28

BAB 1PENDAHULUAN1.1. Latar BelakangSejak pertama kali dilaporkan pada tahun 2012 dari Saudi Arabia, sekitar 30% dari pasien yang positif terjangkit MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome-Coronavirus) telah meninggal dunia.(1) Dari kasus-kasus yang telah teridentifikasi--pada orang-orang yang baru saja berkunjung ke daerah Timur Tengah-- ditemukan bahwa penyebaran penyakit ini berhubungan secara langsung maupun tidak langsung dengan Timur Tengah, dimana penularan secara human-to-human telah terjadi baik di lingkungan tempat tinggal, tempat bekerja, maupun pelayanan kesehatan. Metode transmisi virus sampai saat ini masih belum diketahui. Virus diduga berasal dari hewan, namun sejauh ini virus belum ditemukan pada spesies hewan apapun. Secara umum infeksi MERS-CoV memiliki gejala seperti pneumonia, namun dapat juga menyebabkan gagal ginjal. Gejala-gejala yang paling sering timbul adalah demam, batuk, dan kesulitan bernapas. Sementara gejala atipikal seperti diare pernah ditemukan pada pasien dengan imunosupresi.(2) Infeksi MERS-CoV menampilkan gambaran gejala yang lebih berat pada pasien dengan penyakit penyerta dan lanjut usia. Sampai saat ini kasus infeksi MERS-CoV telah ditemukan di negara-negara: Saudi Arabia, Qatar, Yordania, the United Arab Emirates (UAE), Oman, Kuwait, Yemen, Lebanon, Iran, Algeria, Inggris, Perancis, Itali, Yunani, Jerman, Belanda, Tunisia, Mesir, Malaysia, Filipina dan Amerika.Berdasarkan bukti-bukti yang ada telah timbul kecurigaan bahwa adanya kontak dengan unta hidup atau produk-produk yang berasal dari unta (susu, daging, dsb.) memiliki peranan dalam transmisi virus yang menjadi penyebab penyakit ini.(3)

BAB 2ANATOMI DAN FISIOLOGISistem respirasi dibedakan menjadi dua saluran yaitu, saluran napas bagian atas dan saluran napas bagian bawah. Saluran napas bagian atas terdiri dari: rongga hidung, faring dan laring. Saluran napas bagias bawah terdiri dari trakea, bronkus, bronkiolus, dan paru-paru.

2.1. Saluran Napas Bagian Atas(4)

Gambar 2.1.1.1 Saluran napas bagian atasSumber: http://intranet.tdmu.edu.ua/data/kafedra/internal/i_nurse/classes_stud

2.1.1 Hidung Hidung adalah saluran pernapasan yang pertama. Ketika proses pernapasan berlangsung, udara yang diinspirasi melalui rongga hidung akan menjalani tiga proses yaitu penyaringan (filtrasi), penghangatan, dan pelembaban. Hidung terdiri atas bagian- bagian sebagai berikut: Bagian luar dinding terdiri dari kulit. Lapisan tengah terdiri dari otot-otot dan tulang rawan. Lapisan dalam terdiri dari selaput lender yang berlipat-lipat yang dinamakan karang hidung ( konka nasalis ), yang berjumlah 3 buah yaitu: konka nasalis inferior, konka nasalis media, dan konka nasalis superior. Diantara konka nasalis terdapat 3 buah lekukan meatus, yaitu: meatus superior, meatus inferior dan meatus media. Meatus-meatus ini yang dilewati oleh udara pernapasan , sebelah dalam terdapat lubang yang berhubungan dengan tekak yang disebut koana. Dasar rongga hidung dibentuk oleh rahang atas ke atas rongga hidung berhubungan dengan rongga yang disebut sinus paranasalis yaitu sinus maksilaris pada rahang atas, sinus frontalis pada tulang dahi, sinus sfenoidalis pada rongga tulang baji, dan sinus etmoidalis pada rongga tulang tapis. Pada sinus etmoidalis keluar ujung-ujung saraf penciuman yang menuju ke konka nasalis . Pada konka nasalis terdapat sel-sel penciuman , sel tersebut terutama terdapat pada di bagian atas. Pada hidung di bagian mukosa terdapat serabut saraf atau reseptor dari saraf penciuman ( nervus olfaktorius ). Di sebelah konka bagian kiri kanan dan sebelah atas dari langit-langit terdapat satu lubang pembuluh yang menghubungkan rongga tekak dengan rongga pendengaran tengah . Saluran ini disebut tuba auditiva eustachi yang menghubungkan telinga tengah dengan faring dan laring. Hidung juga berhubungan dengan saluran air mata atau tuba lakrimalis. Rongga hidung dilapisi dengan membran mukosa yang sangat banyak mengandung vaskular yang disebut mukosa hidung. Lendir di sekresi secara terus-menerus oleh sel-sel goblet yang melapisi permukaan mukosa hidung dan bergerak ke belakang ke nasofaring oleh gerakan silia.2.1.2 Faring Merupakan pipa berotot yang berjalan dari dasar tengkorak sampai persambungannya dengan esofagus pada ketinggian tulang rawan krikoid. Berdasarkan letaknya faring dibagi menjadi: Nasofaring terletak tepat di belakang cavum nasi , di bawah basis crania dan di depan vertebrae cervicalis I dan II. Nasofaring membuka bagian depan ke dalam cavum nasi dan ke bawah ke dalam orofaring. Tuba eusthacius membuka ke dalam didnding lateralnya pada setiap sisi. Pharyngeal tonsil (tonsil nasofaring) adalah bantalan jaringan limfe pada dinding posteriosuperior nasofaring. OrofaringMerupakan pertemuan rongga mulut dengan faring,terdapat pangkal lidah). Orofaring adalah gabungan sistem respirasi dan pencernaan , makanan masuk dari mulut dan udara masuk dari nasofaring dan paru. Laringofaring(terjadi persilangan antara aliran udara dan aliran makanan)Laringofaring merupakan bagian dari faring yang terletak tepat di belakang laring, dan dengan ujung atas esofagus.

2.1.3 Laring Saluran udara dan bertindak sebagai pembentuk suara. Pada bagian pangkal ditutup oleh sebuah katup yang disebut epiglottis, yang terdiri dari tulang-tulanng rawan yang berfungsi ketika menelan makanan dengan menutup laring. Terletak pada garis tengah bagian depan leher, sebelah dalam kulit, glandula tyroidea, dan beberapa otot kecil, dan di depan laringofaring dan bagian atas esofagus. Cartilago / tulang rawan pada laring ada 5 buah, terdiri dari sebagai berikut: Cartilago thyroidea 1 buah di depan jakun ( Adams apple) dan sangat jelas terlihat pada pria. Berbentuk V, dengan V menonjol kedepan leher sebagai jakun. Ujung batas posterior diatas adalah cornu superior, penonjolan tempat melekatnya ligamen thyrohyoideum, dan dibawah adalah cornu yang lebih kecil tempat beratikulasi dengan bagian luar cartilago cricoidea. Cartilago epiglottis 1 buah. Cartilago yang berbentuk daun dan menonjol keatas dibelakang dasar lidah. Epiglottis ini melekat pada bagian belakang V cartilago thyroideum. Plica aryepiglottica, berjalan kebelakang dari bagian samping epiglottis menuju cartilago arytenoidea, membentuk batas jalan masuk laring. Cartilago cricoidea 1 buah yang berbentuk cincin. Cartilago berbentuk cincin signet dengan bagian yang besar dibelakang. Terletak dibawah cartilago tyroidea, dihubungkan dengan cartilago tersebut oleh membrane cricotyroidea. Cornu inferior cartilago thyroidea berartikulasi dengan cartilago tyroidea pada setiap sisi. Membrana cricottrakeale menghubungkan batas bawahnya dengan cincin trakea I. Cartilago arytenoidea 2 buah yang berbentuk beker. Dua cartilago kecil berbentuk piramid yang terletak pada basis cartilago cricoidea. Plica vokalis pada tiap sisi melekat dibagian posterio sudut piramid yang menonjol kedepan Laring dilapisi oleh selaput lendir, kecuali pita suara dan bagian epiglottis yang dilapisi oleh sel epitel berlapis.

2.2. Saluran Napas Bagian Bawah(4,5)

Gambar 2.2.1 Saluran napas bagian bawahSumber: http://www.studyblue.com/notes/note/n/chapter-22/deck/30765522.2.1 TrakeaMerupakan tabung fleksibel dengan panjang kira-kira 10 cm dengan lebar 2,5 cm. trakea berjalan dari cartilago cricoidea kebawah pada bagian depan leher dan dibelakang manubrium sterni, berakhir setinggi angulus sternalis (pertautan antara manubrium dengan corpus sterni) atau sampai kira-kira ketinggian vertebrata torakalis kelima dan di tempat ini bercabang menjadi dua bronkus (bronchi). Trakea tersusun atas 16 - 20 setengah lingkaran yang berupa cincin tulang rawan yang diikat bersama oleh jaringan fibrosa dan yang melengkapi lingkaran disebelah belakang trakea, selain itu juga membuat beberapa jaringan otot.2.2.2 Bronkus Bronkus yang terbentuk dari belahan dua trakea pada ketinggian kira-kira vertebrata torakalis kelima, mempunyai struktur serupa dengan trakea dan dilapisi oleh.jenis sel yang sama. Bronkus-bronkus itu berjalan ke bawah dan kesamping ke arah tampuk paru. Bronckus kanan lebih pendek dan lebih lebar, dan lebih vertikal daripada yang kiri, sedikit lebih tinggi darl arteri pulmonalis dan mengeluarkan sebuah cabang utama lewat di bawah arteri, disebut bronckus lobus bawah. Bronkus kiri lebih panjang dan lebih langsing dari yang kanan, dan berjalan di bawah arteri pulmonalis sebelurn di belah menjadi beberapa cabang yang berjalan kelobus atas dan bawah. Cabang utama bronkus kanan dan kiri bercabang lagi menjadi bronkus lobaris dan kernudian menjadi lobus segmentalis. Percabangan ini berjalan terus menjadi bronkus yang ukurannya semakin kecil, sampai akhirnya menjadi bronkhiolus terminalis, yaitu saluran udara terkecil yang tidak mengandung alveoli (kantong udara). Bronkhiolus terminalis memiliki garis tengah kurang lebih 1 mm. Bronkhiolus tidak diperkuat oleh cincin tulang rawan. Tetapi dikelilingi oleh otot polos sehingga ukurannya dapat berubah. Seluruh saluran udara ke bawah sampai tingkat bronkbiolus terminalis disebut saluran penghantar udara karena fungsi utamanya adalah sebagai penghantar udara ke tempat pertukaran gas paru-paru, yaitu alveolus.

2.2.3 Paru-Paru

Gambar 2.2.3.1 Paru-paruSumber: http://faculty.stcc.edu/AandP/AP/AP2pages/Units21to23/respiration/lower.htm Merupakan sebuah alat tubuh yang sebagian besar terdiri atas gelembung-gelembung kecil ( alveoli ). Alveolus yaitu tempat pertukaran gas terdiri dari bronkhiolus respiratorius yang memiliki kantong udara kecil atau alveoli pada dindingnya. Ductus alveolaris seluruhnya dibatasi oleh alveoilis dan sakus alveolaris terminalis merupakan akhir paru-paru, asinus atau.kadang disebut lobolus primer memiliki tangan kira-kira 0,5 s/d 1,0 cm. Terdapat sekitar 20 kali percabangan mulai dari trakea sampai Sakus Alveolaris. Alveolus dipisahkan oleh dinding yang dinamakan pori-pori kohn. Paru-paru dibagi menjadi dua bagian, yaitu paru-paru kanan yang terdiri dari 3 lobus ( lobus pulmo dekstra superior, lobus pulmo dekstra media, lobus pulmo dekstra inferior) dan paru-paru kiri yang terdiri dari 2 lobus ( lobus sinistra superior dan lobus sinistra inferior). Tiap-tiap lobus terdiri dari belahan yang lebih kecil yang bernama segmen. Paru-paru kiri memiliki 10 segmen yaitu 5 buah segmen pada lobus superior dan lima lobus inferior. Paru-paru kiri juga memiliki 10 segmen, yaitu 5 buah segmen pada lobus superior, 2 buah segmen pada lobus medialis, dan 3 segmen pada lobus inferior. Tiap-tiap segmen masih terbagi lagi menjadi belahan-belahan yang bernama lobulus. Letak paru-paru di rongga dada datarnya menghadap ke tengah rongga dada / kavum mediastinum.. Pada bagian tengah terdapat tampuk paru-paru atau hilus. Pada mediastinum depan terletak jantung. Paru-paru dibungkus oleh selapus tipis yang pernama pleura . Pleura dibagi menjadi dua yaitu pleura visceral (selaput pembungkus) yaitu selaput paru yang langsung membungkus paru-paru dan pleura parietal yaitu selaput yang melapisi rongga dada sebelah luar. Antara kedua lapisan ini terdapat rongga kavum yang disebut kavum pleura. Pada keadaan normal, kavum pleura ini vakum/ hampa udara. Suplai DarahSetiap arteria pulmonalis, membawa darah deoksigenasi dari ventrikel kanan jantung, memecah bersama dengan setiap bronkus menjadi cabang- cabang untuk lobus, segmen dan lobules. Cabang-cabang terminal berakhir dalam sebuah jaringan kapiler pada permukaan setiap alveolus. Jaringan kapiler ini mengalir ke dalam vena yang secara progresif makin besar, yang akhirnya membentuk vena pulmonalis, dua pada setiap sisi, yang dilalui oleh darah yang teroksigenasi ke dalam atrium kiri jantung. Artheria bronchiale yang lebih kecil dari aorta menyuplai jaringan paru dengan darah yang teroksigenasi.

Gambar2.2.3.2. Vaskularisasi paruSumber: http://inness.blog112.fc2.com/blog-entry-1550.html

BAB 3MERS-CoV

3.1. Pengertian MERS-CoVMERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome-Coronavirus) adalah virus yang termasuk dalam spesies coronavirus dan terletak dalam sub-family yang sama dengan SARS-coronavirus. Secara genetik kerabat paling dekat dari MERS-CoV yang telah ditemukan sampai saat ini merupakan coronavirus yang berasal dari kelelawar, sehingga menimbulkan kecurigaan bahwa MERS-CoV juga berasal dari kelelawar. Ada juga bukti-bukti yang mengarahkan bahwa virus MERS-CoV ditransmisikan melalui kontak dengan unta atau kambing, namun sampai sekarang belum ada data pasti yang mendukung teori tersebut.

Gambar 3.1. Filogenetik sub-family coronavirusSumber: http://jvi.asm.org/content/87/14/7790/F1.expansion.html

3.2 MERS-CoV dan SARS-CoVDitinjau dari kemiripan pola penyebaran dan reservoir asal antara MERS-CoV dan SARS-CoV, penelitian-penelitian difokuskan pada pembandingan MERS-CoV dengan SARS-CoV yang secara biologi molekular telah dipahami. Penelitian dibidang infeksi menunjukan bahwa MERS-CoV tidak terikat pada reseptor yang sama dengan SARS-CoV, yaitu angiotensin converting enzym 2 (ACE2), dan bahwa MERS-CoV memiliki host yang sebarannya lebih luas dibandingkan SARS-CoV. Struktur genom MERS-CoV memiliki kemiripan dengan coronavirus lainnya, dengan dua per tiga band 5' mengkode protein non-struktural (NSPs) yang dibutuhkan untuk replikasi genom virus, dan satu per tiga band 3' sisanya mengkode gen-gen struktural yang membentuk virion virus (spike, selubung, membran, dan protein nukleokapsid) dan empat gen aksesoris lainnya.Terdapat satu kesamaan antara MERS-CoV dengan SARS-CoV dimana keduanya memiliki kemampuan untuk menghambat respons interferon tipe I (IFN) pada sel yang terinfeksi. Namun, MERS-CoV ditemukan jauh lebih sensitif terhadap terapi IFN tipe exogenous dibanding SARS-CoV dimana fakta ini mungkin penting dalam patogenesis infeksi MERS-CoV. Beberapa protein yang dikode oleh SARS-CoV berfungsi sebagai antagonis innate immune signaling, dan MERS-CoV juga mengkode beberapa antagonis IFN.

Gambar 3.2.1 Perbedaan SARS-CoV dan MERS-CoVSumber: http://virologytidbits.blogspot.com/2014/04/sars-cov-v-mers-cov-differences-and.html3.3 Infeksi MERS-CoVMERS-CoV telah terbukti dapat menginfeksi sel-sel manusia, primata, babi, dan kelelawar. Dari penelitian ex-vivo infeksi kultur sel epitel paru dan saluran napas manusia didapatkan sel alveolar tipe II dan sel epitel paru tak bersilia (sel Clara) sebagai target dari infeksi, bukan sel epitel bersilia yang mengeksprsikan ACE2 seperti target infeksi SARS-CoV. Menariknya, pada setidaknya satu kasus, MERS-CoV juga menginfeksi sel endotel, menunjukan perbedaan mencolok dengan SARS-CoV yang secara spesifik menginfeksi sel epitel bersilia di paru-paru. Reseptor MERS-CoV baru-baru ini diidentifikasi sebagai dipeptidyl peptidase 4 (DPP4) oleh analisis spektrometri massa in vitro dari ikatan protein sel Huh7 pada protein spike MERS-CoV. Dari eksperimen-eksperimen yang ada, DPP4 terbukti dibutuhkan untuk infeksi ke sel dan memiliki fungsi beragam dalam homeostatis glukosa, aktivasi T-cell, fungsi neurotransmitter, dan modulasi signal jantung. Inhibisi fungsi enzimatik dari DPP4 tidak mempengaruhi proses entry virus pada in vitro, namun peran aktivitas enzimatik DPP4 belum diteliti secara in vivo.Analisis transkripsional dari sel yang terinfeksi MERS-CoV telah menunjukan beberapa jalur spesifik yang termodulasi selama infeksi berlangsung. MERS-CoV ditemukan memodulasi respons imun innate, presentasi antigen, mitogen-activated protein kinase (MAPK), dan jalur apoptosis. Inhibisi jalur MAPK menghasilkan penurunan replikasi virus pada kultur, mengarah ke potensi terapi. Lebih penting lagi, beberapa studi menemukan MERS-CoV, mirip dengan SARS-CoV, tidak menginduksi respons awal IFN tipe I, menimbulkan dugaan bahwa MERS-CoV mungkin mengkode protein-protein yang menghambat pendeteksian sistem imun tubuh host terhadap RNA virus selama infeksi. Modulasi dari jalur-jalur ini mungkin dapat menjadi jawaban penyebab meningkatnya lethalitas infeksi MERS-CoV.(6)

3.4 EPIDEMIOLOGISejak bulan maret 2012 hingga maret 2014 telah dicatat oleh WHO terdapat 206 kasus yang terinfeksi MERS-CoV, termasuk 86 orang yang meninggal.

Distribusi penyakit MERS terdapat kasus primer dan sekunder. Kasus primer merupakan orang yang terinfeksi langsung oleh virus tersebut bukan dari orang lain, lebih banyak menginfeksi orang yang lebih tua dan ber jenis kelamin laki-laki dibanding kasus sekunder. Kasus sekunder merupakan orang yang terinfeksi MERS-CoV dari orang lain yang terinfeksi virus tersebut.Sejauh ini, kasus primer hanya ditemukan di negara timur tengah yaitu Jordan, Kuwait, Oman, Qatar, Saudia Arabia, dan United Arab Emirates (UAE). Selain itu, negara lain yang terinfeksi MERS-CoV adalah Perancis, Jerman, Itali, United Kingdom, Tunisia, Afrika Utara yang kebanyakan merupakan kasus sekunder dari transmisi negara timur tengah.

Penyebaran Mers di IndonesiaVirus mers menyebar ke Indonesia melalui Jemaah haji atau umroh yang pulang dari arab Saudi, namun pemerintah telah melakukan pemeriksaan kepada para Jemaah haji atau umroh yang pulang dengan gejala demam dan batuk, dan sampai saat ini didapatkan hasil negative, sepanjag januari 30 april, pasien dengan suspek MERS dinyatakan negative setelah dilakukan pemeriksaan polymerase charin reaction (PCR).3.5 MANIFESTASI KLINIS ISPA (Infeski Pernafasan Akut) : Demam 38 C, sakit tenggorokan, batuk, sesak nafas/nafas cepat Pneumonia berat Pasien remaja atau dewasa dengan demam, batuk, frekuensi pernapasan > 30x/menit, gangguan pernapasan berat Diare (jarang ditemukan dalam kasus)

3.6 DIAGNOSIS Anamnesis : demam > 38C, batuk dan sesak, ditanyakan pula riwayat berpergian dari negara timut tengah 14 hari sebelum onset Pemeriksaan Fisis: sesuai dengan gambaran Pneumonia Radiologi : Foto thoraks dapat ditemukan infiltrat, konsolidasi sampai gambaran ARDSLaboratorium : ditentukan dari pemeriksaan PCR dari swab tenggorok dan sputum.Berdasarkan data yang didapat, masa inkubasi MERS-CoV berkisar antara 2-14 hari.Pasien dengan penyakit komorbid biasanya akan lebih mudah terinfeksi MERS-CoV dan selanjutnya menunjukan gejala yang lebih berat.(7)KomorbidPresentase

Diabetes68%

Penyakit ginjal kronik49%

Penyakit jantung kronik28%

Hipertensi34%

Penyakit paru kronik26%

Tabel 3.6.1. Presentase penyakit komorbid pasien infeksi MERS-CoVSumber: Pedoman Umum Kesiapsiagaan Menghadapi MERS-Depkes (2013)MERS-CoV menyerang orang pada usia 2-94 tahun dengan presentase kasus 64% terjadi pada pria.

Merujuk dari definisi WHO, kasus MERS-CoV dapat diklasifikasikan menjadi:1. Kasus dalam penyelidikan (underinvestigated case)a) Seseorang dengan infeksi saluran napas akut dan tiga gejala di bawah ini: demam (380C) atau ada riwayat demam batuk pneumonia berdasarkan gambaran klinis atau radiologis yang membutuhkan perawatan di rumah sakitPerlu waspada pada pasien dengan gangguan sistem imun (immunocompromised) karena gejala dan tanda tidak jelas.DAN

salah satu dari kriteria berikut:1) Memiliki riwayat perjalanan ke Timur Tengah (negara terjangkit) dalam waktu 14 hari sebelum sakit kecuali ditemukan etiologi /penyebab penyakit lain.2) Adanya petugas kesehatan yang sakit dengan gejala yang sama setelah merawat pasien ISPA berat (SARI/Severe Acute Respiratory Infection), terutama pasien yang memerlukan perawatan intensif, tanpa memperhatikan tempat tinggal atau riwayat berpergian, kecuali ditemukan etiologi/penyebab penyakit lain.3) Adanya klaster pneumonia (gejala penyakit yang sama) dalam periode 14 hari, tanpa memperhatikan tempat tinggal atau riwayat bepergian, kecuali ditemukan etiologi/penyebab penyakit lain.4) Adanya perburukan perjalanan klinis yang mendadak meskipun dengan pengobatan yang tepat, tanpa memperhatikan tempat tinggal atau riwayat bepergian, kecuali ditemukan etiologi/ penyebab penyakit lain.b) Seseorang dengan Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA) ringan sampai berat yang memiliki riwayat kontak erat dengan kasus konfirmasi atau kasus probable infeksi MERS-CoV dalam waktu 14 hari sebelum sakit.2. Kasus Probabela) Seseorang dengan pneumonia atau ARDS dengan bukti klinis, radiologis atau histopatologis DAN Tidak tersedia pemeriksaan untuk MERS-CoV atau hasil laboratoriumnya negative pada satu kali pemeriksaan spesimen yang tidak adekuat.DAN Adanya hubungan epidemiologis langsung dengan kasus konfirmasi MERS-CoV.

b) Seseorang dengan pneumonia atau ARDS dengan bukti klinis, radiologis atau histopatologis DAN Hasil pemeriksaan laboratorium inkonklusif (pemeriksaan skrining hasilnya positif tanpa konfirmasi biomolekular).DAN Adanya hubungan epidemiologis langsung dengan kasus konfirmasi MERS-CoV.3. Kasus KonfirmasiSeseorang yang terinfeksi MERS-CoV dengan hasil pemeriksaan laboratorium positif.(8)

--Pemeriksaan Laboratorium Spesimen klinis rutin (kultur mikroorganisme sputum dan darah) pada pasien dengan pneumonia, idealnya sebelum penggunaan antibiotik. Spesimen dari saluran napas atas (hidung, nasofaring dan/ atau swab tenggorokan) dan saluran napas bagian bawah (sputum, aspirat endotrakeal, bilasan bronkoalveolar) dan dilakukan pemeriksaan virus influenza A dan B,virus influenza A subtipe H1, H3, dan H5 di negara-negara dengan virus H5N1 ditemukan pada unggas (peternakan); RSV, virus parainfluenza, rhinoviruses, adenonviruses, metapneumoviruses manusia, dan corona virus baru.Pemeriksaan spesimen coronavirus baru dilakukan dengan menggunakan reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) spesimen dikirim ke Laboratorium Badan Litbangkes RI Jakarta. Ambil spesimen serial dari beberapa tempat dalam waktu beberapa hari (setiap 2-3 hari) untuk melihat Viral shedding.Dilakukan juga: - pemeriksaan darah untuk menilai viremia, - swab konjungtiva jika terdapat konjungtivitis, - urin, - tinja, - cairan serebrospinal jika dapat dikerjakanData selama ini menunjukkan bahwa spesimen saluran napas bawah cenderung lebih positif daripada spesimen saluran napas atas.

3.7 Perjalanan penyakit Infeksi MERS-CoVTabel 3.7. Perjalanan penyakit Infeksi MERS-CoVInfeksi Pernapasan akut (ISPA)

Demam > 38 C sakit tenggorokan, batuk, sesak/napas cepat Kriteria napas cepat pada anak : Usia < 2 bulan : 60 x/menit atau lebih Usia 2-