1

Karakteristik Bakteri Epifit dan Endofit yang Berasosiasi pada

Daun Lamun Enhalus acoroides

Julianawita, Chandra Joei Koenawan, Fadhliyah Idris

Julianawita@gmail.com

Program Studi Ilmu Kelautan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan,

Universitas Maritim Raja Ali Haji

ABSTRAK

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik dari bakteri epifit dan

endofit yang berasosiasi pada daun lamun E. acoroides baik secara morfologi

maupun uji biokimianya. Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei 2017. Metode

yang digunakan pada penelitian ini adalah metode pengenceran dengan teknik

spreader pada bakteri epifit, untuk isolasi bakteri endofit menggunakan metode

solid medium dan untuk pemurnian digunakan metode strike plat. Hasil penelitian

ditemukan 21 isolat bakteri asosiasi daun lamun E.acoroides yang terdiri dari 18

isolat bakteri epifit dan 3 isolat bakteri endofit. Berdasarkan hasil pengamatan

karakteristik bakteri tersebut antara lain koloni berebentuk bulat, bulat titik dan

tidak beraturan dengan tepian utuh dan bergelombang, koloni berwarna kuning,

putih susu, kuning kehijauan dan oren. Elevasi cembung, membukit dan datar. Uji

katalase menunjukkan hasil positif sedangkan uji motil,oksidatif, fermentatif,

nitrati, sitrat, SIM, indol, MR-VP, oksidase, TSIA dan uji fermentasi gula-gulaan

(glukosa, laktosa dan sukrosa) menunjukkan hasil yang beragam ada yang positif

dan negatif. Hasil uji bakteri epifit yang ditemukan semua bergram negatif,

sedangkan endofit semuanya bergram positif dengan bentuk sel kokus dan basil.

Kata kunci: daun E. acoroides, karakteristik, bakteri, epifit, endofit

PENDAHULUAN

Lamun (seagrass) secara taksonomi termasuk dalam kelompok Angiospermae

dimana hidupnya terbatas di lingkungan laut dan umumnya hidup di perairan

dangkal wilayah pesisir (Tangke, 2010). Kelimpahan dan keanekaragaman

organisme yang hidup pada habitat padang lamun umumnya tinggi dibandingkan

dengan habitat lain. Salah satu faktor ketertarikan organisme untuk hidup menetap

2

dilingkungan tersebut yakni sebagai pruduktifitas primer yang mampu

menyediakan makanan untuk kelangsungan hidup bagi organisme yang

berasosiasi (Massinai et al., 2013). Asosiasi tumbuhan dengan mikroorganisme

dapat terjadi pada permukaan tanaman itu sendiri (epifit) seperti umumnya pada

tumbuhan air dan dapat juga bersifat endofit atau di dalam jaringan tanaman.

Salah satu mikroorganisme yang ditemukan dalam jumlah yang melimpah di

padang lamun adalah bakteri (Massinai et al., 2013). Bakteri tersebut tersebut

hidup pada helai daun dan cabang-cabang rimpang yang tegak.

Lisdayanti (2013), dalam penelitiannya telah ditemukan 18 isolat bakteri

asosiasi pada jenis lamun E. acoroides yang terdiri dari 12 jenis bakteri epifit dan

6 jenis bakteri endofit, selain itu Marhaeni (2011), dalam penelitiannya

menemukan bakteri simbion endofit pada lamun E.acoroides yang teridentifikasi

memiliki kesamaan homologi sebesar 99%, satu genus dengan bakteri

Pseudoalteromonas flavipulchra dan Bakteri dari genus Virgibacillus yang

terisolasi dari bakteri simbion epifit E. acoroides.

Berdasarkan uraian diatas mengenai bakteri asosiasi lamun, peneliti ingin

melakukan penelitian untuk mengetahui karakteristik dari bakteri epifit dan

endofit yang hidup berasosiasi pada daun lamun E.acoroides secara morfologinya

berdasarkan morfologi koloni dan uji biokimia.

BAHAN DAN METODE

Penelitian dilakukan selama 2 bulan mulai bulan Mei 2017. Pengambilan sampel

daun lamun E. acoroides dilakukan di Perairan Desa Teluk Bakau Kecamatan

Gunung Kijang Kabupaten Bintan. Isolasi bakteri dan uji biokimia bakteri

3

dilakukan di Laboratorium Stasiun Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan

Keamanan Hasil Perikanan Kelas II Kota Tanjungpinang (SKIPM Kelas II Kota

Tanjungpinang).

Alat yang digunakan dalam penelitian yaitu Laminary air flow, Waterbath

grant, Autoclave, Cawan petri, Tabung reaksi, Jarum ose, Alumunium foil,

Inkubator, Spreader, Vortex, Pembakar bunsen, kantong sampel, Timbangan

digital, Cool box, Mikroskop, Gunting, Erlenmeyer, Object glass, Hot plate,

Mikropipet, Magnetic stirer, lighter. Adapun bahan-bahan yang digunakan pada

penelitian ini anrara lain Daun lamun E. acoroides, Media Marine Broth, Agar,

Media SIM, O/F, Larutan BFP, Aquades, Parafin, KOH 3%, H2O2 3%, Alkohol

70%, Zat pewarnaan gram (safranin), Kertas sitokrom oksidase, Kovac, Nitrat

Broth, Phenol red, Glukosa, laktosa, sukrosa, Sodium Cloride, MRVP Broth,

Citrate, TSIA agar, Tryptone broth, α-naphtol, KOH 40 %, Methyl red, Sulfamid

acid, α-napthylamine.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode survei, yaitu

pengamatan langsung terhadap variabel yang akan diteliti, dimana data yang

dikumpulkan berupa data primer dan data sekunder. Pada isolasi bakteri epifit

metode yang gunakan adalah metode Solid Medium dengan pengenceran yang

kemudian diratakan menggunakan teknik spreader dan untuk isolasi bakteri

endofit menggunakan metode Solid Medium tanpa pengenceran. Pada pemurnian

bakteri digunakan metode cawan gores (Strike Plat).

Pengambilan sampel dilakukan pada satu stasiun dengan tiga titik pengambilan

sampel, jarak pengambilan sampel ±50 meter dari titik satu ke berikutnya. Pada

setiap titik diambil lamun sebanyak dua rimpang menggunakan gunting dan

4

masing-masing rimpang diambil satu helai daun lamun yang utuh. Kemudian

dimasukkan kedalam kantong yang berisikan air laut dan disimpan dalam

coolbox, lalu dibawa ke laboratorium. Pengambilan dan penyimpanan sampel

lamun ke dalam kantong sampel dilakukan didalam air. Hal ini dilakukan untuk

mencegah terjadinya penempelan oleh mikroba lain.

Isolasi Bakteri

Medium yang digunakan peneliti untuk menumbuhkan bakteri asosiasi lamun

adalah marine agar. Sampel daun lamun E. acoroides yang diambil dipotong

menggunakan gunting sepanjang ± 5 cm (Larkum, 1989). Lalu semprotkan

dengan larutan BFP sebanyak 3 kali untuk memperoleh bakteri epifit permanen.

Setelah itu sampel daun lamun dikerok menggunakan alat pengerok steril. Hasil

kerokan dimasukkan ke dalam 90 ml larutan BFP (gambar 2) kemudian di votex

dan diencerkan hingga diperoleh pengenceran 10-1

,10-2

, dan 10

-3. Dari masing-

masing tingkat pengenceran diambil 100 μl dengan mikropipet dan masukkan

kedalam cawan petri yang telah berisi media marine agar kemudian diratakan

dengan menggunakan spreader didekat bunsen. Seal cawan petri dengan

menggunakan kertas alumunium foil dan diinkubasi selama 2 × 24 jam pada suhu

ruang. Setelah itu dilakukan pengamatan morfologi koloni lalu dilanjutkan

pemurnian dengan metode gores.

Gambar 1. Proses pengenceran bakteri epifit

5

Untuk isolasi bakteri endofit, sampel daun lamun yang diperoleh dibersihkan

dari kotoran dengan cara mencucinya dengan air mengalir. Kemudian daun lamun

dipotong sepanjang 5 cm dan selanjutnya disterilisasi permukaannya

menggunakan larutan alkohol 70%. Setelah itu sampel dibilas dengan air steril

tiga kali. Kemudian bagian daun lamun dibelah dan diletakkan pada posisi

tertelungkup saat ditanam di dalam media agar lalu diinkubasi dalam inkubator

pada suhu kamar selama 2-4 hari. Setelah mikroba tumbuh dilakukan pemurnian.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil isolasi dari 6 sampel daun lamun E. acoroides yang terdiri dari 3 sampel

untuk bakteri epifit dan 3 sampel untuk bakteri endofit diperoleh sebanyak 21

strain isolat bakteri asosiasi daun lamun E. acoroides yang terdiri dari 18 strain

isolat bakteri epifit dan 3 strain isolat bakteri endofit.

Gambar 2. Salah satu hasil isolasi bakteri asosiasi lamun E.acoroides: (a) epifit

(b) endofit

Bakteri endofit hanya dapat diketahui keberadaannya dengan mengisolasi pada

media agar, namun jumlahnya tidak dapat ditentukan secara pasti (Bacon &

Hinton, 2006). Besar kecilnya jumlah isolat yang ditemukan kemungkinan

disebabkan adanya perbedaan kondisi lingkungan maupun kandungan nutrien

yang terdapat pada perairan tempat pengambilan sampel lamun. Hal ini juga

diungkapkan oleh Railkin (2004), bahwa banyaknya jumlah dan jenis isolat

bakteri yang terisolasi dari daun lamun sangat dipengaruhi oleh ketersediaan

6

nutrien bagi bakteri di perairan tempat lamun tersebut tumbuh. Rendahnya kondisi

nutrien di perairan akan menyebabkan bakteri cenderung untuk melekat ke

permukaan padat dalam hal ini lamun, sehingga kesempatan bakteri untuk

mendapatkan nutrisi menjadi lebih tinggi (Dewanti & Haryadi, 1997).

Karakteristik dan Morfologi Koloni Bakteri epifit dan Bakteri Endofit

Asosiasi Lamun E. acoroides

a. Morfologi Koloni Bakteri Epifit dan Endofit Asosiasi Daun Lamun

E.acoroides

Pengamatan karakteristik morfologi koloni meliputi warna, bentuk, tepi dan

elevasi. Berikut ini tabel hasil pengamatan morfologi koloni bakteri dan

karakteristik bakteri epifit dan bakteri endofit asosiasi pada daun lamun E.

acoroides yang berasal dari perairan Teluk Bakau Kecamatan Gunung Kijang

Kabupaten Bintan.

Tabel 1. Morfologi koloni bakteri epifit daun lamun E. acoroides Sampel

Epifit E.

acoroides

Kode

Sampel

Morfologi Koloni Gram

Bentuk

Sel Warna Bentuk Tepi Elevasi

Epifit

Titik 1

EP.1 A Kuning Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus

EP.1 B Putih susu Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus

EP.1 C Putih susu Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus

EP.1 D Krim Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus

EP.1 E Putih susu Bulat

titik

Utuh Cembung Negatif Kokus

EP.1 F Putih susu Titik Utuh Cembung Negatif Basil

Epifit

Titik 2

EP.2 A Kuning Bulat Utuh Membukit Negatif Basil

EP.2 B Putih susu bulat

titik

Utuh Cembung Negatif Batang

pendek

EP.2 C Kuning Bulat Utuh Cembung Negatif Kokus

EP.2 D Putih susu Bulat

titik

Utuh Membukit Negatif Kokus

EP.2 E Kuning Bulat Utuh Membukit Positif Kokus

EP.2 F Putih susu Bulat

titik

Utuh Membukit Negatif Kokus

Epifit

Titik 3

EP.3 A Oranye Tidak

beraturan

Bergelo

mbang

Membukit Negatif Batang

7

EP.3 B Kuning Bulat

titik

Utuh Cembung Negatif Kokus

EP.3 C Putih susu Bulat

titik

Utuh Membukit Negatif Kokus

EP.3 D Putih susu Bulat Utuh Membukit Negatif Batang

EP.3 E Kuning

kehijauan

Bulat Utuh Membukit Negatif Batang

pendek

EP.3 F Kuning Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus

Tabel 2. Morfologi koloni bakteri endofit daun lamun E. acoroides

Sampel

Endofit

Kode

Sampel

Morfologi Koloni Gram

Bentuk

Sel Warna Bentuk Tepi Elevasi

EA titik 1 EN T.1 Putih

susu

Tidak

beraturan Bergelombang Membukit Positif Basil

EA titik 2 EN T.2 Putih

susu

Tidak

beraturan Bergelombang Membukit Positif Basil

EA titik 3 EN T.3 Putih

susu

Tidak

beraturan Bergelombang Datar Positif Kokus

Keterangan: EA= E. acoroides

Berdasarkan diatas (tabel 1) diketahui morfologi koloni bakteri epifit lamun

E.acoroides diperoleh bentuk koloni yaitu bulat, bulat titik dan tidak beraturan

dengan warna koloni ada yang kuning, putih susu, oren, dan kuning kehijauan.

Tepi koloni ada yang utuh dan bergelombang, tetapi lebih banyak ditemukan

tepian yang utuh. Elevasi terlihat cembung dan ada yang membukit.

Dari hasil pemurnian bakteri endofit diambil hanya satu koloni bakteri saja

pada setiap cawan petri dikarenakan bakteri yang diisolasi memiliki ciri morfologi

yang sama pada setiap cawannya, sehingga diperoleh sebanyak 3 strain isolat

bakteri endofit dari total 3 sampel daun lamun. Berdasarkan hasil pengamatan

morfologinya (tabel 2) bakteri EN T.1 dan bakteri EN T.2 memiliki ciri morfologi

yang sama dimana koloni keduanya berwana putih susu, tidak beraturan,

bergelombang, dan membukit. Sedangkan sampel EN T.3 memiliki ciri morfologi

berwana putih susu, tidak beraturan, bergelombang dan datar. Hal ini sesuai

dengan pernyataan dari Cappucino & Sherman (1987), yang mengatakan

8

umumnya bentuk koloni bakteri ada yang berbentuk circular, irregular,

filamentous, rhizoid dengan elevasi berbentuk raised, convex, flat, umbonate,

crateriform dan margin yang berbentuk entire, undulate, filiform, curled dan

lobate.

Berdasarkan hasil uji gram dengan KOH 3% dari 18 isolat bakteri epifit

asosiasi daun lamun E. acoroides diketahui semuanya bergram negatif yang

ditandai dengan reaksi akhir terdapatnya gel (lengket) saat bakteri pada jarum ose

di inokulasikan ke object glass yang telah diteteskan KOH 3%. Sesuai dengan

pernyataan Suwanda (2008), yaitu apabila suspensi reaksi bakteri berubah

menjadi berlendir, lengket dan terangkat seperti benang bersama jarum ose,

berarti bakteri bergram negatif (-). Ini dikarenakan kelompok bakteri gram negatif

memiliki komponen peptidoglikan yang tipis, sehingga selnya mudah pecah

(Waluyo, 2005). Pada bakteri gram positif lapisan peptidoglikannya tebal,

terdapat 40 lembar yang merupakan 50% dari keseluruhan material dinding selnya

(Anggraini et al., 2016). Pada bakteri Gram negatif hanya terdapat satu atau dua

lembar peptidoglikan meliputi 5 – 10% dari keseluruhan material dinding sel,

(Jawetz et al., 2010 in Anggraini et al., 2016). Hasil uji gram pada bakteri endofit

asosiasi daun lamun E. acoroides diperoleh morfologi sel bakteri berbentuk basil

(bakteri EN T.1 dan bakteri EN T.2) dan kokus pada bakteri EN T.3, semuanya

bergram positif.

Berdasarkan hasil pengamatan bentuk sel (lihat tabel 1 dan tabel 2) isolat

bakteri epifit dan bakteri endofit asosiasi daun lamun E.acoroides pada penelitian

ini lebih banyak ditemukan berbentuk kokus dibandingkan basil. Pelczar & Chan

(1986a), mengatakan bahwa bakteri yang berbentuk bulat (coccus) kebanyakan

9

hidup saling melekatkan satu sama lain dengan membentuk kumpulan yang kuat

karena adanya bahan yang dihasilkan seperti lendir. Bakteri basil umumnya

memiliki alat gerak berupa flagel sehingga memungkinkan untuk dapat hidup

bebas diperairan. Flagellum berfungsi sebagai alat gerak pada beberapa jenis

bakteri yang berbentuk batang dan spiral (ZoBell, 1946).

Gambar 4. Bentuk sel bakteri endofit E.

acoroides dilihat dengan

mikroskop pada

pembesaran 1000x.(a)

kokus: EN T.3 (b) basil: EN

T. 2. sumber: data primer

Gambar 5. Bentuk sel bakteri epifit E.

acoroides dilihat dengan

mikroskop pada pembesaran

1000x.(a)kokus (b)basil

(c)rod:batang pendek

(d)basil. sumber: data

primer

a. Karakteristik Bakteri Epifit Dan Bakteri Endofit Asosiasi Pada Daun

Lamun E. Acoroides Berdasarkan Uji Biokimia

Tabel 3. Karakteristik bakteri epifit asosiasi daun lamun E. acoroides berdasarkan

hasil uji biokimia

Uji

Biokimia

Kode sampel

Epifit Titik 1 Epifit Titik 2 Epifit Titik 3

EP

T.1

A

EP

T.1

B

EP

T.1

C

EP

T.1

D

EP

T.1

E

EP

T.1

F

EP

T.2

A

EP

T.2

B

EP

T.2

C

EP

T.2

D

EP

T.2

E

EP

T.2

F

EP

T.3

A

EP

T.3

B

EP

T.3

C

EP

T.3

D

EP

T.3

E

EP

T.3

F

Motil + + + + + + + + + + + + - + + + + +

Citrat + + + + + + + + + + + + - + + + + +

O/F F F F F F F F F F F F F O F F F O F

MR + - - + + - + - + - + - - + + - - +

VP - - + + + + + + + + + + + + - + + +

10

TSIA:

Buth a a a a a a a a a a a a k a a a a a

Slant a a k k a k k k k k k k k a a k a a

H2S - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Indol + - - - + - - - - - + - - + + - - -

Catalase + + + + + + + + + + + + + + + + + +

Oxidase + + + + - + + + + + + - + + + + - +

Nitrate + - - - - + - - + - - - - + + + + +

Glucose :

Asam

Gas

+ + + + + + + + + + + + + + + + + +

+ + - + + + + + + - + + - + + - - +

Laktose - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Sucrose + + + + + + + + + + + + - + + + + +

Keterangan: Slant: daerah lereng a: asam O: oksidatif

Buth: daerah dasar k: basa F: fermentatif

Tabel 4. Karakteristik bakteri endofit lamun E. aoroides berdasarkan hasil uji

biokimia

Uji Biokimia Kode Sampel

ENDO T.1 ENDO T.2 ENDO T.3

Motil - - -

Citrat - - -

O/F - - -

MR - - +

VP + + +

TSIA:

Buth (dasar) basa basa asam

Slant (lereng) asam asam basa

H2S - - -

Indol - - -

Catalase + + +

Oxidase + + +

Nitrate - - +

Glucose :

Asam

Gas

+ + +

- - +

Laktose - - -

Sucrose - - -

Prinsip pengujian motilitas adalah melihat pergerakan bakteri. Uji motil dari 18

isolat bakteri epifit lamun E.acoroides menunjukkan hasil motil dan non-motil,

dominannya bersifat motil. Pada isolat bakteri endofit semuanya menunjukkan

hasil negatif (non-motil).

11

Uji sitrat biasanya digunakan untuk melihat kemampuan bakteri dalam

menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon. Dari total 18 isolat

bakteri epifit yang diuji, 17 isolat menunjukkan reaksi positif yang ditandai

dengan adanya perubahan warna hijau menjadi biru pada media sitrat, tetapi

isolat bakteri EP T.3 A menunjukkan reaksi negatif dimana medianya tetap

berwanna hijau. Sedangkan isolat bakteri endofit menunjukkan hasil negatif

semua yang ditandai dengan tidak berubahnya warna pada media sitrat.

Tujuan uji oksidatif/fermentatif adalah untuk mengetahui kemampuan bakteri

memproduksi asam dari berbagai jenis karbohidrat secara oksidatif atau

fermentatif. Dengan indikator bromthymol blue, asam yang diproduksi oleh

bakteri akan menyebabkan perubahan warna pada media dari hijau menjadi

kuning. Pada 18 isolat bakteri epifit diperoleh hasil fermentatif dan ada yang

oksidatif, dominannya bersifat fermentatif. Hanya isolat bakteri EP T.3 A dan

bakteri EP T.3 E menunjukkan hasil oksidatif. Sedangkan pada isolat bakteri

endofit semuanya menunjukkan hasil negatif. Menurut Harry et al. (1962) in

Anggraini et al. (2016), bakteri memiliki kebutuhan oksigen yang berbeda.

Uji katalase dilakukan untuk mengetahui apakah bakteri tersebut memiliki

enzim katalase atau tidak. Enzim ini berfungsi melindungi bakteri dari hidrogen

perioksida. Bakteri pada kondisi tertentu akan menghasilkan hidrogen peroksida

yang merupakan racun karena dapat merusak sistem metabolisme bakteri,

(Tanjung et al., 2015). Berdasarkan hasil uji pada 21 isolat bakteri asosiasi lamun

E. acoroides semua menunjukkan hasil reaksi positif (+). Artinya semua isolat

bakteri epifit dan endofit asosiasi lamun E. acoroides tersebut memiliki enzim

katalase.

12

Uji oksidase bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam

menghasilkan enzim oksidase. Dari 18 isolat bakteri epifit setelah dilakukan uji

oksidase, 15 diantaranya bersifat positif sedangkan sisanya yaitu bakteri EP T.1 E

sampel titik satu, bakteri EP T.2 F sampel titik dua dan bakteri EP T.3 E sampel

titik tiga menunjukkan hasil negatif. Menurut Lay (1994), bakteri yang bersifat

positif pada uji oksidasi ini menunjukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim

oksidase.

Setelah dilakukan uji MR pada seluruh bakteri epifit asosiasi daun lamun E.

acoroides, isolat bakteri EP T.1 A, EP T.1D, EP T.1E, EP T.2 A, EP T.2 C, EP

T.2 E, EP T.3B, EP T.3C dan EP T.3F menunjukkan hasil positif, dan sisanya

yaitu bakteri EP T.1B, EP T.1 C, EP T.1 F, EP T.2 B, EP T.2 D, EP T.2, EP T.2 F,

EP T.3 A, EP T.3 D, EP T.3 E menunjukkan hasil negatif. Pada bakteri endofit

diperoleh hasil negatif pada isolat EN T.1 dan isolat EN T.2, sedangkan isolat EN

T.3 positif. Uji ini digunakan untuk menentukan adanya fermentasi asam

campuran. Hasil uji MR dikatakan negatif ditandai dengan tidak terbentuknya

warna merah pada medium setelah ditetesi methyl red. Artinya isolat bakteri

tersebut dalam fermentasi glukosa tidak menghasilkan asam dengan konsentrasi

tinggi (Huda & Salni, 2012).

Uji Voges Proskauer (VP) digunakan untuk mengidentifikasi mikroorganisme

yang melaksanakan fermentasi 2,3 butanadiol (Lay, 1994). Uji ini dilakukan

dengan menambahkan 40% KOH dan 5% larutan alfa naftol pada saat

pengamatan. Berdasarkan hasil uji pada seluruh isolat bakteri epifit lamun

E.acoroides, VPnya lebih banyak hasil positif dibandingkan hasil negatif. Hasil

VP negatif hanya terdapat pada bakteri EP T.1 A dan bakteri EP T.1 B sampel

13

titik 1 dan EP T.3 C pada sampel titik 3. Pada uji bakteri endofit menunjukkan

hasil positif pada ketiga isolat bakteri.

Pada media TSIA mengandung 3 macam karbohidrat yaitu glukosa, laktosa

dan sukrosa. Tujuan dilakukannya uji ini adalah untuk mengetahui kemampuan

bakteri untuk melihat adanya pembebasan sulfida yang ditunjukkan dengan

adanya warna hitam pada permukaan medium. Indikatornya adalah phenol red

yang menyebabkan perubahan warna dari merah orange menjadi kuning dalam

suasana asam. TSIA positif ditandai dengan adanya warna kuning pada bagian but

dan slant media. Artinya bakteri-bakteri ini melakukan fermentasi terhadap

glukosa, laktosa, dan sukrosa (Anggraini et al., 2016). Pengujian TSIA pada 18

isolat bakteri epifit menunjukkan hasil (a/k) artinya bakteri hanya memfermentasi

glukosa, (a/a) artinya bakteri mampu memfermentasi semua karbohidrat dan (k/k)

artinya bakteri tidak memfermentasi semua karbohidrat. Uji pada 3 isolat bakteri

endofitnya diperoleh hasil (k/a) pada bakteri EN T.1 dan EN T.2 dan (a/k) pada

bakteri EN T.3.

Uji indol bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghasilkan

indol. Berdasarkan hasil uji indol pada 18 isolat bakteri epifit diperoleh hasil

negatif lebih banyak dari positif. Adapun 5 isolat bakteri epifit yang menunjukkan

hasil indol positif yaitu EP T.1 A, EP T.1 E, EP T.2 E, EP T.3 B, dan isolat EP

T.3 E. Untuk isolat bakteri endofit semuanya menunjukkan hasil negatif. Ini

menandakan bahwa isolat bakteri endofit tidak menghasilkan indol dari

tryptophan (Anggraini et al., 2016).

Pengujian reduksi nitrat pada 18 isolat bakteri epifit menunjukkan hasil positif

dan negatif, dimana hasil positif lebih banyak terdapat pada sampel bakteri epifit

14

titik 3 dan hasil negatif dominan terdapat pada sampet epifit titik 1 dan epifit titik

2. Pada bakteri endofit diperoleh hasil negatif pada bakteri EN T. 1 dan EN T.2

sedangkan bakteri EN T.3 menunjukkan hasil positif. Uji ini dilakukan bertujuan

untuk mengidentifikasi bakteri yang menggunakan nitrat sebagai akseptor

elektron terakhir serta untuk mengetahui apakah bakteri tersebut memiliki enzim

reduktase yang dapat mereduksi nitrat.

Uji gula bertujuan untuk mendeterminasi kemampuan bakteri dalam

mendegradasi gula dan menghasilkan asam organik yang berasal dari setiap jenis

gula (Kismiyati et al., 2009). Pada penelitian ini menggunakan tiga jenis gula

yaitu glukosa, laktosa dan sukrosa. Menurut Lay (1994), dalam proses fermentasi,

bakteri yang ditumbuhkan dalam media cair yang mengandung karbohidrat, maka

hasil fermentasi berupa asam. Uji glukosa pada seluruh isolat bakteri epifit

asosiasi daun lamun E. acoroides didapat hasil semuanya positif (asam) tetapi

hanya beberapa bakteri saja terdapat gas pada tabung durhamnya antara lain

bakteri EP T.1 C yang berasal dari sampel titik 1, bakteri epifit titik 2 yaitu EP T.2

D dan bakteri epifit EP T.3 A dan EP T.3 D. Untuk uji laktosa semua bakteri

epifit asosiasi pada daun lamun E. acoroides diperoleh hasil negatif. Sedangkan

pada uji sukrosanya menunjukkan hasil positif semua, kecuali isolat bakteri EP

T.3 A sedangkan pada isolat bakteri endofitnya setelah dilakukan uji glukosa,

laktosa dan sukrosa ketiganya menunjukkan hasil positif hanya pada fermentasi

glukosa saja dimana laktosa dan sukrosa tidak difermentasi. Tetapi glukosa yang

terdapat gas hanya pada isolat bakteri EN T.3 saja.

Berdasarkan hasil pengujian dari 18 isolat bakteri epifit yang berasal dari 3 titik

pengambilan sampel daun lamun E. acoroides diketahui bahwa semua isolat

15

bakteri tersebut memiliki karakteristik yang berbeda satu sama lain. Tidak

ditemukannya bakteri epifit yang sejenis pada sampel daun lamun tersebut dapat

disebabkan oleh beberapa kemungkinan. Perbedaan jenis bakteri epifit yang

diperoleh pada penelitian ini dapat disebabkan pada pengambilan sampel daun

lamun E. acoroides dengan ukuran yang berbeda. Sampel daun lamun E.

acoroides yang diambil pada setiap titik stasiun kira-kira berukuran panjang ± 30–

50 cm. Adanya perbedaan umur dan perkembangan daun pada setiap helai

rimpang juga mempengaruhi jumlah dan jenis dari bakteri epifit dimana semakin

panjang daun lamun menunjukkan umur lamun daun yang semakin tua, serta

semakin banyak pula bakteri yang hidup pada daun lamun tersebut. Hassenrück et

al. (2015), juga mengatakan bahwa dengan seiring bertambahnya usia daun pada

lamun maka tutupan epifit akan semakin meningkat. Selain itu penanaman bakteri

lamun yang dilakukan tanpa pengulangan pada setiap sampelnya juga merupakan

salah satu penyebab tidak ditemukannya karakteristik bakteri epifit yang sejenis

dari jenis lamun yang sama.

Pada bakteri endofit hasil pengamatan koloni dan uji biokimia menunjukkan

bahwa isolat bakteri EN T.1 dan EN T.2 memiliki karakteristik yang sama dan

bergram positif. Adanya kehadiran bakteri endofit bergram positif pada daun

lamun E. acoroides kemungkinan berasal dari sedimen. Ini sesuai dengan

pernyataan Pelczar & Chan (2005b), yang mengatakan bahwa bakteri laut 95%

adalah bakteri gram negatif, sebagian aktif bergerak sedangkan bakteri gram

positif sebagian besar berada pada sedimen.

16

KESIMPULAN

Berdasarkan hasil pengamatan karakteristik bakteri epifit dan endofit yang

berasosiasi pada daun lamun E. acoroides diperoleh 18 isolat bakteri epifit dengan

karakteristik yaitu koloni berebentuk bulat, bulat titik dan tidak beraturan dengan

tepian utuh dan bergelombang, koloni berwarna kuning, putih susu, kuning

kehijauan dan oren. Elevasi koloni berbentuk cembung (convex) dan membukit

(raised), dari hasil uji motil dan sitrat menunjukkan semua nya bersifat positif

kecuali isolat bakteri EP T.3 A bersifat nonmotil dan tidak dapat menggunakan

sitrat sebagai sumber karbonnya. Pada uji O/F bersifat fermentatif dan ada juga

oksidatif, MR sebagian bersifat positif dan sebagian negatif, pada uji VP bakteri

lebih banyak bersifat positif dibandingkan negatif. TSIA: (H2S) semuanya

bersifat negatif. Pada uji indolnya lebih banyak menunjukkan hasil positif dari

negatif. Untuk uji katalase semua isolat menunjukkan hasil positif, nitrat sebagian

dapat tereduksi positif dan sebagian tidak negatif. Pada uji fermentasi gula-gulaan,

semua bakteri epifit mampu memfermentasi glukosa tetapi hanya beberapa bakteri

saja yang bersifat gas, laktosa tidak di fermentasi, sedangkan pada sukrosa

sebagian besar mampu memfermentasi sukrosa menjadi asam hanya bakteri EP

T.3 A yang tidak memefermentasi sukrosa. Semuanya bergram negatif dengan

bentuk sel lebih didominasi kokus dan beberapa berbentuk basil.

Pada hasil uji dari 3 isolat bakteri endofit asosiasi daun lamun E. acoroides

yang berasal dari tiga titik pengambilan sampel diperoleh karakteristik yaitu

bentuk koloni tidak beraturan (irregular) berwarna putih susu, bergelombang

(undulate), elevasi membukit (raised) dan datar (flat), bersifat non motil. Untuk

sitrat, O/F, TSIA, indol, dan nitrat menunjukkan hasil negatif, MR negatif pada

17

bakteri EN T.1 dan EN T.2, positif pada EN T.3. VP menunjukkan hasil positif

semua. Uji gula-gula hanya memfermentasi glukosa tanpa gas kecuali isolat EN

T.3 glukosanya terdapat gas. nitrat direduksi Semuanya bergram positif positif

dengan bentuk sel basil pada EN T.1 dan EN T.2, sedangkan bakteri EN T.3

bentuk selnya kokus. Dari ketiga isolat bakteri tersebut di ketahui isolat bakteri

endofit EN T.1 dan EN T.2 memiliki karakteristik yang sama.

UCAPAN TERIMAKASIH

Penulis mengucapkan terimakasih kepada semua pihak yang telah memberikan

masukan, bimbingan, bantuan serta dukungan dalam penyelesaian skripsi ini,

Chandra Joe Koenawan, S.Pi., M.Si. selaku pembimbing utama dan Fadhliyah

Idris, S.Pi., M.Si. selaku pembimbing pendamping. Orang tua dan keluarga yang

telah memberikan dukungan tanpa mengenal jarak dan waktu baik secara moril

maupun materil sehingga terselesaikannya tugas akhir ini. Serta rekan-rekan

seperjuangan yang tidak bisa disebutkan satu persatu yang tidak bosan-bosannya

memberi dukungan dan telah banyak membantu dalam proses penyelesaian

penelitian ini.

DAFTAR PUSTAKA

Anggraini, R., Aliza, D., Mellisa, S., 2016. Identifikasi Bakteri Aeromonas

Hydrophila Dengan Uji Mikrobiologi Pada Ikan Lele Dumbo (Clarias

gariepinus) Yang Dibudidayakan Di Kecamatan Baitussalam Kabupaten

Aceh Besar. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kelautan dan Perikanan Unsyiah. 1(2):270-286

Bacon, C.W., Hinton, D.M., 2006. Bacterial Endophytes: The Endophytic Niche,

Its Occupants, And Its Utility. Plant-Associated Bacteria. 155–194.

18

Cappucino, J.G., Sherman, N., 1987. Microbiology, A Laboratory Manual.

California, Menko Park.

Dewanti, R., Haryadi., 1997. Pembentukan Biofilm Bakteri Pada Permukaan

Padat. Buletin Teknologi dan Industri Pangan. 8: 70-76.

Hassenrück, C., Laurie C., Hofmann., Kai, B., Ramette, A., 2015. Seagrass

Biofilm Communities At A Naturally CO2-rich Vent. Environmental

Microbiology Reports. 7(3): 516–525.

Huda, C., Salni, M. 2012. Penapisan Aktivitas Antibakteri dari Bakteri yang

Berasosiasi Dengan Karang Lunak Sarcophyton sp. Maspari Journal 4(1), 69-

76.

Kismiyati., Subekti, S., Yusuf, R.W.N., Kusdarwati, R., 2009. Isolasi dan

Identifikasi Bakteri Gram Negatif Pada Luka Ikan Maskoki (Carassius

Auratus) Akibat Infestasi Ektoparasit Argulus sp. Jurnal Ilmiah Perikanan

Dan Kelautan. 1(2): 129-134

Lay, B.W., 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium. PT Raja Grafindo Persada.

Larkum, A.W.D., Mc Comb, A.J., Shepherd, S.A. 1989. Biology Of Seagrasses:

A Treatise On The Biology Of Seagrasses With Special Reference To

Australian Region. Publisher Summary Elsevier, Amsterdam: 6-73.

Lisdayanti, E., 2013. Potensi Antibakteri Dari Bakteri Asosiasi Lamun (Seagrass)

Dari Pulau Bonebatang Perairan Kota Makassar. [Skripsi]. Universitas

Hasanuddin.

Marhaeni, B., 2011. Potensi Bakteri Simbion Tumbuhan Lamun Sebagai

Penghambat Terjadinya Bifouling Di Laut. [Disertasi]. Pascasarjana Institut

Pertanian Bogor.

Massinai, A., Haris, A., Lisdayanti, E., Gosary, B.A., 2013. Lamun Pulau

Bonebatang Kepulauan Spermonde dan Bakteri Asosiasinya. Jurnal

Universitas Hasanuddin: 1-11.

Pelczar, M.J., Chan, E.C.S., 1986a. Dasar-Dasar Mikrobiologi, Jilid 1.

Hadioetomo, R.S., penerjemaah. Universitas Indonesia press.

Pelczar, M.J., Chan, E.C.S., 2005b. Dasar-dasar Mikrobiologi 2. Universitas

Indonesia Press.

Railkin, A.I., 2004. Marine Biofouling. Colonization processes and defence.

Chemical Rubber Company Press.

Suwanda., 2008. Pedoman Diagnosis Golongan Bakteri OPTK. Departemen

Pertanian Badan Karantina Pertanian.

19

Tangke, U. 2010. Ekosistem Padang Lamun (Manfaat, Fungsi dan Rehabilitasi).

Jurnal Ilmiah agribisnis dan Perikanan (agrikan Universitas Muhammadiyah

Maluku Utara-Ternate) 3(1): 9-29.

Tanjung, S.R., Hasanah, U., Idramsa, 2015. Karakterisasi Bakteri Endofit

Penghasil Fitohormon IAA (Indole Acetic Acid) Dari Kulit Batang

Tumbuhan Raru (Cotylelobium melanoxylon). Jurnal Biosains. 1(1): 49-55

Waluyo, L. 2005. Mikrobiologi Umum. Universitas Muhammadiyah Malang

Press.

ZoBell, C.E., 1946. Marine Microbiology A Monograph On Hydrobacteriology.

Published By The Chronica Botanica Company.