelarutan yang rendah

Stabilitas Protein

- Protein yang akan dimurnikan tidak boleh rusak oleh faktor fisik dan biologis (pH dan

suhu)

- Perlu menggunakan buffer pd ph dmna prtein tsb stbil. dengan suhu 4C

Pemisahan atau pemurnian protein berdasarkan kelarutan, ukuran muatan,

aktivitas pengikatnya

7. Membedakan peristiwa salting in dan saltin out

Salting in larut dalam garam

Salting out mengendap dalam garam

8. Menjelaskan pengaruh konsentrasi garam terhadap kelarutan protein

Pengendapan dengan garam

Garam amonium sulfat, kelarutan pro dlm garam kons tinggi adalah sangat rendah

atau mengakibatkan terjadi pengendapan

Strategi Pemurnian

Muatan : kromatografi penukar ion

Kepolaran : kromatografi interkasi hidrofobik

Ukuran : dialisis, ultrafiltrasi, gel elektroforesis, ultrasentrifugasi

Spesifisitas : kromatografi afinitas

Dialisis menggunakan membran semipermeabel, dimana molekul kecil akan lewat,

sedangkan molekul besar akan tersangkut

Ultrasentrifugasi didasarkan pada perbedaan massa jenisnya.

Kromatografi Penukar Ion

Pada cara ini : protein dipisahkan dengan yang lain berdasarkan atas muatan totalnya

Ada 2 jenis resin penukar ion yaitu kation dan anion

dalam larutan yang berpH lebih rendah daripada titik isoelektriknya protein akan

bermuatan positif dan berikatan dengan penukar kation, sedangkan dalam larutan berpH di

atas titik isoelektriknya protein akan bermuatan negatif sehingga berikatan dengan

penukar anion.

Bahan penukar ion biasa adalah polimer yang bersifat tak larut air yang memiliki

gugus kation atau anion.

Matriks penukar kation memiliki gugus fungsional anionik berupa -SO3-, -OPO3- dan -

COO-

Matriks penukar anion memiliki gugus kationik amonium tersier dan kuarterner,

dengan formula umum -NHR2+ dan -NR3+.

Protein bermuatan terikat pada gugus penukar ion sesuai muatannya

Gel Filtration/Size exclusion Kromatografi

- Berdasarkan ukuran, besar lolos, kecil nyangkut (teradsorpsi oleh kolom)

Kromatografi afinitas

Menggunakan ligan berupa molekul kecil (logam atau antibodi) yang terikat pada

matriks

Protein akan berikatan secara spesifik dengan ligan

Elusi melepaskan protein dari ligan

Elektroforesis SDS – PAGE

Pemisahan protein (molekul bermuatan berdasarkan ukuran dalam medan listrik)

Protein didenaturasi dengan detergen anion

pH<pI protein bermuatan +

pH>pI protein bermuatan negatif

9. Menjelaskan prinsip isoelektrik focusing

Teknik pemisahan protein dengan menggunakan prinsip elektroforesis

Enzim hanya disintesis oleh dan di dalam tubuh

Enzim akan disintesis jika sel mempunyai gen untuk enzim tersebut

Vit. C atau as. Askorbat harus ada di dalam makanan

Faktor – faktor yang mempengaruhi kerja enzim

- Konsentrasi enzim

- Konsentrasi substrat

- Pengaruh suhu suhu yang optimum (37 – 38)

- Pengaruh pH pada pH optimum

- Pengaruh inhibitor

Substrat partikel banyak tumbukan antar partikel banyak cepat

pH mempengaruhi kinerja asam enzim dalam switer ion terjadi perubahan sisi

aktif perubahan struktur enzim, enzim tidak bekerja

kofaktor unit non protein kecil yang diperlukan untuk berlangsungnya reaksi

koenzim kofaktor berupa logam

gugus prostetik koenzim yang berikatan secara kovalen pada molekul enzim

apoenzim bagian protein dari enzim tanpa kofaktor

isoenzim bentuk berbeda dari enzim yang mengkatalisis reaksi yanng sama tetapi

mempunyai sifat – sifat fisik dan kinetik yang berbeda (pI, pH, dll)

10. Membedakan inhibisi enzim secara reversibel dan irreversibel

Inhibitor molekul - molekul yang menurunkan aktivitas katalitik enzim

Inhibisi reversibel (dihilangkan dengan dialisis) kompetitif dan non kompetitif

Inhibisi irreversibel mampu menginaktivasi enzim secara permanen (ikatan kovalen)

11. Membedakan inhibisi enzim secara kompetitif dan non kompetitif

Kompetitif substrat dan inhibitor berkompetisi mencapai sisi aktif

Non kompetitif substrat dan inhibitor masuk ke sisi aktif

12. Mengevaluasi harga V maks dan Km pada inhibisi enzim secara kompetitif

Km meningkat meningkatkan kemiringan garis pada plot lineweaver –burk, dan

mengubah titik potong pada sumbu 1/[S], tetapi titik potong pada sumbu 1/Vo tidak

berubah Vmaks konstan

13. Mengevaluasi harga V maks dan Km pada inhibisi enzim secara non kompetitif

Meningkatkan kemiringan garis dan mengubah titik potong pada 1/Vo (Vmaks

berkurang), tetapi titik potong pada sumbu 1/[S] tidak berubah Km konstan

Enzim alosetrik enzim yang kecepatannya dipengaruhi oleh adanya produk akhir.

14. Menjelaskan proses inhibisi umpan balik

Pengendalian jalur metabolik terjadi jika enzim yang bekerja dihambat oleh produk akhir

dari jalur metabolik tersebut

15. Menjelaskan proses modifikasi kovalen reversibel

Terjadi melalui pembentukan dan pemutusan ikatan kovalen antara gugus nonprotein dan

molekul enzim.

16. Menjelaskan aktivitas kimotripsinogen melalui pemecahan proteolitik.

Aktivasi proteolitik

Enzim yang disintesis sebagai bentuk perkusor yang tidak aktif (proenzim)