· PDF fileTabel 1 Ukuran perpustakaan genom manusia pada ... ...

Anggota : Nurlina Ramdianti B1J006004
Hari Kartiko B1J006010
Ahmad Ridwan B1J006012
Kode : K37-TD-08
Ringkasan :
Contoh-contoh vektor yang digunakan untuk mengklon potongan DNA yang panjang dan
mengevaluasi kelemahan dan kelebihannya
Partikel phaga dapat mengakomodasi DNA hingga 52 kb, sehinga jika genome memiliki
ukuran DNA 15 kb hingga 18 kb, baru dapat di cloning. Batas ukuran ini lebih tinggi daripada
vektor plasmid, tetapi masih sangat kecil jika dibandingkan dengan ukuran genom secara utuh.
Perbandingan ini penting karena perpustakaan klon (Clone Library) atau koleksi klon yang telah
di sisipi genom lain secara utuh adalah titik awal suatu proyek yang ditujukan untuk
mengurutkan sekuen genom. Jika vektor digunakan untuk DNA manusia, lebih dari setengah
juta klon diperlukan disana, untuk membuat 95% keterangan bagian dari genom yang ada pada
perpustakaan genom (Ukuran perpustakaan genom manusia yang disiapkan pada vector cloning
yang berbeda data dilihat pada table 1). Hal tersebut memungkinkan untuk membuat persiapan
perpustakaan genom berisikan setengah juta klon, terutama jika menggunakan teknik
otomatisasi, tetapi koleksi sebesar itu jauh dari yang kita harapkan. Hal tersebut dapat kita
kurangi jumlah klon-nya dengan menggunakan vektor yang dapat menangani fragmen DNA
lebih dari 18 kb.Tabel 1 Ukuran perpustakaan genom manusia pada beberapa vector cloning yang berbeda

Gambar 1. Sebuah tipe kosmid pJB8 dengan ukuran 5.4 kb, memiliki gen resisten ampisilin,
segmen DNA termasuk cos site dan ORI
Beberapara pengembangan teknnologi cloning selama 20 tahun terakhir telah mengarahkan
penelitiannya untuk menemukan solusi ini. Satu kemungkinannya adalah menggunakan kosmid.
Kosmid adalah sebuah plasmid yang memiliki sebuah cos site (gambar 1). Concatamers dari
molekul kosmid dihubungkan oleh masing-masing cos site, betindak sebagai substrat untuk
pengepakan invitro karena cos site hanya urutan molekul DNA yang dibutuhkan untuk dikenal
sebagai genom protein. Partikel phaga yang mengandung DNA kosmid adalah sama seperti
phaga yang lainya, tetapi didalam sel DNA kosmid tidak dapat disintesis menjadi partikel phaga
baru, bahkan bereplikasi sebagai plasmid. DNA rekombinan didapatkan lebih banyak dari koloni
dibandingkan plak. Seperti pada vektor tipe lainya batas dari panjang DNA yang diklon
ditentukan oleh jarak yang tersedia pada partikel phaga. Sebuah kosmid dapat berukuran 8 kb
atau kurang, jadi hingga ukuran 44 kb DNA baru dapat disisipkan sebelum pengepakan Phaga
selesai.
Terobosan utama dalam usaha mengklon fragmen yang lebih dari 50kb mucul setelah
ditemukannya tiruan kromosom yeast atau YACs (Yeast Artificial Chromosomes). YACs
pertamakali dibuat setelah mempelajari kromosom alami. Masing-masing kromosom memeiliki
3 komponen penting , yaitu :
- Sentromer, memainkan peranan penting pada saat pembelahan sel
- Telomer, sekuen khusus yang menandai ujung kromosom molekul DNA
- Satu atau lebih ORF yang menginisiasi sintesis DNA baru ketika pembagian kromosom.

Gambar 2. Letak sentromer dan telomere
YAC memiliki sekuen DNA yang mendasari komponen kromosom yang dihubungkan satu sama
lain dengan selectable markers dan daerah inisiasi serta daerah restriksi tempat DNA baru
disisipkan (Gambar 3). Seluruh komponen ini dapat dimasukan pada molekul DNA yang
berukuran 10-15 kb. Yeast alami memiliki kromosom pada kisaran 230 kb hingga 1700 kb. Jadi
YAC sangat berpotensi untuk mengklon fragmen DNA berukuran 600 kb, bahkan YAC khusus
dapat mengklon hingga ukuran 1400 kb. Saat ini YAC merupakan vektor yang memiliki
kapasitas terbesar dan beberapa proyek genom dapat dicapai dengan menggunakan YAC.
Sayangnya beberapa tipe YAC memiliki kelemahan dalam kestabilan penyisipan, klon DNA jadi
diurutkan lagi menjadi kombinasi sekuen DNA baru. Hal ini adalah alasan untuk memusatkan
perhatian pada tipe vektor lain. Vektor tersebut diantaranya:
- Vektor Bacteriophage P1 , hampir sama dengan vektor . Kapasitas vektor cloning
diurutkan berdasarkan ukuran delesi dan jarak dianatar partikel phage. Genom p1 lebih
besar dari genom dan partikel phage lebih besar. Jadi vektor P1 dapat mengklon lebih
besar dari fragmen DNA, vektor hingga 125 kb dengan menggunakan teknologi terkini.
- Bacterial Artificial Chromosomes (BACs), berdasarkan pada plasmid F dari E.coli.
Plasmid F relatif besar dan vektornya memiliki kapasitas lebih besar untuk disisipi DNA.
BACs dapat digunakan untuk mengklon fragmen DNA dari 300 kb atau lebih.
- P1-derived Artificial Chromosomes (PACs )b merupakan kombinasi antara P1 dan BACs
dengan memiliki kapasitas hingga 800 kb.
- Fosmid, mengandung ORI F plasmid dan cos site. Hampir sama dengan cosmid tetapi
memiliki salinan yang lebih sedikit pada E.coli, yang berarti lebih sedikit masalahnya
dalam ketidakstabilan penyisipan.

Gambar 3. Penggunaan YAC
a. Vector cloning pYAC3
b. Mengklon dengan pYAC3, lingkaran vector harus dipotong dengan BamHI dan SnaBI.
BamHI memotong fragmen diantara 2 telomer pada lingkaran molekul. SnaBI memotong
sampai gen SUP4 dan menyediakan tempat untuk disisipi oelh DNA baru.

Daftar Pustaka
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.6035
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.glossary.9089#9238
link gambar
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6052
Link Tabel
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.table.6051
Diakses pada 30 Oktober 2008
Situs Terkait
animasi:
http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/cloning/cloning.swf
http://www.sumanasinc.com/webcontent/animations/content/dnalibrary.html
http://artstudios.com/A07A.swf
http://www.guardian.co.uk/flash/cloning.swf
http://www.reproductivecloning.net/hosting/waite/cloning.swf
http://www.pensyl.com/educ/gene/k18/k18t1a1.swf
journal:
http://biogen.litbang.deptan.go.id/terbitan/prosiding/fulltext_pdf/prosiding2004_124-131.pdf
http://www.informatics.indiana.edu/predrag/files/cohen_2004.pdf
http://209.85.175.104/search?q=cache:SpPoVSKM-
csJ:www.informatika.org/~rinaldi/Matdis/2007-2008/Makalah/MakalahIF2153-0708-
096.pdf+vektor+kloning+pdf&hl=id&ct=clnk&cd=10&gl=id
Html:
http://209.85.175.104/search?q=cache:18NC-StNcscJ:library.usu.ac.id/download/fmipa/biologi-
mizawarti1.pdf+vektor+kloning&hl=id&ct=clnk&cd=32&gl=id
http://www.molecularstation.com/no/dna-cloning/
Diakses pada 30 oktober 2008
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.6035http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.glossary.9089#9238http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6052http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6056http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5487http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.table.6051http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/cloning/cloning.swfhttp://www.sumanasinc.com/webcontent/animations/content/dnalibrary.htmlhttp://artstudios.com/A07A.swfhttp://www.guardian.co.uk/flash/cloning.swfhttp://www.reproductivecloning.net/hosting/waite/cloning.swfhttp://www.pensyl.com/educ/gene/k18/k18t1a1.swfhttp://biogen.litbang.deptan.go.id/terbitan/prosiding/fulltext_pdf/prosiding2004_124-131.pdfhttp://www.informatics.indiana.edu/predrag/files/cohen_2004.pdfhttp://209.85.175.104/search?q=cache:SpPoVSKM-http://209.85.175.104/search?q=cache:18NC-StNcscJ:library.usu.ac.id/download/fmipa/biologi-http://www.molecularstation.com/no/dna-cloning/

· PDF fileTabel 1 Ukuran perpustakaan genom manusia pada ... ...

Documents

Transcript of · PDF fileTabel 1 Ukuran perpustakaan genom manusia pada ... ...