Sistem Karamba Jaring Apung Berlapis atau bertingkat terdiri dari dua lapis jari ng yaitu jarring lapis dalam dan jaring lapis luar. Ada dua pemeliharaan ikan ya ng dipelihara pada masingmaing jaring tersebut. Umumnya ikan yang dipelihara pad a jaring lapis dalam adalah ikan mas (Cyprinus carpio), sedangkan pada jaring la pis luar dipelihara ikan nila (Oreochromis niloticus). Pemberian pakan hanya dil akukan pada ikan mas yang dipelihara dalam jaring lapis dalam, sedangkan untuk i kan nila, pada bagian jaring lapis luar tidak diberi pakan. Ikan nila hanya mema nfaatkan pakan yang tersisa yang tidak dimakan oleh ikan mas. Sistem ini dikembangkan bertujuan untuk mengurangi beban dari sisa pakan, yang dapat mencemari perairan. Dengan system ini sisa pakan unt uk ikan mas atau ikan yang dipelihara pada lapis dalam dapat dimanfaatkan oleh i kan nila yang dipelihara dalam jaring lapis luar. Dengan demikian selain bertuju an untuk mengurangi sisa pakan KJA berlapis ini dapat menghasilkan hasil tambaha n dari produksi ikan nila yang dipelihara pada jaring lapis luar. Sistem ini sud ah banyak dipakai di Waduk Cirata, Saguling dan Jatiluhur di Jawa Barat. Dan sek arang diintroduksikan di Danau Maninjau Sumatera Barat. Prinsip Dasar Penerapan KJ berlapis: 1. Syarat lokasi - Kedalaman minimum 8 m - Ada dua unit keramba atau lebih yang bisa di satukan - Pertukaran arus air lancar 2. Pemberian pakan hanya pada ikan yang dipelihara pada jaring dalam 3. Jumlah pakan yang diberikan dihitung berdasarkan jumlah ikan yang dipelihara pada jaring dalam 4. Bandul pemberat terbuat dari bahan yang tidak kasar/tajam dan ditambatkan pad a kontruksi keramba Penerapan KJA berlapis yang dilakukan di Danau Maninjau telah terbukti memberika n hasil yang baik melalui beberapa uji coba. Hasil yang diperoleh sangat tergant ung dari jumlah dan ukuran ikan yang dipelihara, cara dan jumlah pakan yang dibe rikan, dan kondisi kualitas perairan yang mendukung. Penerapan KJA berlapis sang at sederhana dan mudah dilakukan, konstruksi keramba yang sudah ada tidak mengal ami perubahan secara keseluruhan. Untuk menjalankan system ini hanya memerlukan tambahan jaring lapis luar, bahan pemberat dan tali tambang untuk pengikat Sebag ai contoh jaring yang dibutuhkan untuk lapis luar hanya memerlukan kurang lebih 40 kg jaring untuk ukuran 12,5 x 6 x 5 m. Untuk pemberat bias menggunakan botol bekas air minum kemasan yang diisi pasir atau adukan semen.