Post on 12-Jan-2017
UNIVERSITAS INDONESIA
Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk Diferensiasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium Non
Tuberculosis Kompleks
TESIS
Budi Haryanto
NPM 1006768950
PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS MIKROBIOLOGI KLINIK
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS INDONESIA
JAKARTA
JANUARI 2015
i
Universitas Indonesia
UNIVERSITAS INDONESIA
Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk Diferensiasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium Non Tuberculosis
Kompleks
TESIS
Diajukan sebagai salah satu sarat untuk memperoleh gelar
Spesialis-I
Mikrobiologi Klinik
Budi Haryanto
1006768950
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS INDONESIA
PROGRAM STUDI MIKROBIOLOGI KLINIK
JAKARTA
2015
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
v
Universitas Indonesia
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan
hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis
Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo
Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan
kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S
kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi
Khususnya kepada
Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I
atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas
arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi
penulis
dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas
bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil
penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini
dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan
penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela
kesibukan yang padat
Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program
Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada
penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam
menyelesaikan tesis ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vi
Universitas Indonesia
dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen
Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan
sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian
dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai
kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)
selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas
laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian
Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin
Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD
SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H
Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis
Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc
SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana
SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK
Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi
MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap
Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru
atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk
menatap masa depan
Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang
Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik
Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda
Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang
sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
i
Universitas Indonesia
UNIVERSITAS INDONESIA
Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk Diferensiasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium Non Tuberculosis
Kompleks
TESIS
Diajukan sebagai salah satu sarat untuk memperoleh gelar
Spesialis-I
Mikrobiologi Klinik
Budi Haryanto
1006768950
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS INDONESIA
PROGRAM STUDI MIKROBIOLOGI KLINIK
JAKARTA
2015
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
v
Universitas Indonesia
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan
hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis
Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo
Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan
kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S
kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi
Khususnya kepada
Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I
atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas
arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi
penulis
dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas
bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil
penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini
dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan
penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela
kesibukan yang padat
Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program
Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada
penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam
menyelesaikan tesis ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vi
Universitas Indonesia
dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen
Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan
sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian
dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai
kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)
selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas
laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian
Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin
Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD
SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H
Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis
Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc
SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana
SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK
Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi
MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap
Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru
atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk
menatap masa depan
Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang
Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik
Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda
Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang
sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
v
Universitas Indonesia
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan
hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis
Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo
Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan
kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S
kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi
Khususnya kepada
Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I
atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas
arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi
penulis
dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas
bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil
penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini
dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan
penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela
kesibukan yang padat
Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program
Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada
penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam
menyelesaikan tesis ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vi
Universitas Indonesia
dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen
Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan
sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian
dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai
kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)
selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas
laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian
Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin
Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD
SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H
Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis
Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc
SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana
SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK
Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi
MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap
Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru
atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk
menatap masa depan
Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang
Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik
Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda
Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang
sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
v
Universitas Indonesia
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan
hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis
Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo
Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan
kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S
kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi
Khususnya kepada
Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I
atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas
arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi
penulis
dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas
bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil
penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini
dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan
penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela
kesibukan yang padat
Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program
Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada
penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam
menyelesaikan tesis ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vi
Universitas Indonesia
dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen
Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan
sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian
dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai
kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)
selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas
laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian
Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin
Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD
SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H
Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis
Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc
SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana
SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK
Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi
MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap
Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru
atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk
menatap masa depan
Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang
Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik
Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda
Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang
sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
v
Universitas Indonesia
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan
hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis
Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo
Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan
kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S
kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi
Khususnya kepada
Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I
atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas
arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi
penulis
dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas
bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil
penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini
dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan
penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela
kesibukan yang padat
Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program
Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada
penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam
menyelesaikan tesis ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vi
Universitas Indonesia
dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen
Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan
sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian
dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai
kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)
selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas
laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian
Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin
Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD
SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H
Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis
Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc
SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana
SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK
Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi
MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap
Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru
atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk
menatap masa depan
Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang
Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik
Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda
Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang
sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
v
Universitas Indonesia
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan
hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi
Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis
Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo
Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan
kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S
kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi
Khususnya kepada
Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I
atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas
arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi
penulis
dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas
bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil
penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini
dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan
penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela
kesibukan yang padat
Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program
Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada
penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam
menyelesaikan tesis ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vi
Universitas Indonesia
dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen
Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan
sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian
dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai
kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)
selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas
laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian
Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin
Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD
SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H
Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis
Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc
SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana
SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK
Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi
MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap
Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru
atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk
menatap masa depan
Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang
Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik
Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda
Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang
sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vi
Universitas Indonesia
dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen
Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan
sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian
dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai
kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)
selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas
laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian
Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin
Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD
SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H
Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis
Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc
SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana
SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK
Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi
MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap
Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru
atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk
menatap masa depan
Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang
Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik
Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda
Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang
sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
vii
Universitas Indonesia
ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke
Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi
PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal
hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita
Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik
Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang
Apri Herman Ucup sardi Sauri dll
Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD
sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu
membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih
Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak
Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian
Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah
SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju
Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau
edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT
penulis
Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang
diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan
melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan
Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat
kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
viii
Universitas Indonesia
Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May
Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan
moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini
Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan
putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat
menyelesaikan studi ini
Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita
semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan
masukan sangat penulis harapkan
Jakarta 8 Januari 2014
Penulis
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
ix
Universitas Indonesia
ABSTRAK
Nama Budi Haryanto
Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik
Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk
Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan
Mycobacterium non tuberculosis Kompleks
Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular
fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di
seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya
Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk
dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013
mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB
dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji
identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8
minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu
Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh
karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat
Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi
MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)
Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai
prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)
Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan
dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC
Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis
H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi
tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI
Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang
diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP
100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan
niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas
888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN
100 (IK95 629-100)
Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB
AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip
uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi
Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin
paper strip Uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
x
Universitas Indonesia
ABSTRACT
Name Budi Haryanto
Study Program Clinical Microbiology
Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for
differentiation of Mycobacterium tuberculos
complex and Mycobacterium non tuberculosis
complex
Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium
causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the
world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of
TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population
with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases
to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control
the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach
all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one
of them is the time of culture and species identification The identification
Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the
bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1
week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a
method that can do identification more quickly and accurately
Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive
value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD
TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR
Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study
was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)
and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate
which is stored biological materials belong to Department of Microbiology
Faculty of Medicine
Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95
904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-
100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan
PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-
981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-
100)
Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT
TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and
had higher specificity values
Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M
tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper
strip Test Test PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xi
Universitas Indonesia
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS
i
ii
LEMBAR PENGESAHAN iii
LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv
KATA PENGANTAR v
ABSTRAK
ABSTRACT
ix
x
DAFTAR ISI xi
DAFTAR GAMBAR xiii
DAFTAR TABEL xiv
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN
xv
xvi
I PENDAHULUAN 1
11 Latar Belakang 1
12 PertanyaanPenelitian 4
13 Tujuan Penelitian 4
14 Manfaat Penelitian 5
II TINJAUAN PUSTAKA 6
21 Mycobacterium sp
211 Morfologi dan Struktur bakteri
212 Fisiologi Pertumbuhan
213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis
6
6
7
10
22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12
23 Uji Identifikasi MPT64 14
231 MPT 64 14
232 Immunochromatography MPT64 15
24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16
25 Paper strip Niasin tes 17
26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18
Kerangka Teori 20
Konsep Penelitian 20
III METODOLOGI PENELITIAN 21
31 Desain penelitian 21
32 Waktu dan tempat penelitian 21
33 Sampel Penelitian 21
34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21
35 Kriteria inklusi 22
36 Alur Kerja Penelitian
361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
364 Uji Niasin dengan Paper strip
22
24
24
25
25
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xii
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrasi DNA
3652 Amplifikasi PCR
3653 Analisis Produk PCR
26
26
26
27
37 Difinisi Operasional
371 MT64 SD DUO
372 Uji PNB
373 Uji Niasin paper strip
374 Uji PCR
28
28
28
28
28
38 Analisis Data 29
4 HASIL PENELITIAN 30
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30
42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33
44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR
47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2
35
36
5 PEMBAHASAN 38
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu
38
38
39
52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40
53 Niasin Paper strip BDreg
54 Uji PNB LJ
42
43
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ
551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64
5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ
56 Keterbatasan Penelitian
45
45
45
46
6 KESIMPULAN DAN SARAN 47
61 Kesimpulan 47
62 Saran 48
DAFTAR PUSTAKA 49
LAMPIRAN
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiii
Universitas Indonesia
DAFTAR GAMBAR
Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64
15
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
17
Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32
Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33
Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33
Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34
Gambar 45 Hasil PCR
35
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xiv
Universitas Indonesia
DAFTAR TABEL
Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota
besar ( Padang Semarang dan Surabaya)
14
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30
Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg
Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes
Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
36
36
37
37
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xv
Universitas Indonesia
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil PCR
Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ
Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip
Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
xvi
Universitas Indonesia
Daftar Lambang dan Singkatan
BTA = Batang Tahan Asam
Bp = basepair
CAS = Asia Tengah
CD4 = Cluster Determinant 4
CD8 = Cluster Determinant 8
oC = Derajat celsius
CI = Confidence interval
DNA = Deoxyribonucleic acid
dNTP = Deoksinukleosida trifosfat
EAI = Afrika Timur-India
H = Haarlem
ICT = imunocromatograpi
IK = Interval kepercayaan
IFN = interferon-
kDa = Kilo dalton
LAM = Amerika latin dan Mediterania
LJ = Lowenstein ndash Jensen
MAC = Mycobacterium avium intracellular complex
MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks
MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis
MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis
MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis
PCR = Polymerase chain reaction
PNB = P-Nitrobenzoic acid
SpolDB4 = spoligotype
TNFα = Tumor necrosis factor α
TB = Tuberkulosis
WHO = World Health organization
= Persen
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
1
Universitas Indonesia
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif
penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi
penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama
sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia
dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1
Tujuh puluh lima
persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi
penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini
Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina
India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun
2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai
460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-
900000 kasus3
Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat
antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya
penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat
keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4
Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan
mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua
lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)
didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan
asam56
Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen
dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak
dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu
perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
2
Universitas Indonesia
memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita
TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than
Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat
menimbulkan efek resistensi obat TB8
Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk
menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan
identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang
diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan
metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9
Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi
fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh
pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan
menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat
karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan
hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna
melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9
Selain uji niasin dilakukan juga
pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut
Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara
lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu
uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan
menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan
oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-
negara berkembang910
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama
pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
3
Universitas Indonesia
terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara
immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8
Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy
dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun
extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji
identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB
menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)
Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life
sciences Germany)10
Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan
oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina
terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat
menghasilkan protein MPT6413
Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di
Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan
pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype
(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12
Perbedaan ini memunculkan pertayaan
apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64
Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat
dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan
bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang
dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan
mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk
mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia
harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal
Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain
menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
4
Universitas Indonesia
identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk
mengurangi kesalahan identifikasi
Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk
membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan
sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat
digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang
dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang
membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih
Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau
metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography
dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip
dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan
diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di
Indonesia
I2 Pertanyaan penelitian
Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan
penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif
dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT
(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip
dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR
I3 Tujuan Penelitian
a Tujuan Umum
- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi
menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)
Niasin paper strip dan uji PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
5
Universitas Indonesia
b Tujuan Khusus
- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan
alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg
) dengan mengetahui nila
sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif
dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)
sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding
dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi
dengan PCR13
- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan
cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip
dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB
I4 Manfaat Penelitian
1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau
MOTT
2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan
MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program
pemberantasan penyakit TB di Indonesia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
6
Universitas Indonesia
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II1 Mycobacterium species
II11 Morfologi dan struktur bakteri
Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae
ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus
atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat
batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding
bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen
lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam
bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam
lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-
C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan
dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping
kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)
Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan
polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya
adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut
menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu
mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis
tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun
dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang
berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks
peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan
membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari
kuman Mycobacterium13-15
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
7
Universitas Indonesia
Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14
1 Lipid
Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul
bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel
Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari
molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk
melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen
serum
2 Protein
Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon
imun seluler penjamu terhadap infeksi16
Beberapa spesies Mycobacterium
terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan
penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein
Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi
reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)
3 Polisakarida
Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti
perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi
hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi
dengan serum pasien
II12 Fisiologi Pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa
oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-
70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini
sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda
selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
8
Universitas Indonesia
bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak
setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk
cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua
kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan
Mycobacterium mungi)1516
Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat
dibedakan menjadi empat kelompok 17
a) Kelompok 1 (Photochromogen)
Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna
kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan
Mycobacterium marinum)
b) Kelompok 2 (Scotochromogen)
Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan
(Mycobacterium scrofulaceum)
c) Kelompok 3 (Nonchromogen)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan
pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun
tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali
Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri
yang tergolong dalam koloni ini
d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)
Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh
yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus
Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
9
Universitas Indonesia
MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari
atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari
Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel
MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam
waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya
pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang
tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15
Perbedaan
dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen
antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa
air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat
membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat
warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat
tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16
Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan
kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien
seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam
amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
bakteri18
Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media
padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37
oC Medium yang
digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ
Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium
sp15
Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang
berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat
ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama
yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB
tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
10
Universitas Indonesia
oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early
secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya
dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10
Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien
TB1819
II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis
Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB
Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan
menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk
percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit
basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam
udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam
karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021
Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau
sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo
yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih
dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau
ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis
adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara
yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang
mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu
Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan
untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari
bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T
sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )
yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam
infeksi21
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
11
Universitas Indonesia
Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak
dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar
melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah
bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar
ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya
Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif
untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering
terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis
(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk
sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya
Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang
terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan
yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi
fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin
yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon
menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921
Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru
karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan
tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan
semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan
nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus
Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam
percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau
terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa
dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan
lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
12
Universitas Indonesia
II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain
Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun
terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak
sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan
penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain
Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di
Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip
dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM
di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712
Hal ini sama dengan penelitian yang
dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan
hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di
setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12
Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang
menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti
klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323
Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis
yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23
Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya
disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24
Akhir-akhir ini beberapa
pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan
oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies
diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324
Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)
Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22
Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti
oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen
tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di
Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
13
Universitas Indonesia
oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra
paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT
lainnya23-25
Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru
yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan
Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi
kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai
spesies MOTT26
Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26
NO Daerah Frekwensi Kasus
1 Jakarta 17 TB paru
2 Padang Sumbar 802 TB paru
3 Semarang 24 TB paru
4 Surabaya 115 TB paru
5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi
6 JakartaBandung 207 TB Paru
7 JakartaBandung 188 TB ektra paru
8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta
Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar
611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi
mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
14
Universitas Indonesia
Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang
Semarang dan Surabaya26
No Spesies MOTT
1 M simle 973
2 Mfortuitum 638
3 Mkansasii 1193
4 Mplhei 253
5 Mgastri 23
6 Mcheconae 33
7 Mscrofulaceum 185
8 Mavium 088
9 Msmegmatis 088
10 Mflavescens 094
11 M teracee complex 009
12 Mszulgai 7
13 Mmalmoense 45
14 Mxenopi 025
15 Mmarinum 1
16 Mgordonae 05
17 Mulcerans 0
18 Muknown 32
Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru
di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii
merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26
II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography
II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)
Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang
terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi
oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000
D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827
Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda
adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
15
Universitas Indonesia
untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media
padat18
II32 Immunochromatography MPT64
Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi
sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan
identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932
Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk
mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan
catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup
Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64
Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan
terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian
lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit
sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml
diakses tanggal 12-12-2013) 29
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
16
Universitas Indonesia
Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64
rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant
Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe
MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif
MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal
105 cfuml
31
Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh
Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana
dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat
26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip
(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv
dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410
Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan
kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan
sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan
padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133
isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif
pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil
kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan
karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432
II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)
Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor
asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme
PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat
Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
17
Universitas Indonesia
Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid
Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi
PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -
Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme
PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33
Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat
tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat
PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman
dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34
Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M
fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan
konsentrasi PNB 103 - 10
5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan
pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat
dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk
menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada
kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435
II5 Niasin paper strip tes
Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak
memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa
spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang
dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36
Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat
menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa
strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB
Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
18
Universitas Indonesia
yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat
dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip
Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya
positif palsu37
Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah
ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan
agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin
adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan
memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena
ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari
terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan
pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India
mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100
strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan
tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode
runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain
memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat
dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun
hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi
senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara
komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka
menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu
memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi
MTB363839
II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi
melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
19
Universitas Indonesia
menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit
fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik
PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang
spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)
dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga
yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap
pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai
ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada
daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan
primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap
berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus
akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda
sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =
Jumlah siklus)3940
Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan
dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang
akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang
spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau
disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC
GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC
TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan
komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan
dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan
perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang
digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa
dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43
PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan
TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu
mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
20
Universitas Indonesia
Kerangka teori
Kerangka konsep
MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB
Membedakan MTB dan MOTT
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
21
Universitas Indonesia
BAB III
Metode Penelitian
31 Desain penelitian
Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium
tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT
64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji
diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam
penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46
32 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan
Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014
33 Sampel Penelitian
Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis
(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute
for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium
tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik
Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang
saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu
34 Perkiraan Besar Sampel
Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji
diagnostik yaitu
N = Zα2 sen (1-sen)
d2 p
Keterangan
N Besar sampel
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
22
Universitas Indonesia
Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196
Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97
d2 Penyimpangan
P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966
Nilai Q = 1 ndash 09
Penyimpangan dapat diterima plusmn 10
Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )
N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT
35 Kriteria Inklusi
Krieria inklusi
- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar
LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu
inkubasi
36 Alur kerja Penelitian
1 Menetukan besaran sampel
2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)
3 Menanam stok dalam medium LJ
4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian
5 Melakukan pengamatan setiap minggu
6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara
a Uji PNB
b Uji MPT 64 SD Duoreg
c Uji PCR TB
d Uji Niacin
7 Pembukaan hasil yang benar (blind)
8 Pengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
23
Universitas Indonesia
ALUR PENELITIAN
IPengumpulan sampel
(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)
(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )
IIPertumbuhan Isolat
(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)
(2 iinkubasi dalam su u C )
(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )
(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))
IIILakukan uji identifikasi
(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)
(2 Tes NiacinPNB )
(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)
IVPembukaan hasil yang benar (blind)
VPengolahan data
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
24
Universitas Indonesia
361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)
Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali
ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media
pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya
bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat
meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di
lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai
suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok
mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ
dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo
mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam
tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara
menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin
permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg
selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan
letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di
inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu
362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg
Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh
dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan
buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang
terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose
sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak
100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati
hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64
dilakukan di BSC level 2
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
25
Universitas Indonesia
363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)
PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ
terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga
menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8
ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg
sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin
diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar
dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di
tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan
pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara
menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak
dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam
kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan
lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap
minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak
terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada
pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu
pada buku catatan kultur
364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg
Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang
terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian
belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah
terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi
seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu
121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak
masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan
tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip
yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam
niasin
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
26
Universitas Indonesia
365 Uji PCR
3651 Ekstrai DNA
Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland
pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose
masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan
pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes
yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit
kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan
sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan
dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC
Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi
Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali
pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang
3652 Amplifikasi PCR
Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44
PCR
dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x
PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase
10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target
IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah
dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur
tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda
untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl
terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer
(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb
kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)
yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL
primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM
2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040
microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27
Universitas Indonesia
ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya
dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan
16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA
sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR
dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang
telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit
denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada
suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30
detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada
suhu72degC selama 5 menit
3653 Analisis Produk PCR
Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan
etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk
mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi
Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam
larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah
pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel
(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel
agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi
larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading
bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker
digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR
dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada
gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses
selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5
menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat
dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto
dengan kamera polaroid
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
28
Universitas Indonesia
37 Definisi operasional
371 MPT 64 SDDuoreg
Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)
Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )
372 UJI PNB
Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan
embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )
Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan
kedalam ldquosensitifrdquo )
373 UJI Niasin paper strip BDreg
Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)
Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )
374 UJI PCR
Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp
Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp
375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ
MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat
pertumbuhan koloni di medium PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
29
Universitas Indonesia
38 Analisis data
Uji identifikasi dengan PCR
Metode indentifikasi
MPT64 PNB Niasin paper strip dan
PNB + Niasin paper strip
1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan
mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas
(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)
Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase
Sensitivitas = a (a+c)
Spesifisitas = d (b+d)
2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat
mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)
yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif
Nilai prediksi positif = a (a+b)
Nilai prediktif negatif = d (c+d)
MTB MOTT Jumlah
MTB a b a+b
MOTT c d c+d
Jumlah a+c b+d a+b+c+d
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
30
Universitas Indonesia
BAB IV
HASIL PENELITIAN
41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)
Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi
seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena
menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam
medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan
MOTT rapid grower
Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni
NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari
tumbuh
Morfologi koloni
1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan
bergerombol diatas permukaan
agar
2 M shimoidei ATCC 27962
8 Warna putih pucat tumbuh
terpisah setiap koloni
3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol
4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di
permukaan LJ
5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya
bergerombol padat di permukaan
LJ
6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan
berminyak
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
31
Universitas Indonesia
7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat
tumbuh menyebar dan terpisah-
pisah berbentuk seperti bunga kol
dipermukaan medium Suasana
medium kering
8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan
koloni tumbuh rata diseluruh
permukaan LJ
9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar
merata dan berminyak
Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh
dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh
diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu
tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan
gambar 41
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
32
Universitas Indonesia
Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat
perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan
memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar
LJ)45
Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam
penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh
lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh
karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas
jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif
yang telah dipasase sebanyak dua kali
42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64
Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji
MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data
spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar
MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42
disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan
dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
33
Universitas Indonesia
Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64
Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64
Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda
garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo
43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip
Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT
didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel
yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB
sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB
adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true
MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip
gambar 43
Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan
warna dari putih menjadi kuning di paper strip
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
34
Universitas Indonesia
44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ
Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang
diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi
satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB
True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh
sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV
dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44
tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh
A B
Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ
(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ
45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR
Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan
yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan
sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh
sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV
menghasilkan benar MTB 100
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
35
Universitas Indonesia
Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp
dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya
sejajar dengan kontrol positif
200 bp
100 bp
Kontrol (+) H37RV123bp
Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif
Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif
46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD
Duoregdan PCR
Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64
Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu
MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi
Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan
identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
36
Universitas Indonesia
47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2
Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg
Pemeriksaan PCR
MPT64 SD Duo reg
Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100
(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi
positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak
100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR
tabel 42
Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan
spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95
861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)
table 43
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 0 37
MOTT 0 9 9
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
37
Universitas Indonesia
Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ
Pemeriksaan PCR
PNB LJ
Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai
prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44
Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ
Pemeriksaan PCR
Niasin paper strip BDreg dan
PNB LJ
Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai
sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-
981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi
negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
MTB MOTT Jumlah
MTB 37 1 38
MOTT 0 8 8
Jumlah 37 9 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
38
Universitas Indonesia
Bab V
PEMBAHASAN
51 Pertumbuhan MOTT
511 MOTT yang tidak dapat tumbuh
Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian
ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977
yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan
dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita
lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48
Organisme ini dapat juga
ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna
walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup
lama (16 minggu)49
Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk
ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke
labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48
Penegakan diagnostik sulit
ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang
lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat
ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat
pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan
Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan
pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi
kadar piruvat di medium padat (LJ) 50
Sedangkan medium LJ yang dipakai pada
penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini
mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense
M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di
medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut
oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
39
Universitas Indonesia
ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis
struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam
golongan MOTT51
Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun
banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering
diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti
infeksi tuberkulosis paru52
Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari
dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic
(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh
dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni
halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena
cahaya53
Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh
penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan
yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah
mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ
512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu
Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah
Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu
minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium
fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17
Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10
suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang
dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54
Jika melihat pengelompokan yang
dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga
Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri
yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ
membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di
permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55
Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
40
Universitas Indonesia
karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56
Dapat
dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga
oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan
mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan
menjadi cepat18
Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu
berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat
pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23
Sehingga
pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu
52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64
Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas
pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar
Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100
dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa
kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap
pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil
negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662
sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95
904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji
diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada
populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100
Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal
ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
41
Universitas Indonesia
sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64
merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara
cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan
spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat
ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas
dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia
(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel
sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative
catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard
Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India
menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner
dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences
Germany)857
Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian
saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau
dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui
genotip1112
Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag
MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan
sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat
teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk
digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif
MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32
Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan
pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga
harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
42
Universitas Indonesia
53 Niasin paper strip BDreg
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-
100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita
percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel
tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin
paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan
95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam
mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya
bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval
kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB
apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai
duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan
95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila
uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif
pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai
100
Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang
dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum
dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di
medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia
saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda
dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti
pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan
warna ketika uji niasin58
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
43
Universitas Indonesia
Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang
kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun
ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim
tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan
Mmarinum 59
Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat
mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan
spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36
Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan
cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip
dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper
strip59
Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan
identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44
Untuk
menghindari terjadinya negatif palsu
54 Uji PNB LJ
Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode
PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini
berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil
positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai
sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara
904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan
PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya
kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada
MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang
diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga
positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
44
Universitas Indonesia
bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973
dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh
sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah
100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas
tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya
bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut
terletak di antara 629 sampai 100
Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899
yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner
maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61
Hasil
tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan
perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai
Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak
tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan
uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB
tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62
Sedangkan penelitian yang
dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains
yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34
Keadaan
ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang
tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis
Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ
sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik
MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji
niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum
menggunakan dua metode uji yang berbeda44
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
45
Universitas Indonesia
55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ
551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839
Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi
Ag MPT64 diantaranya
1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB
2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara
dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah
3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler
4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT
Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal
pemeriksaan diantaranya adalah
1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium
padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat
keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup
2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu
3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien
(harus di tanam dalam medium kultur)
552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan
PNB LJ 41445965
Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti
menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
46
Universitas Indonesia
1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat
karsinogenik
2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional
3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO
4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian
identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain
seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu
Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ
1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak
2 Biaya yang dikeluarkan mahal
3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu
untuk PNB LJ)
4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan
uji identifikasi tersebut
56 keterbatasan penelitian
Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat
memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan
melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai
sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang
tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan
isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian
tidak tumbuh
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
47
Universitas Indonesia
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
61 Simpulan
611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan
metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh
sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan
data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB
Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip
menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat
612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan
imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif
sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif
sebanyak 100 (IK 95 662-100)
613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan
PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK
95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-
995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-
100)
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
48
Universitas Indonesia
62 Saran
621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)
dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas
pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai
sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk
melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64
622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih
besar dan lebih bervariasi
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
49
Universitas Indonesia
DAFTAR PUSTAKA
1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the
Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic
assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical
Microbiology 1999 37 3693-97
2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL
httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal
13 Mei 2014
3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada
URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia
diunduh 13 Mei 2014
4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation
of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84
5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi
2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32
6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and
Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for
Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93
7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly
efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular
Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular
M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical
Microbiology 2012 50 1166-70
8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen
detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource
constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96
9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an
Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium
tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical
isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012
135 901-06
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
50
Universitas Indonesia
10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for
the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis
Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of
Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104
11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan
Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur
Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14
12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al
Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly
on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46
3639-45
13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64
in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical
Microbiology 2013 51 1558-62
14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam
Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21
Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88
15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic
Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85
16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium
tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon
CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB
Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72
17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic
mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious
diseases 1995 21 291-9
18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research
purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis
pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995
73-83
19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The
biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder
Co Philadelphia 1997 157-75
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
51
Universitas Indonesia
20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel
Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3
Churchill Livingstone New York 1990 1877-903
21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular
approach ASM Press Washington DC 1994 307-21
22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium
other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64
23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary
nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics
1999191487-503
24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous
mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25
25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in
new Zealand[cited 2010 july 10th
] Tersedia Pada URL
URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh
tanggal 23 Juli 2014
26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis
Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya
Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical
application 2008 21 60-62
27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of
the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for
serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious
Diseases 2012 12 96-103
28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex
by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf
Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014
29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL
httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014
30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid
imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis
paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam
Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
52
Universitas Indonesia
31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U
Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium
tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal
Tropical Diseasa 2013 3 207-10
32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt
Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture
confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter
Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12
33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple
in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis
complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-
Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87
34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of
rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex
by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-
carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09
35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to
Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous
Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop
Med Public Health 2007 38 111-14
36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for
Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of
Tuberculosis 1995 42 225-26
37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper
Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed
Microbiology 1970 20 939-45
38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan
Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan
RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian
penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44
39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of
niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871
40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi
berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
53
Universitas Indonesia
Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia
1998 Thesis
41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen
J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium
tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994
32 672-8
42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan
Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan
Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44
43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction
targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary
tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66
44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction
amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium
tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and
Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL
httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses
November 2014
45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari
spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik
spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia 2001 Thesis
46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of
Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47
47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P
Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two
Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect
India 2012 6 46-52
48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the
ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos
and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50
49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for
description of New Slowly Growing Mycobacterium Species
Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
54
Universitas Indonesia
50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin
Chest Med 2002 23 529-551
51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical
relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical
Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5
52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly
described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of
Clinical Microbiology 2005 43 4286-7
53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada
URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept
2014
54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and
Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94
55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M
Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated
Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39
284ndash87
56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y
Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and
methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47
57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V
Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of
Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In
Tuberculosis 2012 4 13-18
58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond
VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for
detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and
on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health
2014 24 358-64
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
55
Universitas Indonesia
59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for
Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding
Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the
Diagnosis Cardona 2012 24 8-12
60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V
Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex
based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian
Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21
61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord
Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test
for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis
complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16
62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation
test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by
Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab
Physicians 2010 2 89-92
63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis
using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium
tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88
64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium
tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-
70
65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R
Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income
Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition
2007 80-81
66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J
Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices
in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8
67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab
Management 2014 Tersedia pada URL
httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar
diakses bulan Oktober 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
56
Universitas Indonesia
68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A
Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al
Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium
tuberculosis complex identification from broth-based culture in
Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014
7 748ndash53
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 1 Hasil PCR
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Sampel penambahan baru
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian
Jenis specimen Jumlah Presentase
MOTT 9 195
MTB
30
653
H37RV
7
152
Jumlah 46 100
Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 45 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ
Lampiran 7 Hasil Uji PCR
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 9(100) 0(0) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46(100) 0 46
TRUE () FALSE () Jumlah
MOTT 8(888) 1(111) 9
H37RV 7(100) 0(0) 7
MTB 30(100) 0(0) 30
Jumlah 46 1 46
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi
NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR
1 H37RV + + S +
2 H37RV + + S +
3 MKansasii - - R -
4 Msimblei - - R -
5
MAvium ATCC
12814 - - R -
6 Mflavescens - - R -
7 H37RV + + S +
8 Msmegmatis - + S -
9 H37RV + + S +
10 H37RV + + S +
11 Mterrae - - R -
12 Mscrofulaceum - - R -
13
MAvium IwG MT
49 - - R -
14 H37RV + + S +
15 MTriviale - - R -
16 H3717 + + S +
17 H2964 + + S +
18 H3773 + + S +
19 H2941 + + S +
20 H3730 + + S +
21 H3767 + + S +
22 H2890 + + S +
23 H3611 + + S +
24 H3846 + + S +
25 H3627 + + S +
26 H3494 + + S +
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014
27 H3725 + + S +
28 H3643 + + S +
29 H3593 + + S +
30 H3512 + + S +
31 H3072 + + S +
32 H3098 + + S +
33 H3021 + + S +
34 H3724 + + S +
35 H3716 + + S +
36 H3025 + + S +
37 H3731 + + S +
38 H2962 + + S +
39 H3512P + + S +
40 2 + + S +
41 3 + + S +
42 4 + + S +
43 5 + + S +
44 6 + + S +
45 7 + + S +
46 H37RV + + S +
Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)
MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )
Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014