1

Mengenal Karakteristik Virus SARS-CoV-2 Penyebab Penyakit COVID-19 Sebagai Dasar Upaya Untuk Pengembangan Obat Antivirus Dan Vaksin

ANIKA PRASTYOWATI Pusat Penelitian Bioteknologi – LIPI Kompleks Cibinong Science Center Jl. Raya Jakarta Bogor KM 46, Cibinong, Kab. Bogor, Jawa Barat 16911 Tel. 021 – 8754587/ Fax. 021 8754588 Email: anika.prastyowati@gmail.com

Pendahuluan

Dewasa ini, dunia dikejutkan dengan munculnya wabah penyakit pernapasan baru yang pertama kali dilaporkan dari kota Wuhan, Cina pada akhir Desember 2019 lalu dan meluas hingga ke negara-negara di seluruh dunia. Oleh WHO (World Health Organization), penyakit ini diberi nama COVID-19 yang merupakan singkatan dari Coronavirus Disease 2019. Sesuai dengan namanya, penyebab COVID-19 adalah virus Korona jenis baru, yakni virus 2019-nCoV, yang kini dikenal dengan sebutan virus SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) (WHO, 2020). Penelitian oleh Li et al. (2020) menjelaskan bahwa transmisi virus SARS-CoV-2 ini bermula dari sebuah pasar tradisional makanan laut Huanan di ibukota Wuhan, provinsi Hubei. Penyakit COVID-19 bersifat

zoonosis, yang artinya dapat menular dari hewan ke manusia. Yang lebih mengejutkan lagi, bahwa virus jenis baru ini telah diketahui dapat menular dari manusia ke manusia (Chan et al., 2020). Akibatnya, penyakit COVID-19 kini menyebar secara masif ke seluruh dunia dan menjadi pandemi karena persebaran virus terjadi dalam waktu yang bersamaan serta meliputi daerah geografis yang luas. Wabah ini muncul di Cina diduga karena masyarakat mengkonsumsi hewan liar hidup yang dijual di pasar tradisional di Cina. Ashour et al. (2020) menduga bahwa virus ini bersirkulasi di antara hewan-hewan di Cina lebih banyak daripada hewan-hewan di tempat lain di dunia seperti Amerika Serikat, Italia, ataupun Australia.

Sejak pertama kali dilaporkan, WHO telah mengonfirmasikan sebanyak lebih dari empat juta orang

dari total 216 negara yang telah terpapar COVID-19 dengan persentase kematian akibat COVID-19 sebesar 6,7% di seluruh dunia (WHO, 2020). Di Indonesia, dua kasus COVID-19 pertama kali dilaporkan pada tanggal 2 Maret 2020, dan jumlahnya semakin meningkat. Hingga artikel ini direvisi (20 Mei 2020), jumlah kasus terkonfirmasi COVID-19 di Indonesia telah mencapai total 19.189 jiwa, dengan jumlah total pasien yang meninggal sebanyak 1242 jiwa dan jumlah pasien yang sembuh sebanyak 4.575 jiwa (www.covid19.go.id).

Upaya penanganan dan pencegahan terhadap infeksi SARS-CoV-2 telah dilakukan oleh berbagai negara, di antaranya dengan pemakaian masker, pencucian tangan setiap kali menyentuh benda, pemberlakuan lockdown, tes massal, hingga karantina di sejumlah wilayah. Sejumlah dokter, tenaga medis, aparat

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

2

keamanan negara, serta relawan telah dikerahkan di berbagai daerah di Indonesia sebagai antisipasi penyebaran penyakit virus yang begitu cepat. Penyebaran yang cepat ini berkaitan dengan mekanisme penularan virus yang mudah yaitu melalui percikan cairan ludah dan pernapasan (droplet) orang yang terinfeksi, yang masuk ke saluran pernapasan. Eksperimen oleh van Doremalen et al. (2020) menunjukkan bahwa virus ini mampu bertahan pada permukaan plastik selama hampir 72 jam, stainless steel 42 jam, tembaga empat jam, dan kardus 24 jam, serta sebagai aerosol selama tiga jam. Selain itu, manifestasi klinis yang terjadi akibat COVID-19 cukup beragam, mulai dari tidak bergejala hingga gejala pneumonia parah. Pembawa virus tanpa gejala (asimptomatik) ini perlu diwaspadai karena mereka dapat menularkan virus tanpa diketahui bahkan oleh dirinya sendiri (Bai et al., 2020).

Gejala penderita COVID-19 cukup beragam, mulai dari tidak berkomplikasi (ringan) hingga syok septik (berat) (WHO, 2020). Metode rRT-PCR (real-time reverse-transcriptase-polymerase chain reaction) digunakan untuk mengkonfirmasi diagnosis klinis COVID-19. Langkah

pertama dari uji rRT-PCR ini adalah dengan melakukan ekstraksi asam ribonukleat (RNA) dari SARS-CoV-2. RNA virus ini dipersiapkan untuk rRT-PCR yaitu dengan melakukan amplifikasi dari gen target open reading frame (orf1ab) virus gen SARS-CoV-2 (Wang D et al., 2020a). Selain penggunaan metode diagnosis yang tepat, lokasi pengambilan sampel pun perlu dilakukan secara tepat pula agar tidak menimbulkan hasil negatif yang palsu (false negative). Wang et al. (2020c) mengaplikasikan rRT-PCR untuk menguji sebanyak total 205 pasien dengan 1.070 spesimen dari beberapa lokasi tubuh pasien seperti: cairan bronchoalveolar lavage (BAL), dahak, nasal, biopsi usap bronkoskopi (fibro bronchoscope brush biopsy), faring, feses, darah, dan urin. Hasil pengujian rRT-PCR tersebut menunjukkan bahwa RNA virus SARS-CoV-2 terdeteksi pada semua spesimen, kecuali urin, dengan tiga persentase tertinggi pertama dari spesimen cairan BAL (14 dari 15; 93%), kedua dari spesimen dahak (72 dari 104; 72%), dan ketiga dari spesimen nasal (5 dari 8; 63%). Meskipun masih terbatas karena jumlah sampel yang sedikit, tetapi hasil penelitian ini cukup berkontribusi dalam penentuan pengambilan

sampel pada lokasi tubuh yang tepat.

Pemahaman yang menyeluruh mengenai karakteristik virus SARS-CoV-2 meliputi taksonomi, morfologi, genomik, inang, dan cara penularan dapat digunakan untuk membantu dalam strategi pengembangan obat antivirus maupun vaksin di masa pandemi dan sebagai upaya pencegahan di masa yang akan datang. Artikel ini akan membahas berbagai karakteristik virus meliputi taksonomi, morfologi, genomik, inang, dan cara penularan.

Taksonomi Virus SARS-CoV-2

Virus Korona ditemukan pada tahun 1960-an dan diklasifikasikan ke dalam famili Coronaviridae, yang merupakan famili terbesar dalam ordo Nidovirales. Famili Coronaviridae terbagi menjadi dua subfamili: Orthocoronavirinae dan Torovirinae. Subfamili Orthocoronavirinae memiliki anggota empat genus yaitu Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus, dan Deltacoronavirus (Gambar 1, Woo et al., 2010).

Suatu Tim kerja Coronaviridae Study Group (CSG), yang merupakan bagian dari International Committee on Taxonomy of Viruses, menyampaikan pernyataan konsensus yang

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

3

sedikit berbeda dengan Woo et al. (2010) mengenai klasifikasi virus SARS-CoV-2.

Taksonomi SARS-CoV-2 yang dinyatakan dalam jurnal Nature Microbiology

(Gorbalenya et al., 2020) adalah sebagai berikut:

Kingdom : Riboviria Ordo : Nidoverales Subordo : Cornidovirineae Famili : Coronaviridae Subfamili : Orthocoronavirinae Genus : Betacoronavirus Subgenus : Sarbecovirus Spesies : Severe acute respiratory syndrome-SARS-related coronavirus Individu : SARS-CoVUrbani, SARS-CoVGZ-02, Bat SARS CoVRf1/2004, Civet

SARS CoVSZ3/2003, SARS-CoVPC4-227, SARSr-CoVBtKY72, SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1, SARSr-CoVRatG13, dan seterusnya.

Gambar 1. Klasifikasi virus Korona dalam famili Coronaviridae, subfamili Orthocoronavirinae. Virus SARS-CoV-2 termasuk dalam genus Betacoronavirus (Woo et al., 2010)

Ada tujuh tipe virus

Korona yang diidentifikasi menjadi penyebab penyakit pada manusia (Bassetti et al., 2020). Dari tujuh tipe virus Korona tersebut, empat di antaranya adalah: HcoV-NL63, HcoV-229E, HcoV-OC43 dan HKU1, yang dapat menyebabkan penyakit pernapasan ringan pada

manusia. Di samping itu, ada juga jenis virus Korona yang dapat menyebabkan infeksi berat pada individu bayi, anak-anak, dan lansia. Dua tipe selanjutnya di antara virus Korona tersebut adalah: SARS-CoV dan MERS-CoV (Middle east respiratory syndrome coronavirus), yang dapat menyebabkan sindrom

pernapasan berat pada manusia (Su et al., 2016; Cui et al., 2019). Tipe virus Korona penyebab penyakit pada manusia yang ketujuh adalah SARS-CoV-2, merupakan jenis virus baru penyebab pandemi di tahun 2020. Jika dilakukan analisis filogenetik, virus SARS-CoV-2 ini berhubungan dekat

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

4

dengan dua jenis virus Korona asal kelelawar, bat-SLCoVZC45 dan bat-SL-CoVZXC21 dengan homologi sebesar 89–96,3%. Jika dibandingkan dengan SARS-CoV, virus SARS-CoV-2 memiliki homologi sekuens sebesar 79% dan dengan MERS-CoV sebesar 50%. Selain itu, variasi protein antara virus SARS-CoV dan SARS-CoV-2 juga telah dipelajari. Pada virus SARS-CoV-2, tidak ada protein 8a dan ada fluktuasi jumlah asam amino pada protein 8b dan 3c (Wu et al., 2020; Lu et al., 2020).

Morfologi Virus SARS-CoV-2

Virus Korona, termasuk SARS-CoV-2 yang baru-baru ini ditemukan, merupakan virus berbentuk bulat dengan protein spike (S) yang menonjol dari permukaan partikel virus

(virion) dan memiliki materi genetik berupa RNA rantai tunggal. Kata corona dalam bahasa Latin mengandung arti crown atau mahkota (Barcena et al., 2009; Neuman et al., 2006). Jika dilihat dari mikroskop elektron, bentuk partikel virus SARS-CoV-2 ini menyerupai mahkota sehingga disebut coronavirus, Gambar 2 menunjukkan struktur virus Korona.

Virus Korona adalah jenis virus berselubung dengan selubung lipid bilayer yang berasal dari membran sel inang). Virus ini memiliki diameter sekitar 50-200nm (Wang et al., 2020b) dengan struktur virus yang dibentuk dari protein struktural seperti protein spike (S), protein membrane (M), protein envelope (E), dan protein nucleocapsid (N) serta protein hemaglutinin esterase (HE) yang terdapat

pada beberapa jenis Betacoronavirus (Wang et al., 2020b; Gambar 2). Protein S, M, dan E melekat pada selubung lipid bilayer, sedangkan protein N berinteraksi dengan RNA dan berlokasi di inti partikel virus yang kemudian akan membentuk nucleocapsid (Fehr & Perlman, 2015). Protein S merupakan protein terglikosilasi kuat yang membentuk spike homotrimerik pada permukaan virus dan menjadi perantara untuk virus masuk ke dalam sel inang (Bosch et al., 2003). Protein S pada virus SARS-CoV-2 membentuk domain S1 dan S2. Protein S tetap utuh pada partikel virus dan hanya membelah dalam vesikel endocytic selama proses masuknya virus ke dalam sel inang (Xiao et al., 2003; Bosch et al., 2008).

Gambar 2. Struktur virus Korona (Shereen et al., 2020)

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

5

Struktur Genom SARS-CoV-2

Virus Korona merupakan virus berselubung yang mengandung materi genetik berupa RNA rantai tunggal dengan ukuran panjang 26-32 kb (Su et al., 2016). Gambar 3 memperlihatkan susunan genom dari virus Korona jenis yang baru. Dua pertiga genom SARS-CoV-2 meliputi gen orf1ab penyandi orf1abpolyprotein, sedangkan sepertiga genom virus terdiri dari gen penyandi protein struktural S, E, M, dan N. Menurut Li et al. (2005) dan Oostra et al.

(2007), ada enam protein struktural tambahan yang disandi oleh gen ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF7b, dan ORF8 pada SARS-CoV-2.

Perbandingan antara genom SARS-CoV-2 dan SARS-CoV menggunakan analisis zpicture memperlihatkan adanya homologi yang tinggi pada level nukleotida (Xu et al., 2020). Ada enam daerah (region) yang berbeda (RD) dalam sekuen kedua virus Korona tersebut yang dinamai berdasarkan urutan penemuannya. Region RD1, RD2, dan RD3 (448nt, 55nt,

dan 278nt) merupakan bagian sekuens pengkode gen orf lab. Region RD4 dan RD5 (315nt dan 80nt) adalah bagian sekuens pengkode gen S. Region RD6 (214nt) adalah bagian dari sekuens pengkode gen orf7b dan orf8. Keseluruhan region tersebut dapat dijadikan penanda molekuler baru untuk identifikasi jenis virus baru dan juga untuk pengembangan obat antivirus baru sebagai bentuk penanganan terhadap infeksi SARS-CoV-2 (COVID-19).

Gambar 3. Struktur genom SARS-CoV-2 29903nt (Khailany et al., 2020)

Inang dan Penularan Virus SARS-CoV-2

Hewan liar dianggap sebagai inang alami virus SARS-CoV-2, termasuk di antaranya hewan kelelawar (Cui et al., 2019). Inang asal SARS-CoV-2 ini diduga berasal dari kelelawar karena genom virus baru ini diketahui identik dengan genom virus Korona pada kelelawar sebesar 96%. Namun demikian, masih perlu diteliti lebih lanjut lagi perihal infeksi virus SARS-

CoV-2 ini, apakah infeksi virus terjadi secara langsung (direct) dari kelelawar ke manusia atau terjadi melalui inang perantara (indirect), yakni dari kelelawar lalu ke hewan liar lain, baru terakhir ke manusia? (Jin et al., 2020; Zhou et al., 2020). Adapun hewan liar seperti cerpelai dan trenggiling berpotensi menjadi inang perantara dalam proses penularan SARS-CoV-2 dari hewan ke manusia (Lam et al., 2020).

SARS-CoV-2 dapat menular dari manusia ke

manusia dengan masa inkubasi virus setelah masuk tubuh sekitar 3-7 hari, bahkan hingga 14 hari (Zhu et al., 2020). Selama itu, pasien dapat mudah menularkan virus secara langsung melalui droplet pernapasan yang mengandung virus atau penularan secara tidak langsung melalui kontak dengan benda-benda yang terkena droplet tersebut (Jin et al., 2020). Adapun dugaan para ahli mengenai penularan virus melalui fekal

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

6

oral-penularan melalui mulut akibat benda, makanan, atau minuman yang telah terkontaminasi kotoran pasien- (Holshue et al., 2020) dan aerosol (WHO, 2020) masih perlu dilakukan pengujian lebih lanjut.

Mekanisme penyebaran virus yang terjadi secara cepat sehingga

menyebabkan epidemi ini terkait dengan reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) pada manusia. Berdasarkan analisis struktur Cryo-EM, protein S pada SARS-CoV-2 diketahui memiliki afinitas yang lebih tinggi terhadap reseptor ACE2, jika dibandingkan dengan

afinitas SARS-CoV pada reseptor yang sama (Wrapp et al., 2020). Sebagai akibatnya, organ manusia seperti sel epitel alveolar paru-paru dan enterosit usus kecil yang mengekspresikan banyak ACE2 pada manusia, berpotensi menjadi target infeksi SARS-CoV-2 (Zou et al., 2020).

Gambar 4. Siklus hidup virus Korona setelah masuk sel inang (Du et al., 2009)

Secara umum, virus masuk ke saluran pernapasan atas setelah terjadi penularan, kemudian virus bereplikasi di sel epitel saluran pernapasan atas untuk melakukan siklus hidupnya. Virus SARS-CoV menginfeksi sel inang melalui perantaraan protein

S yang ada di permukaan virus. Protein S pada permukaan virus ini akan menempel pada reseptor ACE2 pada sel inang, kemudian ikatan ACE2-virus ditranslokasikan ke endosom tempat di mana protein S dipotong oleh protease asam endosomal (cathepsin L)

untuk mengaktifkan aktivitas fusi. Genom virus keluar dari selubung virion dan ditranslasikan menjadi poliprotein replikase virus pp1a dan 1ab, yang kemudian akan dipotong-potong oleh enzim proteinase virus. Untai negatif RNA akan dibuat

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

7

sebagai cetakan untuk genom RNA. Penggabungan kompleks virus terjadi di dalam sitoplasma, kemudian diikuti dengan proses budding ke lumen retikulum endoplasma. Virus baru akan berfusi dengan membran plasma dan dikeluarkan dari sel inang (Gambar 4, Du et al., 2009).

Masa inkubasi virus sampai kemudian muncul gejala penyakit adalah sekitar 3-7 hari sebelum timbulnya manifestasi klinis. Kebanyakan pasien mengalami gejala dari ringan sampai sedang, seperti suhu tubuh yang tinggi dan gejala lain yang berhubungan dengan pernapasan (batuk, tenggorokan kering dan sakit kepala). Beberapa pasien mengalami gejala parah seperti pneumonia, khususnya mereka yang memiliki penyakit penyerta seperti penyakit jantung, paru-paru, atau diabetes. Adanya penyakit penyerta ini diduga menjadi penyebab timbulnya gejala klinis yang lebih parah pada penderita COVID-19 (Chen et al., 2020; Adhikari et al., 2020).

Penutup Pandemi COVID-19

belum dinyatakan berakhir dan masih akan ditemukan data-data baru seiring dengan semakin banyaknya kejadian positif COVID-19 yang dilaporkan dari berbagai negara di dunia. Kemungkinan adanya

penemuan-penemuan baru di masa depan terkait dengan karakteristik SARS-CoV-2 sebagai agen penyebab COVID-19 pun sangat besar. Oleh sebab itu, perkembangan dan penelitian kasus COVID-19 dari seluruh belahan dunia sangat diperlukan untuk terus memperbarui data-data COVID-19 yang sudah ada. Dengan demikian, dapat diperoleh rekomendasi yang tepat untuk menangani COVID-19 terutama dalam hal pembuatan obat antivirus dan vaksin.

Daftar Pustaka Adhikari SP, Meng S, Wu Y,

Mao Y, Ye R, Wang Q, Sun C, Sylvia S, Rozelle S, Raat H, and Zhou H. (2020): Epidemiology, causes, clinical manifestation and diagnosis, prevention and control of coronavirus disease (COVID-19) during the early outbreak period: a scoping review. Infectious Diseases of Poverty, 9(1), 29. doi: 10.1186/s40249-020-00646-x.

Ashour HM, Elkhatib WF, Rahman MM, and Elshabrawy HA. (2020): Insights into the Recent 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) in Light of Past Human Coronavirus Outbreaks. Pathogens, 9, 186. doi:10.3390/pathogens9030186.

Bai Y, Yao L, Wei T, Tian F, Jin D, Chen L, Wang M. (2020): Presumed asymptomatic carrier transmission of

COVID-19. The Journal of the American Medical Association. 2020, 323(14), 1406-1407. doi:10.1001/jama.2020.2565.

Barcena M, Oostergetel GT, Bartelink W, Faas FG, Verkleij A, Rottier PJ, Koster AJ, and Bosch BJ. (2009): Cryo-electron tomography of mouse hepatitis virus: Insights into the structure of the coronavirion. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106, 582–587.

Bassetti M, Vena A, and Giacobbe DR. (2020): The novel Chinese coronavirus (2019-nCoV) infections: Challenges for fighting the storm. European journal of clinical investigation, 50(3), e13209. doi:10.1111/eci.13209

Bosch BJ, Bartelink W, and Rottier PJ. (2008): Cathepsin L functionally cleaves the severe acute respiratory syndrome coronavirus class I fusion protein upstream of rather than adjacent to the fusion peptide. Journal of Virology, 82, 8887–8889.

Bosch BJ, van der Zee R, de Haan CA, and Rottier PJ. (2003): The coronavirus spike protein is a class I virus fusion protein: Structural and functional characterization of the fusion core complex. Journal of VIrology, 77, 8801–8811.

Chan JF, Yuan S, Kok K, To KK, Chu H, Yang J, Xing F, Liu J, Yip CC, Poon RW, Tsoi H, Lo SK, Chan K, Poon VK, Chan W, Ip JD, Cai J, Cheng VC, Chen H, Hui CK, and Yuen K.

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

8

(2020): A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: A study of a family cluster. Lancet, 395, 514–523. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30154-9.

Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, Qiu Y, Wang J, Liu Y, Wei Y, Xia J, Yu T, Zhang X, and Zhang L. (2020): Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet, 395, 507–513. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7.

Cui J, Li F, and Shi ZL. (2019): Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat. Rev. Microbiol, 17, 181–192.

Du L, He Y, Zhou Y, Liu S, Zheng B, and Jiang S. (2009): The spike protein of SARS-CoV - A target for vaccine and therapeutic development. Nature reviews. Microbiology. 7, 226-36, 10.1038/nrmicro2090.

Fehr AR and Perlman S. (2015): Coronaviruses: An overview of their replication and pathogenesis. Methods in Molecular Biology, 1282, 1–23. doi: 10.1007/978-1-4939-2438-7_1.

Gorbalenya AE, Baker SC, Baric RS, de Groot RJ, Drosten C, Gulyaeva AA, Haagmans BI, Lauber C, leontovich AM, Neuman BW, Penzar D, Perlman S, Poon IIM, Samborskiy DV, Sidorov IA, Sola I, and Ziebuhr J. Coronaviridae Study Group of the International

Committee on Taxonomy of Viruses. (2020): The species Severe acute respiratory syndromerelated coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology. doi:10.1038/s41564-020-0695-z.

Holshue ML, DeBolt C, Lindquist S, Lofy KH, Wiesman J, Bruce H, Spitters C, Ericson K, Wilkerson S, Tural A, Diaz G, Cohn A, Fox L, Patel A, Gerber SI, Kim L, Tong S, Lu X, Lindstrom S, Pallansch MA, Weldon WC, Biggs HM, Uyeki TM, and Pillai SK. (2020): First case of 2019 novel coronavirus in the United States. The New England Journal of Medicine, 382, 929-936. doi: 10.1056/NEJMoa2001191.

Jin Y, Cai L, Cheng Z, Cheng H, Deng T, Fan Y, Fang C, Huang D, Huang L, Huang Q, Han Y, Hu B, Hu F, Li B, Li Y, Liang K, Lin L, Luo L, Ma J, Ma L, Peng Z, Pan Y, Pan Z, Wang Y, Ren X, Sun H, Wang Y, Weng H, Wei C, Wu D, Xia J, Xiong Y, Xu H, Zhang Y, Yao X, Yuan Y, Ye T, Zhang X, Zhang Y, Zhang H, Zhao Y, Zhao M, Zi H, Zeng X, Wang Y, and Wang X. (2020): A rapid advice guideline for the diagnosis and treatment of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infected pneumonia (standard version). Military Medical Research, 7, 16.

Khailany RA, Safdar M and Ozaslan M. (2020): Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2. Gene, 19, 100682. doi:

10.1016/j.genrep.2020.100682.

Lam TT, Shum MH, Zhu H, Tong Y, Ni X, Liao Y, Wei W, Cheung WY, Li W, Li L, Leung GM, Holmes EC, Hu Y, and Guan Y. (2020): Identifying of SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature. doi:10.1038/s41586-020-2169-0.

Li F, Li W, Farzan M, and Harrison SC. (2005): Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with receptor. Science, 309, 1864–1868.

Li Q, Guan X, Wu P, Wang X, Zhou L, Tong Y, Ren R, Leung KSM, Lau EHY, Wong JY, Xing X, Xiang N, Wu Y, Li C, Chen Q, Li D, Liu T, Zhao J, Liu M, Tu W, Chen C, Jin L, Yang R, Wang Q, Zhou S, Wang R, Liu H, Luo Y, Liu Y, Shao G, Li H, Tao Z, Yang Y, Deng Z, Liu B, Ma Z, Zhang Y, Shi G, Lam TTY, Wu JT, Gao GF, Cowling BJ, Yang B, Leung GM, and Feng Z. (2020): Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirus-infected pneumonia. The New England Journal of Medicine, 382,1199-1207. doi:10.1056/NEJMoa2001316.

Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, Wang W, Song H, Huang B, Zhu N, Bi Y, Ma X, Zhan F, Wang L, Hu T, Zhou H, Hu Z, Zhou W, and Zhao l. (2020): Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet, 395,

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

9

565-574. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30251-8.

Neuman BW, Adair BD, Yoshioka C, Quispe JD, Orca G, Kuhn P, Milligan RA, Yeager M, and Buchmeier MJ. (2006): Supramolecular architecture of severe acute respiratory syndrome coronavirus revealed by electron cryomicroscopy. Journal of Virology, 80, 7918–7928.

Oostra M, de Haan CA, and Rottier PJ. (2007): The 29-nucleotide deletion present in human but not in animal severe acute respiratory syndrome coronaviruses disrupts the functional expression of open reading frame 8. Journal of Virology. 81, 13876–13888.

Shereen MA, Khan S, Kazmi A, Bashir N, and Siddique R. (2020): COVID-19 infection: Origin, transmission, and characteristics of human coronaviruses. Journal of Advanced Research, 24, 91-98. doi:10.1016/j.jare.2020.03.005.

Su S, Wong G, Shi W, Liu J, Lai AC, Zhou J, Liu W, Bi Y, and Gao GF. (2016): Epidemiology, genetic recombination, and pathogenesis of coronaviruses. Trends in Microbiology, 24, 490–502.

van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH, Holbrook MG, Gamble A, Williamson BN, Tamin A, Harcourt JL, Thornburg NJ, Gerber SI, Lloyd-Smith JO, de Wit E, and Munster VJ. (2020): Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared

with SARS-CoV-1. The New England Journal of Medicine. 2020,1-3.

Wang D, Hu B, Hu C, Zhu F, Liu X, Zhang J, Wang B, Xiang H, Cheng Z, Xiong Y, Zhao Y, Li Y, Wang X, and Peng Z. (2020a): Clinical characteristics of 138 hospitalized patients with 2019 novel coronavirus–infected pneumonia in Wuhan, China. The Journal of the American Medical Association, 323(11),1061-1069. doi: 10.1001/jama.2020.1585.

Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han K, Wu G, and Tan G. (2020c): Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. Journal American Medical Association, 323(18),1843-1844. doi:10.1001/jama.2020.3786.

Wang Z, Qiang W, and Ke H. (2020b): A Handbook of 2019-nCoV Pneumonia Control and Prevention. Hubei Science and Technologi Press. China.

Woo PC, Huang Y, Lau SK, and Yuen KY. (2010): Coronavirus genomics and bioinformatics analysis. Viruses, 2, 1804–1820.

World Health Organization. (2020): How does COVID-19 spread?. Available at:. https://www.who.int/newsroom/q a-detail/q-a-coronaviruses.

World Health Organization. (2020): WHO coronavirus disease (COVID-19) dashboard. https://covid19.who.int/. 20th May 2020. 8.00 pm.

Wrapp D, Wang N, Corbett KS, Goldsmith JA, Hsieh C, Abiona O, Graham BS, and McLellan JS. (2020): Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science, 367(6483),1260-1263. doi: 10.1126/science.abb2507.

Wu A, Peng Y, Huang B, Ding X, Wang X, Niu P, Meng J, Zhu Z, Zhang Z, Wang J, Sheng J, Quan L, Xia Z, Tan W, Cheng G, and Jiang T. (2020): Genome composition and divergence of the novel coronavirus (2019-nCoV) originating in China. Cell Host Microbe, 27, 325–328. doi: 10.1016/j.chom.2020.02.001.

Xiao X, Chakraborti S, Dimitrov AS, Gramatikoff K, and Dimitrov DS. (2003): The SARS-CoV S glycoprotein: Expression and functional characterization. Biochemical and Biophysical Research Communications, 312, 1159–1164.

Xu J, Zhao S, Teng T , Abdalla AE, Zhu W, Xie L, Wang Y, and Guo X. (2020): Systematic Comparison of Two Animal-to-Human Transmitted Human Coronaviruses: SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Viruses, 12, 244. doi:10.3390/v12020244.

Zhou P, Yang X, Wang X, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si H, Zhu Y, Li B, Huang C, Chen H, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang R, Liu M, Chen Y, Shen X, Wang X, Zheng X, Zhao K, Chen Q, Deng F, Liu L, Yan B, Zhan F, Wang Y, Xiao G, and Shi Z. (2020): A pneumonia outbreak associated with a

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020

10

new coronavirus of probable bat origin. Nature, 579(7798),270-273. doi: 10.1038/s41586-020-2012-7.

Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, Zhao X, Huang B, Shi W, Lu R, Niu P, Zhan F, Ma X, Wang D, Xu W, Wu G, Gao GF, and Tan

W. (2020): A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. The New England Journal of Medicine, 382, 727–733. doi: 10.1056/NEJMoa2001017.

Zou X, Chen K, Zou J, Han P, Hao J, and Han Z. (2020): The single-cell RNA-seq data

analysis on the receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to Wuhan 2019-nCoV infection. Frontiers in Medicine, 14(2), 185-192. doi: 10.1007/s11684-020-0754-0.

BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020