Kondisi sumber daya air di Indonesia telah sampai pada tahap di mana tindakan terpadu diperlukan untuk mengatasi salah satu masalah dalamhal pengelolaan kelautanyaitu : penggunaan air yang berlebihan, polusi, dan meningkatnya ancaman kekeringan dan banjir.

Mengingat tantangan yang dihadapi oleh sektor sumber daya air dan sektor irigasi di abad ke-21 dan reformasi sektor publik yang lebih memperhatikan aspirasi rakyat, Pemerintah Indonesia telah memulai program reformasi bidang sumber daya air yang meliputi aspek kebijakan, aspek kelembagaan, aspek legislatif dan peraturan, dan kebijakan konservasi sumber daya air telah mendapat bagian yang substansial dalam agenda reformasi. Perwujudan berupa peraturan pemerintah republik indonesia nomor 42 tahun 2008 tentang pengelolaan sumberdaya air yang meliputi kebijakan pengelolaan sumber daya air mencakup aspek konservasi sumber daya air, pendayagunaan sumber daya air, pengendalian daya rusak air, dan sistem informasi sumber daya air yang disusun dengan memperhatikan kondisi wilayah masing-masing. Selain itu, ada juga Undang-Undang Republik Indonesia No. 7 Tahun 2004 Tentang Sumber Daya Air, menguraikan mengenai 5 (lima) aspek dalam pengelolaan sumber daya air, yaitu Konservasi Sumber Daya Air, Pendayagunaan Sumber Daya Air, Pengendalian Daya Rusak Air, Sistem Informasi Sumber Daya Air serta Pemberdayaan Masyarakat (Stakeholders).

Masalah lain berkaitan dengan sumber daya air permukaan di Indonesia yaitu kekeringan selama musim kemarau, namun terjadi banjir selama musim hujan terutama di beberapa daerah, hal ini menjadi salah satu masalah yang berkaitan dengan pengelolaan sumberdaya perairan di Indonesia. Meskipun Indonesia memiliki curah hujan yang berlimpah, dengan rata-rata nasional lebih dari 2.500 mm/tahun, namun terjadi perbedaan yang sangat besar di daerah tertentu di Indonesia, seperti daerah-daerah yang sangat kering di Nusa Tenggara, Maluku dan Sulawesi bagian dari Kepulauan (kurang dari 1.000 mm) dan yang sangat basah di beberapa bagian daerah Papua, Jawa, dan Sumatra (lebih dari 5.000 mm).

Mengingat pengembangan sumber daya air di Indonesia selalu mengalami peningkatan dan perubahan dari waktu ke waktu, maka dari itu sangat diperlukan untuk melakukan pengembangan dan peningkatan sektor sumber daya air baik dari segi kebijakan, peraturan dan perundang-undangan, aspek kelembagaan, maupun pelaksanaan di lapangan.

Pengelolaan sumberdaya peraian sangat erat kaitannya dengan pengelolaan sumberdaya perikanan, dimana perlu adanya integrasi antar keduanya.

Selain daripada itu, salah satu permasalahan berkaitan dengan sumber daya perairan di Indonesia adalah adanya pencemaran perairan, terutama di kota-kota besar di Indonesia yang berupa limbah pemukiman dan juga limbah industri. Saat ini, pengelolaan limbah di Indonesia belum terkelola dengan baik, yang menyebabkan limbah-limbah industri dan rumah tangga dialirkan melalui sungai-sungai. Limbah tersebut mempengaruhi dinamika populasi dan keseimbangan ekosistem. Hal ini menjadi kerusakan yang sistematis dan berkelanjutan. Oleh karena itu, bidang ilmu Pengelolaan Sumberdaya Perikanan dan Perairan perlu dikaji dengan baik untuk mengatasi permasalahan-permasalah tersebut.

Pendekatan pembangunan industrialisasi kelautan dan perikanan melalui blue economy merupakan model pendekatan pembangunan ekonomi dengan tidak mengandalkan pembangunan ekonomi berbasis eksploitasi sumber daya alam dan lingkungan yang berlebihan. Namun, merupakan suatu lompatan besar dalam pembangunan, dengan meninggalkan praktek ekonomi yang mementingkan keuntungan jangka pendek serta menggerakkan perekonomian yang rendah karbon (low carbon economy). Dalam konsep Ekonomi Biru, Sustainable Development menjadi kunci keberhasilan dalam penerapannya. Hal diatas bisa diwujudkan dengan sinergisitas pemerintah pusat, pemerintah daerah, swasta maupun masyarakat, termasuk dunia pendidikan. Dalam hal ini, pendidikan menjadi elemen penting untuk menopang terwujudnya ekonomi biru salah satunya dalam bidang Pengelolaan Sumberdaya Perikanan dan Perairan.