i

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan pada hari kebangkitan nasional yaitu tanggal 20 Mei 1995

di suatu daerah yang terkenal dengan suku anak dalamnya Rimbo Bujang,

Kabupaten Tebo, Provinsi Jambi. Hari Kebangkitan Nasional yang biasa disingkat

HARKITNAS, menjadi pedoman bapak saya Jonter Samosir dan Ibu Boturan

Hutapea untuk memberikan nama Hartina Samosir kepada penulis. Terlahir sebagai

anak bungsu dari tiga bersaudara.

Penulis menempuh pendidikan formal di TK Pertiwi I Desa Perintis, Rimbo

Bujang (2000), SD Negeri 60/VIII Desa Perintis (2001-2007), SMP Negeri 3 Kab.

Tebo (2007-2010), dan SMA Negeri 2 Kab. Tebo (2010-2013). Penulis diterima

menjadi mahasiswa di Universitas Udayana Jurusan Kedokteran Hewan pada tahun

2013 melalui jalur Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SBMPTN).

Selanjutya penulis melakukan penelitian di Laboratorium Genetika dan Kultur

Jaringan Pusat Penelitian Primata Universitas Udayana tentang “Polimorfisme

Lokus Mikrosatelit D10S1432 Pada Populasi Monyet Ekor Panjang Di Taman

Nasional Baluran Jawa Timur”.

ii

ABSTRAK

Biodiversitas tidak hanya pada tingkat ekosistem dan spesies tapi juga

terdapat pada tingkat genetik. Polimorfisme genetik adalah variasi struktur genetik

dalam suatu populasi yang mencerminkan biodiversitas pada tingkat dasar. Struktur

genetika ini tidak hanya memberikan informasi tentang biodiversitas pada saat ini,

tetapi juga menunjukkan sejarah kehidupan yang telah dilaluinya dan kondisi

mendatang yang akan dialaminya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui

jumlah alel, frekuensi alel, heterozigositas alel, dan kesetimbangan Hardy-

Weinberg lokus mikrosatelit D10S1432 pada populasi monyet ekor panjang di

Taman Nasional Baluran. Sejumlah 14 sampel darah dikoleksi dari populasi monyet

ekor panjang di Taman Nasional Baluran Jawa Timur sebagai sumber DNA.

Ekstraksi DNA total menggunakan QIAamp DNA Blood Kits dari Qiagen.

Selanjutnya lokus mikrosatelit D10S1432 diamplifikasi melalui Polymerase Chain

Reaction (PCR) sebanyak 30 siklus dengan suhu annealing 54°C. Variasi alel

mikrosatelit dipisahkan dengan elektroforesis pada gel poliakrilamid 8% dan

dimunculkan dengan pewarnaan perak. Ditemukan empat jenis alel dengan

frekuensi masing-masing alel 170 (0,215), alel 174 (0,5), alel 178 (0,215), dan alel

182 (0,07). Nilai heterozigositas sebesar 0,677 serta tidak mengalami

penyimpangan (inbreeding) atau berada dalam kesetimbangan Hardy-Weinberg.

Dengan demikian dapat disimpulkan Lokus D10S1432 bersifat polimorfik pada

populasi monyet ekor panjang di Taman Nasional Baluran Jawa Timur.

Kata Kunci: Monyet Ekor Panjang, Polimorfisme, Mikrosatelit D10S1432, Taman

Nasional Baluran.

iii

ABSTRACT

Biodiversity is not only at the ecosystem and species level, but also at the

genetic level. Genetic polymorphism is a variation of genetic structure in a

population that reflects biodiversity at the basic level. This genetic structure not

only provides information about biodiversity at this time, but also shows the history

of life that has been passed and the future conditions that will be experienced. This

study aims to determine the number of alleles, allele frequencies, allele

Heterozygosity, and equilibrium Hardy-Weinberg D10S1432 microsatellite locus

on long tail monkey populations in Baluran National Park. Total of 14 blood

samples were collected from a long-tailed monkey population in Baluran National

Park of East Java as a source of DNA. The total DNA extraction was using QIAamp

DNA Blood Kits from Qiagen. Then microsatellite locus D10S1432 was amplified

through Polymerase Chain Reaction (PCR) at 30 cycles with an annealing

temperature of 54°C. Variations of allele microsatellites were separated by

electrophoresis on 8% polyacrylamide gel and raised by silver staining. Four types

of alleles were found with the frequencies of each allele are 170 allele (0.215), 174

allele (0.5), 178 allele (0.215), and allele 182 (0.07). The heterozygosity value is

0.677 and it does not inbreeding or it’s in the Hardy-Weinberg equilibrium.

Therefore can be concluded Lokus D10S1432 is polymorphic on population long-

tailed monkey in Baluran National Park of East Java.

Keywords: Long-tailed Monkey, Polymorphism, Microsatellite D10S1432,

Baluran National Park.

iv

UCAPAN TERIMA KASIH

Puji syukur kepada Tuhan Yesus Kristus yang telah memberkati penulis

sehingga penulisan skripsi ini dapat diselesaikan. Skripsi yang berjudul

“Polimorfisme Lokus Mikrosatelit D10S1432 pada Populasi Monyet Ekor Panjang

Di Taman Nasional Baluran Jawa Timur”, disusun berdasarkan hasil penelitian

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan di

Fakultas Kedokeran Hewan Universitas Udayana.

Penulis menyadari bahwa dalam menyelesaikan skripsi ini tidak lepas dari

bantuan berbagai pihak yang telah memberikan dukungan moril dan materil. Untuk

itu pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada:

1. Bapak Dr. drh. Nyoman Adi Suratma, MP, selaku Dekan Fakultas Kedokteran

Hewan Universitas Udayana.

2. Bapak Dr. drh. I Wayan Bebas, M.Kes, selaku Pembimbing Akademik yang

telah memberikan motivasi.

3. Bapak Dr. drh. I Nengah Wandia, M.Si, selaku Pembimbing I yang telah

membimbing, memberikan waktu, sumbangan ilmu, dan tenaga selama

penelitian hingga akhir penulisan skripsi ini.

4. Ibu drh. Sri Kayati Widyastuti, M.Si, selaku pembimbing II yang telah

membimbing, memberikan waktu, sumbangan ilmu, dan arahan dalam

menyelesaikan skripsi ini.

5. Pembahas Dr. drh. Luh Gd Sri Surya H, M.Biomed, Dr. drh. I Ketut Suatha,

M. Si, Dr. drh. I Gusti Ayu Agung Suartini M. Si, yang telah menguji penulis

mengenai skripsi ini, memberikan masukan, dan sumbangan ilmu.

6. Bapak Dr. drh. I Gede Soma, M.Kes, selaku dosen yang telah memberikan

waktu, sumbangan ilmu, dan tenaga untuk membantu penulis dalam melakukan

penelitian di laboratorium.

7. Keluarga besar Samosir, Bapak, Mama terkasih, Abang tersayang Sintong,

Kakak Siska beserta keluarga Abang Jimmy Siagian dan keponakan Tristan

dan Jessica atas dukungan doa, motivasi, materi, dan tempat berkeluh kesah

hingga penulisan skripsi ini dapat selesai tepat waktu.

v

8. Teman satu penelitian Kak Ayu, Febio, dan Santri yang berjuang bersama

dalam menyelesaikan penelitian dan skripsi.

9. Teman Kelompok Tumbuh Bersama Bitha, Eudia, Maria, Rima, Tere, dan Kak

Kristianto sekeluraga. Teman Paduan Suara SolaGratia dan teman Beswan

Djarum, yang telah memberikan motivasi, doa, membantu segala sesuatu, dan

saling mendukung dalam suka dan duka.

Penulis menyadari bahwa skripsi ini jauh dari sempurna, untuk itu penulis

mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari semua pihak. Penulis

berharap agar skripsi ini bermanfaat dan memberikan informasi bagi pihak-pihak

yang membutuhkan.

Denpasar, 29 Mei 2017

Penulis

vi

DAFTAR ISI

Halaman

RIWAYAT HIDUP .............................................................................................. i

ABSTRAK .......................................................................................................... ii

ABSTRACT ......................................................................................................... iii

UCAPAN TERIMA KASIH ............................................................................... iv

DAFTAR ISI ...................................................................................................... vi

DAFTAR TABEL ............................................................................................. vii

DAFTAR GAMBAR ........................................................................................ viii

BAB I. PENDAHULUAN ................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang Masalah ........................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah .................................................................................... 3

1.3 Tujuan Penelitian ..................................................................................... 3

1.4 Manfaat Penelitian.................................................................................... 3

BAB II. TINJAUAN PUSTAKA ......................................................................... 4

2.1 Bio-ekologi Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) ......................... 4

2.2 Taman Nasional Baluran Jawa Timur ....................................................... 5

2.3 Deoxyribonukleic Acid (DNA) .................................................................. 6

2.4 Mikrosatelit .............................................................................................. 6

2.5 Polymerase chain reaction (PCR) ............................................................. 7

2.6 Elektroforesis ........................................................................................... 8

2.7 Kesetimbangan Hardy-Weinberg .............................................................. 9

2.8 Kerangka Konsep ................................................................................... 10

BAB III. MATERI DAN METODE ................................................................... 11

3.1 Objek Penelitian ..................................................................................... 11

3.2 Bahan Penelitian ..................................................................................... 11

3.3 Alat Penelitian ........................................................................................ 11

3.4 Rancangan Penelitian ............................................................................. 11

3.5 Variabel Penelitian ................................................................................. 13

3.6 Cara Pengumpulan Data ......................................................................... 13

3.7 Prosedur Penelitian ................................................................................. 13

3.8 Analisis Data .......................................................................................... 16

3.9 Lokasi dan Waktu Penelitian .................................................................. 18

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ........................................................... 19

4.1 Hasil....................................................................................................... 19

4.2 Pembahasan ........................................................................................... 21

BAB V. SIMPULAN DAN SARAN .................................................................. 24

5.1 Simpulan ................................................................................................ 24

5.2 Saran ...................................................................................................... 24

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 25

vii

DAFTAR TABEL

Nomor Teks Halaman

1. Genotip Monyet Ekor Panjang Di TNB, Jawa Timur dengan Lokus

Mikrosatelit D10S1432 ........................................................................ 20

2. Frekuensi Alel Lokus Mikrosatelit D10S1432 Monyet Ekor Panjang Di

TNB, Jawa Timur ................................................................................. 20

viii

DAFTAR GAMBAR

Nomor Teks Halaman

1. Kerangka Konsep .................................................................................. 10

2. Kerangka Penelitian .............................................................................. 12

3. Alel Lokus D10S1432 ........................................................................... 19

ix

1

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) adalah subfamily dari Old

World Monkey (OWM) yang merupakan monyet asli Asia Tenggara. Monyet ekor

panjang dalam ordo primata memiliki distribusi geografis paling luas setelah

manusia dan Rhesus macaques (Fooden, 1995). Monyet ekor panjang selanjutnya

menyebar di kepulauan selatan Indonesia berjalan dari barat ke timur dengan Jawa

Timur sebagai pintu penyebarannya ke Bali (Wandia, 2007). Monyet ekor panjang

hidup dalam kelompok sosial matrilineal dengan hierarki dominasi betina dan

anggota jantan yang meninggalkan kelompok ketika mencapai pubertas.

Di Jawa Timur terdapat dua Taman Nasional yang merupakan habitat alami

bagi populasi monyet ekor panjang yaitu Taman Nasional Alas Purwo dan Taman

Nasional Baluran. Taman Nasional Alas Purwo dan Taman Nasional Baluran

(TNB) berjarak lebih kurang 100 km (diukur dengan bantuan fasilitas google

map) (https://www.google.co.id/maps) dan terpisah oleh kota-kota kecil diantara

keduanya. Jarak yang cukup jauh ini menjadi faktor yang menjadikan terisolirnya

populasi monyet ekor panjang di tempat ini. Populasi monyet ekor panjang yang

terisolir berisiko tinggi terjadinya inbreeding yang dapat menimbulkan

penyimpangan genetik dan tekanan silang dalam atau inbreeding depression

(Nozawa et al., 1982). Kondisi ini menyebabkan menurunnya diversitas genetik

(Heterozigositas) dalam populasi dan mengancam kelestarian jangka panjang

populasi in situ (Wandia et al., 2009).

Biodiversitas tidak hanya pada tingkat ekosistem dan spesies tapi juga

terdapat pada tingkat genetik. Diversitas genetik suatu populasi dapat

diungkapkan pada tingkat DNA menggunakan marka molekul mikrosatelit yang

merupakan segmen langsung dari genom (Dewi et al., 2013). Pemanfaatan

mikrosatelit ini sendiri sangat membantu dalam mendeteksi keragaman alel pada

populasi atau individu. Selain itu, mikrosatelit memiliki tingkatan polimorfisme

2

yang tinggi sehingga dapat mempelajari struktur genetik suatu populasi dengan

lebih baik, dan mudah didekati melalui teknik PCR (Ellegren et al., 1992).

Polimorfisme genetik adalah variasi struktur genetik dalam suatu populasi.

Struktur genetika suatu spesies mencerminkan biodiversitas pada tingkat yang

paling dasar (Rell et al., 2013). Struktur genetika ini tidak hanya memberikan

informasi tentang biodiversitas pada saat ini, tetapi juga menunjukkan sejarah

kehidupan yang telah dilaluinya, dan kondisi mendatang yang akan dialaminya

(Nozawa et al., 1996). Oleh karena itu, data struktur genetika suatu spesies atau

populasi bukan saja dapat menerangkan sejarahnya, tetapi juga dapat digunakan

sebagai dasar pertimbangan strategi konservasinya (Wandia et al., 2009).

Polimorfisme suatu lokus dalam suatu populasi bervariasi. Hal ini berkaitan

dengan saling bebasnya antar populasi untuk berbagai faktor yang mempengaruhi

keberagaman polimorfisme seperti ukuran populasi efektif, mutasi (penyisipan,

pelepasan, dan penggantian nukleotida), kawin dalam (inbreeding), hanyutan

genetik (genetic drift), dan efek bottlenecks (Avise, 1994; Nozawa et al., 1996; Li,

1997). Fakta ini dibuktikan, salah satunya oleh hasil penelitian Rell (2013) dan

Maharani (2014) yang menganalisis keragaman lokus yang sama pada populasi

yang berbeda. Hasil penelitiannya menemukan bahwa lokus mikrosatelit

D10S1432 di populasi Sangeh memiliki tiga jenis alel (Rell et al., 2013),

sementara lokus mikrosatelit yang sama memiliki empat alel di populasi Taman

Nasional Alas Purwo (Maharani et al., 2014). Dengan kata lain, evolusi suatu

lokus bersifat unik pada suatu populasi, oleh karena itu setiap lokus perlu

dilakukan eksplorasi untuk mengungkap polimorfisme atau variasinya yang

merupakan kekayaan sumber daya genetik. Berdasarkan dari data di atas peneliti

tertarik untuk melakukan penelitian mengenai polimorfisme lokus mikrosatelit

D10S1432 pada populasi monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur.

3

1.2 Rumusan Masalah

1. Berapa jumlah alel yang ditemukan pada lokus mikrosatelit D10S1432 pada

populasi monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur?

2. Berapa frekuensi alel pada lokus mikrosatelit D10S1432 pada populasi

monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur?

3. Berapa heterozigositas lokus mikrosatelit D10S1432 pada populasi monyet

ekor panjang di TNB Jawa Timur?

4. Apakah populasi monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur berada dalam

keseimbangan Hardy-Weinberg (pola kawin)?

1.3 Tujuan Penelitian

1. Untuk mengetahui jumlah alel yang ditemukan pada lokus mikrosatelit

D10S1432 pada populasi monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur.

2. Untuk mengetahui frekuensi alel pada lokus mikrosatelit D10S1432 pada

populasi monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur.

3. Untuk mengetahui heterozigositas lokus mikrosatelit D10S1432 pada

populasi monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur.

4. Untuk menganalisis keseimbangan Hardy-Weinberg (pola kawin).

1.4 Manfaat Penelitian

1. Memberikan informasi mengenai polimorfisme lokus mikrosatelit

D10S1432 pada populasi monyet ekor panjang di TNB Jawa Timur.

2. Memberikan informasi dasar sebagai bahan referensi untuk strategi

konservasi.