KARATERISTIK MARKA GENETIK DAERAH CYTOCHROME B SEBAGAI ACUAN KONSERVASI GENETIK HARIMAU SUMATERA

Oleh:ULFI FAIZAH , S.Pd., M.Si.Universitas Negeri SurabayaJuli 2009

SEMBILAN SUBSPESIES HARIMAU DI DUNIA & DISTRIBUSINYA (Luo et al. 2004)

2

Panthera tigris virgata(Harimau Kaspia)

P. t. tigris(Harimau India)

P. t. jacksoni(Harimau Malayan)

P. t. sumatrae(Harimau Sumatera)

P. t. sondaica(Harimau Jawa)

P. t. balica(Harimau Bali)

P. t. corbetti(Harimau Indo-China)

P. t. amoyensis(Harimau China Selatan)

P. t. altaica(Harimau Siberia)

Status Harimau Sumatera

3

IUCN Critically Endangered: satwa langka yang kritis yaitu kategori tertinggi dari ancaman kepunahan (IUCN 2006)

CITES Appendix I: kategori hewan yang sangat dilarang untuk diperdagangkan baik pada tingkat nasional maupun internasional (Inskipp 2005)

Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora

International Union for Conservation of Nature and Natural Resources

Habitat Harimau Sumatera di Pulau Sumatera

4

Keterangan:1. Gunung Leuser2. Bukit Tiga Puluh3. Kerinci-Seblat4. Berbak5. Way Kambas6. Bukit Barisan Selatan(Shepherd & Magnus 2004)

1

2

4

3

5

6

Dulu: habitat tersebar di seluruh Pulau Sumatera

Sekarang: habitat semakin terbatas di daerah-daerah tertentu

Konservasi Genetik

5

Populasi Harimau Sumatera yang semakin menurun dan habitat yang terpencar -> penyebaran gen terganggu & keragaman gen menurun.

Memahami & mempertahankan keragaman genetik suatu populasi sangat penting dalam konservasi karena keragaman genetik yang tinggi sangat membantu dalam beradaptasi terhadap perubahan lingkungan.

Studi Keragaman DNA Mitokondria (mtDNA)

6

Mengungkapkan perbedaan dengan lebih teliti dalam membedakan suatu spesies yang menyangkut tentang struktur, komposisi, dan organisasi genom pada tingkat DNA.

Marka Genetik DaerahCytochrome b (Cyt. b)

7

Daerah penyandi protein yang tidak begitu variatif/conserve.

Sekuen-sekuen yang conserve bersifat menguntungkan karena dapat dijadikan barcoding/marka genetik untuk identifikasi kemurnian spesies.

Digunakan untuk penelitian hubungan spesies dari genus atau famili yang sama.

8

Tujuan Penelitian1. Untuk menganalisis keragaman genetik

berdasarkan marka genetik daerah Cyt. b parsial pada Harimau Sumatera;

2. Untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar subspesies Harimau Sumatera dengan subspesies harimau lainnya di dunia.

Cara KerjaPengambilan sampel

Sekuensing

Analisis data dengan program MEGA IV

Isolasi DNA

PCR

Cyt. b parsial

10

Hasil Amplifikasi Daerah Cyt. b Parsial

500 pb

700 pb

1 2 3 4 5

675 pb

Keterangan: No. 1-4: DNA hasil amplifikasi menggunakan pasangan primer UF-06 dan UF-07, No. 5: DNA penanda 100 pb (Fermentas)

11

Keragaman Runutan Basa-Basa Nukleotida & Marka Genetik yang Spesifik pada Daerah Cyt. b Parsial

12

Filogeni Harimau Sumatera Berdasarkan Runutan Basa Nukleotida Daerah Cyt. b Parsial

Kelompok Harimau Sumatera jelas terpisah dengan kelompok subspesies harimau lainnya.

Pt. sum su5

Pt. sum su10

Pt. sum su9

Pt. sum su2

Pt. sum su4

HS4c/Bengkulu

HS2c/Riau

Pt. sum su3

Pt. sum su7

Pt. sum su6

Pt. sum su1

HS1c/Medan

HS3c/Jambi

Pt. cor c1

Pt. cor c2

Pt. tig b7

Pt. tig b5

Pt. tig b6

Pt. tig b8

Pt. tig b9

Pt. alt s6

Pt. alt s8

Pt. alt s11

Pt. alt s14

Pt. alt s10

Pt. alt s5

Pt. alt s13

Pt. alt s1

Pt. alt s15

Pt. alt s2

Pt. alt s3

Pt. alt s12

Pt. alt s4

Pt. x

Pt. alt s7

42

47

52

39

40

66

88

87

0.001

13

Simpulan1. Berdasarkan analisis marka genetik daerah Cyt. b parsial

pada Harimau Sumatera didapatkan 2 buah situs basa nukleotida spesifik (situs basa nukleotida ke 118 (G) dan 369 (A)). Marka genetik Cyt. b cocok digunakan untuk membedakan antar subspesies Harimau Sumatera.

2. Berdasarkan rekonstruksi filogeni menggunakan marka genetik daerah Cyt. b diketahui bahwa hubungan kekerabatan subspesies Harimau Sumatera dengan subspesies harimau lainnya adalah Harimau Sumatera (P. t. sumatrae) paling dekat dengan Harimau India (P. t. tigris) dan paling jauh dengan Harimau Siberia (P. t. altaica).

Terima kasih

&Save the

world