KARATERISTIK MARKA GENETIK DAERAH CYTOCHROME B SEBAGAI ACUAN KONSERVASI GENETIK HARIMAU SUMATERA
Oleh:ULFI FAIZAH , S.Pd., M.Si.Universitas Negeri SurabayaJuli 2009
SEMBILAN SUBSPESIES HARIMAU DI DUNIA & DISTRIBUSINYA (Luo et al. 2004)
2
Panthera tigris virgata(Harimau Kaspia)
P. t. tigris(Harimau India)
P. t. jacksoni(Harimau Malayan)
P. t. sumatrae(Harimau Sumatera)
P. t. sondaica(Harimau Jawa)
P. t. balica(Harimau Bali)
P. t. corbetti(Harimau Indo-China)
P. t. amoyensis(Harimau China Selatan)
P. t. altaica(Harimau Siberia)
Status Harimau Sumatera
3
IUCN Critically Endangered: satwa langka yang kritis yaitu kategori tertinggi dari ancaman kepunahan (IUCN 2006)
CITES Appendix I: kategori hewan yang sangat dilarang untuk diperdagangkan baik pada tingkat nasional maupun internasional (Inskipp 2005)
Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora
International Union for Conservation of Nature and Natural Resources
Habitat Harimau Sumatera di Pulau Sumatera
4
Keterangan:1. Gunung Leuser2. Bukit Tiga Puluh3. Kerinci-Seblat4. Berbak5. Way Kambas6. Bukit Barisan Selatan(Shepherd & Magnus 2004)
1
2
4
3
5
6
Dulu: habitat tersebar di seluruh Pulau Sumatera
Sekarang: habitat semakin terbatas di daerah-daerah tertentu
Konservasi Genetik
5
Populasi Harimau Sumatera yang semakin menurun dan habitat yang terpencar -> penyebaran gen terganggu & keragaman gen menurun.
Memahami & mempertahankan keragaman genetik suatu populasi sangat penting dalam konservasi karena keragaman genetik yang tinggi sangat membantu dalam beradaptasi terhadap perubahan lingkungan.
Studi Keragaman DNA Mitokondria (mtDNA)
6
Mengungkapkan perbedaan dengan lebih teliti dalam membedakan suatu spesies yang menyangkut tentang struktur, komposisi, dan organisasi genom pada tingkat DNA.
Marka Genetik DaerahCytochrome b (Cyt. b)
7
Daerah penyandi protein yang tidak begitu variatif/conserve.
Sekuen-sekuen yang conserve bersifat menguntungkan karena dapat dijadikan barcoding/marka genetik untuk identifikasi kemurnian spesies.
Digunakan untuk penelitian hubungan spesies dari genus atau famili yang sama.
8
Tujuan Penelitian1. Untuk menganalisis keragaman genetik
berdasarkan marka genetik daerah Cyt. b parsial pada Harimau Sumatera;
2. Untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar subspesies Harimau Sumatera dengan subspesies harimau lainnya di dunia.
Cara KerjaPengambilan sampel
Sekuensing
Analisis data dengan program MEGA IV
Isolasi DNA
PCR
Cyt. b parsial
10
Hasil Amplifikasi Daerah Cyt. b Parsial
500 pb
700 pb
1 2 3 4 5
675 pb
Keterangan: No. 1-4: DNA hasil amplifikasi menggunakan pasangan primer UF-06 dan UF-07, No. 5: DNA penanda 100 pb (Fermentas)
11
Keragaman Runutan Basa-Basa Nukleotida & Marka Genetik yang Spesifik pada Daerah Cyt. b Parsial
12
Filogeni Harimau Sumatera Berdasarkan Runutan Basa Nukleotida Daerah Cyt. b Parsial
Kelompok Harimau Sumatera jelas terpisah dengan kelompok subspesies harimau lainnya.
Pt. sum su5
Pt. sum su10
Pt. sum su9
Pt. sum su2
Pt. sum su4
HS4c/Bengkulu
HS2c/Riau
Pt. sum su3
Pt. sum su7
Pt. sum su6
Pt. sum su1
HS1c/Medan
HS3c/Jambi
Pt. cor c1
Pt. cor c2
Pt. tig b7
Pt. tig b5
Pt. tig b6
Pt. tig b8
Pt. tig b9
Pt. alt s6
Pt. alt s8
Pt. alt s11
Pt. alt s14
Pt. alt s10
Pt. alt s5
Pt. alt s13
Pt. alt s1
Pt. alt s15
Pt. alt s2
Pt. alt s3
Pt. alt s12
Pt. alt s4
Pt. x
Pt. alt s7
42
47
52
39
40
66
88
87
0.001
13
Simpulan1. Berdasarkan analisis marka genetik daerah Cyt. b parsial
pada Harimau Sumatera didapatkan 2 buah situs basa nukleotida spesifik (situs basa nukleotida ke 118 (G) dan 369 (A)). Marka genetik Cyt. b cocok digunakan untuk membedakan antar subspesies Harimau Sumatera.
2. Berdasarkan rekonstruksi filogeni menggunakan marka genetik daerah Cyt. b diketahui bahwa hubungan kekerabatan subspesies Harimau Sumatera dengan subspesies harimau lainnya adalah Harimau Sumatera (P. t. sumatrae) paling dekat dengan Harimau India (P. t. tigris) dan paling jauh dengan Harimau Siberia (P. t. altaica).
Terima kasih
&Save the
world
Top Related