TAKSONOMI MOLEKULER ‘DNA BARCODING’ DAN KERAGAMAN GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP

BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA

EKA MAYA KURNIASIHC54090040

USULAN PENELITIAN

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTANFAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2013

TAKSONOMI MOLEKULER ‘DNA BARCODING’ DAN KERAGAMAN GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP

BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA

EKA MAYA KURNIASIHC54090040

USULAN PENELITIANSebagai Salah Satu Syarat untuk Melakukan Penelitian

Pada Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTANFAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR2013

USULAN PENELITIAN

Judul Penelitian : TAKSONOMI MOLEKULER ‘DNA BARCODING’ DAN KERAGAMAN GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA

Nama Mahasiswa : Eka Maya KurniasihNomor Pokok : C54090040Departemen : Ilmu dan Teknologi Kelautan

Menyetujui,

Mengetahui,Ketua Departemen

Ilmu dan Teknologi Kelautan

Prof. Dr. Ir.Setyo Budi Susilo, M.ScNIP. 19580909 198303 1 003

ii

Dosen Pembimbing I

Dr. Hawis Madduppa S.Pi, M.Si . NIP. 19790326 200701 1 001

Dosen Pembimbing II

Beginer Subhan S.Pi, M.Si . NIP. 19800118 200501 1 003

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala limpahan rahmat, hidayah yang

diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan proposal penelitian yang berjudul

“TAKSONOMI MOLEKULER ‘DNA BARCODING’ DAN KERAGAMAN

GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP

BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA” Proposal ini diajukan sebagai

salah satu syarat untuk melakukan penelitian.

Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Hawis Maddupa dan Beginer

Subhan selaku dosen pembimbing yang telah memberikan saran dan kritik dalam

penyelesaian proposal ini. Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada kedua

orang tua beserta keluarga yang selalu memberikan dukungan dan doa, serta teman-

teman Ilmu dan Teknologi angkatan 2009 serta semua pihak yang telah mendukung

baik moril maupun materil demi terselesaikannya proposal ini.

Segala bentuk kritik, masukan, dan saran sangat penulis harapkan untuk kajian

evaluasi dan perbaikan untuk mendapatkan hasil yang lebih baik.

Bogor, Januari 2013

Penulis

iii

DAFTAR ISI

USULAN PENELITIAN.........................................................................................................ii

DAFTAR TABEL................................................................................................................... iv

DAFTAR LAMPIRAN............................................................................................................v

1. PENDAHULUAN...........................................................................................................1

1.1. Latar Belakang..............................................................................................................1

2. METODOLOGI...............................................................................................................5

2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian.........................................................................................5

2.2. Alat dan Bahan Penelitian.............................................................................................5

2.3 Metode Perolehan Data Sampel.....................................................................................7

2.4 Analisis Laboratorium...................................................................................................7

LAMPIRAN...........................................................................................................................18

DAFTAR TABEL

Tabel 1. Alat dan Bahan Penelitian …………………….……………………………5

Tabel 2. Komposisi Master Mix pada PCR…………………….……………………9

Tabel 3. Komposisi Master mix EXO/SAP …………………….………………….11

iv

v

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Jadwal Kegiatan Penelitian…………………………………………… 18

vi

1. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Ikan hiu merupakan ikan bertulang rawan yang termasuk kedalam kelas

Chondrichthyes serta ikan hiu dapat dijumpai hampir diseluruh wilayah perairan

Indonesia, baik di perairan territorial, perairan samudera maupun Zona Ekonomi

Eksklusif Indonesia (ZEE) dari sabang sampai marauke dari talaud sampai cilacap.

Jenis Hiu yang ditemukan pun beraneka ragam. Diperkirakan lebih dari 75 jenis hiu

ditemukan di perairan Indonesia dan sebagian besar dari jenis tersebut potensial untuk

dimanfaatkan (Wibowo dan Susanto, 1995)

Ketersediaan dan keberadaan stock suatu komoditas disuatu perairan

dipengaruhi oleh perilaku dan pola pikir manusia dalam menerapkan sistem

pengelolaan yang dipilih. Kegiatan penangkapan sumber daya perikanan yang

cenderung bersifat eksploitatif dan pengelolaan dengan menggunakan pendekatan

produksi saat ini sudah pesat yang telah berdampak pada penurunan populasi

beberapa jenis komoditas perikanan yang tergolong andalan komoditas ekspor seperti

ikan hiu yang merupakan komoditas ekspor atau bahkan pemenuhan kebutuhan

domestik. Hampir seluruh bagian tubuh ikan hiu dapat dimanfaatkan, mulai dari sirip,

minyak hati sampai daging, tulang, kulit dan mata. Indonesia memasok sekitar 15%

dari total kebutuhan sirip hiu dunia, sedangkan negara-negara lainnya hanya sekitar

1% (Stevens et al, 2000); (Traffic, 2002).

Direktorat Jendral Perikanan Tangkap (2005) menyatakan “Terdapat

beberapa jenis hiu yang terdapat di perairan Indonesia adalah hiu caping/martil

1

meliputi spesies Sphyrna lewini, S. mokarran dan S. zygaena termasuk kedalam

daftar merah IUCN sebagai spesies yang terancam punah secara global akibat

penangkapan berlebih untuk pemanfaatan siripnya dan appendix II dalam CITES

artinya ikan hiu ini hampir terancam punah atau kemungkinan punah jika

perdagangannya tidak di atur dengan baik. Di Indonesia, hiu caping/martil banyak di

temukan di Taman Nasional Bunaken, Pulan Barat dan Sekotong Lombok Barat. Hiu

lanyam termasuk di dalamnya spesies Carcharhinus plumbeus, C. oobscures dan C.

Longimanus termasuk kedalam daftar merah IUCN dan appendiks II CITES.

Populasinya banyak tersebar di perairan Barat Sumatera, Selatan Jawa, Bali dan Nusa

Tenggara Timur. Spesies hiu slendang (Squalus glaucus) dengan status IUCN

hampir punah (near threatened), dan ikan hiu gergaji (Pristis microdon) juga

termasuk kedalam daftar red list dan appendiks II CITES sehingga ikan hiu ini

dilindungi secara nasional”.

Perkembangan perdagangan ikan hiu yang telah meningkat serta semakin

intensifnya penangkapan ikan hiu menyebabkan ikan hiu rentan terhadap jumlah

populasinya di perairan Indonesia terutama di perairan selatan Indonesia. Hampir

sebagian besar jenis hiu yang ada termasuk kedalam daftar merah IUCN sebagai

spesies yang terancam punah.

Perkembangan biologi molekuler yang mempelajari biologi sel pada tingkat

molekuler berkembang sangat pesat dengan ditemukannya berbagai macam teknologi

seperti rekayasa genetika, kultur jaringan, DNA rekombinan dan lain-lain. DNA

digunakan dalam banyak metode ilmu pengetahuan sekarang ini. DNA digunakan

2

beberapa ahli untuk mendapatkan beberapa temuan salah satunya mengetahui filogeni

organisme tertentu dan menghasilkan hubungan antara populasi. Analisis DNA

digunakan untuk karakterisasi sifat genetik pada level molekuler yang secara

langsung mencerminkan sifat genotipe yang dimiliki oleh organisme tertentu. Ikan

hiu memiliki diversitas yang cukup tinggi di perairan selatan Indonesia dengan

diversitas yang ada dengan menggabungkan teknik identifikasi morfologi dan

molekuler dengan pendekatan DNA Barcoding semua organisme akan dapat

diidentifikasi dan dikuantifikasi. Pengkajian keragaman genetik melalui penandaan

molekuler menggunakan DNA (Deoxyribonucleid Acid) baik pada DNA inti dan

DNA mitokondria (mtDNA) akan didapatkan hasil yang dapat mengungkapkan

perbedaan dengan lebih teliti dalam membedakan intra dan interspesies yang

menyangkut tentang struktur, komposisi dan organisasi genom pada tingkat DNA

(Duryadi,1994)

Pengetahuan struktur genetik ini penting untuk konservasi dan proteksi ikan

hiu sebagai spesies langka dan terancam serta menduga pengaruh perubahan terhadap

populasi alami. Kondisi yang seperti telah dijelaskan sebelumnya yang membuat

penulis menganalisis keanekaragaman genetik ikan hiu dengan penentuan marka

mitokondria dalam mengukur kekerabatan spesies ikan hiu dalam populasi dengan

hasil yang ingin dicapai dapat mengidentifikasi jenis ikan hiu apa saja yang banyak

tertangkap atau diperdagangkan serta keanekaragaman genetik ikan hiu di perairan

selatan Indonesia khususnya di wilayah cilacap, Jawa Tengah.

3

1.2 Tujuan

1. Identifikasi jenis ikan hiu yang diperdagangkan di Pelabuhan Perikanan

Samudera (PPS) Cilacap, Jawa Tengah.

2. Analisis tingkat keragaman genetik individu antar spesies.

3. Menentukan hubungan kekerabatan antar spesies ikan hiu yang di

perdagangkan di Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Cilacap, Jawa Tengah.

4

2. METODOLOGI

2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian

Penelitian ini dibagi kedalam dua tahap, yaitu pengambilan sample dan

pengolahan data sample. Pengambilan sample dilakukan dua kali pengambilan

sample yaitu pada 10-11 november 2012 dan pada 16-17 november 2012 sedangkan

pengolahan data dilakukan pada Januari 2013. Pengambilan sample dilakukan di

Tempat Pelelangan Ikan (TPI) Pelabuhan Perikanan Samudera, Cilacap, Jawa Tengah

serta industri pengolahan sirip ikan hiu Cilacap. Pada tahapan pengolahan data

bertempat di Laboratorium Biologi Molekuler, Indonesia Biodiversity Research

Center, Bali.

2.2. Alat dan Bahan Penelitian

Alat dan bahan yang digunakan pada pengolahan sampel ikan hiu (tabel 1)

yang digunakan pada analisis laboratorium untuk sebagian peralatan diperlukannnya

sterilisasi alat dan diperlukannya keselamatan bekerja karena sebagian bahan yang

digunakan berbahaya dan beracun.

Tabel 1. Alat dan bahan penelitian

Alat Bahan Keterangan

Vorteks Sampel daging hiu

Mikrosentrifus Larutan ekstraksi Chelex 10%

Alkohol burner Sarung tangan Tahapan ekstraksi

Block pemanas Alkohol

Forceps Tisu

5

Lembar kerja Chelex

Mesin PCR sampel-sampel yang telah di

ekstraksi

Pippettemen 10,20,200ul kontrol positif

Tip Pipet ddH2O Tahapan PCR

Tabung PCR, Rack Buffer PCR 10x

Kalkulator, Alat tulis dNTP(deoksinukleotida trifosfat)

8mM

Lembar kerja PCR Primer

Termoksikler Pewarna

Lembar kerja sekuensing Buffer Tahapan Sequencing

semua peralatan PCR DNA cetakan yang telah dimurnikan

ddH2O

Timbangan Agarosa

Tabung erlemenyer 0.5x TBE Tahapan Elektroforesis

Mikrowave Kertas timbangan

Kotak Gel dengan sisir

Komputer Data hasil elektroforegram Tahapan Analisa Data

Perangkat Lunak Mega 4.0

2.3 Metode Perolehan Data Sampel

Penentuan lokasi perolehan data adalah dengan melakukan survey terlebih

dahulu untuk mendapatkan sampel hiu serta pengambilan secara langsung (in situ) di

6

lokasi. Sampel hiu di dapatkan di TPI Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) serta

industri pengolahan sirip ikan hiu cilacap. Sampel dari hiu hanya menggunakan

sedikit dari daging tubuh hiu yang berada di bawah sirip bagian atas (dorsal).

Penanganan dalam sampel adalah dengan cara dimasukkan ke dalam tabung sampel

yang berisikan etanol 95% dan diberi label berdasarkan masing-masing individu.

2.4 Analisis Laboratorium

Pengolahan data sampel ikan hiu dilakukan melalui beberapa tahap yaitu

2.4.1 DNA Extraction

Ekstraksi DNA bertujuan untuk menghancurkan cell dan mengambil

jaringan pada sample, membuat ekstraksi secara murni serta melindungi DNA

dari degradasi. Teknik ini dikembangkan tahun 1991 dan hanya dapat

digunakan untuk persiapan PCR. Meskipun memiliki keterbatasan, teknik ini

unggul dalam hal cepat, murah dan efektif untuk ekstraksi DNA. Metode

chelex disarankan untuk preparasi DNA karena tidak membutuhkan tabung-

tabung untuk transfer. Metode ini cepat dan menghasilkan kualitas DNA baku

yang dapat digunakan dalam uji kompleks PCR. Metode ini menjamin untuk

menghasilkan sampel kecil sehingga disarankan untuk semua sampel yang

diuji dengan berbagai ukuran dan volume sampel.

Tahap pertama prosedur ekstraksi DNA adalah memanaskan sejumlah

jaringan dalam larutan Chelex. Pemanasan tersebut membantu memecahkan

sel dan mendenaturasi protein. Setelah dimasukkan dalam larutan chelex 10%

dan divortex selama 15 detik lalu disentrifugasi selama 10-15 detik dan

dipanaskan dalam heating block pada suhu 95oC selama 30 menit yang telah

7

terisi dengan ddH2O. Setelah pemanasan ini, masukkan potongan kecil

jaringan dari sampel, sampel di vortex lagi selama 15 detik dan disentrifugasi

selama beberapa detik untuk menjamin bahwa semua isi berada di dasar

tabung mikrosentrifugasi. Tahap ekstraksi harus dalam keadaan steril untuk

mencegah kontaminasi dengan selalu menggunakan control chelex negatif

(bawah) untuk mengontrol tahapan ekstraksi.

2.4.2 Polymerase Chain Reaction (PCR)

Prosedur PCR adalah tahap selanjutnya digunakan untuk

mengamplifikasi gen tunggal, bagian gen, atau urutan non-kode DNA. PCR

dilakukan dengan menggunakan mesin PCR (thermo cycler) dan diatur siklus

suhunya yang sesuai untuk hiu. Komponen utama dalam PCR adalah DNA

template, dNTPs, buffer PCR, MgCl2, primer, dan enzimpolymerase. 

Primer yang digunakan untuk hiu adalah primer modifikasi yang

dipakai menggunakan "Matt Craig, Pers. Comm" untuk lokus COI adalah fish

BCH: 5'-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3' atau fish BCL:

5'-TCA ACY AAT CAY AAA GAT ATY GGC AC-3'. Proses amplifikasi ini

dimulai dengan mengisi lembar kerja PCR dengan tanggal, jumlah sampel,

tipe ekstraksi dan catatan lainnya. Pengisian lembar kerja ini dilakukan untuk

menghitung berapa banyak master mix (MM) yang dibutuhkan dan enzim taq

Polimerase serta jumlah ekstrak yang digunakan. Penghitungan volume

master mix yaitu seperti pada Tabel 2.

Tahap selanjutnya yaitu membuat master mix, dengan mengandakan

volume dari protokol baku dengan X (dimana X = # sampel + kontrol positif

8

PCR + kontrol negatif Chelex + kontrol negatif PCR + 1 ekstra). jentikkan

setiap tabung dengan jari untuk mencampur, kocok isi hingga dasar tabung.

Bila reagen hampir habis, sentriguasi tabung untuk mendapatkan cairan sisa,

Kemudian buat campuran Master 1 sesuai dengan volume yang telah dihitung

dalam daftar di lembar PCR dan buat campuran Master Mix (MM) 2 tanpa

ada penambahan taq, masukkan MM1 ke dalam tabung PCR bagi 14 μl ,

tambahkan 1 μl DNA ekstrak untuk setiap tabung. tambahkan Taq ke MM2.

Tabel 2 Komposisi Master Mix pada PCR

Master mix 20 tabung 25µL

STANDAR PROTOCOL ( 1uL DNA template)

Standar Protokol 20 Tabung

ddH2O 14,5 290

10x Buffer PCR (PE-II) 2,5 50

dNTPs (8 mM) 2,5 50

MgCl2 (25 mM) 2 40

Primer 1 (10 mM) 1,25 25

Primer 2 (10 mM) 1,25 25

Amplitaq polymerase ( 5 unit/ µL) 0,125 2,5

Total 24

Saat memulai program hot-star PCR dengan membiarkan penutup

panas dan tahan sebentar saat suhu mencapai 80º C. Tempatkan strip tabung

ke dalam mesin PCR dengan memastikan semua tertutup untuk mencegah

penguapan reaksi PCR. Menggunakan pipet DNA, atur 10 ul pipetman, pipet

9

naik turun MM2 untuk mencampur campuran master. Kemudian, dalam satu

waktu, buka tutup tabung, tambahkan MM2, aduk, dan tutup kembali. Ulangi

untuk setiap tabung. Unpause program dan lihat layar mesin PCR untuk

menjamin bahwa mesin PCR sedang bekerja.Letakkan reagen ke dalam

freezer dan ekstrak DNA ke dalam lemari pendingin.

2.4.3. Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik laboratorium untuk memisahkan molekul

bermuatan. Gel merujuk pada matriks yang digunakan untuk memisahkan

molekulnya. Elektroforesis ini bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya DNA

dalam produk PCR kita. Tahap awal dalam elektroforesis adalah membuat gel

agarosa 10%, yaitu dengan mencampurkan 1 gram bubuk agarosa dengan 100

mL TBE 0,5X ke dalam tabung erlemenyer dan tambahkan 2 µL cyber green

(sebagai pewarna molekul). Panaskan pada HIGH dengan microwave sampai

agarosa benar-benar terlarut kira-kira 30 detik, dan tuang dalam cetakan

agarosa. Pasang sisir pada cetakan dan tunggu selama 15-20 menit hingga

agarosa mengeras. Masukan gel kedalam tangki elektroforesis yang berisi

buffer TBE 0,5X. Selanjutnya siapkan sampel yang akan dielektroforesis.

Hamparkan parafilm, dan totolkan sekitar 1 µL loding dye untuk 1

sampel. Ambil 4 µL PCR produk dan campurkan dengan lodyng dye

kemudian masukan dalam sumur gel. Jalankan mesin elektroforesis pada 200

V dan arus 400 mA selama 15 menit. Setelah 15 menit, angkat gel dan lihat

hasilnya dengan menggunakan lampu UV pada panjang gelombang 254 nm

dan foto menggunakan kamera Polaroid.

10

2.4.4 EXO (Exonuclease I) /SAP (Shrimp Alkaline Phosphatase)

Exo/Sap bertujuan untuk menghilangkan sisa-sisa primer yang tidak

ikut bereaksi dan juga dNTPs sisa selama proses PCR berlangsung. Sample

yang positif setelah diuji dengan menggunakan gel elektroforesis, maka

selanjutnya produk PCR tersebut di EXO/SAP. Protokol EXO/SAP adalah

cara paling sederhana untuk memurnikan hasil PCR sebelum sekuensing.

Eksonuklease I membersihkan sisa-sisa primer rantai tunggal dan beberapa

hasil DNA rantai tunggal tambahan dalam PCR. Fosfatase Alkaline Udang

membersihkan sisa dNTP dari campuran PCR. Komposisi Master Mix

EXO/SAP disajikan pada Tabel 3 berikut:

Tabel 3 Komposisi Master mix EXO/SAP

Master Mix...... Tabung

EXO/SAP Standar Protokol (µL) ........ Tabung (µL)

EXO 0,5 .......

SAP 0,5 .......

Master Mix 1 .......

PCR Produk 5 .......

Total 6 .......

2.4.5 Sekuensing (Perunutan Produk PCR)

DNA yang telah teramplifikasi kemudian disiapkan untuk proses

penentuan urutan nukleotida menggunakan DNA sequencer. Urutan DNA

berhubungan dengan informasi genetik turunan dalam nukleus (inti), plasmid,

11

mitokondria, dan kloroplas yang membentuk dasar pengembangan semua

makhluk hidup. Proses seqquensing DNA akan di lakukan di Laboratorium

Indonesia Biodiversity Research Center (IBRC) Bali, yaitu dengan

menggunakan tabung microsentrifugasi yang memiliki 48 lubang, jadi untuk

melakukan cycle sequencing kita harus memiliki minimal 24 DNA hasil

EXO/SAP. Sebelum membuat mastermix, siapkan tabung microsentrifugasi

(tabung berisi 48 lubang) dan beri label tabung tersebut. Buat dua campuran

master sesuai dengan jumlah setiap sampel, abaikan cetakannya: Big dye 1

µL , primer (10 µM, stock =3,3 pmol) 0,33 µL, 5x buffer 1,5 µL,DNA

cetakan( setelah SAP/EXO) 1-3 µL, dan tambahkan air hingga 10 µL.

Satu campuran master akan memiliki primer jenis 1 dan lainnya

akan memiliki primer jenis 2. Bila semua reagen telah

ditambahkan, pipet MM1 naik turun beberapa kali. Bagi 9 µL

campuran master kedalam tabung yang ditandai MM1. Bila telah

selesai, ganti tip dan ulangi dengan MM2. Kemudian isikan 1 µL

DNA hasil EXO/SAP pada masing-masing tabung. Perhatikan gelembung

dalam tabung, bila ada gelembung lakukan sentrifugasi singkat. Setelah itu,

masukan dalam thermo cycler dan jalankan program cycle sequencing, yaitu

pada suhu 96o C selama 10 detik, 50o C selama 5 detik, 60o C selama 4 menit,

dan lakukan pengulangan sebanyak 25 siklus.

Produk PCR berupa pita tunggal berukuran sesuai desain primer

dilakukan perunutan nukleotida dengan cara sekuensing DNA yaitu tahapan

akhir untuk memperoleh data urutan nukleotida dari fragmen hasil

12

perbanyakan fragmen DNA. Produk PCR ini bisa dikirim ke Cornel

University, Amerika Serikat untuk penentuan urutan nukleotida dari sequens

DNA dengan menggunakan mesin sequencher AB1377 (appliedBiosystem).

2.5 Analisis Data

2.5.1 Analisis Filogeni

Urutan Nukleotida yang diperoleh diedit secara manual dan

disejajarkan dengan urutan nukleotida anggota famili hiu yang terdapat di

Genebank. Proses pensejajaran dilakukan dengan menggunakan program

MEGA 4.0 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) (Tamura et al.2007).

Hasil analisis berupa komposisi nukleotida, jumlah basa, jarak genetik dan

kontruksi pohon filogeni.

Data hasil penjajaran nukleotida yang diperoleh kemudian dicocokkan

pada data yang tersedia pada GeneBank di NCBI (National Centre for

Biotechnology Information) menggunakan BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.-

gov). Analisis DNA barcoding dilakukan dengan membuat pohon filogeni

berdasarkan hasil penjajaran nukleotida yang telah dicocokkan dengan data

pada GeneBank. Selain itu, beberapa hasil penjajaran nukleotida dari beberapa

spesies yang memiliki kekerabatan yang dekat digunakan untuk mengetahui

kedekatannya dengan spesies yang diuji.

2.5.2 Status Konservasi

Hasil yang diperoleh dari GeneBank akan dianalisis status

konservasinya dengan menggunakan International Union for Conservation of

Nature and Natural Resources (IUCN ) yaitu sebuah organisasi Internasional

13

yang didedikasikan untuk konservasi sumberdaya alam. Tujuan IUCN adalah

membantu komunitas di seluruh dunia dalam konservasi alam. Kategori Status

konservasi IUCN Red List merupakan kategori yang digunakan oleh IUCN

dalam melakukan klasifikasi terhadap spesies-spesies berbagai makhluk hidup

yang terancam kepunahan. Maka setiap spesies yang didapatkan dari

penelitian ini dapat diketahui status konservasinya berdasarkan IUCN Red list.

DAFTAR PUSTAKA

[DJPT] Direktorat Jendral Perikanan Tangkap. 2005. Statistik Perikanan Tangkap

Indonesia 2003. Jakarta: Direktorat Jendral Perikanan Tangkap. Departemen

Kelautan dan Perikanan.

Duryadi D. 1994. Peranan DNA Mitokondria (mtDNA) dalam Studi Keragaman

Genetik dan Biologi Populasi pada Hean hayati 1(1) : 1-4

14

FAO. 2002a. The Living Marine Resources of The Western Central Atlantic. Volume

1. Introduction, Molluscs, Crustaceans, Hagfishes, Sharks, Batoid Fishes and

Chimaeras. (Ed), Kent E. Carpenter Department Of Biological Sciences. Old

Dominion University. Norfolk, Virginia, USA. Food and Agriculture

Organization Of The United Nations. Rome.

Hajibabaei M et al. 2006. A minimalist barcode can identify a specimen whose DNA

is degraded. J Compilation Blackwell Publishing. 6: 959-964

Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, Deward JR. 2003. Biological identifications

through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Societyof London Series B,

Biological Sciences. 270:313-321.

Kamal, M.M. 2007a. Chondrychthyes (materi kuliah ikhtiologi). Departemen

Managemen Sumberdaya Perairan. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.

Institut Pertanian Bogor.

Kress WJ, Wurdack KJ, Zimmer EA, Weight LA, Janzen DH. 2005. Use of DNA

barcodes to identifyflowering plants. Proceedings of the National Academy of

Sciences, USA. 102: 8369-8374

Nontji, A. 2005. Laut Nusantara. Djambatan. Jakarta. Hal 211-214.

Savolainen V, Cowan RS, Vogler AP, Roderick GK, Lane R. 2005. Towards writing

the encyclopedia of life: an introduction to DNA barcoding. Philosophical

Transactions of The Royal Society of London. Series B, Biological Sciences.

360:1805-1811

Stansfield W, Cano R, Colome J. 2006. Biologi Molekuler dan Sel. Amalia Safitri,

editor. Terjemahan dari Molecular and Cell Biology. Jakarta : Erlangga

15

Stevens, J.D., Bonfil, R, Dulvy, N.K, and Walker, P.A. 2000. The effects of fishing

on sharks, rays and chiemaeras (chondrinhtyans), and the implications for

marine ecosistem. ICES Journal of Marine Science, 57:476-494

Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2007. Mega 4: Molecular Evolutionary

Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol. 24:1596-

1599.

Yuwono T.2006. Teori dan aplikasi Polymerase Chain Reaction. Yogyakarta: Andi

Teletchea, F., Celia Maudet, Catherine Hanni. 2005. Food and forensic molecular

identification : update and challenges. Trends in Biotechnology 23(7): 359-

366.

Traffic. (2002). A CITES priorities: Sharks and the twelfth meeting of the conference

of the parties to CITES. Retrieved 6 February, 2004, from

(http://www.traffic.org/news/Sharks_CoP12.pdf)

Wibowo, S. dan H. Susanto. 1995. Sumberdaya dan Pemanfaatan Hiu. Penebar

Swadaya. Jakarta. 156 hal.

Narsongko, T. W. 1993. Pengaruh Penggunanaan Darah segar terhadap hasil

Tangkapan ikan cucut pada rawai cucut di Cilacap. Skripsi. Program studi

Pemanfaatan Sumberdaya perikanan. Fakultas perikanan. IPB., 58 hal.

Rahayuningsih, W. 1993. Pengaruh Kedalaman Mata Pancing Rawai Cucut terhadap

Hasil tangkapan Ikan cucut Pada Rawai Cucut Di Cilacap. Skripsi. Program

Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan. Fakultas Perikanan. Institu

Pertanian Bogor.

16

LAMPIRAN

Jadwal Kegiatan Penelitian “Taksonomi Molekuler ‘DNA Barcoding’ Dan

Keragaman Genetika Hiu Di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap Berdasarkan

Marka Mitokondria” sebagai berikut

No

Kegiatan

Tahun 2013Bulan

Januari Februari MaretM3

M4 M1 M2 M3 M4 M1 M2 M3 M4

1 Tahap Persiapan                    

17

 Perizinan ke LAB IBRC Bali                    

 Persiapan alat dan bahan                    

2 Tahap Pelaksanaan                    

 Sterilisasi alat dan bahan                    

  Ekstraksi DNA                      PCR                      Elektroforesis                      EXO/SAP                      DNA sekuensing                    3 Tahap Analisis Data                      Analisis urutan DNA                    

 Analisis urutan filogenetik                    

4 Tahap Evaluasi                    5 Tahap Laporan                    6 Tahap Lanjutan                    

18