Penghambat thrombin indirekIni merupakan penghambat thrombin indirek karena senyawa ini akan berikatan dengan antitrombin yang selanjutnya akan memperkuat inaktivasi factor Xa. Penghambat thrombin indirek contohnya yakini: Heparin tidak terfraksi (Unfractioned heparin), heparin dengan berat molekul rendah (Low Molecular Weight Heparin), dan pentasakarida sinteteik fondaparinux.a. HeparinHeparin adalah suatu campuran heterogen mukopolisakarida bersulfat. Obat ini berikatan dengan permukaan sel endoteliat dan bermacam-macam protein plasma. Aktivitas biologiknya tergantung pada antikoagulan endogen antitrombin. Antitrombin menghambat protease factor pembekuan, terutama thrombin (IIa), IXa, dan Xa, dengan cara membentuk kompleks ekuimolar yang stabil dengan factor tersebut. Bila tidak ada heparin, reaksi ini akan berjalan lambat; sebaliknya bila terdapat heparin maka kecepatan meningkat hingga 1000x lipat. Hanya sepertiga dari molekul dalam preparat heparin komersial yang memiliki efek percepatan tersebut karena molekul sisanya kekurangan pentasakarida yang unik yang diperlikan untuk pengikatan berafinitas tingga dengan antitrombin. Molekul heparin yang aktif terikat erat pada anttrombin dan menyebabkan perubahan struktur penghambat ini. Perubahan struktur antitrombin memajankan bagian aktifnya untuk berinteraksi lebih cepat dengan protease (factor pembekuan darah yang teraktivasi). Fungsi heparin adalah sebagai kofaktor bagi reaksi antitrombin-protease tanpa terkonsumsi. Setelah terbentuk kompleks antitrombin-protease, heparin dilepaskan secara utuh untuk kembali mengikat lebih banyak antitrombin.Daerah ikatan antitrombin pada heparin tidak terfraksi yang komersial mengandung unit disakarida bersulfat berulang yang terbentuk dari asam D-glukosamin-L0iduronat dan asam D-glukosamin-D-glukuronat

b. Aac.