8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
1/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
Analisis Protein dengan Menggunakan PDB ( Protein Data Bank )
1. Buka situs www.rcsb.org
2. Pada bagian menu, dapat dipilih menu yang sesuai untuk mengolah atau menganalisis proteinyang dimiliki.
M
8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
2/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
3. Misalkan kita memiliki suatu sekuens yang ingin kita identifikasikan, dapat langsung arahkanpointer pada menu “Search” lalu klik pilihan “Sequences”.
8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
3/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
4. Lakukan proses input sekuen ke dalam kolom pencarian.
5. Hasil
Kolom Input
Tidak Terdapat Hasil Yang Sesuai
8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
4/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
6. Misalnya dilakukan pemilihan protein teratas
RekomendasiPDB ID
8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
5/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
Beberapa tampilan pada bagian Molecular Description
8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
6/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
7. Analisis protein melalui PDB dapat pula dilakukan apabila sudah mengetahui PDB ID dariprotein yang akan dianalisis. Misalnya diketahui bahwa PDB ID dari myoglobin adalah“1MBN”.
8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
7/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
dan seterusnya seperti penjelasan sebelumnya
8. Untuk memvisualisasikan protein, dapat digunakan menu “Visualize” dan dilanjutkan denganmengklik opsi lainnya, misalnya “Jmol”.
8/16/2019 Analisis Protein Dengan Menggunakan Protein Data Bank
8/8
Praktikum Biologi Molekuler - M
9. Hasil
Hasil rotasi
10. Dapat dilakukan pembandingan dengan model yang diberikan oleh NCBI dan Swiss-Model.
Sisi Ikatan – Heme Binding Site
Top Related