Prinsip kerja Kromatografi Gas-Spektroskopi Massa (KG-SM) yaitu, cuplikan diinjeksikankedalam injektor. Aliran gas dari gas pengangkut akan membawa cuplikan yang telah teruapkanmasuk kedalam kolom. Kolom akan memisahkan komponen-komponen dari cuplikan.Komponenkomponen tersebut terelusi sesuai dengan urutan semakin membesarnya nilaikoefisien partisi (K), selanjutnya masuk dalam spektrofotometer massa (MS). Pada spektroskopimassa komponen cuplikan ditembaki dengan berkas elektron dan diubah menjadi ion-ion muatanpositifyangbertenagatinggi(ion-ionmolekuleratauion-ioninduk)dandapatpecahmenjadiionion yang lebih kecil(ion-ion anak pecahan atau ion-ion induk), lepasnya elektron dari molekul/komponen-komponen menghasilkan radikal kation. Ion-ion molekul, ion-ion pecahan, dan ion-ion radikal pecahan dipisahkan oleh ion pembelokan dalam medan magnet yang berubah sesuaidengan massa dan muatannya. Perubahan tersebut menimbulkan arus (arus ion) pada kolektoryang sebanding dengan limpahan relatifnya. Kemudian dicatat sebagai spektra massa yangmerupakan gambaran antara limpahanrelatif dengan rasio massa/muatan (m/e) (Sastrohamidjojo,1985):