7/29/2019 Lesson 3 & Lesson 4

1/4

Lesson 3 Gel Electrophoresis of Amplified PCR Samples

1. Explain the difference between an intron and an exon.

Intron merupakan sekuen DNA yang tidak mengkode protein, sementara Exon

adalah sekuen DNA yang mengkode protein

2. Why do the two possible PCR products differ in size by 300 base pairs?

Karena terdapat kemungkinan adanya sekuen Alu yang dapat menambah

panjang ukuran DNA sebesar 300 pasang basa.

3. Explain how agarose electrophoresis separates DNA fragments. Why does a

smaller DNA fragment move faster than a larger one?

Karena fragmen yang berukuran kecil memiliki berat molekul yang lebih kecil

pula sehingga lebih mudah untuk bermigrasi dan tidak tertahan dalam matriks

gel agarosa.

4. What kind of controls are run in this experiment? Why are they important?

Could others be used?

Kontrol homozigot +/+ untuk sampel DNA yang memiliki sekuen Alu. Kontrol

homozigot -/- untuk sampel DNA yang tidak memiliki sekuen Alu. Kontrol

homozigot +/- untuk sampel DNA yang memiliki sekuen Alu pada

kromosomnya, tetapi tidak memiliki sekuen Alu pada pasangan kromosomnya.

Kontrol sangat penting karena digunakan sebagi pembanding untuk memeriksa

sampel yang belum diketahui hasilnya.

Lesson 4 Ana1ysis and Interpretation of Results

1. What is your genotype for the Alu insert in your PV92 region?

Untuk sampel yang berasal dari darah terdapat sekuen Alu pada keduanya

(homozigot +/+), begitu juga dengan sampel yang bersal dari mukosa pipi.

2. What are the genotypic frequencies of +/+, +/-, and -1- in your class

population? Fill in the table below with your class data.

7/29/2019 Lesson 3 & Lesson 4

2/4

Table 1. Observed Genotypic Frequencies for the Class

Kategori Jumlah Frekuensi (#genotipe/total)

Homozigous (+/+) 6 6/7

Heterozigous (+/) 1 1/7

Homozigous (/) 0 0

Total 7 1

3. What is the frequency of each allele in your class sample? Fill in the table

below with your class data. Remember, a class of 32 students (N) will have

a total of 64 (2N) instances of each locus.

Table 2. Calculated Allelic Frequencies for the Class

Kategori Jumlah Frekuensi

(+) alel 13 0.93

() alel 1 0.07

Total = 14 = 1,00

4. The following table presents data from a USA-wide random population study.

Table 3. Genotypic Frequencies for Alu in a USA Sample

Category Number Frequency

Homozygous (+/+) 2,422 0.24

Heterozygous (+/-) 5,528 0.55

Homozygous (-1-) 2,050 0.21

Total = 10,000 =1.00

Table 4. Calculated Allelic Frequencies for USA

Category Number Frequenc

y

(+) alleles 10,372 p = 0.52

7/29/2019 Lesson 3 & Lesson 4

3/4

(-) alleles 9,628 q = 0.48

Total alleles = 20,000 =1.00

5. How do your actual class data for genotypic and allelic frequencies compare

with those of the random sampling of the USA population? Would you expect

them to match? What reasons can you think of to explain the differences or

similarities?

Probability populasi kelas tidak sama dengan populasi masyarakat USA.

Populasi kelas berasal dari sampel yang kecil, sedangkan populasi masyarakat

USA berasal dari sampel yang besar sehingga lebih representative dalam

frekuensinya dan lebih heterogen.

6. Using the values for p and q that you calculated in Table 2 for your class

population, calculate p2, 2pq, and q2. Do they come out to be the same as the

genotype frequencies that you found in Table 1? If they do, your class

resembles a Hardy-Weinberg genetic equilibrium. If your observed (actual)

genotype frequencies are not the same as the expected values, what might be

some of the reason(s) for the difference?

Berdasarkan tabel 1, frekuensi genotif tidak sesuai dengan p2, 2pq, and q2, hal

ini karena kondisi kelas terlalu kecil untuk bisa menggambarkan keseimbangan

Hardy-Weinberg. Selain itu dalam kelas juga tidak terjadi perkawinan acak

yang dapat menghasilkan keturunan untuk generasi berikutnya.

7. Using the values for p and q that you calculated in Table 4 for the USA

population sample, calculate p2, 2pq, and q2. Do they come out to be the same

as the genotype frequencies that you found in Table 3? Does this USA-wide

sample suggest that the population of the USA is in Hardy-Weinberg

equilibrium?

Sampel populasi masyarakat USA seperti cukup representative untuk

menggambarkan keseimbangan frekuensi genetik. Seperti diketahui,

keseimbangan Hardy-Weinberg terjadi bila tidak terjadi perkawinan acak

7/29/2019 Lesson 3 & Lesson 4

4/4

yang dapat menghasilkan keturunan untuk generasi berikutnya dan tidak ada

migrasi pada populasi tersebut. Keseimbangan Hardy-Weinberg hanya sebuah

teori, yang mungkin pada populasi yang ada di alam tidak dapat dijumpai,

tetapi teori ini berguna untuk evaluasi dan prediksi kestabilan genetik pada

populasi di alam.