KLASIFIKASI DAN TAKSONOMI KUMANKLASIFIKASI DAN TAKSONOMI KUMAN

Klasifikasi :Klasifikasi : Untuk klasifikasi dan determinasi dipakai buku Bergey’s Manual of Untuk klasifikasi dan determinasi dipakai buku Bergey’s Manual of

Determinative Bacteriology yg menggambarkan sifat-sifat kuman Determinative Bacteriology yg menggambarkan sifat-sifat kuman secara terincisecara terinci

Bakteri & Bakteri hijau diklasifikasikan sebagai Bakteri & Bakteri hijau diklasifikasikan sebagai tanaman primitif tanaman primitif karena:karena:

1.1.    mempunyai dinding sel seperti tanamanmempunyai dinding sel seperti tanaman

2. beberapa jenis bersifat fotosintetik2. beberapa jenis bersifat fotosintetik

Bakteri dimasukkan dalam golongan Bakteri dimasukkan dalam golongan ProcaryotaeProcaryotae karena : karena :

                1. 1. uniseluler (bersel tunggal)uniseluler (bersel tunggal)

                2. 2. mempunyai inti primitif, tda. DNA terbuka (tdk ada membran inti)mempunyai inti primitif, tda. DNA terbuka (tdk ada membran inti)

3. berkembang biak secara amitosis menjadi dua (pembelahan biner)3. berkembang biak secara amitosis menjadi dua (pembelahan biner)

Bakteri yang patogen terhadap manusia termasuk dalam golongan Bakteri yang patogen terhadap manusia termasuk dalam golongan EubacteriaEubacteria

Klasifikasi sbb.:Klasifikasi sbb.: KingdomKingdom: Procaryotae: Procaryotae Divisio IDivisio I : Cyanobacteria: Cyanobacteria Divisio IIDivisio II : Bacteria: Bacteria KelasKelas : ada 3 kelas Bacteria: ada 3 kelas Bacteria OrdoOrdo : ------ akhiran “ales”: ------ akhiran “ales” FamiliaFamilia : ------ akhiran “aceae”: ------ akhiran “aceae” TribusTribus : ------ akhiran “eiae”: ------ akhiran “eiae” GenusGenus SpesiesSpesies StrainStrain

  Contoh :Contoh : Ordo Ordo : Eubacteriales: Eubacteriales

FamiliaFamilia : Enterobacteriaceae: Enterobacteriaceae

GenusGenus : Escherichia: Escherichia

SpesiesSpesies: : Escherichia coliEscherichia coli

NOMENKLATURNOMENKLATUR

= pemberian nama kuman= pemberian nama kuman Menurut cara Menurut cara LinnaeusLinnaeus (1753) (1753) nama binomial (binomial name)/nama nama binomial (binomial name)/nama

ilmiah ilmiah 2 nama 2 nama tda. tda. GenusGenus dan dan epitheton specificumepitheton specificum Nama Nama genusgenus dimulai dengan huruf kapital /besar; epitheton specificum dimulai dengan huruf kapital /besar; epitheton specificum

ditulis dengan huruf kecil. Contoh : ditulis dengan huruf kecil. Contoh : Staphylococcus aureusStaphylococcus aureus Nama genus dapat berasal dari :Nama genus dapat berasal dari :

1. 1.   sifat utama kuman, misalnya batang : Bacillussifat utama kuman, misalnya batang : Bacillus

2.2.    nama penemu, misalnya Pasteur : Pasteurellanama penemu, misalnya Pasteur : Pasteurella

3. istilah yang dijadikan bahasa Latin, misalnya : kuman yang berbentuk 3. istilah yang dijadikan bahasa Latin, misalnya : kuman yang berbentuk

bulat (kokus), tersusun bergerombol seperti buah anggur (staphylos) : bulat (kokus), tersusun bergerombol seperti buah anggur (staphylos) :

StaphylococcusStaphylococcus Epitheton specificumEpitheton specificum menjelaskan tentang genus, misalnya menjelaskan tentang genus, misalnya

Staphylococcus yang mampu membentuk pigmen kuning emas : Staphylococcus yang mampu membentuk pigmen kuning emas : S. aureusS. aureus Nama tersebut adalah nama ilmiah (scientific name)Nama tersebut adalah nama ilmiah (scientific name) Nama sehari-hari (common name) lebih sering dipakai, misalnya Nama sehari-hari (common name) lebih sering dipakai, misalnya

Gonococcus, nama ilmiahnya adalah Gonococcus, nama ilmiahnya adalah Neisseria gonorrhoeaeNeisseria gonorrhoeae

Nama spesies dituliskan dengan aturan tertentu sbb.:Nama spesies dituliskan dengan aturan tertentu sbb.:

1.dituliskan dengan huruf Italic/miring, atau huruf tegak dengan garis 1.dituliskan dengan huruf Italic/miring, atau huruf tegak dengan garis bawahbawah

2.nama genus diawali dengan huruf besar2.nama genus diawali dengan huruf besar

3.kalau akan disingkat, maka hanya huruf pertama genusnya saja3.kalau akan disingkat, maka hanya huruf pertama genusnya saja

Strain Strain adalah biakan murni kuman yang merupakan keturunan dari adalah biakan murni kuman yang merupakan keturunan dari satu isolat, berasal dari spesies tertentu namun ada sedikit perbedaan satu isolat, berasal dari spesies tertentu namun ada sedikit perbedaan sifatsifat

Biovar (biotip)Biovar (biotip) merupakan strain yang merupakan strain terbaik merupakan strain yang merupakan strain terbaik untuk mewakili suatu spesiesuntuk mewakili suatu spesies

TAKSONOMI NUMERIKTAKSONOMI NUMERIK

Menggambarkan persamaan, kemiripan dan perbedaan karakteristik Menggambarkan persamaan, kemiripan dan perbedaan karakteristik bakteribakteri

Sj (Jaccard similarity coefficient)Sj (Jaccard similarity coefficient) = menyatakan sifat-sifat positif = menyatakan sifat-sifat positif sajasaja

Ssm (Simple matching coefficient) Ssm (Simple matching coefficient) = menyatakan sifat-sifat yang = menyatakan sifat-sifat yang positif dan negatifpositif dan negatif

Koefisien tersebut menggambarkan persentase sifat-sifat yang sama Koefisien tersebut menggambarkan persentase sifat-sifat yang sama di antara mikroorganisme.di antara mikroorganisme.

a a Sj =Sj = ----------------------

a + b + ca + b + c a a

a + da + d Ssm = --------------Ssm = -------------- a + b + c + da + b + c + d a = jumlah sifat-sifat yg ada pd ke-dua straina = jumlah sifat-sifat yg ada pd ke-dua strain b = jumlah sifat-sifat yg ada pd strain-1 sajab = jumlah sifat-sifat yg ada pd strain-1 saja c = jumlah sifat-sifat yg ada pd strain-2 sajac = jumlah sifat-sifat yg ada pd strain-2 saja d = jumlah sifat-sifat yg tdk ada pd ke-dua strain. d = jumlah sifat-sifat yg tdk ada pd ke-dua strain.

KLASIFIKASI BERDASARKAN GENETIKAKLASIFIKASI BERDASARKAN GENETIKA

Berdasarkan :Berdasarkan :

1. komposisi bahan DNA1. komposisi bahan DNA

2. homologi sekuens DNA dan rRNA2. homologi sekuens DNA dan rRNA

3. pola metabolisme stabil yg dikontrol gen3. pola metabolisme stabil yg dikontrol gen

3. polimer pada sel3. polimer pada sel

4. struktur organel dan pola regulasinya 4. struktur organel dan pola regulasinya