Klasifikasi dan Penamaan Mikroorganisme

Penelaahan mengenai organisme untuk menetapkan suatu sistem klasifikasi yang mencerminkan dengan sebaik-baiknya semua kesamaannya dan kelainannya itu dinamakan taksonomi.

- Klasifikasi Mikroorganisme                 Taksonomi ialah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematik organisme ke dalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal : takson). Kegiatan pengklasifikasian, penamaan, dan pengidentifikasian disebut sistematika mikrobe. Proses tersebut yaitu :

1.       Taksonomi (klasifikasi), yaitu penataan teratur unit-unit ke dalam kelompok satuan yang lebih besar.

2.       Nomenklatur, yaitu penamaan satuan-satuan u=yang dicirikan dan dibatasi oleh klasifikasi.3.       Identifikasi, yaitu penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk klasifikasi dan nomenklatur

tersebut di atas untuk mengidentifikasi mikroorganisme dengan membanding-bandingkan ciri-ciri yang ada pada satuan yang belum diketahui dengan satuan-satuan yang sudah dikenal.

Sistem klasifikasi ialah mengelompokkan organisme dengan sedemikian rupa, sehingga mencerminkan semua kesamaan maupun perbedaannya. Sebelum tahun 1700, para ahli biologi memisahkan dunia kehidupan menjadi 2 (dua), yaitu Animalia dan Plantae. Tahun 1750-an Carolus Linnaeus seorang naturalis dari Swedia, membagi lagi kedua dunia tersebut menjadi pengelompokan yang dapat diidentifikasi dan yang berkerabat. Dimana skema Lennaeus ini masih digunakan sampai sekarang yaitu nomenklatur sistem biner (dua bagian).

- Konsep Mengenai Spesies

                Spesies adalah satuan atau kelompok dasar dalam semua sistem klasifikasi organisme, termasuk mikroorganisme. Spesies didefinisikan sebagai suatu kelompok individu yang berkerabat dekat yang:

1.       Dapat dibedakan dari individu-individu kelompok lain yang serupa2.       Semuanya dapat saling dipertangkarkan (interbreeding) dengan anggota-anggota lain dalam

kelompok tersebut.

- Kategori Taksonomi (Taksa)

                Sistem klasifikasi biologi didasarkan pada hierarki taksonomi atau penataan kelompok atau kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dan dunia di ujung lainnya dalam urutan sebagai berikut :

-          Spesies, yaitu sekelompok organisme berkerabat dekat (untuk tujuan kita jasad renik) yang individu-individunya di dalam kelompok itu serupa dalam bagian terbesar ciri-cirinya.

-          Genus, yaitu sekelompok spesies yang serupa.-          Famili, yaitu sekelompok genus yang serupa.-          Ordo, yaitu sekelompok famili yang serupa.-          Kelas, yaitu sekelompok ordo yang serupa.-          Filum atau divisi, yaitu sekelompok kelas yang berkerabat.-          Dunia, yaitu seluruh organisme di dalam hierarki ini.

- Penamaan Mikroorganisme-Nomenklatur Sistem Biner                Mikroorganisme, dimana bentuk-bentuk kehidupan yang lainnya selalu diberi nama berdasarkan nomenklatur sistem biner. Tujuan utama suatu nama ialah uentuk memberi cara pengacuan suatu mikroorganisme, namun bukan untuk memeriksanya. Setiap organisme ditandai dengan nama genus dan epitet spesies (berasal dari bahasa Latin atau dilatinkan). Nama genus selalu ditulis dengan huruf besar dan epitet spesies selalu ditulis dengan huruf kecil. Kedua komponen tersebut disebut nama ilmiah (genus dan epitet spesies) dan selalu dicetak miring, misalnya Neisseria gonorrhoeae, yaitu bakteri yang menyebabkan penyakit gonorea.

- Kode (Sandi) Nomenklatur

                Awal tahun 1900 para ahli botani dan zoologi membuat suatu peraturan yang diterima secara internasional untuk penamaan organisme dan diikuti oleh para biologiwan di semua negara, dengan tujuan agar memperoleh penamaan yang konsisten dan seragam bagi organisme. Sandi Internasional untuk Nomenklatur Zoologi untuk pertama kali diterbitkan pada tahun 1901, sedangkan Sandi Internasional untuk Nomenklatur Botani untuk pertama kali terbit pada tahun 1906. Tahun 1947 Gabungan Internasional Perhimpunan Mikrobiologi memakai Sandi Internasional untuk Bakteri dan Virus. Dimana pada saat ini dikenal dengan Kode Internasional Nomenklatur Bakteri, secara sinambung dimodifikasi dalam suatu usaha untuk memperbaiki dan menjelaskan peraturan dan pengaturannya. Edisi yang paling mutakhir diterbitkan pada tahun 1975.

- Prinsip Nomenklatur

                Beberapa prinsip umum yang mendasari sandi-sandi dalam zoologi, botani, dan bakteriologi yaitu :

1.       Setiap macam organisme yang nyata disebut sebagai spesies.2.       Spesies ditandai dengan kombinasi biner Latin, dengan tujuan untuk memberinya label yang

seragam dan dipahami secara Internasional.3.       Nomenklatur organisme diatur oleh organisasi pengawas internasional yang sesuai “the

Internasional Association of Microbiological Societies”.4.       Hukum prioritas menjamin penggunaan nama sah tertua yang tersedia bagi suatu organisme.

Nama yang pertama diberikan kepada mikroorganisme itulah nama yang benar, asalkan mengikuti prosedur yang semestinya.

5.       Penunjukkan kategori diperlukan untuk klasifikasi organisme.6.       Kriteria ditetapkan untuk pembentukan dan publikasi nama-nama yang baru.

Nama Ilmiah dan Nama Umum                Beberapa contoh organisme yang disebut dengan nama umum dan nama ilmiah, yaitu :

NAMA UMUM                                                  NAMA ILMIAHAnjing                                                                   Canis familiarisLalat rumah                                                        Musca domesticaOak putih                                                            Quercus albaKapang roti                                                         Neurospora crassaGonokokus                                                         Neisseria gonorrhoeaeBasil tuberkulosa                                              Mycobacterium tuberculosis

                Keuntungan menggunakan nama-nama umum ialah untuk memudahkan dalam berkomunikasi yang lebih efektif antara dokter dan pasien.

- Perkembangan Mutakhir dalam Taksonomi Mikrobe

                Dua perkembangan yang relatif baru telah muncul untuk digunakan dalam taksonomi mikrobe dengan berbagai cara akan membuat keputusan-keputusan yang lebih obyektif. Kedua taksonomi itu adalah :

1.       Tasonomi NumerisTaksonomi numeris sering disebut juga taksonomi komputer. Taksonomi numeris

mensyaratkan tersedianya sejumlah besar informasi mengenai mikroorganisme yang bersangkutan, sebanyak mungkin informasi mengenai ciri-ciri yang tidak berkaitan yang mungkin diperoleh. Setiap ciri diberi bobot yang sama dalam membentuk taksa.

Taksonomi numeris mempunyai dua keuntungan. Pertama, dapat dibuat objektif yaitu prasangka (bias) taksonomiwan tidak terbawa di dalam prosedur, sehingga hasilnya tidak terbuka untuk dipertentangkan. Kedua, bahwa hasil penemuannya dapat diulang-ulang yaitu taksonomiwan yang lain yang mengikuti prosedur yang sama dengan data yang sama akan memperoleh hasil yang sama pula.

2.       Taksonomi GenetikBahan genetik bakteri yaitu DNA. Derajat kekerabatan atau kesamaan DNA pada

berbagai mikroorganisme dapat ditentukan dengan percobaan hibridisasi. Dalam teknik ini utasan tunggal DNA mikroorganisme dipertemukan dengan utasan tunggal DNA mikroorganisme yang lain. Derajat kembali utasan-utasan tunggal ini mencerminkan derajat kesamaannya.

- Pengubahan Konsepsi Taksonomi

                Contoh yang menggambarkan sifat beberapa perubahan yang terjadi dalam penataan taksonomi, yaitu:                Bergey’s manual of Determinative Bacteriology, edisi ke 8 (1974) merupakan sumber informasi yang secara umum diterima bagi taksonomi bakteri. Diterbitkan tahun 1923, dengan memasukkan berbagai jumlah spesies untuk berbagai genus.                Beberapa ahli mikrobiologi yang bekerja dalam bidang taksonomi disebut sebagai “pemecah”, mereka menetapkan spesies-spesies baru berdasarkan perbedaan-perbedaan yang kecil saja diantara kelompok yang berkerabat. Mikrobiologi lain yang menekuni taksonomi dinamakan “pemersatu”, mereka tidak menganggap perbedaan-perbedaan kecil itu cukup untuk mendirikan spesies-spesies yang baru.

MORFOLOGI DAN STRUKTUR BAKTERI

Nama bakteri berasal dari kata "bakterion" (bahasa Yunani) yang berarti tongkat atau batang. Sekarang nama itu dipakai untuk menyebut sekelompok mikroorganisme yang bersel satu, berkembang biak dengan pembelahan diri dan hanya dapat dilihat dengan alat bantu berupa mikroskop.

A. Morfologi Bakteri

1. Bentuk Bakteri Sel-sel bakteri memiliki beberapa bentuk. Menurut morfologinya bakteri dapat dibedakan menjadi 3 bentuk utama, yaitu:

a. Bakteri berbentuk bulat (Coccus)Bakteri berbentuk bulat atau bola dinamakan kokus (Coccus), dibedakan menjadi:

1) Monokokus (Monococcus), yaitu bakteri berbentuk bola tunggal, misalnya Neisseria gonorrhoeae, penyebab penyakit kencing nanah.2) Diplokokus (Diplococcus), yaitu bakteri berbentuk bola yang bergandengan dua-dua, misalnya Diplococcus pneumoniae, penyebab penyakit pneumonia atau radang paru-paru. 3) Streptokokus (Streptococcus), yaitu bakteri bentuk bbola yang berkelompok memanjang membentuk rantai. 4) Sarkina (Sarcina), yaitu bakteri berbentuk bola yang berkelompok empat-empat sehingga bentuknya mirip kubus. 5) Stafilokokus (Stafilococcus), yaitu bakteri berbentuk bola yang berkoloni membentuk sekelompok sel tidak teratur, sehingga bentuknya mirip dompolan buah anggur.

b. Bakteri berbentuk Batang (Bacillus) Bentuk basilus dapat dibedakan atas: 1) Basil tunggal (Monobasil), yaitu bakteri yang hanya berbentuk satu batang tunggal, misalnya Salmonella typhi penyebab penyakit tifus. 2) Diplobasil, yaitu bakteri berbentuk batang yang bergandengan dua-dua.3) Streptobasil, yaitu bakteri berbentuk batang yang bergandengan dua-dua.4) Streptobasil, yaitu bakteri berbentuk batang yang bergandengan memanjang membentuk rantai benang panjang, misalnya Bacillus anthracis penyebab penyakit antraks. c. Bakteri berbentuk spiral (Spirillum)Bakteri berbentuk melilit atau spiral ada tiga macam bentuk spiral, yaitu sebagai berikut: 1) Spiral, yaitu golongan bakteri yang bentuknya seperti spiral yang sel tubuhnya kaku, misalnya Spirillum. 2) Vibrio atau bentuk koma yang dianggap sebagai bentuk spiral tak sempurna, misalnya Vibrio cholerae penyebab penyakit kolera.3) Spirochaeta, yaitu golongan bakteri berbentuk spiral yang bersifat lentur. pada saat bergerak tubuhnya dapat memanjang dan mengerut.

2. Ukuran Bakteri

Bakteri adalah makhluk hidup yang sangat kecil dan hanya dapat dilihat dengan mikroskop. untuk menyelidiki ukuran bakteri, dalam pemeriksaan mikrobiologis biasanya digunakan satuan micron (diberi symbol huruf μm), seperti pada pengukuran virus.

Bakteri yang biasa diteliti di laboratorium kebanyakan berukuran antara 0,5 – 2 μm lebarnya dan 1 – 5 μm panjangnya. Ukuran-ukuran yang menyimpang dari ketentnuan tersebut banyak pula. Pada dasarnya bakteri yang umurnya 2 sampai 6 jam memiliki ukuran lebih besar dari pada bakteri yang umurnya lebih dari 24 jam. Dahulu, pengukuran ini dilakukan dengan jalan membandingkan ukuran butir darah merah, yang pada waktu itu sudah diketahui besarnya.

Sekarang pengukuran yang lebih tepat dilakukan dengan alat micrometer yang diletakkan pada lensa okuler, dan skala yang terdapat pada micrometer ini dibandingkan dengan micrometer yang diletakkan pada kaca objektif (stage micrometer). Di samping itu, bidang penglihatan dapat ditaksir dari pembesaran yang diperoleh dari mikroskop yang digunakan, seperti yang terlihat pada Tabel berikut:

Lensa Objektif Perbesaran Diameter bidang penglihatanObjektif 16 mm (2/3 in) 100 2,10 mmObjektif 4 mm (1/6 in) 440 0,40 mmObejktif rendam minyak 1,8 mm (1/12 in) 950 0,20 mm

B. STRUKTUR SEL BAKTERI

Dalam pembahasan ini akan dibahas terlebih dahulu mengenai struktur sel prokariotik dan struktur sel eukariotik untuk dijadikan sebagai perbandingan secara strukturnya. Beberapa perbedaan sel prokariotik dan eukariotik secara struktur selnya terdapat dalam table berikut ini.

Cirri Pembeda Sel prokariotik (Bakteri) Sel eukariotik Dinding sel + - / +Membrane sitoplasma (Membran sel) + +Bagian sitoplasma: - Retikulum endoplasma - Badan golgi - Mitokondria - Ribosom - Kloroplas - vakuola

- Mesosom - Mikrotubulus - Miktofilamen ---+--+-- +++++ / -+-++Bahan nucleus (dibatasi membrane) - +Flagella + + / -Silia + + / -

Pada tiap tingkatan, struktur sel prokariotik lebih sederhana dari pada sel eukariotik dengan kekcualian, yaitu dinding sel mungkin lebih kompleks.Bakteri tersusun atas dinding sel dan isi sel. Di sebelah luar dinding sel terdapat selubung atau kapsul. Di dalam sel bakteri tidak terdapat membrane dalam (endomembran) dan organel bermembran seperti kloroplas dan mitokondria.

Berikut akan disajikan susunan sel bakteri, berturut-turut dari dinding sel, membrane sitoplasma, dan sitoplasma.

1. Dinding Sel

Dinding sel dari suatu bakteri menentukan bentuk sel. Dinding sel bakteri amat kaku sehingga memungkinkan bakteri mengatasi kosentrasi osmosis yang sangat berbeda-beda dan sitoplasma tidak dapat mengembang melampaui batas dinding yang kaku itu.

Meskipun dinding sel bersifat permeable terhadap molekul-molekul yang besar tetapi enzim sel nuclease dan fosfatase dapat tertahan, karena enzim-enzim ini terperangkap dalam periplasma, yaitu daerah antara dinding dan membrane sel. Spesifitas imunologis sel seringkali disebabkan

karena komponen-komponen kimia dari dinding sel tersebut. Beberapa komponen dari dinding sel seperti asam teikoat dan lipopolisakarida melindungi sel dari kegiatan lisis enzim, sedangkan zat-zat lain menentukan reaksi sel pada pengecatan Gram dan ada pula yang menarik dan mengikat bakteriofage. Kekakuan dan kekutan dinding sel ini terutama disebabkan oleh serat-serat yang kuat yang umumnya tersusun dari heteropolimer yang disebut peptidoglikan atau mukopeptida, tetapi juga disebut glikopeptida, muropeptida, glikosamino-peptida, mukokompleks, murein dan sebagainya. Serat-serat ini membentuk anyaman yang kuat. Anyaman ini tidak merupakan struktur yang padat (solid), sehingga tidak menghalangi masuknya air, zat-zat makanan seperti mineral, glukosa, asam amino dan bahkan molekul-molekul organic yang lebih besar. Bakteri dapat dikelompokkan sebagai bakteri Gram positif dan bakteri Gram negative berdasarkan responnya terhadap pewarnaan Gram.

Lapisan PeptidoglikanMerupakan polimer kompleks yang teridi atas 3 bagian, yaitu: a. Rangka dasar, terdiri atas rangkaian asam N-asetilglukosamin dan asam N-asetilmuramat yang disusun berselang seling. b. Rantai samping, terdiri atas tetrapeptida yang melekat pada asam N-asetilmuramat.c. Sambungan silang, yang terdiri atas seperangkat peptide yang identik. Semua rantai peptidoglikan memiliki hubungan silang satu sama lain, yang menunjukkan bahwa tiap lapisan peptidoglikan merupakan suatu molekul raksasa. Pada bakteriGram positif, terdapat 40 lapisan peptidoglikan yang merupakan 50% dari bahan dinding sel, sedangkan pada bakteri Gram negative hanya satu atau dua lapisan peptidoglikan sekitar 5 – 10% dari bahan dinding sel. Berikut hasil analisis dari dinding sel yang menunjukkan perbedaan antara susunan dinding sel bakteri Gram positif dan bakteri Gram negative:

No Gram positif Gram negative 1. Komponen terbesar terdiri dari peptidoglikan atau mukopeptida Terdiri dari 3 lapisan: a. Lapisan dalam adalah mukopeptidab. Lapisan luar terdiri dari lapisan: 1) Lipopolisakarida2) Lipoprotein 2. Pada beberapa bakteri terdapat asam teikoat Tidak ada asam teikoat 3. Mukopeptida mengalami lisis oleh enzim Lisozim melunakkan dinding sel, deterjen mengadakan disorganisasi dinding itu dengan merusak lapisan lipida.4. Dinding sel tebal, 25 – 30 nm Dinding sel tipis, 10 – 15 nm

Fungsi dari dinding sel bakteri dapat kita simpulkan sebagai berikut: a. pelindung terhadap tekanan osmosis b. pembelahan sel c. biosintesis bagi dirinya sendiri d. dinding sel merupakan determinan dari antigen permukaan bakterie. sebagai aktivitas endotoksin yang tidak spesifik (lipopolisakarida)

2. Membran Sitoplasma

Membran sitoplasma disebut juga membrane sel. Komposisi membrane sitoplasma terdiri atas fosfolipid dan protein. Membran tersebut sangat penting untuk sel dan mempunyai fungsi utama, yaitu sebagai beruikut:

a. Memelihara tekanan osmosis Memelihara tekanan osmosis intraseluler, artinya membrane sel bertindak sebagai penyangga osmotic (osmotic barrier) dan tidak permeable terhadap zat-zat yang mengion dan zat yang tidak mengion yang molekulnya tidak lebih besar dari gliserol. b. Sistem transport aktifSistem transport aktif berfungsi untuk mengeluarkan enzim ekstraseluler dan zat-zat untuk mempelopori pembentukan dinding sel serta mengatur pemasukan garam-garam esensial, asam amino, dan gula-gula yang molekulnya lebih besar. Tiap system transport mempunyai fungsi yang sangat khusus untuk suatu zat tertentu, misalnya sel dapat mengangkut fruktosa tetapi maltosa tidak. Enzim-enzim ini seringkali disebut permeases.c. Menyediakan tempat untuk reaksi utama enzim Menyediakan tempat untuk reaksi-rekasi utama enzim yang berhubungan dengan metabolisme energi. Jika merman sel itu diperiksa secara tersendiri tampak ada partikel-partikel kecil yang bergagang pendek melekat pada sel. Partikel-partikel ini menyerupai partikel-partikel yang ditemukan dalam mitokondria pada sel-sel eukariotik dan mengandung aktivitas ATP-ase. Sebelah luar membrane sitoplasma terdapat ruang periplasma, dalam ruang ini pada beberapa bakteri terdapat enzim degradatif. Jadi, molekul-molekul besar yang melalui dinding sel dapat dipecah di tempat ini menjadi gula sederhana, asam amino, dan sebagainya yang kemudian diangkut melalui membrane sel dengan system transport.

Akhir-akhir ini para ahli mikrobiologi tertarik pada suatu struktur semacam membrane yang letaknya intraseluler yang diberi nama mesosom (mesos=tengah; soma=badan). Mesosom ini adalah invaginasi dari membrane sitoplasma dan pada beberapa bakteri ada daerah-daerah di mana membrane ini mengalami diferensiasi. Pada bakteri Gram negative, mesosom jarang ditemukan, dan bila ada hanya merupakan lipatan sederhana dari membrane sitoplasma, sehingga bila dinding sel hilang oleh pengaruh lisozim dan diletakkan dalam lingkungan hipotonis sehingga terbentuk sferoplas (bentuk sel yang bulat dan akan pecah bila diletakkan dalam lingkungan yang hipotonis), mesosom itu menghilang menjadi membrane sitoplasma yang rata. Sebaliknya, mesosom pada bakteri Gram positif tampak jelas dan banyak. Selain itu merupakan bagian dari membrane sitoplasma, bentuknya seperti vesika atau tubulus, sehingga bila diperlakukan dengan lisozim dalam larutan sedikit hipotonis tampaknya seperti tubulus yang menonjol keluar sferoplas. Mesosom dianggap mempunyai fungsi tertentu dalam pembelahan sel dan dalam pembentukan endospora. Zat-zat antibakteri yang mempengaruhi membrane sitoplasma adalah sebagai berikut: - deterjen, yang mengandung gugus lipofilik dan hidrofilik akan merusak membrane sitoplasma dan mematikan sel bakteri. - antibiotic, yang secara khusus mengganggu fungsi biosintesis selaput membrane sitoplasma,

seperti polimiksin, asam nalidiksat, fenetilalkohol dan novobiosin.

3. Sitoplasma

Sitoplasma (kytos=sel, plasma=substansi) bukan merupakan substansi yang homogen dan terdiri dari bermacam-macam zat dan struktur yang berada dalam membrane sel, kecuali materi nukelus. Dengan kata lain, terdiri dari beraneka ragam mikrosom (mikro=kecil, soma=badan) atau partikel subseluler yang sebagian besar adalah protein atau nucleoprotein dengan beberapa lipoprotein dan bahan-bahan lain. Semuanya ini tersuspensi dalam zat dasar yang cair atau setengah padat yang disebut matriks. Matriks ini adalah suatu campuran yang kompleks yang mengandung bermacam-macam ion (H+, PO43-, Na+, Cl-), asam-asam amino, beberapa jenis protein, lipokompleks, peptide, purin, pirimidin, glukosa, ribose, vitamin, nukleotida, koenzim, disakarida, dan lain-lain. Secara fungsional zat-zat ini merupakan: - molekul-molekul pelopor dan bahan-bahan bangunan lain untuk digunakan dalam sintesis sel, - sumber energi (misalnya glukosa dan bahan-bahan lain yang dapat dioksidasi), - zat-zat buangan dari sel untuk diekskresi ke luar sel. Matriks ini dapat juga mengandung RNA dan enzim-enzim yang lengkap dan aktif dalam larutannya, juga terdapat bahan makanan berupa granula atau globuli sebagai cadangan yang komposisinya tergantung pada kondisi makanan sekitarnya.

4. Ribosom

Semua sitoplasma sel tampak seperti bergranula. Hal ini disebabkan karena adanya sejumlah besar partikel-partikel halus yang tersbar secara baur yang dinamakan ribosom. Ribosom ini berbeda ukuran dan kepadatannya yang disesuaikan dengan tempat asalnya.Setiap ribosom terdiri dari subunit kecil (30 S) dan subunit yang lebih besar (kira-kira 50 S). Ribosom cenderung membentuk kelompok-kelompok dari bermacam-macam ukuran yang disebut poliribosom atau poliosom. Ribosom sebagian besar terdiri dari rRNA (ribosom RNA) dengan sedikit protein (ribonukleoprotein). Sekurang-kurangnya sebagian dari RNA ribosom itu adalah mRNA (messenger RNA). Dengan demikian, ribosom bertanggung jawab atas sintesis protein spesifik berikut protein dari semua enzim.

5. Nukleus

Sel-sel prokariotik tidak mempunyai nucleus seperti pada eukariotik dengan membrane nucleus yang jelas, yang ada adalah suatu daerah nukelus yang disebut nukelotid yang tidak dilindungi oleh membrane dan tidak mengadakan mitosis dan meiosis. Strukturnya merupakan suatu masa amorf yang lobuler terdiri dari banyak materi kromatin yang fibriler. Fibril-fibril yang tampak pada nukelotid bakteri dalam mikroskop electron merupakan filament DNA yang panjang (kira-kira 1400nm) dan tipis (kira-kira 3 nm), fleksibel dan sirkuler (tidak berujung bebas). Susunannya dalam sel dapat digambarkan sebagai dua helai benang halus sepanjang enam sampai sepuluh kaki, yang dililitkan bersama dan digulung, ujungnya diikat bersama dan keseluruhannya dikumpulkan dalam genggaman, sehingga berbentuk berkas yang

bentuknya tidak teratur dan terikat kuat. Kadang-kadang tampak dengan replikasinya pada yang sedang aktif membelah. Filamen sirkuler DNA semacam ini pada umumnya disebut komosom bakteri.

6. Spora (Endospora)

Beberapa bakteri dapat membentuk spora, seperti pada bakteri Gram positif. Spora pada bakteri adalah endospora, yang merupakan suatu badan yang refraktil terdapat dalam induk sel dan merupakan suatu stadium istirahat dari sel tersebut. Endospora memiliki tingkat metabolisme yang sangat rendah sehingga dapat bertahan hidup sampai bertahun-tahun tanpa memerlukan sumber makanan dari luar. Bila diletakkan dalam medium pembiakan yang sesuai, spora itu mengadakan germinasi dan menjadi sel vegetatif yang sanggup tumbuh dan bermultiplikasi seperti biasa. Endospora tidak mudah dicat, tahan terhadap pemanasan, pengeringan, dan terhadap bahan kimia yang beracun. Pembentukan endospora terbatas pada beberapa genus saja, terutama dari genus Bacillus dan Clostridium yang berbentuk batang. Sifatnya terhadap pengecatan Gram adalah Gram positif atau gram variable pada biakan tua.

Proses pembentukan endospora secara singkat dapat melalui langkah-langkah sebagai berikut: a. Penjajaran kembali bahan DNA menjadi filament dan invaginasi membrane sel di dekat satu ujung sel untuk membentuk suatu struktur yang disebut bakal spora.b. Pembentukan sederatan lapisan yang menutupi bakal spora, yaitu korteks spora diikuti dengan selubung spora berlapis banyak.c. Pelepasan spora bebas seraya sel induk mengalami lisis. Sedangkan proses perkecambanhan spora menjadi sel vegetatif adalah sebagai berikut: a. aktivasi spora dengan panas atau pengusangan b. berkecambah c. pertumbuhan menjadi sel vegetatif. Struktur dan sifat-sifat endospora adalah sebagai berikut: a. Inti, merupakan protoplas spora yang mengandung nucleus yang lengkap, semua komponen aparat pembuat protein, dan suatu system penghasil energi berdasarkan glikolisis.b. Dinding spora, merupakan lapisan dalam yang mengelilingi membrane dalam pada spora yang mengandung peptidoglikan. c. Korteks, merupakan lapisan paling tebal pada pembungkus spora yang mengandung peptidoglikan yang istimewa dan peka terhadap lisozim dan tahan terhadap panas. d. Pembungkus, terdiri atas protein yang menyerupai keratin yang mengandung banyak ikatan disulfide intermolekul. Sifat tidak tembus lapisan ini menyebabkan spora relative tahan terhadap zat-zat kimiawi antimikroba. e. Eksosporium, merupakan selaput lipoprotein yang menagndung beberapa karbohidrat.

7. Flagel (Flagellum)

Flagel bakteri merupakan alat tambahan sebagai alat penggerak pada sel yang menyerupai benang dan seluruhnya terdiri atas protein, dengan garis tengah 12 – 30 nm. Ada 3 jenis susunan

falgel, yaitu monotrika (falgel tunggal terdapat pada kutub), lofotrika (falgel pada kutub yang multiple), atau peritrika (falgel terdapat di seluruh sisi sel).

8. Fili (Fimbria)

Banyak bakteri Gram negative memiliki tonjolan pada permukaan sel yang kaku yang dinamakan fili (rambut) atau fimbria (daerah pinggir). Fili lebih pendek dan lebih halus dari pada flagel, dan terdiri atas subunit-subunit protein yang disebut pilin.

Flora Normal Tubuh

Normalnya permukaan tubuh (termasuk usus, paru-paru, dan kulit) selalu behubungan dengan dunia mikroorganisme. Karena hanya terdapat di permukaan, tidak banyak pengaruhnya. Tetapi jika masuk ke dalam jaringan, maka akan berhadapan dengan mekanisme pertahanan tubuh.

Organisme komensal yang hidup di kulit dan permukaan mukosa bersama-sama disebut sebagai flora residen atau flora normal. Bila ada kesempatan, sifat komensalnya dapat berubah menjadi parasit dan patogenik, yang cenderung kurang baik bagi tubuh, karena berpotensi menjadi penyakit, terutama kalau kebetulan masuk peredaran darah atau jaringan. Kuman yang baru menempel pada kulit, umumnya tidak bertahan lama karena hilang terbilas air atau mati karena kalah bersaing dengan organisme residen. Inilah sebabnya disebut flora transient.

1. Kulit Pada kulit ada flora residen dan flora transient. Dokter bedah yang mencuci tangan sebelum operasi, menghilangkan sebagian besar komensal transient dan sedikit konesal residen yang superficial. Komensal residen yang lebih dalam tetap ada dan cepat berkembang lagi, sehingga setelah operasi yang cukup lama, flora tangan sudah hampir sama dengan sebelumnya. Oleh sebab itu sarung tangan sangat penting untuk dipakai. Bakteri yang sering ditemukan di kulit adalah Staphylococcus epidermidis, Micrococcus, Streptococcus alpa dan nenhemolyticus, difteroid aerob dan anaerob dan Sarcinae.

2. Mulut Mulut amat kaya akan mikroorganisme Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, beberapa mikokokus berpigmen, dan Staphylacoccus yang bersifat anaerob ditemukan dipermukaan gigi dan saliva, Streptococcus viridans (gup mitis dan salivarius), Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Enterococcus, Neisseria berpigmen, Veillonella sp., Corynebacterium, Escherichia coli, Haemophilus, Bacteroides, Fusobacterium, Vibrio sputorum, Treponema denticum, Borrelia refringens.

3. Saluran Pernafasan Organisme yang dominant di saluran nafas, terutama faring adalah Streptococcus nonhemolitik dan alfahemolitik, Neisseria, Staphylococcus epidermidis, Haemophilus, Pneumococcus, Mycoplasma.

4. Saluran PencernaanDaerah saluran pencernaan yang mengandung mikroorganisme adalah usus besar. Kurang lebih 20% massa feses berisi bakteri. Mikroorganisme yang terdapat di kolon adalah Bacteroides, Bifidobacteria, Eubacteria, Lactobacillus, Streptococcus, Clostridium, Candida albicans (jenis yeast). Flora saluran pencernaan berperan dalam sintesis vitamin K, konversi pigmen empedu dan asam empedu, absorbsi zat makanan serta antagonis mikroba pathogen.

5. Salaruan Genital Genitalia eksterna penuh dengan mikroorganisme residen juga ujung uretra, baik pada pria maupun wanita, adalah tempat berkumpulnya kuman. Di dalam vagina terdapat Lactobacillus yang dengan produknya memelihara suasana asam vagina. Suasana asam ini gunanya untuk

mencegah masuknya bakteri, ragi, protozoa dari luar. Bila ekologi normal vagina terganggu, misalnya sedang minum antibiotic untuk mengobati infeksi di bagian lain tubuh, maka dapat menghambat Lactobacillus vagina, sehingga organisme lain dapat berkembang, seperti Trichomonas yang dapat berakibat vaginitis (leucorrhoea = keputihan).

Hubungan Parasit Dengan Inang

Suatu organisme untuk menjalankan parasitisme secara baik harus sanggup hidup di dalam atau pada inang tanpa menimbulkan reaksi pada inang untuk mempertahankan diri, reaksi ini tidak dapat diatasi oleh parasit itu. Jika dalam hubungan ini tidak tampak kerusakan yang berarti pada inang, maka hubungan ini dapat dipandang sebagai komensalisme dan bentuk hubungan semacam ini yang paling biasa ditemukan pada hubungan anatara manusia dan mikroorganisme.Jika inang memberikan reaksi yang keras karena masuknya parasit tersebut, maka dapat terjadi tiga kemungkinan sebagai jalan ke luar dari hubungan itu, yaitu: a. parasit dapat terbunuh atau dikeluarkan b. inangnya terbunuh c. sifat invasi dan patogenitas dari parasit dengan mekanisme pertahanan inang mencapai keseimbangan.

Dalam hal yang disebut terakhir, parasit dan inang hidup dalam koeksistensi damai atau dalam keadaan gencatan senjata. Jika keseimbangan ini terganggu masing-masing merupakan aggressor yang potensial bagi yang lain. Infeksi terjadi bila parasit sanggup menyusup atau melalui batas pertahanan inang dan hidup di dalamnya. Infeksi tidak selalu harus menghasilkan penyakit. Jika pada inang itu jelas tampak dan dirasakan adanya kerusakan oleh parasit itu, terjadilah penyakit dan parasit ini disebut pathogen primer.

Suatu parasit dapat langsung menyusup atau menembus mekanisme pertahanan normal suatu badan yang sensitive dan sehat serta menimbulkan suatu infeksi, tanpa bantuan apa-apa. Ada pula yang hanya dapat melalui mekanisme pertahanan normal itu karena alat pertahanan itu telah lebih dahulu dirusak oleh sebab lain, sehingga parasit menggunakan kesempatan ini (oportunis) menginfeksi inang 9tua usia, luka, lama menderita sakit keracunan). Dalam hal ini parasit itu disebut pathogen sekunder, misalnya stafilokokus yang normoal ditemukan dalam hidung dan kulit orang sehat. Jika organisme ini dapat kesempatan masuk ke dalam aliran darah atau jaringan dalam, dapat menghasilkan infeksi yang serius.

Dalam hubungan inang-parasit, tidak berarti bahwa ini harus selalu merusak inang. Sebaliknya banyak interaksi antara inang-parasit tidak menghasilkan penyakit, jadi infeksi itu tetap laten atau biasa disebut infeksi subklinis.

Hubungan antara parasit dan inang ditentukan oleh kedua pihak, dari parasit menginginkan tempat hidup dan merusak inang sedangkan inangnya sendiri berusaha dengan segala mekanisme pertahanannya untuk melawan proses tersebut.

Di antara sifat-sifat yang dibawa parasit itu ialah infektivitas, daya invasi, patogenitas, dan toksigenitas. Jika kerusakan yang ditimbulkan oleh parasit itu sudah cukup besar maka menimbulkan gangguan pada inang sehingga timbul apa yang dinamakan penyakit.