DISKUSI BIOTEKNOLOGI1. Rekayasa genetik adalah manipulasi genetik atau perubahan dalam susunan genetik dari suatu organisme dimana prosesnya merupakan proses buatan/sintetis dengan menggunakan Teknologi DNA rekombinan menghasilkan sebuah organisme yang memiliki sifat yang diingingkan atau organisme dengan sifat unggul.

2. Tahap rekayasa genetik: Penyediaan DNA, DNA sisipan maupun vektor, dilakukan dengan isolasi. Ligasi yaitu menggabung atau melekatkan DNA satu dengan DNA yang lain dengan bantuan enzim. Transformasi yaitu menyisipkan vektor yang telah membawa gen yang akan ditransfer ke dalam sel inang. Seleksi sel yang mengandung materi genetik yang ditransfer Deteksi produk-produk yang dihasilkan oleh gen sisipan (antara lain dengan mendeteksi protein, lemak, pati dan zat yang dihasilkan oleh gen sisipan) dan deteksi keberadaan gen sisipan itu sendiri

3. Bahan-bahan untuk rekayasa genetik: DNA insert tergantung kebutuhan Vektor pembawa Enzim restriksi enzim yang digunakan untuk memotong DNA pada situs restriksinya Enzim ligase enzim yang digunakan untuk menyambung DNA insert dengan vektor Inang dapat berupa bakteri, jamur, sel mamalia CHO

4. Enzim restriksi adalah enzim yang bekerja untuk memotong fragmen DNA pada situs spesifik. Enzim restriksi mengenali urutan nukleotida spesifik dan memotong DNA pada posisi di antara atau di luar sekuen yang dikenalinya tersebut.Contoh enzim restriksi: Nama EnzimSumber MikroorganismeSitus RestriksiTipe Pemotongan

EcoRIEscherichia ColiGAATTCSticky (Lancip)

BamHIBacillus amyloliquefaciensGGATCCSticky (Lancip)

NdeINeisseria denitrificansCATATGBlind (Tumpul)

BsuRIBacillus subtilisGGCCBlind (Tumpul)

5. Vektor merupakan alat pemindah gen yang diinginkan/dipindahkan. Syarat vektor antara lain mampu memindah secara efisien, dapat diekspresi secara stabil, serta tidak mengganggu metabolisme dan merubah sel target.Vektor berguna untuk membawa DNA sisipan dari satu organisme ke organisme lain.Contoh vektor: vektor plasmid, vektor YAC, vektor BAC, vektor kosmid.TUGAS BIOTEKNOLOGINAMA:SARAH AISHANIM:1222101010781. Macam enzim restriksiNama EnzimSumber MikroorganismeSitus RestriksiTipe Pemotongan

EcoRIEscherichia ColiGAATTCSticky (Lancip)

BamHIBacillus amyloliquefaciensGGATCCSticky (Lancip)

BglIIBacillus globigiiAGATCTSticky (Lancip)

PvuIProteus vulgarisCGATCGSticky (Lancip)

PvuIIProteus vulgarisCAGCTGBlind (Tumpul)

AvaIAnabaena VariabilitisGTCGGSticky (Lancip)

BalIBrevibacterium albidumTGGCAASticky (Lancip)

BsuRIBacillus subtilisGGCCBlind (Tumpul)

SmaISerratia marcescensCCCGGGSticky (Lancip)

HbaIHaemophillus baemolyctusGCGCSticky (Lancip)

HindIIIHaemophilus influenzae RdAAGCTTSticky (Lancip)

HinflHaemophilus influenzae RfGAGTCSticky (Lancip)

Sau3AStaphylococus aureusGATCSticky (Lancip)

AluIArthrobacter luteusAGCTBlind (Tumpul)

TaqIThermus aquaticusTCGASticky (Lancip)

HaeIIIHaemophilus aegyptiusGGCCBlind (Tumpul)

NotINocardia otitidis-caviariumGCGGCCGCSticky (Lancip)

MboIMoraxella bovisGATCSticky (Lancip)

EcoRVEscherichia ColiGATATCBlind (Tumpul)

NdeINeisseria denitrificansCATATGBlind (Tumpul)

2. Macam vektor dan spesifikasinyaVektor adalah molekul DNA yang berfungsi sebagai wahana atau kendaraan yang akan membawa suatu fragmen DNA masuk ke dalam sel inang dan memungkinkan terjadinya replikasi dan ekspresi fragmen DNA asing tersebut. Berikut ini akan dijelaskan 4 macam vektor : PlasmidPlasmid adalah molekul DNA utas ganda sirkuler (tak berujung) yang berukuran kecil yang terdapat di dalam sitoplasma, dan dapat melakukan replikasi secara autonom. Karakteristik yang penting dari plasmid adalah dapat melakukan replikasi, terdapat di luar kromosom, dan secara genetik dapat ditransfer dengan stabil. Plasmid ini terdapat baik secara alami, maupun sudah mengalami modifikasi yang disesuaikan dengan keperluan di dalam manipulasi genetik. Satu sel dapat mengandung lebih dari satu kopi plasmid. Plasmid berukuran 1 300 kb, sehingga dapat dibedakan dengan mudah dari kromosom bakteri yang berukuran 3000 5000 kb. Plasmid yang terlibat dalam proses konjugasi (plasmid F) biasanya berukuran besar. Untuk replikasi plasmid dapat berada dalam keadaan terpisah dari kromosom (non-integratif) dan terintegrasi dalam kromosom bakteri (episom). Plasmid terdapat di dalam sitoplasma organisme prokaryot dan eukaryot sederhana uniseluler. Selain terdapat dalam bakteri, plasmid juga terdapat pada Saccharomyces cerevisiae (plasmid 2 um). KosmidVektor kosmid adalah kombinasi dari vektor plasmid dan situs COS yang memungkinkan DNA target yang akan dimasukkan ke dalam kepalalambda, digunakan untuk pengepakan bakteriofag. Ini memiliki keuntungan sebagai berikut: Tinggi efisiensi transformasi. Vektor kosmid dapat membawa sampai 45 kb sedangkan vektor fag plasmid dan lambda terbatas untuk 25 kbPemilihan kosmid sebagai vektor bergantung pada keperluan atau tujuan juga stabilitasnya di dalam inang baru YACSeperti halnya kosmid, YAC (yeast artifisial chromosomes atau kromosom buatan dari khamir) dikonstruksi dengan menggabungkan antara DNA plasmid dan segmen tertentu DNA kromosom khamir. Segmen kromosom khamir yang digunakan terdiri atas sekuens telomer, sentromer, dan titik awal replikasi. YAC dapat membawa fragmen DNA genomik sepanjang lebih dari 1 Mb. Oleh karena itu, YAC dapat digunakan untuk mengklon gen utuh manusia, misalnya gen penyandi cystic fibrosis yang panjangnya 250 kb. Dengan kemampuannya itu YAC sangat berguna dalam pemetaan genom manusia seperti yang dilakukan pada Proyek Genom Manusia. BACBakteriofag adalah virus yang sel inangnya berupa bakteri. Dengan daur hidupnya yang bersifat litik atau lisogenik bakteriofag dapat digunakan sebagai vektor kloning pada sel inang bakteri. Ada beberapa macam bakteriofag yang biasa digunakan sebagai vektor kloning, diantaranya adalah bakteriofag dan M13.Ada dua macam vektor kloning yang berasal dari DNA , yaitu vektor insersional dan vektor substitusi. Vektor insersional adalah vektor yang dengan mudah dapat disisipi oleh fragmen DNA asing. Sedangkan vektor substitusi adalah vektor yang untuk membawa fragmen DNA asing sebagian atau seluruh urutan basanya yang terdapat didaerah non-esensial dan menggantinya dengan urutan basa fragmen DNA asing tersebut.

3. Macam selectable markerSelectable marker adalahgen yang menjadi penanda (petunjuk) yang menyatakan suatu gen telah berhasil dimasukkan (disisipkan) dan diekspresikan. Seleksi biru putihSeleksi biru putih (blue-white screening) yaitu metode untuk memisahkan sel yang mengandung plasmid rekombinan dengan sel yang mengandung plasmid tanpa insert. Seleksi biru putih dilakukan untuk mengetahui keberhasilan proses ligasi atau keberadaan DNA sisipan. Metode ini menggunakan media yang mengandung X-gal dan IPTG (Isopropil Thiogalaktosida). Terbentuknya koloni berwarna putih ini berarti sel bakteri mengandung DNA plasmid rekombinan dan proses ligasi dinyatakan berhasil. Jika proses ligasi atau penyambungan fragmen DNA tidak berhasil ditandai dengan warna koloni berwarna biru. Seleksi antibiotikKita tahu umumnya bakteri tidak dapat hidup pada media yang mengandung antibiotik. Untuk itu pada DNA plasmid yang kita transformasikan harus ada gen penyandi antibiotik resisten agar bakteri hostnya menjadi tahan hidup di media yang mengandung antibiotik. Jadi bakteri yang tidak berhasil disusupi oleh plasmid akan mati dengan sendirinya. Dan bakteri yang resisten atau yang dikehendaki dipanen. Seleksi Replica PlatingReplica plating adalah suatu teknik dengan menggunakan satu atau lebih cawan petri sekunder mengandung media pertumbuhan selektif yang berbeda (tanpa nutrisi atau berisi inhibitor pertumbuhan seperti antibiotik) diinokulasikan dengan koloni mikroorganisme yang sama dari suatu plat primer, menghasilkan pola koloni yang sama dengan induknya.Tujuan dari teknik cawan replika yaitu untuk dapat membandingkan plat master dan plat sekunder lain khususnya untuk skrining fenotip tertentu. Sebagai contoh, ketika sebuah koloni terdapat dalam plat primer, dan tidak muncul pada plat sekunder, menunjukkan bahwa koloni tersebut sensitif terhadap material tertentu yang terdapat di plat sekunder. Skrining fenotip yang biasa dilakukan meliputi auxotrophy.